Name: solid phase synthesis of a functionalized bis-peptide using "safety catch" methodology
Uploaded: 2012-05-15T13:00:00
Duration: 11 min 42 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Solid Phase Synthesis of a Functionalized Bis-Peptide Using "Safety Catch" Methodology at JoVE.com

De auteurs willen graag Dr Zachary Z. Brown en Jennifer Alleva bedanken voor de initiële ontwikkeling van deze vaste fase synthese techniek en Matthew FL Parker voor nuttige discussies. Dit werk wordt ondersteund door de Defense Threat Reduction Agency (DOD-DTRA) (HDTRA1-09-1-0009) en de Horst Witzel Fellowship Award wordt ondersteund door Cephalon, Inc

1. Setup <ol><li> De reactie opstelling voor de vaste-fase synthese is een polypropyleen filterpatroon of glazen reactor die via polypropeen buis verbonden met een gesloten kolf onder vacuum filter zoals in figuur 1. De reactie kan worden gemengd met een magnetische roerstaaf of door stikstof door de reactor. </li><li> Een gas verdeelstuk is aangesloten op een Argon cilinder met een droogbuis en olie opvangvat wordt aanbevolen omdat hiermee het reactievat te worden opgenomen in een inerte atmosfeer en kan de verwijdering van reagentia uit gesloten containers. </li><li> Alle handelingen worden uitgevoerd in een zuurkast en de juiste persoonlijke beschermingsmiddelen (veiligheidsbril, labjas en nitril handschoenen) is vereist. </li></ol> 2. Laden Eerste Bis-Peptide Onto Resin <ol><li> Weeg 114 mg van HMBA-AM Resin (0,88 mmol / g laden, 100 mol) in 8 ml reactievat en voeg magnetische roerstaaf. Cap boven the vat met een rubber septum en zuivering van de buis met argon tenminste 5 minuten. </li><li> Intussen gewicht 117,3 mg verbinding 1 van figuur 3 (586,63 g / mol, 2eq) en 59,2 mg 1 - (mesityleen-2-sulfonyl)-3-nitro-1 ,2,4-triazool (MSNT, 296,0 g / mol, 2eq) in een 15 ml centrifugebuis wegwerp en oplossen in 2 ml watervrij dichloormethaan (DCM). Voeg 24 ul van 1-methylimidazool (NMI, 80,81 ml / mol, 3EQ) een oplossing, en roer tot volledig opgelost. </li><li> Breng de geactiveerde oplossing van het reactievat via een injectiespuit en laat roeren onder argon nacht (~ 10 uur). </li><li> Verwijder het septum en laat het reactiemengsel. Was de hars met DCM (5x) en dimethylformamide (DMF) (5x). Voer de &quot;methylrood test&quot; beschreven in paragraaf 10.1 tot en met de mate van hars belasting te beoordelen. Als de hars op rood blijft staan ​​tijdens de methylrood-test vervolgens de stappen 2.2 en 2.3 moet worden herhaald. Een gele kleur, hetgeen wijst op een negatieve methylrood test de voorkeur;kan echter omdat de resterende hydroxylgroepen wordt begrensd in de volgende stap wordt een licht positief resultaat (lichtoranje kleur hars) aanvaardbaar. </li></ol> 3. Verwijdering van de bescherming van de Eerste Bis-peptide en Gelijktijdige Resin Plafonnering <ol><li> Voeg 1 ml DCM het reactievat dan 1 ml 33% waterstofbromide in azijnzuur druppelsgewijs gedurende 30 seconden (borrelen plaatsvindt) en laat roer 15 minuten. Giet ze af en was de hars met DCM (5x) en herhaal nog een keer te verwerken. </li><li> Was de hars met DCM (5x) dan DMF (5x). Neutraliseren hars door tweemaal wassen met 5% v / v oplossing van N, N-diisopropylethylamine (DIPEA) in DMF daarna wassen met DCM (5x) en DMF (5x) weer. Voer de &quot;methylrood test&quot; en &quot;chloranil test&quot; besproken in paragraaf 10.1 en 10.2. Resultaten moeten negatief zijn voor de methylrood-test en positief voor de chloranil test. </li></ol> 4. Koppeling Boc / tBu-Beschermd Gefunctionaliseerde Bis-Amino zuur <ol><li> Opnieuw een inerte atmosfeer aan de hars-bevattende reactievat door driemaal wassen met watervrij DCM sluit vervolgens een septum en argon lijn. Spoel en was het schip door het toevoegen van 1-2 ml watervrij DCM en te laten roer gedurende 30 seconden en het aftappen van het schip tot aan de argon lijn bubbler begint te stijgen. Doe dit minstens een keer meer. </li><li> Een oplossing van 0,15 M gefunctionaliseerde bis-aminozuur (3EQ) en 245 mg 1-hydroxy-7-azabenzotriazole (HOAT, 136,11 g / mol, 18eq) in 2 ml 2:1 DCM: DMF in een vlam gedroogd proef buis onder argon atmosfeer. Voeg 47 ul van diisopropylcarbodiimide (DIC, 156,6 ml / mol, 3EQ) en schud gedurende 90 minuten. </li><li> Voeg 35 ul DIPEA (174,19 ml / mol, 2eq) in 666 ul watervrije DMF de hars en laat roeren gedurende 5 minuten. </li><li> Breng de vooraf geactiveerde bis-aminozuur oplossing reactievat via een injectiespuit en laat een nacht roeren. </li><li> Giet het reactiemengsel en tweemaal spoelen met watervrij DCM terwijl onder<html> argon. </li><li> Om de afsluiting van de diketopiperazine bevorderen toevoegen 0,25 M oplossing van HOAT (136,11 g / mol, 10eq) en DIC (156,6 ml / mol, 10eq) in 4 mL van 1:1 DCM: DMF en laat roeren onder argon gedurende 1 uur. </li><li> Verwijder het septum en laat het reactiemengsel. Was de hars met DCM (5x) en DMF (5x). Indien gewenst, voert u de &quot;chloranil test&quot; besproken in paragraaf 10.2. </li></ol> 5. Verwijdering van de bescherming van Boc / tBu-Beschermd Gefunctionaliseerde Bis-Amino Acid <ol><li> Voeg 2 ml van een oplossing van 95:5 trifluororacetic zuur (TFA) triisopropylsilaan (TIPS) aan het reactievat en laat roeren gedurende 1 uur. Giet ze af en was de hars voor ongeveer 30 seconden met DCM (5x) en herhaal proces nog een keer. </li><li> Was de hars met DCM (5x) dan DMF (5x). Neutraliseren hars door tweemaal wassen met 5% v / v oplossing in DMF DIPEA daarna wassen DCM (5x) en DMF (5x) weer. Indien gewenst, voert u de &quot;chloranil test&quot; besproken in paragraaf 10.2. </li></ol>le &quot;&gt; 6. Herhaal stap 4 en 5 naar wens te synthetiseren gerichte bis-peptide. 7. Functionaliseren de Bis-Peptide Prolidine End <ol><li> De prolidine einde van de groeiende bis-peptide kunnen onafhankelijk van elkaar kunnen worden geacyleerd door een diketopiperazine. Ook kan daartoe worden gelaten beschermd, dat deze worden gesplitst, bieden het vrije aminozuur. Indien gewenst, voert u de &quot;chloranil test&quot; besproken in de paragrafen 10.2 en koppeling efficiëntie te beoordelen. </li></ol> 8. Verwijdering van de bescherming van Fmoc en acylering van het Kwartair Einde van de Bis-Peptide <ol><li> Een 2 ml oplossing van 20% piperidine in DMF toegevoegd en de reactie gedurende 20 minuten gemengd. Giet ze af en was de hars met DMF (5x) en herhaal proces nog een keer. </li><li> Was de hars met DCM (5x) dan DMF (5x). </li><li> Bereid een 0,15 M oplossing van aminozuur (3EQ) in 2 ml N-methylpyrrolidon (NMP) bij 114 mg 2 - (7-aza-1H-benzotriazool-1-yl) -1,1,3,3-tetramethyluronium hexafluorfosfaat<html> (HATU, 380,2 g / mol, 3EQ) en 104,5 ul DIPEA (174,19 ml / mol, 6eq) en goed mengen. Toevoegen reactievat en laat roeren gedurende 6 uur. </li><li> Was de hars met DCM (5x) dan DMF (5x). </li></ol> 9. Verwijder de BOC Group van de hars Bound Amino Acid en Cleave van Resin <ol><li> Voeg 2 ml van een 1:1 TFA: DCM oplossing van het reactievat mogelijk roeren gedurende 30 minuten. Giet ze af en was de hars met DCM (5x) en herhaal nog een keer te verwerken. </li><li> Was en laat de hars gedurende 30 seconden met DCM (5x) en vervolgens DMF (5x). </li><li> Voeg 2 ml van een oplossing van 10% DIPEA in watervrije DMF en laat 24-48 uur roeren. </li><li> Verzamelen reactiemengsel in voorgewogen rondbodemkolf. Overdracht 30 pi van deze oplossing tot 450 ul van THF in een LC-MS flacon dienen voor analyse. Was de hars met extra porties van DMF en verzamelen in de rondbodemkolf dan oplosmiddel te verwijderen in vacuüm. </li></ol>dflinebreak &quot;&gt; 10. Zuivering van Bis-Peptide <ol><li> Los ruwe bis-peptide in een minimale hoeveelheid dimethyl sulfoxide (100-250 pi) en overdracht HPLC flacon inzetstuk. Plaats het inzetstuk in het autosampler van semi-prepitive HPLC-systeem (Hewlett Packard 1100 serie) uitgerust met een XTerra Prep MS C18 5 micrometer 7.8x150 mm kolom en een 100 ul injectie lus. </li><li> Voer meerdere injecties 50 ul van het monster met een gradiënt programma van 5-95% acetonitril in water met 0,1% mierezuur 30 minuten terwijl de controle bij 274 nm. Verzamel het product piek in een vooraf gewogen wegwerp centrifugebuis en vries droog met een vriesdroger. Voorzichtigheid moet worden genomen met de eerste run als een lichte verschuiving van de piek-retentietijd in vergelijking met analytische LCMS wordt meestal waargenomen. </li></ol> 11. Assessment Methods <ol><li> METHYLROOD TEST 7: Verwijder ~ 1 mg droge hars via disposable pipet en spoel ze in 4 ml reactievat. Voeg een oplossing van 20 mg methyl rood, 50 ul N, N&#39;-diisopropylcarbodiimide (DIC) en 5 mg 4-dimethylaminopyridine (DMAP) in 500 pi watervrij DCM en laat roeren gedurende 5-10 minuten. Giet af en was hars met DCM totdat het filtraat kleurloos is. Positieve indicatie is de hars kralen resterende oranje of rood. </li><li> Chloranil TEST 12: Transfer ~ 1 mg droge hars in een kleine flacon via disposable pipet. 3 druppels van zowel 0,8 mM chloranil in DMF oplossing en 2% aceetaldehyde in DMF oplossing laten staan ​​bij kamertemperatuur gedurende 5-10 minuten. Positieve indicatie is de hars kralen draaien blauw / paars. </li><li> ACTIVERING TRAP TEST: Actieve verbindingen tijdens de synthese kan worden beoordeeld door de overdracht van een kleine hoeveelheid (5-10 pi) van de geactiveerde oplossing voor een vloeistofchromatografie-massaspectrometrie (LC-MS) flacon met 50 ul van pyrrolidine. Meng met de hand voor een paar seconden (solutiop zou moeten worden geel) verdun vervolgens met 450 ul van tetrahydrofuran (THF) en in te dienen voor LC-MS-analyse. </li><li> ANALYTISCH LC-MS: Het uiteindelijke product en geactiveerde tussenproducten kunnen worden beoordeeld met behulp van een HP 1200 serie LC-MS-systeem uitgerust met een Waters Xterra MS C18 3,5 micrometer 4,6 mm x 150 mm kolom en een gradiënt systeem van 5-95% acetonitril in water met 0,1% mierenzuur gedurende 30 minuten. </li></ol> 12. Representatieve resultaten Een voorbeeld van zowel ruwe (figuur 4) en gezuiverd (figuur 5) LCMS sporen zijn aangebracht. Gezuiverd opbrengst van ongeveer 10% verwacht volgens de methoden zoals hierboven beschreven. <img alt="Figuur 1" src="/files/ftp_upload/4112/4112fig1.jpg" /> Figuur 1. Schema van experimentele set-up voor vaste-fase synthese. <img alt="Figuur 2" src="/files/ftp_upload/4112/4112fig2.jpg" /> Figuur 2.Relevante nomenclatuur van de Bis-aminozuren / Bis-peptiden. <img alt="Figuur 3" src="/files/ftp_upload/4112/4112fig3.jpg" /> Figuur 3. Algemene synthetische Scheme. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/4112/4112fig3large.jpg" target="_blank">Klik hier voor een grotere afbeelding te bekijken</a> . <img alt="Figuur 4a" src="/files/ftp_upload/4112/4112fig4a.jpg" /> Figuur 4a. HPLC-Trace van het ruwe product op 274 nm. <img alt="Figuur 4b" src="/files/ftp_upload/4112/4112fig4b.jpg" /> Figuur 4b. MS spectrum van ruwe product Peak. <img alt="Figuur 5a" src="/files/ftp_upload/4112/4112fig5a.jpg" /> Figuur 5a. HPLC-Trace van de gezuiverde product op 274 nm. <img alt="Figuur 5b" src="/files/ftp_upload/4112/4112fig5b.jpg" /> Figuur 5b. MS Spectrum van gezuiverd Product Peak.

<ol>
	<li>Atherton, E., Sheppard, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach. , (1989).</li><li>Brown, Z. Z., Alleva, J., Schafmeister, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Solid-Phase+Synthesis+of+Functionalized+Bis-Peptides.">Solid-Phase Synthesis of Functionalized Bis-Peptides.</a> Biopolymers. 96, 578-585 (2010).</li><li>Schafmeister, C. E., Brown, Z. Z., Gupta, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shape-Programmable+Macromolecules.">Shape-Programmable Macromolecules.</a> Acc. Chem. Res. 41, 1387-1398 (2008).</li><li>Brown, Z. Z., Schafmeister, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+Hexa-+and+Pentasubstituted+Diketopiperazines+from+Sterically+Hindered+Amino+Acids.">Synthesis of Hexa- and Pentasubstituted Diketopiperazines from Sterically Hindered Amino Acids.</a> Org. Let. 12, 1436-1439 (2010).</li><li>Nielson, J., Lyngso, L. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combinatorial+Solid-Phase+Synthesis+of+Balanol+Analogues.">Combinatorial Solid-Phase Synthesis of Balanol Analogues.</a> Tet. Lett. 37, 8439-8442 (1996).</li><li>Blankemeyer-Menge, B., Nimtz, M., Frank, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Efficient+Method+for+Anchoring+Fmoc-Amino+Acids+to+Hydroxyl-Functionalized+Solid+Supports.">An Efficient Method for Anchoring Fmoc-Amino Acids to Hydroxyl-Functionalized Solid Supports.</a> Tet. Lett. 31, 1701-1704 (1990).</li><li>Komba, S., Sasaki, S., Machida, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+New+Colorimetric+Test+for+Detection+of+Hydroxyl+Groups+in+Solid-Phase+Synthesis.">A New Colorimetric Test for Detection of Hydroxyl Groups in Solid-Phase Synthesis.</a> Tet. Lett. 48, 2075-2078 (2007).</li><li>Demner, O., Dijkgraaf, I., Schottelius, M., Wester, H. J., Kessler, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Introduction+of+Functional+Groups+into+Peptides+via+N-Alkylation.">Introduction of Functional Groups into Peptides via N-Alkylation.</a> Org. Lett. 10, 2015-2018 (2008).</li><li>Plas, S. E. V. a. n. d. e. r., Van Hoeck, E., Lynen, F., Sandra, P., Madder, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+a+New+SPE+Material+for+EDCs:+Fully+Automated+Synthesis+of+a+Library+of+Tripodal+Receptors+Followed+by+Fast+Screening+by+Affinity+LC.">Toward a New SPE Material for EDCs: Fully Automated Synthesis of a Library of Tripodal Receptors Followed by Fast Screening by Affinity LC.</a> Eur. J. Org. Chem. 11, 1796-1805 (2009).</li><li>Kaiser, E., Colescot, R. L., Bossinger, C. D., Cook, P. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Color+Test+for+Detection+of+Free+Terminal+Amino+Groups+in+Solid-Phase+Synthesis+of+Peptides.">Color Test for Detection of Free Terminal Amino Groups in Solid-Phase Synthesis of Peptides.</a> Anal. Biochem. 34, 595-598 (1970).</li><li>Chan, W. C., White, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Fmoc Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach. , (2000).</li><li>Vojkovsky, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+Secondary+Amines+on+Solid-Phase.">Detection of Secondary Amines on Solid-Phase.</a> Peptide Research. 71, 236-237 (1995).</li></ol>

Geen belangenconflicten verklaard.

De synthetische benadering die hierin in een werkwijze voor de synthese van gefunctionaliseerde bis-peptiden van bis-aminozuur bouwstenen gebruikelijke vaste-fase peptide synthese technieken. Het monomeer synthese van deze &quot;Pro4&quot; bouwstenen van trans-4-hydroxyproline 3 is zeer schaalbaar en is met succes afgerond aan de hydantoïne stadium bij een 600 mmol (234 g) schaal (niet gepubliceerd). Zodra de monomeren in de hand, het gebruik van vaste-fase techniek geeft een snellere methode bis-peptidesynthese dan de huidige oplossing fase methode 4 door overbodig reactie werk-ups en tussenliggende reinigingen. De primaire uitdaging vaste-fase synthese diagnose synthetische vooruitgang en oplossen aangezien geen tussenproducten worden geïsoleerd. Dit heeft geleid tot de ontwikkeling van vele colorimetrische testen waaronder die dat aangeeft of gratis amines (Kaiser Test 10) of gratis hydroxYLS (Methyl Red Test 7) worden blootgesteld op de hars. Helaas is de gebruikte Kaiser Test 10 niet algemeen toepasbaar in vaste-fase synthese door de vrijwel uitsluitend gebruik van secundaire aminen of aminen aan een quaternair koolstof. Andere opties voor beoordeling op HMBA hars onder andere breuklijnen-test met behulp van een nucleofiel, zoals hydrazine 11, kwantitatieve Fmoc decollete gecontroleerd door UV / Vis 1,11, en ​​vangen en analyseren van binnenkomende geactiveerd verbindingen. Een ander over het hoofd gezien probleem in vaste-fase synthese is het repetitieve karakter van synthetische stappen die nodig zijn door de operator. Met dit in het achterhoofd, de auteurs raden het gebruik van een spreadsheet of een checklist bij het uitvoeren van handmatige vaste-fase peptide synthese. De moeilijkheid met in bis-peptiden voor vaste-fase synthese opzichte gemeenschappelijke α-aminozuren bevat de mogelijke moeilijker koppelingen door sterische hindrance, de behoefte aan on-hars diketopiperazine sluitingen, en gelijktijdige deprotections (Boc / tBu; Cbz / tBu). Een andere moeilijkheid ligt in het bereiken van kwantitatieve vrijlating uit de hars met behulp van deze &quot;veiligheidspal&quot; methode in vergelijking met meer conventionele middelen. Met deze factoren in het achterhoofd, is het heel goed mogelijk dat een verdere optimalisatie van deze methode kan worden bereikt en de huidige inspanningen zijn aan de gang in onze groep om de methode hier gepresenteerde verbeteren.

<table border="1"><tr><td> Naam </td><td> Vennootschap </td><td> Catalogus nummer </td><td> Reacties </td></tr><tr><td> HMBA-Am Resin </td><td> Novabiochem </td><td> 855018 </td><td></td></tr><tr><td> MSNT </td><td> Novabiochem </td><td> 851011 </td><td></td></tr><tr><td> NMI </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 336092 </td><td> Giftig, bijtend </td></tr><tr><td> DCM </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> <a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&amp;N4=D65100%7CSIAL&amp;N5=SEARCH_CONCAT_PNO%7CBRAND_KEY&amp;F=SPEC" target="_blank">D65100</a> </td><td> Kankerverwekkende </td></tr><tr><td> Watervrij DCM </td><td> Acros </td><td> 34846 </td><td> Kankerverwekkende </td></tr><tr><td> 33% waterstofbromide in azijnzuur </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 248630 </td><td> Toxic, Corrosive, rook wanneer het open is </td></tr><tr><td> DIPEA </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 387649 </td><td> Brandbaar, giftig, bijtend </td></tr><tr><td> DMF </td><td> Fisher Scientific </td><td> AC27960 </td><td> Brandbare, Toxic </td></tr><tr><td> Watervrije DMF </td><td> Acros </td><td> 34843 </td><td> Brandbare, Toxic </td></tr><tr><td> HOAT </td><td> GenScript </td><td> C01568 </td><td></td></tr><tr><td> DIC </td><td> Acros </td><td> BP590 </td><td> Brandbaar, giftig, bijtend </td></tr><tr><td> TFA </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> T6508 </td><td> Giftig, bijtend </td></tr><tr><td> TIPS </td><td> Acros </td><td> 21492 </td><td> Brandbare, Toxic </td></tr><tr><td> Piperidine </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 104094 </td><td> Brandbaar, giftig, bijtend </td></tr><tr><td> HATU </td><td> GenScript </td><td> C01566 </td><td&gt; Toxic </td></tr><tr><td> NMP </td><td> Acros </td><td> 36438 </td><td> Giftig </td></tr><tr><td> DMAP </td><td> Novabiochem </td><td> 851055 </td><td> Giftig </td></tr><tr><td> Methyl Red </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 250198 </td><td></td></tr><tr><td> THF </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 401757 </td><td> Brandbaar, giftig, Peroxide Vormen </td></tr><tr><td> Pyrrolidine </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> P73803 </td><td> Brandbaar, giftig, bijtend </td></tr><tr><td> Dimethylsulfoxide </td><td> Visser </td><td> D1281 </td><td></td></tr><tr><td> SPPS reactievaten </td><td> Grace </td><td> 211108 </td><td></td></tr><tr><td> LCMS </td><td> Agilent </td><td> 1200 serie </td><td></td></tr><tr><td> Semi-Prep LC </td><td> Hewlett Packard </td><td> 1100 Series </td><td></td></tr><tr&gt; <td> Vriesdroger </td><td> Labconco </td><td> 7934027 </td><td></td></tr><tr><td> Rotovapor </td><td> Buchi </td><td> R-210 Series </td><td></td></tr><tr><td> Argon </td><td> Airgas </td><td> AR PP300CT </td><td></td></tr></table>

solid phase synthesis of a functionalized bis-peptide using "safety catch" methodology

In 1962, RB Merrifield gepubliceerd eerste procedure met vaste-fase peptide synthese als nieuwe route efficiënt synthetiseren peptiden. Deze techniek bleek al snel voordelig ten opzichte van zijn oplossing-fase voorganger, zowel in tijd en arbeid. Verbeteringen met betrekking tot de aard van de vaste drager, de beschermende groepen gebruikt en de koppeling methoden die in de afgelopen vijf decennia alleen maar toegenomen het nut van de oorspronkelijke systeem Merrifield&#39;s. Vandaag de dag gebruik van een Boc-gebaseerde beveiligings-en basis / nucleofiel splitsbare hars strategie of Fmoc-gebaseerde beveiliging en zure splitsbare hars strategie, ontwikkeld door RC Sheppard, worden het meest gebruikt voor de synthese van peptiden 1. Ingegeven door vaste gedragen strategie Merrifield, hebben wij een Boc / tert-butyl vaste-fase synthese strategie voor de montage van gefunctionaliseerde bis-peptiden 2, die hierin wordt beschreven. Het gebruik van vaste-fase synthese opzichte to oplossing fase methode is niet alleen gunstig in tijd en arbeid als beschreven door Merrifield een, maar kan ook gemakkelijker in de synthese van bis-peptide libraries. De synthese die we tonen hier is uitgerust met een decollete laatste stadium dat gebruik maakt van een twee-stap &quot;veiligheidspal&quot; mechanisme om de gefunctionaliseerde bis-peptide vrij te maken uit de hars door diketopiperazine formatie. Bis-peptiden stijve spiro-ladder oligomeren van bis-aminozuren die in staat functionaliteit positioneren in een voorspelbare en ontwerpbaar wijze bestuurd door het type en stereochemie van de monomere eenheden en de verbinding tussen elk monomeer. Elke bis-aminozuur is een stereochemisch zuiver cyclische steiger die twee aminozuren (een carbonzuur met een α-amine) 3,4 bevat. Ons laboratorium onderzoekt momenteel de mogelijkheden van functionele bis-peptiden in een breed scala van gebieden zoals katalyse, eiwit-eiwit interacties en nanomaterials.

Watch this Scientific Journal Video about Solid Phase Synthesis of a Functionalized Bis-Peptide Using "Safety Catch" Methodology at JoVE.com

Solid Phase Synthesis of a Functionalized Bis-Peptide Using "Safety Catch" Methodology

De efficiënte solid-phase peptide synthese van een gefunctionaliseerde bis-peptide trimeer gebruik te maken van een &quot;veiligheidspal&quot; decollete procedure vanaf HMBA hars wordt beschreven.

Vaste fase synthese van een gefunctionaliseerd Bis-Peptide Met behulp van &quot;Veiligheid Catch&quot; Methodologie

In 1962, R.B. Merrifield published the first procedure using solid-phase peptide synthesis as a novel route to efficiently synthesize peptides. This ...

Research

JoVE Journal

Biology

Synthesis and Calibration of Phosphorescent Nanoprobes for Oxygen Imaging in Biological Systems

Synthese en Kalibratie van Phosphorescent nanosondes voor zuurstof Imaging in Biological Systems

Oxygen measurement by phosphorescence quenching [1, 2] consists of the following steps: 1) the probe is delivered into the medium of interest (e.g. blood ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

Met behulp van de GELFREE 8100 Fractionering System for Molecular Weight-Based Fractionering met Liquid Phase Recovery

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Multiplexed Fluorometric ImmunoAssay Testing Methodology and Troubleshooting

Multiplexed fluorometrische Immunoassay Methodiek en problemen oplossen

To ensure the quality of animal models used in biomedical research we have developed a number of diagnostic testing strategies and methods to determine if ...

A Liquid Phase Affinity Capture Assay Using Magnetic Beads to Study Protein-Protein Interaction: The Poliovirus-Nanobody Example

Een vloeibare fase Affiniteit Capture test met behulp van magnetische korrels aan eiwit-eiwit interactie te bestuderen: het poliovirus-Nanobody Voorbeeld

In this article, a simple, quantitative, liquid phase affinity capture assay is presented. Provided that one protein can be tagged and another protein ...

Introduction to Solid Supported Membrane Based Electrophysiology

Inleiding tot de vaste Ondersteunde Membrane Gebaseerd Electrofysiologie

The electrophysiological method we present is based on a solid supported membrane (SSM) composed of an octadecanethiol layer chemisorbed on a gold coated ...

Synthesis of Wavelength-shifting DNA Hybridization Probes by Using Photostable Cyanine Dyes

Synthese van golflengteverschuivende DNA hybridisatie sondes met behulp Fotostabiele Cyanine Dyes

In this protocol, we demonstrate a method for the synthesis of 2&#39;-alkyne modified deoxyribonucleic acid (DNA) strands by automated solid phase ...

Dry Root Rot Disease Assays in Chickpea: a Detailed Methodology

Dry Root Rot Disease Assays in Chickpea: een gedetailleerde methodologie

Dry root rot (DRR) disease is an emerging biotic stress threat to chickpea cultivation around the world. It is caused by a soil-borne fungal pathogen, ...

Functionalized Spirocyclic Heterocycle Synthesis and Cytotoxicity Assay

Gefunctionaliseerde spirocyclische heterocyclussynthese en cytotoxiciteitstest

Spirocyclic heterocycles have recently been reported in literature to be potential drugs for cancer therapy. The synthesis of these novel orthogonal ring ...

Isolation and Analysis of Traceable and Functionalized Extracellular Vesicles from the Plasma and Solid Tissues

Isolatie en analyse van traceerbare en gefunctionaliseerde extracellulaire blaasjes uit het plasma en vaste weefsels

Circulating and tissue-resident extracellular vesicles (EVs) represent promising targets as novel theranostic biomarkers, and they emerge as important ...

Determination of S-Phase Duration Using 5-Ethynyl-2'-deoxyuridine Incorporation in Saccharomyces cerevisiae

Determination of S-Phase Duration Using 5-Ethynyl-2'-deoxyuridine Incorporation in Saccharomyces cerevisiae

Bepaling van de S-faseduur met behulp van 5-ethynyl-2'-deoxyuridine-opname in Saccharomyces cerevisiae

Eukaryotic DNA replication is a highly regulated process that ensures that the genetic blueprint of a cell is correctly duplicated prior to chromosome ...