Name: a microfluidic device for studying multiple distinct strains
Uploaded: 2012-11-09T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Microfluidic Device for Studying Multiple Distinct Strains at JoVE.com

YG поддерживает общение с ИБР. В это парень Алон и факультет сотрудник Edmond J ‭. ‬ Сафра Центр биоинформатики в Тель-Авивском университете ‭. ‬ Это исследование было поддержано грантом ISF 1499/10.

1. Создание ленты Scotch-Master 5 <ol><li> Ничья или распечатать желаемую микроканальных макет, масштабировать, на бумаге. В нашем случае конструкция состоит из двух Y-формы каналов, каждый шириной 3 мм (рис. 2). </li><li> Крышка стекла слайд со слоями скотча. Количество слоев определяет в?...

<ol>
	<li>Dertinger, S. K., Jiang, X., Li, Z., Murthy, V. N., Whitesides, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gradients+of+substrate-bound+laminin+orient+axonal+specification+of+neurons.">Gradients of substrate-bound laminin orient axonal specification of neurons.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 99, 12542-12547 (2002).</li><li>Hersen, P., McClean, M. N., Mahadevan, L., Ramanathan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signal+processing+by+the+HOG+MAP+kinase+pathway.">Signal processing by the HOG MAP kinase pathway.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 7165-7170 (2008).</li><li>Paliwal, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAPK-mediated+bimodal+gene+expression+and+adaptive+gradient+sensing+in+yeast.">MAPK-mediated bimodal gene expression and adaptive gradient sensing in yeast.</a> Nature. 446, 46-51 (2007).</li><li>Bennett, M. R., Hasty, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microfluidic+devices+for+measuring+gene+network+dynamics+in+single+cells.">Microfluidic devices for measuring gene network dynamics in single cells.</a> Nat. Rev. Genet. 10, 628-638 (2009).</li><li>Shrirao, A. B., Perez-Castillejos, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+Fabrication+of+Microfluidic+Devices+by+Replicating+Scotch-tape+Masters.">Simple Fabrication of Microfluidic Devices by Replicating Scotch-tape Masters.</a> Chips &#38; Tips. , (2010).</li><li>Haubert, K., Drier, T., Beebe, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PDMS+bonding+by+means+of+a+portable,+low-cost+corona+system.">PDMS bonding by means of a portable, low-cost corona system.</a> Lab Chip. 6, 1548-1549 (2006).</li><li>Gerber, D., Maerkl, S. J., Quake, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+in+vitro+microfluidic+approach+to+generating+protein-interaction+networks.">An in vitro microfluidic approach to generating protein-interaction networks.</a> Nat. Methods. 6, 71-74 (2009).</li></ol>

В этой статье мы представляем простой метод для создания настольных микрофлюидных устройство, которое позволяет следующих нескольких штаммов дрожжей одновременно в динамических условиях. После нескольких штаммов в одном канале обеспечивает надежный инструмент для сравнения динами...

Клетки постоянно реагировать на динамично изменяющейся среде, путем изменения их метаболизма, транскрипционный профиль и клеточных функций. Для изучения этих явлений, методы, которые могут количественно оценить такие изменения необходимы. Один тип отсчета для такого ответа является изменение локализации, связанные со стрессом факторов транскрипции в ответ на питании напряжением. Микрофлюидных устройств 1 были использованы для динамически манипулировать условиям окружающей среды к клеткам 2-4. Они представляют собой ряд преимуществ для живых клеток: среда клетки могут быть точно управлять и динамически изменяться, клетки могут быть живыми отображаемого во все времена, в том числе во время манипуляций внешних условий, а также минимальные объемы реагента не требуется. Очень простой дизайн для микрофлюидных устройство, позволяющее чередование двух условий, является Y-формы устройства 2. Мы регулярно использовать Y-формы микрофлюидных устройств, которые позволяютприменение динамических изменений в клетках в канале. Мы используем это устройство, чтобы следить локализации изменений флуоресцентно отмеченных связанных со стрессом факторов транскрипции в клетках дрожжей. Мы следуем этим изменениям при изменении условий питания. Например, мы можем предоставить импульса (или серии импульсов) глюкозо-среде, содержащей в течение не-глюкозы среды, в очень тонкой временное разрешение. Часто в таких экспериментах, заинтересован в сравнение ответов различных штаммов клеток (например, различные мутанты, или различные дикие штаммы). Y-образного канала ограничивается одним напряжения в каждом канале - если более чем один штамм используется, не существует простой способ отличить штаммов. Чтобы преодолеть это, разные каналы могут быть использованы. Если мы хотим применить те же условия динамику на нескольких штаммов, мы хотели бы объединить Y-канал концепции с несколькими каналами. Есть две проблемы в реализации этого решения: Это может быть трудно применить тОн же условиях, в то же время для всех каналов, и есть геометрические ограничения на количество Y-каналов, которые могут быть установлены в одном устройстве. Поэтому мы были ищете способ для просмотра нескольких штаммов в одном канале в динамических условиях. Здесь мы опишем двухслойной микрофлюидных устройство, предназначенное для работы с изображениями нескольких штаммов в одном канале при тех же динамических условиях. Нижний слой состоит из тонких PDMS с рядом отверстий. Этот слой крепится на стекло покровное создания скважины, в котором мы будем размещать различные штаммы, придерживаясь их с конканавалин к стеклу. Второй слой представляет собой Y-формы микрофлюидных устройство создается с помощью метода скотч 5. После размещения деформаций в скважинах второй слой быстро выравнивается и прикреплена к первой, создавая один канал с несколькими скважинами, которые содержат различные штаммы. Это окончательное устройство позволяет после нескольких штаммов в одном канале, где всештаммы подвергают тех же условиях, в то же самое время. Весь дизайн и процесс производства может быть сделано по крышке, используя простые средства, без мягкой литографии.

<table border="1"><tbody><tr><td> Реагент / Оборудование </td><td> Компания </td><td> Номер в каталоге </td></tr><tr><td> PDMS-Sylgard 184 </td><td> Dow Corning США </td><td></td></tr><tr><td> Вакуум-эксикатор </td><td> Nalgene </td><td> 5310-0250 </td></tr><tr><td> Биопсия перфораторы </td><td> Тед Пелла Инк </td><td> Харриса Uni-Core 15076 (2 мм), 15 074 (1,2 мм) </td></tr><tr><td> Шприцевые насосы </td><td> Chemyx </td><td> Fusion 200 </td></tr><tr><td> Corona Протравливатель </td><td> Электро-техника продукты </td><td> BD-20 </td></tr><tr><td> Tygon трубы </td><td> Tygon </td><td> S-54-HL </td></tr><tr><td> Конканавалин- </td><td> Сигма </td><td> C7275 </td></tr><tr><td> Скотч </td><td> 3M Scotch </td><td> Прозрачная лента 1/2 &quot; </td></tr></tbody></table>

a microfluidic device for studying multiple distinct strains

Изучение клеточных реакций на изменения окружающей среды ставит много экспериментальных задач: клетки должны быть отображены в меняющихся условиях, часто в сравнительном порядке. Multiwell пластин, которые обычно используются для сравнения различных штаммов или клеточные линии, но позволяют ограниченный контроль над окружающей средой динамику. Микрофлюидных устройств, с другой стороны, позволяют изысканные динамического контроля над окружающим условиям, но это сложно различить изображение и больше, чем несколько штаммов в них. Здесь мы опишем метод, чтобы легко и быстро производить микрофлюидных устройство, способное применения динамически изменяющимся условиям в нескольких различных штаммов дрожжей в одном канале. Устройство сконструировано и изготовлено простыми средствами, без необходимости для мягкой литографии. Он состоит из Y-формы проточного канала подключен к второму слою укрывательство лунок. Штаммы помещаются в отдельные лунки, и отображаемого в соответствии с точно такой же динамических условиях. Мы демоnstrate использования прибора для измерения ответы белка локализации импульсов питательных изменения в различных штаммов дрожжей.

Чтобы продемонстрировать разделение между различными штаммами мы отображаемого двух различимых штаммов дрожжей в альтернативном скважин. Изображениями полном скважин не показывает ячейки утечки между скважинами (рис. 5а, б). Оба штамма имеют MSN2 фактор транскрипции с тегом YFP....

Watch this Scientific Journal Video about A Microfluidic Device for Studying Multiple Distinct Strains at JoVE.com

A Microfluidic Device for Studying Multiple Distinct Strains

Мы приведем простой способ получения микрофлюидных устройств, способных применения аналогичных динамических условиях на нескольких различных штаммов, без необходимости в чистой комнате или мягкой литографии.

Микрофлюидных устройство для изучения нескольких различных штаммов

The study of cell responses to environmental changes poses many experimental challenges: cells need to be imaged under changing conditions, often in a ...

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Microfluidic Device for Recreating a Tumor Microenvironment in Vitro

Microfluidic Device for Recreating a Tumor Microenvironment in Vitro

Микрофлюидных устройство для воссоздания микроокружение опухоли<em&gt; В Vitro</em

We have developed a microfluidic device that mimics the delivery and systemic clearance of drugs to heterogeneous three-dimensional tumor tissues in ...

Microfluidic Mixers for Studying Protein Folding

Микрофлюидных Смесители для изучения сворачивания белков

The process by which a protein folds into its native conformation is highly relevant to biology and human health yet still poorly understood. One reason ...

Protocol for Biofilm Streamer Formation in a Microfluidic Device with Micro-pillars

Протокол биопленки Streamer формирования в микрожидкостных устройств с Micro-столбов

Several bacterial species possess the ability to attach to surfaces and colonize them in the form of thin films called biofilms. Biofilms that grow in ...

A Microfluidic Chip for ICPMS Sample Introduction

Микрожидкостных чип для МСПМС ввода пробы

This protocol discusses the fabrication and usage of a disposable low cost microfluidic chip as sample introduction system for inductively coupled plasma ...

Analyzing Mixing Inhomogeneity in a Microfluidic Device by Microscale Schlieren Technique

Анализируя смешивания неоднородности в микрожидкостных устройств по Микромасштабные шлирен техники

In this paper, we introduce the use of microscale schlieren technique to measure mixing inhomogeneity in a microfluidic device. The microscale schlieren ...

Fully Automated Centrifugal Microfluidic Device for Ultrasensitive Protein Detection from Whole Blood

Полностью автоматизированный центробежный Микрожидкостных Устройство для сверхчувствительного обнаружения белка из цельной крови

Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) is a promising method to detect small amount of proteins in biological samples. The devices providing a platform ...

Co-culture of Living Microbiome with Microengineered Human Intestinal Villi in a Gut-on-a-Chip Microfluidic Device

Совместное культивирование жизни микробиомом с Microengineered человека ворсинок кишечника в Gut-на-чипе микрожидкостных устройств

Here, we describe a protocol to perform long-term co-culture of multi-species human gut microbiome with microengineered intestinal villi in a human ...

Multi-step Variable Height Photolithography for Valved Multilayer Microfluidic Devices

Многоступенчатая переменной высоты фотолитографии для Valved Многослойные микрожидком устройств

Microfluidic systems have enabled powerful new approaches to high-throughput biochemical and biological analysis. However, there remains a barrier to ...

Dry Film Photoresist-based Electrochemical Microfluidic Biosensor Platform: Device Fabrication, On-chip Assay Preparation, and System Operation

Сухой пленки фоторезиста на основе электрохимический биодатчик Microfluidic платформа: Изготовление устройств, на чипе Assay подготовка и работы системы

In recent years, biomarker diagnostics became an indispensable tool for the diagnosis of human disease, especially for the point-of-care diagnostics. An ...