Name: preparation of cell-lines for conditional knockdown of gene expression and measurement of the knockdown effects on e4orf4-induced cell death
Uploaded: 2012-10-21T14:00:00
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이 작품은 독일 - 이스라엘 프로젝트 협력 (DIP)의 틀 내에서 독일 Forschungsgemeinschaft (DFG)의 이스라엘 과학 재단 (기금 11분의 399), 의해에서 연구 Rappaport 가족 연구소 (일부) 지원이 의료 과학.

1. Inducible 셀 라인의 생성 <ol><li> 하나는 원하는 세포 라인의 준비에 사용 된 모든 세포를 죽이는 약물 G418의 최소 농도를 찾을 필요가 실험하기 전에. 이러한 목적을 위해, 실험 기간 동안 사용하고 G418의 증가 농도 (ML 당 0-1,000 μg)을 추가합니다 매체에 confluency 70%에 여러 개의 중복 된 플레이트에 플레이트 선택한 셀을. 효율적으로 세포를 죽이는 최소한의 G418 농도를 결정하는 매일 셀을 모니터?...

<ol>
	<li>Brummelkamp, T. R., Bernards, R., Agami, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+system+for+stable+expression+of+short+interfering+RNAs+in+mammalian+cells.">A system for stable expression of short interfering RNAs in mammalian cells.</a> Science (New York, N.Y). 296, 550-553 (2002).</li><li>Brummelkamp, T. R., Bernards, R., Agami, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stable+suppression+of+tumorigenicity+by+virus-mediated+RNA+interference.">Stable suppression of tumorigenicity by virus-mediated RNA interference.</a> Cancer. 2, 243-247 (2002).</li><li>Czauderna, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inducible+shRNA+expression+for+application+in+a+prostate+cancer+mouse+model.">Inducible shRNA expression for application in a prostate cancer mouse model.</a> Nucleic acids research. 31, e127 (2003).</li><li>Matsukura, S., Jones, P. A., Takai, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Establishment+of+conditional+vectors+for+hairpin+siRNA+knockdowns.">Establishment of conditional vectors for hairpin siRNA knockdowns.</a> Nucleic acids research. 31, e77 (2003).</li><li>Wiznerowicz, M., Trono, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conditional+suppression+of+cellular+genes:+lentivirus+vector-mediated+drug-inducible+RNA+interference.">Conditional suppression of cellular genes: lentivirus vector-mediated drug-inducible RNA interference.</a> Journal of. 77, 8957-8961 (2003).</li><li>Brestovitsky, A., Sharf, R., Mittelman, K., Kleinberger, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+adenovirus+E4orf4+protein+targets+PP2A+to+the+ACF+chromatin-remodeling+factor+and+induces+cell+death+through+regulation+of+SNF2h-containing+complexes.">The adenovirus E4orf4 protein targets PP2A to the ACF chromatin-remodeling factor and induces cell death through regulation of SNF2h-containing complexes.</a> Nucleic acids research. 39, 6414-6427 (2011).</li><li>Livne, A., Shtrichman, R., Kleinberger, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caspase+activation+by+adenovirus+E4orf4+protein+is+cell+line-specific+and+is+mediated+by+the+death+receptor+pathway.">Caspase activation by adenovirus E4orf4 protein is cell line-specific and is mediated by the death receptor pathway.</a> J. Virol. 75, 789-798 (2001).</li><li>Shtrichman, R., Kleinberger, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adenovirus+type+5+E4+open+reading+frame+4+protein+induces+apoptosis+in+transformed+cells.">Adenovirus type 5 E4 open reading frame 4 protein induces apoptosis in transformed cells.</a> J. Virol. 72, 2975-2982 (1998).</li><li>Shtrichman, R., Sharf, R., Kleinberger, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adenovirus+E4orf4+protein+interacts+with+both+Ba+and+B'+subunits+of+protein+phosphatase+2A,+but+E4orf4-induced+apoptosis+is+mediated+only+by+the+interaction+with+Ba.">Adenovirus E4orf4 protein interacts with both Ba and B' subunits of protein phosphatase 2A, but E4orf4-induced apoptosis is mediated only by the interaction with Ba.</a> Oncogene. 19, 3757-3765 (2000).</li><li>Galluzzi, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guidelines+for+the+use+and+interpretation+of+assays+for+monitoring+cell+death+in+higher+eukaryotes.">Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring cell death in higher eukaryotes.</a> Cell death and differentiation. 16, 1093-1107 (2009).</li><li>Lavoie, J. N., Nguyen, M., Marcellus, R. C., Branton, P. E., Shore, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=E4orf4,+a+novel+adenovirus+death+factor+that+induces+p53-independent+apoptosis+by+a+pathway+that+is+not+inhibited+by+zVAD-fmk.">E4orf4, a novel adenovirus death factor that induces p53-independent apoptosis by a pathway that is not inhibited by zVAD-fmk.</a> J. Cell Biol. 140, 637-645 (1998).</li><li>Li, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+adenovirus+E4orf4+protein+induces+growth+arrest+and+mitotic+catastrophe+in+H1299+human+lung+carcinoma+cells.">The adenovirus E4orf4 protein induces growth arrest and mitotic catastrophe in H1299 human lung carcinoma cells.</a> Oncogene. 28, 390-400 (2009).</li><li>Lavoie, J. N., Champagne, C., Gingras, M. -. C., Robert, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adenovirus+E4+open+reading+frame+4-induced+apoptosis+involves+dysregulation+of+Src+family+kinases.">Adenovirus E4 open reading frame 4-induced apoptosis involves dysregulation of Src family kinases.</a> J. Cell Biol. 150, 1037-1055 (2000).</li></ol>

특정 유전자 표현의 최저는 규제 경로로 단백질의 기여의 조사에 중요한 접근 방식이다. 필수 유전자의 표현의 제정 최저 부정적인 세포 증식에​​ 영향을 미치는 때문에, 그들의 연구는 과도 siRNAs의 도입이나 안정적인 조건 최저 시스템의 응용 프로그램 중 하나를 필요로 할 수 있습니다. 여기에 설명 된 shRNAs의 약물 유발 표현을 수용 할 수있는 안정적인 세포 라인의 생성, 많은 세포 라인에 ?...

<table border="1"><tbody><tr><td> 시약의 이름 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 </td><td> 코멘트 (선택 사항) </td></tr><tr><td> 높은 포도당 DMEM </td><td> Gibco </td><td> 41,965 </td><td></td></tr><tr><td> Tet 시스템 승인 FBS </td><td> Clontech </td><td> 631106 </td><td></td></tr><tr><td> L-글루타민 </td><td> Gibco </td><td> 25,030 </td><td></td></tr><tr><td> 펜 패 혈성 </td><td> Gibco </td><td> 15,140 </td><td></td></tr><tr><td> 0.25 % 트립신 - EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산) </td><td> Gibco </td><td> 25,200 </td><td></td></tr><tr><td> T-렉스-293 세포 </td><td> Invitrogen </td><td> R710-07 </td><td></td></tr><tr><td> G418 </td><td> 시그마 </td><td> A1720 </td><td></td></tr><tr><td> blasticidin </td><td> Invit로겐 </td><td> R210-01 </td><td></td></tr><tr><td> 플라스미드 pSuperior.neo + GFP </td><td> OligoEngine </td><td> VEC-PBS-0007/0008 </td><td></td></tr><tr><td> jetPIE </td><td> Polyplus transfection </td><td> 101-40 </td><td></td></tr><tr><td> doxycycline </td><td> 시그마 </td><td> D9891 </td><td></td></tr><tr><td> paraformaldehyde </td><td> 전자 현미경 과학 </td><td> 15,710 </td><td></td></tr><tr><td> 4 &#39;, 6 diamidino-2-phenylindole (DAPI) </td><td> 시그마 </td><td> D9542 </td><td></td></tr><tr><td> Fluoromount-G </td><td> SouthernBiotech </td><td> 0100-01 </td><td></td></tr></tbody></table>

preparation of cell-lines for conditional knockdown of gene expression and measurement of the knockdown effects on e4orf4-induced cell death

포유류의 세포에서 유전자 발현의 기능 불 활성화는 다양한 경로의 1,2의 관심 단백질의 기여에 관한 연구하는데 매우 중요합니다. 제정 최저 시간이 3-5 오랜 기간 동안 세포 용납되지 않은 경우 그러나, 유전자 표현의 조건 최저는 경우에 필요합니다. 여기 ACF 염색질 리모델링 요소의 subunits의 조건 최저를 허용 세포 라인의 준비를위한 프로토콜을 설명합니다. 이러한 세포 라인은 아데노 바이러스 E4orf4 단백질 6 셀 죽음의 유도에 ACF의 노력의 결정을 용이하게합니다. ACF 염색질 리모델링 인자의 Acf1 및 SNF2h subunits에 대한 짧은 머리 핀의 자형 RNAs를 인코딩 순서는 또한 neomycin 내성 유전자에 대한 유전자를 포함하는 플라스미드의 doxycycline-inducible업자 옆에 복제되었습니다. Neomycin 방지 세포 클론은 G418과 절연의 존재에 선정되었다. 그 결과 세포 라인에 의해 유도 된doxycycline 치료는 한 번 Acf1 또는 SNF2h 표현 수준이 감소되었다 세포는 플라스미드 인코딩 E4orf4하거나 빈 벡터와 transfected했다. shRNA 구조의 특정 효과를 확인하려면 Acf1 또는 SNF2h 단백질 수준은 침묵 변이의 도입에 의해 shRNA에 저항력이 렌더링 된 플라스미드 표현 Acf1 또는 SNF2h과 cotransfection에 의해 WT 수준으로 복원되었습니다. 다양한 샘플에서 세포 죽음을 유도하는 E4orf4의 능력은 transfected 세포 인구의 apoptotic morphologies과 핵의 모양의 빈도가 7-9 측정 된에 DAPI 분석에 의해 산출 된 것입니다. 제정 최저 셀은 치명적 될 때 여기에 설명 된 프로토콜은 경우에 자신의 단백질 파트너가 세포 죽음을 유도하는 여러 단백질의 기능 공헌 결정에 활용 될 수있다.

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Preparation of Cell-lines for Conditional Knockdown of Gene Expression and Measurement of the Knockdown Effects on E4orf4-Induced Cell Death

E4orf4 유도 세포 죽음에 ACF 염색질 리모델링 요소의 기여가 측정되었다. 프로토콜은 doxycycline 치료는 ACF subunits Acf1과 SNF2h의 조건 최저를 유도하는 세포 클론의 선택이 포함되어 있으며, inducible 세포 라인에 E4orf4 유발 세포 죽음을 측정 할 수있는 DAPI 분석을 사용합니다.

E4orf4 - 유도 세포 사망에 최저 효과의 유전자 발현 및 측정의 조건부 최저위한 셀 라인의 작성

Functional inactivation of gene expression in mammalian cells is crucial for the study of the contribution of a protein of interest to various ...

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