Name: high-throughput, automated extraction of dna and rna from clinical samples using trutip technology on common liquid handling robots
Uploaded: 2013-06-11T13:00:00
Duration: 10 min 47 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-throughput, Automated Extraction of DNA and RNA from Clinical Samples using TruTip Technology on Common Liquid Handling Robots at JoVE.com

Teile dieser Arbeit wurden durch die National Institutes of Health (NIH) unter dem Förderkennzeichen 44 R AI072784 unterstützt. Wir danken Dr. Kirsten St. George, Sara B. Griesemer, Daryl Lamson und Amy Dean des Labors für Viruskrankheiten, Wadsworth Center in New York State Dept of Health für quantifiziert Influenza-Virionen und Zugang zu klinisch validiert Influenza Echtzeit PCR-Assays.

<ol>
	<li>Boom, R., Sol, C. J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+and+simple+method+for+purification+of+nucleic+acids.">Rapid and simple method for purification of nucleic acids.</a> J. Clin. Microbiol. 28, 495-503 (1990).</li><li>Baker, M. P., Mitchell, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+genomic+DNA+from+blood+using+a+novel+filter-based+DNA+purification+technology.">Isolation of genomic DNA from blood using a novel filter-based DNA purification technology.</a> BioTechniques. 31, 142-145 (2001).</li><li>Sinclair, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=To+bead+or+not+to+bead:+applications+of+magnetic+bead+technology.">To bead or not to bead: applications of magnetic bead technology.</a> The Scientist. 12, 17-24 (1998).</li><li>Dederich, D. A., Okwuonu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glass+bead+purification+of+plasmid+template+DNA+for+high+throughput+sequencing+of+mammalian+genomes.">Glass bead purification of plasmid template DNA for high throughput sequencing of mammalian genomes.</a> Nucl. Acids Res. 30, e32 (2002).</li><li>Levison, P. R., Badger, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+developments+of+magnetic+beads+for+use+in+nucleic+acid+purification.">Recent developments of magnetic beads for use in nucleic acid purification.</a> J. Chromatogr. A. 816, 107-111 (1998).</li><li>Hourfar, M. K., Schmidt, M., Seifried, E., Roth, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+an+automated+high-volume+extraction+method+for+viral+nucleic+acids+in+comparison+to+a+manual+procedure+with+preceding+enrichment.">Evaluation of an automated high-volume extraction method for viral nucleic acids in comparison to a manual procedure with preceding enrichment.</a> Vox Sang. 89, 71-76 (2005).</li><li>Perelle, S., Cavellini, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+a+robotic+RNA+purification+protocol+based+on+the+NucliSens+easyMAG+for+real-time+RT-PCR+detection+of+hepatitis+A+virus+in+bottled+water.">Use of a robotic RNA purification protocol based on the NucliSens easyMAG for real-time RT-PCR detection of hepatitis A virus in bottled water.</a> J. Virol. Methods. 157, 80-83 (2009).</li><li>Riemann, K., Adamzik, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+manual+and+automated+nucleic+acid+extraction+from+whole-blood+samples.">Comparison of manual and automated nucleic acid extraction from whole-blood samples.</a> J. Clin. Lab. Anal. 21, 244-248 (2007).</li><li>Hukari, K. W., Shultz, M., Isely, N., Milson, R., West, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+completely+automated+sample+preparation+instrument+and+consumable+device+for+isolation+and+purification+of+nucleic+acids.">A completely automated sample preparation instrument and consumable device for isolation and purification of nucleic acids.</a> J. Lab. Autom. 16, 355-365 (2011).</li><li>Kessler, H., M&#252;hlbauer, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fully+automated+nucleic+acid+extraction.">Fully automated nucleic acid extraction.</a> MagNA Pure LC. Clin. Chem. 47, 1124-1126 (2001).</li><li>Miller, S., Seet, H., Khan, Y., Wright, C., Nadarajah, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+QIAGEN+automated+nucleic+acid+extraction+methods+for+CMV+quantitative+PCR+testing.">Comparison of QIAGEN automated nucleic acid extraction methods for CMV quantitative PCR testing.</a> Am. J. Clin. Pathol. 133, 558-563 (2010).</li><li>Dundas, N., Leos, N. K., Mitui, M., Revell, P., Rogers, B. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+automated+nucleic+acid+extraction+methods+with+manual+extraction.">Comparison of automated nucleic acid extraction methods with manual extraction.</a> J. Mol. Diagn. 10, 311-316 (2008).</li><li>Kruh&#248;ffer, M., Voss, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+QIAsymphony+SP+workstation+for+magnetic+particle-based+nucleic+acid+purification+from+different+sample+types+for+demanding+downstream+applications.">Evaluation of the QIAsymphony SP workstation for magnetic particle-based nucleic acid purification from different sample types for demanding downstream applications.</a> J. Lab. Autom. 15, 41-51 (2010).</li><li>Belgrader, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Apparatus,+system,+and+method+for+purifying+nucleic+acids.">Apparatus, system, and method for purifying nucleic acids.</a> United States Patent. , (2010).</li><li>Chandler, D. P., Griesemer, S. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid,+simple+influenza+RNA+extraction+from+nasopharyngeal+samples.">Rapid, simple influenza RNA extraction from nasopharyngeal samples.</a> J. Virol. Methods. 183, 8-13 (2012).</li><li>Chan, K. H., Lai, S. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analytical+sensitivity+of+rapid+influenza+antigen+detection+tests+for+swine-origin+influenza+virus+(H1N1).">Analytical sensitivity of rapid influenza antigen detection tests for swine-origin influenza virus (H1N1).</a> J. Clin. Virol. 45, 205-207 (2009).</li><li>Chan, K. H., Lama, S. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analytical+sensitivities+of+six+rapid+influenza+A+antigen+detection+test+kits+for+detection+of+influenza+A.">Comparative analytical sensitivities of six rapid influenza A antigen detection test kits for detection of influenza A.</a> subtypes H1N1, H3N2 and. 38, 169-171 (2007).</li><li>Fan, H. C., Blumenfeld, Y. J., Chitkara, U., Hudgins, L., Quake, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Noninvasive+diagnosis+of+fetal+aneuploidy+by+shotgun+sequencing+DNA+from+maternal+blood.">Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105, 16266-16271 (2008).</li></ol>

Die Autoren sind Mitarbeiter von Akonni Biosystems, Inc., die Materialien, die in diesem Artikel verwendet zu produzieren. Freier Zugang und Produktion dieses Artikels wird durch Akonni Biosystems, Inc. gesponsert

Die Einfachheit des TruTip Konzept und Workflow (Abbildung 1) machen es leicht angepasst, automatisierte, effiziente und effektive für eine Reihe von klinischen Probenmatrices, Eingang Probenvolumina und Liquid-Handling-Systeme. Es sollte jedoch erkannt werden, dass jede klinische Probe einzigartig ist, und eine mit der nächsten in der Viskosität, Partikel, Schleim, Oberflächenverunreinigungen, mikrobiellen und / oder menschlichen genetischen Hintergründen variieren. Angesichts erwarteten Variationen in der klinischen Probe Zusammensetzung und Verwendungen von einer automatisierten Probenvorbereitung TruTip Protokoll, kann es daher notwendig sein, bestimmte Schritte in einer TruTip Verfahren zu modifizieren, um die gewünschten Ergebnisse für eine bestimmte Art Probe zu erreichen. Unabhängig von der Art der Probe enthalten jedoch TruTip Parameter, die haben in der Regel den größten Einfluss auf Nukleinsäure Reinheit und / oder Verwertung: <ol><li> Beispiel Mischen und Homogenisieren mit Lysepuffer (und Alkohol). Während TruTips eine erneute habenlativ große Porengröße Probenhomogenisierung und Verflüssigung ist sehr wichtig für eine effiziente Lyse und nachfolgende Bindung Schritte zum TruTip Monolith. Mit einer homogenen und gut Flüssiggas Lysat können Proben durch die TruTip mit höheren Flussraten, die die gesamte Probe Bearbeitungszeit reduziert bewegen. Das große Volumen Plasma-Protokoll zeigt das Potenzial für die Nutzer, um gründlich zu homogenisieren und zu verflüssigen schwierigen Proben (on-line oder off-line), trotz der großen Eingang Probenvolumen. </li><li> Flussraten. Langsamer Flussraten während Nukleinsäurebindung oder Elution der Regel in höheren Ausbeuten führen Nukleinsäure, wenn auch auf Kosten der gesamten Bearbeitungszeit. Langsamer Strömungsgeschwindigkeiten kann auch die Ausdehnung der DNA Scherung. </li><li> Zyklus-Nummern. Die optimale Anzahl der Aspiration und verzichten Zyklen abhängig ist Probe Typ, total Probenvolumen und Strömungsgeschwindigkeiten. Schritt 1 in 1 ist typischerweise der Punkt, an dem Zyklus numbers (und Strömungsgeschwindigkeiten) kann einige empirische Optimierung, mit Proben wie Nasen-Rachen absaugen (Abb. 5), die eine der schwierigeren Lysate auf Grund des Angebotes von NPA Viskositäten von verschiedenen Patienten zu optimieren. </li><li> Trocknen. Vollständige Trocknung der TruTip Monolith ist zwingend notwendig, um das restliche organische Lösungsmittel aus co-eluiert mit der gereinigten Nukleinsäure-Probe und hemmende Folgeprozesse oder Tests zu verhindern. Da TruTip nicht über Zentrifugieren oder Vakuumfiltration getrocknet, ist es wichtig, sowohl die Strömungsgeschwindigkeit und Taktzahlen während der Trocknungsstufe zu maximieren. Manchmal gibt es ein Restrisiko Tropfen Waschlösung auf der Endstation der TruTip nach der Trocknung Zyklen abgeschlossen sind. Die Hamilton Roboter hat die Fähigkeit, eine &quot;Tip Touch&quot; auf der Seite der Vertiefung, um die Tröpfchen Freilegung, wodurch eine lösungsmittelfreie Elution. Die epMotion System nicht über diese Funktion, sondern eine der TruTip Terminus in el Vorspülenution Puffers programmiert ist, den gleichen Effekt zu erzielen. </li></ol> Da die Geometrie Pipettenspitze Material und Befestigungsart der Roboter-Arm-Kanal einzigartig für jedes Instrument Hersteller sind, ist eine andere TruTip Konstrukt für jede Liquid-Handling-System erforderlich. Die TruTip Monolith Abmessungen (Durchmesser, Dicke und Porengröße) haben mit Nukleinsäure-bindende Kapazität (und Elution Wirkungsgrade) korrelieren, ist wie bei jedem Festphasenextraktion Technik erwartet. Während dicke (&gt; 4 mm) Matrizen zu einer 1 ml TruTip auf Nukleinsäure-bindende Kapazität für großvolumige Proben zu erhöhen und / oder die Bindung auszugleichen Kapazität über spezifische TruTip Formate eingebettet sein kann, gibt es einen Kompromiss zwischen TruTip Dicke und Flussraten während die anfängliche Bindung Schritt (in Gegenwart von Rohlysaten). Daher ist es manchmal vorteilhaft, größeren Durchmesser Monolithen in größerem Volumen Pipettenspitzen einzubetten für die ersten Schritte eines automatisierten Protokoll (zB &lt;/ Em&gt; die 5 ml Hamilton / Akonni TruTips für großvolumige Extraktionen). Angesichts der spezifischen TruTip Konfigurationen durch die Hersteller von Liquid Handling-Roboter diktiert, jedoch haben wir nicht unbedingt erwarten TruTip Nukleinsäure Renditen identisch sein über Liquid Handling-Plattformen verschiedener Hersteller, oder über verschiedene TruTip Größen. Klinische Proben (per Definition) enthalten erhebliche Mengen an humaner genomischer DNA, wenn sie aus einer normalerweise sterilen Websites (zB Rückenmarksflüssigkeit) erworben werden. Manchmal ist die humane genomische DNA gewünscht wird (wie in 6), während in anderen Anwendungen der menschlichen DNA stellt einen unerwünschten Hintergrund Genom (wie bei Figur 5). Die Anwesenheit von Hintergrund-DNA ist in der Regel unproblematisch, solange die Gesamtmenge von Nucleinsäure in der Probe nicht mehr als die Bindungskapazität des Monolithen und die Hintergrund-DNA als Träger zu dienen, wenn das gewünschte Ziel-NukleinsäureSäure ist in Spuren vorhanden. Das Ziel des hochvolumigen Plasmaextraktion Protokoll (Fig. 7) zu isolieren (fragmentierten) fötale DNA in Gegenwart einer 10-20 fachen Überschuß der mütterlichen DNA, die ähnlich wie die Probenvorbereitung Ziel Infektionskrankheit Tests ist, außer dass die Sequenzen hohe Kongruenz und kann nur durch sehr spezifische molekulare Tests und / oder Größe Diskriminierung unterscheiden. In diesem Fall wird die gesamte Umlauf-DNA isoliert mit einer 5 ml TruTip und anschließende hochmolekularen und niedermolekularen fetalen DNA durch getrennt nachfolgende Bindung und Elution mit einem 1 ml TruTip durch Veränderung der Bindung Pufferbedingungen. Selektive Größe Trennung und Anreicherung von Ziel-Nukleinsäuren auf ihre Bindung und Elution Eigenschaften auf eine Silica-Monolith basiert, ist ein deutlich anderen Wirkmechanismus als durch Membranen oder Größenausschluss-Spin-Säulen erreicht. Größe Trennung und Anreicherung von mikrobieller DNA aus humanen genomischen DNA kann eine seinccomplished in zukünftigen Anwendungen über Customizing TruTip verbindlich und Elutionspuffer. Die automatisierten Protokolle gezeigt betonen die Nützlichkeit der TruTip Monolith selbst zum Verarbeiten diverse klinische Proben, und wie sie für große Mengen und spezifischen Liquid-Handling-Roboter angepasst werden. Die optimierte Methoden in der Regel schneller Extraktion Protokolle im Vergleich zu anderen automatisierten Systemen führen. Die Einfachheit des TruTip Technologie, aber auch bietet einige Kostenvorteile für die Interessenten in den Kauf eines neuen, automatisierten Aufreinigung von Nukleinsäure-System, weil die primären Hardware für die Automatisierung TruTip Verfahren erforderlich ist die Pipettenkanal Arm selbst eher als magnetische Stäbe, Vakuum-Systeme oder On-Board-Zentrifugen. Verwendung Fertigspritze Reagenz Platten können auch zu einer Verminderung Raum und erforderlichen Verbrauchsmaterialien und die doppelte Durchsatz pro Lauf. Minimierung Deck mit TruTip Protokolle ermöglicht auch fortgeschrittene Anwender zu integrieren stromaufwärts oder downstream automatisierte Prozesse mit dem TruTip. Zum Beispiel Hamiltons easyBlood Lösung zur Fraktionierung Vollblut können mit dem automatisierten TruTip Extraktionsverfahren, die deutlich straffen würde Bio-Banking-Prozesse integriert werden. Post-Extraktionsverfahren wie Nukleinsäure Quantifizierung, Normalisierung, PCR Set-up, oder DNA-Sequenzierung sind auch leicht mit TruTip auf den größeren Liquid-Handling-Plattformen integriert.

Nukleinsäure-Aufreinigung notwendig ist für die meisten molekularen Diagnostik, Forschung nur zu verwenden, und Life-Science-Anwendungen. Verschiedene Ansätze wurden seit der Zeit der Phenol / Chloroform Extraktionen entstanden, von denen viele auf dem grundlegenden Prinzip der Nukleinsäure-Bindung an Silica in der Gegenwart chaotroper Salze 1 basiert. Die Extraktion wurde gestrafft und automatisiert durch den Einsatz von verschiedenen Perlen-und Membran-basierte Formate, mit Spin Filter, magnetische Kügelchen und verwandte Ansätze dominieren die Life Sciences-Industrie (siehe Beispiele in 2-13). Während wirksam, haben Partikel und Membranen Einschränkungen bekannt, wann mit herausfordernden klinischen Matrizen konfrontiert. Zum Beispiel, Membranen und Kügelchen Säulen auf-konform sind, haben kleine Porengrößen (also hohen Gegendrücken) und erfordern irgendeine Art von Unterstützung, um durch eine Zentrifuge oder Vakuum verarbeitet werden. Die physikalischen Eigenschaften von Membranen und Kügelchen Spalten einesignifikante Strömungswiderstand, der die Art der Proben, die effizient, ohne zu verstopfen die Verbrauchsmaterialien und / oder die Gesamtmenge (Eingang) Probenvolumen, die uni-direktional verarbeitet durch den Strömungsweg können verarbeitet werden begrenzt. Umgekehrt muß magnetischen Teilchen in der Probe durch Rühren verteilt. Die Notwendigkeit, die homogen verteilen magnetischen Teilchen in einer Lösung schränkt die insgesamt eingesetzten Probenmenge, die mit vielen magnetischen Kügelchen Verbrauchsmaterialien verarbeitet werden können. Klinische Probe Attribute (wie Viskosität oder Komplexität) zu ineffizienten Magnetpartikel-Konzentration auf der Seite eines Rohres oder Stabes führen. Darüber hinaus können Silica Feinstaub brechen der Perlen während der Extraktion, verlieren ihre Magnetisierung und verunreinigen das letzte Probe. Die TruTip Technologie wurde entwickelt, um einige dieser Nukleinsäure-Probe Verarbeitung Auflagen und Beschränkungen 14 zu überwinden. Durch die Einbettung eines porösen Monolithen innerhalb einerPipettenspitze, Fluidik Gegendruck abgesenkt, die Ablaufsteuerung ermöglicht durch Vakuum (dh Pipette Aspiration). Diese Funktion ermöglicht die Extraktion und Instrumentierung benötigt, um Nukleinsäuren aus schwierigen Probe Typen zu reinigen, um stark vereinfacht werden (Abbildung 1). Die Geometrie und die Porosität des Monolithen wird hergestellt, um ein Verstopfen zu minimieren, während die Dicke des Monolithen ausreichende Nukleinsäure Bindungskapazität für Probenvolumina im Bereich von 1,0 bis 5,0 ml. Durchfluss in beide Richtungen während Probe Aufnahme und Abgabe ermöglicht längere Verweilzeiten zwischen der Probenlösung und der Monolith für eine effiziente Bindung Nukleinsäuregewinnung und Elution und ermöglicht relativ große Probenvolumina verarbeitet, dass mehr als die Volumenkapazität der Pipettenspitze selbst sein. Wir bereits berichtet die Entwicklung und Anwendung eines manuellen TruTip Verfahren zur Reinigung von Influenza-RNA aus Nasen-Rachen-Proben unter Verwendung eines Single-oder Multi-Channel-Rainin Pipette 15. Equivalent Extraktionseffizienzen wurden zwischen automatisierten und manuellen QIAcube TruTip Methoden bei 10 6 Genkopien Influenza A pro ml Nasen-Rachen absaugen erhalten. Das Ziel dieser Studie war es, mittel-und High-Throughput-, automatisierte TruTip Nukleinsäurereinigung Verfahren zur Nasen-Rachen absaugen (NPA) und anderen klinisch relevanten Probenarten mit Liquid-Handling-Roboter häufig in Bezug klinischen Laboratorien gefunden zu demonstrieren.

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Reagent/Material </td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TruTip Influenza Extraction Kit (EPM TruTips)</td>
			<td>Akonni Biosystems, Inc.</td>
			<td>300-11120</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>95% Ethanol</td>
			<td>Acros Organics/ThermoFisher Scientific</td>
			<td>AC615110040</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>99% Acetone</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>270725-4L</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DEPC-treated water</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>AM9906</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reagent Reservoir, 30 ml</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>960050100</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deep well plate 96/2,000 &mu;l</td>
			<td>USA Scientific</td>
			<td>30502302</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>epT.I.P.S. Motion Filtertips, 1,000 &mu;l</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>960050100</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>epMotion 5070 System</td>
			<td rowspan="3">Eppendorf</td>
			<td>5070 000.000</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dispensing tool TM1000-8</td>
			<td>960001061</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reservoir rack</td>
			<td>960002148</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Table 1. Reagents and equipment for automated RNA extraction from NPA.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Reagent/Material </td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TruTip gDNA Blood Extraction Kit (Hamilton TruTips)</td>
			<td>Akonni Biosystems, Inc.</td>
			<td>300-20341</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>95% ethanol</td>
			<td>Acros Organics/ThermoFisher Scientific</td>
			<td>AC615110040</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K</td>
			<td>AMRESCO LLC</td>
			<td>E195</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 ml Hamilton filtered CO-RE 96 tip rack</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>235905</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 ml Hamilton non-filtered CO-RE 96 tip rack</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>235904</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 ml Reagent Trough</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>187297</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deep Well 2 ml plate</td>
			<td>USA Scientific</td>
			<td>1896-2800</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nunc 96 DWP-2 ml</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>27874</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reagent Trough</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>14-222-412</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hamilton STAR System</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>173027</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 ml Independent Pipette Channels / Modular Arm</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>173081/173050</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 ml 96-channel head</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>199090</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tip Carriers</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>182085</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sample Carriers/Inserts</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>173400/182238</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plate Carriers</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>182090</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multiflex Carrier</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>188039</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HHS2 Heater Shaker Unit</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>199033</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rack Carrier</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>188047</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Table 2. Regents and equipment for 96-well genomic DNA extraction from whole blood.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Reagent/Material </td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TruTip R+D Circulating DNA Extraction Kit (Hamilton TruTips)</td>
			<td>Akonni Biosystems, Inc.</td>
			<td>Call to inquire</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100% ethanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>459828-1L</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropanol</td>
			<td>Acros Organics/ThermoFisher Scientific</td>
			<td>AC327270010</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K</td>
			<td>AMRESCO LLC</td>
			<td>E195</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filtered 4 ml Tips</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>184022</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Unfiltered 1 ml Tips</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>235939</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-Deep Well Plates</td>
			<td>USA Scientific</td>
			<td>1896-2800</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 ml Conical Tubes</td>
			<td>Corning/ThermoFisher Scientific</td>
			<td>05-526B</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 ml Reagent Troughs</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>187297</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>120 ml Reagent Troughs</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>182703</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Large Volume 96-Pos Reagent Troughs</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>14-222-412</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>STARplus Autoload Workstation Base / Deck Module</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>173025/190012</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 ml Independent Pipette Channels / Arm</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>173081/173052</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 ml Independent Channel / Modular Arm</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>184090/173050</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plate Carriers</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>182090</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multiflex Carrier</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>188039</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rack Carrier for 50 ml Reagent Troughs</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>188047</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>120 ml Reagent trough carrier</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>185290</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tip Carriers</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>182085</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 ml Tube Carriers</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>182245</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>24 Position Sample Carriers</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>173400</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>32 Position Sample Carrier</td>
			<td>Hamilton Robotics, Inc.</td>
			<td>173410</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Table 3. Reagents and equipment for large volume DNA extraction from plasma.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput, automated extraction of dna and rna from clinical samples using trutip technology on common liquid handling robots

TruTip ist eine einfache Extraktion von Nukleinsäuren Technologie, bei der eine poröse, monolithische Bindematrix in eine Pipettenspitze eingesetzt ist. Die Geometrie des Monolithen können nach bestimmten Pipettenspitzen Bereich im Volumen von 1,0 bis 5,0 ml angepasst werden. Die große Porosität des Monolithen ermöglicht viskosen oder komplexen Proben zu leicht durch sie hindurch mit minimalem Fluidik Gegendruck. Bi-direktionale Flow maximiert Verweilzeit zwischen dem Monolith und Probe und ermöglicht große Probenvolumina innerhalb eines einzigen TruTip verarbeitet werden. Die grundlegenden Schritte, unabhängig von Probenvolumen oder TruTip Geometrie gehören Zell-Lyse, Nukleinsäure-Bindung an den inneren Poren des TruTip Monolith, Waschen entfernt ungebundenen Bestandteile der Probe und Lysepuffern und Eluieren gereinigt und konzentriert Nukleinsäuren in einem geeigneten Puffer. Die Attribute und Anpassungsfähigkeit der TruTip sind in drei automatischen klinischen Probe Verarbeitung Protokolle unter Verwendung einer Eppendorf epMotion 5070 gezeigt, Hamilton STAR und STARPLUS Liquid-Handling-Roboter, einschließlich RNA-Isolation aus Nasopharynx absaugen, genomische DNA-Isolierung aus Vollblut und fetalen DNA-Extraktion und Anreicherung von großen Mengen im mütterlichen Plasma (jeweils).

Echtzeit-PCR-Daten für Influenza RNA Extraktion aus NPA sind in 5A gezeigt. Geschätzte Nukleinsäure-Extraktion Effizienz ist vergleichbar zu den Ergebnissen mit der manuellen Version des Protokolls 15 erhalten. Eine lineare Abhängigkeit der durchschnittlichen C t-Werte beobachtet wird zwischen 10 4 und 10 6 ml -1 Genkopien Influenza geändert (R 2 = 0,99 und 0,98 für Influenza A und B bezeichnet), mit Standardabweichungen der durchschnittlichen C T-Werte von weniger als 1 Zyklus. Das Fehlen einer Kreuzkontamination mit der epMotion System ist in Abbildung 5B, wo 12 positive Proben, die NPA 10 6 ml -1 Genkopien NPA mit 12 Puffer Rohlinge durchsetzt demonstriert. Die durchschnittliche C t für die positiven Kontrollen war 30,16 ± 0,14, und alle Puffer Rohlinge waren negativ. Die gesamte Verarbeitung Probe beträgt 16, 28 und 40 min für 8, 16 und 24 Proben.Da eine typische klinische Nasen-Rachen absaugen oder Tupfer enthält 10 7 Genkopien ml -1 (vorausgesetzt 1000 Virionen pro KID 50 16 und&gt; 10 4 TCID 50 ml -1 Influenza 17), wird die automatisierte epMotion Protokoll voraussichtlich auf eine Mehrheit wirksam von klinischen Proben NPA. Da der Bereich der molekularen Tests auf humane genomische DNA durchgeführt wird, ist das primäre Ziel der Nukleinsäure-Extraktion aus Vollblut in schadstofffreier, hochmolekulare genomische DNA zu erzeugen. Die automatisierte Protokoll für 96 Proben innerhalb 1 h, was eine Verbesserung gegenüber anderen automatisierten Systemen (zB Promega MagneSil = 90 min und Qiagen QIAamp DNA Blood BioRobot MDx System = 2,5 h). 6A zeigt die UV / Vis-Absorption Profile für abgeschlossen 45 positive Blutproben gleichzeitig mit 45 Reagenzleerwerte auf der Hamilton STAR-Protokoll verarbeitet, mit einer durchschnittlichen A <sub&gt; 260/280 Verhältnis von 1,96 und die durchschnittliche A 260/230 Verhältnis von 1,93. Ein A ​​260/280 Verhältnis zwischen 1,7-2,0 und A 260/230 Verhältnis&gt; 1,7 sind in der Regel sehr bezeichnend für reine DNA, frei von restlichem Salze, Proteine ​​oder Lösungsmittel, und akzeptabel für die meisten nachgeschalteten molekularen Anwendungen. Die 1%-igen Agarosegel in 6B zeigt, dass die resultierende gDNA mit hohem Molekulargewicht (&gt; 24 kb) mit minimaler Scherung. Die durchschnittliche Nukleinsäure Ausbeute aus dem vollen Satz von 45 positiven Proben beträgt 5,26 ± 0,46 ug menschlichen DNA pro 200 ul Vollblut, basierend auf dem Life Technologies Quantifiler Menschliche DNA Quantifizierung Kit. Kreuzkontamination Studien ähnlich wie in 5B gezeigt sind, wurden mit Puffer Negativkontrolle Rohlinge mit der positiven Proben vermischt und extrahiert parallel durchgeführt, alle Rohlinge wurden erneut negativ durch PCR (nicht gezeigt). Das gereinigte gDNA eignet sich auch für zahlreiche andere PCR-Analysen (nicht gezeigt). Ergebnisse in Echtzeit aus acht Replikatproben einer gepoolten mütterlichen Plasma Probe mit dem großvolumigen TruTip Verfahren verarbeitet werden in 7 gezeigt. Der vollständige Protokoll (einschließlich off-line Proteinase K Inkubation) wird in etwa 2,5 Stunden, ähnlich dem Qiagen Handbuch zirkulierenden Nukleinsäuren Kit (keine vergleichbaren automatisierten Extraktion Kits sind noch nicht verfügbar) beendet. Die durchschnittlichen C t-Werte über alle Wiederholungen sind 34,58 ± 0,66 und 29,76 ± 0,50 für fetale männlich (CHY) und insgesamt (CH1) DNA verbunden, die sehr gute Reproduzierbarkeit des automatisierten Extraktionsverfahren demonstriert. Die Konzentration an fötaler DNA in der Gesamt-DNA-Pool (der Genom-Äquivalente) wird auf der Grundlage fit Punktanalyse Vergleich mit Standards berechnet, wobei die resultierende durchschnittliche% fötaler DNA in allen Proben von 2,8%. Die tatsächliche% fetalen DNA für diese Probe ist unbekannt, weil Proben vor der Durchführung der Extraktion wurden gepoolt. Fetal DNA-Zusammensetzungin nicht-gepoolten Plasma-Proben wurde mit Hilfe der TruTip Verfahren sind in der Regel 1,5-fach höher im Vergleich zu den Ergebnissen mit einem Qiagen Circulating Nucleic Acids Kit (nicht gezeigt). <img alt="Abbildung 1" fo:content-width="6in" fo:src="/files/ftp_upload/50356/50356fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50356/50356fig1.jpg" /> Abbildung 1. Die TruTip Extraktion und Workflow, unabhängig von der Liquid-Handling-System. Andere Probenvorbereitung und Liquid-Handling Schritte können in automatisierte Routinen abhängig von den Fähigkeiten des jeweiligen Instruments und Liquid-Handling-Software eingearbeitet werden. <img alt="Abbildung 2" fo:content-width="6in" fo:src="/files/ftp_upload/50356/50356fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50356/50356fig2.jpg" /> Abbildung 2. (A) Eppendorf epMotion 5070 Probenteller Layout. (B) Arrangement von Reagenzien / ConsumaBles auf dem Arbeitstisch. Die Probe Platte kann konfiguriert werden für bis zu 24 Proben (Spalten 1, 5 bzw. 9), obwohl die epMotion nur bearbeiten, werden maximal 8 Proben gleichzeitig. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50356/50356fig2large.jpg" target="_blank">Klicken Sie hier, um eine größere Abbildung anzuzeigen</a> . <img alt="Abbildung 3" fo:content-width="6in" fo:src="/files/ftp_upload/50356/50356fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50356/50356fig3.jpg" /> Abbildung 3. Hamilton STAR Deckslayout zur Reinigung von genomischer DNA aus Vollblut (nicht maßstabsgetreu) Deck Position 1 = 1 ml Hamilton gefiltert Tipps;. 2 = 1 ml Hamilton nicht gefilterten Tipps, 3 = Akonni / Hamilton 1 ml LPT 2 mm TruTips; 4 = Eingang Blutprobe Trägern (Blutentnahme-oder Mikrozentrifugengefäße); 5-9 = 290 ml Reagenz Tröge für Lysis Buffer F, Ethanol, Waschpuffer J, K Wash Buffer und Elution Buffer A2, bzw., 10 = 96 dEEP gut Binding Platte; 11 = 96 Tiefbrunnen waschen J; 12 = 96 Tiefbrunnen waschen K; 13 = 96 Tiefbrunnen Elution Platte; 14 = Hamilton HHS2 Heizung / Shaker mit Nunc 96 Tiefbrunnen Inkubationsplatte; 15 = 50 ml Reagenz Trog Zusatz von Proteinase K. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50356/50356fig3large.jpg" target="_blank">Klicke hier, um eine größere Abbildung anzuzeigen</a> . <img alt="Fig. 4" fo:content-width="6in" fo:src="/files/ftp_upload/50356/50356fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50356/50356fig4.jpg" /> Abbildung 4. Hamilton STARPLUS Deckslayout zur Reinigung von DNA aus großvolumigen Plasma-Proben (nicht maßstabsgetreu). Das System ist mit 8 x 5 ml Kanälen und 8 x 1 ml Kanäle (nicht in der Deck-Layout dargestellt) ausgestattet. Deck Position 1 = Hamilton 4 ml filtriert Tipps, 2 = Akonni / Hamilton 5 ml TruTips; 3 = Quelle Plasmaproben, 4 = 50 ml konische Röhrchen, 5 = 120 ml Reagenz Tröge mit CN-W1, W2 und CN-CN-W4 Reagengen; 6 = Low-Volume-Reagenz Tröge mit Proteinase K, CN-B2, CN-B3, EBA2, EBB und CN-W3 Reagenzien; 7 = 290 ml Reagenz Trog mit CN-L1 Reagenz, 8 = 290 ml Reagenz Trog mit CN B1-Reagenz, 9 = 96 Deep Well Platten für Schritt 1, 10 = 96 Deep Well Platten für Schritt 2; 11 = Probenträger für gereinigten Endprodukt; 12 = 1 ml Hamilton ungefilterten Tipps; 13 = Akonni / Hamilton 1 ml LPT 4 mm TruTips. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50356/50356fig4large.jpg" target="_blank">Klicke hier, um eine größere Abbildung anzuzeigen</a> . <img alt="Abbildung 5" fo:content-width="6in" fo:src="/files/ftp_upload/50356/50356fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50356/50356fig5.jpg" /> Abbildung 5. (A). Echtzeit-PCR-Ergebnisse von automatisierten TruTip Extraktion von Influenza-Virus ergänzt in Nasen-Rachen absaugen (NPA). Eingang NPA volume = 100 ul, Elutionsvolumen = 50 ul. Ergebnisse sind der Durchschnitt von 3 replizieren extractions von 5 verschiedene Hintergründe NPA (n = 15) pro Verdünnung Ebene und Grippe vorbei. qPCR wurde auf dem LightCycler ® 480 System mit Assaybedingungen zuvor beschrieben 15 durchgeführt. (B) Keine Kreuzkontamination wird erkannt, wenn 12 positive Proben ohne NPA-Template-Kontrollen und vorbehaltlich der automatisierten Extraktion durchsetzt sind. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50356/50356fig5large.jpg" target="_blank">Klicken Sie hier, um eine größere Abbildung anzuzeigen</a> . <img alt="Abbildung 6" fo:content-width="6in" fo:src="/files/ftp_upload/50356/50356fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50356/50356fig6.jpg" /> Abbildung 6. Ergebnisse von menschlicher genomischer DNA Extraktion aus Vollblut. A) UV-Vis-Spuren aus einem ND-1000 (ThermoFisher) von 10 zufällig ausgewählten repliziert. B) 1% Agarosegel von TruTip gereinigte gDNA. M = Fisher 24 kb Max DNA Ladder. Die Bahnen 1 - 4 = ~ 100 ng gereinigte gDNA aus vier zufällig ausgewählte repliziert. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50356/50356fig6large.jpg" target="_blank">Klicken Sie hier, um eine größere Abbildung anzuzeigen</a> . <img alt="Abbildung 7" fo:content-width="6in" fo:src="/files/ftp_upload/50356/50356fig7highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50356/50356fig7.jpg" /> Abbildung 7. Echtzeit-PCR-Ergebnisse aus acht replizieren TruTip Extraktionen frei zirkulierender DNA aus Plasma. Proben durch Sternchen (* oder **) bezeichnet wurden an unterschiedlichen Tagen extrahiert. CHY quantifiziert männlichen fetalen DNA quantifiziert und CH1 Gesamt-DNA vorhanden ist (Mutter und Kind). qPCR wurde auf einem LightCycler 480 System (Roche) mit bisher veröffentlichten Tests Targeting CHY und CH1 18 durchgeführt.

Watch this Scientific Journal Video about High-throughput, Automated Extraction of DNA and RNA from Clinical Samples using TruTip Technology on Common Liquid Handling Robots at JoVE.com

High-throughput, Automated Extraction of DNA and RNA from Clinical Samples using TruTip Technology on Common Liquid Handling Robots

TruTip ist eine einfache Extraktion von Nukleinsäuren Technologie, bei der eine poröse, monolithische Bindematrix in eine Pipettenspitze eingesetzt ist. Folglich ist die Probenvorbereitung Format kompatibel mit den meisten Liquid Handling Geräte, und kann für viele mittel-bis High-Throughput-klinische Anwendungen und Probe-Typen verwendet werden.

Hochdurchsatz-, Automated Extraktion von DNA und RNA aus klinischen Proben mit TruTip Technologie Gemeinsames Liquid Handling Robots

TruTip is a simple nucleic acid extraction  technology whereby a porous, monolithic binding matrix is inserted into a  pipette tip. The geometry of the ...

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Molecular Biology

Bioengineering

Unit 1

Biochemistry of the Cell

SCIENTISTS IN ACTION

Polymer Microarrays for High Throughput Discovery of Biomaterials

Polymer Microarrays für High Throughput Discovery of Biomaterials

The discovery of novel biomaterials that are optimized for a specific biological application is readily achieved using polymer microarrays, which allows a ...

Forschung

Biotechnik

Combinatorial Synthesis of and High-throughput Protein Release from Polymer Film and Nanoparticle Libraries

Kombinatorische Synthese von und High-Throughput-Protein Release von Polymer Film-und Nanopartikel-Bibliotheken

Polyanhydrides are a class of biomaterials with excellent biocompatibility and drug delivery capabilities. While they have been studied extensively with ...

CometChip: A High-throughput 96-Well Platform for Measuring DNA Damage in Microarrayed Human Cells

CometChip: Eine Hochdurchsatz-96-Well-Plattform für Mess DNA-Schäden in menschlichen Zellen Microarray

DNA damaging agents can promote aging, disease and cancer and they are ubiquitous in the environment and produced within human cells as normal cellular ...

Using Tomoauto: A Protocol for High-throughput Automated Cryo-electron Tomography

Verwendung Tomoauto: Ein Protokoll für die Hochdurchsatz-Automated Kryo-Elektronentomographie

Cryo-electron tomography (Cryo-ET) is a powerful three-dimensional (3-D) imaging technique for visualizing macromolecular complexes in their native ...

Automated Robotic Liquid Handling Assembly of Modular DNA Devices

Automatisierte Roboter Liquid Handling Versammlung Modular DNA-Geräte

Recent advances in modular DNA assembly techniques have enabled synthetic biologists to test significantly more of the available &#34;design space&#34; ...

Generic Protocol for Optimization of Heterologous Protein Production Using Automated Microbioreactor Technology

Generischen Protokoll zur Optimierung der heterologen Proteinproduktion mit automatisierten Microbioreactor Technologie

A core business in industrial biotechnology using microbial production cell factories is the iterative process of strain engineering and optimization of ...

Optimizing the Use of a Liquid Handling Robot to Conduct a High Throughput Forward Chemical Genetics Screen of Arabidopsis thaliana

Optimizing the Use of a Liquid Handling Robot to Conduct a High Throughput Forward Chemical Genetics Screen of Arabidopsis thaliana

Optimierung der Nutzung eines Liquid Handling Roboters, einen hohen Durchsatz nach vorn Chemische Genetik Bildschirm von Arabidopsis Thaliana durchzuführen

Chemical genetics is increasingly being employed to decode traits in plants that may be recalcitrant to traditional genetics due to gene redundancy or ...

Use of High-Throughput Automated Microbioreactor System for Production of Model IgG1 in CHO Cells

Einsatz von Hochdurchsatz-automatisierte Microbioreactor-System für die Produktion des Modells IgG1 in CHO-Zellen

Automated microscale bioreactors (15 mL) can be a useful tool for cell culture engineers. They facilitate the simultaneous execution of a wide variety of ...

Process Optimization using High Throughput Automated Micro-Bioreactors in Chinese Hamster Ovary Cell Cultivation

Prozessoptimierung mit automatisierten Mikro-Bioreaktoren mit hohem Durchsatz in der chinesischen Hamster-Ovarialzell-Kultivierung

Optimization of bioprocesses to increase the yield of desired products is of importance in the biopharmaceutical industry. This can be achieved by strain ...

High Throughput Yeast Strain Phenotyping with Droplet-Based RNA Sequencing

Hefestamm-Phänotypisierung mit Droplet-basierter RNA-Sequenzierung mit hohem Durchsatz

The powerful tools available to edit yeast genomes have made this microbe a valuable platform for engineering. While it is now possible to construct ...