Name: fabrication and use of microenvironment microarrays (mearrays)
Uploaded: 2012-10-11T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays MEArrays at JoVE.com

ML NIA (R00AG033176 ve R01AG040081) tarafından ve Laboratuvar Yönetmen Araştırma ve Geliştirme, # DE-AC02-05CH11231 Enerji sözleşme ABD tarafından desteklenmektedir.

1. Baskı Substratlarla Hazırlık (PA) polidimetilsiloksan (PDMS) kaplı veya poliakrilamid kaplı slaytları kullanma kararı deneysel tasarım önemli parametrelere bağlıdır. Hem polimerlerin elastik modülü PDMS baz / kür oranı ve PA akrilamid / bis-akrilamit oranını değiştirmeksizin farklı dokuların rijitliklerini taklit etmek ayarlanmış olabilir. PDMS 1-10MPa (örneğin, kıkırdak, kornea ve arter duvarları) aralığında sert dokuların taklit edebilir, ve PA 10...

<ol>
	<li>Bissell, M. J., Labarge, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Context,+tissue+plasticity,+and+cancer:+are+tumor+stem+cells+also+regulated+by+the+microenvironment.">Context, tissue plasticity, and cancer: are tumor stem cells also regulated by the microenvironment.</a> Cancer Cell. 7, 17-23 (2005).</li><li>Engler, A. J., Sen, S., Sweeney, H. L., Discher, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Matrix+elasticity+directs+stem+cell+lineage+specification.">Matrix elasticity directs stem cell lineage specification.</a> Cell. 126, 677-689 (2006).</li><li>McBeath, R., Pirone, D. M., Nelson, C. M., Bhadriraju, K., Chen, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+shape,+cytoskeletal+tension,+and+RhoA+regulate+stem+cell+lineage+commitment.">Cell shape, cytoskeletal tension, and RhoA regulate stem cell lineage commitment.</a> Dev. Cell. 6, 483-495 (2004).</li><li>LaBarge, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+mammary+progenitor+cell+fate+decsions+are+products+of+interactions+with+combinatorial+microenvironments.">Human mammary progenitor cell fate decsions are products of interactions with combinatorial microenvironments.</a> Integrative Biology. 1, 70-79 (2009).</li><li>Kim, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Patterning+Methods+for+Polymers+in+Cell+and+Tissue+Engineering.">Patterning Methods for Polymers in Cell and Tissue Engineering.</a> Annals of biomedical engineering. , (2012).</li><li>Boudou, T., Ohayon, J., Picart, C., Pettigrew, R. I., Tracqui, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nonlinear+elastic+properties+of+polyacrylamide+gels:+implications+for+quantification+of+cellular+forces.">Nonlinear elastic properties of polyacrylamide gels: implications for quantification of cellular forces.</a> Biorheology. 46, 191-205 (2009).</li><li>Tse, J. R., Engler, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparation+of+hydrogel+substrates+with+tunable+mechanical+properties.">Preparation of hydrogel substrates with tunable mechanical properties.</a> Current protocols in cell biology. Chapter 10, Unit 10 (2010).</li><li>Flaim, C. J., Chien, S., Bhatia, S. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+extracellular+matrix+microarray+for+probing+cellular+differentiation.">An extracellular matrix microarray for probing cellular differentiation.</a> Nat. Methods. 2, 119-125 (2005).</li><li>Soen, Y., Mori, A., Palmer, T. D., Brown, P. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+the+regulation+of+human+neural+precursor+cell+differentiation+using+arrays+of+signaling+microenvironments.">Exploring the regulation of human neural precursor cell differentiation using arrays of signaling microenvironments.</a> Mol. Syst. Biol. 2, 37 (2006).</li></ol>

Burada sunulan MEArray yöntemi hücre ve kombinatoryal mikroçevresindeki etkileşimleri 4 fonksiyonel analiz sağlar. MEArray analizi temel micropatterning teknolojileri, hücre biyolojisi ve mikroarray baskı robotlar ve birçok çok kullanıcılı tesisleri mevcuttur analiz cihazları kullanımı birleştiriyor. Serumsuz ortam formülasyonlar ek artırmak BSA ya da &lt;% 1 serum dahil etmek için bazı durumlarda ayarlanması gerekebilir rağmen MEArray ekranlar, en yapışık hücre tipleri ile uyumludur...

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar (isteğe bağlı) </td></tr><tr><td> Cam 25 mm x 75 mm slaytlar </td><td> VWR </td><td> 48311-600 </td><td></td></tr><tr><td> Cam lamelleri (no.1) 24 mm x 50 mm </td><td> VWR </td><td> 48393-241 </td><td></td></tr><tr><td> Boyama çanak (veya COPLAN jar) </td><td> VWR </td><td> 25461-003 </td><td></td></tr><tr><td> Petri kapları (15 cm) </td><td> BD Falcon </td><td> 351058 </td><td></td></tr><tr><td> NaOH (1.0N) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> S2567 </td><td></td></tr><tr><td> Maymunlar (&gt;% 98 (3-Aminopropil) triethoxysilane) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A3648 </td><td></td></tr><tr><td> Glutaraldehit </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> G7651 </td><td> Su içinde% 50 </td></tr><tr><td> APS (&gt;% 98 Amonyum Persülfat) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A3678 </td><td> GKD 2 O ile% 10 çalışma çözeltisi hazırlayın </td></tr><tr><td> TEMED (N, N, N &#39;, N&#39;-Tetramethylethylenediamine) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> T9281 </td><td></td></tr><tr><td> Akrilamid (% 40) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A4058 </td><td></td></tr><tr><td> Bis-akrilamid (% 2 w / v) </td><td> Fisher BioReagents </td><td> BP1404-250 </td><td></td></tr><tr><td> 0.45 mikron Şırınga filtresi 4-mm naylon </td><td> Nalgene </td><td> 176-0045 </td><td></td></tr><tr><td> FITC </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> F4274 </td><td></td></tr><tr><td> PDMS (polidimetilsiloksan) </td><td> Dow Corning </td><td> 3097358-1004 </td><td> Ellsworth Yapıştırıcılar aracılığıyla Sylgard 184 Elastomer kiti </td></tr><tr><td> 2 odacıklı slaytlar </td><td> NUNC </td><td> 177380 </td><td></td></tr><tr><td> Pluronic F108 </td><td> BASF </td><td> 30089186 </td><td></td></tr><tr><td> AquArium mastik </td><td> Dow Corning </td><td> DAP 00688 </td><td></td></tr><tr><td> Fluormount-G </td><td> Güney Biotech </td><td> 0100-01 </td><td></td></tr><tr><td> Tek kullanımlık plastik bardaklar </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Abeslang </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Nitril eldivenler </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Plastik mikroskop lamı kutuları </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Spin coater </td><td> WS-400B-6NPP/LITE </td><td> Laurell Technologies Corporation </td><td></td></tr><tr><td> Fırın </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Dijital hotplate </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> 384-kuyucuklu levhalar </td><td></td><td></td><td> Mikroarray robot için uygun bir marka </td></tr><tr><td> Mikroarray baskı robot </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Ters faz ve floresan mikroskop </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Akson mikroarray tarayıcılar </td><td> Molecular Devices </td><td></td><td> Çoklu konfigürasyonları mevcut </td></tr></tbody></table>

fabrication and use of microenvironment microarrays (mearrays)

Hücreler ve onların etrafındaki mikroçevrede arasındaki etkileşimler hücresel davranışı için fonksiyonel sonuçları vardır. Tek hücre düzeyinde, farklı mikroçevrelerde farklılaşma, göç ve proliferasyon fenotipleri empoze edebilir ve doku düzeyinde mikroçevrede morfolojilerinden tümörogenez 1 gibi karmaşık işler. Ancak içinde mikro etki hücrelerin hücre ve moleküler içeriği, ama böylece esneklik 2 ve doku geometrisi 3 kalmaz. Hücre-hücre,-ECM ve-çözünür faktör etkileşimlerinin toplamı olarak tanımlanan, fiziksel özelliklere ek olarak, mikro çevre karmaşıktır. Bir doku içindeki hücrelerin fenotiplerini onların genomik içeriği ve microenviroment ile kombinatoryal etkileşimleri kısmen, kısmen bağlıdır. Büyük bir meydan okuma farklı davranışları ile microenvironmental bileşenleri belirli kombinasyonları bağlamaktır. ent &quot;&gt; Burada, kombinatoryal mikroçevrelerde 4 etkileşimlerinin hücre tabanlı fonksiyonel tarama mikroçevrede mikroarray (MEArray) platformu sunmak. metodu moleküler yapısı ve elastik modülü eşzamanlı kontrolü sağlar ve yaygın olarak mevcut mikroarray kullanımı birleştiriyor ve micropatterning teknolojileri. MEArray ekranlarında yetişkin progenitör hücreler gibi nadir hücre tiplerinin fonksiyonel çalışmalar kolaylaştırır dizi başına 10.000 hücre kadar az ihtiyaç duyar. teknolojinin bir sınırlama olduğunu tüm doku mikroçevrelerde tamamen MEArrays üzerine değinmeyecek edilemez. Ancak, karşılaştırma çok sayıda ilgili mikro için aynı hücre tipi tepkiler, örneğin, belirli bir doku karakterize ECM proteinlerinin ikili kombinasyonlar, microenvironmental bileşenler doku-spesifik fonksiyonel fenotipleri temin nasıl anlaşılmasını sağlayacaktır. MEArrays rekombinant Gro geniş bir yelpazede kullanarak basılabilirwth faktörleri, sitokinler, ve saflaştırılmış ECM proteinleri ve bunların bileşimleri. Bu platform, sadece belirli reaktiflerin bulunması ile sınırlıdır. MEArrays zaman lapsed analizi mükellef bulunmaktadır, ancak en sık floresan problar ile ölçülebilen hücresel fonksiyonları bitiş noktası analizleri için kullanılır. Örneğin, DNA sentezi, apoptoz, farklılaştırılmış devletlerin edinimi, ya da belirli gen ürünlerinin üretiminde yaygın olarak ölçülür. Kısaca, deney MEArray temel akış baskı alt katman ile kaplanmış slaytlara hazırlamak için ve basılacak olan proteinlerin ana plaka hazırlamaktır. Sonra diziler bir mikroarray robot ile basılır, hücreler, iliştirin kültüründe yetişen ve daha sonra kimyasal deney bitiş noktası ulaştığınızda giderilen izin verilir. Geleneksel mikroskoplar veya mikroarray tarayıcılar ile görüntülenebilir Floresan veya kolorimetrik deneyleri, ilgili moleküler ve hücre fenotipleri (Şekil 1) ortaya çıkarmak için kullanılır.

Watch this Scientific Journal Video about Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays MEArrays at JoVE.com

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays MEArrays

Hücresel fonksiyonları üzerinde mikro moleküler bileşim etkileri ilgili bilgi sağlamak için bir kombinatoryal fonksiyonel tarama yöntemi tarif edilmektedir. Yöntemi hücre yapışması ve fonksiyonel analiz destekleyen tanımlı Kombinatoryal mikroçevrelerde diziler oluşturmak için varolan mikroarray tabanlı teknolojileri yararlanır.

Fabrikasyon ve mikroçevresindeki microarrays Kullanımı (MEArrays)

The interactions between cells and their surrounding microenvironment have functional consequences for cellular behaviour. On the single cell level, ...

Research

JoVE Journal

Biology

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays (MEArrays)

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Bakteriyel Gen İfadesi Analizi Mikroarray&#39;ler Kullanımı

PDMS Device Fabrication and Surface Modification

PDMS Cihaz İmalat ve Yüzey Modifikasyonu

Fabrication of the Thermoplastic Microfluidic Channels

Termoplastik mikroakışkan Kanallar imalatı

In our lab, we have successfully isolated nucleic acids directly from microliter and submicroliter volumes of human blood, urine and stool using ...

Fabrication of Amperometric Electrodes

Amperometrik Elektrotlar imalatı

Carbon fiber electrodes are crucial for the detection of catecholamine release from vesicles in single cells for amperometry measurements.  Here, we ...

Fabrication of Myogenic Engineered Tissue Constructs

MİYOJEN Engineered Doku oluşturur imalatı

Despite the fact that electronic pacemakers are life-saving medical devices, their long-term performance in pediatric patients can be problematic owing to ...

Genome-wide Analysis of Aminoacylation (Charging) Levels of tRNA Using Microarrays

Genome-wide Analysis of Aminoacylation Charging Levels of tRNA Using Microarrays

Mikroarray&#39;ler kullanarak tRNA Aminoacylation (Şarj) Seviyeler genom Analizi

tRNA aminoacylation, or charging, levels can rapidly change within a cell in response to the environment[1]. Changes in tRNA charging levels in both ...

DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning

DNA Mikroarray&#39;ler: Örnek Kalite Kontrol, Dizi Hibridizasyon ve Tarama

Microarray expression profiling of the nervous system provides a powerful approach to identifying gene activities in different stages of development, ...

Production of Tissue Microarrays, Immunohistochemistry Staining and Digitalization Within the Human Protein Atlas

İnsan Protein Atlas içinde Doku Mikroarray&#39;ler, İmmünohistokimya Boyama ve Sayısallaştırma Üretimi

The  tissue microarray (TMA) technology provides the means for high-throughput  analysis of multiple tissues and cells. The technique is used within the ...

Glycan Profiling of Plant Cell Wall Polymers using Microarrays

Mikroarray&#39;ler kullanarak Bitki Hücre Duvarı Polimerlerin glukanıdır Profilleme

Plant cell walls are complex matrixes of heterogeneous glycans which play an important role in the physiology and development of plants and provide the ...

Design and Use of Multiplexed Chemostat Arrays

Multiplexed kemostat Diziler Tasarımı ve Kullanımı

Chemostats are continuous culture systems in which cells are grown in a tightly controlled, chemically constant environment where culture density is ...