Name: the use of reverse phase protein arrays (rppa) to explore protein expression variation within individual renal cell cancers
Uploaded: 2013-01-22T13:00:00
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ETM37 및 암 연구 영국의 실험 암 의학 센터에서 지원 : 최고 과학자 사무실, 교부금 번호의 지원을 받고 있습니다 위에 작성자 FCO, DF, JN, DJH와 GDS의 작품은 멘션했습니다. AL의 작품은 에딘버러 (Edinburgh) 로버슨 신뢰, 관리 및 암과 의학 연구위원회의 치료를위한 멜빌 신뢰의 외과의 로얄 대학의 지원을 받고 있습니다. IO는 마리 퀴리 작업과 영국 의학 연구위원회 cofunded 에딘버러 (Edinburgh) 스코틀랜드 정부 활동의 로얄 학회에 의해 지원됩니다. 저자는이 문서에서 설명하는 주제의 일부에서의 유용한 토론을 SCOTRRCC 공동 신청자 및 공동 작업자 감사드립니다.

1. 형태학 및 분자 종양 이질성의 확인 <ol><li> 종양 -80 ° C의 냉동고에서 제거 드라이 아이스에 보관. </li><li> 약 1cm 3 부분으로 종양을 나눈다. 각 종양 서로에 대해 섹션을 고유 한 이름으로 라벨의 원래 위치를 매핑합니다. 스토어 샘플 -80에서 개인 cryovials에서 ° C 사용할 준비가 될 때까지. </li><li> 코트 샘플 10월 및 -22 ° C.에 그라 이오 스탯에 절단 </li><li> 샘플 Hematoxylin과 Eosin의 countersta...

<ol>
	<li>Stewart, G. D., O'Mahony, F. C., Powles, T., Riddick, A. C., Harrison, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=What+can+molecular+pathology+contribute+to+the+management+of+renal+cell+carcinoma.">What can molecular pathology contribute to the management of renal cell carcinoma.</a> Nat. Rev. Urol. 8, 255-265 (2011).</li><li>Rini, B. I., Michaelson, M. D., Rosenberg, J. E., Bukowski, R. M., Sosman, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antitumor+activity+and+biomarker+analysis+of+sunitinib+in+patients+with+bevacizumab-refractory+metastatic+renal+cell+carcinoma.">Antitumor activity and biomarker analysis of sunitinib in patients with bevacizumab-refractory metastatic renal cell carcinoma.</a> J. Clin. Oncol. 26, 3743-3748 (2008).</li><li>Swanton, C., Larkin, J. M., Gerlinger, M., Eklund, A. C., Howell, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+biomarker+discovery+through+the+parallel+integration+of+clinical+trial+and+functional+genomics+datasets.">Predictive biomarker discovery through the parallel integration of clinical trial and functional genomics datasets.</a> Genome Med. 2, 52 (2010).</li><li>Cortes, J., Jabbour, E., Kantarjian, H., Yin, C. C., Shan, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamics+of+BCR-ABL+kinase+domain+mutations+in+chronic+myeloid+leukemia+after+sequential+treatment+with+multiple+tyrosine+kinase+inhibitors.">Dynamics of BCR-ABL kinase domain mutations in chronic myeloid leukemia after sequential treatment with multiple tyrosine kinase inhibitors.</a> Blood. 110, 4005-4011 (2007).</li><li>Gerlinger, M., Rowan, A. J., Horswell, S., Larkin, J., Endesfelder, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intratumor+heterogeneity+and+branched+evolution+revealed+by+multiregion+sequencing.">Intratumor heterogeneity and branched evolution revealed by multiregion sequencing.</a> N. Engl. J. Med. 366, 883-892 (2012).</li><li>Fisher, R., Larkin, J., Swanton, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inter+and+intratumour+heterogeneity:+a+barrier+to+individualized+medical+therapy+in+renal+cell+carcinoma.">Inter and intratumour heterogeneity: a barrier to individualized medical therapy in renal cell carcinoma.</a> Front. Oncol. 2, 49 (2012).</li><li>Yachida, S., Jones, S., Bozic, I., Antal, T., Leary, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distant+metastasis+occurs+late+during+the+genetic+evolution+of+pancreatic+cancer.">Distant metastasis occurs late during the genetic evolution of pancreatic cancer.</a> Nature. 467, 1114-1117 (2010).</li><li>O'Mahony, F. C., Faratian, D., Varley, J., Nanda, J., Theodoulou, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+automated+quantitative+analysis+to+evaluate+epithelial-to-mesenchymal+transition+associated+proteins+in+clear+cell+renal+cell+carcinoma.">The use of automated quantitative analysis to evaluate epithelial-to-mesenchymal transition associated proteins in clear cell renal cell carcinoma.</a> PLoS One. 7, e31557 (2012).</li><li>Spurrier, B., Ramalingam, S., Nishizuka, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reverse-phase+protein+lysate+microarrays+for+cell+signaling+analysis.">Reverse-phase protein lysate microarrays for cell signaling analysis.</a> Nat. Protoc. 3, 1796-1808 (2008).</li><li>Hu, J., He, X., Baggerly, K. A., Coombes, K. R., Hennessy, B. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-parametric+quantification+of+protein+lysate+arrays.">Non-parametric quantification of protein lysate arrays.</a> Bioinformatics. 23, 1986-1994 (2007).</li><li>Wang, X., Dong, Y., Jiwani, A. J., Zou, Y., Pastor, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+protein+arrays+for+quantitative+systems+analysis+of+the+dynamics+of+signaling+pathway+interactions.">Improved protein arrays for quantitative systems analysis of the dynamics of signaling pathway interactions.</a> Proteome Sci. 9, 53 (2011).</li><li>Benjamini, Y., Hochberg, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlling+the+False+Discovery+Rate:+A+Practical+and+Powerful+Approach+to+Multiple+Testing.">Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing.</a> Journal of the Royal Statistical Society Series B (Methodological). 57, 289-300 (1995).</li></ol>

여기에 제시된 RPPA 방법은 단백질 분석의 널리 사용하지만 비교적 낮은 처리량 서부 얼룩 기술에 대한 높은 처리량 대안을 나타냅니다. 방법은 샘플 수백 분석 동시에 셀 라인과 조직 샘플의 다양한 선택의 주요 단백질의 직접 비교할 수 비교 반 정량적으로 할 수 있습니다. 다른 항체 종과 멀티플렉싱은 더 여러 항체를 동시에 사용할 수 있도록 기술의 힘을 증가시킵니다. 여기에 제시된 예는 종?...

<table border="1"><tbody><tr><td> 시약의 이름 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 </td></tr><tr><td> aprotinin </td><td> 시그마 </td><td> A6279 </td></tr><tr><td> 인산 가수 분해 효소 억제제 칵테일 2 </td><td> 시그마 </td><td> P5726 </td></tr><tr><td> 인산 가수 분해 효소 억제제 칵테일 3 </td><td> 시그마 </td><td> P0044 </td></tr><tr><td> 프로테아제 억제제 칵테일 </td><td> 로슈 </td><td> 11836153001 </td></tr><tr><td> 트리톤 X-100 </td><td> 트리톤-X </td><td> T8787 </td></tr><tr><td> 리튬 오호 오디세이는 버퍼 차단 </td><td> 리튬 오호 </td><td> 927-40000 </td></tr><tr><td> TissueLyser </td><td> Qiagen </td><td> 85,600 </td></tr><tr><td> MicroGrid II 로봇 감적 </td><td> Biorobotics </td><td></td></tr><tr><td> FastFrame의 4 베이 슬라이드 홀더 </td><td> 워트 먼지 </td><td> 10486001 </td></tr><tr><td> FAST 슬라이드 - 2 패드 </td><td> 워트 먼지 </td><td> 10485317 </td></tr><tr><td> IRDye 680LT 염소 안티 - 마우스 IgG </td><td> Licor </td><td> 926-68020 </td></tr><tr><td> IRDye 800CW 염소 안티 - 토끼 IgG </td><td> Licor </td><td> 926-32211 </td></tr></tbody></table>

the use of reverse phase protein arrays (rppa) to explore protein expression variation within individual renal cell cancers

현재 전이성 투명 세포 신장 세포 암에 대한 치료 치료, 질병의 commonest 변형이 없습니다. 이 치료 저항에 핵심 요소가 질병 (1)의 분자 복잡한 것으로 생각됩니다. 같은 티로신 키나제 억제제 (TKI) sunitinib의 타겟 치료가 사용되어 왔지만, 환자의 단지 40 % 1 년 2 안에 원래대로 돌아가는 이들 환자의 절대 다수와 함께 응답합니다. 신장 세포 암 환자에 고유 및 취득 저항 등의 질문은 3 관련성이 있습니다. 효과적인 맞춤 치료를 개발의 궁극적 인 목표로, TKIs에 저항을 연구하기 위해, 대상 치료의 특정 기간 이후 순차 조직은, 만성 골수 양 백혈병 (4)에 성공적으로 입증 한 접근 방식을 필요합니다. 그러나 신장 세포 암종 이러한 전략의 응용 프로그램은 B의 높은 수준에 의해 복잡신장 세포 암종 5,6뿐만 아니라 다른 고체 종양 7의 기능입니다 oth 간 및 intratumoral 이질성. transcriptomic와 유전자의 차이로 인해 Intertumoral 이질성은 잘도 유사한 프리젠 테이션, 무대와 종양의 등급 환자에 설립되어 있습니다. 또한이 더욱 분자 이질성을 대표 할 가능성이 RCC에 큰 형태학 (intratumoral) 이질성이 있다는 것을 분명하다. 통합 형태학의 분석 및 Fuhrman 등급의 RCC 종양에 대한 상세한 매핑 및 분류는 proteomic 분석을위한 대표 지역의 선택을 할 수 있습니다. RCC 8 단백질 기반의 분석으로 인해 병리 실험실에서의 광범위한 상황에 매력적입니다하지만, 그 응용 프로그램은 특정 항체 9의 제한된 가용성으로 인해 문제가 발생할 수 있습니다. 역 위상 단백질 배열의 점 얼룩 자연 (RPPA), 항체 특이성은 반드시 B로 인해전자 사전은 - 확인, 사용 항체의 이러한 엄격한 품질 관리로 최고의 중요성입니다. 이러한 제한에도 불구하고 점 얼룩 형식은 하나의 니트로 셀룰로스 슬라이드로 샘플 수백 인쇄 수 있도록 검정 소형화을 허용하지 않습니다. 인쇄 슬라이드 그런 다음 멀티플렉싱을 허용, 대상 특정 기본 항체와 휘황 분류 이차 항체를 이용하여 서양 분석과 유사한 방식으로 분석 할 수 있습니다. 슬라이드에있는 모든 샘플에서 차동 단백질 표현식은 다음보다 비용 효율적이고 높은 처리량 방식으로 형광의 상대적 수준을 비교하여 동시에 분석 할 수 있습니다.

스캔 RPPA 슬라이드의 예는 680과 800 nm의 표시 채널을 모두 그림 4은 (i)에서 볼 수 있습니다. 파장, 그림 4 (II)에 의해 이미지를 분리하면 분석 할 RPPA 슬라이드와 그림 4 (III)를 결정 개별 단백질의 발현에 각 패드를 할 수 있습니다. 그림 4에서 볼 수 있듯이 (iii) 본 샘플에서 개별 단백질의 표현은 Gelsolin이 훨씬 낮은 단백질 표현이 cMYC에...

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The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

RPPA이 휘황이라는 항체를 사용하여 동시에 심문을 할 수 니트로 셀룰로스 슬라이드에 인쇄 샘플 수백의 단백질 표현을 할 수 있습니다. 이 기술은 투명 세포 신장 암에서 약물 치료 이질성의 효과를 연구에 적용되었습니다.

개인 신장 세포 암에서 단백질 표현 변화를 탐험하기 위해 역 위상 단백질 배열 (RPPA)의 사용

Currently there is no curative treatment for metastatic clear cell renal cell cancer, the commonest variant of the disease. A key factor in this treatment ...

Research

JoVE Journal

Medicine

The Use of Reverse Phase Protein Arrays (RPPA) to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

Use of a Hanging-weight System for Isolated Renal Artery Occlusion

절연 신장 동맥 폐색에 대한 한깅 - 무게 시스템의 사용

In hospitalized patients, over 50% of cases of acute kidney injury (AKI) are caused by renal ischemia 1-3. A recent study of hospitalized patients ...

연구

의학

Heterogeneity Mapping of Protein Expression in Tumors using Quantitative Immunofluorescence

양적 Immunofluorescence를 사용하여 종양의 단백질 표현의 이질 매핑

Morphologic heterogeneity within an individual tumor is well-recognized by histopathologists in surgical practice. While this often takes the form of ...

Production and Detection of Reactive Oxygen Species (ROS) in Cancers

Production and Detection of Reactive Oxygen Species ROS in Cancers

암의 생산 및 반응 산소 종의 감지 (ROS)

Reactive oxygen species include a number of molecules that damage DNA and RNA and oxidize proteins and lipids (lipid peroxydation). These reactive ...

Biomarkers in an Animal Model for Revealing Neural, Hematologic, and Behavioral Correlates of PTSD

PTSD의, 신경 Hematologic, 그리고 행동 상관 관계를 누설하는 행위에 대해서는 동물 모델에서 생체

Identification of biomarkers representing the evolution of the pathophysiology of Post Traumatic Stress Disorder (PTSD) is vitally important, not only for ...

Purification and Aggregation of the Amyloid Precursor Protein Intracellular Domain

아밀로이드 전구체 단백질 세포 내 도메인의 정화 및 집계

Amyloid precursor protein (APP) is a type I transmembrane protein associated with the pathogenesis of Alzheimer's disease (AD). APP is characterized by a ...

Microarray-based Identification of Individual HERV Loci Expression: Application to Biomarker Discovery in Prostate Cancer

전립선 암의 바이오 마커 발견에 신청 : 개인 HERV 궤적 발현 마이크로 어레이 기반의 식별

The prostate-specific antigen (PSA) is the main diagnostic biomarker for prostate cancer in clinical use, but it lacks specificity and sensitivity, ...

Three-Dimensional Culture Assay to Explore Cancer Cell Invasiveness and Satellite Tumor Formation

암 세포 침윤 및 위성 종양 형성을 탐색하는 문화 분석 세 가지 차원

Mammalian cell culture in monolayers is widely used to study various physiological and molecular processes. However, this approach to study growing cells ...

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

사용 하 여 체 외에서 전달 Chemotherapeutics 탐험 라이브 셀 이미징 지질 기반 나노 입자에 의해

Conventional imaging techniques can provide detailed information about cellular processes. However, this information is based on static images in an ...

An Efficient Sieving Method to Isolate Intact Glomeruli from Adult Rat Kidney

그대로 Glomeruli 성인 쥐 신장에서 분리 하는 효율적인 체질 하 방법

Preservation of glomerular structure and function is pivotal in the prevention of glomerulonephritis, a category of kidney disease characterized by ...

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose (MED) Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose MED Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

최소한의 홍반 복용량의 정밀 한 구현 (MED) 인간의 염증 반응에 개별 변화를 평가 하는 테스트

Minimal erythema dose (MED) testing is frequently used in clinical settings for determining the smallest amount of ultraviolet (UV) irradiation necessary ...