Name: chromosome replicating timing combined with fluorescent in situ hybridization
Uploaded: 2012-12-10T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization at JoVE.com

وأيد هذا العمل من خلال منحة من المعهد الوطني للسرطان، CA131967.

1. BrdU التأسيس (وسم الطرفية) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الخلايا لوحة لنحو 70٪ التقاء في زراعة الأنسجة 150 مم على مدار 24 ساعة طبق قبل إضافة BrdU. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استبدال وسائل الإعلام مع وسائل الإعلام كاملة جديدة تحتوي على 20 ميكروغرام / مل BrdU (...

<ol>
	<li>Payer, B., Lee, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=X+chromosome+dosage+compensation:+how+mammals+keep+the+balance.">X chromosome dosage compensation: how mammals keep the balance.</a> Annu. Rev. Genet. 42, 733-772 (2008).</li><li>Breger, K. S., Smith, L., Turker, M. S., Thayer, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ionizing+radiation+induces+frequent+translocations+with+delayed+replication+and+condensation.">Ionizing radiation induces frequent translocations with delayed replication and condensation.</a> Cancer Research. 64, 8231-8238 (2004).</li><li>Smith, L., Plug, A., Thayer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Delayed+Replication+Timing+Leads+to+Delayed+Mitotic+Chromosome+Condensation+and+Chromosomal+Instability+of+Chromosome+Translocations.">Delayed Replication Timing Leads to Delayed Mitotic Chromosome Condensation and Chromosomal Instability of Chromosome Translocations.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98, 13300-13305 (2001).</li><li>Stoffregen, E. P., Donley, N., Stauffer, D., Smith, L., Thayer, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+autosomal+locus+that+controls+chromosome-wide+replication+timing+and+mono-allelicexpression.">An autosomal locus that controls chromosome-wide replication timing and mono-allelicexpression.</a> Hum. Mol. Genet. 20, 2366-2378 (2011).</li><li>Breger, K. S., Smith, L., Thayer, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Engineering+translocations+with+delayed+replication:+evidence+for+cis+control+of+chromosome+replication+timing.">Engineering translocations with delayed replication: evidence for cis control of chromosome replication timing.</a> Hum. Mol. Genet. 14, 2813-2827 (2005).</li><li>Camargo, M., Cervenka, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Patterns+of+DNA+replication+of+human+chromosomes.+II.+Replication+map+and+replication+model.">Patterns of DNA replication of human chromosomes. II. Replication map and replication model.</a> Am. J. Hum. Genet. 34, 757-780 (1982).</li><li>Cohen, S. M., Cobb, E. R., Cordeiro-Stone, M., Kaufman, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+chromosomal+bands+replicating+early+in+the+S+phase+of+normal+human+fibroblasts.">Identification of chromosomal bands replicating early in the S phase of normal human fibroblasts.</a> Exp. Cell Res. 245 (98), 321-329 (1998).</li><li>Diaz-Perez, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+element(s)+at+the+nontranscribed+Xist+locus+of+the+active+X+chromosome+controls+chromosomal+replication+timing+in+the+mouse.">The element(s) at the nontranscribed Xist locus of the active X chromosome controls chromosomal replication timing in the mouse.</a> Genetics. 171, 663-672 (2005).</li><li>Diaz-Perez, S. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+deletion+at+the+mouse+Xist+gene+exposes+trans-effects+that+alter+the+heterochromatin+of+the+inactive+X+chromosome+and+the+replication+time+and+DNA+stability+of+both+X+chromosomes.">A deletion at the mouse Xist gene exposes trans-effects that alter the heterochromatin of the inactive X chromosome and the replication time and DNA stability of both X chromosomes.</a> Genetics. 174, 1115-1133 (2006).</li><li>Salic, A., Mitchison, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+chemical+method+for+fast+and+sensitive+detection+of+DNA+synthesis+in+vivo.">A chemical method for fast and sensitive detection of DNA synthesis in vivo.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 2415-2420 (2008).</li><li>Schlesinger, S., Selig, S., Bergman, Y., Cedar, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allelic+inactivation+of+rDNA+loci.">Allelic inactivation of rDNA loci.</a> Genes Dev. 23, 2437-2447 (2009).</li><li>Branzei, D., Foiani, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+checkpoint+response+to+replication+stress.">The checkpoint response to replication stress.</a> DNA Repair (Amst). 8, 1038-1046 (2009).</li></ol>

إعداد ينتشر الكروموسومات هي خطوة حاسمة لفحص النسخ المتماثل توقيت الناجحة الموصوفة هنا. قد إدراج خطوة المعالجة colcemid قبل العلاج ناقص التوتر مساعدة في تواتر ونشر الخلايا التفتلي. علينا أن نفضح عادة الخلايا لcolcemdi للموارد البشرية 1-3 قبل الحصاد، واستخدام colcemid عند تركيز ا?...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم الكاشف </td><td> شركة </td><td> كتالوج رقم </td><td> التعليقات (اختياري) </td></tr><tr><td> مكافحة BrdU-FITC </td><td> روش ميليبور </td><td> 11202593001 MAB326F </td><td> 50 ميكروغرام / ميكرولتر </td></tr><tr><td> نيك ترجمة كيت </td><td> ابوت الجزيئية (Vysis) </td><td> 07J00-0001 </td><td></td></tr><tr><td> الطيف أورانج dUTP </td><td> ابوت الجزيئية (Vysis) </td><td> 02N33-050 </td><td></td></tr><tr><td> CEP </td><td> ابوت الجزيئية (Vysis) </td><td> يختلف </td><td></td></tr><tr><td> LSI / WCP التهجين العازلة </td><td> ابوت الجزيئية (Vysis) </td><td> 06J67-011 </td><td></td></tr><tr><td> CEP التهجين العازلة </td><td> ابوت الجزيئية (Vysis) </td><td> 07J36-001 </td><td></td></tr><tr><td> كروموسوم باياليلة </td><td> MetaSystems المجموعة </td><td> D-14NN-050-TR </td><td></td></tr><tr><td> OLYMPUS BX61 مجهر نيون </td><td> OLYMPUS </td><td> BX61TRF-1-5 </td><td></td></tr><tr><td> نظام التصوير البرامج المجهر </td><td> التصوير التطبيقية </td><td> Cytovision 3.93.1 </td><td></td></tr><tr><td> كاميرا رقمية </td><td> OLYMPUS </td><td> UCMAD3 </td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td> في وصفات الموقع التهجين الفورماميد حلول 70٪ Formamide/2x SSC * 35 مل الفورماميد (سيغما) 10 مل SSC 10X 5 مل د 2 H 2 0 الرقم الهيدروجيني إلى 7.0 مع حمض الهيدروكلوريك (سيغما) * ومن المهم استخدام الفورماميد التي تم تخزينها في -20 درجة مئوية. سوف المطولة تخزين درجة حرارة الغرفة توليد حمض الفورميك وث الرقم الهيدروجينييكون مريضا منخفض جدا. 50٪ Formamide/2x SSC 25 مل الفورماميد (سيغما) 10 مل SSC 10X 15 مل DH 2 O الرقم الهيدروجيني إلى 7.0 مع حمض الهيدروكلوريك (سيغما) 20X SSC، 4 L 702 غرام كلوريد الصوديوم (سيغما) 358 ز نا السيترات (سيغما) DH 2 O إلى حجم PN الاحتياطي [0.1 M 4 0.1٪ NaP0 NP_40 (سيغما)] جعل حل 0.1 M كل من فوسفات الصوديوم (تصفية تعقيم وتخزين في مليلتر مأخوذة 500). 0.1 M ناه 2 P0 4، 1 L 13،8 ز ناه 2 P0 4 (سيجما): DH 2 O إلى حجم 0.1 M ناه 2 P0 4 1 L </strاونج&gt; 14،2 ز ناه 2 P0 4 (سيغما) DH 2 O للحجم. PN: ضبط درجة الحموضة من 0.1 M نا 2 HP0 4 إلى الرقم الهيدروجيني 8.0 مع 0.1 M ناه 2 P0 4. تصفية تعقيم وإضافة 1 مل من NP-40. PNM 50 مل 1.25 غرام من الدهون غير الحليب الجاف (سيغما) PN 25 مل العازلة (وصفة أعلاه) مزيج ل15-20 دقيقة مع التحريك المستمر. تدور 2 مرات في 400 x ج لمدة 10 دقيقة. استخدام طاف، وتأكد من عدم الإخلال بروتينات الحليب عجلت. </td></tr></tbody></table>

chromosome replicating timing combined with fluorescent in situ hybridization

الثدييات تكرار الحمض النووي يبدأ في مواقع متعددة على طول الكروموسومات في أوقات مختلفة خلال المرحلة S، وبعد تكرار برنامج الزمني. ويعتقد مواصفات توقيت النسخ المتماثل لتكون عملية ديناميكية ينظمها العظة الأنسجة الخاصة والتنموية التي تستجيب لتعديلات جينية. ومع ذلك، فإن آليات تنظيم أين ومتى يبدأ على طول تكرار الحمض النووي الكروموسومات لا تزال غير مفهومة تماما. مثلي الكروموسومات تكرار عادة بشكل متزامن، ولكن هناك استثناءات لهذه القاعدة البارزة. على سبيل المثال، في خلايا الثدييات أنثى واحدة من اثنين من الكروموزومات العاشر يصبح تكرار أواخر خلال عملية تعرف باسم تعطيل X 1. جنبا إلى جنب مع هذا التأخير في توقيت النسخ المتماثل، تشير التقديرات إلى أن 2-3 ساعة، تصبح إسكات transcriptionally غالبية الجينات على الكروموسوم X واحد. بالإضافة إلى ذلك، منفصلة رابطة الدول المستقلة موضع المفعول، والمعروفة باسم مركز تعطيل X، ينظم هذه العملية تعطيل X، بما في ذلك الالحث (ه) من توقيت تكرار تأخر على كروموسوم X غير نشط بأكملها. وبالإضافة إلى ذلك، إعادة ترتيب الكروموسومات الموجودة في بعض خلايا السرطان والخلايا في تعرضوا للإشعاع المؤين عرض تأخير كبير في توقيت تكرار&gt; 3 ساعات يؤثر على كروموسوم كامل 2،3. العمل الأخير من المختبر إلى أن تعطل منفصلة رابطة الدول المستقلة المفعول جسمية مواضع نتيجة لتكرار النمط الظاهري في أواخر غاية التي تؤثر على ال 4 كروموسوم كامل. دراسات &#39;الهندسة كروموسوم&#39; إضافية تشير إلى أن إعادة ترتيب الكروموسومات معينة تؤثر على العديد من الكروموسومات نتيجة مختلفة في هذا النمط الظاهري النسخ المتماثل توقيت غير طبيعية، مما يدل على أن جميع الثدييات تحتوي على الكروموسومات منفصلة رابطة الدول المستقلة المفعول مواضع التي تتحكم السليم توقيت تكرار الكروموسومات الفردية 5. هنا، نقدم طريقة لتحليل الكمي للتوقيت تكرار كروموسوم جنبا إلى جنب مع الفلورسنت في الموقع التهجين. هذاالأسلوب يسمح للمقارنة مباشرة لتوقيت النسخ المتماثل بين الكروموسومات المتجانسة داخل الخلية نفسها، وجرى تكييف في الفترة من 6. وبالإضافة إلى ذلك، يسمح هذا الأسلوب لتحديد لا لبس فيه من إعادة ترتيب الكروموسومات التي ترتبط مع التغيرات في توقيت النسخ المتماثل التي تؤثر على كروموسوم كامل. هذا الأسلوب له مزايا أكثر وضعت مؤخرا مجموعة صغيرة عالية الإنتاجية أو التسلسل البروتوكولات التي لا يمكن التمييز بين الأليلات مثلي على تقديم ترتيبها وإعادة ترتيبها من الامم المتحدة والكروموسومات. وبالإضافة إلى ذلك، لأن الأسلوب هو موضح هنا يقيم الخلايا واحدة، فإنه يمكن الكشف عن التغييرات في توقيت تكرار كروموسوم على إعادة ترتيب الكروموسومات الموجودة في جزء فقط من الخلايا في السكان.

ويرد مثال على تكرار تحليل توقيت الكروموسوم البشري 6 في الشكل 2. تعرضت الخلايا التي تحتوي على الجين حذف ASAR6 4، يقع في 6q16.1، لBrdU لمدة 5 ساعة، تحصد للخلايا الإنقسامية وتجهيزها للأسماك مع الطلاء التحقيق كروموسوم 6 (Vysis) وBrdU التأسيس. نلاحظ أن هناك فرقا كبيرا في ن?...

Watch this Scientific Journal Video about Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization at JoVE.com

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

يوصف أسلوب الكمي لتحليل توقيت تكرار كروموسوم. يستخدم الأسلوب BrdU التأسيس بالاشتراك مع الفلورسنت<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين (FISH) لتقييم توقيت تكرار الكروموسومات الثدييات. هذا الأسلوب يسمح للمقارنة مباشرة من الكروموسومات إعادة ترتيب وإعادة ترتيب للامم المتحدة داخل الخلية نفسها.

التوقيت كروموسوم النسخ المتماثل جنبا إلى جنب مع نيون<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين

Mammalian DNA replication initiates at multiple sites along chromosomes at different times during S phase, following a temporal replication program. The ...

Research

JoVE Journal

Biology

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

الجامعة جبل مزدوجة في الموقع التهجين لافراخ الدجاج في وقت مبكر

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

الزرد الجامع جبل الرفيع قرار مزدوج نيون في الموقع التهجين

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

Fluorescence in situ hybridization (FISH) Protocol in Human Sperm

Fluorescence in situ hybridization FISH Protocol in Human Sperm

مضان في الموقع التهجين (FISH) البروتوكول في الحيوانات المنوية البشرية

Aneuploidies are the most frequent chromosomal abnormalities in humans. Most of these abnormalities result from meiotic errors during the gametogenic ...

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

جبل كله<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين من E8.5 لأجنة الفئران E11.5

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures ...

In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants

In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants

في الموقع التهجين لتوطين دقيقة من النصوص في النباتات

With the advances in genomics research of the past decade, plant biology has seen numerous studies presenting large-scale quantitative analyses of gene ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

الكشف عن الحمض النووي الريبي الفيروسي بواسطة الإسفار<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين (FISH)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

الإنتاجية العالية لرسم الخرائط المادية للالكروموسومات باستخدام الآلي<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين

Projects to obtain whole-genome sequences for 10,000 vertebrate species1 and for 5,000 insect and related arthropod species2 are expected to take place ...

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization (FISH)

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization FISH

تحليل النسخ الجيني وحيدة الخلية التي كتبها نيون RNA<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين (FISH)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

كله جبل RNA نيون<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين من<em&gt; ذبابة الفاكهة</em&gt; الأجنة

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

التصور والتحليل من جزيئات الرنا المرسال عن طريق الإسفار<em&gt; في الموضع</em&gt; التهجين في<em&gt; خميرة الخباز</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...