Name: depletion of ribosomal rna for mosquito gut metagenomic rna-seq
Uploaded: 2013-04-07T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Depletion of Ribosomal RNA for Mosquito Gut Metagenomic RNA-seq at JoVE.com

この作品は、NIHの助成金1SC2GM092789-01A1でサポートされており、MSはNMSUハワードヒューズ医学研究所学部研究プログラムの研究学者だった。ビデオは監督と生産エイミーLanasaによってとNMSUのクリエイティブメディア研究所で博士フィリップ·ルイスによってコーディネートされた。

手順 1。蚊飼育<ol><li> 27.5での昆虫館でリア蚊ハマダラカ G3の歪℃の明/暗の湿度80％と12時12時間の周期を持つ。 </li><li>比1:1でビール酵母でグランドキャットフードと幼虫を養う。 </li><li>産卵のために3日目発芽後にマウスの血液を蚊の成虫を養う。 </li></ol> 2。蚊腸解剖<ol><li>オートクレーブ解剖ツール（スライドや鉗子）。 </li><li>アスピレーター...

<ol>
	<li>Wang, Z., Gerstein, M., Snyder, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-Seq:+a+revolutionary+tool+for+transcriptomics.">RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.</a> Nat. Rev. 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Immunol. 48, 91-96 (2004).</li><li>Stewart, F. J., Ottesen, E. A., DeLong, E. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+quantitative+analyses+of+a+universal+rRNA-subtraction+protocol+for+microbial+metatranscriptomics.">Development and quantitative analyses of a universal rRNA-subtraction protocol for microbial metatranscriptomics.</a> ISME J. 4, 896-907 (2010).</li><li>Wang, Y., Gilbreath, T. M., Kukutla, P., Yan, G., Xu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+gut+microbiome+across+life+history+of+the+malaria+mosquito+Anopheles+gambiae+in+Kenya.">Dynamic gut microbiome across life history of the malaria mosquito Anopheles gambiae in Kenya.</a> PLoS One. 6, e24767 (2011).</li><li>Su, C., Sordillo, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+to+enrich+mRNA+from+total+prokaryotic+RNA.">A simple method to enrich mRNA from total prokaryotic RNA.</a> Mol. Biotechnol. 10, 83-85 (1998).</li><li>Gusmao, D. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culture-dependent+and+culture-independent+characterization+of+microorganisms+associated+with+Aedes+aegypti+(Diptera:+Culicidae)+(L.)+and+dynamics+of+bacterial+colonization+in+the+midgut.">Culture-dependent and culture-independent characterization of microorganisms associated with Aedes aegypti (Diptera: Culicidae) (L.) and dynamics of bacterial colonization in the midgut.</a> Acta Trop. 115, 275-281 (2010).</li><li>Lindh, J. M., Terenius, O., Faye, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=16S+rRNA+gene-based+identification+of+midgut+bacteria+from+field-caught+Anopheles+gambiae+sensu+lato+and+A.+funestus+mosquitoes+reveals+new+species+related+to+known+insect+symbionts.">16S rRNA gene-based identification of midgut bacteria from field-caught Anopheles gambiae sensu lato and A. funestus mosquitoes reveals new species related to known insect symbionts.</a> Appl. Environ. Microbiol. 71, 7217-7223 (2005).</li><li>Simon, C., Daniel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metagenomic+analyses:+past+and+future+trends.">Metagenomic analyses: past and future trends.</a> Appl. Environ. Microbiol. 77, 1153-1161 (2011).</li><li>Wang, Y., Qian, P. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conservative+fragments+in+bacterial+16S+rRNA+genes+and+primer+design+for+16S+ribosomal+DNA+amplicons+in+metagenomic+studies.">Conservative fragments in bacterial 16S rRNA genes and primer design for 16S ribosomal DNA amplicons in metagenomic studies.</a> PLoS One. 4, e7401 (2009).</li><li>Hunt, D. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+23S+rRNA+PCR+primers+for+use+in+phylogenetic+studies+of+bacterial+diversity.">Evaluation of 23S rRNA PCR primers for use in phylogenetic studies of bacterial diversity.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72, 2221-2225 (2006).</li></ol>

複雑な微生物群集は、蚊の腸内生態系14,16,17に格納されています。 Metatranscriptomicシング（RNA-seq）は全体の微生物のトランスクリプトーム4,18を問い合わせることによってコンテキスト依存機能情報を明らかにすることができます。技術的には、原核生物のmRNAのオリゴd（T）媒介濃縮が原因でメッセンジャーの安定したポリ（A）尾の不在には適用されません。別の方法として、...

次世代シーケンシング技術は大きく分類学的組成や微生物集団の遺伝的機能を評価できるようにすることで、メタゲノム研究を進めてきた。 RNA-シーケンシング（RNA-seq）が1は、異なる文脈2-5に微生物metatranscriptomesを調査するために、培養ベースのメソッドをバイパスすることができます。原核生物のmRNA種を安定的ポリアデニル化されていないため、微生物のRNA-seqの大きな障害とは、mRNAを濃縮することが困難であることである。したがって、オリゴd（T）媒介メッセンジャー濃縮は適用されません。豊富なrRNAの除去は、mRNAを豊かにするための代替的なアプローチです。そのようなMicroexpress細菌のmRNA濃縮キット（Ambion）、RiboMinusトランアイソレーションキット（細菌）（Life Technologies）を、優先的エキソヌクレアーゼでrRNAを劣化させるのmRNA-ONLY原核mRNAアイソレーションキット（エピセンター）などの商業rRNAの枯渇キットは、使用されてきたrRNAの6-8を取り除くため。 Microexpressでしかし、捕捉プローブまたはRiboMinusは未知の微生物から典型的なグラム陽性菌およびグラム陰性菌から知られているrRNAを除去するための良い（メーカーの仕様を参照してください）​​が、リボソームRNAとの互換性に欠けています。その結果、除去はメタゲノムサンプル8-10にはあまり効率的であるかもしれません。エキソヌクレアーゼ処理が11を塗布した場合に加えて、mRNA存在量の忠実度には疑問だった。全体的に、減算ベースrRNAの枯渇がより少ないバイアスとメタゲノムの設定10-13のmRNAの濃縮度のより効果的であった。 蚊の腸はダイナミック微生物群集14が収容されている 。我々は、RNA-Seqを使って蚊腸microbiomeの機能を特徴付けることに興味を持っています。蚊の根性から単離されたRNAサンプルでは、​​蚊や微生物RNAの両方が存在している。ここでは、効率的にサブトラクティブハイブリダイゼーションにより、蚊や微生物rRNAを除去するために、地域社会固有のrRNAのプローブを使用するように修正されたプロトコルを記述します。得られたmRNA濃縮されたサンプルは、RNA - seqのに適しています。ワークフロー全体を図1に描かれている。

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Reagent/Material </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Meta-G-Nome 				DNA isolation kit</td>
 <td>Epicentre</td>
 <td>MGN0910</td>
 <td>Metagenomic 				DNA isolation</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>TriPure </td>
 <td>Roche</td>
 <td>11667165001</td>
 <td>Mdetagenomic 				RNA isolation</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>MEGAscript 				T7 kit</td>
 <td>Ambion</td>
 <td>AM1334</td>
 <td>In 				vitro synthesis of RNA probes</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>RNaseZap</td>
 <td>Ambion</td>
 <td>AM9780</td>
 <td>RNase 				free working area </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Biotin-16-UTP</td>
 <td>Roche</td>
 <td>11388908910</td>
 <td>In 				vitro synthesis of RNA</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Biotin-11-CTP</td>
 <td>Roche</td>
 <td>4739205001</td>
 <td>In 				vitro synthesis of RNA</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Streptavidin 				magnetic beads</td>
 <td>NEB</td>
 <td>S1420S</td>
 <td>Capture 				of rRNA hybrids</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Magnetic 				separation rack</td>
 <td>NEB</td>
 <td>S1506S</td>
 <td>Capture 				of rRNA hybrids</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>RNeasy 				mini kit</td>
 <td>QIAGEN</td>
 <td>74104</td>
 <td>Purification 				of subtracted RNA</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>RNase-Free 				DNase Set</td>
 <td>QIAGEN</td>
 <td>79254</td>
 <td>Removal 				DNA contamination </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Agilent 				RNA 6000 Pico Kit</td>
 <td>Agilent 				Technologies Inc.</td>
 <td>5067-1513</td>
 <td>Electropherogram 				of RNA</td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Equipment </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Bio-Gen 				PRO200 				Homogenizer</td>
 <td>PRO 				Scientific</td>
 <td>01-01200</td>
 <td>Mosquito 				gut tissue homogenization</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>NanoDrop 				1000 Spectrophotometer</td>
 <td>Thermo 				Scientific</td>
 <td></td>
 <td>DNA 				&amp; RNA quantitation</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>2100 				Bioanalyzer</td>
 <td>Agilent 				Technologies Inc.</td>
 <td>G2940CA</td>
 <td>Electropherogram 				of RNA</td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

depletion of ribosomal rna for mosquito gut metagenomic rna-seq

蚊の腸は昆虫のライフサイクルのさまざまな段階でダイナミック微生物群集を収容する。腸コミュニティの遺伝能力と機能の特徴づけは、蚊生活特性に及ぼす腸内細菌叢に及ぼす影響への洞察を提供します。メタゲノムRNA-Seqは微生物群集中に存在する様々な微生物からトランスクリプトームを解析するための重要なツールとなっている。 rRNAは約90％を占めながら、メッセンジャーRNAは通常、全RNAのわずか百分の1から3を備えている。それは、ほとんどの原核生物のmRNA種が安定してポリ（A）尾部を欠いているため、メタゲノム微生物RNAサンプルからメッセンジャーRNAを豊かにするために挑戦している。これは、オリゴd（T）媒介mRNA分離を防ぐことができます。ここでは、メタゲノムトータルRNAサンプルからrRNAを除去するためにrRNAの捕獲プローブ由来の試料を用いてプロトコルを記述します。開始するには、両方の蚊と微生物、大小のサブユニットrRNAの断片は、メタゲノムコミュニティのDNAサンプルから増幅されています。その後、コミュnity特異的なビオチン化アンチセンスリボソームRNAプローブは、T7 RNAポリメラーゼを用いてin vitro で合成される。ビオチン化されたrRNAのプローブは、全RNAにハイブリダイズさせる。ハイブリッドは、ストレプトアビジンコートビーズによって捕獲され、全RNAから削除されます。この減算ベースのプロトコルでは、効率的にtotal RNAサンプルから蚊や微生物rRNAの両方を削除します。 mRNAを濃縮試料をさらにRNA増幅およびRNA - seqのために処理される。

（2）サンプル特異的捕捉のrRNAプローブの作成、rRNAの（3）枯渇サブトラクティブハイブリダイゼーションによる総RNAからrRNAをPCR用のメタゲノムDNA鋳型の製造（1）：このプロトコルは、次の3つのセクションが含まれています。高品質メタゲノムDNAとRNAの単離は、全体のプロセスに不可欠です。修正されたメタG-ノームDNA単離プロトコルは、 図2に示すように、蚊根性から高品質?...

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Depletion of Ribosomal RNA for Mosquito Gut Metagenomic RNA-seq

リボソームRNA（rRNA）の枯渇プロトコルは蚊腸metatranscriptomeのRNA-seqのためのメッセンジャーRNA（mRNA）を豊かにするために開発されました。引き算を介しrRNAを除去するために使用されたサンプル特定のrRNAプローブは、蚊とその腸内微生物から作成されています。プロトコルのパフォーマンスは、rRNAの約90から99パーセントの除去をもたらすことができます。

モスキートガットメタゲノムRNA-seqのためのリボソームRNAの枯渇

The mosquito gut accommodates dynamic microbial communities across different stages of the insect's life cycle. Characterization of the genetic capacity ...

Research

JoVE Journal

Biology

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