Name: the use of reverse phase protein arrays (rppa) to explore protein expression variation within individual renal cell cancers
Uploaded: 2013-01-22T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers at JoVE.com

ETM37 ve Birleşik Krallık Kanser Araştırma Deneysel Kanser Tıp Merkezi tarafından desteklenen: Baş Bilim Ofisi, hibe sayısına göre finanse edilmektedir Yukarıdaki yazarların FCO, DF, JN, DJH ve GDS çalışması bahsettiniz. AL çalışmaları Edinburgh Robertson Güven, bakım ve kanser ve Tıbbi Araştırma Konseyi tedavi için Melville Trust Cerrahlar Kraliyet Koleji tarafından finanse edilmektedir. IO Marie Curie Eylemleri ve İngiltere&#39;de Tıbbi Araştırma Konseyi tarafından cofunded Edinburgh İskoç Hükümeti Bursu Royal Society tarafından desteklenmektedir. Yazarlar bu çalışmada tartışılan konulardan bazıları üzerinde yararlı tartışmalar için SCOTRRCC ortak başvuru ve işbirlikçileri teşekkür etmek istiyorum.

1. Morfolojik ve Moleküler Tümör heterojenliği tanımlanması <ol><li> Tümörler -80 ° C derin dondurucu kaldırıldı ve kuru buz üzerinde tutulmalıdır. </li><li> Yaklaşık 1 cm 3 bölüme tümörleri bölün. Her bir tümör, birbirlerine göre göreceli bölüm ve bir benzersiz ismi ile etiket ilk konumuna Harita. Mağaza örnekleri -80 bireysel kriyotüplerin ° C Kullanıma hazır oluncaya dek. </li><li> Coat örnekleri OCT ve -22 ° C&#39;de kriyostat kesilmiş </li><li> Örnekleri Hematoksi...

<ol>
	<li>Stewart, G. D., O'Mahony, F. C., Powles, T., Riddick, A. C., Harrison, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=What+can+molecular+pathology+contribute+to+the+management+of+renal+cell+carcinoma.">What can molecular pathology contribute to the management of renal cell carcinoma.</a> Nat. Rev. Urol. 8, 255-265 (2011).</li><li>Rini, B. I., Michaelson, M. D., Rosenberg, J. E., Bukowski, R. M., Sosman, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antitumor+activity+and+biomarker+analysis+of+sunitinib+in+patients+with+bevacizumab-refractory+metastatic+renal+cell+carcinoma.">Antitumor activity and biomarker analysis of sunitinib in patients with bevacizumab-refractory metastatic renal cell carcinoma.</a> J. Clin. Oncol. 26, 3743-3748 (2008).</li><li>Swanton, C., Larkin, J. M., Gerlinger, M., Eklund, A. C., Howell, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+biomarker+discovery+through+the+parallel+integration+of+clinical+trial+and+functional+genomics+datasets.">Predictive biomarker discovery through the parallel integration of clinical trial and functional genomics datasets.</a> Genome Med. 2, 52 (2010).</li><li>Cortes, J., Jabbour, E., Kantarjian, H., Yin, C. C., Shan, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamics+of+BCR-ABL+kinase+domain+mutations+in+chronic+myeloid+leukemia+after+sequential+treatment+with+multiple+tyrosine+kinase+inhibitors.">Dynamics of BCR-ABL kinase domain mutations in chronic myeloid leukemia after sequential treatment with multiple tyrosine kinase inhibitors.</a> Blood. 110, 4005-4011 (2007).</li><li>Gerlinger, M., Rowan, A. J., Horswell, S., Larkin, J., Endesfelder, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intratumor+heterogeneity+and+branched+evolution+revealed+by+multiregion+sequencing.">Intratumor heterogeneity and branched evolution revealed by multiregion sequencing.</a> N. Engl. J. Med. 366, 883-892 (2012).</li><li>Fisher, R., Larkin, J., Swanton, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inter+and+intratumour+heterogeneity:+a+barrier+to+individualized+medical+therapy+in+renal+cell+carcinoma.">Inter and intratumour heterogeneity: a barrier to individualized medical therapy in renal cell carcinoma.</a> Front. Oncol. 2, 49 (2012).</li><li>Yachida, S., Jones, S., Bozic, I., Antal, T., Leary, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distant+metastasis+occurs+late+during+the+genetic+evolution+of+pancreatic+cancer.">Distant metastasis occurs late during the genetic evolution of pancreatic cancer.</a> Nature. 467, 1114-1117 (2010).</li><li>O'Mahony, F. C., Faratian, D., Varley, J., Nanda, J., Theodoulou, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+automated+quantitative+analysis+to+evaluate+epithelial-to-mesenchymal+transition+associated+proteins+in+clear+cell+renal+cell+carcinoma.">The use of automated quantitative analysis to evaluate epithelial-to-mesenchymal transition associated proteins in clear cell renal cell carcinoma.</a> PLoS One. 7, e31557 (2012).</li><li>Spurrier, B., Ramalingam, S., Nishizuka, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reverse-phase+protein+lysate+microarrays+for+cell+signaling+analysis.">Reverse-phase protein lysate microarrays for cell signaling analysis.</a> Nat. Protoc. 3, 1796-1808 (2008).</li><li>Hu, J., He, X., Baggerly, K. A., Coombes, K. R., Hennessy, B. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-parametric+quantification+of+protein+lysate+arrays.">Non-parametric quantification of protein lysate arrays.</a> Bioinformatics. 23, 1986-1994 (2007).</li><li>Wang, X., Dong, Y., Jiwani, A. J., Zou, Y., Pastor, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+protein+arrays+for+quantitative+systems+analysis+of+the+dynamics+of+signaling+pathway+interactions.">Improved protein arrays for quantitative systems analysis of the dynamics of signaling pathway interactions.</a> Proteome Sci. 9, 53 (2011).</li><li>Benjamini, Y., Hochberg, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlling+the+False+Discovery+Rate:+A+Practical+and+Powerful+Approach+to+Multiple+Testing.">Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing.</a> Journal of the Royal Statistical Society Series B (Methodological). 57, 289-300 (1995).</li></ol>

Burada sunulan RPPA yöntemi protein analizleri yaygın olarak kullanılan ancak nispeten düşük verim western blot için yüksek kapasiteli bir alternatif temsil eder. Yöntem örnekleri yüzlerce analiz edilmiş ve aynı anda hücre hatları ve doku örnekleri geniş bir yelpazede yer alan önemli proteinlerinin doğrudan karşılaştırma için izin karşılaştırıldığında yarı kantitatif olmasına imkan verir. Farklı antikor türleri ile Multiplexing daha çok antikor aynı anda kullanılmasına izin tekni?...

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td></tr><tr><td> Aprotinin </td><td> Sigma </td><td> A6279 </td></tr><tr><td> fosfataz inhibitörü kokteyli 2 </td><td> Sigma </td><td> P5726 </td></tr><tr><td> fosfataz inhibitörü kokteyli 3 </td><td> Sigma </td><td> P0044 </td></tr><tr><td> proteaz inhibitörü kokteyl </td><td> Roche </td><td> 11836153001 </td></tr><tr><td> Triton X-100 </td><td> Triton-X </td><td> T8787 </td></tr><tr><td> Li-Cor Odyssey Tampon Engelleme </td><td> Li-Cor </td><td> 927-40000 </td></tr><tr><td> TissueLyser </td><td> Qiagen </td><td> 85600 </td></tr><tr><td> MicroGrid II robotik gözcü </td><td> Biorobotics </td><td></td></tr><tr><td> FastFrame &#39;dört defne slayt tutucu </td><td> Whatman </td><td> 10486001 </td></tr><tr><td> FAST Slayt - 2-Pad </td><td> Whatman </td><td> 10485317 </td></tr><tr><td> IRDye 680LT keçi anti-fare IgG </td><td> Licor </td><td> 926-68020 </td></tr><tr><td> IRDye 800CW keçi anti-tavşan IgG </td><td> Licor </td><td> 926-32211 </td></tr></tbody></table>

the use of reverse phase protein arrays (rppa) to explore protein expression variation within individual renal cell cancers

Bulunduğu metastatik şeffaf hücreli renal hücreli kanser için hiçbir iyileştirici tedavi, hastalığın yaygın varyantı vardır. Bu tedaviye direnç önemli bir faktör hastalığı 1 moleküler karmaşıklığı olduğu düşünülmektedir. Gibi tirozin kinaz inhibitörü (TKİ)-sunitinib olarak Hedefli tedavi kullanılmıştır, ancak hastaların sadece% 40 1 yıl 2 içinde relaps bu hastaların büyük çoğunluğu ile cevap verecektir. Renal hücreli kanser hastalarında içsel ve kazanılmış direnç gibi soru 3 derece alakalı olduğu gibi. Etkili, kişiselleştirilmiş tedavilerin geliştirilmesi nihai hedefi ile, TKI direnç incelemek için, hedeflenmiş tedavinin belirli bir süre sonra sıralı dokusu, kronik myeloid lösemi 4 başarılı olduğunu kanıtlamıştı bir yaklaşım gereklidir. Ancak renal hücreli karsinom, böyle bir stratejinin uygulama b yüksek düzeyde nedeniyle karmaşıklaşırrenal hücre karsinomu 5,6 yanı sıra diğer katı tümörler içinde bir 7 özelliği oth arası ve intratumoral heterojen. Transkriptomik ve genetik farklılıklar nedeniyle Intertumoral heterojenite iyi bile benzer sunum, evre ve tümör derecesi olan hastalarda kurulmuştur. Buna ek olarak daha büyük moleküler heterojenite temsil etmek olasıdır BİK büyük morfolojik (intratümöral) heterojenite, var olduğu açıktır. Kombine morfolojik analiz ve Fuhrman derecelendirme ile BİK tümörlerin detaylı haritalama ve kategorizasyon proteomik analiz için temsili alanların seçimini sağlar. BİK 8 Protein temelli analiz nedeniyle patoloji laboratuvarlarında yaygın durumuna cazip olmakla birlikte, uygulama spesifik antikorlar 9 sınırlı durumu nedeniyle sorunlu olabilir. Ters Faz Protein Dizilerin dot blot doğa (RPPA), antikor zorunluluktur Borçlar be ön doğrulanmış; kullanılan antikorların böyle sıkı kalite kontrol olarak büyük önem taşımaktadır. Bu kısıtlamaya rağmen dot blot biçimi tek bir nitroselüloz slayda örnekleri yüzlerce baskı sağlayan, tahlil minyatür izin vermiyor. Baskılı slaytlar sonra çoğullama sağlayan, hedefe özgü primer antikor ve fluoresan etiketli ikincil antikoru kullanılarak Batı analizi ile benzer bir şekilde analiz edilebilir. Slayttaki tüm örneklerin genelinde Diferansiyel protein ekspresyonu sonra bir daha maliyet-etkin ve yüksek-throughput şekilde floresans göreli düzeyi karşılaştırılarak aynı anda analiz edilebilir.

Taranan RPPA kayar bir örnek 680 ile gösterilen kanallar 800 nm her ikisi de, Şekil 4 (i) &#39;de görülebilir. Dalga boyu, Şekil 4 (ii) ile görüntü ayırma analiz edilmesi için RPPA kayar ve Şekil 4, (iii) tespit bireysel protein ekspresyonu üzerindeki her bir yastık sağlar. Şekil 4&#39;te görüldüğü gibi (iii) örnek üzerinde tek proteinlerin ekspresyonu gelsolin çok daha düşük bir protein ifade vardır cMYC gö...

Watch this Scientific Journal Video about The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers at JoVE.com

The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

RPPA floresan etiketli antikorlar kullanılarak, aynı anda sorgulanmak üzere nitroselüloz slaytlar basılı örnekleri yüzlerce, protein ekspresyonu sağlar. Bu teknik, şeffaf hücreli böbrek karsinomu olan ilaç tedavisi heterojenliğin etkisini araştırmak için uygulanmıştır.

Bireysel Renal Hücreli Kanserlerde içinde Protein Ekspresyonu Varyasyon kaynakları için Ters Faz Protein Diziler (RPPA) ve Kullanımı

Currently there is no curative treatment for metastatic clear cell renal cell cancer, the commonest variant of the disease. A key factor in this treatment ...

Research

JoVE Journal

Medicine

The Use of Reverse Phase Protein Arrays (RPPA) to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

Use of a Hanging-weight System for Isolated Renal Artery Occlusion

İzole Renal Arter Tıkanıklığı Asılı ağırlık Sistemi

In hospitalized patients, over 50% of cases of acute kidney injury (AKI) are caused by renal ischemia 1-3. A recent study of hospitalized patients ...

Heterogeneity Mapping of Protein Expression in Tumors using Quantitative Immunofluorescence

Kantitatif İmmünofloresan kullanarak Tümörler Protein İfade heterojenite Haritalama

Morphologic heterogeneity within an individual tumor is well-recognized by histopathologists in surgical practice. While this often takes the form of ...

Production and Detection of Reactive Oxygen Species (ROS) in Cancers

Production and Detection of Reactive Oxygen Species ROS in Cancers

Kanserler Üretim ve reaktif oksijen türlerinin (ROS Algılama)

Reactive oxygen species include a number of molecules that damage DNA and RNA and oxidize proteins and lipids (lipid peroxydation). These reactive ...

Biomarkers in an Animal Model for Revealing Neural, Hematologic, and Behavioral Correlates of PTSD

TSSB, Nöral Hematolojik ve Davranış Bağlantılı Revealing için Hayvan Modelinde Biyobelirteçler

Identification of biomarkers representing the evolution of the pathophysiology of Post Traumatic Stress Disorder (PTSD) is vitally important, not only for ...

Purification and Aggregation of the Amyloid Precursor Protein Intracellular Domain

Amiloid prekürsör protein intrasellüler Domain saflaştırılması ve toplama

Amyloid precursor protein (APP) is a type I transmembrane protein associated with the pathogenesis of Alzheimer's disease (AD). APP is characterized by a ...

Microarray-based Identification of Individual HERV Loci Expression: Application to Biomarker Discovery in Prostate Cancer

Prostat Kanserinde Biyomarker Discovery Uygulama: Bireysel herv Lokusları İfade Mikroarray tabanlı Kimlik

The prostate-specific antigen (PSA) is the main diagnostic biomarker for prostate cancer in clinical use, but it lacks specificity and sensitivity, ...

Three-Dimensional Culture Assay to Explore Cancer Cell Invasiveness and Satellite Tumor Formation

Kanser hücre istilası ve Uydu Tümör oluşumu keşfedin Kültür Testi Üç Boyutlu

Mammalian cell culture in monolayers is widely used to study various physiological and molecular processes. However, this approach to study growing cells ...

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

Vitro Lipid tabanlı nano tanecikleri tarafından canlı hücre Chemotherapeutics keşfetmek için Imaging teslim kullanma

Conventional imaging techniques can provide detailed information about cellular processes. However, this information is based on static images in an ...

An Efficient Sieving Method to Isolate Intact Glomeruli from Adult Rat Kidney

Yetişkin sıçan böbrek üzerinden olduğu gibi Glomeruli yalıtmak için verimli bir eleme yöntemi

Preservation of glomerular structure and function is pivotal in the prevention of glomerulonephritis, a category of kidney disease characterized by ...

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose (MED) Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose MED Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

İnsan İnflamatuar Yanıtında Bireysel Değişimi Değerlendirmek Için Minimal Eritem Dozu (MED) Testinin Hassas Uygulanması

Minimal erythema dose (MED) testing is frequently used in clinical settings for determining the smallest amount of ultraviolet (UV) irradiation necessary ...