Name: collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment
Uploaded: 2012-11-15T11:55:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment at JoVE.com

ABD Ulusal Bilim Vakfı Doğu Asya ve Pasifik Yaz Enstitüleri;; Amerika&#39;da Araştırma Bursu Programı Jeoloji Derneği&#39;nin ve Lisansüstü Araştırma ve Burs Mezunlar Hibeler Bu çalışma, ABD Ulusal Bilim Vakfı (EAR-0920299 ve EAR-0745808) hibe tarafından desteklenen Ohio Eyalet Üniversitesi. Biz onların anlayışlı yorum yapmak için editör ve iki anonim teşekkür etmek istiyorum.

1. MTB Koleksiyonu <ol><li> Magnetotactic bakteri toplamak için bir tatlı su sitede (MTB) karar verirken, genellikle yumuşak bir çamurlu tortu tabakası olan bir gölet veya yavaş hareket akışı ile başlamak en iyisidir. Bu gösteri biz Columbus Ohio State Üniversitesi (OSU), Ohio (ABD) kampüsünde Olentangy Nehri kenarında bir örnek toplanmıştır. Bu bizim gösteri için elverişli bir konumda iken, burada açıklanan protokol herhangi bir sucul yere uygulanabilir. Bu protokolde kullanılan malzemeler <...

<ol>
	<li>Blakemore, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetotactic+bacteria.">Magnetotactic bacteria.</a> Science. 190, 377-379 (1975).</li><li>Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetotactic+bacteria.">Magnetotactic bacteria.</a> Annual Reviews in Microbiology. 36, 217-238 (1982).</li><li>Bazylinski, D. A., Frankel, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlled+Biomineralization+of+Magnetite+(Fe3O4)+and+Greigite+(Fe3S4)+in+a+Magnetotactic+Bacterium.">Controlled Biomineralization of Magnetite (Fe3O4) and Greigite (Fe3S4) in a Magnetotactic Bacterium.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61, 3232-3239 (1995).</li><li>Lefevre, C. T., Menguy, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Cultured+Greigite-Producing+Magnetotactic+Bacterium+in+a+Novel+Group+of+Sulfate-Reducing+Bacteria.">A Cultured Greigite-Producing Magnetotactic Bacterium in a Novel Group of Sulfate-Reducing Bacteria.</a> Science. 334, 1720-1723 (2011).</li><li>Simmons, S. L., Bazylinski, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=South-seeking+magnetotactic+bacteria+in+the+Northern+Hemisphere.">South-seeking magnetotactic bacteria in the Northern Hemisphere.</a> Science. 311, 371-374 (2006).</li><li>Wolfe, R., Thauer, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+'capillary+racetrack'+method+for+isolation+of+magnetotactic+bacteria.">A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria.</a> FEMS Microbiology Letters. 45, 31-35 (1987).</li><li>Rodgers, F. G., Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intercellular+structure+in+a+many-celled+magnetotactic+prokaryote.">Intercellular structure in a many-celled magnetotactic prokaryote.</a> Archives of Microbiology. 154, 18-22 (1990).</li><li>Moench, T. T., Konetzka, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+method+for+the+isolation+and+study+of+a+magnetotactic+bacterium.">A novel method for the isolation and study of a magnetotactic bacterium.</a> Archives of Microbiology. 119, 203-212 (1978).</li><li>Balkwill, D., Maratea, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrastructure+of+a+magnetotactic+spirillum.">Ultrastructure of a magnetotactic spirillum.</a> Journal of Bacteriology. 141, 1399-1408 (1980).</li><li>Lins, U., Freitas, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+homemade+apparatus+for+harvesting+uncultured+magnetotactic+microorganisms.">Simple homemade apparatus for harvesting uncultured magnetotactic microorganisms.</a> Brazilian Journal of Microbiology. 34, 111-116 (2003).</li><li>Jogler, C., Lin, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+Cloning+of+the+Magnetotactic+Metagenome:+Identification+of+Magnetosome+Island+Gene+Clusters+in+Uncultivated+Magnetotactic+Bacteria+from+Different+Aquatic+Sediments.">Toward Cloning of the Magnetotactic Metagenome: Identification of Magnetosome Island Gene Clusters in Uncultivated Magnetotactic Bacteria from Different Aquatic Sediments.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75, 3972-3979 (2009).</li><li>Lin, W., Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Newly+Isolated+but+Uncultivated+Magnetotactic+Bacterium+of+the+Phylum+Nitrospirae+from+Beijing,+China.">Newly Isolated but Uncultivated Magnetotactic Bacterium of the Phylum Nitrospirae from Beijing, China.</a> Applied and Environmental Microbiology. 78, 668-675 (2012).</li><li>Li, J., Pan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomineralization,+crystallography+and+magnetic+properties+of+bullet-shaped+magnetite+magnetosomes+in+giant+rod+magnetotactic+bacteria.">Biomineralization, crystallography and magnetic properties of bullet-shaped magnetite magnetosomes in giant rod magnetotactic bacteria.</a> Earth and Planetary Science Letters. 293, 368-376 (2010).</li><li>Oestreicher, Z., Valerde-Tercedor, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetosomes+and+magnetite+crystals+produced+by+magnetotactic+bacteria+as+resolved+by+atomic+force+microscopy+and+transmission+electron+microscopy.">Magnetosomes and magnetite crystals produced by magnetotactic bacteria as resolved by atomic force microscopy and transmission electron microscopy.</a> Micron. 43, 1331-1335 (2012).</li></ol>

Magnetotactic bakteriler mutlaka her sucul ortamda 8 bulunmayan ancak ortaya çıktığında, onlar 100 sipariş üzerine bulunabilir - mililitrede 2 başına 1.000 hücreleri. Optik mikroskop kullanılarak MTB gözlemlemek için, yaklaşık 50 bakteri / numunenin 8 ml gerekir. Sizin örnek hiç veya az MTB varsa, o zaman ya da örnekleri toplamak veya sonraki bölümde ele tekniklerden birini veya birkaçını deneyin gerekir yeni bir çevresel sitesi seçmeniz gerekecektir. <p clas...

<table border="1"><tbody><tr><td> Ürün Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar (isteğe bağlı) </td></tr><tr><td> Cam slayt </td><td> Fisher Scientific </td><td> S95933 </td><td></td></tr><tr><td> Cam Pasteur pipetler </td><td> Fisher Scientific </td><td> 13-678-6A </td><td></td></tr><tr><td> O-ring </td><td> Donanım mağaza </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Kapak fişleri </td><td> Fisher Scientific </td><td> 12 542B </td><td></td></tr><tr><td> Çubuk mıknatıs </td><td> Fisher Scientific </td><td> S95957 </td><td></td></tr><tr><td> Konteyner </td><td> Herhangi </td><td></td><td> Herhangi plasten az 0,5 L tutabilir ve kapatılabilir ic veya cam kap </td></tr><tr><td> Pamuk </td><td> Herhangi </td><td></td><td></td></tr><tr><td> 60X kuru lens ile Mikroskobu </td><td> Zeiss </td><td></td><td> Bir 60X kuru lensi kesinlikle gerekli değildir, ama bu yağ kullanmadan yüksek NA verir </td></tr><tr><td> Elmas kalem </td><td> Fisher Scientific </td><td> 08-675 </td><td></td></tr><tr><td> 0.22 mm filtre </td><td> Fisher Scientific </td><td> 09-719C </td><td></td></tr><tr><td> 1 ml şırınga </td><td> Fisher Scientific </td><td> NC9788564 </td><td></td></tr><tr><td> Mikrosantrifüj tüpleri </td><td> Fisher Scientific </td><td> 02-681-320 </td><td></td></tr><tr><td> Formvar / Karbon200 örgü, bakır ızgaralar </td><td> Ted Pella Inc </td><td> 01800 </td><td></td></tr><tr><td> Uranil asetat </td><td> Ted Pella Inc </td><td> 19481 </td><td></td></tr><tr><td> Tecnai Ruh TEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tecnai F20 S / TEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment

Magnetotactic bakteriler (MTB) ilk başta Massachusetts (ABD) tuzlu bataklıklar toplanan sediment örnekleri 1975 1 tarif edilmiştir sucul mikroorganizmalardır. O zamandan beri MTB tüm dünyada 2 yerinden tabakalı su ve sediman-sütunlarında tespit edilmiştir. Her MTB ile ortak bir özelliği, hücre içi, zar bağlı manyetik magnetit nanokristaller (Fe 3 O 4) ve / veya greigite (Fe 3 S 4) ya da her ikisi de 3, 4, magnetosomes, yer almasıdır. Güney yarımkürede genellikle bir mıknatıs 3,5 kuzey ucunda çekiliyor ise Kuzey yarımkürede, MTB tipik bir bar mıknatısın güney ucuna çekilir. Çevresel numunelerden MTB izole etmek için çalışırken bu özellik kullanılabilir. MTB zenginleştirmek için en yaygın yollarından biri, bir doğal kaynak sediment ve su toplamak için net bir plastik kap kullanmaktırbir tatlı su birikintisi gibi. Kuzey yarımkürede, bar mıknatısın güney ucunda sadece sediman-su ara sediman Yukarıdaki kabın dışına karşı yerleştirilir. Bir süre sonra, bakteri bir pipet ile mıknatıs yakınında kabın içine çıkarılabilir ve daha sonra bir kılcal yarış pisti 6 ve bir mıknatıs kullanılarak daha da zenginleştirilmiş. Bir kez, zenginleştirilmiş bakteri asılı damla yöntemi kullanarak bir mikroskop lamı üzerine yerleştirilebilir ve bir ışık mikroskobu gözlenen veya bir bakır ızgara üzerine yatırılır ve transmisyon elektron mikroskobu (TEM) kullanılarak gözlenmiştir. Bu yöntemi kullanarak, izole MTB mikroskobik gibi yüzme gibi özelliklerini belirlemek için incelenebilir hücreleri, manyetik kristallerin şekli, magnetosomes sayısı, her hücrede magnetosome zincirlerinin sayısı, kompozisyonu flagella, hücre morfolojisi davranışları, tipi ve sayısı nanomineral kristaller ve intrasellüler vakuoller varlığı.

Bir mıknatıs çevresel örneklerde (Şekil 1A) bulunan magnetotactic bakteriler (MTB) izole etmek için kullanılan etkili bir araçtır. Bir kılcal racetrack (Şekil 1B) aynı zamanda çevresel numune içinde bulunan sigara magnetotactic mikroorganizmalar ayrılabilir bir pamuk yumağı içinden onları çekmek için MTB manyetik özelliklerini kullanır. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/50123/50123fig1.jpg"...

Watch this Scientific Journal Video about Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment at JoVE.com

Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment

Bu doğal sularda da uygulanabilir magnetotactic bakteriler (MTB) toplamak için bir yöntem göstermektedir. MTB izole ve bakteri doğal manyetizma yararlanır nispeten basit bir kurulumu kullanarak sediment örneklerinin zenginleştirilebilir. İzole MTB sonra ışık ve elektron mikroskobu kullanarak hem ayrıntılı olarak incelenebilir.

Doğal Çevre gelen Magnetotactic Bakteri meydana gelen toplanması, İzolasyon ve Zenginleştirme

Magnetotactic bacteria (MTB) are aquatic microorganisms that were first notably described in 19751 from sediment samples collected in salt marshes of ...

Research

JoVE Journal

Biology

Enrichment of NK Cells from Human Blood with the RosetteSep Kit from StemCell Technologies

İnsan Kanı StemCell Teknolojileri RosetteSep Kit ile gelen NK Hücreleri zenginleştirilmesi

Natural killer (NK) cells are large granular cytotoxic lymphocytes that belong to the innate immune system and play major roles in fighting against cancer ...

Blood Collection from the American Horseshoe Crab, Limulus Polyphemus

Amerikan Horseshoe Yengeç, Limulus Polyphemus&#39;un Kan Toplama

The horseshoe crab has the best-characterized immune system of any long-lived invertebrate.  The study of immunity in horseshoe crabs has been facilitated ...

Isolation of Small Noncoding RNAs from Human Serum

Insan serumundan küçük kodlayıcı olmayan RNA&#39;lar izolasyonu

The analysis of RNA and its expression is a common feature in many laboratories. Of significance is the emergence of small RNAs like microRNAs, which are ...

Avian Semen Collection by Cloacal Massage and Isolation of DNA from Sperm

Kuş sperm toplama Cloacal masaj ve Sperm DNA izolasyonu

Collection of semen may be useful for a wide range of applications including studies involving sperm quality, sperm telomere dynamics, and epigenetics. ...

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

Cins Magnetospirillummagnetotactic bakteri büyüyen: suşları MSR-1, AMB-1 ve MS-1

Magnetotactic bacteria are Gram-negative, motile, mainly aquatic prokaryotes ubiquitous in freshwater and marine habitats. They are characterized by their ...

Isolation of Myoepithelial Cells from Adult Murine Lacrimal and Submandibular Glands

Yetişkin Murine lacrimal ve submandibular bezlerden Myoepitelyal hücrelerin izolasyonu

The lacrimal gland (LG) is an exocrine tubuloacinar gland that secretes an aqueous layer of tear film. The LG epithelial tree is comprised of acinar, ...

Isolation and Enrichment of Human Lung Epithelial Progenitor Cells for Organoid Culture

Organoid Kültür için İnsan Akciğer Epitel Progenitör Hücrelerinin İzolasyonu ve Zenginleştirilmesi

Epithelial organoid models serve as valuable tools to study the basic biology of an organ system and for disease modeling. When grown as organoids, ...

Isolation and Differentiation of Primary White and Brown Preadipocytes from Newborn Mice

Primer Beyaz ve Kahverengi Preadipositlerin Yenidoğan Farelerden İzolasyonu ve Farklılaşması

The understanding of the mechanisms underlying adipocyte differentiation and function has greatly benefited from the use of immortalized white ...

Collection and Identification of Pollen from Honey Bee Colonies

Bal Arısı Kolonilerinden Polenlerin Toplanması ve Tanımlanması

Researchers often collect and analyze corbicular pollen from honey bees to identify the plant sources on which they forage for pollen or to estimate ...