Name: leafj: an imagej plugin for semi-automated leaf shape measurement
Uploaded: 2013-01-21T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about LeafJ: An ImageJ Plugin for Semi-automated Leaf Shape Measurement at JoVE.com

LeafJ было написано JNM в то время как он был в отпуске в лаборатории доктора Кэтрин Поллард в Gladstone институтов. Эта работа была поддержана грантом от Национального научного фонда (грант № IOS-0923752).

1. Растительных материалов Обратите внимание, что этот протокол роста растений предназначена для обнаружения ответа тени избегания. Вы можете выращивать растения в вашей любимой состоянии. <ol><li> Посыпать семена арабидопсиса THALIANA на воде пропитанной фильтровально...

<ol>
	<li>Furbank, R. T., Tester, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenomics--technologies+to+relieve+the+phenotyping+bottleneck.">Phenomics--technologies to relieve the phenotyping bottleneck.</a> Trends Plant Sci. 16, 635-644 (2011).</li><li>Berger, B., Parent, B., Tester, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+shoot+imaging+to+study+drought+responses.">High-throughput shoot imaging to study drought responses.</a> J. Exp. Bot. 61, 3519-3528 (2010).</li><li>Borevitz, J. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+genetic+variation+for+growth+and+development+revealed+by+high-throughput+phenotyping+in+Arabidopsis+thaliana.">Natural genetic variation for growth and development revealed by high-throughput phenotyping in Arabidopsis thaliana.</a> G3 (Bethesda). 2, 29-34 (2012).</li><li>Albrecht, D. R., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-content+behavioral+analysis+of+Caenorhabditis+elegans+in+precise+spatiotemporal+chemical+environments.">High-content behavioral analysis of Caenorhabditis elegans in precise spatiotemporal chemical environments.</a> Nat. Methods. 8, 599-605 (2011).</li><li>Chitwood, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Native+environment+modulates+leaf+size+and+response+to+simulated+foliar+shade+across+wild+tomato+species.">Native environment modulates leaf size and response to simulated foliar shade across wild tomato species.</a> PLoS ONE. 7, e29570 (2012).</li><li>Chitwood, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+developmental+trajectory+of+leaflet+morphology+in+wild+tomato+species.">The developmental trajectory of leaflet morphology in wild tomato species.</a> Plant Physiol. 158, 1230-1240 (2012).</li><li>Casal, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shade+Avoidance.">Shade Avoidance.</a> The Arabidopsis Book. , e0157 (2012).</li><li>Smith, H., Kendrick, R. E., Kronenberg, G. H. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Photomorphogenesis in Plants. , 377-416 (1994).</li><li>Iwata, H., Ukai, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SHAPE:+a+computer+program+package+for+quantitative+evaluation+of+biological+shapes+based+on+elliptic+Fourier+descriptors.">SHAPE: a computer program package for quantitative evaluation of biological shapes based on elliptic Fourier descriptors.</a> J. Hered. 93, 384-385 (2002).</li><li>Bylesjo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LAMINA:+a+tool+for+rapid+quantification+of+leaf+size+and+shape+parameters.">LAMINA: a tool for rapid quantification of leaf size and shape parameters.</a> BMC Plant Biol. 8, 82 (2008).</li><li>Weight, C., Parnham, D., Waites, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LeafAnalyser:+a+computational+method+for+rapid+and+large-scale+analyses+of+leaf+shape+variation.">LeafAnalyser: a computational method for rapid and large-scale analyses of leaf shape variation.</a> Plant J. 53, 578-586 (2008).</li><li>Backhaus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LEAFPROCESSOR:+a+new+leaf+phenotyping+tool+using+contour+bending+energy+and+shape+cluster+analysis.">LEAFPROCESSOR: a new leaf phenotyping tool using contour bending energy and shape cluster analysis.</a> New Phytol. 187, 251-261 (2010).</li><li>Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanisms+of+Leaf-shape+determination.">Mechanisms of Leaf-shape determination.</a> Annual Review of Plant Biology. 57, 477-496 (2006).</li><li>Abramoff, M. D., Magalhaes, P. J., Ram, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Image+Processing+with+ImageJ.">Image Processing with ImageJ.</a> Biophotonics International. 11, 36-42 (2004).</li><li>Horiguchi, G., Fujikura, U., Ferjani, A., Ishikawa, N., Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+histological+analysis+of+leaf+mutants+using+two+simple+leaf+observation+methods:+identification+of+novel+genetic+pathways+governing+the+size+and+shape+of+leaves.">Large-scale histological analysis of leaf mutants using two simple leaf observation methods: identification of novel genetic pathways governing the size and shape of leaves.</a> Plant. J. 48, 638-644 (2006).</li><li>Horiguchi, G., Ferjani, A., Fujikura, U., Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coordination+of+cell+proliferation+and+cell+expansion+in+the+control+of+leaf+size+in+Arabidopsis+thaliana.">Coordination of cell proliferation and cell expansion in the control of leaf size in Arabidopsis thaliana.</a> J. Plant. Res. 119, 37-42 (2006).</li><li>Pierik, R., de Wit, M., Voesenek, L. A. C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth-mediated+stress+escape:+convergence+of+signal+transduction+pathways+activated+upon+exposure+to+two+different+environmental+stresses.">Growth-mediated stress escape: convergence of signal transduction pathways activated upon exposure to two different environmental stresses.</a> New. Phytol. 189, 122-134 (2011).</li></ol>

Наш &quot;LeafJ&quot; Плагин позволяет измерение длины черешка полуавтоматически, увеличивая пропускную почти в 6 раз по сравнению с ручной измерения. Черешки длиной является важным показателем SAS, а также является достопримечательностью других явлений, таких как сопротивление погружения и hy...

<html><table border="1"><tbody><tr><td> Название реагента </td><td> Компания </td><td> Номер в каталоге </td><td></td></tr><tr><td> дальним красным светом индикатор </td><td> Orbitec </td><td> заказ </td><td></td></tr><tr><td> прозрачность </td><td> IKON </td><td> HSCA / 5 </td><td></td></tr><tr><td> сканер </td><td> Epson </td><td> Epson Perfection V700 PHOTO </td><td></td></tr><tr><td> Изображение J </td><td> NIH </td><td></td><td> <a href="http://rsbweb.nih.gov/ij/" target="_blank">http://rsbweb.nih.gov/ij/</a> </td></tr><tr><td> LeafJ </td><td> обычай </td><td></td><td> <a href="http://www.openwetware.org/wiki/Maloof_Lab" target="_blank">http://www.openwetware.org/wiki/Maloof_Lab</a> </td></tr><tr><td> Air Display </td><td> Avatron программного обеспечения ООО </td><td></td><td>пустым &quot;&gt; http://avatron.com/ </td></tr><tr><td> iPad2 </td><td> Корпорация Apple </td><td></td><td> <a href="http://www.apple.com/" target="_blank">http://www.apple.com/</a> </td></tr></tbody></table>

leafj: an imagej plugin for semi-automated leaf shape measurement

Высокая пропускная способность фенотипирование (phenomics) является мощным инструментом для связи генов с их функциями (см. обзор 1 и недавние примеры 2-4). Листья главный орган фотосинтеза, и их размер и форма зависят развитием и экологически внутри завода. По этим причинам исследования по морфологии листьев требуется измерение нескольких параметров из многочисленных листьев, которые лучше всего сделать, полуавтоматические phenomics инструментов 5,6. Canopy тени является важной экологической реплика, что влияет на архитектуру растений и истории жизни; набор ответов общим названием синдрома тени избежании (SAS) 7. Среди ответов SAS, тени индуцированных черешок листа удлинения и изменения в области лезвия особенно полезны в качестве показателей 8. На сегодняшний день форма листа программ (например, форма 9, LAMINA 10, LeafAnalyzer 11, LEAFPROCESSOR 12) можно измерить очертания листьев и классифицировать лист формы, Но не может выводить черешок длиной. Отсутствие крупномасштабных систем измерения черешки листьев сдерживает phenomics подходы к SAS исследований. В этой статье мы опишем недавно разработанный ImageJ плагин, называется LeafJ, который может быстро измерять длины черешка и параметров листовой пластинки растения арабидопсис модели. Для случайного листа, которые требуют коррекции по эксплуатации черешка / листовой пластинки границы мы использовали сенсорный экран планшета. Кроме того, форма листа ячейки, а числа клеток листа являются важными факторами, определяющими размер листа 13. Отдельно от LeafJ мы также представляем протокол для использования с сенсорным экраном планшет для измерения формы клеток, площадь и размеры. Наш лист черта измерительной системы не ограничивается тени уклонения от уплаты налогов исследований и ускорит лист фенотипирование много мутантов и отбора растений листья фенотипирования.

1. Лист изображения показаны оценки Черешок и краевые листовой пластинки, и их измерение Window Одной из наиболее полезных функций LeafJ является автоматическое обнаружение листовой пластинки / черешка границы (рис. 1). Алгоритм LeafJ работает следующим образом: встроенн?...

Watch this Scientific Journal Video about LeafJ: An ImageJ Plugin for Semi-automated Leaf Shape Measurement at JoVE.com

LeafJ: An ImageJ Plugin for Semi-automated Leaf Shape Measurement

Демонстрация основных методов для измерения высокой пропускной лист. Эти методы могут быть использованы для ускорения лист фенотипирование при изучении многих мутантов растений или иного растения экранирование листьев фенотип.

LeafJ: Plugin ImageJ для полуавтоматического измерения формы листьев

High throughput phenotyping (phenomics) is a powerful tool for linking genes to their functions (see review1 and recent examples2-4). Leaves are the ...

Research

JoVE Journal

Biology

Semi-automated Optical Heartbeat Analysis of Small Hearts

Полуавтоматическая оптического анализа Heartbeat малых сердца

We have developed a method for analyzing high speed optical recordings from Drosophila, zebrafish and embryonic mouse hearts (Fink, et. al., 2009). Our ...

Imaging Cell Shape Change in Living Drosophila Embryos

Imaging Cell Shape Change in Living Drosophila Embryos

Изображениями сотовый изменения формы в живых Drosophila Эмбрионы

The developing Drosophila melanogaster embryo undergoes a number of cell shape changes that are highly amenable to live confocal imaging.  Cell shape ...

Measurement of Leaf Hydraulic Conductance and Stomatal Conductance and Their Responses to Irradiance and Dehydration Using the Evaporative Flux Method (EFM)

Measurement of Leaf Hydraulic Conductance and Stomatal Conductance and Their Responses to Irradiance and Dehydration Using the Evaporative Flux Method EFM

Измерение листьев гидравлические проводимости и проводимости устьиц и их реакции на освещенность и обезвоживание Использование метода испарительного Flux (EFM)

Water is a key resource, and the plant water transport system sets limits on maximum growth and drought tolerance. When plants open their stomata to ...

RNA Secondary Structure Prediction Using High-throughput SHAPE

РНК предсказание вторичной Структура Использование высоких-пропускная способность SHAPE

Understanding the function of RNA involved in biological processes requires a thorough knowledge of RNA structure. Toward this end, the methodology dubbed ...

An Innovative Method for Exosome Quantification and Size Measurement

Инновационный метод для экзосома количественной и измерения размера

Although the biological importance of exosomes has recently gained an increasing amount of scientific and clinical attention, much is still unknown about ...

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

Усовершенствованный метод точного и быстрого Измерение Flight Performance в<em&gt; Дрозофилы</em

Drosophila has proven to be a useful model system for analysis of behavior, including flight. The initial flight tester involved dropping flies into an ...

Semi-automated Imaging of Tissue-specific Fluorescence in Zebrafish Embryos

Полуавтоматическая изображений тканеспецифических флуоресценции у эмбрионов данио рерио

Zebrafish embryos are a powerful tool for large-scale screening of small molecules. Transgenic zebrafish that express fluorescent reporter proteins are ...

Relating Stomatal Conductance to Leaf Functional Traits

Относительно проводимости устьиц листьев, чтобы функциональных признаков

Leaf functional traits are important because they reflect physiological functions, such as transpiration and carbon assimilation. In particular, ...

Automated Quantification and Analysis of Cell Counting Procedures Using ImageJ Plugins

Автоматизированная Количественное и анализ процедур Cell подсчет с использованием ImageJ плагинов

The National Institute of Health&#39;s ImageJ is a powerful, freely available image processing software suite. ImageJ has comprehensive particle analysis ...

Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins

Протокол сканирования часов для анализа изображений: плагины ImageJ

The clock scan protocol for image analysis is an efficient tool to quantify the average pixel intensity within, at the border, and outside (background) a ...