Name: small and wide angle x-ray scattering studies of biological macromolecules in solution
Uploaded: 2013-01-08T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Small and Wide Angle X-Ray Scattering Studies of Biological Macromolecules in Solution at JoVE.com

Biz Graz, Avusturya Avusturya Bilimler Akademisi Dr Manfred Hecus XRS arasında Kriechbaum ve Biyofizik ve Nanosistemler Araştırma Enstitüsü teşekkür etmek istiyorum. LL ve XW Ödülü No NRC-38-08-950 altında NERI-C Ödülü No DE-FG07-07ID14889 ve ABD Nükleer Düzenleme Komisyonu altında, ABD Enerji Bakanlığı tarafından kısmen desteklenmiştir. SWAXS araç aynı zamanda Ödülü No DE-NE0000325 altında, ABD Enerji Bakanlığı tarafından kısmen desteklenmektedir.

1. Numune Hazırlanması <ol><li> Numune kabından örnek bazı kaldırmak için bir iğne kullanın. * </li><li> Kılcal doldurmak için iğne kullanın (2.2 mm maksimum çapı) numune ile. Kılcal alttan 2 ve 3 cm arasında doldurulmuş olmalıdır. </li><li> Onun ucunda mum eritme tarafından kılcal kapatın. </li><li> Sökün sisteminden vakum numune tutucu. </li><li> Sigortalı sonunda (balmumu sonu) tarafından kapiller atın ve numune tutucu içine un-kaynaşmış ucunu. </li><li> Yerinde sistem ve vida geri t...

<ol>
	<li>Bernad&#243;, P., Blackledge, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+biology:+Proteins+in+dynamic+equilibrium.">Structural biology: Proteins in dynamic equilibrium.</a> Nature. 468, 1046-1048 (2010).</li><li>Zhang, F., Skoda, M. W. A., Jacobs, R. M. J., Martin, R. A., Martin, C. M., Schreiber, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+Interactions+Studied+by+SAXS:+Effect+of+Ionic+Strength+and+Protein+Concentration+for+BSA+in+Aqueous+Solutions.">Protein Interactions Studied by SAXS: Effect of Ionic Strength and Protein Concentration for BSA in Aqueous Solutions.</a> J. Phys. Chem. B. 111, 251-259 (2007).</li><li>Maranas, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+environment+on+local+dynamics+of+macromolecules.">The effect of environment on local dynamics of macromolecules.</a> Current Opinion in Colloid &amp; Interface Science. 12, 29-42 (2007).</li><li>Stribeck, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> X-Ray Scattering of Soft Matter. , (2007).</li><li>Mertens, H. D., Svergun, D. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+characterization+of+proteins+and+complexes+using+small-angle+X-ray+solution+scattering.">Structural characterization of proteins and complexes using small-angle X-ray solution scattering.</a> J. Struct. Biol. 172 (1), 128 (2010).</li><li>Svergun, D. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small-angle+X-ray+and+neutron+scattering+as+a+tool+for+structural+systems+biology.">Small-angle X-ray and neutron scattering as a tool for structural systems biology.</a> Biol. Chem. 391 (7), 737 (2010).</li><li>Putnam, C. D., Hammel, M., Hura, G. L., Tainer, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=X-ray+solution+scattering+(SAXS)+combined+with+crystallography+and+computation:+defining+accurate+macromolecular+structures,+conformations+and+assemblies+in+solution.">X-ray solution scattering (SAXS) combined with crystallography and computation: defining accurate macromolecular structures, conformations and assemblies in solution.</a> Quat. Rev. Biophys. 40, 191-285 (2007).</li><li>Bonini, M., Fratini, E., Baglioni, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SAXS+study+of+chain-like+structures+formed+by+magnetic+nanoparticles.">SAXS study of chain-like structures formed by magnetic nanoparticles.</a> Materials Science &amp; Engineering C-Biomimetic and Supramolecular Systems. 27 (5-8), 1377-1381 (2007).</li><li>Falletta, E., Ridi, F., Fratini, E., Vannucci, C., Canton, P., Bianchi, S., Castelvetro, V., Baglioni, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+tri-block+copolymer+templated+synthesis+of+gold+nanostructures.">A tri-block copolymer templated synthesis of gold nanostructures.</a> Journal of Colloid and Interface Science. 357 (1), 88-94 (2011).</li><li>Glatter, O., Scherf, G., Schillen, K., Brown, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+a+Poly(ethylene+oxide)+Poly(propylene+oxide)+Triblock+Copolymer+(EO(27)-PO39-EO(27))+in+Aqueous-Solution.">Characterization of a Poly(ethylene oxide) Poly(propylene oxide) Triblock Copolymer (EO(27)-PO39-EO(27)) in Aqueous-Solution.</a> Macromolecules. 27 (21), 6046-6054 (1994).</li><li>Mittelbach, R., Glatter, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+structure+analysis+of+small-angle+scattering+data+from+polydisperse+colloidal+particles.">Direct structure analysis of small-angle scattering data from polydisperse colloidal particles.</a> Journal of Applied Crystallography. 31, 600-608 (1998).</li></ol>

SWAXS Sistemin deneysel prosedür karşılaştırmalı analizi ile tespit edilmesi çok sayıda değişkenler için olanak sağlar. Analizinden elde edilen parametreler örnek ve deneysel düzenek göre farklı amaçlar için kullanılabilir. WAXS atomik ve mikro-ölçekli yapısı (örneğin moleküler kafes, birim hücre boyutu simetri) odaklanır ise SAXS, nano-ölçek büyüklüğü ve nesnenin şekli hakkında bilgi sağlar. Daha spesifik olarak, seyreltik çözeltiler içinde partiküller için, SAXS devi...

<table border="1"><tbody><tr><td> Ürün Adı </td><td> Şirket </td></tr><tr><td> System3 Küçük ve Geniş Açılı X-Ray Saçılma (SWAXS) Kamera </td><td> Hecus XRS ve IBN, Graz, Avusturya </td></tr><tr><td> GNOM </td><td> D. Svergun EMBL-Hamburg ATSAS 2.3 paketi </td></tr></tbody></table>

small and wide angle x-ray scattering studies of biological macromolecules in solution

Bu yazıda, makromoleküllerin Küçük ve Geniş Açı X-ışını saçılımı (SWAXS) analizi deneylerle gösterilmiştir. Ve geniş açıları (genellikle&gt; 5 °) - SWAXS X-ışınları elastik küçük açılarla (5 ° tipik 0.1) de nm aralığında homojen olmayan bir örnek tarafından dağınık bir tekniktir. Bu teknik şekil, boyut ve makromoleküller, kısmen emretti malzemeleri, gözenek boyutları ve yüzey-hacim oranı karakteristik mesafeler dağılımı hakkında bilgi sağlar. Geniş Açı X-ışını saçılımı (WAXS) dayanan 0.33 nm ve 0,49 nm arasındaki örneklerinin bile küçük Bragg aralığı çözebilirsiniz ise Küçük Açı X-ışını saçılımı (SAXS), 1 ve 200 nm arasında makromoleküllerin yapısal bilgi sunma yeteneğine sahiptir belirli bir sistem kurulumu ve dedektör. Aralık Bragg kanunu ile belirlenen ve dalga boyu ve olay açısı bağımlıdır. SWAXS bir deneyde, katı malzemeler olabilir,ya da sıvı ve herhangi bir kombinasyon halinde, aynı ya da başka bir malzeme, katı, sıvı veya gaz halindeki alanları (sözde partiküller) içerebilir. SWAXS uygulamaları çok geniş ve her türlü kolloidler şunlardır: metaller, kompozit malzemeler, çimento, petrol, polimerler, plastik, proteinler, gıdalar ve ilaçlar. Katı örnekler için, kalınlığı yaklaşık olarak 5 mm ile sınırlıdır. Bir laboratuvar tabanlı SWAXS enstrümanın Kullanımı Bu yazıda ayrıntılı olarak verilmiştir. SWAXS sistemi için mevcut yazılım (örneğin, D. Svergun EMBL-Hamburg ve EasySWAXS yazılımı tarafından GNOM-ATSAS 2.3 paket) ile bir deney Verilen örnek için ilgi belirli parametreleri belirlemek için yapılabilir. Bir biyolojik makromolekül deney bir örneği, seçilmiş ve çeşitli yöntemler vasıtasıyla hazırlanabilir, su bazlı bir sulu tampon içinde% 2 ağ lizozim analizidir. Numune hazırlanması Örnek bölümünün hazırlanması aşağıdaki kuralları takip eder. SWAXS deney sayesinde,lizozim önemli yapısal parametreler, dönme yarıçapı, örneğin analiz edilebilir.

Gyration, partikül boyutu ve şekli, çözüm yapı faktörü, belirli iç yüzeyi ve gözenek boyutu, kafes tipi ve boyut ve elektron yoğunluğu 1 yarıçapı: SAXS ve WAXS tamamen aşağıdaki parametreleri aracılığıyla numune yapısal bilgiler sağlayabilir. SAXS WAXS ve aynı zamanda protein dinamik 2 çalışması için uygulanabilir. SWAXS deneyler yapısal bilgi, deneysel olarak tespit spektrumları ve sistemin hesaplama sonuçlarının karşılaştırılma...

Watch this Scientific Journal Video about Small and Wide Angle X-Ray Scattering Studies of Biological Macromolecules in Solution at JoVE.com

Small and Wide Angle X-Ray Scattering Studies of Biological Macromolecules in Solution

Küçük ve geniş açılı X-ışını dağılma (SWAXS) prosedürünün gösteri Biyolojik makromoleküllerin çalışmada etkili olmuştur. Belirli bir açıda yöntemleri ve hazırlık enstrümantasyon ve prosedürlerin kullanımı sayesinde, SWAXS gelen deneysel veriler makromoleküllerin atomik ve nano ölçekli karakterizasyon görüntüler.

Çözüm Biyolojik Makromoleküllerin Küçük ve Geniş Açı X-Ray Saçılma Çalışmaları

In this paper, Small and Wide Angle X-ray Scattering (SWAXS) analysis of macromolecules is demonstrated through experimentation. SWAXS is a technique ...

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Biology

Bioengineering

Fundamentals

Macromolecules

SCIENTISTS IN ACTION

Electrospinning Fundamentals: Optimizing Solution and Apparatus Parameters

Elektrospinning Temelleri: Optimizasyon Çözümü ve Cihazlar Parametreleri

Electrospun nanofiber scaffolds have been shown to accelerate the maturation, improve the growth, and direct the migration of cells in vitro. ...

Fabrication of Electrochemical-DNA Biosensors for the Reagentless Detection of Nucleic Acids, Proteins and Small Molecules

Nükleik Asitler, Proteinler ve Küçük Moleküller Reagentless Algılama Elektrokimyasal DNA Biyosensörler Fabrikasyon

As medicine is currently practiced, doctors send specimens to a central laboratory for testing and thus must wait hours or days to 
receive the results. ...

Millifluidics for Chemical Synthesis and Time-resolved Mechanistic Studies

Kimyasal Sentez ve Zaman-çözülmesi Mekanistiksel Çalışmaları Millifluidics

Procedures utilizing millifluidic devices for chemical synthesis and time-resolved mechanistic studies are described by taking three examples. In the ...

Characterization Of Multi-layered Fish Scales (Atractosteus spatula) Using Nanoindentation, X-ray CT, FTIR, and SEM

Characterization Of Multi-layered Fish Scales Atractosteus spatula Using Nanoindentation, X-ray CT, FTIR, and SEM

Çok katmanlı Balık Ölçekler (Of Karakterizasyonu<em&gt; Atractosteus spatula</em&gt;) Nanoindentation, X-ray CT, FTIR ve SEM kullanma

The hierarchical architecture of protective biological materials such as mineralized fish scales, gastropod shells, ram&#8217;s horn, antlers, and turtle ...

Studying Soft-matter and Biological Systems over a Wide Length-scale from Nanometer and Micrometer Sizes at the Small-angle Neutron Diffractometer KWS-2

Küçük açılı Nötron Difraktometre KWS-2 de Nanometre ve Mikrometre Boyutları bir geniş uzunluk ölçekli üzerinde yumuşak madde ve Biyolojik Sistemleri incelenmesi

The KWS-2 SANS diffractometer is dedicated to the investigation of soft matter and biophysical systems covering a wide length scale, from nm to &#181;m. ...

The Arteriovenous (AV) Loop in a Small Animal Model to Study Angiogenesis and Vascularized Tissue Engineering

The Arteriovenous AV Loop in a Small Animal Model to Study Angiogenesis and Vascularized Tissue Engineering

Bir Küçük Hayvan Modelinde Arteriovenöz (AV) Döngü Anjiogenez ve Vaskülarize Doku Mühendisliği Eğitim için

A functional blood vessel network is a prerequisite for the survival and growth of almost all tissues and organs in the human body. Moreover, in ...

A Novel Technique for Generating and Observing Chemiluminescence in a Biological Setting

Biyolojik ortamda oluşturuluyor ve Gözlem Kemilüminesans için Yeni Bir Teknik

Intraoperative imaging techniques have the potential to make surgical interventions safer and more effective; for these reasons, such techniques are ...

Patterning Bioactive Proteins or Peptides on Hydrogel Using Photochemistry for Biological Applications

Biyoaktif proteinler veya peptidler hidrojel Photochemistry biyolojik uygulamalarda kullanarak üzerinde desenlendirme

There are many biological stimuli that can influence cell behavior and stem cell differentiation. General cell culture approaches rely on soluble factors ...

Using Nanoplasmon-Enhanced Scattering and Low-Magnification Microscope Imaging to Quantify Tumor-Derived Exosomes

Tümör türevi Exosomes ölçmek için Nanoplasmon-gelişmiş saçılma ve düşük büyütme mikroskop görüntüleme kullanma

Infected or malignant cells frequently secrete more exosomes, leading to elevated levels of disease-associated exosomes in the circulation. These exosomes ...

Use of Micro X-ray Computed Tomography with Phosphotungstic Acid Preparation to Visualize Human Fibromuscular Tissue

İnsan Fibromusküler Doku Görselleştirmek için Fosfotungstik Asit Hazırlık ile Mikro X-Ray Bilgisayarlı Tomografi Kullanımı

Manual dissection and histological observation are common methods used to investigate human tissues. However, manual dissection can damage delicate ...