Name: collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment
Uploaded: 2012-11-15T11:55:00
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미국 국립 과학 재단 (National Science Foundation) 동아시아 및 태평양 서머 연구소; 미국 연구 기금 프로그램의 지질 사회와 대학원 연구 장학금 졸업생 교부금이 작품은 미국 국립 과학 재단 (National Science Foundation) (EAR-0920299 및 EAR-0745808)의 보조금에 의해 지원되었다 오하이오 주립 대학에서. 우리는 자신의 통찰력 덧글에 대한 편집기와 두 개의 익명 리뷰어 감사드립니다.

1. MTB 수집 <ol><li> magnetotactic 박테리아를 수집 할 수있는 담수 사이트 (MTB)에 결정할 때, 그것은 종종 부드러운 진흙 퇴적물 층이있는 연못 또는 느리게 이동 스트림로 시작하는 것이 좋습니다. 이 예제에서 우리는 콜럼버스에있는 오하이오 주립 대학 (OSU), 오하이오 (USA)의 캠퍼스에있는 Olentangy 강의 가장자리에 샘플을 수집했습니다. 이 우리의 데모의 편리한 위치에있을 때, 여기에 설명 된 프로?...

<ol>
	<li>Blakemore, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetotactic+bacteria.">Magnetotactic bacteria.</a> Science. 190, 377-379 (1975).</li><li>Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetotactic+bacteria.">Magnetotactic bacteria.</a> Annual Reviews in Microbiology. 36, 217-238 (1982).</li><li>Bazylinski, D. A., Frankel, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlled+Biomineralization+of+Magnetite+(Fe3O4)+and+Greigite+(Fe3S4)+in+a+Magnetotactic+Bacterium.">Controlled Biomineralization of Magnetite (Fe3O4) and Greigite (Fe3S4) in a Magnetotactic Bacterium.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61, 3232-3239 (1995).</li><li>Lefevre, C. T., Menguy, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Cultured+Greigite-Producing+Magnetotactic+Bacterium+in+a+Novel+Group+of+Sulfate-Reducing+Bacteria.">A Cultured Greigite-Producing Magnetotactic Bacterium in a Novel Group of Sulfate-Reducing Bacteria.</a> Science. 334, 1720-1723 (2011).</li><li>Simmons, S. L., Bazylinski, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=South-seeking+magnetotactic+bacteria+in+the+Northern+Hemisphere.">South-seeking magnetotactic bacteria in the Northern Hemisphere.</a> Science. 311, 371-374 (2006).</li><li>Wolfe, R., Thauer, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+'capillary+racetrack'+method+for+isolation+of+magnetotactic+bacteria.">A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria.</a> FEMS Microbiology Letters. 45, 31-35 (1987).</li><li>Rodgers, F. G., Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intercellular+structure+in+a+many-celled+magnetotactic+prokaryote.">Intercellular structure in a many-celled magnetotactic prokaryote.</a> Archives of Microbiology. 154, 18-22 (1990).</li><li>Moench, T. T., Konetzka, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+method+for+the+isolation+and+study+of+a+magnetotactic+bacterium.">A novel method for the isolation and study of a magnetotactic bacterium.</a> Archives of Microbiology. 119, 203-212 (1978).</li><li>Balkwill, D., Maratea, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrastructure+of+a+magnetotactic+spirillum.">Ultrastructure of a magnetotactic spirillum.</a> Journal of Bacteriology. 141, 1399-1408 (1980).</li><li>Lins, U., Freitas, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+homemade+apparatus+for+harvesting+uncultured+magnetotactic+microorganisms.">Simple homemade apparatus for harvesting uncultured magnetotactic microorganisms.</a> Brazilian Journal of Microbiology. 34, 111-116 (2003).</li><li>Jogler, C., Lin, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+Cloning+of+the+Magnetotactic+Metagenome:+Identification+of+Magnetosome+Island+Gene+Clusters+in+Uncultivated+Magnetotactic+Bacteria+from+Different+Aquatic+Sediments.">Toward Cloning of the Magnetotactic Metagenome: Identification of Magnetosome Island Gene Clusters in Uncultivated Magnetotactic Bacteria from Different Aquatic Sediments.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75, 3972-3979 (2009).</li><li>Lin, W., Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Newly+Isolated+but+Uncultivated+Magnetotactic+Bacterium+of+the+Phylum+Nitrospirae+from+Beijing,+China.">Newly Isolated but Uncultivated Magnetotactic Bacterium of the Phylum Nitrospirae from Beijing, China.</a> Applied and Environmental Microbiology. 78, 668-675 (2012).</li><li>Li, J., Pan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomineralization,+crystallography+and+magnetic+properties+of+bullet-shaped+magnetite+magnetosomes+in+giant+rod+magnetotactic+bacteria.">Biomineralization, crystallography and magnetic properties of bullet-shaped magnetite magnetosomes in giant rod magnetotactic bacteria.</a> Earth and Planetary Science Letters. 293, 368-376 (2010).</li><li>Oestreicher, Z., Valerde-Tercedor, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetosomes+and+magnetite+crystals+produced+by+magnetotactic+bacteria+as+resolved+by+atomic+force+microscopy+and+transmission+electron+microscopy.">Magnetosomes and magnetite crystals produced by magnetotactic bacteria as resolved by atomic force microscopy and transmission electron microscopy.</a> Micron. 43, 1331-1335 (2012).</li></ol>

Magnetotactic 박테리아는 반드시 모든 수생 환경 8 찾을 수 없습니다하지만이 발생 할 때, 100의 순서에서 찾을 수 있습니다 - 밀리리터이 1000 셀. 광학 현미경을 사용하여 MTB를 관찰하기 위해, 당신은 약 50 균 / 샘플 8 ML이 필요합니다. 샘플에 또는 몇 MTB가없는 경우, 당신은 이걸 샘플을 수집하거나 다음 섹션에서 설명하는 기술 중 하나 이상을 시도해야합니다 새로운 환경 사?...

<table border="1"><tbody><tr><td> 항목 이름 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 </td><td> 코멘트 (선택 사항) </td></tr><tr><td> 유리 슬라이드 </td><td> 피셔 과학 </td><td> S95933 </td><td></td></tr><tr><td> 유리 파스퇴르 (Pasteur) pipets </td><td> 피셔 과학 </td><td> 13-678 - 6A </td><td></td></tr><tr><td> O-링 </td><td> 하드웨어 상점 </td><td></td><td></td></tr><tr><td> 커버 용지 </td><td> 피셔 과학 </td><td> 12 542B </td><td></td></tr><tr><td> 바 자석 </td><td> 피셔 과학 </td><td> S95957 </td><td></td></tr><tr><td> 컨테이너 </td><td> 어떤 </td><td></td><td> 모든 plast적어도 0.5 L를 개최 할 수 있으며 밀봉 할 수 IC 또는 유리 용기 </td></tr><tr><td> 면 </td><td> 어떤 </td><td></td><td></td></tr><tr><td> 60X 건조 렌즈 현미경 </td><td> Zeiss </td><td></td><td> 60X 건조 렌즈가 절대적으로 필요하지 않습니다,하지만이 기름을 사용하지 않고 높은 NA를 제공합니다 </td></tr><tr><td> 다이아몬드 펜 </td><td> 피셔 과학 </td><td> 08-675 </td><td></td></tr><tr><td> 0.22 mm 필터 </td><td> 피셔 과학 </td><td> 09-719C </td><td></td></tr><tr><td> 1 ML의 주사기 </td><td> 피셔 과학 </td><td> NC9788564 </td><td></td></tr><tr><td> Microcentrifuge 관 </td><td> 피셔 과학 </td><td> 02-681-320 </td><td></td></tr><tr><td> Formvar / 탄소200 메쉬, 구리 격자 </td><td> 테드 펠라 주식회사 </td><td> 01,800 </td><td></td></tr><tr><td> Uranyl 아세테이트 </td><td> 테드 펠라 주식회사 </td><td> 19,481 </td><td></td></tr><tr><td> Tecnai 정신 TEM </td><td> 페이 </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tecnai F20 S / TEM </td><td> 페이 </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment

Magnetotactic 균 (MTB)는 첫째 특히 메사추세츠 (USA)의 염 습지에서 수집 침전 샘플 1975 1에서 설명 된 수중 미생물 있습니다. 이후 MTB는 모두 세계 2 이상에서 층상 물과 침전물-열에서 발견되었습니다. 모든 MTB에 일반적인 기능들은 세포, 막 바인딩 된 자성 자철광의 nanocrystals (철 3 O 4) 및 / 또는 greigite (철 3 S 4) 또는 두 가지 모두 3 4아르 magnetosomes를 포함한다는 것입니다. 남반구에서 사람들은 보통 자석 3,5의 북쪽 끝 부분에 매력을하는 동안 북반구에서는 MTB는 일반적으로, 바 자석의 남쪽 끝 부분에 매력을 수 있습니다. 환경 샘플에서 MTB를 분리 할 때이 속성을 악용 할 수 있습니다. MTB를 풍성하게하는 가장 일반적인 방법 중 하나는, 천연 소스에서 침전물과 물을 수집하기 위해 투명한 플라스틱 용기를 사용하는 것입니다담수 연못 등. 북반구에서는, 바 자석의 남쪽 끝 단지 침전물 물 인터페이스에서 침전물 위의 컨테이너의 외부에 대한 배치됩니다. 약간의 시간 후, 박테리아는 피펫으로 자석 근처에있는 컨테이너의 내부에서 제거 할 수 있습니다 다음 모세관 경주 6 자석을 사용하여 더 값진 경험을했습니다. 일단, 풍부한 박테리아는 매달려 드롭 방법을 사용하여 현미경 슬라이드에 배치 할 수 있으며 가벼운 현미경에서 관찰 또는 구리 그리드에 입금 및 전송 전자 현미경 (TEM)을 사용하여 관찰했다. 이 방법 사용 절연 MTB는 미세 또한 수영과 같은 특성을 결정하기 위해 연구 될 수 세포, 자기 결정의 모양, magnetosomes 수, 각 셀에 magnetosome 체인의 수의 구성의 flagella, 세포 형태학의 행동 유형과 번호 nanomineral 결정하고, 세포 내 액포의 존재.

자석은 환경 샘플 (그림 1A)에 포함 된 magnetotactic 세균 (MTB)를 분리하는 데 사용할 수있는 효과적인 도구입니다. 모세관 경마장 (그림 1B)은 그들이 또한 환경 시료 내에 포함 된 비 magnetotactic 미생물에서 분리 될 수있는면 플러그인을 통해 유치를 MTB의 자기 속성을 사용합니다. <img alt="그림 1" src="/files/ftp_upload/50123/50123fig1.jpg...

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Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment

우리는 자연 물에 적용 할 수있는 magnetotactic 박테리아 (MTB)를 수집하는 방법을 보여줍니다. MTB는 고립과 박테리아의 자연 자기의 활용 비교적 간단한 설정을 사용하여 침전 샘플 풍부하게 할 수 있습니다. 절연 MTB 그런 다음 빛과 전자 현미경를 사용하여 자세하게 검토 할 수 있습니다.

당연히 환경에서 Magnetotactic 박테리아를 발생의 수집, 절연 및 강화

Magnetotactic bacteria (MTB) are aquatic microorganisms that were first notably described in 19751 from sediment samples collected in salt marshes of ...

Research

JoVE Journal

Biology

Enrichment of NK Cells from Human Blood with the RosetteSep Kit from StemCell Technologies

StemCell 기술에서 RosetteSep 키트와 함께 인간의 피를에서 NK 세포의 농축

Natural killer (NK) cells are large granular cytotoxic lymphocytes that belong to the innate immune system and play major roles in fighting against cancer ...

연구

생물학

Blood Collection from the American Horseshoe Crab, Limulus Polyphemus

미국 호르세쇼 게, Limulus Polyphemus의 혈액 수집

The horseshoe crab has the best-characterized immune system of any long-lived invertebrate.  The study of immunity in horseshoe crabs has been facilitated ...

Isolation of Small Noncoding RNAs from Human Serum

인간 혈청에서 작은 비 암호화 RNA를의 분리

The analysis of RNA and its expression is a common feature in many laboratories. Of significance is the emergence of small RNAs like microRNAs, which are ...

Avian Semen Collection by Cloacal Massage and Isolation of DNA from Sperm

조류 정액 컬렉션 Cloacal 마사지와 정액에서 DNA의 분리

Collection of semen may be useful for a wide range of applications including studies involving sperm quality, sperm telomere dynamics, and epigenetics. ...

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

속 Magnetospirillum의 Magnetotactic 박테리아 성장: 변종 MSR-1, 자녀-1 및 MS-1

Magnetotactic bacteria are Gram-negative, motile, mainly aquatic prokaryotes ubiquitous in freshwater and marine habitats. They are characterized by their ...

Isolation of Myoepithelial Cells from Adult Murine Lacrimal and Submandibular Glands

성인 뮤 린 눈물과 턱 밑 동맥에서 Myoepithelial 세포의 고립

The lacrimal gland (LG) is an exocrine tubuloacinar gland that secretes an aqueous layer of tear film. The LG epithelial tree is comprised of acinar, ...

Isolation and Enrichment of Human Lung Epithelial Progenitor Cells for Organoid Culture

오가노이드 배양을 위한 인간 폐 상피 전구 세포의 분리 및 농축

Epithelial organoid models serve as valuable tools to study the basic biology of an organ system and for disease modeling. When grown as organoids, ...

Isolation and Differentiation of Primary White and Brown Preadipocytes from Newborn Mice

신생아 마우스에서 기본 백색및 갈색 프레드포스세포의 격리 및 분화

The understanding of the mechanisms underlying adipocyte differentiation and function has greatly benefited from the use of immortalized white ...

Collection and Identification of Pollen from Honey Bee Colonies

꿀벌 식민지에서 꽃가루의 수집 및 식별

Researchers often collect and analyze corbicular pollen from honey bees to identify the plant sources on which they forage for pollen or to estimate ...

Swabbing the Urban Environment - A Pipeline for Sampling and Detection of SARS-CoV-2 From Environmental Reservoirs

도시 환경 면봉 - 환경 저수지에서 SARS-CoV-2의 샘플링 및 검출을 위한 파이프라인

To control community transmission of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) during the 2020 global pandemic, most countries ...