Name: sampling human indigenous saliva peptidome using a lollipop-like ultrafiltration probe: simplify and enhance peptide detection for clinical mass spectrometry
Uploaded: 2012-08-07T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Sampling Human Indigenous Saliva Peptidome Using a Lollipop-Like Ultrafiltration Probe: Simplify and Enhance Peptide Detection for Clinical Mass Spectrometry

עבודה זו נתמכה על ידי המכונים הלאומיים לבריאות מענקים (R01-AI067395-01, R21-R022754-01 ו-R21 I58002-01). אנו מודים ג נימאייר על קריאה ביקורתית של כתב היד.

1. יצירה של בדיקות LLUF <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הממברנות polyethersulfone (2 ס&quot;מ 2) נחתמו עם משוטים משולש פוליפרופילן (אוניברסיטת קליפורניה, סן דייגו) על ידי ממברנות הדבקה עם אפוקסי על גבולות משוטים. קרום מטען שלילי polyethersulfone עם משקל מולקולרי חתוכ...

<ol>
	<li>Denny, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+proteomes+of+human+parotid+and+ubmandibular/sublingual+gland+salivas+collected+as+the+ductal+secretions.">The proteomes of human parotid and ubmandibular/sublingual gland salivas collected as the ductal secretions.</a> J. Proteome Res. 7, 1994-2006 (2008).</li><li>Hu, S., Loo, J. A., Wong, D. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+saliva+proteome+analysis.">Human saliva proteome analysis.</a> Ann. N.Y. Acad. Sci. 1098, 323-329 (2007).</li><li>Ng, D. P., Koh, D., Choo, S. G., Ng, V., Fu, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+storage+conditions+on+the+extraction+of+PCR-quality+genomic+DNA+from+saliva.">Effect of storage conditions on the extraction of PCR-quality genomic DNA from saliva.</a> Clin. Chim. Acta. 343, 191-194 (2004).</li><li>Wade, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+oral-diffusion-sink+device+for+extended+sampling+of+multiple+steroid+hormones+from+saliva.">An oral-diffusion-sink device for extended sampling of multiple steroid hormones from saliva.</a> Clin. Chem. 38, 1878-1882 (1992).</li><li>Hu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+identification+of+proteins+in+human+salivary+proteome+by+liquid+chromatography/mass+spectrometry+and+two-dimensional+gel+electrophoresis-mass+spectrometry.">Large-scale identification of proteins in human salivary proteome by liquid chromatography/mass spectrometry and two-dimensional gel electrophoresis-mass spectrometry.</a> Proteomics. 5, 1714-1728 (2005).</li><li>Huang, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+proteomic+analysis+of+human+whole+saliva.">Comparative proteomic analysis of human whole saliva.</a> Arch. Oral Biol. 49, 951-962 (2004).</li><li>Guerrier, L., Lomas, L., Boschetti, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simplified+monobuffer+multidimensional+chromatography+for+high-throughput+proteome+fractionation.">A simplified monobuffer multidimensional chromatography for high-throughput proteome fractionation.</a> J Chromatogr. A. 1073, 25-33 (2005).</li><li>Huang, C. M., Wang, C. C., Kawai, M., Barnes, S., Elmets, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surfactant+sodium+lauryl+sulfate+enhances+skin+vaccination:+molecular+characterization+via+a+novel+technique+using+ultrafiltration+capillaries+and+mass+spectrometric+proteomics.">Surfactant sodium lauryl sulfate enhances skin vaccination: molecular characterization via a novel technique using ultrafiltration capillaries and mass spectrometric proteomics.</a> Mol. Cell Proteomics. 5, 523-532 (2006).</li><li>Huang, C. M., Wang, C. C., Kawai, M., Barnes, S., Elmets, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+protein+sampling+using+capillary+ultrafiltration+semi-permeable+hollow+fiber+and+protein+identification+via+mass+spectrometry-based+proteomics.">In vivo protein sampling using capillary ultrafiltration semi-permeable hollow fiber and protein identification via mass spectrometry-based proteomics.</a> J. Chromatogr. A. 1109, 144-151 (2006).</li><li>Huang, C. M., Wang, C. C., Barnes, S., Elmets, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+detection+of+secreted+proteins+from+wounded+skin+using+capillary+ultrafiltration+probes+and+mass+spectrometric+proteomics.">In vivo detection of secreted proteins from wounded skin using capillary ultrafiltration probes and mass spectrometric proteomics.</a> Proteomics. 6, 5805-5814 (2006).</li><li>Huang, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometric+proteomics+profiles+of+in+vivo+tumor+secretomes:+capillary+ultrafiltration+sampling+of+regressive+tumor+masses.">Mass spectrometric proteomics profiles of in vivo tumor secretomes: capillary ultrafiltration sampling of regressive tumor masses.</a> Proteomics. 6, 6107-6116 (2006).</li><li>Ahmed, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+approach+to+remove+albumin+for+the+proteomic+analysis+of+low+abundance+biomarkers+in+human+serum.">An approach to remove albumin for the proteomic analysis of low abundance biomarkers in human serum.</a> Proteomics. 3, 1980-1987 (2006).</li><li>Michishige, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+saliva+collection+method+on+the+concentration+of+protein+components+in+saliva.">Effect of saliva collection method on the concentration of protein components in saliva.</a> J. Med. Invest. 53, 140-146 (2006).</li><li>Kruger, C., Breunig, U., Biskupek-Sigwart, J., Dorr, H. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Problems+with+salivary+17-hydroxyprogesterone+determinations+using+the+Salivette+device.">Problems with salivary 17-hydroxyprogesterone determinations using the Salivette device.</a> Eur. J. Clin. Chem. Clin. Biochem. 34, 926-929 (1996).</li><li>Luque-Garcia, J. L., Neubert, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sample+preparation+for+serum/plasma+profiling+and+biomarker+identification+by+mass+spectrometry.">Sample preparation for serum/plasma profiling and biomarker identification by mass spectrometry.</a> J. Chromatogr. A. 1153, 259-276 (2007).</li><li>Ramstrom, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Depletion+of+high-abundant+proteins+in+body+fluids+prior+to+liquid+chromatography+fourier+transform+ion+cyclotron+resonance+mass+spectrometry.">Depletion of high-abundant proteins in body fluids prior to liquid chromatography fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry.</a> J. Proteome. Res. 4, 410-416 (2005).</li><li>Messana, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+the+human+salivary+basic+proline-rich+protein+complex+by+a+proteomic+approach.">Characterization of the human salivary basic proline-rich protein complex by a proteomic approach.</a> J. Proteome. Res. 3, 792-800 (2004).</li><li>Li, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Possible+release+of+an+ArgGlyArgProGln+pentapeptide+with+innate+immunity+properties+from+acidic+proline-rich+proteins+by+proteolytic+activity+in+commensal+streptococcus+and+actinomyces+species.">Possible release of an ArgGlyArgProGln pentapeptide with innate immunity properties from acidic proline-rich proteins by proteolytic activity in commensal streptococcus and actinomyces species.</a> Infect. Immun. 68, 5425-5429 (2000).</li><li>Davtyan, T. K., Manukyan, H. A., Mkrtchyan, N. R., Avetisyan, S. A., Galoyan, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hypothalamic+proline-rich+polypeptide+is+a+regulator+of+oxidative+burst+in+human+neutrophils+and+monocytes.">Hypothalamic proline-rich polypeptide is a regulator of oxidative burst in human neutrophils and monocytes.</a> Neuroimmunomodulation. 12, 270-284 (2005).</li><li>Jonsson, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gln-Gly+cleavage:+correlation+between+collision-induced+dissociation+and+biological+degradation.">Gln-Gly cleavage: correlation between collision-induced dissociation and biological degradation.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 12, 337-342 (2001).</li><li>Gibbons, R. J., Hay, D. I., Schlesinger, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Delineation+of+a+segment+of+adsorbed+salivary+acidic+proline-rich+proteins+which+promotes+adhesion+of+Streptococcus+gordonii+to+apatitic+surfaces.">Delineation of a segment of adsorbed salivary acidic proline-rich proteins which promotes adhesion of Streptococcus gordonii to apatitic surfaces.</a> Infect Immun. 59, 2948-2954 (1991).</li><li>Li, T., Johansson, I., Hay, D. I., Stromberg, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strains+of+Actinomyces+naeslundii+and+Actinomyces+viscosus+exhibit+structurally+variant+fimbrial+subunit+proteins+and+bind+to+different+peptide+motifs+in+salivary+proteins.">Strains of Actinomyces naeslundii and Actinomyces viscosus exhibit structurally variant fimbrial subunit proteins and bind to different peptide motifs in salivary proteins.</a> Infect Immun. 67, 2053-2059 (1999).</li><li>Hardt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+defining+the+human+parotid+gland+salivary+proteome+and+peptidome:+identification+and+characterization+using+2D+SDS-PAGE,+ultrafiltration,+HPLC,+and+mass+spectrometry.">Toward defining the human parotid gland salivary proteome and peptidome: identification and characterization using 2D SDS-PAGE, ultrafiltration, HPLC, and mass spectrometry.</a> Biochemistry. 44, 2885-2899 (2005).</li><li>Wilmarth, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-dimensional+liquid+chromatography+study+of+the+human+whole+saliva+proteome.">Two-dimensional liquid chromatography study of the human whole saliva proteome.</a> J. Proteome Res. 3, 1017-1023 (2004).</li><li>Saitoh, E., Isemura, S., Sanada, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complete+amino+acid+sequence+of+a+basic+proline-rich+peptide,+P-D,+from+human+parotid+saliva.">Complete amino acid sequence of a basic proline-rich peptide, P-D, from human parotid saliva.</a> J. Biochem. 93, 495-502 (1983).</li><li>Slomiany, B. L., Piotrowski, J., Czajkowski, A., Shovlin, F. E., Slomiany, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+expression+of+salivary+mucin+bacterial+aggregating+activity+with+caries+status.">Differential expression of salivary mucin bacterial aggregating activity with caries status.</a> Int. J. Biochem. 25, 935-940 (1993).</li><li>Juarez, Z. E., Stinson, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+extracellular+protease+of+Streptococcus+gordonii+hydrolyzes+type+IV+collagen+and+collagen+analogues.">An extracellular protease of Streptococcus gordonii hydrolyzes type IV collagen and collagen analogues.</a> Infect Immun. 67, 271-278 (1999).</li><li>Lo, C. S., Hughes, C. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+characterization+of+a+protease+from+Streptococcus+oralis+C104.">Identification and characterization of a protease from Streptococcus oralis C104.</a> Oral Microbiol. Immunol. 11, 181-187 (1996).</li><li>Harrington, D. J., Russell, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+characterisation+of+two+extracellular+proteases+of+Streptococcus+mutans.">Identification and characterisation of two extracellular proteases of Streptococcus mutans.</a> FEMS Microbiol. Lett. 121, 237-241 (1994).</li><li>Huang, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+secretome+sampling+technology+for+proteomics.">In vivo secretome sampling technology for proteomics.</a> Proteomics Clin. Appl. 1, 953-962 (2007).</li><li>Skepo, M., Linse, P., Arnebrant, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coarse-grained+modeling+of+proline+rich+protein+1+(PRP-1)+in+bulk+solution+and+adsorbed+to+a+negatively+charged+surface.">Coarse-grained modeling of proline rich protein 1 (PRP-1) in bulk solution and adsorbed to a negatively charged surface.</a> J. Phys. Chem. B. 110, 12141-12148 (2006).</li><li>Losic, D., Rosengarten, G., Mitchell, J. G., Voelcker, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pore+architecture+of+diatom+frustules:+potential+nanostructured+membranes+for+molecular+and+particle+separations.">Pore architecture of diatom frustules: potential nanostructured membranes for molecular and particle separations.</a> J. Nanosci. Nanotechnol. 6, 982-989 (2006).</li><li>Linhares, M. C., Kissinger, P. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pharmacokinetic+monitoring+in+subcutaneous+tissue+using+in+vivo+capillary+ultrafiltration+probes.">Pharmacokinetic monitoring in subcutaneous tissue using in vivo capillary ultrafiltration probes.</a> Pharm Res. 10, 598-602 (1993).</li><li>Li, W., Hendrickson, C. L., Emmett, M. R., Marshall, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+intact+proteins+in+mixtures+by+alternated+capillary+liquid+chromatography+electrospray+ionization+and+LC+ESI+infrared+multiphoton+dissociation+Fourier+transform+ion+cyclotron+resonance+mass+spectrometry.">Identification of intact proteins in mixtures by alternated capillary liquid chromatography electrospray ionization and LC ESI infrared multiphoton dissociation Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 71, 4397-4402 (1999).</li><li>Whitelegge, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein-Sequence+Polymorphisms+and+Post-translational+Modifications+in+Proteins+from+Human+Saliva+using+Top-Down+Fourier-transform+Ion+Cyclotron+Resonance+Mass+Spectrometry.">Protein-Sequence Polymorphisms and Post-translational Modifications in Proteins from Human Saliva using Top-Down Fourier-transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry.</a> Int. J. Mass Spectrom. 268, 190-197 (2007).</li><li>Castro, P., Tovar, J. A., Jaramillo, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adhesion+of+Streptococcus+mutans+to+salivary+proteins+in+caries-free+and+caries-susceptible+individuals.">Adhesion of Streptococcus mutans to salivary proteins in caries-free and caries-susceptible individuals.</a> Acta Odontol. Latinoam. 19, 59-66 (2006).</li><li>Challacombe, S. J., Sweet, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oral+mucosal+immunity+and+HIV+infection:+current+status.">Oral mucosal immunity and HIV infection: current status.</a> Oral Dis. 8, 55-62 (2002).</li><li>Jensen, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Salivary+acidic+proline-rich+proteins+in+rheumatoid+arthritis.">Salivary acidic proline-rich proteins in rheumatoid arthritis.</a> Ann. N.Y. Acad. Sci. 842, 209-211 (1998).</li></ol>

מצאנו כי שברי פפטידים רבים קיימים רוק מעוכלים האדם. אלו שברי פפטיד הם נגזרות של צורות שונות של פרולין עשירים בחלבונים, אקטין, אלפא עמילאז, אלפא 1 גלובין, בטא גלובין, histain 1, קרטין 1, mucin 7, הקולטן אימונוגלובולינים פולימריות, satherin, S100A9. יכול להיות שיש גורמים רבים התורמים ליי?...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם מגיב </td><td> חברה </td><td> מספר קטלוגי </td><td> תגובות </td></tr><tr><td> Polyethersulfone ממברנות </td><td> מל תאגיד </td><td></td><td> 30 kDa MWCO </td></tr><tr><td> טפלון אתילן פרופילן fluorinated צינור </td><td> אפצ&#39;רץ&#39; מדעי </td><td></td><td></td></tr><tr><td> כחול dextran </td><td> סיגמא </td><td></td><td></td></tr><tr><td> ננו LC מערכת </td><td> Eksigent </td><td></td><td></td></tr><tr><td> מלכודת C18 עמודה </td><td> Agilent </td><td> 5065-9913 </td><td></td></tr><tr><td> LTQ ליניארי יון במלכודת ספקטרומטר מסה </td><td> תרמו פישר </td><td></td><td></td></tr><tr><td> הקוסם 2 </td><td> Sage-N Research </td><td></td><td></td></tr><tr><td> חומצה פורמית אצטוניטריל-0.1% </td><td> JT בייקר </td><td> 9832-03 </td><td> LC / MS כיתה </td></tr><tr><td> חומצה פורמית מים 0.1% </td><td> JT בייקר </td><td> 9834-03 </td><td> LC / MS כיתה </td></tr></tbody></table>

sampling human indigenous saliva peptidome using a lollipop-like ultrafiltration probe: simplify and enhance peptide detection for clinical mass spectrometry

למרות רוק proteome האדם peptidome נחשפו 1-2 הם זוהו majorly מ tryptic מעכל חלבונים רוק. זיהוי peptidome המקומית של רוק אדם ללא עיכול מוקדם עם אנזימים אקסוגניים הופך הכרחי, שכן פפטידים מקומיים המצויים ברוק האדם לספק ערכים פוטנציאליים לאבחון מחלות, לחזות את התקדמות המחלה, ומעקב אחר היעילות הטיפולית. הדגימה המתאים הוא שלב קריטי להגברת ההזדהות של האדם peptidome הרוק המקומית. השיטות המסורתיות של דגימת רוק האנושי הכרוך צנטריפוגה כדי להסיר שאריות 3-4 אולי זמן רב מדי כדי להיות ישים לשימוש קליני. יתר על כן, סילוק פסולת על ידי צנטריפוגה ייתכן שלא תוכל לנקות את רוב פתוגנים נגועים ולהסיר את החלבונים שפע גבוהה כי לעתים קרובות לעכב את זיהוי peptidome שפע נמוכה. גישות proteomic קונבנציונאלי כי פרימרילי לנצל דו מימדי ג&#39;ל אלקטרופורזה (2-DE) ג &#39;ל ב הצמידה עם עיכול ג&#39;ל מסוגלים לזהות חלבונים רוק רבים 5-6. עם זאת, גישה זו היא בדרך כלל לא רגיש מספיק כדי לזהות פפטידים שפע נמוך / חלבונים. כרומטוגרפיה נוזלית-Mass ספקטרומטריית (LC-MS) proteomics מבוססי מהווה חלופה שיכולה לזהות חלבונים ללא הפרדה 2-DE מוקדמת. אמנם גישה זו מספקת רגישות גבוהה יותר, זה בדרך כלל צריך מדגם לפני מראש חלוקה 7 ועיכול מראש עם טריפסין, אשר מקשה על שימוש קליני. כדי לעקוף את מכשול של ספקטרומטריית מסה עקב הכנת המדגם, פיתחנו טכניקה המכונה ultrafiltration נימי (CUF) בדיקות 8-11. נתוני המעבדה שלנו הראה כי בדיקות CUF מסוגלים ללכוד חלבונים in vivo מ microenvironments שונים בבעלי חיים באופן דינמי פולשנית 8 -11. צנטריפוגה אין צורך מאז לחץ שלילי נוצר על ידי מזרק פשוט לסגת במהלך איסוף דגימה. בדיקות CUF בשילוב עם LC-MS זיהו בהצלחה חלבונים tryptic-מתעכל 8-11. במחקר זה, אנו לשדרג את טכניקת הדגימה ultrafiltration ידי יצירת דמוי סוכריה על מקל (LLUF) ultrafiltration בדיקה שיכולה בקלות להשתלב בחלל הפה האנושי. ניתוח ישירה של LC-MS ללא העיכול טריפסין הראה כי הרוק מכיל שברי אדם indigenously פפטידים רבים שמקורם חלבונים שונים. דגימת רוק עם בדיקות LLUF להימנע צנטריפוגה אבל להסיר בצורה יעילה הרבה חלבונים ושפע גדולים יותר גבוהה. תוצאות ספקטרומטריה שלנו לידי ביטוי, כי רבים פפטידים שפע נמוכות הפכה לגילוי לאחר סינון חלבונים גדולים יותר עם בדיקות LLUF. גילוי פפטידים רוק נמוכים ושפע היה בלתי תלוי ההפרדה מרובה צעד מדגם עם כרומטוגרפיה. עבור יישומים קליניים, בדיקות LLUF לשלבד עם LC-MS היא עשויה לשמש בעתיד כדי לעקוב אחר התקדמות המחלה מהרוק.

Watch this Scientific Journal Video about Sampling Human Indigenous Saliva Peptidome Using a Lollipop-Like Ultrafiltration Probe: Simplify and Enhance Peptide Detection for Clinical Mass Spectrometry 

Sampling Human Indigenous Saliva Peptidome Using a Lollipop-Like Ultrafiltration Probe: Simplify and Enhance Peptide Detection for Clinical Mass Spectrometry

בהתחשב רוק הדגימה עבור יישומים קליניים בעתיד, כמו סוכריה על מקל (LLUF) בדיקה ultrafiltration היה מפוברק להשתלב בחלל הפה האנושי. ניתוח ישיר של רוק לא מעוכל על ידי NanoLC-LTQ ספקטרומטריית מסה הפגינו את היכולת של בדיקות LLUF להסיר חלבונים גדולים וחלבונים שפע גבוהות, ולהפוך נמוך שפע לזיהוי פפטידים יותר.

רוק הדגימה האדם Peptidome ילידים באמצעות בדיקה Lollipop-Like Ultrafiltration: פשט ולשפר גילוי פפטיד של ספקטרומטריית מסה קלינית

Although human saliva proteome and peptidome have been revealed 1-2 they were majorly identified from tryptic digests of saliva proteins. Identification ...

Research

JoVE Journal

Medicine

Using Visual and Narrative Methods to Achieve Fair Process in Clinical Care

באמצעות שיטות חזותית הנרטיב להשגת הליך הוגן בטיפול קליני

The Institute of Medicine has targeted patient-centeredness as an important area of quality improvement. A major dimension of patient-centeredness is ...

The &alpha;-test: Rapid Cell-free CD4 Enumeration Using Whole Saliva

The ÃƒÅ½Ã‚Â±-test: Rapid Cell-free CD4 Enumeration Using Whole Saliva

Α-מבחן: ראפיד נייד ללא ספירת CD4 באמצעות הרוק שלם

There is an urgent need for affordable CD4 enumeration to monitor HIV disease. CD4 enumeration is out of reach in resource-limited regions due to the time ...

Collecting Saliva and Measuring Salivary Cortisol and Alpha-amylase in Frail Community Residing Older Adults via Family Caregivers

Salivary measures have emerged in bio-behavioral research  that are easy-to-collect, minimally invasive, and relatively inexpensive  biologic markers of ...

Quantitative Mass Spectrometric Profiling of Cancer-cell Proteomes Derived From Liquid and Solid Tumors

Mass כמותי spectrometric פרופיל של Proteomes סרטן התאים נגזרים מנוזלים וגידולים מוצקים

In-depth analyses of cancer cell proteomes are needed to elucidate oncogenic pathomechanisms, as well as to identify potential drug targets and diagnostic ...

Pre-clinical Orthotopic Murine Model of Human Prostate Cancer

דגם Murine Orthotopic פרה-קליני של סרטן ערמונית האדם

To study the multifaceted biology of prostate cancer, pre-clinical in vivo models offer a range of options to uncover critical biological information ...

A Detailed Protocol for Perspiration Monitoring Using a Novel, Small, Wireless Device

פרוטוקול מפורט עבור ניטור זיעה באמצעות רומן, קטן, מכשיר אלחוטי

Perspiration monitoring can be utilized for the detection of certain diseases, such as thermoregulation and mental disorders, particularly when the ...

Absolute Quantification of A&#946;1-42 in CSF Using a Mass Spectrometric Reference Measurement Procedure

Absolute Quantification of AÃƒÆ’Ã…Â½Ãƒâ€šÃ‚Â²1-42 in CSF Using a Mass Spectrometric Reference Measurement Procedure

כימות מוחלט של Aβ<sub&gt; 1-42</sub&gt; ב CSF באמצעות הליך מדידת הפניה ההמוני spectrometric

Alzheimer's disease (AD) is the most common neurodegenerative disease among the elderly and accounts for 60-80% of all cases of dementia. Currently, the ...

A Novel Clinical Grade Isolation Method for Human Kidney Perivascular Stromal Cells

הרומן כיתה קלינית שיטת בידוד תאי סטרומה Perivascular כליה אנושית

Mesenchymal Stromal Cells (MSCs) are tissue homeostatic and immune modulatory cells that have shown beneficial effects in kidney diseases and ...

In Vitro and In Vivo Detection of Mitophagy in Human Cells, C. Elegans, and Mice

In Vitro and In Vivo Detection of Mitophagy in Human Cells, C. Elegans, and Mice

במבחנה and In Vivo זיהוי של Mitophagy ב תאים אנושיים, C. Elegansועכברים

Mitochondria are the powerhouses of cells and produce cellular energy in the form of ATP. Mitochondrial dysfunction contributes to biological aging and a ...

Surgical Training for the Implantation of Neocortical Microelectrode Arrays Using a Formaldehyde-fixed Human Cadaver Model

אימוני ניתוח ההשתלה של מערכים Neocortical Microelectrode באמצעות מודל של פורמלדהיד-קבוע גווייה אנושי

This protocol describes a procedure to assist surgeons in training for the implantation of microelectrode arrays into the neocortex of the human brain. ...