Name: generation of high quality chromatin immunoprecipitation dna template for high-throughput sequencing (chip-seq)
Uploaded: 2013-04-19T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq at JoVE.com

Arbetet stöds av ett institut Development Award från Barnens Sjukhus av Philadelphia.

Ett. Cross-link Chromatin <ol><li> Odla celler i 100x20mm rätter cellkultur. Mängden celler kan variera från 1 till 10 miljoner celler per skål beroende på celltyp. Cirka 2 miljoner celler är tillräckligt för en immunoprecipitation. </li><li> Cross-link celler i 1% formaldehyd under 10 min vid rumstemperatur med tillfällig skakning. </li><li> Quench tvärbindning genom tillsats av en slutlig koncentration av 125 mM Glycin och inkubera i 5 min vid rumstemperatur. </li><li> Tvätta cellerna med 1X Fosfatbuffrad...

<ol>
	<li>Odom, D. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+pancreas+and+liver+gene+expression+by+HNF+transcription+factors.">Control of pancreas and liver gene expression by HNF transcription factors.</a> Science. 303, 1378-1381 (2004).</li><li>Johnson, D. S., Mortazavi, A., Myers, R. M., Wold, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+mapping+of+in+vivo+protein-DNA+interactions.">Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions.</a> Science. 316, 1497-1502 (2007).</li><li>Robertson, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+profiles+of+STAT1+DNA+association+using+chromatin+immunoprecipitation+and+massively+parallel+sequencing.">Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing.</a> Nature Methods. 4, 651-657 (2007).</li><li>Reich, N. C., Liu, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracking+STAT+nuclear+traffic.">Tracking STAT nuclear traffic.</a> Nat. Rev. Immunol. 6, 602-612 (2006).</li><li>Lodige, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nuclear+export+determines+the+cytokine+sensitivity+of+STAT+transcription+factors.">Nuclear export determines the cytokine sensitivity of STAT transcription factors.</a> The Journal of Biological Chemistry. 280, 43087-43099 (2005).</li><li>Schroder, K., Sweet, M. J., Hume, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signal+integration+between+IFNgamma+and+TLR+signalling+pathways+in+macrophages.">Signal integration between IFNgamma and TLR signalling pathways in macrophages.</a> Immunobiology. 211, 511-524 (2006).</li><li>Vinkemeier, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Getting+the+message+across,+STAT!+Design+principles+of+a+molecular+signaling+circuit.">Getting the message across, STAT! Design principles of a molecular signaling circuit.</a> The Journal of Cell Biology. 167, 197-201 (2004).</li><li>Brierley, M. M., Fish, E. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stats:+multifaceted+regulators+of+transcription.">Stats: multifaceted regulators of transcription.</a> J. Interferon Cytokine Res. 25, 733-744 (2005).</li><li>Bentley, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-genome+re-sequencing.">Whole-genome re-sequencing.</a> Current Opinion in Genetics &amp; Development. 16, 545-552 (2006).</li><li>Grant, S. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Variant+of+transcription+factor+7-like+2+(TCF7L2)+gene+confers+risk+of+type+2+diabetes.">Variant of transcription factor 7-like 2 (TCF7L2) gene confers risk of type 2 diabetes.</a> Nature Genetics. 38, 320-323 (2006).</li><li>Sladek, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+association+study+identifies+novel+risk+loci+for+type+2+diabetes.">A genome-wide association study identifies novel risk loci for type 2 diabetes.</a> Nature. 445, 881-885 (2007).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wellcome+Trust+Case+Control+Consortium.+Genome-wide+association+study+of+14,000+cases+of+seven+common+diseases+and+3,000+shared+controls.">Wellcome Trust Case Control Consortium. Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls.</a> Nature. 447, 661-678 (2007).</li><li>Saxena, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+association+analysis+identifies+loci+for+type+2+diabetes+and+triglyceride+levels.">Genome-wide association analysis identifies loci for type 2 diabetes and triglyceride levels.</a> Science. 316, 1331-1336 (2007).</li><li>Zeggini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Replication+of+genome-wide+association+signals+in+UK+samples+reveals+risk+loci+for+type+2+diabetes.">Replication of genome-wide association signals in UK samples reveals risk loci for type 2 diabetes.</a> Science. 316, 1336-1341 (2007).</li><li>Scott, L. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+association+study+of+type+2+diabetes+in+Finns+detects+multiple+susceptibility+variants.">A genome-wide association study of type 2 diabetes in Finns detects multiple susceptibility variants.</a> Science. 316, 1341-1345 (2007).</li><li>Steinthorsdottir, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+variant+in+CDKAL1+influences+insulin+response+and+risk+of+type+2+diabetes.">A variant in CDKAL1 influences insulin response and risk of type 2 diabetes.</a> Nature Genetics. 39, 770-775 (2007).</li><li>Salonen, J. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Type+2+Diabetes+Whole-Genome+Association+Study+in+Four+Populations:+The+DiaGen+Consortium.">Type 2 Diabetes Whole-Genome Association Study in Four Populations: The DiaGen Consortium.</a> American Journal of Human Genetics. 81, 338-345 (2007).</li><li>Zeggini, E., McCarthy, M. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TCF7L2:+the+biggest+story+in+diabetes+genetics+since+HLA.">TCF7L2: the biggest story in diabetes genetics since HLA.</a> Diabetologia. 50, 1-4 (2007).</li><li>Weedon, M. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+importance+of+TCF7L2.">The importance of TCF7L2.</a> Diabet. Med. 24, 1062-1066 (2007).</li><li>Hattersley, A. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prime+suspect:+the+TCF7L2+gene+and+type+2+diabetes+risk.">Prime suspect: the TCF7L2 gene and type 2 diabetes risk.</a> The Journal of Clinical Investigation. 117, 2077-2079 (2007).</li><li>Yochum, G. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Serial+analysis+of+chromatin+occupancy+identifies+beta-catenin+target+genes+in+colorectal+carcinoma+cells.">Serial analysis of chromatin occupancy identifies beta-catenin target genes in colorectal carcinoma cells.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104, 3324-3329 (2007).</li><li>Duval, A., Busson-Leconiat, M., Berger, R., Hamelin, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assignment+of+the+TCF-4+gene+(TCF7L2)+to+human+chromosome+band+10q25.3.">Assignment of the TCF-4 gene (TCF7L2) to human chromosome band 10q25.3.</a> Cytogenet. Cell Genet. 88, 264-265 (2000).</li><li>Pomerantz, M. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+8q24+cancer+risk+variant+rs6983267+shows+long-range+interaction+with+MYC+in+colorectal+cancer.">The 8q24 cancer risk variant rs6983267 shows long-range interaction with MYC in colorectal cancer.</a> Nature Genetics. 41, 882-884 (2009).</li><li>Tuupanen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+common+colorectal+cancer+predisposition+SNP+rs6983267+at+chromosome+8q24+confers+potential+to+enhanced+Wnt+signaling.">The common colorectal cancer predisposition SNP rs6983267 at chromosome 8q24 confers potential to enhanced Wnt signaling.</a> Nature Genetics. 41, 885-890 (2009).</li><li>Zhao, J., Schug, J., Li, M., Kaestner, K. H., Grant, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Disease-associated+loci+are+significantly+over-represented+among+genes+bound+by+transcription+factor+7-like+2+(TCF7L2)+in+vivo.">Disease-associated loci are significantly over-represented among genes bound by transcription factor 7-like 2 (TCF7L2) in vivo.</a> Diabetologia. 53, 2340-2346 (2010).</li><li>Benjamini, Y., Yekutieli, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+trait+Loci+analysis+using+the+false+discovery+rate.">Quantitative trait Loci analysis using the false discovery rate.</a> Genetics. 171, 783-790 (2005).</li></ol>

Det är nu möjligt att utföra en genomet hela profilen av protein-DNA interaktioner association med Chip-punkter, som har mycket nyligen visats med andra transkriptionsfaktorer 2,3. Nyckeln till en lyckad sekvensering resultat är skapandet av en hög kvalitet kromatin immunoprecipitation DNA-mall. När DNA-mallen har genererats och konstaterats vara tillräckligt berikas, kan man sedan ta det i biblioteket förberedelse för efterföljande sekvensering. Till exempel kan man anv...

Under många år har det funnits ett uppdämt behov av att identifiera uppsättningen av gener bundna och regleras av ett visst protein genom bred, i synnerhet de i transkriptionsfaktor klassen. Odom et al. 1 används kromatin immunoprecipitation (chip) i kombination med promotor microarrays för att systematiskt kartlägga generna utnyttjas av pre-specificerade transkriptionsregulatorer i human lever och holmar bukspottkörtel. Därefter utvecklade Johnson et al. 2 en storskalig analys kromatin immunoprecipitation baserad på direkta ultra high-throughput DNA-sekvensering (chip-punkter) i syfte att på ett heltäckande kartlägga protein-DNA interaktioner över hela däggdjursgenom. Som ett testfall, kartlagt de in vivo bindningen av neuron-begränsande ljuddämpare faktor (NRSF) till 1946 platser i det mänskliga genomet. De data som visas skarp upplösning av bindande ställning (+ 50 baspar), vilket underlättade både itröst av motiv och identifieringen av NRSF-bindande motiv. Dessa chip-Seq uppgifter hade också hög sensitivitet och specificitet och statistisk konfidens (P &lt;10 -4), egenskaper som är viktiga för härledning nya kandidatländer interaktioner. Robertson et al. 3 används också ChIP-punkter för att kartlägga STAT1 mål i interferon-γ (IFN-γ)-stimulerade och ostimulerade humana HeLa S3-celler in vivo. Av Chip-punkter, med 15,1 och 12,9 miljoner unikt kartlagt sekvens läser, och en uppskattad falsk upptäckten av mindre än 0,001, identifierade de 41.582 och 11.004 förmodade STAT1-bindande regionerna i stimulerade och ostimulerade celler, respektive. Av de 34 loci som man vet innehåller STAT1 interferon-responsiv bindningsställen 4-8, fann ChIP-seq 24 (71%). Chip-Seq mål berikades i sekvenser som liknar kända Stat1 bindningsmotiv. Jämförelser med två befintliga Chip-PCR datamängder föreslåsatt chip-seq känslighet var mellan 70% och 92% och specificitet var minst 95%. Dessutom var det tydligt att Chip-seq erbjuder både låg analytisk komplexitet och känslighet som ökar med sekvensering djup. Som sådan, &quot;next-generation&quot; genomsekvenseringsprojekt teknik ger 1-2 storleksordningar ökning av mängden av sekvensen som kan vara kostnadseffektivt genererade över äldre teknik 9. Chip-Seq metoder därför direkt ge hel-genom täckning för effektiv profilering av däggdjurs protein-DNA interaktioner 3. År 2006 var en stark sammanslutning av varianter i transkriptionsfaktor 7-liknande 2 (TCF7L2) genen med typ 2-diabetes upptäcktes 10. Andra forskare har redan självständigt replikeras detta fynd i olika etniciteter och, intressant nog, från den första genomet hela föreningen studier av typ 2-diabetes som publiceras i Nature 11,12 </sup&gt;, Science 13-15 och annorstädes 16,17, var den starkaste föreningen verkligen med TCF7L2, detta är nu anses vara den mest betydelsefulla genetiska fynd i typ 2-diabetes som hittills 18-20. Dessutom har TCF7L2 länkats till cancerrisken 21,22, ja, blev detta sammanhang mer uppenbart när 8q24 locus avslöjades av genomet hela föreningen studier av en rad cancerformer, inklusive kolorektal cancer, visade sig bero på en extrem uppströms TCF7L2-bindande elementet driver transkriptionen av MYC 23,24. Som sådan, det finns ett stort intresse för att fastställa de nedströms gener som regleras av denna nyckel transkriptionsfaktor. Baserat på erfarenhet med TCF7L2 som ett exempel på den metod, beskriver detta papper hur man skapar hög kvalitet mall Chip DNA. ChIP utfördes i det kolorektala karcinomcellinjen, HCT116, för efterföljande sekvensering för att bygga en hög-resolmepannor karta av generna som är bundna av TCF7L2 25 i en strävan att ge ytterligare inblick i dess nyckelroll i patogenesen av komplexa egenskaper.

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td>Name of the reagent</td>
 <td>Company</td>
 <td>Catalogue number</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>QIAquick PCR Purification Kit</td>
 <td>Qiagen</td>
 <td>28104 </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>EZ-ChIP Kit </td>
 <td>Millipore </td>
 <td>17-371 </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>GoTaq Hot Start Polymerase </td>
 <td>Promega</td>
 <td>M5001</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Misonix Sonicator</td>
 <td>Qsonica </td>
 <td>XL-2000 </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>
 NanoDrop 1000 Spectrophotometer </td>
 <td>
 Thermo-Scientific</td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Positive control primer sequences (TCF7L2-1) 
 Forward- 5'-TCGCCCTGTCAATAATCTCC-3' 
 Reverse- 5'-GCTCACCTCCTGTATCTTCG-3' 
 Negative control primer sequences (CTRL-1) 
 Forward-5'-ATGTGGTGTGGCTGTGATGGGAAC-3'
 
 Reverse- 5'-CGAGCAATCGGTAAATAGGTCTGG-3'</td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

generation of high quality chromatin immunoprecipitation dna template for high-throughput sequencing (chip-seq)

Chip-sekvensering (Chip-seq) metoder ger direkt hel-genom täckning, där kombinationen av kromatin immunoprecipitation (chip) och massivt parallell sekvensering kan utnyttjas för att identifiera den repertoar av däggdjurs-DNA-sekvenser som är bundna av transkriptionsfaktorer in vivo. &quot;Nästa generations&quot; genomsekvenseringsprojekt teknik ger 1-2 storleksordningar ökning av mängden av sekvensen som kan vara kostnadseffektivt genererade över äldre teknik vilket möjliggör Chip-Seq metoder för att direkt ge hel-genom täckning för effektiv profilering av däggdjur protein-DNA-interaktioner. För framgångsrika Chip-Seq metoder, måste man generera hög kvalitet chip DNA-mall för att få bästa sekvensering resultaten. Beskrivningen är uppbyggd kring erfarenheterna med proteinet produkten av genen starkast inblandad i patogenesen för typ 2-diabetes, nämligen transkriptionsfaktor transkriptionsfaktor 7-liknande 2 (TCF7L2). Denna faktor har också varit inblandad i olika cancerformer. Beskrivs är hur man skapar hög kvalitet mall Chip DNA härlett från kolorektal karcinomcellinjen, HCT116, i syfte att bygga upp en högupplöst karta genom sekvensering för att bestämma de gener som är bundna av TCF7L2, vilket ger ytterligare inblick i dess nyckelroll i patogenesen av komplexa drag.

När kromatin har sonikerades och har behandlats med RNas och proteinas bör de prov som körs på 2% agarosgel presentera ett utstryk med huvuddelen av DNA vid den önskade storleken. Om flera olika cykler testas, bör en gradvis minskning i storlek ses som antalet cykler ökar (Figur 2). Efter genomgången immunoprecipitation delen av protokollet anrikningen kan antingen kontrolleras av PCR eller realtids-PCR. För PCR-prov som körs på en agarosgel det bör finnas band i...

Watch this Scientific Journal Video about Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq at JoVE.com

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

Kombinationen av kromatin immunoprecipitation och ultra-high-throughput sekvensering (chip-punkter) kan identifiera och kartlägga protein-DNA interaktioner i en viss vävnad eller cellinje. Beskrivs är hur man skapar en hög mall kvalitet chip för efterföljande sekvensering, med erfarenhet av transkriptionsfaktor TCF7L2 som ett exempel.

Av hög kvalitet om Kromatin Immunoprecipitation DNA Mall för hög genomströmning sekvensering (chip-seq)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Research

JoVE Journal

Biology

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Highly Efficient Ligation of Small RNA Molecules for MicroRNA Quantitation by High-Throughput Sequencing

Mycket effektiv Ligering av små RNA-molekyler för MicroRNA Kvantifiering av hög genomströmning sekvense

MiRNA cloning and high-throughput sequencing, termed miR-Seq, stands alone as a transcriptome-wide approach to quantify miRNAs with single nucleotide ...

Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing

Riktade DNA-metylering analys av Nästa generations sekvense

The role of epigenetic processes in the control of gene expression has been known for a number of years. DNA methylation at cytosine residues is of ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

Hög kapacitet Screening för kemiska modulatorer av Post-transkription Reglerade Gener

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Kromatin Immunoprecipitation analys för identifiering av Arabidopsis Protein-DNA-interaktioner<em&gt; In Vivo</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

DamID-seq: Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions by High Throughput Sequencing of Adenine-methylated DNA Fragments

DamID-punkter: Genomvid Kartläggning av protein-DNA interaktioner från hög genomströmning sekvensering av Adenine-metylerade DNA-fragment

The DNA adenine methyltransferase identification (DamID) assay is a powerful method to detect protein-DNA interactions both locally and genome-wide. It is ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

Förstärkning, Nästa generations sekvensering, och Genomic DNA Kartläggning av retroviral integration webbplatser

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots

Hög genomströmning crispr Vektorkonstruktion och karakterisering av DNA Ändringar av Generation tomat håriga Roots

Targeted DNA mutations generated by vectors with clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 technology have proven useful for ...

A Protocol for Functional Assessment of Whole-Protein Saturation Mutagenesis Libraries Utilizing High-Throughput Sequencing

Ett protokoll för funktionell bedömning av hela proteinmutagenes bibliotek Använda hög genomströmning sekvensering

Site-directed mutagenesis has long been used as a method to interrogate protein structure, function and evolution. Recent advances in massively-parallel ...

Parallel High Throughput Single Molecule Kinetic Assay for Site-Specific DNA Cleavage

Parallell hög genomströmning Single Molecule Kinetic assay för Site-specifika DNA-klyvning

Site-specific DNA cleavage (SSDC) is a key step in many cellular processes, and it is crucial to gene editing. This work describes a kinetic assay capable ...

Modified Methods for Loading of High-Throughput DNA Extraction Plates Reduce Potential for Contamination

Modifierade metoder för lastning av hög genomströmning DNA extraktionsplattor minska potential för kontaminering

High-throughput DNA sequencing techniques have contributed substantially to advances in our understanding of relationships among microbial communities, ...