Name: c. elegans chemotaxis assay
Uploaded: 2013-04-27T14:00:00
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Ringraziamo Scienze della Vita e la Facoltà di Arti e della Scienza presso l&#39;Università Queen per il finanziamento di questo lavoro. Come pure, ringraziamo il laboratorio Chin-Sang per fornire i reagenti necessari, le attrezzature e il supporto tecnico. Ringraziamo anche QGEM 2011, soprattutto Tony Lui per il suo contributo alla discussione.

1. Preparazione / lavaggio dei Worms <ol><li> Sincronizzare i vermi a giovane adulto 11. </li><li> Pipettare 2 ml di basale S su una piastra 5 cm Chemiotassi di scena vermi che hanno appena eliminato il prato di OP50 E. coli. Inclinare la piastra come necessario per garantire i vermi vengono lavati dalla superficie della piastra nel buffer. </li><li> Pipettare 1 ml della soluzione Basal verme-S in una provetta da microcentrifuga. </li><li> Centrifugare per 10 secondi utilizzando un PicoFuge a 6.600...

<ol>
	<li>Bargmann, C. I., Hartwieg, E., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Odorant-selective+genes+and+neurons+mediate+olfaction+in+C.+elegans.">Odorant-selective genes and neurons mediate olfaction in C. elegans.</a> Cell. 74, 515-527 (1993).</li><li>Bargmann, C. I., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemosensory+neurons+with+overlapping+functions+direct+chemotaxis+to+multiple+chemicals+in+C.+elegans.">Chemosensory neurons with overlapping functions direct chemotaxis to multiple chemicals in C. elegans.</a> Neuron. 7, 729-742 (1991).</li><li>Lee, J., Jee, C., McIntire, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ethanol+preference+in+C.+elegans.">Ethanol preference in C. elegans.</a> Genes Brain Behav. 8, 578-585 (2009).</li><li>Swierczek, N. A., Giles, A. C., Rankin, C. H., Kerr, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+behavioral+analysis+in+C.+elegans.">High-throughput behavioral analysis in C. elegans.</a> Nat. Methods. 8, 592-598 (2011).</li><li>Ward, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemotaxis+by+the+nematode+Caenorhabditis+elegans:+identification+of+attractants+and+analysis+of+the+response+by+use+of+mutants.">Chemotaxis by the nematode Caenorhabditis elegans: identification of attractants and analysis of the response by use of mutants.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 70, 817-821 (1973).</li><li>Colbert, H. A., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Odorant-specific+adaptation+pathways+generate+olfactory+plasticity+in+C.+elegans.">Odorant-specific adaptation pathways generate olfactory plasticity in C. elegans.</a> Neuron. 14, 803-812 (1995).</li><li>Kauffman, A., Parsons, L., Stein, G., Wills, A., Kaletsky, R., Murphy, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans+Positive+Butanone+Learning,+Short-term,+and+Long-term+Associative+Memory+Assays.">C. elegans Positive Butanone Learning, Short-term, and Long-term Associative Memory Assays.</a> J. Vis. Exp. (49), e2490 (2011).</li><li>Troemel, E. R., Kimmel, B. E., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reprogramming+chemotaxis+responses:+sensory+neurons+define+olfactory+preferences+in+C.+elegans.">Reprogramming chemotaxis responses: sensory neurons define olfactory preferences in C. elegans.</a> Cell. 91, 161-169 (1997).</li><li>Pierce-Shimomura, J. T., Morse, T. M., Lockery, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fundamental+role+of+pirouettes+in+Caenorhabditis+elegans+chemotaxis.">The fundamental role of pirouettes in Caenorhabditis elegans chemotaxis.</a> J Neurosci. 19, 9557-9569 (1999).</li><li>Frokjaer-Jensen, C., Ailion, M., Lockery, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ammonium-acetate+is+sensed+by+gustatory+and+olfactory+neurons+in+Caenorhabditis+elegans.">Ammonium-acetate is sensed by gustatory and olfactory neurons in Caenorhabditis elegans.</a> PLoS One. 3, e2467 (2008).</li><li>Porta-de-la-Riva, M., Fontrodona, L., Villanueva, A., Cer&#243;n, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+Caenorhabditis+elegans+Methods:+Synchronization+and+Observation.">Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation.</a> J. Vis. Exp. (64), e4019 (2012).</li><li>Sengupta, P., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+fate+specification+and+differentiation+in+the+nervous+system+of+Caenorhabditis+elegans.">Cell fate specification and differentiation in the nervous system of Caenorhabditis elegans.</a> Dev. Genet. 18, 73-80 (1996).</li><li>Hart, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Behavior.">Behavior.</a> WormBook. , (1895).</li></ol>

Chemiotassi, anche se controllato da un complesso insieme di meccanismi neuronali e cellulari, può essere facilmente e oggettivamente quantificato utilizzando saggi di chemiotassi. Per ottenere i migliori risultati da saggi, alcuni passaggi critici devono essere prese. In primo luogo, mettendo in scena i vermi è essenziale per produrre risultati sperimentali coerenti. Worms in diverse fasi della vita comportano in modo diverso 13; worm stage in modo misto può risultati sperimentali skew. In secondo luogo, ...

Ward primo sviluppato il saggio di chemiotassi nel 1973 5, e da allora ha avuto vasta portata delle applicazioni. Neurobiologia è un campo che ha beneficiato di utilizzare una varietà di saggi di chemiotassi. Adattamento olfattivo, una semplice forma di apprendimento e memoria, è stata dimostrata in C. elegans utilizzando saggi di chemiotassi 6. Essi sono stati utilizzati anche per dimostrare che C. elegans possono sviluppare tolleranza etanolo-un risultato che dimostra non solo la plasticità comportamentale dei vermi, ma che mostra anche che i vermi possono essere molto utile nello studio della dipendenza umana 3. I saggi sono stati anche sviluppati per dimostrare la capacità di C. elegans per memorizzare breve e memoria a lungo termine, mostrando che le associazioni sono fatte dai vermi tra fattori chemiotattici e cibo (OP50) 7. Inoltre, data la vasta informazioni attualmente disponibili per quanto riguarda la C. elegans genoma, il chemotaxis comportamento di C. elegans è stato modificato numerose volte inducendo mutazioni 1,8. Ciò consente molte possibilità ingegneria eccitanti, come lo sviluppo di C. elegans come strumento di biorisanamento. Così, dal momento che lo sviluppo iniziale del saggio chemiotassi nel 1973, è stato spesso modificato e utilizzato per spiegare i misteri in una varietà di discipline. Alcuni saggi volti alla scoperta del percorso specifico assunto dai vermi verso un bersaglio. Il saggio prototipo di questo tipo è stato sviluppato da Ward 5. Tre i vermi sono stati collocati su agar fuso per 15 min. I loro movimenti furono rilevati dalla impronta hanno lasciato mentre viaggiavano dalla periferia della piastra un gradiente fino a un attrattivo al centro della piastra. Tutti i vermi sulla piastra sono stati arrestati utilizzando cloroformio alla fine di ogni prova. Uno discendente di questo metodo collocato un singolo verme nel mezzo della piastra con l&#39;attrattiva e il controllo di unt distanze uguali e contrarie dall&#39;origine 2. Pierce-Shimomura et al. sviluppato un saggio per osservare l&#39;esatta natura del movimento coinvolti nella chemiotassi 9. Vermi individuali sono stati collocati in nove centimetri piastre di Petri o che contengono una concentrazione uniforme di una sostanza attrattiva o una sfumatura a forma radiale, che si conclude con la fonte di una sostanza attrattiva. Un programma software per computer che riconosce il verme è stata usata per registrare il comportamento osservato. Una videocamera collegata ad un microscopio lavorato in collaborazione con la fase di regolare automaticamente la piastra Petri come dosaggio corse a garantire il verme rimasto nel campo visivo. Da questo, le informazioni più dettagliate è stata scoperta per quanto riguarda la causa di piroette visualizzati da C. elegans. Altri saggi, più simile a quello descritto qui, testato la risposta di una vasta popolazione di vermi a composti di prova. Due quadranti chemiotassi test sono statiutilizzati per esplorare i ruoli che i vari neuroni, recettori e molecole di trasduzione del segnale riprodotti quando C. elegans è stato esposto a vari composti 1. Tra 20-50 vermi lavate sono state collocate vicino al centro del piatto con una attrattiva e un controllo ad estremità polari insieme con l&#39;anestetico, sodio azide (NaN 3). Dopo 60 minuti, un indice chemiotattica con valori da -1.0 a +1.0 è stata generata sulla base della differenza tra il numero di vermi venivano apposta sul attrattivo o il controllo. Un indice chemiotattica simile è stato utilizzato nel saggio riportato in questo articolo, sebbene il saggio precedenza omesso di valutare rigorosamente vermi non mobili. Questo saggio è stato poi ulteriormente applicata a testare gli effetti di ablazione neuronale sulla chemiotassi. Un&#39;altra variante del citato saggio è stato eseguito dove 100-200 vermi sono stati collocati al centro di una piastra contenente quattro quadranti 3. Quadranti adiacenti o contenevano il test ocontrollare la sostanza. Come in saggi precedenti, i vermi state immobilizzate con l&#39;azione del sodio azide prima di essere ottenuto. Un metodo simile è descritto qui come un modo per valutare la risposta di C. elegans a vari composti. Tuttavia, il metodo seguito ha il vantaggio di valutare solo i vermi che hanno superato una distanza limite che separa cellulare da vermi immobili. Altri test hanno incorporato linee guida simili per ignorare i vermi immobili. Frøkjær-Jensen et al. sviluppato un saggio versatile che può essere utilizzato per testare composti solubili sia volatili e acqua 10. Un piatto Petri è stata divisa in quattro quadranti. I quadranti superiore e inferiore non contengono solventi. Il quadrante di sinistra conteneva acqua, e il diritto di cui il attrattivo. Quando si testano odoranti volatili, l&#39;analita è stato posto sul coperchio del piatto, sulla corretta quadrante, mentre i composti solubili in acqua sono stati posizionati direttamente sul agar. I metodi attualmente esistenti per valutare la risposta chemiotattica di C. elegans sono costantemente in fase di perfezionamento per ottimizzare la loro facilità d&#39;uso, efficienza e precisione. Così, mentre il saggio descritto qui ha la capacità di valutare il maggior numero di vermi (massimo throughput:. 250 vermi / ora per piastra, leggermente maggiore della velocità dimostrata da Lee et al 3); la vera forza di questo metodo è l&#39; succinta culmine di molti degli attributi di test precedenti (Tabella 1).

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td>Name of Reagent/Material</td>
 <td>Company</td>
 <td>Catalogue Number</td>
 <td>Comments</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>S Basal (- cholesterol) [5.8 g NaCl; 1 M K phosphate buffer, pH 6.0; dH2O to 1 liter.] Autoclave</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>PicoFuge</td>
 <td>Stratagene</td>
 <td>400552</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Microscopes</td>
 <td>Leica</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Dissecting</td>
 <td>Leica</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>P1000 Pipette</td>
 <td>Gilson</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>P10 Pipette</td>
 <td>Gilson</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>0.5 M Sodium Azide</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Chemotaxis Agar [1.6% BBL-agar (Benton-Dickinson) or 2% Difco-agar. Autoclave. Add 5 mM potassium phosphate, pH 6.0; 1 mM CaCl2, 1 mM MgSO4]</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ethanol/Distilled Water</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Test Compounds (eg. 0.5% diacetyl)</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Agar</td>
 <td>Bio-Rad</td>
 <td>166-0600</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>NH4Cl</td>
 <td>Amresco</td>
 <td>CA97062-046</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>MOPS</td>
 <td>VWR</td>
 <td>CA12001-120</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>NH4OH</td>
 <td>BDH</td>
 <td>CABDH8641-2</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>0.25% Tween 20</td>
 <td>Bio-Rad</td>
 <td>170-6531</td>
 <td>&nbsp;</td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

c. elegans chemotaxis assay

Molti organismi utilizzare chemiotassi a cercare fonti di cibo, evitare sostanze nocive, e trovare compagni. Caenorhabditis elegans è impressionante comportamento chemiotassi. La premessa dietro testare la risposta dei vermi a un odorizzante è quello di metterli in una zona e osservare il movimento evocata in risposta a un odorizzante. Anche con i molti saggi disponibili, ottimizzando verme partendo posizione rispetto sia al controllo e aree di test, minimizzando l&#39;interazione di vermi con l&#39;altro, pur mantenendo dimensioni significative campione rimane un lavoro in corso 1-10. Il metodo qui descritto mira a risolvere questi problemi modificando il saggio sviluppato da Bargmann et al. 1. Una capsula di Petri è diviso in quattro quadranti, due quadranti opposti contrassegnati &quot;Test&quot; e due sono designati &quot;Control&quot;. Anestetico viene posto in tutti i test e siti di controllo. I vermi sono collocati nel centro del piatto con un circle segnato attorno all&#39;origine per garantire che i vermi non mobili saranno ignorati. Utilizzando un sistema a quattro quadranti piuttosto che uno o due 2 1 elimina polarizzazione nel movimento dei vermi, come sono equidistanti dai campioni di prova e di controllo, indipendentemente da quale lato della provenienza cominciarono. Questo aggira il problema di vermi essere costretti a viaggiare attraverso un cluster di altri worm per rispondere a un odorizzante, che può ritardare vermi o costringerli a prendere un percorso più tortuoso, ottenendo una interpretazione non corretta del loro percorso previsto. Questo metodo presenta anche vantaggi pratici da avere un campione più ampio e che consente al ricercatore di eseguire il test incustodito e segnare i vermi una volta che il tempo a disposizione è scaduto.

Confrontando wild-type (N2) C. elegans alla ODR-10 (KY10) mutante. Abbiamo usato diacetile, un noto C. elegans chemiotattico, confrontare vermi tipo selvatico a quello di un mutante che manca il recettore per diacetile 1,12. Per tipo selvatico (N2) vermi l&#39;indice chemiotattico era 0.100 ± 0.066 per l&#39;etanolo, e 0,839 ± 0,031-0,5% diacetile. Come previsto, diacetile provoca una risposta chemoattractive significativo da worm wild-type (p &l...

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C. elegans Chemotaxis Assay

Un metodo di valutazione quantitativa della risposta chemiotattica dei<em&gt; Caenorhabditis elegans</em&gt; È descritto. Un indice chemiotattico (CI) è stato impiegato come un modo per valutare con precisione la risposta dei vermi a determinati obiettivi, e servire da piattaforma di confronto tra i ceppi e composti di interesse.

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