Name: cryosectioning yeast communities for examining fluorescence patterns
Uploaded: 2012-12-26T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Cryosectioning Yeast Communities for Examining Fluorescence Patterns at JoVE.com

Biz onların kriyostat kullanma izni için Fred Hutchinson Kanser Araştırma Merkezi&#39;nde Jonathan Cooper Lab teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma NIH ve WM Keck Vakfı tarafından desteklenmiştir. BM Yaşam Bilim Araştırma Vakfı, Gordon ve Betty Moore akademisyendir. Biz bize yaptığı tespit protokolü paylaşmak için Daniel Gottschling minnettarız.

1. Maya Topluluklar Tespit <ol><li> Bir membran filtreden (; Şekil 2A, örneğin Millipore MF membran filtre) mayaya topluluklar büyütün. Bu protokol, bir 6 mm çapındaki membran filtre üzerinde daha az 2x10 8 hücrelerin, tipik bir topluluk karşılık gelir. </li><li> Iyi bir 1 cm çaplı (Şekil 2B) alt kapak 541 Whatman filtre kağıdı parçası kullanın. Bu whatman kağıt sonraki aşamalarda topluluk aktarmak için bir taşıyıcı olarak kullanılaca...

<ol>
	<li>Tolker-Nielsen, T., Molin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+Organization+of+Microbial+Biofilm+Communities.">Spatial Organization of Microbial Biofilm Communities.</a> Microbial Ecology. 40 (2), 75-84 (2000).</li><li>Moller, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=+In+Situ+Gene+Expression+in+Mixed-Culture+Biofilms:+Evidence+of+Metabolic+Interactions+between+Community+Members."> In Situ Gene Expression in Mixed-Culture Biofilms: Evidence of Metabolic Interactions between Community Members.</a> Appl. Environ. Microbiol. 64 (2), 721-732 (1998).</li><li>Lepp, P. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methanogenic+Archaea+and+human+periodontal+disease.">Methanogenic Archaea and human periodontal disease.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (16), 6176-6181 (2004).</li><li>V&#225;chov&#225;, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Architecture+of+developing+multicellular+yeast+colony:+spatio-temporal+expression+of+Ato1p+ammonium+exporter.">Architecture of developing multicellular yeast colony: spatio-temporal expression of Ato1p ammonium exporter.</a> Environmental Microbiology. 11 (7), 1866-1877 (2009).</li><li>Min&#225;rikov&#225;, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differentiated+Gene+Expression+in+Cells+within+Yeast+Colonies.">Differentiated Gene Expression in Cells within Yeast Colonies.</a> Experimental Cell Research. 271 (2), 296-304 (2001).</li><li>Shou, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthetic+cooperation+in+engineered+yeast+populations.">Synthetic cooperation in engineered yeast populations.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104, 1877-1882 (2007).</li><li>Momeni, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cooperation+generates+a+unique+spatial+signature+in+microbial+communities.">Cooperation generates a unique spatial signature in microbial communities.</a> , (2012).</li><li>Kiernan, J., ed, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Histological and Histochemical Methods: Theory and Practice. , 4 (2008).</li><li>Piccirillo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Rim101p/PacC+Pathway+and+Alkaline+pH+Regulate+Pattern+Formation+in+Yeast+Colonies.">The Rim101p/PacC Pathway and Alkaline pH Regulate Pattern Formation in Yeast Colonies.</a> Genetics. 184 (3), 707-716 (2010).</li></ol>

Burada sunulan prosedür maya toplulukların iç yapısını incelemek için bir yol sunar. Metanol sabitleme adım 8 maya kolonisi sertleştirir ve koloninin bütünlüğünü korur, ancak aynı zamanda sonuçların yorumlanmasında dikkate alınması gerektiğini büzülme 8 neden olur. Biz genellikle, doğrudan 9 düzeltmeden OCT gömülü koloniler göre maya kolonilerinin yüksekliği yaklaşık% 30 daralma, bkz. Çekmeyi önlemek için, cryosectioning i...

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar (isteğe bağlı) </td></tr><tr><td> 100% Metanol </td><td> JT Baker </td><td> 9070-01 </td><td></td></tr><tr><td> Tissue-Tek Ekim Bileşik </td><td> Andwin Bilimsel </td><td> 4583 </td><td></td></tr><tr><td> Whatman Sınıf No 541 Kantitatif Filtre Kağıdı </td><td> Whatman </td><td> 1541-047 </td><td></td></tr><tr><td> Millipore-MF Membran Filtre </td><td> Millipore </td><td> HAWP04700 </td><td></td></tr><tr><td> Kriyostat </td><td> Leica </td><td> CM 1510 S </td><td></td></tr></tbody></table>

cryosectioning yeast communities for examining fluorescence patterns

Mikroplar genellikle topluluklar yaşıyor. Bir topluluk içinde hücrelerin mekansal organizasyon topluluğu 1 hayatta kalma ve fonksiyon etkisi olduğuna inanılmaktadır. Konfokal ve iki foton mikroskopi dahil Optik kesit teknikleri, bakteri ve arke topluluklarının 2,3 mekansal organizasyon gözlemlemek için yararlı olduğu kanıtlanmıştır. Konfokal görüntüleme ve maya kolonileri fiziksel kesit kombinasyonu hücreleri 4 iç organizasyonu ortaya koymuştur. Ancak, konfokal veya iki foton mikroskopi kullanılarak doğrudan optik kesit maya kolonileri içine derin bir kaç hücre tabakaları ulaşmak için sadece mümkün olmuştur. Bu sınırlama nedeniyle maya hücreleri 4 ışık güçlü saçılma muhtemeldir. Burada, sabitleme ve Saccharomyces cerevisiae topluluklar içinde floresan hücrelerin mekansal dağılımını elde etmek için cryosectioning dayalı bir yöntem sunuyoruz. Biz sabitleştirici ajan olarak metanol kullanımıhücrelerinin mekansal dağılımını korumak. Sabit topluluklar Kriyostaz OCT bileşiği, dondurulmuş ve cryosectioned ile infiltre edilir. Bölümlerin Floresans görüntüleme toplum içinde floresan hücrelerin iç organizasyonunu ortaya koymaktadır. Kırmızı ve yeşil floresan protein eksprese eden maya suşu oluşan toplulukların örnekleri de mantar kolonileri 2.3 içinde gen ekspresyonunun bu gibi floresan hücrelerinin uzaysal dağılımının ortaya çıkarmak için cryosectioning yöntem potansiyellerini göstermek. Bizim odak Saccharomyces cerevisiae topluluklar olmuştur rağmen, aynı yöntem potansiyel olarak diğer mikrobiyal topluluklar incelemek için uygulanabilir.

Kırmızı-yeşil-etiketli rakip popülasyonları 6 içeren bira mayası toplulukların dikey kesit görüntüleri floresans Şekil 3 &#39;de gösterilmiştir. Bu topluluklar, maya ve uzay gibi paylaşılan kaynaklar, onların rekabet iki Prototrofik suşlarının oluşur olarak düşey kesitleri gösterilir kolumnar desenleri 7, yol açar. Tek bir hücreye Kararları aşağı kesitlerde çözülebilir. Şekil 3 Şekil 1&#39;de protokolleri takip ederek (alt) ve (?...

Watch this Scientific Journal Video about Cryosectioning Yeast Communities for Examining Fluorescence Patterns at JoVE.com

Cryosectioning Yeast Communities for Examining Fluorescence Patterns

Biz floresan hücrelerin iç kalıplarını gözlemlemek maya topluluklar donma ve cryosectioning için bir protokol mevcut. Yöntem metanol-sabitleme dayalıdır ve bir topluluk içinde floresan proteinleri inaktive olmadan hücrelerinin mekansal dağılımını korumak için OCT-katıştırma.

Floresans Desenler incelenmesi için Maya Toplulukları Cryosectioning

Microbes typically live  in communities. The spatial organization  of cells within a community is believed to impact the survival and function of the  ...

Research

JoVE Journal

Biology

Flash Freezing and Cryosectioning E12.5 Mouse Brain

Flaş Dondurma ve E12.5 Fare Beyin Cryosectioning

Microbial Communities in Nature and Laboratory - Interview

Doğa ve Laboratuvar Mikrobiyal Toplulukları - Röportaj

Biology of Microbial Communities  - Interview

Mikrobiyal Toplulukları Biyoloji - Röportaj

A Microfluidic Device with Groove Patterns for Studying Cellular Behavior

Hücresel Davranış incelenmesi için Groove Desenler mikroakışkan Aygıt

We describe a microfluidic device with microgrooved patterns for studying cellular behavior.  This microfluidic platform consists of a top fluidic channel ...

Time-lapse Imaging of Mitosis After siRNA Transfection

Zaman atlamalı Görüntüleme siRNA Transfeksiyon sonra Mitoz

Changes in cellular organization and chromosome dynamics that occur during mitosis are tightly coordinated to ensure accurate inheritance of genomic and ...

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

Membran Proteinleri Konformasyonel Dynamics incelenmesi In situ Site Floresan Etiketleme

Two electrode voltage clamp electrophysiology (TEVC) is a powerful tool to investigate the mechanism of ion transport1 for a wide variety of membrane ...

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

MR Genomik - Sıra Desenler Genomik DNA içinde incelenmesi için Kamu Kaynak

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

A Fluorescence Microscopy Assay for Monitoring Mitophagy in the Yeast Saccharomyces cerevisiae

A Fluorescence Microscopy Assay for Monitoring Mitophagy in the Yeast Saccharomyces cerevisiae

Maya İzleme Mitophagy Floresan Mikroskopi Testi Saccharomyces cerevisiae

Autophagy is important for turnover of cellular components under a range of different conditions. It serves an essential homeostatic function as well as a ...

Quantitative Live Cell Fluorescence-microscopy Analysis of Fission Yeast

Fisyon Maya Kantitatif Canlı Hücre Floresan mikroskopi Analizi

Several microscopy techniques are available today that can detect a specific protein within the cell. During the last decade live cell imaging using ...

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

Radyoaktif In situ</emDoku Çeşitli Gen Patterns Saptayan> Hibridizasyon

Knowing the timing, level, cellular localization, and cell type that a gene is expressed in contributes to our understanding of the function of the gene. ...