Name: generation of high quality chromatin immunoprecipitation dna template for high-throughput sequencing (chip-seq)
Uploaded: 2013-04-19T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq at JoVE.com

Çalışma Philadelphia Çocuk Hastanesi bir Enstitüsü Geliştirme Ödülü tarafından desteklenmektedir.

1. Çapraz bağ Kromatin <ol><li> 100x20mm hücre kültürü yemekleri hücreleri büyür. Hücrelerin miktarı, 1 ila hücre tipine bağlı olarak tabak başına 10 milyon hücre arasında olabilir. Yaklaşık 2.000.000 hücre, bir immüno-çökeltme için yeterlidir. </li><li> Zaman sallama ile oda sıcaklığında 10 dakika boyunca% 1 formaldehid ile çapraz bağ hücreleri. </li><li> Oda sıcaklığında 5 dakika boyunca 125 mM Glisin ve inkübe bir nihai konsantrasyon ilave çapraz-bağlama soğutun. </li><li> 1X...

<ol>
	<li>Odom, D. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+pancreas+and+liver+gene+expression+by+HNF+transcription+factors.">Control of pancreas and liver gene expression by HNF transcription factors.</a> Science. 303, 1378-1381 (2004).</li><li>Johnson, D. S., Mortazavi, A., Myers, R. M., Wold, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+mapping+of+in+vivo+protein-DNA+interactions.">Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions.</a> Science. 316, 1497-1502 (2007).</li><li>Robertson, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+profiles+of+STAT1+DNA+association+using+chromatin+immunoprecipitation+and+massively+parallel+sequencing.">Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing.</a> Nature Methods. 4, 651-657 (2007).</li><li>Reich, N. C., Liu, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracking+STAT+nuclear+traffic.">Tracking STAT nuclear traffic.</a> Nat. Rev. Immunol. 6, 602-612 (2006).</li><li>Lodige, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nuclear+export+determines+the+cytokine+sensitivity+of+STAT+transcription+factors.">Nuclear export determines the cytokine sensitivity of STAT transcription factors.</a> The Journal of Biological Chemistry. 280, 43087-43099 (2005).</li><li>Schroder, K., Sweet, M. J., Hume, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signal+integration+between+IFNgamma+and+TLR+signalling+pathways+in+macrophages.">Signal integration between IFNgamma and TLR signalling pathways in macrophages.</a> Immunobiology. 211, 511-524 (2006).</li><li>Vinkemeier, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Getting+the+message+across,+STAT!+Design+principles+of+a+molecular+signaling+circuit.">Getting the message across, STAT! Design principles of a molecular signaling circuit.</a> The Journal of Cell Biology. 167, 197-201 (2004).</li><li>Brierley, M. M., Fish, E. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stats:+multifaceted+regulators+of+transcription.">Stats: multifaceted regulators of transcription.</a> J. Interferon Cytokine Res. 25, 733-744 (2005).</li><li>Bentley, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-genome+re-sequencing.">Whole-genome re-sequencing.</a> Current Opinion in Genetics &amp; Development. 16, 545-552 (2006).</li><li>Grant, S. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Variant+of+transcription+factor+7-like+2+(TCF7L2)+gene+confers+risk+of+type+2+diabetes.">Variant of transcription factor 7-like 2 (TCF7L2) gene confers risk of type 2 diabetes.</a> Nature Genetics. 38, 320-323 (2006).</li><li>Sladek, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+association+study+identifies+novel+risk+loci+for+type+2+diabetes.">A genome-wide association study identifies novel risk loci for type 2 diabetes.</a> Nature. 445, 881-885 (2007).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wellcome+Trust+Case+Control+Consortium.+Genome-wide+association+study+of+14,000+cases+of+seven+common+diseases+and+3,000+shared+controls.">Wellcome Trust Case Control Consortium. Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls.</a> Nature. 447, 661-678 (2007).</li><li>Saxena, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+association+analysis+identifies+loci+for+type+2+diabetes+and+triglyceride+levels.">Genome-wide association analysis identifies loci for type 2 diabetes and triglyceride levels.</a> Science. 316, 1331-1336 (2007).</li><li>Zeggini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Replication+of+genome-wide+association+signals+in+UK+samples+reveals+risk+loci+for+type+2+diabetes.">Replication of genome-wide association signals in UK samples reveals risk loci for type 2 diabetes.</a> Science. 316, 1336-1341 (2007).</li><li>Scott, L. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+association+study+of+type+2+diabetes+in+Finns+detects+multiple+susceptibility+variants.">A genome-wide association study of type 2 diabetes in Finns detects multiple susceptibility variants.</a> Science. 316, 1341-1345 (2007).</li><li>Steinthorsdottir, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+variant+in+CDKAL1+influences+insulin+response+and+risk+of+type+2+diabetes.">A variant in CDKAL1 influences insulin response and risk of type 2 diabetes.</a> Nature Genetics. 39, 770-775 (2007).</li><li>Salonen, J. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Type+2+Diabetes+Whole-Genome+Association+Study+in+Four+Populations:+The+DiaGen+Consortium.">Type 2 Diabetes Whole-Genome Association Study in Four Populations: The DiaGen Consortium.</a> American Journal of Human Genetics. 81, 338-345 (2007).</li><li>Zeggini, E., McCarthy, M. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TCF7L2:+the+biggest+story+in+diabetes+genetics+since+HLA.">TCF7L2: the biggest story in diabetes genetics since HLA.</a> Diabetologia. 50, 1-4 (2007).</li><li>Weedon, M. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+importance+of+TCF7L2.">The importance of TCF7L2.</a> Diabet. Med. 24, 1062-1066 (2007).</li><li>Hattersley, A. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prime+suspect:+the+TCF7L2+gene+and+type+2+diabetes+risk.">Prime suspect: the TCF7L2 gene and type 2 diabetes risk.</a> The Journal of Clinical Investigation. 117, 2077-2079 (2007).</li><li>Yochum, G. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Serial+analysis+of+chromatin+occupancy+identifies+beta-catenin+target+genes+in+colorectal+carcinoma+cells.">Serial analysis of chromatin occupancy identifies beta-catenin target genes in colorectal carcinoma cells.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104, 3324-3329 (2007).</li><li>Duval, A., Busson-Leconiat, M., Berger, R., Hamelin, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assignment+of+the+TCF-4+gene+(TCF7L2)+to+human+chromosome+band+10q25.3.">Assignment of the TCF-4 gene (TCF7L2) to human chromosome band 10q25.3.</a> Cytogenet. Cell Genet. 88, 264-265 (2000).</li><li>Pomerantz, M. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+8q24+cancer+risk+variant+rs6983267+shows+long-range+interaction+with+MYC+in+colorectal+cancer.">The 8q24 cancer risk variant rs6983267 shows long-range interaction with MYC in colorectal cancer.</a> Nature Genetics. 41, 882-884 (2009).</li><li>Tuupanen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+common+colorectal+cancer+predisposition+SNP+rs6983267+at+chromosome+8q24+confers+potential+to+enhanced+Wnt+signaling.">The common colorectal cancer predisposition SNP rs6983267 at chromosome 8q24 confers potential to enhanced Wnt signaling.</a> Nature Genetics. 41, 885-890 (2009).</li><li>Zhao, J., Schug, J., Li, M., Kaestner, K. H., Grant, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Disease-associated+loci+are+significantly+over-represented+among+genes+bound+by+transcription+factor+7-like+2+(TCF7L2)+in+vivo.">Disease-associated loci are significantly over-represented among genes bound by transcription factor 7-like 2 (TCF7L2) in vivo.</a> Diabetologia. 53, 2340-2346 (2010).</li><li>Benjamini, Y., Yekutieli, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+trait+Loci+analysis+using+the+false+discovery+rate.">Quantitative trait Loci analysis using the false discovery rate.</a> Genetics. 171, 783-790 (2005).</li></ol>

Çok yakın zamanda diğer transkripsiyon faktörleri 2,3 ile gösterilmiştir gibi, şimdi ChIP-seq kullanarak protein-DNA etkileşimleri dernek bir genom profil yürütmek mümkündür. Başarılı bir sıralama sonuç için önemli bir yüksek kaliteli kromatin immunoprecipitation DNA örneğinin nesil. DNA şablonu oluşturulur ve yeterli zenginleştirilmiş tespit edildikten sonra, tek bir daha sonraki dizi analizi için kütüphanesi hazırlanmasında alabilir. Örneğin, bi...

Uzun yıllar boyunca, özellikle bir protein genom genişliğinde, transkripsiyon faktörü sınıfta olanlar tarafından bağlı ve düzenlenen genlerin kümesini tanımlamak için karşılanmamış bir ihtiyaç olmuştur. Odom ve ark. 1 sistematik insan karaciğer ve pankreas adacık olarak önceden belirlenmiş transkripsiyonel düzenleyiciler tarafından işgal genleri tanımlamak için organizatörü mikroarrayler ile birlikte kromatin immunoprecipitation (ChIP) kullanılır. Daha sonra, Johnson ve ark. 2 kapsamlı tüm memeli genomları arasında protein-DNA etkileşimleri map için doğrudan ultra yüksek verimli DNA dizi (ChIP-seq) dayalı büyük ölçekli kromatin immunoprecipitation testi geliştirdi. Bir test durumu olarak, in vivo insan genomu 1946 yerlere nöron-kısıtlayıcı susturucu faktörü (NRSF) bağlama eşleştirilir. Veriler i hem kolaylaştırdı bağlayıcı konumunun keskin çözünürlük (+ 50 baz çifti), görüntülenirmotif ve NRSF bağlayıcı motifleri ilişkin tanımlamaların çözüm. Bu ChIP-seq veri aynı zamanda yüksek duyarlılık ve özgüllük ve istatistiksel güven (p &lt;10 -4), yeni aday etkileşimleri çıkarım için önemli olan özellikleri vardı. Robertson ve ark. 3 Ayrıca STAT1 hedefleri harita için ChIP-seq kullanılan interferon-γ (IFN-γ) ile uyarılmış ve in vivo insan HeLa S3 hücreleri uyarılmamış. ChIP-seq tarafından, 15,1 ve 12,9 milyon benzersiz eşleştirilir dizisi okur, ve en az 0.001 bir tahmini yanlış keşif oranı kullanılarak, sırasıyla, uyarılmış ve uyarılmamış hücrelerde 41.582 ve 11.004 varsayılan STAT1 bağlayıcı bölgeleri belirledi. STAT1, interferon-duyarlı bağlanma bölgeleri 4-8 içerdiği bilinmektedir 34 lokus, yonga-DİZ 24 (% 71) bulundu. ChIP-seq hedefler bilinen STAT1 bağlayıcı motifleri benzer dizileri zenginleştirildi. Mevcut iki ChIP-PCR verileri ile karşılaştırmalar önerilen ayarlarBu ChIP-seq duyarlılık% 70 ve% 92 ve özgüllük en az% 95 arasında oldu. Ayrıca, ChIP-seq derinlemesine sıralama ile artar düşük analitik karmaşıklık ve duyarlılık hem de sunduğu açıktı. Bu, &quot;yeni nesil&quot; genom dizileme teknolojileri 9 eski teknolojileri üzerinde oluşturulan etkin bir maliyet olabilir dizisi miktarında artış büyüklüğü 1-2 emir sağlamak gibi. ChIP-seq yöntemleri bu nedenle doğrudan memeli protein-DNA etkileşmeleri 3 etkin profil için tam genom kapsama alanı sağlar. 2006 yılında, transkripsiyon faktörü 2 7-benzeri (TCF7L2) tip 2 diyabetli gen varyantları güçlü bir ilişki 10 keşfedildi. Diğer araştırmacılar zaten bağımsız Doğa 11,12 yayınlanan tip 2 diyabet ilk genom çapında ilişki çalışmalar, ilginç, farklı etnik Bu bulgu çoğaltılmış ve var </sbaşka bir yerde&gt;, Bilim 13-15 ve 16,17 kadar, en güçlü dernek TCF7L2 ile gerçekten oldu, bu şimdi 18-20 bugüne kadar tip 2 diyabet en önemli genetik bulgu olarak kabul edilir. Buna ek olarak, kanser riski TCF7L2 21,22 ile bağlantılı olmuştur; kolorektal karsinom da dahil olmak üzere kanser, bir dizi genom genişliğinde ilişki çalışmalarla ortaya 8q24 eğrisi, bir aşırı akış bağlı olduğu gösterilmiştir Gerçekten, bu bağlantıyı daha da belirginleşir TCF7L2-bağlama öğesi MYC 23,24 olan transkripsiyon sürüş. Bu nedenle, bu anahtar transkripsiyon faktörü düzenlenir aşağı genlerin belirlenmesinde büyük ilgi var. Metodolojinin örnek olarak TCF7L2 ile deneyimlere dayanarak, bu kağıt kaliteli ChIP DNA örneğinin oluşturmak için nasıl özetliyor. Çip, yüksek resol oluşturmak amacıyla sekanslanmasını için, kolorektal karsinoma hücre hattı ihtiva eden, HCT116 gerçekleştirilmiştirKarmaşık özelliklerin patogenezinde anahtar rolü için daha fazla fikir elde etmek için bir çaba içinde TCF7L2 25 ile bağlı genlerin ution haritası.

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td>Name of the reagent</td>
 <td>Company</td>
 <td>Catalogue number</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>QIAquick PCR Purification Kit</td>
 <td>Qiagen</td>
 <td>28104 </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>EZ-ChIP Kit </td>
 <td>Millipore </td>
 <td>17-371 </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>GoTaq Hot Start Polymerase </td>
 <td>Promega</td>
 <td>M5001</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Misonix Sonicator</td>
 <td>Qsonica </td>
 <td>XL-2000 </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>
 NanoDrop 1000 Spectrophotometer </td>
 <td>
 Thermo-Scientific</td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Positive control primer sequences (TCF7L2-1) 
 Forward- 5'-TCGCCCTGTCAATAATCTCC-3' 
 Reverse- 5'-GCTCACCTCCTGTATCTTCG-3' 
 Negative control primer sequences (CTRL-1) 
 Forward-5'-ATGTGGTGTGGCTGTGATGGGAAC-3'
 
 Reverse- 5'-CGAGCAATCGGTAAATAGGTCTGG-3'</td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

generation of high quality chromatin immunoprecipitation dna template for high-throughput sequencing (chip-seq)

Kromatin immunoprecipitation (ChIP) birleştiren ve güçlü paralel sıralama in vivo transkripsiyon faktörleri ile bağlı memeli DNA dizilerinin repertuar belirlemek için kullanılabilir nerede ChIP-sıralama (ChIP-seq) yöntemleri doğrudan, tam genom kapsama alanı sunuyor. &quot;Yeni nesil&quot; genom dizileme teknolojileri olabilir dizisi miktarında artış büyüklüğü 1-2 siparişleri sağlamak maliyet-etkin böylece doğrudan memeli etkin profil için tam genom kapsama sağlamak için ChIP-seq yöntemleri için izin eski teknolojileri üzerinde oluşturulan protein-DNA etkileşmeleri. Başarılı ChIP-seq yaklaşımlar için, bir yüksek kaliteli ChIP DNA örneğinin en iyi sıralama sonuçları elde etmek için üretmek gerekir. Açıklama en güçlü tip 2 diyabet, yani transkripsiyon faktörü transkripsiyon faktörü 2 7-benzeri (TCF7L2 patogenezinde rol genin protein ürünü ile deneyimine alınmaktadır.) Bu faktör, aynı zamanda çeşitli kanser ile ilişkili bulunmuştur. Boş patogenezinde anahtar rolü daha fazla fikir veren, TCF7L2 bağlı genleri belirlemek için sıralama ile yüksek çözünürlüklü harita oluşturmak için, kolorektal karsinom hücre hattı, HCT116 elde edilen yüksek kaliteli ChIP DNA örneğinin oluşturmak için nasıl Karmaşık özelliklerin.

Kromatin sonicated edilmiş ve RNaz ve proteinaz ile tedavi edildikten sonra,% 2 agaroz jel üzerinde çalışan örnekleri istenilen boyutta DNA büyük bir kısmı bir karalama sunmalıdır. Birkaç farklı devir test edilir ise, boyut olarak bir kademeli azalma devir sayısı arttıkça (Şekil 2) olarak görülmelidir. Protokolün immunoprecipitation bölümü tamamladıktan sonra zenginleştirme ya PCR veya gerçek zamanlı PCR ile kontrol edilebilir. Bir agaroz jel üz...

Watch this Scientific Journal Video about Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq at JoVE.com

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

Kromatin immunoprecipitation ve ultra-yüksek verimli sıralama (ChIP-seq) kombinasyonu belirli bir doku ya da hücre hattı protein-DNA etkileşimleri belirlemek ve eşleyebilirsiniz. Boş bir örnek olarak transkripsiyon faktörü TCF7L2 ile deneyim kullanıyorsanız sonraki sıralama için yüksek kaliteli ChIP şablonu oluşturmak için nasıl.

Yüksek verim Sıralama için Yüksek Kalite Kromatin Immunoprecipitation DNA Şablon üretimi (ChIP-seq)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Research

JoVE Journal

Biology

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Highly Efficient Ligation of Small RNA Molecules for MicroRNA Quantitation by High-Throughput Sequencing

Yüksek Verim Dizilimine tarafından MicroRNA ölçümü için Küçük RNA molekülleri, yüksek Verimli ligasyonu

MiRNA cloning and high-throughput sequencing, termed miR-Seq, stands alone as a transcriptome-wide approach to quantify miRNAs with single nucleotide ...

Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing

DNA Metilasyon Analizi nesil Dizilimine tarafından hedef

The role of epigenetic processes in the control of gene expression has been known for a number of years. DNA methylation at cytosine residues is of ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

Post-transkripsiyonel ayarlı genlerin kimyasal Modülatörler için yüksek verimli tarama

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Arabidopsis Protein-DNA Etkileşimleri Tespiti için Kromatin Immunoprecipitation Deneyi<em&gt; İn Vivo</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

DamID-seq: Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions by High Throughput Sequencing of Adenine-methylated DNA Fragments

DamID seq: Adenin-metillenmiş DNA Fragments Yüksek Verimli Dizileme tarafından Protein-DNA Etkileşimleri genom Haritalama

The DNA adenine methyltransferase identification (DamID) assay is a powerful method to detect protein-DNA interactions both locally and genome-wide. It is ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

Retroviral Entegrasyon Siteleri Amplifikasyon, Yeni Nesil Sıralama ve Genomik DNA Haritalama

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots

Domates Tüylü Roots Üretimi ile yüksek verim CRISPR Vektör İnşaat ve DNA Değişiklikler Karakterizasyonu

Targeted DNA mutations generated by vectors with clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 technology have proven useful for ...

A Protocol for Functional Assessment of Whole-Protein Saturation Mutagenesis Libraries Utilizing High-Throughput Sequencing

Yüksek verimlilik sıralaması kullanılması Tüm-Protein Doygunluk Mutagenez Kütüphaneleri Fonksiyonel Değerlendirme Protokolü

Site-directed mutagenesis has long been used as a method to interrogate protein structure, function and evolution. Recent advances in massively-parallel ...

Parallel High Throughput Single Molecule Kinetic Assay for Site-Specific DNA Cleavage

Siteye Özgü DNA Bölünmesi için Paralel Yüksek İş Kinetik Test

Site-specific DNA cleavage (SSDC) is a key step in many cellular processes, and it is crucial to gene editing. This work describes a kinetic assay capable ...

Modified Methods for Loading of High-Throughput DNA Extraction Plates Reduce Potential for Contamination

Yüksek İşlemli DNA Çıkarma Plakalarının Yüklenmesinde Modifiye Yöntemler Kontaminasyon Potansiyelini Azaltır

High-throughput DNA sequencing techniques have contributed substantially to advances in our understanding of relationships among microbial communities, ...