Name: transcriptomic analysis of human retinal surgical specimens using journal
Uploaded: 2013-08-14T13:00:00
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私たちは、RNA精製プロトコルを編集中で彼らの助けのためにサシャライヒマンとドミニクSantiard-男爵に感謝します。

1。ジャーナル：手術ブロックから標本を回復する手順ラボで<ol><li>急行運送会社からの輸入契約を得る。 </li><li>研究室で担当者を（電話番号及び電子メールアドレス）を示す実験室の住所と10（または25）出荷形態を記入してください。 </li><li> 10（または25）サンプルフォームは10（または25）に1の番号が準備します。これらのフォームは、患者の）匿名ID、手術のb）の?...

<ol>
	<li>Mitry, D., Charteris, D. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+epidemiology+of+rhegmatogenous+retinal+detachment:+geographical+variation+and+clinical+associations.">The epidemiology of rhegmatogenous retinal detachment: geographical variation and clinical associations.</a> The British Journal of Ophthalmology. 94 (6), 678 (2010).</li><li>Green, R. E., Krause, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+draft+sequence+of+the+Neandertal+genome.">A draft sequence of the Neandertal genome.</a> Science. 328 (5979), 710 (2010).</li><li>Glisin, V., Crkvenjakov, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribonucleic+acid+isolated+by+cesium+chloride+centrifugation.">Ribonucleic acid isolated by cesium chloride centrifugation.</a> Biochemistry. 13 (12), 2633 (1974).</li><li>Van Gelder, R. N., von Zastrow, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amplified+RNA+synthesized+from+limited+quantities+of+heterogeneous+cDNA.">Amplified RNA synthesized from limited quantities of heterogeneous cDNA.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (5), 1663 (1990).</li><li>Cavalieri, L. F., Yamaura, I. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=coli+tRNAs+as+inhibitors+of+viral+reverse+transcription+in+vitro.">coli tRNAs as inhibitors of viral reverse transcription in vitro.</a> Nucleic Acids Research. 2 (12), 2315 (1975).</li><li>Sawadogo, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+inhibition+of+yeast+RNA+polymerases+A+and+B+by+tRNA+and+alpha-amanitin.">On the inhibition of yeast RNA polymerases A and B by tRNA and alpha-amanitin.</a> Biochemical and biophysical research communications. 98 (1), 261 (1981).</li><li>Delyfer, M. N., Raffelsberger, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic+analysis+of+human+retinal+detachment+reveals+both+inflammatory+response+and+photoreceptor+death.">Transcriptomic analysis of human retinal detachment reveals both inflammatory response and photoreceptor death.</a> PloS ONE. 6 (12), e28791 (2011).</li><li>Kalathur, R. K., Gagniere, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RETINOBASE:+a+web+database,+data+mining+and+analysis+platform+for+gene+expression+data+on+retina.">RETINOBASE: a web database, data mining and analysis platform for gene expression data on retina.</a> BMC Genomics. 9, 208 (2008).</li><li>Nakazawa, T., Hisatomi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monocyte+chemoattractant+protein+1+mediates+retinal+detachment-induced+photoreceptor+apoptosis.">Monocyte chemoattractant protein 1 mediates retinal detachment-induced photoreceptor apoptosis.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (7), 2425 (2007).</li><li>Leveillard, T., Sahel, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rod-derived+cone+viability+factor+for+treating+blinding+diseases:+from+clinic+to+redox+signaling.">Rod-derived cone viability factor for treating blinding diseases: from clinic to redox signaling.</a> Science Translational Medicine. 2 (26), 26ps16 (2010).</li><li>Chalmel, F., Leveillard, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rod-derived+Cone+Viability+Factor-2+is+a+novel+bifunctional-thioredoxin-like+protein+with+therapeutic+potential.">Rod-derived Cone Viability Factor-2 is a novel bifunctional-thioredoxin-like protein with therapeutic potential.</a> BMC Molecular Biology. 8, 74 (2007).</li></ol>

外科ブロックから組織回復のための手順の開発は、網膜剥離のトランスクリプトーム解析に不可欠となっています。ひとつは、手術のこのタイプは、緊急時にと眼科医がオペレーティング彼らが操作したときの生物学的な研究プログラムに参加するには少し時間を持っていることを実践されていることに気づくべきである。この網膜切除はまた、統計数値に到達するための簡単​​な方法は?...

網膜剥離の主要な治療上の目的（RD）は、視細胞の損傷や網膜色素上皮細胞からの光受容体の分離から生じる網膜の炎症を制限する方法を見出すことである。 RDの間に、RPE細胞が活性化され、移行脱分化、及び合併症につながる収縮力を発揮し、網膜剥離の表面で増殖する。 RDのトランスクリプトーム解析は、RD、手術と組み合わせて最終的な視覚的な結果を改善することができ、したがって将来の治療用分子以下の修正式で標的遺伝子を同定するための方法です。デオキシリボ核酸（DNA）、遺伝学的研究のために広く使用され、後者であるのでこれはよく知られているリボ核酸（RNA）が安定していないが、その安定性は、古い30,000以上の年2の古生物学的サンプルからネアンデルタール人のゲノムのシーケンシングを可能にしていた。メッセンジャーRNAへのゲノムからの遺伝子のDNAの転写です主要な遺伝子発現のプロセス、およびmRNAが信号を構成するために不安定である。 RNAは信号を終端リボヌクレアーゼ酵素により急速に分解される。発現は研究室で研究される前に、組織が生物から分離されると、RNAは、非常に頻繁に分解される。分解されたRNAは、分析、遺伝子発現に適していない。研究室のスタッフは、手術に参加することはできませんので、我々は容易であり、唯一の外科医が適切なRNaseフリーソリューションに組織を回復することが必要手順を開発しました。組織のRNAが安定し、この溶液中、室温で72時間後の劣化の兆候なしに分析することができる。検体からRNAを実験室3に転送された後、塩化セシウム勾配超遠心分離を含む標準化された方法で精製されています。その後、RNAの品質はアガロースゲル電気泳動により及びRT-PCRによって評価される。 RNA精製プロトコルは有するDNAおよびRNAのために異なっており、RNA、遺伝子発現研究における人為信号を生成するDNA分子によって汚染されないことを保証し、その濃度に応じて分子を分離する利点。また、定量的に細胞内で最も豊富に存在するRNAであるトランスファーRNAは（たtRNA）は、リボソームRNA（rRNAs）とメッセンジャーRNA（mRNAの）、というこれら二つの最後のものから同じ物理的性質に応じて分離されている精製プロセスの生成を終了する。マイクロアレイ分析プロトコルのほとんどは逆転写酵素とtRNA 4-6によって阻害されるRNAポリメラーゼの使用が関与するので、調製からtRNAの除去に有用である。手術標本から精製されたRNAは、標準的なプロトコルを用いて標識し、マイクロアレイチップにハイブリダイズし、その結果、2つの相補的な方法が、偽発見率法を用いて、相互情報とvisualiに基づく新しい方法を用いて分析されているWebベースのサーバーRetinobase 7,8にアルファベットのゼット。

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td>Name</td>
 <td>Company</td>
 <td>Catalogue number</td>
 <td>Comments (optional)</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Centrifuge</td>
 <td>Beckman Coulter</td>
 <td>Aventi J-E</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Rotor</td>
 <td>Beckman Coulter</td>
 <td>JS-5.3</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ultracentrifuge</td>
 <td>Beckman Coulter</td>
 <td>LE 80K</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Rotor</td>
 <td>Beckman Coulter</td>
 <td>SW41</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Power supply</td>
 <td>Biorad</td>
 <td>Pac 3000</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>PolytronTM</td>
 <td>Kinematica</td>
 <td>PT 2100</td>
 <td>Supplied with PT-DA 2105:2</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Agarose gel electrophoresis device</td>
 <td>Biorad</td>
 <td>MiniGel Cell GT</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Imaging System </td>
 <td>Biorad</td>
 <td>GelDoc-It Imager</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>5 ml sterile polyethylene tube</td>
 <td>Greiner</td>
 <td>115261</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sterile polyallomer centrifuge tube </td>
 <td>Beckman Coulter</td>
 <td>331372</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Chemical reagents</td>
 <td>Sigma</td>
 <td></td>
 <td>Molecular biology grade (RNase and DNase free products)</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Cleaning Solution </td>
 <td>VWR </td>
 <td>RBS</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Microarray chip</td>
 <td>Affymetrix</td>
 <td>Human U133 plus 2 array</td>
 <td></td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

transcriptomic analysis of human retinal surgical specimens using journal

網膜剥離（RD）は、網膜色素上皮（RPE）から神経感覚網膜の分離を説明しています。 RPEは、光に敏感な神経細胞、光受容体の正常な機能に不可欠である。 RPEから網膜の剥離が細胞外液で満たされている物理的なギャップを作成します。 RDは、イオンと代謝物の生理的な交換がひどく乱されているので神経感覚網膜とRPEの両方に影響を与える細胞および分子有害事象を開始します。ビジョンのための結果は、ビジョン1の回復の2つの組織の結果を迅速にreapposition以来剥離の期間に関連しています。 RDの治療はもっぱら外科です。硝子体ゲル（硝子体）の除去は、網膜剥離を支持する戸建周辺網膜の除去、非本質的な部分が続いている。削除網膜標本は無主物 （1個）であり、その結果、通常は破棄。これらの手術標本からRNAを回復するには、我々は外科ブロックから実験室への転送時にRNAの保全を可能にする手順ジャーナルを開発しました。我々はまた、塩化セシウム遠心法によってRNAを精製するための標準化されたプロトコルは、精製されたRNAは全体的な遺伝子発現解析に適していることを保証する。 RNAの品質は、両方のRT-PCRおよびマイクロアレイ分析により検証した。データの分析は、RD間に炎症や変性体の同時関与を示しています。

手順ジャーナル（ 図1）は 、私たちは手術ブロックから精製したRNAに網膜の標本を回復し、網膜剥離のトランスクリプトームを分析することができます。単球走MCP1遺伝子CCL2のアップレギュレーション、および遺伝子GNAT1、短波コーンオプシンOPN1SW、及びhomeogene CRX（ 図2）伝達棒感光体の発現の減少で網膜剥離の結果。 GNAT1、OPN1SWと<e...

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Transcriptomic Analysis of Human Retinal Surgical Specimens Using jouRNAl

私たちは、網膜剥離のトランスクリプトーム解析のために網膜切除から網膜のサンプルを使用していました。我々は外科ブロックと実験室間のRNA保全を可能に手順を開発しました。我々は精製されたRNAはマイクロアレイ解析に適していることを保証するために、塩化セシウム遠心法によってRNAを精製するための標準化されたプロトコル。

ジャーナルを用いたヒト網膜手術標本のトランスクリプトーム解析

Retinal detachment (RD) describes a separation of the neurosensory retina  from the retinal pigmented epithelium (RPE). The RPE is essential for normal  ...

Research

JoVE Journal

Medicine

Method for Novel Anti-Cancer Drug Development using Tumor Explants of Surgical Specimens

手術標本の腫瘍外植片を用いて新規抗がん薬の開発のための方法


The current therapies for malignant glioma have only palliative effect. For therapeutic development, one hurdle is the discrepancy of efficacy determined ...

Improved Protocol For Laser Microdissection Of Human Pancreatic Islets From Surgical Specimens

手術標本からヒト膵島のレーザーマイクロダイセクションのために改良されたプロトコル

Laser microdissection (LMD) is a technique that allows the recovery of selected cells and tissues from minute amounts of parenchyma 1,2. The dissected ...

Two Methods for Establishing Primary Human Endometrial Stromal Cells from Hysterectomy Specimens

子宮摘出標本から初代ヒト子宮内膜間質細胞の確立するための2つの方法

Many efforts have been devoted to establish in vitro cell culture systems. These systems are designed to model a vast number of in vivo processes. Cell ...

A Step by Step Protocol for Subretinal Surgery in Rabbits

ウサギにおける網膜下手術のためのステッププロトコルによってステップ

Age related macular degeneration (AMD), retinitis pigmentosa, and other RPE related diseases are the most common causes for irreversible loss of vision in ...

Generation of a Humanized Mouse Liver Using Human Hepatic Stem Cells

ヒト肝幹細胞を用いたヒト化マウス肝臓の生成

A novel animal model involving chimeric mice with humanized livers established via human hepatocyte transplantation has been developed. These mice, in ...

Intravital Microscopy of Tumor-associated Vasculature Using Advanced Dorsal Skinfold Window Chambers on Transgenic Fluorescent Mice

腫瘍関連血管系を使用しての生体顕微鏡が背高度な蛍光トランスジェニック マウスの皮下脂肪のウィンドウの部屋

Tumor and tumor vessel development, as well as tumor response to therapeutics, are highly dynamic biological processes. Histology provides static ...

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

Using In Vitro Live-cell Imaging to Explore Chemotherapeutics Delivered by Lipid-based Nanoparticles

体外配信生細胞イメージング化学療法を探求する脂質ナノ粒子によってを使用してください。

Conventional imaging techniques can provide detailed information about cellular processes. However, this information is based on static images in an ...

Surgical Training for the Implantation of Neocortical Microelectrode Arrays Using a Formaldehyde-fixed Human Cadaver Model

人間の死体をホルマリン固定モデルを用いた皮質微小電極アレイの注入の手術トレーニング

This protocol describes a procedure to assist surgeons in training for the implantation of microelectrode arrays into the neocortex of the human brain. ...

Diagnosis and Surgical Treatment of Human Brucellar Spondylodiscitis

ヒトブルセル脊椎椎椎症の診断と外科的治療

Brucellar spondylodiscitis (BS) is the most prevalent and significant osteoarticular presentation of human Brucellosis, which is commonly manifested in ...

Induction and Analysis of Oxidative Stress in Sleeping Beauty Transposon-Transfected Human Retinal Pigment Epithelial Cells

Induction and Analysis of Oxidative Stress in Sleeping Beauty Transposon-Transfected Human Retinal Pigment Epithelial Cells

睡眠美容トランスポゾントランスポゾントランスフェクトヒト網膜色素上皮細胞における酸化ストレスの誘導と分析

Oxidative stress plays a critical role in several degenerative diseases, including age-related macular degeneration (AMD), a pathology that affects ~30 ...