Name: c. elegans tracking and behavioral measurement
Uploaded: 2012-11-17T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about C. elegans Tracking and Behavioral Measurement at JoVE.com

1. Описание отслеживания Микроскоп <ol><li> Агаром освещается волокном источником света и полученную с камеры. Эта система устанавливается на X, Y стадии перевода. </li><li> Этап переносится на стандартных шаговых двигателей, которые связаны с контроллером шагового двигателя. </li><li> Контроллер...

<ol>
	<li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-79 (1974).</li><li>de Bono, M., Maricq, A. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neuronal+substrates+of+complex+behaviors+in+C.+elegans.">Neuronal substrates of complex behaviors in C. elegans.</a> Annu. Rev. Neurosci. (28), 451-501 (2005).</li><li>Pierce-Shimomura, J. T., Morse, T. M., Lockery, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fundamental+role+of+pirouettes+in+Caenorhabditis+elegans+chemotaxis.">The fundamental role of pirouettes in Caenorhabditis elegans chemotaxis.</a> J. Neurosci. 19 (21), 9557-9569 (1999).</li><li>Gray, J. M., Hill, J. J., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+circuit+for+navigation+in+Caenorhabditis+elegans.">A circuit for navigation in Caenorhabditis elegans.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (9), 3184-3191 (2005).</li><li>Baek, J. H., Cosman, P., Feng, Z., Silver, J., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+machine+vision+to+analyze+and+classify+Caenorhabditis+elegans+behavioral+phenotypes+quantitatively.">Using machine vision to analyze and classify Caenorhabditis elegans behavioral phenotypes quantitatively.</a> J. Neurosci. Methods. 118 (1), 9-21 (2002).</li><li>Stephens, G. J., Johnson-Kerner, B., Bialek, W., Ryu, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dimensionality+and+Dynamics+in+the+Behavior+of+C.+elegans.">Dimensionality and Dynamics in the Behavior of C. elegans.</a> PLoS Comput. Biol. 4 (1), e1000028 (2008).</li><li>Stephens, G. J., Johnson-Kerner, B., Bialek, W., Ryu, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+modes+to+movement+in+the+behavior+of+C.+elegans.">From modes to movement in the behavior of C. elegans.</a> PLoS One. 5 (11), e13914 (2010).</li><li>Feng, Z., Cronin, C. J., Wittig, J. H., Sternberg, P. W., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+imaging+system+for+standardized+quantitative+analysis+of+C.+elegans+behavior.">An imaging system for standardized quantitative analysis of C. elegans behavior.</a> BMC Bioinformatics. (5), 115 (2004).</li><li>Ramot, D., Johnson, B. E., Berry, T. L., Carnell, L., Goodman, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Parallel+Worm+Tracker:+A+Platform+for+Measuring+Average+Speed+and+Drug-Induced+Paralysis+in+Nematodes.">The Parallel Worm Tracker: A Platform for Measuring Average Speed and Drug-Induced Paralysis in Nematodes.</a> PLoS One. 3 (5), e2208 (2008).</li><li>Swierczek, N. A., Giles, A. C., Rankin, C. H., Kerr, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+behavioral+analysis+in+C.+elegans.">High-throughput behavioral analysis in C. elegans.</a> Nat. Methods. 8 (7), 592-598 (2011).</li><li>Leifer, A. M., Fang-Yen, C., Gershow, M., Alkema, M. J., Samuel, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optogenetic+manipulation+of+neural+activity+in+freely+moving+Caenorhabditis+elegans.">Optogenetic manipulation of neural activity in freely moving Caenorhabditis elegans.</a> Nat. Methods. 8 (2), 147-152 (2011).</li><li>Stirman, J. N., Crane, M. M., Husson, S. J., Wabnig, S., Schultheis, C., Gottschalk, A., Lu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+multimodal+optical+control+of+neurons+and+muscles+in+freely+behaving+Caenorhabditis+elegans.">Real-time multimodal optical control of neurons and muscles in freely behaving Caenorhabditis elegans.</a> Nat. Methods. 8 (2), 153-158 (2011).</li><li>Ben Arous, J., Tanizawa, Y., Rabinowitch, I., Chatenay, D., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+imaging+of+neuronal+activity+in+freely+behaving+Caenorhabditis+elegans.">Automated imaging of neuronal activity in freely behaving Caenorhabditis elegans.</a> J Neurosci Methods. 187 (2), 229-234 (2010).</li><li>Wittenburg, N., Baumeister, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thermal+avoidance+in+Caenorhabditis+elegans:+an+approach+to+the+study+of+nociception.">Thermal avoidance in Caenorhabditis elegans: an approach to the study of nociception.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (18), 10477-10482 (1999).</li></ol>

Изучение движения и естественное поведение требует неинвазивных методов отслеживания в партнера методов обработки данных. Здесь мы продемонстрировали простой в использовании системой слежения, которая записывает детальные изображения C. Элеганс поведение как она ползает на по?...

<table border="1"><tbody><tr><td> Название части </td><td> Компания </td><td> Номер в каталоге </td><td> Комментарии (по желанию) </td></tr><tr><td> ПЗС-камеры </td><td> Basler </td><td> A601f </td><td></td></tr><tr><td> Объектив </td><td> Эдмунд оптики </td><td> MMS серии </td><td></td></tr><tr><td> Волоконно освещение </td><td> Долан Дженнер </td><td> DC-950H </td><td></td></tr><tr><td> Перевод этапе </td><td> Deltron </td><td> LS3-4 </td><td></td></tr><tr><td> Шагового двигателя </td><td> США цифровом </td><td> MS23C </td><td></td></tr><tr><td> Шагового привода </td><td> Геккон </td><td> G201 </td><td></td></tr><tr><td> Управления шаговым двигателем </td><td> SimpleStep </td><td> SSXYZ </td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td> Все программный код доступен. Пожалуйста, отправьте запрос электронной почте в соответствующую автора. </td></tr></tbody></table>

c. elegans tracking and behavioral measurement

Мы разработали методы приборов, обработки изображений и анализа данных для количественной оценки двигательного поведения C. Элеганс как он ползает на поверхности агар пластины. Для изучения генетических, биохимических и нейронные основы поведения, C. Элеганс является идеальным организма, потому что это генетически послушный, поддаются микроскопии, а также показывает ряд комплексных поведения, в том числе такси, обучения и социальной 1,2 взаимодействия. Поведенческий анализ, основанный на отслеживании движений червей, как они ползают по агаром были особенно полезны при изучении сенсорных поведение 3, локомоции 4, а общее мутационные фенотипирование 5. Наша система работает посредством перемещения камеры и системы освещения, как черви ползает на неподвижной пластины агара, который обеспечивает отсутствие механических стимулов передается на червя. Наша система слежения проста в использовании и включает в себя полуавтоматическую калибровку функции. Чаllenge всех систем видео слежения является то, что она порождает огромное количество данных, которые по своей сути высокой размерности. Наш обработки изображений и программ анализа данных справиться с этой задачей за счет сокращения червей форму в набор независимых компонентов, которые всесторонне восстановить червей поведение как функция только 3-4 размеры 6,7. В качестве примера этого процесса мы покажем, что червь входит и выходит из ее разворот состояния в фазу специфическим образом.

Пример: Живя, C. Элеганс переходы с прямого на обратный ход, часто выполняя переориентации (омега очередь) перед возвращением в состояние движения вперед. Количественная этот переход является важным в понимании кормления паттернов движения, а также в управление двигателем червя. М?...

Watch this Scientific Journal Video about C. elegans Tracking and Behavioral Measurement at JoVE.com

C. elegans Tracking and Behavioral Measurement

Мы создали видео-курс отслеживания микроскопа, который может записывать и количественно<em&gt; C. Элеганс</em&gt; Поведение с высоким разрешением и высокой скоростью. Мы также разработали вычислительных методов снижения размерности червь изображения на фундаментальный набор измерений, которые полностью описывают форму червя.

C. Элеганс отслеживания и поведенческих измерений

We have developed instrumentation, image processing, and data analysis techniques to quantify the locomotory behavior of C. elegans as it crawls on the ...

Research

JoVE Journal

Neuroscience

C. elegans Tracking and Behavioral Measurement

Assaying &beta;-amyloid Toxicity using a Transgenic C. elegans Model

Assaying ÃƒÅ½Ã‚Â²-amyloid Toxicity using a Transgenic C. elegans Model

Опробование β-амилоида Токсичность использованием трансгенных С. Элеганс Модель

Accumulation of the &beta;-amyloid peptide (A&beta;) is generally believed to be central to the induction of Alzheimer's disease, but the relevant ...

C. elegans Positive Butanone Learning, Short-term, and Long-term Associative Memory Assays

C. elegans Positive Butanone Learning, Short-term, and Long-term Associative Memory Assays

Элеганс C. Положительные обучения бутанон, краткосрочный и долгосрочный Ассоциативные Анализы памяти

The memory of experiences and learned information is critical for organisms to make choices that aid their survival. C. elegans navigates its environment ...

In vivo Laser Axotomy in C. elegans

In vivo Laser Axotomy in C. elegans

В естественных условиях лазерной Axotomy на языке C. Элеганс

Neurons communicate with other cells via axons and dendrites, slender membrane extensions that contain pre- or post-synaptic specializations. If a neuron ...

Automated Quantification of Synaptic Fluorescence in C. elegans

Automated Quantification of Synaptic Fluorescence in C. elegans

Автоматизированная количественная оценка Synaptic флуоресценции в<em&gt; С. Элеганс</em

Synapse strength refers to the amplitude of postsynaptic responses to presynaptic neurotransmitter release events, and has a major impact on overall ...

A Molecular Readout of Long-term Olfactory Adaptation in C. elegans

A Molecular Readout of Long-term Olfactory Adaptation in C. elegans

Молекулярная Считывание Долгосрочные обонятельной адаптации в<em&gt; C. Элеганс</em

During sustained stimulation most sensory neurons will adapt their response by decreasing their sensitivity to the signal. The adaptation response helps ...

Hippocampal Insulin Microinjection and In vivo Microdialysis During Spatial Memory Testing

Hippocampal Insulin Microinjection and In vivo Microdialysis During Spatial Memory Testing

Гиппокампа Микроинъекция инсулина и<em&gt; В естественных условиях</em&gt; Микродиализ Во время тестирования пространственной памяти

Glucose metabolism is a useful marker for local neural activity, forming the basis of methods such as 2-deoxyglucose and functional magnetic resonance ...

A Method for High Fidelity Optogenetic Control of Individual Pyramidal Neurons In vivo

A Method for High Fidelity Optogenetic Control of Individual Pyramidal Neurons In vivo

Метод высокой верности Optogenetic управление отдельными пирамидальных нейронов<em&gt; В естественных условиях</em

Optogenetic methods  have emerged as a powerful tool for elucidating neural circuit activity  underlying a diverse set of behaviors across a broad range ...

In vivo Neuronal Calcium Imaging in C. elegans

In vivo Neuronal Calcium Imaging in C. elegans

В естественных нейронных изображений кальция в C. Элеганс

The nematode worm C. elegans is an ideal model organism  for relatively simple, low cost neuronal imaging in vivo. Its small transparent body and simple, ...

Long-term Behavioral Tracking of Freely Swimming Weakly Electric Fish

Долгосрочный Поведенческая Отслеживание свободно плавающих слабо электрических рыб

Long-term behavioral tracking can capture and quantify natural animal behaviors, including those occurring infrequently. Behaviors such as exploration and ...

Visualizing Neuroblast Cytokinesis During C. elegans Embryogenesis

Visualizing Neuroblast Cytokinesis During C. elegans Embryogenesis

Визуализация нейробласта Цитокинез Во<em&gt; С. Элеганс</em&gt; Эмбриогенеза

This protocol describes the use of fluorescence microscopy to image dividing cells within developing Caenorhabditis elegans embryos. In particular, this ...