Name: the use of reverse phase protein arrays (rppa) to explore protein expression variation within individual renal cell cancers
Uploaded: 2013-01-22T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers at JoVE.com

העבודה של סופרי FCO, DF, י&quot;נ, DJH וGDS הוזכרה לעיל ממומן על ידי משרד המדען הראשי, מספר מענק: ETM37 ונתמך על ידי המרכז לחקר הסרטן בבריטניה הניסויית סרטן הרפואה. עבודתו של אל ממומנת על ידי מכללת מנתחים המלכותית של אדינבורו רוברטסון נאמנות, מלוויל הנאמנות לטיפול והריפוי של הסרטן והמועצה למחקר הרפואי. IO נתמך על ידי אגודה מלכותית למלגת ממשלת סקוטלנד אדינבורו cofunded פעולות Curie מארי ובריטניה המועצה למחקר הרפואי. המחברים מבקשים להודות לעמיתים ולמשתפי פעולה SCOTRRCC מועמדים לדיונים השימושיים שלהם על חלק מהנושאים שנדונו במאמר זה.

1. זיהוי של ההטרוגניות גידול מורפולוגי והמולקולריות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> גידולים הוסרו מ-80 ° C מקפיא ושמרו על קרח יבש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מחלק גידולים למקטעים של כ 1 סנטימטר 3. למפות את המיקום המקורי של כל סעיף יחסית לזה גידול ו...

<ol>
	<li>Stewart, G. D., O'Mahony, F. C., Powles, T., Riddick, A. C., Harrison, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=What+can+molecular+pathology+contribute+to+the+management+of+renal+cell+carcinoma.">What can molecular pathology contribute to the management of renal cell carcinoma.</a> Nat. Rev. Urol. 8, 255-265 (2011).</li><li>Rini, B. I., Michaelson, M. D., Rosenberg, J. E., Bukowski, R. M., Sosman, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antitumor+activity+and+biomarker+analysis+of+sunitinib+in+patients+with+bevacizumab-refractory+metastatic+renal+cell+carcinoma.">Antitumor activity and biomarker analysis of sunitinib in patients with bevacizumab-refractory metastatic renal cell carcinoma.</a> J. Clin. Oncol. 26, 3743-3748 (2008).</li><li>Swanton, C., Larkin, J. M., Gerlinger, M., Eklund, A. C., Howell, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+biomarker+discovery+through+the+parallel+integration+of+clinical+trial+and+functional+genomics+datasets.">Predictive biomarker discovery through the parallel integration of clinical trial and functional genomics datasets.</a> Genome Med. 2, 52 (2010).</li><li>Cortes, J., Jabbour, E., Kantarjian, H., Yin, C. C., Shan, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamics+of+BCR-ABL+kinase+domain+mutations+in+chronic+myeloid+leukemia+after+sequential+treatment+with+multiple+tyrosine+kinase+inhibitors.">Dynamics of BCR-ABL kinase domain mutations in chronic myeloid leukemia after sequential treatment with multiple tyrosine kinase inhibitors.</a> Blood. 110, 4005-4011 (2007).</li><li>Gerlinger, M., Rowan, A. J., Horswell, S., Larkin, J., Endesfelder, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intratumor+heterogeneity+and+branched+evolution+revealed+by+multiregion+sequencing.">Intratumor heterogeneity and branched evolution revealed by multiregion sequencing.</a> N. Engl. J. Med. 366, 883-892 (2012).</li><li>Fisher, R., Larkin, J., Swanton, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inter+and+intratumour+heterogeneity:+a+barrier+to+individualized+medical+therapy+in+renal+cell+carcinoma.">Inter and intratumour heterogeneity: a barrier to individualized medical therapy in renal cell carcinoma.</a> Front. Oncol. 2, 49 (2012).</li><li>Yachida, S., Jones, S., Bozic, I., Antal, T., Leary, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distant+metastasis+occurs+late+during+the+genetic+evolution+of+pancreatic+cancer.">Distant metastasis occurs late during the genetic evolution of pancreatic cancer.</a> Nature. 467, 1114-1117 (2010).</li><li>O'Mahony, F. C., Faratian, D., Varley, J., Nanda, J., Theodoulou, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+automated+quantitative+analysis+to+evaluate+epithelial-to-mesenchymal+transition+associated+proteins+in+clear+cell+renal+cell+carcinoma.">The use of automated quantitative analysis to evaluate epithelial-to-mesenchymal transition associated proteins in clear cell renal cell carcinoma.</a> PLoS One. 7, e31557 (2012).</li><li>Spurrier, B., Ramalingam, S., Nishizuka, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reverse-phase+protein+lysate+microarrays+for+cell+signaling+analysis.">Reverse-phase protein lysate microarrays for cell signaling analysis.</a> Nat. Protoc. 3, 1796-1808 (2008).</li><li>Hu, J., He, X., Baggerly, K. A., Coombes, K. R., Hennessy, B. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-parametric+quantification+of+protein+lysate+arrays.">Non-parametric quantification of protein lysate arrays.</a> Bioinformatics. 23, 1986-1994 (2007).</li><li>Wang, X., Dong, Y., Jiwani, A. J., Zou, Y., Pastor, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+protein+arrays+for+quantitative+systems+analysis+of+the+dynamics+of+signaling+pathway+interactions.">Improved protein arrays for quantitative systems analysis of the dynamics of signaling pathway interactions.</a> Proteome Sci. 9, 53 (2011).</li><li>Benjamini, Y., Hochberg, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlling+the+False+Discovery+Rate:+A+Practical+and+Powerful+Approach+to+Multiple+Testing.">Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing.</a> Journal of the Royal Statistical Society Series B (Methodological). 57, 289-300 (1995).</li></ol>

שיטת RPPA מוצגת כאן מייצגת אלטרנטיבת תפוקה גבוהה לשימוש נרחב, אך נמוכה יחסית טכניקת הכתם מערבי תפוקה של ניתוח חלבון. השיטה מאפשרת מאת דגימות להיות חצי כמותית נתחו והשוואה בו זמנית מאפשר השוואה ישירה של חלבוני מפתח במגוון רחב של שורות תאים ודגימות רקמה. ריבוב עם מיני נו?...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם המגיב </td><td> חברה </td><td> מספר קטלוגים </td></tr><tr><td> aprotinin </td><td> סיגמא </td><td> A6279 </td></tr><tr><td> קוקטייל מעכב phosphatase 2 </td><td> סיגמא </td><td> P5726 </td></tr><tr><td> קוקטייל מעכב phosphatase 3 </td><td> סיגמא </td><td> P0044 </td></tr><tr><td> קוקטייל מעכב פרוטאז </td><td> רוש </td><td> 11836153001 </td></tr><tr><td> טריטון X-100 </td><td> טריטון-X </td><td> T8787 </td></tr><tr><td> אודיסיאה Li-קור חסימת המאגר </td><td> Li-קור </td><td> 927-40000 </td></tr><tr><td> TissueLyser </td><td> Qiagen </td><td> 85600 </td></tr><tr><td> MicroGrid השני רובוטית טיווח </td><td> Biorobotics </td><td></td></tr><tr><td> 4 החזיק שקופיות המפרץ &quot;FastFrame </td><td> Whatman </td><td> 10486001 </td></tr><tr><td> שקופיות FAST - 2-Pad </td><td> Whatman </td><td> 10485317 </td></tr><tr><td> IRDye 680LT עיזים אנטי עכבר IgG </td><td> Licor </td><td> 926-68020 </td></tr><tr><td> IRDye 800CW עיזים נגד ארנב IgG </td><td> Licor </td><td> 926-32211 </td></tr></tbody></table>

the use of reverse phase protein arrays (rppa) to explore protein expression variation within individual renal cell cancers

כיום לא קיים טיפול מרפא לטיפול בסרטן גרורתי של תאי הכליה ברור תא, הגרסה הנפוצה ביותר של המחלה. גורם מרכזי בעמידות לטיפול זה נחשב למורכבות המולקולרית של המחלה 1. טיפול ממוקד כגון מעכבי טירוזין קינאז (TKI)-sunitinib כבר נוצל, אבל רק 40% מחולים יגיבו, עם הרוב המכריע של חולים אלו התקפיים בתוך שנת 1 2. כפי השאלה כזו של התנגדות פנימית ורכש בחולי סרטן תאי כליה היא רלוונטית מאוד 3. כדי ללמוד התנגדות לTKIs, עם המטרה הסופית של פיתוח טיפולים יעילים ומותאם אישית, רקמה רציפה לאחר תקופה מסוימת של טיפול ממוקד היא חובה, גישה שהוכיחה את הצלחתה ב4 לוקמיה מיאלואידית כרוניות. עם זאת יישום של אסטרטגיה כזו בקרצינומה של תאי כליות הוא מסובך בשל הרמה הגבוהה של both ההטרוגניות ובין intratumoral, בו היא תכונה של קרצינומה של תאים של כלית 5,6, כמו גם גידולים מוצקים אחרים 7. ההטרוגניות Intertumoral בשל הבדלים גנטיים transcriptomic ומבוססת היטב גם בחולים עם מצגת דומה, שלב ודרגה של גידול. בנוסף ברור שיש הטרוגניות רבה המורפולוגי (intratumoral) בRCC, שעשוי לייצג את ההטרוגניות מולקולרית גדולה עוד יותר. מיפוי וסיווג מפורט של גידולי RCC ידי ניתוח צורני משולב ודירוג Fuhrman מאפשרים בחירה של אזורים יציגים לניתוח proteomic. ניתוח מבוסס חלבון של RCC 8 הוא אטרקטיבי בשל הזמינות הנרחבת שלה במעבדות פתולוגיה, עם זאת, יישומה עלול להיות בעייתי בשל הזמינות המוגבלת של נוגדנים ספציפיים 9. בשל אופי נקודת הכתם של מערכי חלבון השלב ההפוכים (RPPA), סגולי נוגדנים ב חובהדואר מראש תוקף; כבקרת איכות קפדנית כל כך של נוגדנים המשמשים הוא בעלת חשיבות עליונה. למרות מגבלה זו פורמט כתם הנקודה אינו מאפשר מזעור assay, המאפשר הדפסה של מאה דגימות לשקופית ניטרוצלולוזה אחת. שקופיות מודפסות אז ניתן לנתח באופן דומה לניתוח מערבי עם השימוש בנוגדני היעד ספציפיים עיקריים ונוגדנים משניים שכותרתו fluorescently, המאפשרות ריבוב. ביטוי חלבון הפרש בכל הדגימות בשקופית אז ניתן לנתח בו זמנית על ידי השוואת הרמה היחסית של קרינה באופן יעיל, חסכוניים יותר ותפוקה גבוהה.

דוגמה לשקופית RPPA סרוקה ניתן לראות באיור 4 (א) עם שני 680 ו 800 ערוצי ננומטר המוצגים. מפריד את התמונות על ידי אורך גל, איור 4 (ב) מאפשר לכל משטח על ביטוי חלבון בודד נקבע איור 4 (ג) שקופית RPPA להיות מנותחים. כפי שניתן לראות באיור 4 (ג) לביטוי של ח...

Watch this Scientific Journal Video about The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers at JoVE.com

The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

RPPA מאפשר ביטוי החלבונים של מאה דגימות, שהודפסו בשקופיות ניטרוצלולוזה לחקירה בו זמנית, תוך שימוש בנוגדנים שכותרתו fluorescently. טכניקה זו יושמה כדי לבחון את ההשפעה של טיפול תרופתי בהטרוגניות קרצינומה של תאים של כליה ברורה.

השימוש במערכי חלבון שלב הפוכים (RPPA) לחקור וריאצית ביטוי חלבון בתוך הסרטן של תאי כליה בודד

Currently there is no curative treatment for metastatic clear cell renal cell cancer, the commonest variant of the disease. A key factor in this treatment ...

Research

JoVE Journal

Medicine

The Use of Reverse Phase Protein Arrays (RPPA) to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

Use of a Hanging-weight System for Isolated Renal Artery Occlusion

השימוש במערכת תלוי במשקל עבור חסימת עורק הכליה מבודדת

In hospitalized patients, over 50% of cases of acute kidney injury (AKI) are caused by renal ischemia 1-3. A recent study of hospitalized patients ...

Heterogeneity Mapping of Protein Expression in Tumors using Quantitative Immunofluorescence

הטרוגניות מיפוי של ביטוי חלבון בתוך גידולים באמצעות immunofluorescence כמותי

Morphologic heterogeneity within an individual tumor is well-recognized by histopathologists in surgical practice. While this often takes the form of ...

Production and Detection of Reactive Oxygen Species (ROS) in Cancers

Production and Detection of Reactive Oxygen Species ROS in Cancers

הפקה וזיהוי של מינים חמצן תגובתי (ROS) סרטן

Reactive oxygen species include a number of molecules that damage DNA and RNA and oxidize proteins and lipids (lipid peroxydation). These reactive ...

Biomarkers in an Animal Model for Revealing Neural, Hematologic, and Behavioral Correlates of PTSD

סמנים ביולוגיים במודל חיה לחשיפה קושרת עצבית, המטולוגית, והתנהגות של PTSD

Identification of biomarkers representing the evolution of the pathophysiology of Post Traumatic Stress Disorder (PTSD) is vitally important, not only for ...

Purification and Aggregation of the Amyloid Precursor Protein Intracellular Domain

טיהור וצבירה של תחום החלבון המבשר עמילואיד התאי

Amyloid precursor protein (APP) is a type I transmembrane protein associated with the pathogenesis of Alzheimer's disease (AD). APP is characterized by a ...

Microarray-based Identification of Individual HERV Loci Expression: Application to Biomarker Discovery in Prostate Cancer

זיהוי מבוסס microarray של פרט HERV לוקוסים ביטוי: בקשה לגילוי סמן ביולוגי בסרטן הערמונית

The prostate-specific antigen (PSA) is the main diagnostic biomarker for prostate cancer in clinical use, but it lacks specificity and sensitivity, ...

Three-Dimensional Culture Assay to Explore Cancer Cell Invasiveness and Satellite Tumor Formation

תלת ממדי Assay תרבות לחקור הפולשנות תאים סרטניים היווצרות גידולים בלוויין

Mammalian cell culture in monolayers is widely used to study various physiological and molecular processes. However, this approach to study growing cells ...

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

שימוש במבחנה לחיות תאים הדמיה כדי לחקור Chemotherapeutics מועברת על ידי חלקיקים המבוססת על שומנים בדם

Conventional imaging techniques can provide detailed information about cellular processes. However, this information is based on static images in an ...

An Efficient Sieving Method to Isolate Intact Glomeruli from Adult Rat Kidney

דרך יעילה Sieving כדי לבודד Glomeruli ללא פגע מן החולדה למבוגרים כליות

Preservation of glomerular structure and function is pivotal in the prevention of glomerulonephritis, a category of kidney disease characterized by ...

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose (MED) Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose MED Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

הטמעה מדויקת של מינון מינימלי של אריתמה (מד) בדיקות להערכת וריאציה אינדיבידואלית בתגובה דלקתית אנושית

Minimal erythema dose (MED) testing is frequently used in clinical settings for determining the smallest amount of ultraviolet (UV) irradiation necessary ...