Name: fabrication and use of microenvironment microarrays (mearrays)
Uploaded: 2012-10-11T12:00:00
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ML支持，由NIA（R00AG033176和R01AG040081）和实验室指导研究和发展，美国能源部能源合同＃DE-AC02-05CH11231。

1。印刷基质准备使用聚二甲基硅氧烷（PDMS）涂层或聚丙烯酰胺（PA）涂层幻灯片的决定取决于实验设计的重要参数。两种聚合物的弹性模量能够被调谐到不同的组织中，通过改变碱/固化的PDMS比，和丙烯酰胺/双丙烯酰胺的比例的PA的刚度模仿。 PDMS可以模仿较硬组织在1-10MPa的（ 如软骨，角膜，动脉壁）的范围内，和PA可以模仿较软组织中的范围为100Pa-100kPa的（ 例如?...

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	<li>Bissell, M. J., Labarge, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Context,+tissue+plasticity,+and+cancer:+are+tumor+stem+cells+also+regulated+by+the+microenvironment.">Context, tissue plasticity, and cancer: are tumor stem cells also regulated by the microenvironment.</a> Cancer Cell. 7, 17-23 (2005).</li><li>Engler, A. J., Sen, S., Sweeney, H. L., Discher, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Matrix+elasticity+directs+stem+cell+lineage+specification.">Matrix elasticity directs stem cell lineage specification.</a> Cell. 126, 677-689 (2006).</li><li>McBeath, R., Pirone, D. M., Nelson, C. M., Bhadriraju, K., Chen, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+shape,+cytoskeletal+tension,+and+RhoA+regulate+stem+cell+lineage+commitment.">Cell shape, cytoskeletal tension, and RhoA regulate stem cell lineage commitment.</a> Dev. Cell. 6, 483-495 (2004).</li><li>LaBarge, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+mammary+progenitor+cell+fate+decsions+are+products+of+interactions+with+combinatorial+microenvironments.">Human mammary progenitor cell fate decsions are products of interactions with combinatorial microenvironments.</a> Integrative Biology. 1, 70-79 (2009).</li><li>Kim, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Patterning+Methods+for+Polymers+in+Cell+and+Tissue+Engineering.">Patterning Methods for Polymers in Cell and Tissue Engineering.</a> Annals of biomedical engineering. , (2012).</li><li>Boudou, T., Ohayon, J., Picart, C., Pettigrew, R. I., Tracqui, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nonlinear+elastic+properties+of+polyacrylamide+gels:+implications+for+quantification+of+cellular+forces.">Nonlinear elastic properties of polyacrylamide gels: implications for quantification of cellular forces.</a> Biorheology. 46, 191-205 (2009).</li><li>Tse, J. R., Engler, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparation+of+hydrogel+substrates+with+tunable+mechanical+properties.">Preparation of hydrogel substrates with tunable mechanical properties.</a> Current protocols in cell biology. Chapter 10, Unit 10 (2010).</li><li>Flaim, C. J., Chien, S., Bhatia, S. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+extracellular+matrix+microarray+for+probing+cellular+differentiation.">An extracellular matrix microarray for probing cellular differentiation.</a> Nat. Methods. 2, 119-125 (2005).</li><li>Soen, Y., Mori, A., Palmer, T. D., Brown, P. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+the+regulation+of+human+neural+precursor+cell+differentiation+using+arrays+of+signaling+microenvironments.">Exploring the regulation of human neural precursor cell differentiation using arrays of signaling microenvironments.</a> Mol. Syst. Biol. 2, 37 (2006).</li></ol>

MEArray这里介绍的方法使细胞的组合微环境的相互作用4的功能分析。 MEArray分析相结合的基本缩微技术，细胞生物学，基因芯片印刷的机器人和分析设备，可在许多多用户设施的使用。 MEArray屏幕是与最贴壁细胞类型兼容，虽然在某些情况下，可能需要进行调整，无血清培养基配方包括BSA或&lt;1％血清，从而可以提高附着。该方法只限于由试剂用于分析一个给定的细胞功能的可用性，基于?...

<table border="1"><tbody><tr><td> 的试剂的名称 </td><td> 公司 </td><td> 目录号 </td><td> 评论（可选） </td></tr><tr><td>载玻片25毫米×75毫米</td><td> VWR </td><td> 48311-600 </td><td></td></tr><tr><td> 24毫米×50毫米盖玻片（第1号） </td><td> VWR </td><td> 48393-241 </td><td></td></tr><tr><td>染色盘（或Coplan JAR） </td><td> VWR </td><td> 25461-003 </td><td></td></tr><tr><td>皮氏培养皿（15厘米） </td><td> BD猎鹰</td><td> 351058 </td><td></td></tr><tr><td> NaOH溶液（1.0N） </td><td> Sigma-Aldrich公司</td><td> S2567 </td><td></td></tr><tr><td> APES的（&gt; 98％（3 - 氨基丙基）三乙氧基硅烷） </td><td> Sigma-Aldrich公司</td><td> A3648 </td><td></td></tr><tr><td>戊二醛</td><td> Sigma-Aldrich公司</td><td> G7651 </td><td> 50％水</td></tr><tr><td> APS（&gt; 98％过硫酸铵） </td><td>小号IGMA公司</td><td> A3678 </td><td>准备10％的工作DDH 2 O </td></tr><tr><td> TEMED（N，N，N&#39;，N&#39;-四甲基乙二胺） </td><td> Sigma-Aldrich公司</td><td> T9281 </td><td></td></tr><tr><td>丙烯酰胺（40％） </td><td> Sigma-Aldrich公司</td><td> A4058 </td><td></td></tr><tr><td>双 - 丙烯酰胺（2％w / v的） </td><td>费舍尔生物</td><td> BP1404-250 </td><td></td></tr><tr><td> 0.45微米针头式过滤器4毫米的尼龙</td><td>的Nalgene </td><td> 176-0045 </td><td></td></tr><tr><td> FITC </td><td> Sigma-Aldrich公司</td><td> F4274 </td><td></td></tr><tr><td> PDMS（聚二甲基硅氧烷） </td><td>道康宁</td><td> 3097358-1004 </td><td> Sylgard的184弹性体套件，通过安士澳粘合剂</td></tr><tr><td> 2 - 室玻片</td><td> NUNC </td><td> 177380 </td><td></td></tr><tr><td>普朗尼克F108 </td><td>巴斯夫</td><td> 30089186 </td><td></td></tr><tr><td> AQUarium密封胶</td><td>道康宁</td><td> DAP 00688 </td><td></td></tr><tr><td> Fluormount-G </td><td>南方生物技术</td><td> 0100-01 </td><td></td></tr><tr><td>一次性塑料杯</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>压舌板</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>丁腈手套</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>塑料显微镜载物片盒</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>旋转涂布机</td><td> WS-400B-6NPP/LITE </td><td>劳雷尔技术公司</td><td></td></tr><tr><td>烤箱</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>数码烤盘</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> 384 - 孔板</td><td></td><td></td><td>一个品牌的合适的芯片机器人</td></tr><tr><td>微阵列印刷机械</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>倒相和荧光显微镜</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>轴突微阵列扫描仪</td><td> Molecular Devices公司</td><td></td><td>存在多种配置</td></tr></tbody></table>

fabrication and use of microenvironment microarrays (mearrays)

细胞和其周围的微环境之间的相互作用，有功能的细胞行为的后果。在单细胞水平上，不同的微环境，可以并处分化，迁移和增殖表型，并在组织水平上的微处理复杂的形态发生和肿瘤发生1。不仅做的细胞和分子影响细胞的微环境内，但这样做的组织的弹性和几何。细胞 - 细胞 - 细胞外基质，和可溶性因子交互作用的总和定义为，在除了物理特性，在微环境是复杂的。内的组织的细胞的表型是部分由于它们的基因组的内容和部分由于与微环境的组合的相互作用。一个主要挑战是连接特定组合的微环境的组成部分，具有鲜明的行为。 ENT“&gt;在这里，我们提出基于细胞的功能筛选的组合微环境的相互作用与4的微芯片（MEArray”）平台。该方法可同时控制的分子组成和弹性模量，并结合广泛使用的芯片的使用和缩微技术。MEArray屏幕需要最少为10,000细胞，每个阵列，这有利于功能研究罕见的细胞类型，如成年祖细胞。该技术的一个限制是，整个组织的微环境可以不被完全扼要重述上MEArrays。然而，比较反应在相同的细胞类型中的大量相关的微环境，例如成对表征一个给定的组织的细胞外基质蛋白的组合，将提供如何微环境的组件引起组织特异性的功能表型的洞察。 可以使用各种不同的重组组打印MEArrays一族因子，细胞因子，和纯化的细胞外基质蛋白，以及它们的组合。该平台被限制仅由特定试剂的可用性。 MEArrays经得起时间推移分析，但最经常使用的细胞功能，可测量与荧光探针的终点分析。例如，常用的测量DNA的合成，细胞凋亡，收购的分化状态，或特定基因产物的生产。简单地说，这个基本流程的MEArray实验是准备与印刷基质涂覆的滑动，并准备要打印的蛋白质，是主板。然后阵列都印有微阵列机器人，允许细胞附着，生长在培养，然后进行化学固定在到达实验终点。用于成像的荧光或比色测 ​​定法，与传统的显微镜或微阵列扫描仪，以显示相关的分子和细胞的表型（ 图1）。

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Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays MEArrays

一个组合功能性筛选方法获得洞察的分子组成的微环境对细胞功能的影响。该方法充分利用了现有的基于微阵列技术来生成数组的定义组合的微环境，支持细胞的粘附和功能分析。

制造和使用微环境芯片（MEArrays）

The interactions between cells and their surrounding microenvironment have functional consequences for cellular behaviour. On the single cell level, ...

Research

JoVE Journal

Biology

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays (MEArrays)

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

使用微阵列的细菌基因表达分析

科研

生物学

PDMS Device Fabrication and Surface Modification

PDMS的设备制造和表面改性

Fabrication of the Thermoplastic Microfluidic Channels

制备热塑性微流体通道

In our lab, we have successfully isolated nucleic acids directly from microliter and submicroliter volumes of human blood, urine and stool using ...

Fabrication of Amperometric Electrodes

安培电极的制备

Carbon fiber electrodes are crucial for the detection of catecholamine release from vesicles in single cells for amperometry measurements.  Here, we ...

Fabrication of Myogenic Engineered Tissue Constructs

制作生肌工程的组织结构

Despite the fact that electronic pacemakers are life-saving medical devices, their long-term performance in pediatric patients can be problematic owing to ...

Genome-wide Analysis of Aminoacylation (Charging) Levels of tRNA Using Microarrays

Genome-wide Analysis of Aminoacylation Charging Levels of tRNA Using Microarrays

（充电）酰化tRNA的使用微阵列技术水平的全基因组分析

tRNA aminoacylation, or charging, levels can rapidly change within a cell in response to the environment[1]. Changes in tRNA charging levels in both ...

DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning

DNA微阵列：样品的质量控制，阵列杂交和扫描

Microarray expression profiling of the nervous system provides a powerful approach to identifying gene activities in different stages of development, ...

Production of Tissue Microarrays, Immunohistochemistry Staining and Digitalization Within the Human Protein Atlas

组织芯片，​​免疫组织化学染色和数字化生产在人类蛋白质图集

The  tissue microarray (TMA) technology provides the means for high-throughput  analysis of multiple tissues and cells. The technique is used within the ...

Glycan Profiling of Plant Cell Wall Polymers using Microarrays

糖基谱研究植物细胞壁聚合物，用微阵列

Plant cell walls are complex matrixes of heterogeneous glycans which play an important role in the physiology and development of plants and provide the ...

Design and Use of Multiplexed Chemostat Arrays

复用的恒化器阵列的设计与应用

Chemostats are continuous culture systems in which cells are grown in a tightly controlled, chemically constant environment where culture density is ...