Name: identification of disease-related spatial covariance patterns using neuroimaging data
Uploaded: 2013-06-26T13:00:00
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Cette travail a été soutenu par Grant No. P50NS071675 (Morris K. Udall Center of Excellence dans le Recherche de Maladie d&#39;Parkinson à L&#39;Institut Feinstein pour la recherche médicale) au document DE à partir de le Institut national de la Troubles Neurologiques et les accidents cérébrovasculaires. Le contenu est uniquement la responsabilité de les auteurs et ne représente pas nécessairement les vues officielles de l&#39;Institut national de la Troubles Neurologiques et Stroke ou le Institutes of Health National. Le parrain n&#39;a pas joué un rôle dans conception de l&#39;étude, collecte, l&#39;analyse et l&#39;interprétation des données, la rédaction de la rapport ou dans la décision de soumettre le papier pour publication.

1. Collecte de données et prétraitement <ol><li> Procédé SSM / PCA peut être appliqué à des images de volumes individuels obtenus à partir de diverses sources et modalités. Plus précisément, sur site imagerie TEP du métabolisme, de préparer un traceur radionucléide approprié tel que le [18 F]-FDG (FDG) et d&#39;administrer à chaque patient. Les patients sont généralement numérisées au repos avec les yeux ouverts, après un jeûne d&#39;au moins 12 heures, au large de médicaments. </li><...

Le modèle SSM / PCA présenté à l&#39;origine par Moeller et al. 4 a évolué 1-3 en une technique simple et robuste pour l&#39;analyse des données de neuro-imagerie. Cependant, il ya eu des ambiguïtés dans l&#39;application de cette méthodologie que nous avons tenté de préciser ici que dans les publications précédentes 5-7,10. Certaines de ces questions ont été abordées dans le texte mais sont remis l&#39;accent ici en raison de leur importance. Comme indiqué dan...

Les maladies neurodégénératives ont été largement étudiés en utilisant des techniques permettant de localiser et de quantifier les anomalies du métabolisme du cerveau ainsi que des méthodes non-déductives qui étudient les interactions régionales 17. Stratégies d&#39;analyse multivariée pilotés par les données, comme l&#39;analyse en composantes principales (ACP) 1,2,4,18 et analyse en composantes indépendantes (ICA) 19,20, ainsi que des techniques supervisées comme moindres carrés partiels (PLS) 21 et les tendances ordinales canoniques analyse des variables aléatoires (TRO / CVA) 22 peut révéler des motifs caractéristiques ou de «réseaux» d&#39;activité interdépendants. Les bases de procédures multivariées, en particulier le modèle de sous-profil à l&#39;échelle (SSM) 1,2,4-6,18 ont été décrits précédemment dans JoVE 3. Cette approche basée sur PCA a été initialement développé pour examiner les relations de covariance fonctionnelles anormales entre les régions du cerveau en images de volumes simples état d&#39;équilibre de la circulation sanguine cérébrale et acq du métabolismeuired à l&#39;état de repos des modalités telles que le PET et SPECT qui présentent des caractéristiques haut rapport signal-bruit. Modèles de SSM spécifiques à la maladie sont des biomarqueurs d&#39;imagerie qui reflètent les différences globales de la topographie régionale chez les patients par rapport aux sujets normaux 7,16 et peut refléter un processus de réseau unique ou l&#39;assimilation de plusieurs fonctions anormales complexes 23. Réseaux cérébraux de modèle de covariance métaboliques sont associées à des valeurs d&#39;expression (sous réserve scores) qui peuvent distinguer entre les groupes normaux et pathologiques et de fournir des mesures fondées sur le réseau qui sont en corrélation avec les évaluations cliniques de sévérité de la maladie. En règle générale, sous réserve scores pour ces modèles augmentent avec la progression de la maladie et peuvent même être exprimées avant l&#39;apparition des symptômes 14,24. En effet, les biomarqueurs de réseau liés à la maladie ont été caractérisées par des troubles neurodégénératifs tels que la maladie de Parkinson 10 (PD), la maladie de Huntington 25 (HD) et de la maladie d&#39;Alzheimer 8 </sup&gt; (AD). Surtout, topographies métaboliques liés à la maladie ont également été identifiés pour les troubles du mouvement parkinsoniens atypiques telles que l&#39;atrophie de système multiple (MSA) et la paralysie supranucléaire progressive (PSP). Ces modèles ont été utilisés de concert pour le diagnostic différentiel des individus avec des &quot;sosies&quot; syndromes cliniquement similaires 12,13,26. En revanche, les méthodes unidimensionnelles voxel IRMf typiques évaluer l&#39;importance des différences entre les patients et les contrôles en grappes cérébrales isolées. Plus récemment, des méthodes ont été développées pour mesurer la connectivité fonctionnelle entre les régions du cerveau diversement définies 27-29. Cette définition de la connectivité fonctionnelle est limitée à l&#39;objet et de la région des interactions et dévie spécifiques du concept original SSM / PCA qui fait référence à l&#39;interconnexion transversale des régions du réseau du cerveau répartis dans l&#39;espace intrinsèques 1,2,23,30. À leur avantage, les plates-formes d&#39;IRM unere facilement installé, largement disponible, non-invasive et nécessitent généralement le temps de balayage plus court que les modalités d&#39;imagerie de radiotraceurs traditionnels tels que le PET ou SPECT entraînant une recrudescence des méthodologies potentielles décrites dans la littérature récente. Cependant, les signaux d&#39;IRMf en fonction du temps obtenues fournissent des mesures indirectes de l&#39;activité neuronale locale 31,32. Les algorithmes d&#39;analyse généralement complexes employées ont été limités par la taille des jeux de données, le bruit physiologique inhérente à signaux IRMf, ainsi que la grande variabilité de l&#39;activité cérébrale qui existe entre les sujets et les régions 19,23. Bien que des informations intéressantes sur l&#39;organisation du cerveau peut être déduite des propriétés des «réseaux» IRMf, ils n&#39;ont pas été suffisamment stable pour être utilisée en tant que biomarqueurs de la maladie fiables. En outre, les topographies de réseau qui en résultent ne sont pas nécessairement équivalents à ceux identifiés à l&#39;aide des méthodes d&#39;imagerie fonctionnelle établis tels que SSM / APC. Pour èmee majeure partie, rigoureuse validation croisée des topographies de IRMf résultant a fait défaut avec quelques exemples d&#39;application réussie de l&#39;avant des modèles dérivés des données de numérisation potentiels de cas isolés. Un avantage de l&#39;analyse de covariance PCA réside dans sa capacité à identifier les sources les plus importantes de la variation des données dans les premières composantes principales, mais il est inefficace si les vecteurs propres de premier plan constituent des facteurs de bruit aléatoire plutôt que la réponse réelle du réseau intrinsèque. En sélectionnant seulement les quelques premiers vecteurs propres et de limiter à ceux qui montrent des différences significatives dans les scores de contrôle du patient par rapport à la normale, nous réduisons considérablement l&#39;influence des éléments sonores. Cependant, à l&#39;approche de base décrite ici, ces mesures peuvent ne pas être suffisante pour générer des estimateurs robustes dans un ensemble de données IRMf typique à l&#39;exception des modalités décrites ci-dessous. Ainsi, en raison de la relation directe de g stable régionallucose métabolisme et l&#39;activité synaptique 33, cette méthodologie a été principalement appliquée à l&#39;analyse de l&#39;état reste FDG PET données. Toutefois, étant donné que le débit sanguin cérébral (CBF) est étroitement associée à l&#39;activité métabolique dans l&#39;état de repos 10,11,34, 35,36 SPECT et plus récemment artérielle marquage de spin (ASL) des méthodes d&#39;imagerie IRM de perfusion 37,38, ont été utilisés pour évaluer l&#39;activité métabolique anormale dans des cas individuels. Cela dit, la dérivation des modèles de covariance spatiale fiables avec IRMf état ​​de repos (rsfMRI) est aussi noté précédemment pas simple 31,32. Même si, SSM / PCA analyse préliminaire des données rsfMRI de patients parkinsoniens et les sujets témoins a révélé quelques homologies topographiques entre les modèles liés à la maladie identifiés à l&#39;aide des deux modalités, le PET et l&#39;amplitude des fluctuations à basse fréquence (ALFF) de BOLD IRMf 39,40 . Enfin, nous notons aussi que cette approche a été appliquée avec succès dans voxel base morphométrie (VBM) des données d&#39;IRM structurelles 41,42, révélant modèles de covariance spatiale distinctifs associés à la perte de volume liée à l&#39;âge et à d&#39;autres comparaisons de VBM et modèles ASL dans les mêmes sujets 43. La relation entre la SSM / PCA topographies de covariance spatiales et des réseaux du cerveau analogues identifiés à l&#39;aide de différentes approches analytiques et plates-formes d&#39;imagerie est un sujet d&#39;enquête en cours.

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td>Name of Equipment</td>
 <td>Company</td>
 <td>Catalog Number</td>
 <td>Comments</td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Image Acquisition </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>PET Scanner</td>
 <td>GE Medical Systems</td>
 <td>GE Advance</td>
 <td>Any PET, PET/CT and PET/MRI Scanners from GE, Siemens and Philips </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>PC Workstations</td>
 <td>Lenovo</td>
 <td>Any</td>
 <td><a href="http://www.lenovo.com/us/en/" target="_blank">http://www.lenovo.com/us/en/</a></td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Radiopharmaceuticals </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>[18F]-fluorodeoxyglucose</td>
 <td>Feinstein Institute for Medical Research</td>
 <td>Routine Production</td>
 <td>Also distributed by Cardinal Health <a href="http://www.cardinal.com/" target="_blank">http://www.cardinal.com/</a> </td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Software </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>ScanVP</td>
 <td>Feinstein Institute for Medical Research</td>
 <td>Version 5.9.1, Version 6.2, To be released</td>
 <td><a href="http://www.feinsteinneuroscience.org/" target="_blank">www.feinsteinneuroscience.org</a></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>SPM</td>
 <td>The UCL Institute of Neurology</td>
 <td>spm99-spm8</td>
 <td><a href="http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm" target="_blank">http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm</a></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Windows</td>
 <td>Microsoft</td>
 <td>Any</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Matlab</td>
 <td>Mathworks</td>
 <td>Matlab Version 7.0, 7.3</td>
 <td><a href="http://www.mathworks.com/" target="_blank">http://www.mathworks.com/</a></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>JMP</td>
 <td>SAS</td>
 <td>Version 5</td>
 <td><a href="http://www.jmp.com/" target="_blank">http://www.jmp.com/</a></td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

identification of disease-related spatial covariance patterns using neuroimaging data

Le modèle de sous-profil à l&#39;échelle (SSM) 1-4 est un algorithme multivarié PCA basée qui identifie les principales sources de variation de patients et les données d&#39;image du cerveau du groupe de contrôle, tout en rejetant moins de composants (figure 1). Appliqué directement à des données de covariance voxel par voxel d&#39;images multimodales état d&#39;équilibre, une image entière ensemble du groupe peut être réduite à quelques motifs importants de covariance linéairement indépendants et les scores de sujet correspondant. Chaque modèle, appelé un groupe de sous-profil invariant (SIG), est une composante principale orthogonale qui représente un réseau réparti dans l&#39;espace de régions du cerveau liées entre fonctionnellement. Grands effets scalaires moyennes mondiales qui peut masquer les petites contributions spécifiques réseau sont éliminés par la conversion logarithmique inhérente et signifient centrage des données 2,5,6. Sujets expriment chacun de ces modèles à un degré variable représentée par un score simple scalaire qui peut corréler avec clin indépendantdescripteurs iCal ou psychométrique 7,8. En utilisant l&#39;analyse de régression logistique des sujets scores (valeurs d&#39;expression de modèle), les coefficients linéaires peuvent être dérivées de combiner plusieurs composants principaux dans des modèles de covariance spatiale liés à la maladie unique, à savoir les réseaux composites avec une meilleure discrimination des patients provenant de sujets témoins en bonne santé 5,6. La validation croisée dans l&#39;ensemble de dérivation peut être réalisée en utilisant des techniques de rééchantillonnage bootstrap 9. Validation avant est facilement confirmé par l&#39;évaluation du score directe des modèles dérivés de séries de données prospectives 10. Une fois validées, les motifs liés à la maladie peuvent être utilisés pour marquer des patients par rapport à un échantillon de référence fixe, souvent l&#39;ensemble des sujets en bonne santé qui ont été utilisées (avec le groupe de la maladie) dans le calcul du modèle original 11. Ces valeurs normalisées peuvent à leur tour être utilisés pour aider dans le diagnostic différentiel et 12,13 pour évaluer la maladieprogression et le traitement des effets au niveau du réseau 7,14-16. Nous présentons un exemple de l&#39;application de cette méthodologie à FDG PET données de patients atteints de la maladie de Parkinson et les contrôles normaux en utilisant notre logiciel maison pour dériver un modèle de covariance caractéristique biomarqueur de la maladie.

Une simple application de l&#39;analyse multivariée SSM / PCA pour dériver un modèle de biomarqueurs neuroimagerie pour PD est illustré ci-dessous. PET FDG images de dix diagnostiqués cliniquement les patients parkinsoniens (6M/4F, 59Y ± sd 7A) d&#39;une durée malade variable (9y ± sd 5a) et dix âge et le sexe des témoins appariés normaux (6M/4F, 58Y ± sd 7A) ont été analysées à l&#39;aide notre routine ssmpca. Les vingt images correspondant spatialement pré-normalisées ont été initialement ...

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Identification of Disease-related Spatial Covariance Patterns using Neuroimaging Data

Techniques multivariées, y compris l&#39;analyse en composantes principales (ACP) ont été utilisées pour identifier les schémas de signature de changement régional dans les images fonctionnelles du cerveau. Nous avons développé un algorithme pour identifier les biomarqueurs du réseau reproductibles pour le diagnostic des maladies neurodégénératives, l&#39;évaluation de la progression de la maladie et l&#39;évaluation objective des effets du traitement dans les populations de patients.

Identification des modèles de covariance spatiale liés à la maladie en utilisant des données de neuro-imagerie

The scaled subprofile model (SSM)1-4 is a multivariate PCA-based algorithm that identifies major sources of variation in patient and control group brain ...

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