Name: collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment
Uploaded: 2012-11-15T11:55:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment at JoVE.com

Эта работа была поддержана грантами от Национального научного фонда США (EAR-0920299 и EAR-0745808), Национальный научный фонд США Восточной Азии и Тихого Летние институты; Геологического общества Америки Программа исследовательских грантов и грантов для выпускников Высшей исследования и стипендии из Университета штата Огайо. Мы хотели бы поблагодарить редактора и двух анонимных рецензентов за их ценные комментарии.

1. Коллекция MTB <ol><li> При принятии решения о пресноводных сайт для сбора магнитотактических бактерий (MTB), часто лучше всего начать с прудом или медленно движущийся поток, который имеет мягкий мутный слой осадка. В этой демонстрации мы собрали образцы на краю Olentangy реки на территории студ...

<ol>
	<li>Blakemore, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetotactic+bacteria.">Magnetotactic bacteria.</a> Science. 190, 377-379 (1975).</li><li>Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetotactic+bacteria.">Magnetotactic bacteria.</a> Annual Reviews in Microbiology. 36, 217-238 (1982).</li><li>Bazylinski, D. A., Frankel, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlled+Biomineralization+of+Magnetite+(Fe3O4)+and+Greigite+(Fe3S4)+in+a+Magnetotactic+Bacterium.">Controlled Biomineralization of Magnetite (Fe3O4) and Greigite (Fe3S4) in a Magnetotactic Bacterium.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61, 3232-3239 (1995).</li><li>Lefevre, C. T., Menguy, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Cultured+Greigite-Producing+Magnetotactic+Bacterium+in+a+Novel+Group+of+Sulfate-Reducing+Bacteria.">A Cultured Greigite-Producing Magnetotactic Bacterium in a Novel Group of Sulfate-Reducing Bacteria.</a> Science. 334, 1720-1723 (2011).</li><li>Simmons, S. L., Bazylinski, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=South-seeking+magnetotactic+bacteria+in+the+Northern+Hemisphere.">South-seeking magnetotactic bacteria in the Northern Hemisphere.</a> Science. 311, 371-374 (2006).</li><li>Wolfe, R., Thauer, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+'capillary+racetrack'+method+for+isolation+of+magnetotactic+bacteria.">A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria.</a> FEMS Microbiology Letters. 45, 31-35 (1987).</li><li>Rodgers, F. G., Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intercellular+structure+in+a+many-celled+magnetotactic+prokaryote.">Intercellular structure in a many-celled magnetotactic prokaryote.</a> Archives of Microbiology. 154, 18-22 (1990).</li><li>Moench, T. T., Konetzka, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+method+for+the+isolation+and+study+of+a+magnetotactic+bacterium.">A novel method for the isolation and study of a magnetotactic bacterium.</a> Archives of Microbiology. 119, 203-212 (1978).</li><li>Balkwill, D., Maratea, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrastructure+of+a+magnetotactic+spirillum.">Ultrastructure of a magnetotactic spirillum.</a> Journal of Bacteriology. 141, 1399-1408 (1980).</li><li>Lins, U., Freitas, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+homemade+apparatus+for+harvesting+uncultured+magnetotactic+microorganisms.">Simple homemade apparatus for harvesting uncultured magnetotactic microorganisms.</a> Brazilian Journal of Microbiology. 34, 111-116 (2003).</li><li>Jogler, C., Lin, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+Cloning+of+the+Magnetotactic+Metagenome:+Identification+of+Magnetosome+Island+Gene+Clusters+in+Uncultivated+Magnetotactic+Bacteria+from+Different+Aquatic+Sediments.">Toward Cloning of the Magnetotactic Metagenome: Identification of Magnetosome Island Gene Clusters in Uncultivated Magnetotactic Bacteria from Different Aquatic Sediments.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75, 3972-3979 (2009).</li><li>Lin, W., Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Newly+Isolated+but+Uncultivated+Magnetotactic+Bacterium+of+the+Phylum+Nitrospirae+from+Beijing,+China.">Newly Isolated but Uncultivated Magnetotactic Bacterium of the Phylum Nitrospirae from Beijing, China.</a> Applied and Environmental Microbiology. 78, 668-675 (2012).</li><li>Li, J., Pan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomineralization,+crystallography+and+magnetic+properties+of+bullet-shaped+magnetite+magnetosomes+in+giant+rod+magnetotactic+bacteria.">Biomineralization, crystallography and magnetic properties of bullet-shaped magnetite magnetosomes in giant rod magnetotactic bacteria.</a> Earth and Planetary Science Letters. 293, 368-376 (2010).</li><li>Oestreicher, Z., Valerde-Tercedor, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetosomes+and+magnetite+crystals+produced+by+magnetotactic+bacteria+as+resolved+by+atomic+force+microscopy+and+transmission+electron+microscopy.">Magnetosomes and magnetite crystals produced by magnetotactic bacteria as resolved by atomic force microscopy and transmission electron microscopy.</a> Micron. 43, 1331-1335 (2012).</li></ol>

Магнитотактических бактерии не обязательно имеются в каждом водную среду 8, но когда они происходят, они могут быть найдены порядка 100 - 1000 клеток на миллилитр 2. Для того чтобы наблюдать MTB с помощью оптической микроскопии, необходимо около 50 бактерий / мл в образце 8. Есл...

<table border="1"><tbody><tr><td> Наименование </td><td> Компания </td><td> Номер в каталоге </td><td> Комментарии (по желанию) </td></tr><tr><td> Стеклах </td><td> Fisher Scientific </td><td> S95933 </td><td></td></tr><tr><td> Стекло Пастера пипец </td><td> Fisher Scientific </td><td> 13-678-6A </td><td></td></tr><tr><td> О-образное кольцо </td><td> Оборудование магазинов </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Обложка квитанции </td><td> Fisher Scientific </td><td> 12-542B </td><td></td></tr><tr><td> Стержневой магнит </td><td> Fisher Scientific </td><td> S95957 </td><td></td></tr><tr><td> Контейнер </td><td> Любой </td><td></td><td> Любой пластIC или стеклянный контейнер, который может содержать по меньшей мере 0,5 л и может быть опломбирована </td></tr><tr><td> Хлопок </td><td> Любой </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Микроскоп с объективом 60X сухой </td><td> Zeiss </td><td></td><td> 60X сухой объектив не является абсолютно необходимым, но это дает высокую НС без использования масла </td></tr><tr><td> Алмазный пера </td><td> Fisher Scientific </td><td> 08-675 </td><td></td></tr><tr><td> 0,22 мм фильтр </td><td> Fisher Scientific </td><td> 09-719C </td><td></td></tr><tr><td> 1 мл шприца </td><td> Fisher Scientific </td><td> NC9788564 </td><td></td></tr><tr><td> Микроцентрифуга труб </td><td> Fisher Scientific </td><td> 02-681-320 </td><td></td></tr><tr><td> Формвар / Carbon200 меш, медные сетки </td><td> Тед Пелла Инк </td><td> 01800 </td><td></td></tr><tr><td> Уранилацетата </td><td> Тед Пелла Инк </td><td> 19481 </td><td></td></tr><tr><td> Tecnai Дух TEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tecnai F20 S / TEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment

Магнитотактических бактерий (МТБ) являются водными микроорганизмами, которые впервые были описаны в частности 1975 1 из проб донных осадков, собранных в солончаки штата Массачусетс (США). С тех пор MTB были обнаружены в стратифицированную воды и осадка колонн со всего мира 2. Одной из особенностей, общих для всех MTB является то, что они содержат магнитосом, которые являются внутриклеточными, мембраносвязанных магнитных нанокристаллов магнетита (Fe 3 O 4) и / или грейгит (Fe 3 S 4) или как 3, 4. В Северном полушарии, MTB, как правило, привлекают к юго конца стержневого магнита, в то время как в южном полушарии они, как правило, привлекают к северному концу магнита 3,5. Это свойство может быть использовано при попытке изолировать MTB из проб окружающей среды. Одним из наиболее распространенных способов обогащения MTB является использование прозрачных пластиковых контейнеров для сбора осадка и воды из природного источника,таких как пресноводный пруд. В Северном полушарии, в южной части стержневого магнита помещается в отношении внешней поверхности контейнера чуть выше осадок в осадок-вода. Через некоторое время, бактерии могут быть удалены из внутри контейнера рядом с магнитом с помощью пипетки, а затем обогащенный дальнейшем с помощью капиллярной ипподроме 6 и магнита. Как только обогащается, бактерии могут быть размещены на предметное стекло микроскопа использовании висячей капли метод и наблюдать в световой микроскоп или наносится на медную сетку и наблюдать с помощью просвечивающей электронной микроскопии (ПЭМ). Используя этот метод, изолированные MTB могут быть изучены при помощи микроскопа, чтобы определить характеристики, такие как плавание поведения, тип и количество жгутиков, клеточной морфологии клеток, форма магнитных кристаллов, количество магнитосом, количество магнетосом сети в каждой ячейке, состав nanomineral кристаллов, а наличие внутриклеточных вакуолей.

Магнит является эффективным инструментом, который может быть использован для выделения магнитотактических бактерий (MTB), содержащихся в пробах окружающей среды (рис. 1А). Капиллярной ипподроме (рис. 1б) использует магнитные свойства MTB, чтобы привлечь их через ватный та...

Watch this Scientific Journal Video about Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment at JoVE.com

Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment

Мы демонстрируем метод сбора магнитотактических бактерий (MTB), которые могут быть применены к природной воды. MTB могут быть выделены и обогащенный из проб донных осадков с помощью сравнительно простой установки, которая использует природный магнетизм бактерий. Изолированные MTB могут быть подробно рассмотрены, используя как световой и электронной микроскопии.

Сбор, выделение и обогащение природного происхождения магнитотактических бактерий из окружающей среды

Magnetotactic bacteria (MTB) are aquatic microorganisms that were first notably described in 19751 from sediment samples collected in salt marshes of ...

Research

JoVE Journal

Biology

Enrichment of NK Cells from Human Blood with the RosetteSep Kit from StemCell Technologies

Обогащение NK клетки из человеческой крови Kit RosetteSep от StemCell Технологии

Natural killer (NK) cells are large granular cytotoxic lymphocytes that belong to the innate immune system and play major roles in fighting against cancer ...

Blood Collection from the American Horseshoe Crab, Limulus Polyphemus

Забор крови из американского Подкова Краб, Limulus Полифема

The horseshoe crab has the best-characterized immune system of any long-lived invertebrate.  The study of immunity in horseshoe crabs has been facilitated ...

Isolation of Small Noncoding RNAs from Human Serum

Выделение малых некодирующих РНК из сыворотки крови человека

The analysis of RNA and its expression is a common feature in many laboratories. Of significance is the emergence of small RNAs like microRNAs, which are ...

Avian Semen Collection by Cloacal Massage and Isolation of DNA from Sperm

Птичий Семен коллекции клоаки массаж и изоляции ДНК из спермы

Collection of semen may be useful for a wide range of applications including studies involving sperm quality, sperm telomere dynamics, and epigenetics. ...

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

Выращивание магнетотактик бактерии рода Magnetospirillum: штаммов MSR-1, АМБ-1 и MS-1

Magnetotactic bacteria are Gram-negative, motile, mainly aquatic prokaryotes ubiquitous in freshwater and marine habitats. They are characterized by their ...

Isolation of Myoepithelial Cells from Adult Murine Lacrimal and Submandibular Glands

Изоляция миоэпителиальных клеток от взрослых Мурина Лакрималила и Субмандибулярных желез

The lacrimal gland (LG) is an exocrine tubuloacinar gland that secretes an aqueous layer of tear film. The LG epithelial tree is comprised of acinar, ...

Isolation and Enrichment of Human Lung Epithelial Progenitor Cells for Organoid Culture

Выделение и обогащение эпителиальных клеток-предшественников легких человека для органоидной культуры

Epithelial organoid models serve as valuable tools to study the basic biology of an organ system and for disease modeling. When grown as organoids, ...

Isolation and Differentiation of Primary White and Brown Preadipocytes from Newborn Mice

Выделение и дифференциация первичных белых и коричневых преадипоцитов у новорожденных мышей

The understanding of the mechanisms underlying adipocyte differentiation and function has greatly benefited from the use of immortalized white ...

Collection and Identification of Pollen from Honey Bee Colonies

Сбор и идентификация пыльцы из пчелиных семей

Researchers often collect and analyze corbicular pollen from honey bees to identify the plant sources on which they forage for pollen or to estimate ...