Name: the use of reverse phase protein arrays (rppa) to explore protein expression variation within individual renal cell cancers
Uploaded: 2013-01-22T13:00:00
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ETM37と癌研究英国の実験的がん医療センターでサポートされている：チーフサイエンティストオフィス、承認番号によって運営されている上記の作家FCO、DF西澤、DJHとGDSの仕事は言及した。 ALの仕事はエディンバラロバート·トラスト、ケア、がんや医療研究評議会の治療のためのメルヴィル·トラストの外科医のロイヤルカレッジによって賄われています。 IOはマリー·キュリー·アクションと英国医学研究評議会によってcofundedエジンバラスコットランド政府フェローシップの王立協会によってサポートされています。著者らは、この論文に記載された内容の一部に彼らの有益な議論のためにSCOTRRCC共同申請者と協力者に感謝したいと思います。

1。形態学的および分子腫瘍の不均一性の識別<ol><li>腫瘍は、-80℃の冷凍庫から取り出し、ドライアイス上に保持。 </li><li>約1cm 3の部分に腫瘍を分割します。各腫瘍互いに相対セクションとユニークな名前のラベルの元の位置をマップします。ストアサンプル-80個クライオバイアル℃·使用するための準備が整うまで。 </li><li>コー​​トのサンプル10月と-22℃のクライオスタットでカ...

<ol>
	<li>Stewart, G. D., O'Mahony, F. C., Powles, T., Riddick, A. C., Harrison, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=What+can+molecular+pathology+contribute+to+the+management+of+renal+cell+carcinoma.">What can molecular pathology contribute to the management of renal cell carcinoma.</a> Nat. Rev. Urol. 8, 255-265 (2011).</li><li>Rini, B. I., Michaelson, M. D., Rosenberg, J. E., Bukowski, R. M., Sosman, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antitumor+activity+and+biomarker+analysis+of+sunitinib+in+patients+with+bevacizumab-refractory+metastatic+renal+cell+carcinoma.">Antitumor activity and biomarker analysis of sunitinib in patients with bevacizumab-refractory metastatic renal cell carcinoma.</a> J. Clin. Oncol. 26, 3743-3748 (2008).</li><li>Swanton, C., Larkin, J. M., Gerlinger, M., Eklund, A. C., Howell, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+biomarker+discovery+through+the+parallel+integration+of+clinical+trial+and+functional+genomics+datasets.">Predictive biomarker discovery through the parallel integration of clinical trial and functional genomics datasets.</a> Genome Med. 2, 52 (2010).</li><li>Cortes, J., Jabbour, E., Kantarjian, H., Yin, C. C., Shan, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamics+of+BCR-ABL+kinase+domain+mutations+in+chronic+myeloid+leukemia+after+sequential+treatment+with+multiple+tyrosine+kinase+inhibitors.">Dynamics of BCR-ABL kinase domain mutations in chronic myeloid leukemia after sequential treatment with multiple tyrosine kinase inhibitors.</a> Blood. 110, 4005-4011 (2007).</li><li>Gerlinger, M., Rowan, A. J., Horswell, S., Larkin, J., Endesfelder, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intratumor+heterogeneity+and+branched+evolution+revealed+by+multiregion+sequencing.">Intratumor heterogeneity and branched evolution revealed by multiregion sequencing.</a> N. Engl. J. Med. 366, 883-892 (2012).</li><li>Fisher, R., Larkin, J., Swanton, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inter+and+intratumour+heterogeneity:+a+barrier+to+individualized+medical+therapy+in+renal+cell+carcinoma.">Inter and intratumour heterogeneity: a barrier to individualized medical therapy in renal cell carcinoma.</a> Front. Oncol. 2, 49 (2012).</li><li>Yachida, S., Jones, S., Bozic, I., Antal, T., Leary, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distant+metastasis+occurs+late+during+the+genetic+evolution+of+pancreatic+cancer.">Distant metastasis occurs late during the genetic evolution of pancreatic cancer.</a> Nature. 467, 1114-1117 (2010).</li><li>O'Mahony, F. C., Faratian, D., Varley, J., Nanda, J., Theodoulou, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+automated+quantitative+analysis+to+evaluate+epithelial-to-mesenchymal+transition+associated+proteins+in+clear+cell+renal+cell+carcinoma.">The use of automated quantitative analysis to evaluate epithelial-to-mesenchymal transition associated proteins in clear cell renal cell carcinoma.</a> PLoS One. 7, e31557 (2012).</li><li>Spurrier, B., Ramalingam, S., Nishizuka, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reverse-phase+protein+lysate+microarrays+for+cell+signaling+analysis.">Reverse-phase protein lysate microarrays for cell signaling analysis.</a> Nat. Protoc. 3, 1796-1808 (2008).</li><li>Hu, J., He, X., Baggerly, K. A., Coombes, K. R., Hennessy, B. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-parametric+quantification+of+protein+lysate+arrays.">Non-parametric quantification of protein lysate arrays.</a> Bioinformatics. 23, 1986-1994 (2007).</li><li>Wang, X., Dong, Y., Jiwani, A. J., Zou, Y., Pastor, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+protein+arrays+for+quantitative+systems+analysis+of+the+dynamics+of+signaling+pathway+interactions.">Improved protein arrays for quantitative systems analysis of the dynamics of signaling pathway interactions.</a> Proteome Sci. 9, 53 (2011).</li><li>Benjamini, Y., Hochberg, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlling+the+False+Discovery+Rate:+A+Practical+and+Powerful+Approach+to+Multiple+Testing.">Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing.</a> Journal of the Royal Statistical Society Series B (Methodological). 57, 289-300 (1995).</li></ol>

ここで紹介するRPPA法はタンパク質解析の広く使​​われているが、比較的低いスループットウエスタンブロット法に高スループットの代替を表しています。この方法は、サンプルの数は半定量的に解析し、細胞株や組織サンプルの幅広い選択を越えて重要なタンパク質の直接比較を可能にし同時に比較することができます。異なる抗体種と多重化はさらに複数の抗体を同時に使用することが...

<table border="1"><tbody><tr><td> 試薬の名称 </td><td> 会社 </td><td> カタログ番号 </td></tr><tr><td>アプロチニン</td><td>シグマ</td><td> A6279 </td></tr><tr><td>ホスファターゼ阻害剤カクテル2 </td><td>シグマ</td><td> P5726 </td></tr><tr><td>ホスファターゼ阻害剤カクテル3 </td><td>シグマ</td><td> P0044 </td></tr><tr><td>プロテアーゼ阻害剤カクテル</td><td>ロッシュ</td><td> 11836153001 </td></tr><tr><td>トリトンX-100 </td><td>トリトン-X </td><td> T8787 </td></tr><tr><td>ブロッキングバッファーLI-CORのオデッセイ</td><td> LI-COR </td><td> 927から40000 </td></tr><tr><td> TissueLyserを</td><td>キアゲン</td><td> 85600 </td></tr><tr><td>マイクログリッドIIロボットスポッター</td><td> Biorobotics </td><td></td></tr><tr><td> FastFrame &#39;4ベイのスライドホルダー</td><td>ワットマン</td><td> 10486001 </td></tr><tr><td> FASTスライド - 2 - パッド</td><td>ワットマン</td><td> 10485317 </td></tr><tr><td> IRDye 680LTヤギ抗マウスIgG </td><td> Licor </td><td> 926から68020 </td></tr><tr><td> IRDye 800CWヤギ抗ウサギIgG </td><td> Licor </td><td> 926から32211 </td></tr></tbody></table>

the use of reverse phase protein arrays (rppa) to explore protein expression variation within individual renal cell cancers

現在、転移性明細胞腎細胞癌に対する根治的治療法、病気の最も一般的な変形はありません。この治療抵抗性の重要な要因は、病気の1の分子複雑であると考えられている。例えば、チロシンキナーゼ阻害剤（TKI）スニチニブとして標的療法が利用されてきたが、患者のわずか40％は1年以内に2回再発、これらの患者の圧倒的多数で、対応させていただきます。腎細胞癌患者における内因性および獲得耐性のような質問のように、関連性の高い3です。 効果的な、パーソナライズされた治療法の開発を最終目標として、TKIsに対する抵抗性を研究するために、標的療法の具体的な期間の後、順次組織は、慢性骨髄性白血病4で成功した証明したアプローチが必要になります。しかし腎細胞癌におけるそのような戦略のアプリケーションは、bの高レベルによって複雑になる腎細胞癌5,6だけでなく、他の固形腫瘍7の特徴であるOTH間および腫瘍内不均一性。トランスクリプトームとの遺伝的差異に起因Intertumoral異質性は十分にあっても同様のプレゼンテーション、ステージと腫瘍の悪性度の患者では確立されています。それに加えて、さらに大きな分子多様性を表現する可能性がある、RCCに大きな形態学（腫瘍）異質性が、そこにあることは明らかである。結合された形態素解析とFuhrmanグレーディングによってRCC腫瘍の詳細なマッピングや分類は、プロテオーム解析のための代表的な領域を選択することができます。 RCC 8のタンパク質ベースの分析では、原因病理研究室でその広範な可用性に魅力的ですが、そのアプリケーションは、特異的抗体9の限られた有用性のために問題になることがあります。逆相タンパク質アレイのドットブロット性質（RPPA）、抗体の特異性がなければなりませんbに起因電子事前検証、使用する抗体のような厳密な品質管理としては極めて重要である。この制限にもかかわらず、ドットブロット形式は、単一のニトロセルローススライド上にサンプルの数の印刷が可能になり、アッセイの小型化が許可されています。印刷されたスライドは、その後、多重化を可能にする、標的特異的一次抗体と蛍光標識二次抗体を用いてウエスタン分析と同様の方法で分析することができます。スライド上のすべてのサンプル間の差動タンパク質の発現は、その後、より費用対効果の高い、高スループットの方法で蛍光の相対的なレベルを比較することによって、同時に解析することができます。

スキャンRPPAスライドの例が示されて680と800nm ​​の両方のチャネルを図4（i）で見ることができます。波長は、 図4（ii）で画像を分離することにより、解析対象とするRPPAスライドや図4（iii）を決定し、個々のタンパク質の発現に各パッドを有効にします。 図4に見られるように、（iii）のサンプル間の個々のタンパク質の発現?...

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The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

RPPAは、蛍光標識抗体を用いて、同時に尋問するニトロセルローススライド上に印刷されたサンプルの何百ものタンパク質の発現を可能にします。このテクニックは、明細胞腎癌内薬物治療の異質の効果を研究するために適用されています。

個々の腎細胞がんの中のタンパク質発現変動を探るために逆相タンパク質アレイ（RPPA）の使用

Currently there is no curative treatment for metastatic clear cell renal cell cancer, the commonest variant of the disease. A key factor in this treatment ...

Research

JoVE Journal

Medicine

The Use of Reverse Phase Protein Arrays (RPPA) to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

Use of a Hanging-weight System for Isolated Renal Artery Occlusion

隔離された腎動脈閉塞のためのハンギングウェイトシステムの利用

In hospitalized patients, over 50% of cases of acute kidney injury (AKI) are caused by renal ischemia 1-3. A recent study of hospitalized patients ...

Heterogeneity Mapping of Protein Expression in Tumors using Quantitative Immunofluorescence

定量的免疫蛍光法を用いて腫瘍におけるタンパク質発現の不均一性のマッピング

Morphologic heterogeneity within an individual tumor is well-recognized by histopathologists in surgical practice. While this often takes the form of ...

Production and Detection of Reactive Oxygen Species (ROS) in Cancers

Production and Detection of Reactive Oxygen Species ROS in Cancers

がんの生産と活性酸素種の検出（ROS）

Reactive oxygen species include a number of molecules that damage DNA and RNA and oxidize proteins and lipids (lipid peroxydation). These reactive ...

Biomarkers in an Animal Model for Revealing Neural, Hematologic, and Behavioral Correlates of PTSD

PTSDの、ニューラル血液学的および行動的相関関係を明らかにするための動物モデルにおけるバイオマーカー

Identification of biomarkers representing the evolution of the pathophysiology of Post Traumatic Stress Disorder (PTSD) is vitally important, not only for ...

Purification and Aggregation of the Amyloid Precursor Protein Intracellular Domain

アミロイド前駆体タンパク質細胞内ドメインの精製と集約

Amyloid precursor protein (APP) is a type I transmembrane protein associated with the pathogenesis of Alzheimer's disease (AD). APP is characterized by a ...

Microarray-based Identification of Individual HERV Loci Expression: Application to Biomarker Discovery in Prostate Cancer

前立腺癌におけるバイオマーカーの発見への応用：個々のHERV座発現のマイクロアレイベースの識別

The prostate-specific antigen (PSA) is the main diagnostic biomarker for prostate cancer in clinical use, but it lacks specificity and sensitivity, ...

Three-Dimensional Culture Assay to Explore Cancer Cell Invasiveness and Satellite Tumor Formation

癌細胞の浸潤や衛星腫瘍形成を探検するための三次元培養アッセイ

Mammalian cell culture in monolayers is widely used to study various physiological and molecular processes. However, this approach to study growing cells ...

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

体外配信生細胞イメージング化学療法を探求する脂質ナノ粒子によってを使用してください。

Conventional imaging techniques can provide detailed information about cellular processes. However, this information is based on static images in an ...

An Efficient Sieving Method to Isolate Intact Glomeruli from Adult Rat Kidney

ラット腎臓からそのまま糸球体を分離する効率的なふるい分け法

Preservation of glomerular structure and function is pivotal in the prevention of glomerulonephritis, a category of kidney disease characterized by ...

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose (MED) Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose MED Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

ヒト炎症反応の個々の変動を評価するための最小紅斑用量(MED)試験の精密実施

Minimal erythema dose (MED) testing is frequently used in clinical settings for determining the smallest amount of ultraviolet (UV) irradiation necessary ...