Name: leafj: an imagej plugin for semi-automated leaf shape measurement
Uploaded: 2013-01-21T12:00:00
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LeafJ è stato scritto da JNM mentre era in anno sabbatico nel laboratorio del Dr. Katherine Pollard presso gli Istituti Gladstone. Questo lavoro è stato sostenuto da un finanziamento della National Science Foundation (numero di licenza IOS-0923752).

1. Materiali vegetali Si noti che questo protocollo la crescita delle piante è destinato per rilevare evitare risposta ombra. È possibile coltivare le piante sotto la condizione preferita. <ol><li> Cospargere semi di Arabidopsis thaliana in materia di acqua filtri di carta imbevuti di 9 centimetri piastre di Petri e conservare (stratificare) li a 4 ° C per quattro giorni al buio. </li><li> Trasferire queste piastre di Petri per condizioni di sole simulato: 80-100 μE radiazione...

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	<li>Furbank, R. T., Tester, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenomics--technologies+to+relieve+the+phenotyping+bottleneck.">Phenomics--technologies to relieve the phenotyping bottleneck.</a> Trends Plant Sci. 16, 635-644 (2011).</li><li>Berger, B., Parent, B., Tester, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+shoot+imaging+to+study+drought+responses.">High-throughput shoot imaging to study drought responses.</a> J. Exp. Bot. 61, 3519-3528 (2010).</li><li>Borevitz, J. 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Il nostro plugin &quot;LeafJ&quot; consente la misurazione della lunghezza picciolo semi-automaticamente, aumentando il throughput quasi 6 volte misurazione manuale. Lunghezza Picciolo è un indice importante della SAS ed è anche un punto di riferimento di altri fenomeni, come la resistenza sommersione e la crescita hyponastic 17. Pertanto questo plugin può essere utile per una vasta gamma di ricercatori vegetali. Il nostro plugin è implementato in una ben consolidata java basa...

<html><table border="1"><tbody><tr><td> Nome del reagente </td><td> Azienda </td><td> Numero di catalogo </td><td></td></tr><tr><td> lontano luce rossa del LED </td><td> Orbitec </td><td> su misura </td><td></td></tr><tr><td> trasparenza </td><td> IKON </td><td> HSCA / 5 </td><td></td></tr><tr><td> scanner </td><td> Epson </td><td> Epson Perfection V700 Photo </td><td></td></tr><tr><td> Immagine J </td><td> NIH </td><td></td><td> <a href="http://rsbweb.nih.gov/ij/" target="_blank">http://rsbweb.nih.gov/ij/</a> </td></tr><tr><td> LeafJ </td><td> costume </td><td></td><td> <a href="http://www.openwetware.org/wiki/Maloof_Lab" target="_blank">http://www.openwetware.org/wiki/Maloof_Lab</a> </td></tr><tr><td> Aria di visualizzazione </td><td> Avatron Software Inc. </td><td></td><td>blank &quot;&gt; http://avatron.com/ </td></tr><tr><td> iPad2 </td><td> Apple Inc. </td><td></td><td> <a href="http://www.apple.com/" target="_blank">http://www.apple.com/</a> </td></tr></tbody></table>

leafj: an imagej plugin for semi-automated leaf shape measurement

Fenotipizzazione High throughput (phenomics) è un potente strumento per collegare i geni alle loro funzioni (leggi l&#39;articolo 1 e recenti esempi 2-4). Foglie sono l&#39;organo fotosintetica primaria, e la loro dimensione e la forma variano evolutivamente e ambientalmente nell&#39;impianto. Per queste ragioni gli studi sulla morfologia delle foglie richiedono la misurazione di parametri multipli da numerose foglie, che è meglio fare da strumenti phenomics semi-automatici 5,6. Ombra Canopy è un importante spunto ambientale che colpisce l&#39;architettura vegetale e storia di vita, la suite di risposte è la denominazione collettiva di evitare la sindrome di tonalità (SAS) 7. Tra le risposte SAS, ombra indotta allungamento foglia picciolo e le variazioni di area di lama sono particolarmente utili come indici 8. Ad oggi, i programmi a foglia (ad esempio SHAPE 9, LAMINA 10, LeafAnalyzer 11, LEAFPROCESSOR 12) in grado di misurare e classificare i contorni foglia forma delle foglie, Ma non può emettere lunghezza picciolo. La mancanza di sistemi su larga scala di misura di piccioli fogliari ha inibito approcci phenomics a SAS di ricerca. In questo articolo, si descrive un plugin di nuova concezione ImageJ, chiamato LeafJ, che possono rapidamente misurare la lunghezza picciolo ei parametri lama foglia della pianta modello Arabidopsis thaliana. Per la foglia occasionale che la correzione manuale richiesta del picciolo / foglie confine lama abbiamo usato un touch-screen tablet. Inoltre, cellule forma di foglia e il numero di cellule foglia sono importanti determinanti della dimensione del foglio 13. Separata da LeafJ si presentano anche un protocollo per l&#39;utilizzo di un touch-screen tablet per misurare la forma delle cellule, l&#39;area e dimensione. Il nostro sistema di foglia tratto di misurazione non si limita alla prevenzione ombra di ricerca e accelererà fenotipizzazione foglia di mutanti e piante di screening di fenotipizzazione foglia.

1. Immagini Leaf Mostra stime del picciolo e Blade Boundary foglia, e la loro finestra di misura Una delle caratteristiche più utili di LeafJ è il rilevamento automatico della foglia lama / picciolo confine (Figura 1). L&#39;algoritmo LeafJ funziona come segue: la funzionalità incorporata ImageJ ParticleAnalyzer viene utilizzata per individuare e determinare l&#39;orientamento delle foglie all&#39;interno della selezione dell&#39;utente. Per ciascuna anta la larghezza della ...

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LeafJ: An ImageJ Plugin for Semi-automated Leaf Shape Measurement

Dimostrazione di metodi chiave per le misurazioni ad alta foglia di throughput. Questi metodi possono essere utilizzati per accelerare la fenotipizzazione foglia nello studio di molte piante mutanti o comunque impianti di vagliatura da fenotipo foglia.

LeafJ: un plugin per ImageJ semi-automatico di misurazione Leaf Shape

High throughput phenotyping (phenomics) is a powerful tool for linking genes to their functions (see review1 and recent examples2-4). Leaves are the ...

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