Name: the use of reverse phase protein arrays (rppa) to explore protein expression variation within individual renal cell cancers
Uploaded: 2013-01-22T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers at JoVE.com

يذكر المصنف من المؤلفين وزارة الخارجية، DF، JN، DJH وGDS أعلاه يتم تمويله من قبل مكتب كبير العلماء، ومنحة رقم: ETM37 وبدعم من معهد أبحاث السرطان في المملكة المتحدة مركز الطب التجريبي للسرطان. ويتم تمويل عمل AL من قبل الكلية الملكية للجراحين في ادنبره روبرتسون الاستئماني، صندوق ميلفيل لرعاية وعلاج من السرطان ومجلس البحوث الطبية. ويدعم IO من قبل الجمعية الملكية للزمالة ادنبره الاسكتلندية cofunded الحكومة باتخاذ إجراءات ماري كوري والطبية UK مجلس البحوث. فإن الكتاب أود أن أشكر SCOTRRCC شارك في المتقدمين والمتعاونين لمناقشاتهم المفيدة حول بعض الموضوعات التي تمت مناقشتها في هذه الورقة.

1. تحديد عدم التجانس ورم المورفولوجية والجزيئية <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الأورام إزالتها من الفريزر -80 درجة مئوية ويحرص على الثلج الجاف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تقسيم أورام في أجزاء من حوالي 1 سم 3. خريطة الموقع الأصلي للورم كل قسم بال?...

<ol>
	<li>Stewart, G. D., O'Mahony, F. C., Powles, T., Riddick, A. C., Harrison, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=What+can+molecular+pathology+contribute+to+the+management+of+renal+cell+carcinoma.">What can molecular pathology contribute to the management of renal cell carcinoma.</a> Nat. Rev. Urol. 8, 255-265 (2011).</li><li>Rini, B. I., Michaelson, M. D., Rosenberg, J. E., Bukowski, R. M., Sosman, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antitumor+activity+and+biomarker+analysis+of+sunitinib+in+patients+with+bevacizumab-refractory+metastatic+renal+cell+carcinoma.">Antitumor activity and biomarker analysis of sunitinib in patients with bevacizumab-refractory metastatic renal cell carcinoma.</a> J. Clin. Oncol. 26, 3743-3748 (2008).</li><li>Swanton, C., Larkin, J. M., Gerlinger, M., Eklund, A. C., Howell, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+biomarker+discovery+through+the+parallel+integration+of+clinical+trial+and+functional+genomics+datasets.">Predictive biomarker discovery through the parallel integration of clinical trial and functional genomics datasets.</a> Genome Med. 2, 52 (2010).</li><li>Cortes, J., Jabbour, E., Kantarjian, H., Yin, C. C., Shan, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamics+of+BCR-ABL+kinase+domain+mutations+in+chronic+myeloid+leukemia+after+sequential+treatment+with+multiple+tyrosine+kinase+inhibitors.">Dynamics of BCR-ABL kinase domain mutations in chronic myeloid leukemia after sequential treatment with multiple tyrosine kinase inhibitors.</a> Blood. 110, 4005-4011 (2007).</li><li>Gerlinger, M., Rowan, A. J., Horswell, S., Larkin, J., Endesfelder, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intratumor+heterogeneity+and+branched+evolution+revealed+by+multiregion+sequencing.">Intratumor heterogeneity and branched evolution revealed by multiregion sequencing.</a> N. Engl. J. Med. 366, 883-892 (2012).</li><li>Fisher, R., Larkin, J., Swanton, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inter+and+intratumour+heterogeneity:+a+barrier+to+individualized+medical+therapy+in+renal+cell+carcinoma.">Inter and intratumour heterogeneity: a barrier to individualized medical therapy in renal cell carcinoma.</a> Front. Oncol. 2, 49 (2012).</li><li>Yachida, S., Jones, S., Bozic, I., Antal, T., Leary, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distant+metastasis+occurs+late+during+the+genetic+evolution+of+pancreatic+cancer.">Distant metastasis occurs late during the genetic evolution of pancreatic cancer.</a> Nature. 467, 1114-1117 (2010).</li><li>O'Mahony, F. C., Faratian, D., Varley, J., Nanda, J., Theodoulou, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+automated+quantitative+analysis+to+evaluate+epithelial-to-mesenchymal+transition+associated+proteins+in+clear+cell+renal+cell+carcinoma.">The use of automated quantitative analysis to evaluate epithelial-to-mesenchymal transition associated proteins in clear cell renal cell carcinoma.</a> PLoS One. 7, e31557 (2012).</li><li>Spurrier, B., Ramalingam, S., Nishizuka, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reverse-phase+protein+lysate+microarrays+for+cell+signaling+analysis.">Reverse-phase protein lysate microarrays for cell signaling analysis.</a> Nat. Protoc. 3, 1796-1808 (2008).</li><li>Hu, J., He, X., Baggerly, K. A., Coombes, K. R., Hennessy, B. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-parametric+quantification+of+protein+lysate+arrays.">Non-parametric quantification of protein lysate arrays.</a> Bioinformatics. 23, 1986-1994 (2007).</li><li>Wang, X., Dong, Y., Jiwani, A. J., Zou, Y., Pastor, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+protein+arrays+for+quantitative+systems+analysis+of+the+dynamics+of+signaling+pathway+interactions.">Improved protein arrays for quantitative systems analysis of the dynamics of signaling pathway interactions.</a> Proteome Sci. 9, 53 (2011).</li><li>Benjamini, Y., Hochberg, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlling+the+False+Discovery+Rate:+A+Practical+and+Powerful+Approach+to+Multiple+Testing.">Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing.</a> Journal of the Royal Statistical Society Series B (Methodological). 57, 289-300 (1995).</li></ol>

طريقة RPPA المقدمة هنا يمثل بديلا إنتاجية عالية لأسلوب الإنتاجية لطخة غربية تستخدم على نطاق واسع ولكن منخفضة نسبيا للتحليل البروتين. الأسلوب يسمح مئات العينات لتكون شبه كمي تحليل ومقارنة السماح في نفس الوقت للمقارنة المباشرة من البروتينات الرئيسية في مجموعة واسعة من...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم كاشف </td><td> شركة </td><td> كتالوج رقم </td></tr><tr><td> أبروتينين </td><td> سيجما </td><td> A6279 </td></tr><tr><td> الفوسفاتيز كوكتيل المانع 2 </td><td> سيجما </td><td> P5726 </td></tr><tr><td> الفوسفاتيز كوكتيل المانع 3 </td><td> سيجما </td><td> P0044 </td></tr><tr><td> البروتيني المثبط كوكتيل </td><td> روش </td><td> 11836153001 </td></tr><tr><td> تريتون X-100 </td><td> تريتون X- </td><td> T8787 </td></tr><tr><td> ليثيوم كو أوديسي حجب العازلة </td><td> ليثيوم كور </td><td> 927-40000 </td></tr><tr><td> TissueLyser </td><td> QIAGEN </td><td> 85600 </td></tr><tr><td> MicroGrid II الروبوتية نصاب </td><td> Biorobotics </td><td></td></tr><tr><td> FastFrame &#39;الشريحة الخليج 4 حامل </td><td> WHATMAN </td><td> 10486001 </td></tr><tr><td> FAST الشرائح - 2 وسادة </td><td> WHATMAN </td><td> 10485317 </td></tr><tr><td> IRDye 680LT الماعز المضادة للماوس مفتش </td><td> Licor </td><td> 926-68020 </td></tr><tr><td> IRDye 800CW الماعز المضادة للأرنب مفتش </td><td> Licor </td><td> 926-32211 </td></tr></tbody></table>

the use of reverse phase protein arrays (rppa) to explore protein expression variation within individual renal cell cancers

حاليا لا يوجد علاج العلاجية لسرطان الخلايا المتنقل الخلايا الكلوية واضحة، أشيع البديل من هذا المرض. ويعتقد أن العامل الرئيسي في هذه المقاومة العلاج ليكون التعقيد الجزيئي للمرض 1. وقد تم استخدام العلاج الموجه مثل مثبط التيروزين كيناز (TKI)-sunitinib، ولكن فقط 40٪ من المرضى سوف تستجيب، والغالبية العظمى من هؤلاء المرضى الانتكاس بعد 1 2 سنة. على هذا النحو مسألة المقاومة الذاتية والمكتسبة في مرضى السرطان الكلوي الخليوي هي وثيقة الصلة 3. من أجل دراسة مقاومة TKIs، مع الهدف النهائي المتمثل في تطوير فعالية وعلاجات شخصية، مطلوب الأنسجة متتابعة بعد فترة محددة من العلاج المستهدف، وهو نهج قد أثبتت نجاحها في 4 سرطان الدم النخاعي المزمن. لكن معقد تطبيق مثل هذه الاستراتيجية في سرطان الخلايا الكلوية من مستوى عال من بعدم التجانس بين أوراسكوم تليكوم القابضة وintratumoral، الذي هو سمة من سمات سرطان الخلايا الكلوية 5،6 وكذلك الأورام الصلبة الأخرى 7. راسخة عدم التجانس Intertumoral بسبب الخلافات transcriptomic والجينية حتى في المرضى الذين يعانون من عرض مماثل، ومرحلة الصف من الورم. وبالإضافة إلى ذلك فإنه من الواضح أن هناك شيء عظيم المورفولوجية (intratumoral) عدم التجانس في RCC، التي من المرجح أن تمثل عدم التجانس الجزيئية أكبر. رسم خرائط تفصيلية وتصنيف الأورام من قبل مجلس قيادة الثورة التحليل الصرفي والدرجات المجمعة فورمان يسمح للاختيار المناطق ممثل للتحليل البروتين. تحليل البروتين على أساس من RCC 8 هو جذابة نظرا لتوفر على نطاق واسع في مختبرات علم الأمراض، إلا أن تطبيقها يمكن أن يكون مشكلة بسبب محدودية توافر الأجسام المضادة المحددة 9. ونظرا لطبيعة طخة نقطة صالحة للبروتين عكس المرحلة (RPPA)، والنوعية الأجسام المضادة يجب أن به قبل التحقق من صحة، على هذا النحو رقابة صارمة على الجودة من الأجسام المضادة المستخدمة هي ذات أهمية قصوى. على الرغم من هذا القيد الشكل طخة نقطة لا تسمح التصغير الفحص، مما يسمح لطباعة مئات العينات على شريحة واحدة النيتروسليلوز. ويمكن بعد ذلك يتم تحليل الشرائح المطبوعة بطريقة مماثلة لتحليل الغربية مع استخدام الأجسام المضادة المحددة الهدف الرئيسي والأجسام المضادة الثانوية fluorescently المسمى، والسماح لمضاعفة. ويمكن بعد ذلك الفرق التعبير البروتين في عينات جميع على شريحة يتم تحليلها في وقت واحد من خلال مقارنة المستوى النسبي للمضان بطريقة أكثر فعالية من حيث التكلفة وعالية الإنتاجية.

ويمكن رؤية مثال على شريحة RPPA الممسوحة ضوئيا في الشكل 4 (ط) مع كل من 680 و 800 نانومتر القنوات مبين. فصل الصور عن طريق الطول الموجي، الشكل 4 (الثاني) تمكن كل لوحة على الشريحة RPPA لتحليلها وتحديد بروتين تعبير الفرد الشكل 4 (ثالثا). كما يمكن أن يرى في <str...

Watch this Scientific Journal Video about The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers at JoVE.com

The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

RPPA تمكن من التعبير البروتين مئات العينات، وطبع على الشرائح النيتروسليلوز لاستجوابه في وقت واحد، وذلك باستخدام الأجسام المضادة fluorescently المسمى. وقد تم تطبيق هذه التقنية لدراسة تأثير عدم التجانس العلاج من تعاطي المخدرات داخل الخلايا الكلوية سرطان واضحة.

استخدام البروتين عكس صالحة المرحلة (RPPA) لاستكشاف البروتين في التعبير التغير فردية سرطان الخلايا الكلوية

Currently there is no curative treatment for metastatic clear cell renal cell cancer, the commonest variant of the disease. A key factor in this treatment ...

Research

JoVE Journal

Medicine

The Use of Reverse Phase Protein Arrays (RPPA) to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

Use of a Hanging-weight System for Isolated Renal Artery Occlusion

استخدام نظام تعليق الوزن المعزولة عن انسداد الشريان الكلوي

In hospitalized patients, over 50% of cases of acute kidney injury (AKI) are caused by renal ischemia 1-3. A recent study of hospitalized patients ...

Heterogeneity Mapping of Protein Expression in Tumors using Quantitative Immunofluorescence

تعيين تباين التعبير البروتين في الأورام باستخدام المناعي الكمي

Morphologic heterogeneity within an individual tumor is well-recognized by histopathologists in surgical practice. While this often takes the form of ...

Production and Detection of Reactive Oxygen Species (ROS) in Cancers

Production and Detection of Reactive Oxygen Species ROS in Cancers

الإنتاج والكشف عن أنواع الاكسجين التفاعلية (ريوس) في السرطان

Reactive oxygen species include a number of molecules that damage DNA and RNA and oxidize proteins and lipids (lipid peroxydation). These reactive ...

Biomarkers in an Animal Model for Revealing Neural, Hematologic, and Behavioral Correlates of PTSD

المؤشرات الحيوية في نموذج حيواني لكشف الاقتران العصبية، الدموية، والسلوكية للPTSD

Identification of biomarkers representing the evolution of the pathophysiology of Post Traumatic Stress Disorder (PTSD) is vitally important, not only for ...

Purification and Aggregation of the Amyloid Precursor Protein Intracellular Domain

تنقية وتجميع على البروتين اميلويد السلائف المجال بين الخلايا

Amyloid precursor protein (APP) is a type I transmembrane protein associated with the pathogenesis of Alzheimer's disease (AD). APP is characterized by a ...

Microarray-based Identification of Individual HERV Loci Expression: Application to Biomarker Discovery in Prostate Cancer

تحديد القائمة على ميكروأري من الفردية هيرفي الامكنه التعبير: التطبيق على العلامات البيولوجية ديسكفري في سرطان البروستاتا

The prostate-specific antigen (PSA) is the main diagnostic biomarker for prostate cancer in clinical use, but it lacks specificity and sensitivity, ...

Three-Dimensional Culture Assay to Explore Cancer Cell Invasiveness and Satellite Tumor Formation

ثلاثي الأبعاد ثقافة الفحص لاستكشاف سرطان الغازية خلية والأقمار الصناعية ورم تشكيل

Mammalian cell culture in monolayers is widely used to study various physiological and molecular processes. However, this approach to study growing cells ...

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

استخدام في المختبر خلية يعيش التصوير لاستكشاف تشريعات تسليمها بالقاعدة الدهنية جسيمات نانوية

Conventional imaging techniques can provide detailed information about cellular processes. However, this information is based on static images in an ...

An Efficient Sieving Method to Isolate Intact Glomeruli from Adult Rat Kidney

طريقة سيفينج فعالة لعزل Glomeruli سليمة من الفئران الكبار الكلي

Preservation of glomerular structure and function is pivotal in the prevention of glomerulonephritis, a category of kidney disease characterized by ...

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose (MED) Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose MED Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

الدقة تنفيذ الحد الأدنى من جرعه حمامي (MED) اختبار لتقييم الاختلاف الفردي في الاستجابة التهابيه البشرية

Minimal erythema dose (MED) testing is frequently used in clinical settings for determining the smallest amount of ultraviolet (UV) irradiation necessary ...