Name: mass cytometry: protocol for daily tuning and running cell samples on a cytof mass cytometer
Uploaded: 2012-11-02T14:00:00
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हम प्रतिक्रिया के लिए डॉ. इवान Newell और डॉ. शॉन Bendall धन्यवाद देना चाहूंगा. हम भी DVS विज्ञान और डॉ. शॉन Bendall मल्टी lanthanide युक्त polystyrene मोती का एक नमूना के लिए धन्यवाद देना चाहूंगा. हम NIH अनुदान 2 AI057229 U19 से धन के लिए आभारी हैं.

सभी सेल के नमूने CyTOF लिए और तय किया जाना चाहिए permeabilized. यह iridium युक्त डीएनए intercalator के अधिक से अधिक प्रविष्टि के लिए सक्षम बनाता है, और भी MilliQ पानी से धो और resuspension कदम दौरान जन cytometer में इंजेक्शन लगाने से पहले सेल तुरंत ?...

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	<li>Bandura, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+cytometry:+Technique+for+real+time+single+cell+multitarget+immunoassay+based+on+inductively+coupled+plasma+Time-of-Flight+mass+spectrometry.">Mass cytometry: Technique for real time single cell multitarget immunoassay based on inductively coupled plasma Time-of-Flight mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 81, 6813-6822 (2009).</li><li>Lou, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polymer-based+elemental+tags+for+sensitive+bioassays.">Polymer-based elemental tags for sensitive bioassays.</a> Angew. Chem., Int. Ed. 46, 6111-6114 (2007).</li><li>Majonis, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Curious+results+with+palladium-+and+platinum-carrying+polymers+in+mass+cytometry+bioassays+and+an+unexpected+application+as+a+dead+cell+stain.">Curious results with palladium- and platinum-carrying polymers in mass cytometry bioassays and an unexpected application as a dead cell stain.</a> Biomacromolecules. 12, 3997-4010 (2011).</li><li>Leipold, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+mass+cytometry+methods+for+bacterial+discrimination.">Development of mass cytometry methods for bacterial discrimination.</a> Anal. Biochem. 419, 1-8 (2011).</li><li>Bendall, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+mass+cytometry+of+differential+immune+and+drug+responses+across+a+human+hematopoietic+continuum.">Single-cell mass cytometry of differential immune and drug responses across a human hematopoietic continuum.</a> Science. 332, 687-696 (2011).</li><li>Newell, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytometry+by+Time-of-Flight+shows+combinatorial+cytokine+expression+and+virus-specific+cell+niches+within+a+continuum+of+CD8++T+cell+phenotypes.">Cytometry by Time-of-Flight shows combinatorial cytokine expression and virus-specific cell niches within a continuum of CD8+ T cell phenotypes.</a> Immunity. 36, 142-152 (2012).</li></ol>

पिछले कुछ दशकों के लिए, प्रतिदीप्ति प्रवाह cytometry एकल कक्षों का विश्लेषण करने के लिए एक workhorse विधि किया गया है दोनों सतह अभिव्यक्ति के मामले में और कार्यात्मक assays में. हालांकि, फ्लोरोसेंट रंजक वर्णक्रमीय ओव?...

<table border="1"><tbody><tr><td> अभिकर्मक के नाम </td><td> कंपनी </td><td> सूचीपत्र संख्या </td><td> टिप्पणियां </td></tr><tr><td> CyTOF टीएम बड़े पैमाने पर कोशिकामापी </td><td> DVS विज्ञान </td><td></td><td></td></tr><tr><td> समाधान धो </td><td> DVS विज्ञान </td><td> 201071 </td><td> पानी में 0.05% Hydrofluoric एसिड </td></tr><tr><td> समाधान ट्यूनिंग </td><td> DVS विज्ञान </td><td> 201072 </td><td> 0.5 पीपीएम ला, सीएस, टीबी, टीएम, आईआर, ट्रेस नाइट्रिक एसिड </td></tr><tr><td> यूरोपीय संघ युक्त polystyrene मोती </td><td> DVS विज्ञान </td><td> 201073 </td><td> मोती लगभग 1 मिलियन / एमएल में आपूर्ति, प्राकृतिक बहुतायत यूरोपीय संघ आइसोटोप शामिल </td></tr><tr><td> मल्टी lanthanide युक्त (ला / पीआर / / टीबी / Tm लू) - polystyrene मोती </td><td> DVS विज्ञान </td><td> अभी तक नहीं वाणिज्यिक उपलब्ध </td><td> सूचीबद्ध lanthanides के प्राकृतिक बहुतायत आइसोटोप शामिल </td></tr><tr><td> नाइट्रिक एसिड (केंद्रित) </td><td> फिशर साइंटिफिक </td><td> A467-500 </td><td> ऑप्टिमा ट्रेस धातु शुद्ध आईसीपी एमएस ग्रेड </td></tr><tr><td> Polystyrene सेल झरनी टोपी 5ml के साथ दौर नीचे ट्यूब </td><td> BD </td><td> 352235 </td><td> इंजेक्शन से पहले सेल के नमूने को फिल्टर करने के लिए इस्तेमाल किया </td></tr><tr><td> नॉर्म परियोजना tuberkulin सिरिंज - 1mL </td><td> Henke Sass वुल्फ </td><td> 4010-200V0 </td><td> सिलिकॉन मुक्त, लाटेकस मुक्त </td></tr><tr><td> नॉर्म परियोजना सिरिंज-3 एमएल </td><td> Henke Sass वुल्फ </td><td> 4010.000V0 </td><td> सिलिकॉन मुक्त, लाटेकस मुक्त </td></tr><tr><td> MilliQ पानी </td><td></td><td></td><td> 18 MΩ शुद्ध पानी, कांच या प्लास्टिक की बोतलों है कि वाणिज्यिक डिटर्जेंट (बेरियम वर्तमान के अपने उच्च स्तर की वजह से) के साथ धोया गया है में जमा नहीं किया जा चाहिए. </td></tr><tr><td> सीआईटीranox </td><td> सिग्मा Aldrich </td><td> Z273236 </td><td> एसिड डिटर्जेंट </td></tr><tr><td> आर्गन गैस </td><td> Praxair </td><td> 5.0UH-टी एआर </td><td> 99,999% अल्ट्रा उच्च शुद्धता </td></tr></tbody></table>

mass cytometry: protocol for daily tuning and running cell samples on a cytof mass cytometer

In recent years, the rapid analysis of single cells has commonly been performed using flow cytometry and fluorescently-labeled antibodies. However, the issue of spectral overlap of fluorophore emissions has limited the number of simultaneous probes. In contrast, the new CyTOF mass cytometer by DVS Sciences couples a liquid single-cell introduction system to an ICP-MS.1 Rather than fluorophores, chelating polymers containing highly-enriched metal isotopes are coupled to antibodies or other specific probes.2-5 Because of the metal purity and mass resolution of the mass cytometer, there is no "spectral overlap" from neighboring isotopes, and therefore no need for compensation matrices. Additionally, due to the use of lanthanide metals, there is no biological background and therefore no equivalent of autofluorescence. With a mass window spanning atomic mass 103-203, theoretically up to 100 labels could be distinguished simultaneously. Currently, more than 35 channels are available using the chelating reagents available from DVS Sciences, allowing unprecedented dissection of the immunological profile of samples.6-7
Disadvantages to mass cytometry include the strict requirement for a separate metal isotope per probe (no equivalent of forward or side scatter), and the fact that it is a destructive technique (no possibility of sorting recovery). The current configuration of the mass cytometer also has a cell transmission rate of only ~25%, thus requiring a higher input number of cells.
Optimal daily performance of the mass cytometer requires several steps. The basic goal of the optimization is to maximize the measured signal intensity of the desired metal isotopes (M) while minimizing the formation of oxides (M+16) that will decrease the M signal intensity and interfere with any desired signal at M+16. The first step is to warm up the machine so a hot, stable ICP plasma has been established. Second, the settings for current and make-up gas flow rate must be optimized on a daily basis. During sample collection, the maximum cell event rate is limited by detector efficiency and processing speed to 1000 cells/sec. However, depending on the sample quality, a slower cell event rate (300-500 cells/sec) is usually desirable to allow better resolution between cells events and thus maximize intact singlets over doublets and debris. Finally, adequate cleaning of the machine at the end of the day helps minimize background signal due to free metal.

ऊपर प्रोटोकॉल के बाद चार बातों को पूरा करना चाहिए. सबसे पहले, वार्म अप जन cytometer के लिए पर्याप्त समय की अनुमति एक गर्म, स्थिर इष्टतम संकेत और न्यूनतम ऑक्साइड गठन के लिए आवश्यक प्लाज्मा का उत्पादन होगा. दूसर...

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Mass Cytometry: Protocol for Daily Tuning and Running Cell Samples on a CyTOF Mass Cytometer

दैनिक और एक CyTOF जन कोशिकामापी के प्रदर्शन की ट्यूनिंग अनुकूलन के लिए आवश्यक कदम वर्णित हैं. इष्टतम नमूना तैयार करने और प्रवाह की दर पर चर्चा कर रहे हैं

मास Cytometry: दैनिक और एक CyTOF मास cytometer पर ट्यूनिंग रनिंग सेल के नमूने के लिए प्रोटोकॉल

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