Name: a quantitative fitness analysis workflow
Uploaded: 2012-08-13T12:00:00
Duration: 11 min 39 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Quantitative Fitness Analysis Workflow at JoVE.com

نحن نعترف بامتنان جميع أعضاء مختبرنا ومركز علم الأحياء النظام المتكامل للشيخوخة والتغذية (CISBAN) للحصول على الدعم ومناقشات مفيدة. وأيد هذه الدراسة عن طريق البحث التكنولوجيا الحيوية والعلوم البيولوجية المجلس (BBSRC) (BB/C008200/1) ويلكوم ترست (075294، 093088).

<ol>
	<li>Addinall, S. G., Holstein, E., Lawless, C., Yu, M., Chapman, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+Fitness+Analysis+shows+that+NMD+proteins+and+many+other+protein+complexes+suppress+or+enhance+distinct+telomere+cap+defects.">Quantitative Fitness Analysis shows that NMD proteins and many other protein complexes suppress or enhance distinct telomere cap defects.</a> PLoS Genetics. 7 (4), e1001362 (2011).</li><li>Addinall, S. G., Downey, M., Yu, M., Zubko, M. K., Dewar, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genomewide+suppressor+and+enhancer+analysis+of+cdc13-1+reveals+varied+cellular+processes+influencing+telomere+capping+in+Saccharomyces+cerevisiae.">A genomewide suppressor and enhancer analysis of cdc13-1 reveals varied cellular processes influencing telomere capping in Saccharomyces cerevisiae.</a> Genetics. 180, 2251-2266 (2008).</li><li>Lawless, C., Wilkinson, D., Young, A., Addinall, S., Lydall, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colonyzer:+automated+quantification+of+micro-organism+growth+characteristics+on+solid+agar.">Colonyzer: automated quantification of micro-organism growth characteristics on solid agar.</a> BMC Bioinformatics. 11, 287-28 (2010).</li><li>Tong, A. H., Evangelista, M., Parsons, A. B., Xu, H., Bader, G. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+genetic+analysis+with+ordered+arrays+of+yeast+deletion+mutants.">Systematic genetic analysis with ordered arrays of yeast deletion mutants.</a> Science. 294, 2364-2368 (2001).</li><li>Costanzo, M., Baryshnikova, A., Bellay, J., Kim, Y., Spear, E. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetic+landscape+of+a+cell.">The genetic landscape of a cell.</a> Science. 327, 425-431 (2010).</li><li>Blomberg, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+growth+rate+in+high-throughput+growth+phenotyping.">Measuring growth rate in high-throughput growth phenotyping.</a> Curr. Opin. Biotechnol. 22 (1), 94-102 (2011).</li><li>Maringele, L., Lydall, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EXO1-dependent+single-stranded+DNA+at+telomeres+activates+subsets+of+DNA+damage+and+spindle+checkpoint+pathways+in+budding+yeast+yku70&#916;mutants.">EXO1-dependent single-stranded DNA at telomeres activates subsets of DNA damage and spindle checkpoint pathways in budding yeast yku70&#916;mutants.</a> Genes and Dev. 16 (15), 1919-1933 (2002).</li><li>Warringer, J., Blomberg, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+screening+in+environmental+arrays+allows+analysis+of+quantitative+phenotypic+profiles+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Automated screening in environmental arrays allows analysis of quantitative phenotypic profiles in Saccharomyces cerevisiae.</a> Yeast. 20, 53-67 (2003).</li><li>Hillenmeyer, M., Fung, E., Wildenhain, J., Pierce, S., Hoon, S., Lee, W., Proctor, M., St. Onge, R., Tyers, M., Koller, D., Altman, R., Davis, R., Nislow, C., Giaever, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+chemical+genomic+portrait+of+yeast:+uncovering+a+phenotype+for+all+genes.">The chemical genomic portrait of yeast: uncovering a phenotype for all genes.</a> Science. 320 (5874), 362-365 (2008).</li><li>Smith, A. M., Durbic, T., Oh, J., Urbanus, M., Proctor, M., Heisler, L. E., Giaever, G., Nislow, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Competitive+Genomic+Screens+of+Barcoded+Yeast+Libraries.">Competitive Genomic Screens of Barcoded Yeast Libraries.</a> J. Vis. Exp. (54), e2864 (2011).</li><li>Lederberg, J., Lederberg, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Replica+plating+and+indirect+selection+of+bacterial+mutants.">Replica plating and indirect selection of bacterial mutants.</a> J. Bacteriol. 63, 399-406 (1952).</li><li>Queller, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Behavioural+ecology:+The+social+side+of+wild+yeast.">Behavioural ecology: The social side of wild yeast.</a> Nature. 456, 589-590 (2008).</li></ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

QFA هو في كثير من الحواس مباشرة من نسل ثلاث تقنيات مقاعد البدلاء النطاق أنشئت الميكروبيولوجية: ثقافة الاختبارات بقعة تخفيف سلسلة 9، نمو تحديد منحنى في الثقافات الغازية السائلة (9) وطبق الطلاء 13. وتتلخص هذه الأساليب الثلاثة، وبالمقارنة مع QFA وغيرها من تقنيات عالية الإنتاجية في الجدول رقم 2. في حين أن اختبارات تخفيف بقعة سلسلة تعريف اللياقة البدنية سلالة كما قدرتها على تشكيل مستعمرات في سلسلة من الثقافات نمت من مجموعة من التخفيفات اللقاح، QFA اللياقة البدنية سلالة التدابير الملاحظات المتكررة من ثقافة واحدة لبناء منحنى النمو. قياس اللياقة البدنية من ثقافات واحد يسمح للفحص سلالات كثيرة في وقت واحد، في ظل ظروف مماثلة. صفائف تكرار للثقافات يسمح التجارب المتكررة لمجموعات الضغط، من المفيد للغاية عند اختبار اللياقة البدنية للاختلافات الثقافية في بيئات مختلفة أو خلفيات وراثية. قدم بروتوكول QFAهنا يستخدم معدات آلية مكلفة لتكرار، تطعيم، واحتضان لوحات أجار صورة، مناسبة لمراقبة نمو الآلاف من الثقافات المستقلة (QFA الروبوتية، الجدول 2). ومع ذلك، منذ يستند على QFA الراسخة، وتقنيات مختبر التقليدية، فإنه يمكن أيضا أن تنفذ أكثر من ذلك بكثير بأسعار رخيصة عن طريق الاستعاضة عن مساعدة الروبوت مع الخطوات اليدوية (دليل QFA، الجدول 2). دليل QFA ينطوي على تكرار وتلقيح الثقافات على لوحات أجار باستخدام أداة دبوس دليل ودليل نقل لوحات من وإلى حاضنة للتصوير الفوتوغرافي. ويمكن تطبيق نفس التحليل سير العمل الحسابية لتوليد منحنيات النمو سواء من التصميم التجريبي. QFA تقديرات لياقة بدنية ويبدو أن يكون دقيقا نسبيا. في الشكل (4)، ويسلط الضوء على اللياقات متوسط ​​مجموعات سبيل المثال أربعة من الحذف وظيفيا الجينات ذات الصلة. على مقربة من أعضاء كل فئة الجينات المرتبطة وظيفيا في اثنين من استقلالخلفيات والأنف والحنجرة وراثية (ura3Δ وcdc13 1) يدل على استنساخ من التقديرات لياقة بدنية QFA. على سبيل المثال، والحذف الجين فقط 3 (من أصل 4300 أمكن) فصل ثلاثة من أعضاء مجمع MRX حفظها. الإنتاجية العالية لبدائل QFA لاختبار خصائص نمو السلالات الميكروبية وتشمل SGA 5،6، والشاشات المنافسة في المكتبات barcoded 11،12 وشاشات التقاط حركية الكثافة البصرية في لوحة القراء طيفية 10 التي تتلخص في الجدول رقم 2، ووصف أكثر في مكان آخر تماما 8 . يمكن التعامل معها QFA وألواح SGA، حيث الثقافات تنمو على السطوح الصلبة أجار (الأساليب القائمة على أجار، الجدول 2) بسرعة وسهولة عن طريق الروبوت. يتم تهوية جيدة الصلبة الثقافات سطح أجار طوال النمو والخلايا يمكن أن تنمو في الثقافات ثابت، مما يسمح للميكروبات مؤنس أن تنمو في المجتمع 14. تركت سليمة، والمجتمعات الميكروبية 1ffect الخاصة الصغيرة البيئات، وإفراز مواد سامة مثل الإيثانول، وربما يشير الى ما بين الخلايا. ومع ذلك، مستمرة اختلاط الثقافات السائل، واللازمة لتحقيق تهوية كافية، يعطل بشكل مصطنع المجتمعات الميكروبية والبيئات الصغيرة الخاصة بهم والتي قد تؤثر على وسائط نموها. عبر تلوث هو اقل مدعاة للقلق في طرق أجار الصلبة لأنه ليس هناك أقل فرصة لطخات تحمل خلايا السائل بين الثقافات. إذا تلوث يحدث من قبل الميكروبات المحمولة جوا الأجنبية في المقايسات أجار الصلبة، ويمكن في كثير من الأحيان يمكن الكشف عنها بواسطة الفحص البصري لوحات أجار الصلبة واستأثرت أو إزالتها. QFA الإنتاجية أعلى بكثير من الطرق الموازية السائل بطريقتين. بادئ ذي بدء، على لوحات (وSGA) QFA، معبأة الثقافات تلقيح معا بصورة أكثر كثافة، وإعطاء المزيد من الثقافات مستقلة لكل لوحة. في QFA هناك عادة 308 الثقافات، لا عد الثقافات حافة غير التجريبية (الشكل 1) COMقلص موازية لثقافات السائل مع 96 أو 100 لوحة لكل الثقافات. ثانيا، يمكن تحجيم تجارب QFA إلى عدد أكبر بكثير من لوحات. في حين يقتصر عدد من اللوحات التي تم تحليلها في تجربة واحدة فقط من قبل QFA المساحة المتوفرة في غرفة الحاضنة أو الحارة، إلا أن الحد الأدنى المسموح به تردد التقاط الصور، والحد الأقصى تردد القبض على تحقيقها، وعدد من لوحات في تجربة النمو سائل محدودة بقوة من قدرة القارئ لوحة (عادة واحد أو اثنين لوحات)، أو من مكدس تعلق على قارئ لوحة (عادة 25-50 لوحات). وقد قمنا مؤخرا بإجراء تجربة QFA مؤتمتة بالكامل على 123 لوحات، ولكل منها 308 الثقافات التجريبية، وإعطاء 37884 الثقافات في وقت واحد. نقدر أن العدد الأقصى للتحقيق مستقل من الثقافات المتزايد في السائل هو 96 (ثقافات / لوحة) × 50 (لوحات / مكدس) = 4800، والذي هو حوالي عشرة أضعاف أقل من الإنتاجية QFA لدينا. بديلا عن الشاشات ثقافة السائل هو للاستفادة من العديد الآلي غرووث الأجهزة في نفس الوقت (الجدول 1 من هذا الاستعراض من قبل بلومبرغ 8)، ولكل منها بطاقة واحدة أو اثنتين لوحات. التحكم في درجة الحرارة في كل جهاز مستقل، وهكذا ظروف ليست متطابقة، ولكن على افتراض أنهم، فإن هذا العمل يتطلب ما لا يقل عن 190 مثل هذه الأجهزة لتتناسب مع QFA الإنتاجية (على افتراض 200 الثقافات السائل في الجهاز). وخلاصة القول، QFA هو سير العمل عالية الجودة والتي يمكن تطبيقها على نحو مفيد لجمع الظواهر النمو الكمي في كل من التجارب الصغيرة ركزت وشاشات عالية الإنتاجية. انها مرنة بما فيه الكفاية ليتم تطبيقها على نحو فعال مع اختلاف الاحتياجات من المعدات الآلية. ويستند العنصر الحسابية لسير العمل في QFA متاحة بحرية، وشفرة المصدر المفتوح.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم كاشف / معدات </td><td> شركة </td><td> فهرس العدد </td><td> تعليقات </td></tr><tr><td> طبق الاصل الحصان الرديء </td><td> سيغما </td><td> R-2508 </td><td> 96 دبوس دليل pintool مع 1/8 دبابيس قطر &quot; </td></tr><tr><td> مزيج ماتي </td><td> إيبندورف </td><td> 5353 000.014 </td><td></td></tr><tr><td> Biomek FX </td><td> بيكمان </td><td> A31842 </td><td></td></tr><tr><td> Teleshake </td><td> الحرارية العلمية </td><td> 50095890 </td><td> مثبتة على FX Biomek </td></tr><tr><td> BM3-SC </td><td> S &amp; P الروبوتات المؤتمر الوطني العراقي </td><td> BM3-SC </td><td> 192 الجرف الدورية دائري </td></tr><tr><td> spImager </td><td> S &amp; P الروبوتات المؤتمر الوطني العراقي </td><td> spImager </td><td> ارتفاع القرار دليل التصوير </td></tr><tr><td> spImager مع Cytomفي </td><td> S &amp; P الروبوتات المؤتمر الوطني العراقي </td><td> عرف </td><td> التحكم الآلي في درجة الحرارة التصوير عالية الدقة </td></tr><tr><td> Cytomat 6001 مع مبادل حراري </td><td> الحرارية العلمية </td><td> 51022222 </td><td> تعلق على spImager </td></tr><tr><td> بفضل تكنولوجيا Ecoline RE207 </td><td> لاودا </td><td> RE207 </td><td> تعلق على Cytomat </td></tr><tr><td> spImager مع دائري </td><td> S &amp; P الروبوتات المؤتمر الوطني العراقي </td><td> عرف </td><td> الآلي التصوير عالية الدقة </td></tr><tr><td> روبوت لاعبا اساسيا أداة دبوس لFP12pins </td><td> V &amp; P العلمية </td><td> AFIX96FP12 </td><td> N / A </td></tr><tr><td> 96 × FP12 دبابيس </td><td> V &amp; P العلمية </td><td> FP12 </td><td> 50.4 مم، 17 مم يتعرض طول دبوس </td></tr><tr><td> محطة لرسو السفن لأداة الدبوس </td><td> V &amp; P العلمية </td><td> VP425 </td><td> قاعدة لرسو السفن محطة إزالتها للسماح للتجفيف مروحة من الدبابيس </td></tr><tr><td>دبوس فرشاة تنظيف </td><td> V &amp; P العلمية </td><td> VP425 </td><td> N / A </td></tr><tr><td> طبق الاصل الحصان الرديء </td><td> سيغما </td><td> R-2508 </td><td> دليل دبوس أداة </td></tr><tr><td> نونك OmniTray مع غطاء </td><td> نونك </td><td> 734-0490 </td><td> N / A </td></tr><tr><td> 96 لوحات البوليسترين معقم جيد </td><td> غرينر BioOne </td><td> 655161 </td><td> N / A </td></tr><tr><td> 96 الأغطية البوليسترين معقم جيد </td><td> غرينر BioOne </td><td> 656171 </td><td> N / A </td></tr></tbody></table> الجدول 3. الكواشف معينة والمعدات.

a quantitative fitness analysis workflow

التحليل الكمي لياقة (QFA) هو سير العمل التجريبية والحسابية لمقارنة اللياقات الثقافات الميكروبية التي تزرع في 1،2،3،4 مواز. ويمكن تطبيق QFA إلى الملاحظات تركز على ثقافات واحد ولكن مفيدة جدا لالجينوم على نطاق التفاعل وراثية أو شاشات المخدرات التحقيق تصل إلى الآلاف من ثقافات مستقلة. الأسلوب المركزي التجريبية هو تلقيح مستقل، والثقافات المخففة الميكروبية السائل على لوحات أجار الصلبة التي حضنت وتصويرها بصورة منتظمة. ويتم تحليل الصور من كل نقطة في الوقت، وإنتاج كمي تقديرات كثافة الخلية، والتي تستخدم لبناء منحنيات النمو، مما يسمح للياقة البدنية المستمدة التدابير الكمية. ويمكن مقارنة اللياقات ثقافة لتحديد نقاط القوة وترتيب تفاعل وراثية أو حساسيات المخدرات. واضاف تأثير على اللياقة البدنية ثقافة أي علاجات في أجار الركيزة (الجزيئات الصغيرة على سبيل المثال، والمضادات الحيوية أو المواد الغذائية) أو تطبيقها على لوحات خارجيةويمكن لاي كميا (مثل الأشعة فوق البنفسجية إشعاع، ودرجة الحرارة) من قبل QFA. سير العمل QFA تنتج نسبة نمو تقدر مماثلة لتلك التي تم الحصول عليها بواسطة قياس الطيف من الثقافات سائل موازية في القراء لوحة 96-جيدا أو 200 حسنة. الأهم من ذلك، QFA لديه سرعة أعلى بكثير بالمقارنة مع مثل هذه الأساليب. الثقافات QFA تنمو على سطح صلب أجار وبالتالي فهي مهوى بشكل جيد خلال نمو من دون الحاجة إلى إثارة أو اهتزاز. QFA الإنتاجية ليست مرتفعة كما أن من صفيف بعض الوراثية الاصطناعية (SGA) أساليب الفحص 5،6. ومع ذلك، منذ يتم تخفيفه بشكل كبير الثقافات QFA قبل أن يتم تلقيح على أجار، ويمكن التقاط QFA منحنيات النمو أكثر اكتمالا، بما في ذلك الأسي ومراحل التشبع 3. على سبيل المثال، ملاحظات منحنى نمو السماح يقدر مرات مضاعفة ثقافة مباشرة مع دقة عالية، كما نوقش سابقا 1. نحن هنا يقدمتطبيق بروتوكول معين QFA إلى الآلاف من S. خميرة الثقافات التي يتم معالجتها تلقائيا بواسطة الروبوت خلال الحضانة، والتلقيح والتصوير. يمكن استبدال أي من هذه الخطوات الآلي عن طريق إجراء، أي ما يعادل دليل، مع تخفيض المرتبطة في الإنتاجية، ونقدم أيضا دليلا انخفاض الإنتاجية بروتوكول. ويمكن تطبيق البرنامج QFA نفس الأدوات لالصور التي تم التقاطها في أي من سير العمل. لدينا خبرة واسعة في تطبيق QFA إلى ثقافات الخميرة في مهدها س. خميرة لكننا نتوقع أن QFA سوف تكون مفيدة على حد سواء لدراسة الثقافات من الخميرة الانشطار س. pombe والثقافات البكتيرية.

Watch this Scientific Journal Video about A Quantitative Fitness Analysis Workflow at JoVE.com

A Quantitative Fitness Analysis Workflow

التحليل الكمي لياقة (QFA) هو عبارة عن سلسلة متكاملة من الطرق التجريبية وحسابية لتقدير اللياقات ثقافة الميكروبية. QFA تقدر تأثير الطفرات الوراثية، والمخدرات، أو غيرها من العلاجات المطبقة على نمو الميكروب. ويمكن تصميم التجارب التحجيم من تحليل مركزة من الثقافات وحيد للآلاف من ثقافات موازية.

تحليل كمي لياقة سير العمل

Quantitative Fitness Analysis (QFA) is an experimental and computational workflow for comparing fitnesses of microbial cultures grown in parallel1,2,3,4. ...

Research

JoVE Journal

Biology

A Neuronal and Astrocyte Co-Culture Assay for High Content Analysis of Neurotoxicity

والخلايا العصبية ونجمية المشارك الثقافة الفحص لتحليل محتوى عال من العصبية

High Content Analysis (HCA) assays combine cells and detection reagents with automated imaging and powerful image analysis algorithms, allowing ...

Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae

Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae

حفز Phosphoproteomics الكمية في الأحماض الدهنية السكيراء الجعوية</em

This protocol describes the growth and stimulation, with the fatty acid oleate, of isotopically heavy and light S. cerevisiae cells. Cells are ground ...

Live-cell Imaging and Quantitative Analysis of Embryonic Epithelial Cells in Xenopus laevis

Live-cell Imaging and Quantitative Analysis of Embryonic Epithelial Cells in Xenopus laevis

تعيش خلية التصوير والتحليل الكمي من الخلايا الظهارية في الجنينية القيطم المورق</em

Embryonic epithelial cells serve as an ideal model to study morphogenesis where multi-cellular tissues undergo changes in their geometry, such as changes ...

Quantitative Analysis of Random Migration of Cells Using Time-lapse Video Microscopy

التحليل الكمي للهجرة عشوائية من الخلايا باستخدام الوقت الفاصل بين الميكروسكوب فيديو

Cell migration is a dynamic process, which is important for embryonic development, tissue repair, immune system function, and tumor invasion 1, 2. During ...

Quantitative Analysis of Autophagy using Advanced 3D Fluorescence Microscopy

التحليل الكمي الالتهام الذاتي باستخدام المجهر مضان المتقدم 3D

Prostate cancer is the leading form of malignancies among men in the U.S. While surgery carries a significant risk of impotence and incontinence, ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

التصور والتحليل من جزيئات الرنا المرسال عن طريق الإسفار<em&gt; في الموضع</em&gt; التهجين في<em&gt; خميرة الخباز</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...

A High Throughput MHC II Binding Assay for Quantitative Analysis of Peptide Epitopes

A تجليد الفحص إنتاجية عالية MHC II لتحليل الكمي لالببتيد الحواتم

Biochemical assays with recombinant human MHC II molecules can provide rapid, quantitative insights into immunogenic epitope identification, deletion, or ...

A New Technique for Quantitative Analysis of Hair Loss in Mice Using Grayscale Analysis

تقنية جديدة لتحليل الكمي لتساقط الشعر في الفئران عن طريق تحليل درجات الرمادي

Alopecia is a common form of hair loss which can occur in many different conditions, including male-pattern hair loss, polycystic ovarian syndrome, and ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

سير العمل كاملا لتحليل هيستون التعديلات بعد متعدية عن طريق أسفل إلى أعلى الطيف الكتلي: من هيستون استخراج لتحليل البيانات

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...

Quantitative Proteomics Workflow using Multiple Reaction Monitoring Based Detection of Proteins from Human Brain Tissue

سير العمل البروتيومي الكمي باستخدام رصد التفاعل المتعدد القائم على الكشف عن البروتينات من أنسجة الدماغ البشري

The proteomic analysis of the human brain tissue over the last decade has greatly enhanced our understanding of the brain. However, brain related ...