Name: leafj: an imagej plugin for semi-automated leaf shape measurement
Uploaded: 2013-01-21T12:00:00
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LeafJ JNM द्वारा लिखा गया था जब वह ग्लैडस्टोन संस्थानों में डॉ. कैथरीन पोलार्ड प्रयोगशाला में विश्राम पर था. यह काम राष्ट्रीय विज्ञान फाउंडेशन (अनुदान संख्या IOS-0,923,752) से एक अनुदान द्वारा समर्थित किया गया.

1. संयंत्र सामग्री ध्यान दें कि इस संयंत्र विकास प्रोटोकॉल छाया परिहार प्रतिक्रिया का पता लगाने के उद्देश्य से है. आप अपने पसंदीदा शर्त के तहत पौधों को विकसित कर सकते हैं. <ol><li> पानी पर Arabidopsis thali...

<ol>
	<li>Furbank, R. T., Tester, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenomics--technologies+to+relieve+the+phenotyping+bottleneck.">Phenomics--technologies to relieve the phenotyping bottleneck.</a> Trends Plant Sci. 16, 635-644 (2011).</li><li>Berger, B., Parent, B., Tester, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+shoot+imaging+to+study+drought+responses.">High-throughput shoot imaging to study drought responses.</a> J. Exp. Bot. 61, 3519-3528 (2010).</li><li>Borevitz, J. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+genetic+variation+for+growth+and+development+revealed+by+high-throughput+phenotyping+in+Arabidopsis+thaliana.">Natural genetic variation for growth and development revealed by high-throughput phenotyping in Arabidopsis thaliana.</a> G3 (Bethesda). 2, 29-34 (2012).</li><li>Albrecht, D. R., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-content+behavioral+analysis+of+Caenorhabditis+elegans+in+precise+spatiotemporal+chemical+environments.">High-content behavioral analysis of Caenorhabditis elegans in precise spatiotemporal chemical environments.</a> Nat. Methods. 8, 599-605 (2011).</li><li>Chitwood, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Native+environment+modulates+leaf+size+and+response+to+simulated+foliar+shade+across+wild+tomato+species.">Native environment modulates leaf size and response to simulated foliar shade across wild tomato species.</a> PLoS ONE. 7, e29570 (2012).</li><li>Chitwood, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+developmental+trajectory+of+leaflet+morphology+in+wild+tomato+species.">The developmental trajectory of leaflet morphology in wild tomato species.</a> Plant Physiol. 158, 1230-1240 (2012).</li><li>Casal, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shade+Avoidance.">Shade Avoidance.</a> The Arabidopsis Book. , e0157 (2012).</li><li>Smith, H., Kendrick, R. E., Kronenberg, G. H. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Photomorphogenesis in Plants. , 377-416 (1994).</li><li>Iwata, H., Ukai, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SHAPE:+a+computer+program+package+for+quantitative+evaluation+of+biological+shapes+based+on+elliptic+Fourier+descriptors.">SHAPE: a computer program package for quantitative evaluation of biological shapes based on elliptic Fourier descriptors.</a> J. Hered. 93, 384-385 (2002).</li><li>Bylesjo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LAMINA:+a+tool+for+rapid+quantification+of+leaf+size+and+shape+parameters.">LAMINA: a tool for rapid quantification of leaf size and shape parameters.</a> BMC Plant Biol. 8, 82 (2008).</li><li>Weight, C., Parnham, D., Waites, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LeafAnalyser:+a+computational+method+for+rapid+and+large-scale+analyses+of+leaf+shape+variation.">LeafAnalyser: a computational method for rapid and large-scale analyses of leaf shape variation.</a> Plant J. 53, 578-586 (2008).</li><li>Backhaus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LEAFPROCESSOR:+a+new+leaf+phenotyping+tool+using+contour+bending+energy+and+shape+cluster+analysis.">LEAFPROCESSOR: a new leaf phenotyping tool using contour bending energy and shape cluster analysis.</a> New Phytol. 187, 251-261 (2010).</li><li>Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanisms+of+Leaf-shape+determination.">Mechanisms of Leaf-shape determination.</a> Annual Review of Plant Biology. 57, 477-496 (2006).</li><li>Abramoff, M. D., Magalhaes, P. J., Ram, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Image+Processing+with+ImageJ.">Image Processing with ImageJ.</a> Biophotonics International. 11, 36-42 (2004).</li><li>Horiguchi, G., Fujikura, U., Ferjani, A., Ishikawa, N., Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+histological+analysis+of+leaf+mutants+using+two+simple+leaf+observation+methods:+identification+of+novel+genetic+pathways+governing+the+size+and+shape+of+leaves.">Large-scale histological analysis of leaf mutants using two simple leaf observation methods: identification of novel genetic pathways governing the size and shape of leaves.</a> Plant. J. 48, 638-644 (2006).</li><li>Horiguchi, G., Ferjani, A., Fujikura, U., Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coordination+of+cell+proliferation+and+cell+expansion+in+the+control+of+leaf+size+in+Arabidopsis+thaliana.">Coordination of cell proliferation and cell expansion in the control of leaf size in Arabidopsis thaliana.</a> J. Plant. Res. 119, 37-42 (2006).</li><li>Pierik, R., de Wit, M., Voesenek, L. A. C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth-mediated+stress+escape:+convergence+of+signal+transduction+pathways+activated+upon+exposure+to+two+different+environmental+stresses.">Growth-mediated stress escape: convergence of signal transduction pathways activated upon exposure to two different environmental stresses.</a> New. Phytol. 189, 122-134 (2011).</li></ol>

हमारी &#39;LeafJ &quot;प्लगइन डंठल लंबाई की माप अर्द्ध स्वचालित रूप से सक्षम बनाता है, throughput मैनुअल माप पर लगभग 6 गुना बढ़. डंठल लंबाई SAS के एक महत्वपूर्ण सूचकांक है और भी डूब के प्रतिरोध और hyponastic 17 विकास के रूप में ?...

<html><table border="1"><tbody><tr><td> अभिकर्मक के नाम </td><td> कंपनी </td><td> सूचीपत्र संख्या </td><td></td></tr><tr><td> दूर लाल बत्ती का नेतृत्व किया </td><td> ORBITEC </td><td> कस्टम बनाया </td><td></td></tr><tr><td> पारदर्शीता </td><td> चिह्न </td><td> / HSCA 5 </td><td></td></tr><tr><td> स्कैनर </td><td> Epson </td><td> Epson पूर्णता V700 फोटो </td><td></td></tr><tr><td> छवि जम्मू </td><td> NIH </td><td></td><td> <a href="http://rsbweb.nih.gov/ij/" target="_blank">http://rsbweb.nih.gov/ij/</a> </td></tr><tr><td> LeafJ </td><td> रिवाज </td><td></td><td> <a href="http://www.openwetware.org/wiki/Maloof_Lab" target="_blank">http://www.openwetware.org/wiki/Maloof_Lab</a> </td></tr><tr><td> एयर प्रदर्शन </td><td> Avatron सॉफ्टवेयर इंक </td><td></td><td>रिक्त &quot;http://avatron.com/&gt; </td></tr><tr><td> iPad2 </td><td> एप्पल इंक </td><td></td><td> <a href="http://www.apple.com/" target="_blank">http://www.apple.com/</a> </td></tr></tbody></table>

leafj: an imagej plugin for semi-automated leaf shape measurement

उच्च throughput phenotyping (phenomics) अपने कार्य करने के लिए जीन (1 समीक्षा और उदाहरण हाल ही में 2-4 देखें) को जोड़ने के लिए एक शक्तिशाली उपकरण है. पत्तियां प्राथमिक संश्लेषक अंग हैं, और उनके आकार और आकार के एक संयंत्र के भीतर developmentally और पर्यावरण की दृष्टि से भिन्नता है. इन कारणों के लिए पत्ती आकारिकी पर अध्ययन कई पत्ते, जो सबसे अच्छा अर्द्ध स्वचालित phenomics 5,6 उपकरण के द्वारा किया जाता है से कई मापदंडों की माप की आवश्यकता होती है. चंदवा छाया एक महत्वपूर्ण पर्यावरणीय संकेत है कि संयंत्र वास्तुकला और जीवन इतिहास को प्रभावित करता है, प्रतिक्रियाओं के सूट सामूहिक रूप से छाया परिहार सिंड्रोम (एसएएस) 7 कहा जाता है. SAS प्रतिक्रियाओं के अलावा, छाया प्रेरित पत्ता डंठल बढ़ाव और ब्लेड क्षेत्र में परिवर्तन 8 इंडेक्स विशेष रूप से उपयोगी हैं. तिथि करने के लिए, पत्ती आकार प्रोग्राम (जैसे 9 आकार, 10 लामिना, LeafAnalyzer 11, 12 LEAFPROCESSOR) पत्ती की रूपरेखा को मापने के लिए और पत्ती आकृतियों श्रेणीबद्ध करना, लेकिन डंठल लंबाई उत्पादन नहीं कर सकते हैं. पत्ती petioles के बड़े पैमाने पर मापन प्रणाली के अभाव SAS अनुसंधान phenomics दृष्टिकोण हिचकते. इस पत्र में, हम एक नव विकसित ImageJ प्लगइन, LeafJ कहा जाता है, जो तेजी से के डंठल और मॉडल thaliana Arabidopsis संयंत्र की लंबाई पत्ता ब्लेड मापदंडों उपाय कर सकते हैं का वर्णन. सामयिक पत्ती कि ब्लेड / डंठल पत्ती सीमा के लिए आवश्यक मैनुअल सुधार हम एक गोली स्पर्श स्क्रीन का इस्तेमाल किया है. इसके अलावा, पत्ती कक्ष आकार और पत्ता सेल नंबर पत्ती 13 आकार की महत्वपूर्ण निर्धारक हैं. LeafJ से अलग हम भी सेल आकार, क्षेत्र, और आकार को मापने के लिए एक गोली स्पर्श स्क्रीन का उपयोग करने के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं. हमारे पत्ती विशेषता माप प्रणाली छाया परिहार अनुसंधान करने के लिए सीमित नहीं है और कई पत्ती phenotyping द्वारा म्यूटेंट और स्क्रीनिंग पौधों के पत्ते phenotyping में तेजी लाने जाएगा.

1. पत्ता डंठल और पत्ता ब्लेड सीमा के अनुमान छवियाँ दिखा रहा है, और उनके माप खिड़की सबसे उपयोगी सुविधाओं की पत्ती सीमा / ब्लेड डंठल (1 चित्रा) की स्वचालित पता लगाने LeafJ की है. LeafJ एल्गोरिथ्म के र...

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LeafJ: An ImageJ Plugin for Semi-automated Leaf Shape Measurement

उच्च throughput पत्ती माप के लिए महत्वपूर्ण तरीकों का प्रदर्शन. इन विधियों पत्ती phenotyping में तेजी लाने के जब पत्ती phenotype द्वारा कई संयंत्र म्यूटेंट या अन्यथा स्क्रीनिंग पौधों का अध्ययन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है.

अर्द्ध स्वचालित पत्ता आकार मापन के लिए एक ImageJ प्लगइन: LeafJ

High throughput phenotyping (phenomics) is a powerful tool for linking genes to their functions (see review1 and recent examples2-4). Leaves are the ...

Research

JoVE Journal

Biology

Semi-automated Optical Heartbeat Analysis of Small Hearts

छोटे दिल की अर्ध स्वचालित ऑप्टिकल हार्टबीट विश्लेषण

We have developed a method for analyzing high speed optical recordings from Drosophila, zebrafish and embryonic mouse hearts (Fink, et. al., 2009). Our ...

Imaging Cell Shape Change in Living Drosophila Embryos

Imaging Cell Shape Change in Living Drosophila Embryos

जहाँ रहते इमेजिंग सेल आकार बदलें ड्रोसोफिला भ्रूण

The developing Drosophila melanogaster embryo undergoes a number of cell shape changes that are highly amenable to live confocal imaging.  Cell shape ...

Measurement of Leaf Hydraulic Conductance and Stomatal Conductance and Their Responses to Irradiance and Dehydration Using the Evaporative Flux Method (EFM)

Measurement of Leaf Hydraulic Conductance and Stomatal Conductance and Their Responses to Irradiance and Dehydration Using the Evaporative Flux Method EFM

विकिरण और निर्जलीकरण बाष्पीकरणीय फ्लक्स विधि (EFM) का उपयोग करने के लिए पत्ता हाइड्रोलिक प्रवाहकत्त्व और रंध्रीय प्रवाहकत्त्व और उनके जवाब के मापन

Water is a key resource, and the plant water transport system sets limits on maximum growth and drought tolerance. When plants open their stomata to ...

RNA Secondary Structure Prediction Using High-throughput SHAPE

उच्च throughput के आकार का उपयोग करते हुए शाही सेना माध्यमिक संरचना भविष्यवाणी

Understanding the function of RNA involved in biological processes requires a thorough knowledge of RNA structure. Toward this end, the methodology dubbed ...

An Innovative Method for Exosome Quantification and Size Measurement

Exosome मात्रा और आकार माप के लिए एक अभिनव पद्धति

Although the biological importance of exosomes has recently gained an increasing amount of scientific and clinical attention, much is still unknown about ...

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

उड़ान प्रदर्शन का सही और तेजी से मापन के लिए एक बेहतर तरीका में<em&gt; ड्रोसोफिला</em

Drosophila has proven to be a useful model system for analysis of behavior, including flight. The initial flight tester involved dropping flies into an ...

Semi-automated Imaging of Tissue-specific Fluorescence in Zebrafish Embryos

Zebrafish भ्रूण में ऊतक विशेष प्रतिदीप्ति की अर्द्ध स्वचालित इमेजिंग

Zebrafish embryos are a powerful tool for large-scale screening of small molecules. Transgenic zebrafish that express fluorescent reporter proteins are ...

Relating Stomatal Conductance to Leaf Functional Traits

पत्ता कार्यात्मक लक्षण के रंध्रीय प्रवाहकत्त्व संबंधित

Leaf functional traits are important because they reflect physiological functions, such as transpiration and carbon assimilation. In particular, ...

Automated Quantification and Analysis of Cell Counting Procedures Using ImageJ Plugins

स्वचालित मात्रा का ठहराव और सेल गिनती प्रक्रिया ImageJ plugins का उपयोग का विश्लेषण

The National Institute of Health&#39;s ImageJ is a powerful, freely available image processing software suite. ImageJ has comprehensive particle analysis ...

Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins

छवि विश्लेषण के लिए घड़ी स्कैन प्रोटोकॉल: ImageJ प्लगइन्स

The clock scan protocol for image analysis is an efficient tool to quantify the average pixel intensity within, at the border, and outside (background) a ...