Name: collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment
Uploaded: 2012-11-15T11:55:00
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この作品は、米国国立科学財団（EAR-0920299およびEAR-0745808）からの補助金によって支えられて、米国国立科学財団（東アジア·太平洋担当）サマー研究所、アメリカ研究助成プログラムと大学院研究奨学金同窓会助成地質学会をオハイオ州立大学から。我々は彼らの洞察に満ちたコメントのためのエディタと二人の匿名査読者に感謝したいと思います。

1。 MTBのコレクション<ol><li>磁性細菌を収集する淡水サイト（MTB）を決定する際に、それが柔らかい泥質堆積物の層を有する池や動きの遅い流れから開始するのが最適であることが多い。このデモでは、コロンバスのオハイオ州立大学（OSU）、オハイオ州（アメリカ）のキャンパス内にOlentangy川の端でサンプルを収集した。これは私たちのデモのために便利な場所でしたが、ここで説明され...

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	<li>Blakemore, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetotactic+bacteria.">Magnetotactic bacteria.</a> Science. 190, 377-379 (1975).</li><li>Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetotactic+bacteria.">Magnetotactic bacteria.</a> Annual Reviews in Microbiology. 36, 217-238 (1982).</li><li>Bazylinski, D. A., Frankel, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlled+Biomineralization+of+Magnetite+(Fe3O4)+and+Greigite+(Fe3S4)+in+a+Magnetotactic+Bacterium.">Controlled Biomineralization of Magnetite (Fe3O4) and Greigite (Fe3S4) in a Magnetotactic Bacterium.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61, 3232-3239 (1995).</li><li>Lefevre, C. T., Menguy, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Cultured+Greigite-Producing+Magnetotactic+Bacterium+in+a+Novel+Group+of+Sulfate-Reducing+Bacteria.">A Cultured Greigite-Producing Magnetotactic Bacterium in a Novel Group of Sulfate-Reducing Bacteria.</a> Science. 334, 1720-1723 (2011).</li><li>Simmons, S. L., Bazylinski, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=South-seeking+magnetotactic+bacteria+in+the+Northern+Hemisphere.">South-seeking magnetotactic bacteria in the Northern Hemisphere.</a> Science. 311, 371-374 (2006).</li><li>Wolfe, R., Thauer, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+'capillary+racetrack'+method+for+isolation+of+magnetotactic+bacteria.">A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria.</a> FEMS Microbiology Letters. 45, 31-35 (1987).</li><li>Rodgers, F. G., Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intercellular+structure+in+a+many-celled+magnetotactic+prokaryote.">Intercellular structure in a many-celled magnetotactic prokaryote.</a> Archives of Microbiology. 154, 18-22 (1990).</li><li>Moench, T. T., Konetzka, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+method+for+the+isolation+and+study+of+a+magnetotactic+bacterium.">A novel method for the isolation and study of a magnetotactic bacterium.</a> Archives of Microbiology. 119, 203-212 (1978).</li><li>Balkwill, D., Maratea, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrastructure+of+a+magnetotactic+spirillum.">Ultrastructure of a magnetotactic spirillum.</a> Journal of Bacteriology. 141, 1399-1408 (1980).</li><li>Lins, U., Freitas, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+homemade+apparatus+for+harvesting+uncultured+magnetotactic+microorganisms.">Simple homemade apparatus for harvesting uncultured magnetotactic microorganisms.</a> Brazilian Journal of Microbiology. 34, 111-116 (2003).</li><li>Jogler, C., Lin, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+Cloning+of+the+Magnetotactic+Metagenome:+Identification+of+Magnetosome+Island+Gene+Clusters+in+Uncultivated+Magnetotactic+Bacteria+from+Different+Aquatic+Sediments.">Toward Cloning of the Magnetotactic Metagenome: Identification of Magnetosome Island Gene Clusters in Uncultivated Magnetotactic Bacteria from Different Aquatic Sediments.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75, 3972-3979 (2009).</li><li>Lin, W., Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Newly+Isolated+but+Uncultivated+Magnetotactic+Bacterium+of+the+Phylum+Nitrospirae+from+Beijing,+China.">Newly Isolated but Uncultivated Magnetotactic Bacterium of the Phylum Nitrospirae from Beijing, China.</a> Applied and Environmental Microbiology. 78, 668-675 (2012).</li><li>Li, J., Pan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomineralization,+crystallography+and+magnetic+properties+of+bullet-shaped+magnetite+magnetosomes+in+giant+rod+magnetotactic+bacteria.">Biomineralization, crystallography and magnetic properties of bullet-shaped magnetite magnetosomes in giant rod magnetotactic bacteria.</a> Earth and Planetary Science Letters. 293, 368-376 (2010).</li><li>Oestreicher, Z., Valerde-Tercedor, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetosomes+and+magnetite+crystals+produced+by+magnetotactic+bacteria+as+resolved+by+atomic+force+microscopy+and+transmission+electron+microscopy.">Magnetosomes and magnetite crystals produced by magnetotactic bacteria as resolved by atomic force microscopy and transmission electron microscopy.</a> Micron. 43, 1331-1335 (2012).</li></ol>

走磁性細菌は、必ずしもすべての水生環境8で発見されていないが、それらが発生した場合、それらは100のオーダーで見つけることができます- 2ミリリットル当たり1000個の細胞。光学顕微鏡を用いて、MTBを観察するためには、あなた自身のサ ​​ンプル8で約50細菌/ mlが必要になります。あなたのサンプル中にないか、または少数のMTBがない場合は、どちらかあなたの...

<table border="1"><tbody><tr><td> アイテム名 </td><td> 会社 </td><td> カタログ番号 </td><td> コメント（オプション） </td></tr><tr><td>スライドガラス</td><td>フィッシャー·サイエンティフィック</td><td> S95933 </td><td></td></tr><tr><td>ガラスパスツールピペット</td><td>フィッシャー·サイエンティフィック</td><td> 13から678-6A </td><td></td></tr><tr><td> Oリング</td><td>金物店</td><td></td><td></td></tr><tr><td>カバースリップ</td><td>フィッシャー·サイエンティフィック</td><td> 12-542B </td><td></td></tr><tr><td>棒磁石</td><td>フィッシャー·サイエンティフィック</td><td> S95957 </td><td></td></tr><tr><td>コンテナ</td><td>任意の</td><td></td><td>すべてプラストICまたは少なくとも0.5リットルを保持することができ、密閉できるガラス容器</td></tr><tr><td>コットン</td><td>任意の</td><td></td><td></td></tr><tr><td> 60X乾式レンズ付顕微鏡</td><td>ツァイス</td><td></td><td> 60X乾いたレンズは絶対に必要というわけではないが、これは油を使用せずに高NAを与える</td></tr><tr><td>ダイヤモンドペン</td><td>フィッシャー·サイエンティフィック</td><td> 08から675 </td><td></td></tr><tr><td> 0.22ミリメートルフィルター</td><td>フィッシャー·サイエンティフィック</td><td> 09-719C </td><td></td></tr><tr><td> 1mlシリンジ</td><td>フィッシャー·サイエンティフィック</td><td> NC9788564 </td><td></td></tr><tr><td>微量遠心チューブ</td><td>フィッシャー·サイエンティフィック</td><td> 02-681-320 </td><td></td></tr><tr><td> Formvar /カーボン200メッシュ、銅グリッド</td><td>テッド·ペラ社</td><td> 01800 </td><td></td></tr><tr><td>酢酸ウラニル</td><td>テッド·ペラ社</td><td> 19481 </td><td></td></tr><tr><td> TecnaiスピリットTEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tecnai F20 S / TEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment

走磁性細菌（MTB）は、最初、特にマサチューセッツ州（米国）の塩性湿地に収集する堆積物試料から1975年1に記載された水生微生物である。それ以来、MTBは世界2世界中から層状水と土砂の列が発見されました。すべてのマウンテンバイクに共通する一つの特徴は、マグネタイト（Fe 3 O 4）および/ ​​またはグレイジャイト鉄（Fe 3 S 4）、またはその両方3、4の細胞内、膜結合型磁気ナノ結晶であるmagnetosomesを含むことである。南半球では、それらは通常、磁石3,5の北の端に惹かれながら、北半球では、MTBは、典型的には、棒磁石の南の端に魅了されています。環境試料からMTBを隔離しようとするときに、このプロパティを利用することができる。 MTBを豊かにするための最も一般的な方法の1つは、天然源から堆積物と水を収集するために透明なプラスチック容器を使用することです淡水池など。北半球では、棒磁石の南の端は、堆積物 - 水界面でちょうど堆積物の上に容器の外側に接して配置されています。しばらくすると、細菌がピペットを用いて磁石の近くに容器内から削除することができ、その後キャピラリー競馬6と磁石を使用してさらに充実。かつて豊かに、細菌はハンギングドロップ法を用いた顕微鏡スライド上に配置し、光学顕微鏡で観察または銅グリッド上に堆積され、透過型電子顕微鏡（TEM）を用いて観察することができます。 この方法を使用して、孤立したMTBは、行動、鞭毛の種類と数、細胞の細胞形態、磁性結晶の形状、magnetosomes数、各セル内magnetosome鎖の数の組成を水泳などの特性を決定するために顕微鏡的に研究することができるnanomineral結晶、細胞内の液胞が存在する。

磁石は、環境試料（ 図1A）に含まれる磁性細菌（MTB）を単離するために使用することができる効果的なツールです。キャピラリー競馬場（ 図1B）は 、彼らはまた、環境試料中に含まれ、非走磁性微生物から分離することができる綿栓を介してそれらを誘致するためにMTBの磁気特性を使用しています。 <img alt="図1" src="/...

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Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment

我々は、天然水に適用できる磁性細菌（MTB）を収集する方法を示しています。 MTBを単離して、細菌の自然な磁気を利用しています比較的簡単なセットアップを使用して堆積物試料から濃縮することができます。孤立したMTBは、次に光学および電子顕微鏡の両方を用いて詳細に調べることができます。

当然のことながら環境から磁性細菌の発生の収集、分離、濃縮

Magnetotactic bacteria (MTB) are aquatic microorganisms that were first notably described in 19751 from sediment samples collected in salt marshes of ...

Research

JoVE Journal

Biology

Enrichment of NK Cells from Human Blood with the RosetteSep Kit from StemCell Technologies

StemCell Technologies社からRosetteSepキットと人間の血液からNK細胞の濃縮

Natural killer (NK) cells are large granular cytotoxic lymphocytes that belong to the innate immune system and play major roles in fighting against cancer ...

Blood Collection from the American Horseshoe Crab, Limulus Polyphemus

アメリカカブトガニ、カブトガニポリフェムスから採血

The horseshoe crab has the best-characterized immune system of any long-lived invertebrate.  The study of immunity in horseshoe crabs has been facilitated ...

Isolation of Small Noncoding RNAs from Human Serum

ヒト血清から小非コードRNAの分離

The analysis of RNA and its expression is a common feature in many laboratories. Of significance is the emergence of small RNAs like microRNAs, which are ...

Avian Semen Collection by Cloacal Massage and Isolation of DNA from Sperm

排せつマッサージと精子から DNA の隔離による鳥の精液採取

Collection of semen may be useful for a wide range of applications including studies involving sperm quality, sperm telomere dynamics, and epigenetics. ...

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

属磁性の走磁性細菌の成長: MSR 1、AMB 1 MS 1 株

Magnetotactic bacteria are Gram-negative, motile, mainly aquatic prokaryotes ubiquitous in freshwater and marine habitats. They are characterized by their ...

Isolation of Myoepithelial Cells from Adult Murine Lacrimal and Submandibular Glands

成人ネズミ涙腺および顎下腺からの筋上皮細胞の単離

The lacrimal gland (LG) is an exocrine tubuloacinar gland that secretes an aqueous layer of tear film. The LG epithelial tree is comprised of acinar, ...

Isolation and Enrichment of Human Lung Epithelial Progenitor Cells for Organoid Culture

オルガノイド培養のためのヒト肺上皮前駆細胞の単離と濃縮

Epithelial organoid models serve as valuable tools to study the basic biology of an organ system and for disease modeling. When grown as organoids, ...

Isolation and Differentiation of Primary White and Brown Preadipocytes from Newborn Mice

新生児マウスからの白色および褐色の前読細胞の分離と分化

The understanding of the mechanisms underlying adipocyte differentiation and function has greatly benefited from the use of immortalized white ...

Collection and Identification of Pollen from Honey Bee Colonies

ミツバチのコロニーからの花粉の収集と同定

Researchers often collect and analyze corbicular pollen from honey bees to identify the plant sources on which they forage for pollen or to estimate ...