Name: detection of bacteria using fluorogenic dnazymes
Uploaded: 2012-05-28T13:00:00
Duration: 13 min 20 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Detection of Bacteria Using Fluorogenic DNAzymes at JoVE.com

Bu iş için finansman Doğa Bilimleri ve Kanada&#39;nın Mühendislik Araştırma Kurumu (NSERC) ve Sentinel Biyoaktif Kağıt Network tarafından sağlanmıştır.

<ol>
	<li>Zourob, M., Elwary, S., Truner, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Principles of Bacterial Detection: Biosensors, Recognition Receptors and Microsystems. , (2008).</li><li>Call, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Challenges+and+Opportunities+for+Pathogen+Detection+Using+DNA+Microarrays.">Challenges and Opportunities for Pathogen Detection Using DNA Microarrays.</a> Crit. Rev. Microbiol. 31, 91-99 (2005).</li><li>Lazcka, O., Campo, D. e. l., J, F., Muñoz, F. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathogen+detection:+A+perspective+of+traditional+methods+and+biosensors.">Pathogen detection: A perspective of traditional methods and biosensors.</a> Biosens. Bioelectron. 22, 1205-1217 (2007).</li><li>Velusamy, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+overview+of+foodborne+pathogen+detection:+In+the+perspective+of+biosensors.">An overview of foodborne pathogen detection: In the perspective of biosensors.</a> Biotechnol. Adv. 28, 232-254 (2010).</li><li>Ali, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorogenic+DNAzyme+Probes+as+Bacterial+Indicators.">Fluorogenic DNAzyme Probes as Bacterial Indicators.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 50, 3751-3754 (2011).</li><li>Navani, N. K., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleic+acid+aptamers+and+enzymes+as+sensors.">Nucleic acid aptamers and enzymes as sensors.</a> Curr. Opin. Chem. Biol. 10, 272-281 (2006).</li><li>Liu, J., Cao, Z., Lu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+Nucleic+Acid+Sensors.">Functional Nucleic Acid Sensors.</a> Chem. Rev. 109, 1948-1998 (2009).</li><li>Li, Y., Lu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Functional Nucleic Acids for Analytical Applications. , (2009).</li><li>Tuerk, C., Gold, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+evolution+of+ligands+by+exponential+enrichment:+RNA+ligands+to+bacteriophage+T4+DNA+polymerase.">Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase.</a> Science. 249, 505-510 (1990).</li><li>Ellington, A. D., Szostak, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+selection+of+RNA+molecules+that+bind+specific+ligands.">In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands.</a> Nature. 346, 818-822 (1990).</li><li>Joyce, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Forty+Years+of+In+Vitro+Evolution.">Forty Years of In Vitro Evolution.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 46, 6420-6436 (2007).</li><li>Breaker, R. R., Joyce, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+DNA+enzyme+that+cleaves+RNA.">A DNA enzyme that cleaves RNA.</a> Chem. Biol. 1, 223-229 (1994).</li><li>Cuenoud, B., Szostak, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+DNA+metalloenzyme+with+DNA+ligase+activity.">A DNA metalloenzyme with DNA ligase activity.</a> Nature. 375, 611-614 (1995).</li><li>Chinnapen, D. J., Sen, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+deoxyribozyme+that+harnesses+light+to+repair+thymine+dimers+in+DNA.">A deoxyribozyme that harnesses light to repair thymine dimers in DNA.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 101, 65-69 (2004).</li><li>Schlosser, K., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biologically+inspired+synthetic+enzymes+made+from+DNA.">Biologically inspired synthetic enzymes made from DNA.</a> Chem. Biol. 16, 311-322 (2009).</li><li>Silverman, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+as+a+versatile+chemical+component+for+catalysis,+encoding,+and+stereocontrol.">DNA as a versatile chemical component for catalysis, encoding, and stereocontrol.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 49, 7180-7201 (2010).</li><li>Mei, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+efficient+RNA-cleaving+DNA+enzyme+that+synchronizes+catalysis+with+fluorescence+signaling.">An efficient RNA-cleaving DNA enzyme that synchronizes catalysis with fluorescence signaling.</a> J. Am. Chem. Soc. 125, 412-420 (2003).</li><li>Liu, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assemblage+of+signaling+DNA+enzymes+with+intriguing+metal-ion+specificities+and+pH+dependences.">Assemblage of signaling DNA enzymes with intriguing metal-ion specificities and pH dependences.</a> J. Am. Chem. Soc. 125, 7539-7545 (2003).</li><li>Kandadai, S. A., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+a+catalytically+efficient+acidic+RNA-cleaving+deoxyribozyme.">Characterization of a catalytically efficient acidic RNA-cleaving deoxyribozyme.</a> Nucleic Acids Res. 33, 7164-7175 (2005).</li><li>Rupcich, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quenching+of+fluorophore-labeled+DNA+oligonucleotides+by+divalent+metal+ions:+implications+for+selection,+design,+and+applications+of+signaling+aptamers+and+signaling+deoxyribozymes.">Quenching of fluorophore-labeled DNA oligonucleotides by divalent metal ions: implications for selection, design, and applications of signaling aptamers and signaling deoxyribozymes.</a> J. Am. Chem. Soc. 128, 780-790 (2005).</li><li>Shen, Y., Brennan, J. D., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterizing+the+secondary+structure+and+identifying+functionally+essential+nucleotides+of+pH6DZ1,+a+fluorescence-signaling+and+RNA-cleaving+deoxyribozyme.">Characterizing the secondary structure and identifying functionally essential nucleotides of pH6DZ1, a fluorescence-signaling and RNA-cleaving deoxyribozyme.</a> Biochemistry. 44, 12066-12076 (2005).</li><li>Chiuman, W., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Revitalization+of+six+abandoned+catalytic+DNA+species+reveals+a+common+three-way+junction+framework+and+diverse+catalytic+cores.">Revitalization of six abandoned catalytic DNA species reveals a common three-way junction framework and diverse catalytic cores.</a> J. Mol. Biol. 357, 748-754 (2006).</li><li>Chiuman, W., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolution+of+high-branching+deoxyribozymes+from+a+catalytic+DNA+with+a+three-way+junction.">Evolution of high-branching deoxyribozymes from a catalytic DNA with a three-way junction.</a> Chem. Biol. 13, 1061-1069 (2006).</li><li>Shen, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Catalysis+and+rational+engineering+of+trans-acting+pH6DZ1,+an+RNA-cleaving+and+fluorescence-signaling+deoxyribozyme+with+a+four-way+junction+structure.">Catalysis and rational engineering of trans-acting pH6DZ1, an RNA-cleaving and fluorescence-signaling deoxyribozyme with a four-way junction structure.</a> Chem BioChem. 7, 1343-1348 (2006).</li><li>Ali, M. M., Kandadai, S. A., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+pH3DZ1+-+An+RNA-cleaving+deoxyribozyme+with+optimal+activity+at+pH+3.">Characterization of pH3DZ1 - An RNA-cleaving deoxyribozyme with optimal activity at pH 3.</a> Can. J. Chem. 85, 261-273 (2007).</li><li>Chiuman, W., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+signaling+platforms+built+from+a+small+catalytic+DNA+and+doubly+labeled+fluorogenic+substrates.">Efficient signaling platforms built from a small catalytic DNA and doubly labeled fluorogenic substrates.</a> Nucleic Acids Res. 35, 401-405 (2007).</li><li>Chiuman, W., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+fluorescent+sensors+engineered+with+catalytic+DNA+MgZ+based+on+a+non-classic+allosteric+design.">Simple fluorescent sensors engineered with catalytic DNA MgZ based on a non-classic allosteric design.</a> PLoS ONE. 2, e1224 (2007).</li><li>Shen, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Entrapment+of+fluorescence+signaling+DNA+enzymes+in+sol+gel-derived+materials+for+metal+ion+sensing.">Entrapment of fluorescence signaling DNA enzymes in sol gel-derived materials for metal ion sensing.</a> Anal. Chem. 79, 3494-3503 (2007).</li><li>Kandadai, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+an+RNA-cleaving+deoxyribozyme+with+optimal+activity+at+pH+5.">Characterization of an RNA-cleaving deoxyribozyme with optimal activity at pH 5.</a> Biochemistry. 48, 7383-7391 (2009).</li><li>Zhao, W., Brook, M. A., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periodic+assembly+of+nanospecies+on+repetitive+DNA+sequences+generated+on+gold+nanoparticles+by+rolling+circle+amplification.">Periodic assembly of nanospecies on repetitive DNA sequences generated on gold nanoparticles by rolling circle amplification.</a> Methods Mol. Biol. 474, 79-90 (2008).</li><li>Navani, N. K., Mok, W. K., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+selection+of+protein-binding+DNA+aptamers+as+ligands+for+biosensing+applications.">In vitro selection of protein-binding DNA aptamers as ligands for biosensing applications.</a> Methods Mol. Biol. 504, 399-415 (2009).</li><li>Ali, M. M., Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colorimetric+sensing+by+using+allosteric-DNAzyme-coupled+rolling+circle+amplification+and+a+peptide+nucleic+acid-organic+dye+probe.">Colorimetric sensing by using allosteric-DNAzyme-coupled rolling circle amplification and a peptide nucleic acid-organic dye probe.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 48, 3512-3515 (2009).</li></ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Sık görülen bakteriyel algılama yöntemleri çoğu bugün de yavaş (klasik mikrobiyal) veya teknik olarak zor bir (antikor, PCR) vardır. Böylece, algılama araçları yeni nesil hız ve basitlik doğru hitap gerektiğine inanıyoruz. Bu amaçla, bir RNA-kesici, ve bir floresans sinyalinin üretilmesi yoluyla bakteri varlığında bildirmek için basit bir deneyleri geliştirmek için de kullanılabilir floresans-sinyalleşme DNAzyme oluşturduk. Özellikli DNAzyme probu, RFD-EC1, E. büyümesi sırasında üretilen CEM aktive edilir kültür ortamına coli. Bizim yöntemi algılama hedef olarak bir bakterinin ham ekstrasellüler karışımları kullanan ve zahmetli hedef çıkarma ve güçlendirme adımları atlar olduğundan, çok basit kurmak için kullanılabilir, bakteriyel tespiti için testlerin tipi &quot;mix-ve-oku&quot;. Bizim DNAzyme kullanımına dayalı floresans saptama yöntemi ile sınırlı değildir. Örneğin, kolorimetrik tespiti aynı DNAzyme sistem testi kullanarak cBir organik boya ile birlikte yuvarlanma daire amplifikasyon yararlanan önceden bildirilen yöntem kullanılarak tasarlanabilir. 32 Biz büyük işlem kolaylığı ile yeni bakteriyel biyosensörler oluşturmak için çekici bir cadde gibi bakteriyel tespiti için DNAzymes kullanımını öngörüyoruz.

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası veya model </td></tr><tr><td> Agar </td><td> BioShop Kanada </td><td> AGR003 </td></tr><tr><td> Amonyum persülfat (APS) </td><td> BioShop Kanada </td><td> AMP001 </td></tr><tr><td> Akrilamid / Bis-akrilamit (% 40, 29:1) </td><td> BioShop Kanada </td><td> ACR004 </td></tr><tr><td> Asit borik </td><td> BioShop Kanada </td><td> BOR001 </td></tr><tr><td> Bromofenol mavi </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> B8026 </td></tr><tr><td> EDTA </td><td> EM Bilim </td><td> EXO539-1 </td></tr><tr><td> HCl </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 38281 </td></tr><tr><td> HEPES </td><td> Bioshop Kanada </td><td> HEP001 </td></tr><tr><td> LB broth </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> L3022 </td></tr><tr><td> MgCl2 </td><td> EMDKimyasallar </td><td> B10149-34 </td></tr><tr><td> NaCl </td><td> BioShop Kanada </td><td> SOD002 </td></tr><tr><td> NaOAc </td><td> Merck Kimyasallar </td><td> SXO255-1 </td></tr><tr><td> NaOH </td><td> Merck Kimyasallar </td><td> SXO590-1 </td></tr><tr><td> SDS </td><td> BioShop Kanada </td><td> SDS001 </td></tr><tr><td> TEMED </td><td> BioShop Kanada </td><td> TEM001 </td></tr><tr><td> Tris-bazlı </td><td> BioShop Kanada </td><td> BST666 </td></tr><tr><td> Tween 20 </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> P9416 </td></tr><tr><td> Üre </td><td> BioShop Kanada </td><td> URE001 </td></tr><tr><td> Xylenecyanol FF </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> X4126 </td></tr><tr><td> DNA konsantratör </td><td> Thermo Scientific </td><td> Savant DNA SpeedVac 120 </td></tr><tr><td> Millex filtre ünitesi </td><td> Millipore </td><td> SLGP033RS </td></tr><tr><td> Jel yükleme ipuçları </td&gt; <td> DiaMed </td><td> TEC200EX-K </td></tr><tr><td> ImageQuant yazılım </td><td> Moleküler Dinamik </td><td> Sürüm 5.0 </td></tr><tr><td> Kimwipes </td><td> Kimberly-Clark Professional </td><td> 34705 </td></tr><tr><td> Mini Vortexer </td><td> VWR </td><td> 58816-121 </td></tr><tr><td> Parafilm </td><td> PECHINEY Plastik Ambalaj </td><td> PM996 </td></tr><tr><td> Petri </td><td> Fisher Scientific </td><td> Fisherbrand 08-757-12 </td></tr><tr><td> Stripettor Plus (Pipet tabancası) </td><td> Corning </td><td> 07764714 </td></tr><tr><td> Quartz küvetler </td><td> Varian Inc </td><td> 66-100216-00 </td></tr><tr><td> Shaker / İnkübatör </td><td> New Brunswick Scientific </td><td> Classic Serisi C24 </td></tr><tr><td> Typhoon Tarayıcı </td><td> GE Healthcare </td><td> 9200 Değişken modu </td></tr><tr><td> Santrifüj </td><td> Beckman Coulter </td><td> Allegra X22-R </td></tr><tr><td> UV Spektrofotometre </td><td> Thermo Scientific </td><td> GenesysUV 10 </td></tr><tr><td> Floresans Spektrofotometre </td><td> Varian Inc </td><td> Cary Eclipse </td></tr></tbody></table>

detection of bacteria using fluorogenic dnazymes

Salgınlar ölüm ve hastaneye milyonlarca yanı sıra muazzam ekonomik kayıpların her yıl gıda kaynaklı ve hastane kökenli patojenlerin hesabına bağlanmıştır. Devam eden bir salgın yerde doğru ilk aşamada suçlu patojenler tespit edebilir analitik yöntemler için giderek artan bir talebin etkisi bu tür salgınların önlenmesi ve azaltılması. Yüksek spesifite (faiz sadece bakteri tespit), yüksek hassasiyeti (düşük olarak tespit edebilen: patojen tespiti için etkili yöntemler büyük bir dizi olmasına rağmen, bunların hiçbiri ideal bir tespit yöntemi için somutlaşan tüm aşağıdaki beş önde gereksinimlerini tatmin edebilir tek bir canlı bakteri hücresi gibi), kısa zaman-sonuçları (saat dakika), büyük bir işlem kolaylığı (uzun örnekleme işlemleri ve özel ekipman kullanımı için gerek yoktur), ve maliyet etkinliği. Örneğin, klasik mikrobiyolojik yöntemlerle son derece özeldir ama uzun bir süre (da gerektirirhafta ys) 1-PCR ve antikor tabanlı teknikler daha kısa bekleme süreleri (gün saat) sunuyoruz. kesin sonuç elde etmek, ancak pahalı reaktifler ve / veya gelişmiş ekipman kullanımı. Sonuç 2-4 gerektiren, hala Yukarıda belirtilen şartların bir veya daha fazla gelişmiş özellikler sunan yenilikçi bakteriyel algılama yöntemleri geliştirmeye yönelik bilimsel araştırmalar için büyük bir talep. Laboratuvarımız bakteriyel algılama dahil biyoalgı uygulamalar için moleküler probların yeni bir sınıf olarak DNAzymes potansiyelinin incelenmesi ilgileniyor. 5 DNAzymes (ayrıca deoxyribozymes veya DNA enzimleri olarak da bilinir) insan yapımı kimyasal reaksiyonları katalize yeteneği ile tek iplikli DNA molekülleri. 6-8 Bu moleküller kadar 10 içeren geniş bir rastgele sırası DNA havuzu (izole edilebilir bir işlem ile tek tek 16 sekansları) o &quot;in vitro seçime&quot; olarak da bilinirr &quot;SELEX&quot; (üstel zenginleştirme tarafından ligandların sistematik evrim). 9-16 Bu özel DNA molekülleri yaygın biyoalgı uygulamaları için moleküler araçlar olarak son yıllarda incelenmiştir. 6-8 Laboratuvarımız RNA-yarma floresan DNAzymes (. RFDs; Şekil 1) izole etmek için in vitro seçim prosedürleri kurmuştur ve analitik araçları olarak RFDs kullanımı araştırılmıştır 17-29 RFDs tek ribonükleotid bir DNA-RNA kimerik substrat bölünme katalize. Bir fluorofor (F) ve bir quencher (Q) tarafından taarruz altında kalır bileşke (R). F ve Q yakın uncleaved substrat minimum floresans vermektedir. Bununla birlikte, bölünme olayı floresans yoğunluğunu ve önemli bir artış eşlik eder F ve Q, bir ayırma yol açar. Daha yakın zamanlarda, biz bakteriyel tespiti için RFDs izole bir yöntem geliştirdi. 5. Bu özel RFDs &quot;için izole edilmiştirkendi ortamında ya da kültüre ortama bakteri belirli bir türü (Şekil 1) geride bıraktığı ham ekstraselüler karışımı (CEM) varlığında &quot;yanar. ham karışımının kullanılması arındırıcı süreci sıkıcı circumvents ve biyosensör geliştirme (tamamlamak için aylar veya yıllar sürebilir) için ilgi mikrop uygun bir hedef belirleme. ekstrasellüler hedeflere kullanımı hücre içi hedefleri elde etmek için adımlar için gerek yoktur, çünkü test edilmesinden prosedürü basit anlamına gelir. Sadece E. tarafından üretilen CEM varlığında; yukarıdaki yaklaşım kullanılarak, (Şekil 2A. FS1) ile alt tabaka parçalayarak bir RFD türetilmiş coli (CEM-AT). 5 Bu E. RFD-EC1 (Şek. 2A) adlı coli algılama RFD, sıkı bir şekilde CEM-EC yanıt veren, ancak diğer bakterilerin bir ana (Şekil 3) den CEMS maddelere karşı karşılık vermeyen olduğu bulunmuştur. Burada PreseE. kurmak için önemli deneysel prosedürleri nt RFD-EC1 ve temsili sonuçları kullanılarak coli algılama testleri.

Watch this Scientific Journal Video about Detection of Bacteria Using Fluorogenic DNAzymes at JoVE.com

Detection of Bacteria Using Fluorogenic DNAzymes

Biz son zamanlarda basit bir bakteriyel tespiti için floresan assay &quot;mix-ve-okuma&quot; kurmak için uygulanabilir Flourogenik DNAzyme probları üretmek için yeni bir yaklaşım bildirdin. Bu özel DNA sondaları böylece floresans sinyali kuşağa bakteriyel algılama çevirme belirli bakteri tarafından üretilen ham hücre dışı karışımı (CEM) varlığında, bir kromofor-değiştirilmiş-DNA RNA kimerik substratın bölünme katalize. Bu yazıda, &quot;RFD-EC1&quot; ifade belirli bir DNAzyme prob modeli bakterinin tespiti için kullanılır önemli deneysel prosedürleri açıklayacağız<em&gt; Escherichia coii&#39;nin (E. Coli)</em&gt;.

Flourogenik DNAzymes kullanarak Bakterilerin Tespiti

Outbreaks linked to food-borne and hospital-acquired pathogens account for millions of deaths and hospitalizations as well as colossal economic losses ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Yapışkan bant tabanlı Örnekleme ve Floresans kombinasyonu In situ</emHızlı Algılama> Hibridizasyon Salmonella Taze üretin

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

Multiplex Detection of Bacteria in Complex Clinical and Environmental Samples using Oligonucleotide-coupled Fluorescent Microspheres

Oligonükleotid çiftli Floresan Mikroküreler kullanarak Kompleksi Klinik ve Çevre Örneklerinde Bakterilerin Multiplex Algılama

Bacterial vaginosis (BV) is a recurring polymicrobial syndrome that is characterized by a change in the "normal" microbiota from Lactobacillus-dominated ...

Following in Real Time the Impact of Pneumococcal Virulence Factors in an Acute Mouse Pneumonia Model Using Bioluminescent Bacteria

Biyoluminesen Bakteriler Kullanılarak Gerçek Zamanda Bir Akut Fare Pnömoni Modelinde Pnömokok virulans faktörlerinin etkisi aşağıdaki

Pneumonia is one of the major health care problems in developing and industrialized countries and is associated with considerable morbidity and mortality. ...

Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry

MALDI-TOF kütle spektrometrisi kullanılarak kan kültür besi yerinden, Gram negatif bakterilerin hızlı belirlenmesi

An important role of the clinical microbiology laboratory is to provide rapid identification of bacteria causing bloodstream infection. Traditional ...

In Situ Detection of Bacteria within Paraffin-embedded Tissues Using a Digoxin-labeled DNA Probe Targeting 16S rRNA

In Situ Detection of Bacteria within Paraffin-embedded Tissues Using a Digoxin-labeled DNA Probe Targeting 16S rRNA

16S rRNA Hedefleme Digoksin-etiketli DNA probu kullanılarak Parafine gömülmüş dokular içinde Bakterilerin in situ tespiti

The presence of bacteria within the pocket epithelium and underlying connective tissue in gingival biopsies from patients with periodontitis has been ...

Biomimetic Materials to Characterize Bacteria-host Interactions

Bakteri-konak Etkileşimleri karakterize etmek Biyomimetik Malzemeler

Bacterial attachment to host cells is one of the earliest events during bacterial colonization of host tissues and thus a key step during infection. The ...

Foodborne Pathogen Screening Using Magneto-fluorescent Nanosensor: Rapid Detection of E. Coli O157:H7

Foodborne Pathogen Screening Using Magneto-fluorescent Nanosensor: Rapid Detection of E. Coli O157:H7

Gıda kaynaklı patojen tarama kullanarak Manyeto-floresan Nanosensor: E. Coli O157: H7 hızlı tespiti

Enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 has been linked to both waterborne and foodborne illnesses, and remains a threat despite the food- and ...

Ultrasensitive Detection of Biomarkers by Using a Molecular Imprinting Based Capacitive Biosensor

Vericiyi biyolojik moleküler sürecinden kullanarak tespiti kapasitif Biyoalgılayıcı dayalı

The ability to detect and quantitate biomolecules in complex solutions has always been highly sought-after within natural science; being used for the ...

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

Salmonella spp. testi ile taranması için yüksek üretilen iş platformu /Shigella spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

Assaying for Inorganic Polyphosphate in Bacteria

Bakterilerde inorganik polifosfat için raporlaması

Inorganic polyphosphate (polyP) is a biological polymer found in cells from all domains of life, and is required for virulence and stress response in many ...