Name: generation of high quality chromatin immunoprecipitation dna template for high-throughput sequencing (chip-seq)
Uploaded: 2013-04-19T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq at JoVE.com

يتم اعتماد العمل من قبل على جائزة معهد التنمية من مستشفى الاطفال في فيلادلفيا.

1. الكروماتين عبر الرابط <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تنمو الخلايا في أطباق ثقافة خلية 100x20mm. ويمكن لكمية من الخلايا تتراوح 1-10 مليون خلية لكل طبق اعتمادا على نوع من الخلايا. ما يقرب من 2 مليون خلية كافية لمناعي واحد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الخلا?...

<ol>
	<li>Odom, D. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+pancreas+and+liver+gene+expression+by+HNF+transcription+factors.">Control of pancreas and liver gene expression by HNF transcription factors.</a> Science. 303, 1378-1381 (2004).</li><li>Johnson, D. S., Mortazavi, A., Myers, R. M., Wold, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+mapping+of+in+vivo+protein-DNA+interactions.">Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions.</a> Science. 316, 1497-1502 (2007).</li><li>Robertson, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+profiles+of+STAT1+DNA+association+using+chromatin+immunoprecipitation+and+massively+parallel+sequencing.">Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing.</a> Nature Methods. 4, 651-657 (2007).</li><li>Reich, N. C., Liu, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracking+STAT+nuclear+traffic.">Tracking STAT nuclear traffic.</a> Nat. Rev. Immunol. 6, 602-612 (2006).</li><li>Lodige, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nuclear+export+determines+the+cytokine+sensitivity+of+STAT+transcription+factors.">Nuclear export determines the cytokine sensitivity of STAT transcription factors.</a> The Journal of Biological Chemistry. 280, 43087-43099 (2005).</li><li>Schroder, K., Sweet, M. J., Hume, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signal+integration+between+IFNgamma+and+TLR+signalling+pathways+in+macrophages.">Signal integration between IFNgamma and TLR signalling pathways in macrophages.</a> Immunobiology. 211, 511-524 (2006).</li><li>Vinkemeier, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Getting+the+message+across,+STAT!+Design+principles+of+a+molecular+signaling+circuit.">Getting the message across, STAT! Design principles of a molecular signaling circuit.</a> The Journal of Cell Biology. 167, 197-201 (2004).</li><li>Brierley, M. M., Fish, E. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stats:+multifaceted+regulators+of+transcription.">Stats: multifaceted regulators of transcription.</a> J. Interferon Cytokine Res. 25, 733-744 (2005).</li><li>Bentley, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-genome+re-sequencing.">Whole-genome re-sequencing.</a> Current Opinion in Genetics &amp; Development. 16, 545-552 (2006).</li><li>Grant, S. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Variant+of+transcription+factor+7-like+2+(TCF7L2)+gene+confers+risk+of+type+2+diabetes.">Variant of transcription factor 7-like 2 (TCF7L2) gene confers risk of type 2 diabetes.</a> Nature Genetics. 38, 320-323 (2006).</li><li>Sladek, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+association+study+identifies+novel+risk+loci+for+type+2+diabetes.">A genome-wide association study identifies novel risk loci for type 2 diabetes.</a> Nature. 445, 881-885 (2007).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wellcome+Trust+Case+Control+Consortium.+Genome-wide+association+study+of+14,000+cases+of+seven+common+diseases+and+3,000+shared+controls.">Wellcome Trust Case Control Consortium. Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls.</a> Nature. 447, 661-678 (2007).</li><li>Saxena, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+association+analysis+identifies+loci+for+type+2+diabetes+and+triglyceride+levels.">Genome-wide association analysis identifies loci for type 2 diabetes and triglyceride levels.</a> Science. 316, 1331-1336 (2007).</li><li>Zeggini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Replication+of+genome-wide+association+signals+in+UK+samples+reveals+risk+loci+for+type+2+diabetes.">Replication of genome-wide association signals in UK samples reveals risk loci for type 2 diabetes.</a> Science. 316, 1336-1341 (2007).</li><li>Scott, L. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+association+study+of+type+2+diabetes+in+Finns+detects+multiple+susceptibility+variants.">A genome-wide association study of type 2 diabetes in Finns detects multiple susceptibility variants.</a> Science. 316, 1341-1345 (2007).</li><li>Steinthorsdottir, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+variant+in+CDKAL1+influences+insulin+response+and+risk+of+type+2+diabetes.">A variant in CDKAL1 influences insulin response and risk of type 2 diabetes.</a> Nature Genetics. 39, 770-775 (2007).</li><li>Salonen, J. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Type+2+Diabetes+Whole-Genome+Association+Study+in+Four+Populations:+The+DiaGen+Consortium.">Type 2 Diabetes Whole-Genome Association Study in Four Populations: The DiaGen Consortium.</a> American Journal of Human Genetics. 81, 338-345 (2007).</li><li>Zeggini, E., McCarthy, M. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TCF7L2:+the+biggest+story+in+diabetes+genetics+since+HLA.">TCF7L2: the biggest story in diabetes genetics since HLA.</a> Diabetologia. 50, 1-4 (2007).</li><li>Weedon, M. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+importance+of+TCF7L2.">The importance of TCF7L2.</a> Diabet. Med. 24, 1062-1066 (2007).</li><li>Hattersley, A. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prime+suspect:+the+TCF7L2+gene+and+type+2+diabetes+risk.">Prime suspect: the TCF7L2 gene and type 2 diabetes risk.</a> The Journal of Clinical Investigation. 117, 2077-2079 (2007).</li><li>Yochum, G. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Serial+analysis+of+chromatin+occupancy+identifies+beta-catenin+target+genes+in+colorectal+carcinoma+cells.">Serial analysis of chromatin occupancy identifies beta-catenin target genes in colorectal carcinoma cells.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104, 3324-3329 (2007).</li><li>Duval, A., Busson-Leconiat, M., Berger, R., Hamelin, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assignment+of+the+TCF-4+gene+(TCF7L2)+to+human+chromosome+band+10q25.3.">Assignment of the TCF-4 gene (TCF7L2) to human chromosome band 10q25.3.</a> Cytogenet. Cell Genet. 88, 264-265 (2000).</li><li>Pomerantz, M. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+8q24+cancer+risk+variant+rs6983267+shows+long-range+interaction+with+MYC+in+colorectal+cancer.">The 8q24 cancer risk variant rs6983267 shows long-range interaction with MYC in colorectal cancer.</a> Nature Genetics. 41, 882-884 (2009).</li><li>Tuupanen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+common+colorectal+cancer+predisposition+SNP+rs6983267+at+chromosome+8q24+confers+potential+to+enhanced+Wnt+signaling.">The common colorectal cancer predisposition SNP rs6983267 at chromosome 8q24 confers potential to enhanced Wnt signaling.</a> Nature Genetics. 41, 885-890 (2009).</li><li>Zhao, J., Schug, J., Li, M., Kaestner, K. H., Grant, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Disease-associated+loci+are+significantly+over-represented+among+genes+bound+by+transcription+factor+7-like+2+(TCF7L2)+in+vivo.">Disease-associated loci are significantly over-represented among genes bound by transcription factor 7-like 2 (TCF7L2) in vivo.</a> Diabetologia. 53, 2340-2346 (2010).</li><li>Benjamini, Y., Yekutieli, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+trait+Loci+analysis+using+the+false+discovery+rate.">Quantitative trait Loci analysis using the false discovery rate.</a> Genetics. 171, 783-790 (2005).</li></ol>

فمن الممكن الآن لإجراء الشخصي الجينوم واسعة من جمعية تفاعلات البروتين DNA باستخدام رقاقة وما يليها، كما ثبت مؤخرا جدا مع عوامل النسخ الأخرى 2،3. المفتاح إلى نتيجة ناجحة التسلسل هو الجيل من قالب عالية الجودة لونين مناعي الحمض النووي. <p class="jove_content" style=";text-align:right;di...

لسنوات عديدة كانت هناك الحاجة غير الملباة لتحديد مجموعة من الجينات ملزمة والتي تنظمها معين من البروتين واسعة الجينوم، ولا سيما في فئة عامل النسخ. أودوم وآخرون. 1 تستخدم لونين مناعي (رقاقة) جنبا إلى جنب مع ميكروأرس المروج لتحديد منهجية الجينات التي تحتلها المنظمين النسخي محددة سلفا في كبد الإنسان والجزيرات البنكرياسية. وفي وقت لاحق، وضعت جونسون وآخرون. 2 على نطاق واسع لونين فحص مناعي يعتمد على المباشر فائقة تسلسل الحمض النووي عالية الإنتاجية (رقاقة وما يليها) من أجل تعيين شامل تفاعلات البروتين DNA عبر الجينوم بأكمله الثدييات. كحالة اختبار، فإنها تعيينها في الجسم الحي الربط عامل كاتم الصوت الخلايا العصبية المقيدة (NRSF) إلى عام 1946 موقعا في الجينوم البشري. عرض البيانات قرار حاد من موقف ملزم (+ 50 أزواج القاعدة)، التي سهلت كل من أناتحلول من الزخارف وتحديد الزخارف NRSF ملزم. وكان لهذه البيانات رقاقة وما يليها أيضا حساسية عالية وخصوصية وثقة إحصائية (P &lt;10 -4)، والخصائص التي تعتبر مهمة لاستنتاج التفاعلات مرشحا جديدا. روبرتسون وآخرون. 3 تستخدم أيضا الشذرة وما يليها من أجل تعيين STAT1 أهداف في انترفيرون γ (الإنترفيرون γ) في حفز وunstimulated الخلايا S3 هيلا البشرية في الجسم الحي. بواسطة Chip وما يليها، وذلك باستخدام 15.1 و 12.9 مليون تسلسل تعيين فريد يقرأ، ومعدل اكتشاف كاذبة المقدرة أقل من 0.001، وحددوا 41582 و11،004 المناطق STAT1 ملزم المفترضة في الخلايا حفز وunstimulated، على التوالي. من 34 مواضع معروفة لاحتواء STAT1 انترفيرون استجابة ملزم 4-8 المواقع، وجدت الشذرة وما يليها 24 (71٪). وقد أثرى أهداف الشذرة وما يليها في تسلسل مماثل ليعرف STAT1 زخارف ملزمة. مقارنات مع اثنين من بيانات الشريحة-PCR القائمة يحدد اقترحوكان أن حساسية رقاقة وما يليها ما بين 70٪ و 92٪، وكان التحديد لا يقل عن 95٪. بالإضافة إلى ذلك، كان من الواضح أن الشذرة وما يليها يقدم كل من التعقيد والحساسية التحليلية المنخفضة التي تزيد مع العمق التسلسل. كما توفر تقنيات التسلسل مثل، &quot;الجيل القادم&quot; الجينوم 1-2 أوامر من زيادة حجم في كمية تسلسل التي يمكن أن تكون فعالية من حيث التكلفة ولدت أكثر من التقنيات القديمة 9. ولذلك أساليب الشذرة وما يليها توفير تغطية مباشرة لكامل الجينوم التنميط فعالة من الثدييات تفاعلات البروتين DNA 3. في عام 2006، تم اكتشاف وجود ارتباط قوي من المتغيرات في عامل النسخ 7-2 مثل (TCF7L2) الجينات مع مرض السكري من النوع 2 10. وقد محققين آخرين بالفعل تكرارها بشكل مستقل هذه النتيجة في أعراق مختلفة و، ومن المثير للاهتمام، من الجينوم واسعة جمعية دراسات الأول من مرض السكري من النوع 2 نشرت في مجلة نيتشر 11،12 </sتصل&gt;، العلوم 13-15 وغيرها 16،17، وكان أقوى رابطة في الواقع مع TCF7L2، وهذا يعتبر الآن هذا الاكتشاف الجيني الأكثر أهمية في مرض السكري من النوع 2 حتى الآن 18-20. وبالإضافة إلى ذلك، وقد تم ربط TCF7L2 لمخاطر سرطان 21،22، بل أصبح هذا الصدد أكثر وضوحا عندما تبين أن موضع 8q24 التي كشفت عنها الجينوم واسعة جمعية دراسات لعدد من أنواع السرطان، بما في ذلك سرطان القولون والمستقيم، أن ذلك يعود إلى المنبع المدقع عنصر TCF7L2 ملزم القيادة نسخ من MYC 23،24. على هذا النحو، وهناك اهتمام كبير في تحديد الجينات المصب التي ينظمها هذا عامل النسخ مفتاح. على أساس الخبرة مع TCF7L2 كمثال على المنهجية، وتحدد هذه الورقة كيفية توليد قالب DNA الشذرة ذات جودة عالية. وقد أجريت الشذرة خارج القولون والمستقيم في خط خلية سرطان، HCT116، لتسلسل اللاحقة من أجل بناء-RESOL عاليةخريطة ution من الجينات ملزمة TCF7L2 25 في مسعى لانتاج مزيد من التبصر في لدورها الرئيسي في التسبب في الصفات المعقدة.

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td>Name of the reagent</td>
 <td>Company</td>
 <td>Catalogue number</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>QIAquick PCR Purification Kit</td>
 <td>Qiagen</td>
 <td>28104 </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>EZ-ChIP Kit </td>
 <td>Millipore </td>
 <td>17-371 </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>GoTaq Hot Start Polymerase </td>
 <td>Promega</td>
 <td>M5001</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Misonix Sonicator</td>
 <td>Qsonica </td>
 <td>XL-2000 </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>
 NanoDrop 1000 Spectrophotometer </td>
 <td>
 Thermo-Scientific</td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Positive control primer sequences (TCF7L2-1) 
 Forward- 5'-TCGCCCTGTCAATAATCTCC-3' 
 Reverse- 5'-GCTCACCTCCTGTATCTTCG-3' 
 Negative control primer sequences (CTRL-1) 
 Forward-5'-ATGTGGTGTGGCTGTGATGGGAAC-3'
 
 Reverse- 5'-CGAGCAATCGGTAAATAGGTCTGG-3'</td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

generation of high quality chromatin immunoprecipitation dna template for high-throughput sequencing (chip-seq)

(رقاقة وما يليها) طرق رقاقة تسلسل تقدم مباشرة تغطية كامل الجينوم، حيث الجمع بين لونين مناعي (رقاقة) ويمكن استخدامها على نطاق واسع التسلسل موازية للتعرف على ذخيرة من تسلسل الحمض النووي الثدييات ملزمة عوامل النسخ في الجسم الحي. &quot;الجيل التالي&quot; التكنولوجيات تسلسل الجينوم توفير 1-2 أوامر من زيادة حجم في كمية تسلسل التي يمكن أن تكون فعالية من حيث التكلفة ولدت أكثر من التقنيات القديمة وبالتالي السماح لأساليب الشذرة وما يليها مباشرة لتوفير تغطية كامل الجينوم لالتنميط فعالة من الثدييات تفاعلات البروتين DNA. لنهج الشذرة وما يليها ناجحة، يجب على المرء أن تولد قالب DNA الشذرة ذات جودة عالية للحصول على أفضل النتائج التسلسل. ويستند هذا الوصف حول تجربة مع المنتج البروتين من الجين متورط بشدة في التسبب في مرض السكري من النوع 2، وهما عامل عامل النسخ النسخ 7-2 مثل (TCF7L2). كما تم المتورطين هذا العامل في مختلف أنواع السرطان. المبين هو كيفية توليد قالب DNA عالية الجودة رقاقة المستمدة من القولون والمستقيم خط خلية سرطان، HCT116، من أجل بناء خريطة عالية الدقة من خلال التسلسل لتحديد الجينات ملزمة TCF7L2، وإعطاء مزيد من التبصر في لدورها الرئيسي في التسبب من الصفات المعقدة.

مرة واحدة وقد تم sonicated لونين وتم التعامل مع ريبونوكلياز وبروتين، ينبغي أن عينات تعمل على 2٪ الاغاروز هلام تقديم مسحة مع الجزء الأكبر من الحمض النووي في الحجم المطلوب. إذا تم اختبارها عدة دورات مختلفة، ينبغي أن ينظر إلى انخفاض تدريجي في حجم وعدد من زيادة دورات (الش?...

Watch this Scientific Journal Video about Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq at JoVE.com

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

ويمكن الجمع بين لونين مناعي والتسلسل فائقة الإنتاجية (رقاقة وما يليها) تحديد ورسم خريطة التفاعلات البروتين DNA في نسيج أو خلية خط معين. المبين هو كيفية إنشاء قالب الشذرة ذات جودة عالية للتسلسل لاحقة، وذلك باستخدام الخبرة مع عامل TCF7L2 النسخ كمثال على ذلك.

جيل من جودة عالية لونين القالب الحمض النووي مناعي لتسلسل عالية الإنتاجية (رقاقة وما يليها)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Research

JoVE Journal

Biology

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Highly Efficient Ligation of Small RNA Molecules for MicroRNA Quantitation by High-Throughput Sequencing

ربط ذات كفاءة عالية من الحمض النووي الريبي الجزيئات الصغيرة لالرنا الميكروي الكميات من قبل التسلسل الإنتاجية العالية

MiRNA cloning and high-throughput sequencing, termed miR-Seq, stands alone as a transcriptome-wide approach to quantify miRNAs with single nucleotide ...

Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing

استهدفت DNA تحليل مثلأيشن من قبل الجيل المقبل من التسلسل

The role of epigenetic processes in the control of gene expression has been known for a number of years. DNA methylation at cytosine residues is of ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

الإنتاجية العالية للكشف عن المغيرون الكيميائية من الجينات المشاركة ما بعد transcriptionally الخاضعة للرقابة

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

مناعي لونين الفحص لتحديد نبات الأرابيدوبسيس التفاعلات-DNA البروتين<em&gt; في فيفو</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

DamID-seq: Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions by High Throughput Sequencing of Adenine-methylated DNA Fragments

DamID وما يليها: رسم خرائط الجينوم على نطاق التفاعلات البروتين DNA بواسطة إنتاجية عالية تسلسل شظايا الحمض النووي ميثليته الأدينين

The DNA adenine methyltransferase identification (DamID) assay is a powerful method to detect protein-DNA interactions both locally and genome-wide. It is ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

التضخيم، الجيل التالي من التسلسل، والحمض النووي الجينوم رسم خرائط مواقع التكامل فيروسات الرجعية

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots

الإنتاجية العالية كريسبر ناقل البناء وتوصيف التعديلات الحمض النووي عن طريق توليد جذور الطماطم مشعر

Targeted DNA mutations generated by vectors with clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 technology have proven useful for ...

A Protocol for Functional Assessment of Whole-Protein Saturation Mutagenesis Libraries Utilizing High-Throughput Sequencing

بروتوكول لالتقييم الوظيفي من كامل البروتين التشبع الطفرات المكتبات الاستفادة من الإنتاجية العالية التسلسل

Site-directed mutagenesis has long been used as a method to interrogate protein structure, function and evolution. Recent advances in massively-parallel ...

Parallel High Throughput Single Molecule Kinetic Assay for Site-Specific DNA Cleavage

متوازي عالية الإنتاجية واحد جزيء واحد اختبار حركي لشق الحمض النووي الموقع محددة

Site-specific DNA cleavage (SSDC) is a key step in many cellular processes, and it is crucial to gene editing. This work describes a kinetic assay capable ...

Modified Methods for Loading of High-Throughput DNA Extraction Plates Reduce Potential for Contamination

أساليب معدلة لتحميل عالية الإنتاجية ألواح استخراج الحمض النووي يقلل من احتمال التلوث

High-throughput DNA sequencing techniques have contributed substantially to advances in our understanding of relationships among microbial communities, ...