Name: application of an in vitro dna protection assay to visualize stress mediation properties of the dps protein
Uploaded: 2013-05-31T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Application of an In vitro DNA Protection Assay to Visualize Stress Mediation Properties of the Dps Protein at JoVE.com

We zijn dankbaar voor Michela de Martino, Wilfred R. Hagen, en Kourosh Honarmand Ebrahimi voor nuttige discussies. Dit werk werd ondersteund door de start-up financiering van de Technische Universiteit Delft.

1. Dps Expressie en zuivering Het verkrijgen van eiwit van hoge zuiverheid is een essentiële eerste stap voor de DNA-protectie-analyse. Zuivering van Dps eiwit kan worden uitgevoerd in 4-5 dagen. <ol><li> Transformeren van een protease-deficiënte stam van E. coli (zoals BL21 (DE3) pLysS) met pET vector (bijvoorbeeld pET17) waarin de Dps eiwit coderende sequentie gekloond. </li><li> Strook de getransformeerde cellen uit op Luria Broth (LB) agarplaten die geschikte antibiotica (zo...

<ol>
	<li>Almiron, M., Link, A. J., Furlong, D., Kolter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+DNA-binding+protein+with+regulatory+and+protective+roles+in+starved+Escherichia+coli.">A novel DNA-binding protein with regulatory and protective roles in starved Escherichia coli.</a> Genes Dev. 6, 2646-2654 (1992).</li><li>Chiancone, E., Ceci, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+multifaceted+capacity+of+Dps+proteins+to+combat+bacterial+stress+conditions:+Detoxification+of+iron+and+hydrogen+peroxide+and+DNA+binding.">The multifaceted capacity of Dps proteins to combat bacterial stress conditions: Detoxification of iron and hydrogen peroxide and DNA binding.</a> Biochimica et biophysica acta. 1800 (8), 798-805 (2010).</li><li>Ali Azam, T., Iwata, A., Nishimura, A., Ueda, S., Ishihama, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+phase-dependent+variation+in+protein+composition+of+the+Escherichia+coli+nucleoid.">Growth phase-dependent variation in protein composition of the Escherichia coli nucleoid.</a> J. Bacteriol. 181 (20), 6361-6370 (1999).</li><li>Grainger, D. C., Goldberg, M. D., Lee, D. J., Busby, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+repression+by+Fis+and+H-NS+at+the+Escherichia+coli+dps+promoter.">Selective repression by Fis and H-NS at the Escherichia coli dps promoter.</a> Molecular Microbiology. 68 (6), 1366-1377 (2008).</li><li>Martinez, A., Kolter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protection+of+DNA+during+oxidative+stress+by+the+nonspecific+DNA-binding+protein+Dps.">Protection of DNA during oxidative stress by the nonspecific DNA-binding protein Dps.</a> J. Bacteriol. 179 (16), 5188-5194 (1997).</li><li>Nair, S., Finkel, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dps+protects+cells+against+multiple+stresses+during+stationary+phase.">Dps protects cells against multiple stresses during stationary phase.</a> J. Bacteriol. 186 (13), 4192-4198 (2004).</li><li>Grant, R. A., Filman, D. J., Finkel, S. E., Kolter, R., Hogle, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+crystal+structure+of+Dps,+a+ferritin+homolog+that+binds+and+protects+DNA.">The crystal structure of Dps, a ferritin homolog that binds and protects DNA.</a> Nat. Struct. Biol. 5 (4), 294-303 (1998).</li><li>Zhao, G., Ceci, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Iron+and+hydrogen+peroxide+detoxification+properties+of+DNA-binding+protein+from+starved+cells.+A+ferritin-like+DNA-binding+protein+of+Escherichia+coli.">Iron and hydrogen peroxide detoxification properties of DNA-binding protein from starved cells. A ferritin-like DNA-binding protein of Escherichia coli.</a> J. Biol. Chem. 277 (31), 27689-27696 (2002).</li><li>Ceci, P., Cellai, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+condensation+and+self-aggregation+of+Escherichia+coli+Dps+are+coupled+phenomena+related+to+the+properties+of+the+N-terminus.">DNA condensation and self-aggregation of Escherichia coli Dps are coupled phenomena related to the properties of the N-terminus.</a> Nucleic Acids Res. 32 (19), 5935-5944 (2004).</li><li>Ilari, A., Ceci, P., Ferrari, D., Rossi, G. L., Chiancone, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Iron+incorporation+into+Escherichia+coli+Dps+gives+rise+to+a+ferritin-like+microcrystalline+core.">Iron incorporation into Escherichia coli Dps gives rise to a ferritin-like microcrystalline core.</a> J. Biol. Chem. 277 (40), 37619-37623 (2002).</li><li>Swift, J., Wehbi, W. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+of+functional+ferritin-like+proteins+with+hydrophobic+cavities.">Design of functional ferritin-like proteins with hydrophobic cavities.</a> Journal of the American Chemical Society. 128 (20), 6611-6619 (2006).</li><li>Ceci, P., Chiancone, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+iron+oxide+nanoparticles+in+Listeria+innocua+Dps+(DNA-binding+protein+from+starved+cells):+a+study+with+the+wild-type+protein+and+a+catalytic+centre+mutant.">Synthesis of iron oxide nanoparticles in Listeria innocua Dps (DNA-binding protein from starved cells): a study with the wild-type protein and a catalytic centre mutant.</a> Chemistry. 16 (2), 709-717 (2010).</li><li>Ceci, P., Ilari, A., Falvo, E., Chiancone, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Dps+protein+of+Agrobacterium+tumefaciens+does+not+bind+to+DNA+but+protects+it+toward+oxidative+cleavage:+x-ray+crystal+structure,+iron+binding,+and+hydroxyl-radical+scavenging+properties.">The Dps protein of Agrobacterium tumefaciens does not bind to DNA but protects it toward oxidative cleavage: x-ray crystal structure, iron binding, and hydroxyl-radical scavenging properties.</a> The Journal of Biological Chemistry. 278 (22), 20319-20326 (2003).</li><li>Su, M., Cavallo, S., Stefanini, S., Chiancone, E., Chasteen, N. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+so-called+Listeria+innocua+ferritin+is+a+Dps+protein.+Iron+incorporation,+detoxification,+and+DNA+protection+properties.">The so-called Listeria innocua ferritin is a Dps protein. Iron incorporation, detoxification, and DNA protection properties.</a> Biochemistry. 44 (15), 5572-5578 (2005).</li><li>Kumar, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protective+effects+of+Koelreuteria+paniculata+Laxm.+on+oxidative+stress+and+hydrogen+peroxide-induced+DNA+damage.">Protective effects of Koelreuteria paniculata Laxm. on oxidative stress and hydrogen peroxide-induced DNA damage.</a> Phytopharmacology. 1 (5), 177-189 (2011).</li><li>Stinefelt, B., Leonard, S. S., Blemings, K. P., Shi, X., Klandorf, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Free+radical+scavenging,+DNA+protection,+and+inhibition+of+lipid+peroxidation+mediated+by+uric+acid.">Free radical scavenging, DNA protection, and inhibition of lipid peroxidation mediated by uric acid.</a> Annals of Clinical and Laboratory Science. 35 (1), 37-45 (2005).</li><li>Lopez-Gomollon, S., Sevilla, E., Bes, M. T., Peleato, M. L., Fillat, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+insights+into+the+role+of+Fur+proteins:+FurB+(All2473)+from+Anabaena+protects+DNA+and+increases+cell+survival+under+oxidative+stress.">New insights into the role of Fur proteins: FurB (All2473) from Anabaena protects DNA and increases cell survival under oxidative stress.</a> The Biochemical Journal. 418 (1), 201-207 (2009).</li><li>Ebrahimi, K. H., Hagedoorn, P. L., Hagen, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inhibition+and+stimulation+of+formation+of+the+ferroxidase+center+and+the+iron+core+in+Pyrococcus+furiosus+ferritin.">Inhibition and stimulation of formation of the ferroxidase center and the iron core in Pyrococcus furiosus ferritin.</a> Journal of Biological Inorganic Chemistry. 15 (8), 1243-1253 (2010).</li><li>Smith, F. E., Herbert, J., Gaudin, J., Hennessy, D. J., Reid, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Serum+iron+determination+using+ferene+triazine.">Serum iron determination using ferene triazine.</a> Clinical Biochemistry. 17 (5), 306-310 (1984).</li></ol>

Het zuiveringsproces van Dps zoals beschreven in dit artikel is zeer robuust. Zuiverheid vaste hoog (&gt; 99%), geen andere eiwitten op SDS-PAGE gels zichtbare banden. Ondanks dit, sommige batches van gezuiverd Dps lijken nucleaseactiviteit hebben, zoals blijkt uit de gedeeltelijke DNA-degradatie bij incubatie met zeer hoge concentraties van Dps. Dit zou de aanwezigheid van zeer actieve DNasen in een lage concentratie dat we niet in staat waren tot zuivering te verwijderen geven. Echter, dit DNA degradatie alleen waarge...

Aërobe organismen dient steeds kampen met reactieve zuurstof species op hun DNA en andere belangrijke biologische macromoleculen kunnen beschadigen. Een krachtig middel om de toxische effecten van oxidatieve schade tegen het DNA-bindend eiwit van gedepriveerde cellen (Dps). Sinds zijn ontdekking in 1992 van uitgehongerde E. coli cultuur 1 is Dps geïdentificeerd in meer dan 300 soorten bacteriën en archaebacteriën 2. Massive opregulatie van Dps tijdens stationaire fase maakt het de meest sterk uitgedrukt nucleoid-geassocieerd eiwit van E. coli onder hongersnood voorwaarden 3, 4. Daarnaast heeft Dps is aangetoond dat zowel bacteriële levensvatbaarheid en DNA-integriteit tijdens de vele verschillende spanningen, waaronder honger, hoge ijzerconcentratie, blootstelling aan UV licht, warmte shock, en oxidatieve stress 5, 6 te bewaren. Structureel, Dps self-vennoten in een stabiele homo-oligomere complex van 12 monomeren, which assembleren in een bolvormige holle schelp. De ~ 4,5 nm gehele inwendige holte is toegankelijk voor het uitwendige oplosmiddel via poriën die de passage van kleine moleculen 7 mogelijk en kan gemineraliseerde metalen zoals ijzer 8 sekwestreren. Het beschermende effect van Dps komt uit zijn verscheidene biochemische activiteiten, die niet-specifiek DNA-binding 1, ferroxidase activiteit en ijzeropslageiwit 8 omvatten. Gedetailleerde studie van de gunstige biochemische activiteiten van Dps eerste vereist de zuivering ervan. Dps zuivering is een uitgebreide procedure zoals Dps niet alleen van andere eiwitten worden gescheiden, maar ook elk gebonden DNA 7. Onze geoptimaliseerde zuivering gebruikt veel voorkomende technieken, bestaande uit twee ionenuitwisselingskolommen en een ammoniumsulfaatprecipitatie stap. Verschillende buffer uitwisselingen zijn nodig, zoals sterk geconcentreerd Dps kan neerslaan uit de oplossing in zoutarm omstandigheden. Zodra Dps eiwit is gezuiverdHet kan worden toegepast op assays die zijn ferroxidase activiteit 8, DNA-bindingsstoichiometrie 9 en mechanismen van ijzerbindend 10 direct te meten. Gezuiverde Dps heeft ook andere mogelijke toepassingen. De stabiele holle sferische structuur van Dps is gebruikt als steigers voor opslag hydrofobe deeltjes in het eiwit holte 11 en zelfs als een reactiekamer om nieuwe magnetische nanodeeltjes synthetiseren 12. Het beschermende vermogen van Dps om schade als gevolg van reactieve zuurstofradicalen bemiddelen kan duidelijk zijn en rechtstreeks aangetoond met behulp van de DNA-protectie-analyse 13, 14. In deze in vitro-procedure, worden radicalen geproduceerd wanneer ijzer katalyseert H 2 O 2 degradatie via Fenton chemie. Deze radicalen direct aanwezig DNA schade in de reactie en kan volledig degraderen bij hoge concentraties. Twee belangrijke Dps activiteiten kunnen zowel direct tegengaan van de effecten van Fenton-gemedieerde radicalen. Dps verlaagt de concentratie van katalytisch ijzer door mineralisatie, verbruiken de beschikbare waterstof-peroxide in het proces. Daarnaast Dps binden aan DNA kan mogelijk fysiek afschermen van radicale schade en condenseert het in een kleiner volume met minder reactief oppervlak. De combinatie van deze twee eigenschappen maakt de DNA protectie-analyse geschikt voor het meten beschermende Dps activiteit. De bescherming assay DNA is zeer veelzijdig en kan worden gebruikt voor een verscheidenheid van toepassingen buiten Dps karakterisatie. Radicalen is een veel voorkomende vorm van stress in cellen en vele verschillende eiwitten en chemicaliën worden gebruikt om het tegen. Het algemene principe van de assay, met behulp van DNA integriteit als een marker voor radicalen, kunnen worden gebruikt in combinatie met vrijwel elk radicaal-producerende reactie of tegengaan middel. Onder andere is de test met succes gebruikt om anti-oxidatieve eigenschappen te bepalenvan K. paniculata extract voor gebruik in de voedingsindustrie 15, om de effecten van urinezuur karakteriseren op hydroxyl schade bemiddeling 16, en nieuwe inzichten in de functie van Fur transcriptionele regulator eiwitten 17. Ondanks de talrijke toepassingen van de assay in gepubliceerde artikelen, vonden we dat optimalisatietechnieken en probleemoplossingsstappen nodig waren, waardoor het opzetten van de test voor het eerst onnodig tijdrovend proces voor veel onderzoekers. Het protocol presenteren we in dit artikel is bedoeld om deze barrière voor vermelding te verwijderen.

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td>Name of Reagent/Material</td>
 <td>Company</td>
 <td>Catalog Number</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>BL21(DE3)pLysS competent cells</td>
 <td>Promega</td>
 <td>L1195</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>pET-17b DNA</td>
 <td>EMD-Millipore</td>
 <td>69663-3</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>LB broth powder</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>L3022</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ampicillin sodium salt</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>A0166</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Chloramphenicol</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>C0378</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>IPTG</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>I6758</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>HEPES</td>
 <td>BDH</td>
 <td>441476L</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Potassium hydroxide</td>
 <td>Merck</td>
 <td>105033</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium chloride</td>
 <td>VWR</td>
 <td>443824T</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>EDTA</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>E9884</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Protease Inhibitor Cocktail Set III</td>
 <td>EMD-Millipore</td>
 <td>539134</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>DEAE-Sepharose</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>DFF100</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ammonium sulphate</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>A4418</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>PD-10 Desalting Columns</td>
 <td>GE Healthcare LS</td>
 <td>17-0851-01</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>SP-Sepharose</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>S1799</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Amicon Ultra Centr. Filter (10K MWCO)</td>
 <td>Millipore</td>
 <td>UFC901024</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ferrous Sulphate heptahydrate</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>F8048</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Hydrogen peroxide solution</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>216763</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>MOPS</td>
 <td>Calbiochem</td>
 <td>475898</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>SDS solution</td>
 <td>Bio-Rad</td>
 <td>161-0418</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ethidium bromide</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>E1510</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Equipment</td>
 <td>Company</td>
 <td>Model</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Static incubator</td>
 <td>Hettich</td>
 <td>INE500</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Shaking Incubator </td>
 <td>New Brunswick Sc.</td>
 <td>Inova 44</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Cooled centrifuge</td>
 <td>Beckman Coulter</td>
 <td>Avanti J-E</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Table-top centrifuge</td>
 <td>Eppendorf</td>
 <td>5424</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Cell disrupter</td>
 <td>Constant Systems Ltd.</td>
 <td>TS2/40/AA/AA</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>FPLC Purifier</td>
 <td>General Electric</td>
 <td>AKTA</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Airtight vials</td>
 <td>Cole-Parmer</td>
 <td>EW-08918-85</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Syringe needles</td>
 <td>BD</td>
 <td>305128</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Pipettes</td>
 <td>Eppendorf</td>
 <td>Z683779-1EA, Z683795-1EA</td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

application of an in vitro dna protection assay to visualize stress mediation properties of the dps protein

Oxidatieve stress is een onvermijdelijk bijproduct van aërobe leven. Moleculaire zuurstof is essentieel voor aardse stofwisseling, maar het neemt ook deel aan vele schadelijke reacties in levende organismen. De combinatie van aërobe metabolisme en ijzer, dat een essentieel samenstelling voor het leven, is voldoende om radicalen door Fenton chemie en degraderen cellulaire componenten. DNA-degradatie is misschien wel de meest schadelijke proces waarbij intracellulaire radicalen, zoals DNA-reparatie is verre van triviaal. De bepaling in dit artikel een kwantitatieve methode om het effect van moleculen en enzymen op radicaal-bemiddelde DNA beschadiging gemeten en gevisualiseerd. De bescherming assay DNA is een eenvoudige, snelle en krachtige instrument voor de in vitro karakterisering van de beschermende eigenschappen van eiwitten of chemicaliën. Het DNA bestaat uit de blootstelling aan een schadelijke oxidatieve reactie en variërende concentraties van de verbinding van belang te voegen. De verlaging of verhoging van DNA schade als functie van verbindingconcentratie wordt gevisualiseerd middels gelelektroforese. In dit artikel tonen we de techniek van het DNA bescherming assay door het meten van de beschermende eigenschappen van het DNA-bindende eiwit van gedepriveerde cellen (Dps). Dps is een mini-ferritine die wordt gebruikt door meer dan 300 bacteriële soorten krachtig tegen milieu-invloeden. Hier presenteren we de Dps zuiveringsprotocol en de geoptimaliseerde testomstandigheden voor de evaluatie van bescherming DNA door Dps.

De zuiveringswerkwijze voor Dps hier beschreven zeer reproduceerbaar. Dps zuivering volgens het beschreven protocol, met 2 L van E. coli cultuur als uitgangspunt, zal typisch opbrengst 2,5 ml eiwit dat Dps 12 bij concentraties tussen 5 en 12 pM. Langere inductietijden (4 uur) lijken deze variabiliteit te verminderen. Proteïne zuiverheid constant boven 99%, zoals blijkt uit SDS-PAGE gels (figuur 1). De mate van verontreiniging DNA is altijd verwaarloosbaar, zoals blijkt zowel door ag...

Watch this Scientific Journal Video about Application of an In vitro DNA Protection Assay to Visualize Stress Mediation Properties of the Dps Protein at JoVE.com

Application of an In vitro DNA Protection Assay to Visualize Stress Mediation Properties of the Dps Protein

De DNA-bindend eiwit van uitgehongerde cellen (DPS) speelt een cruciale rol in de strijd tegen bacteriële stress. Dit artikel bespreekt de zuivering van<em&gt; E. coli</em&gt; Dps en het protocol voor een<em&gt; In vitro</em&gt; Assay tonen Dps-gemedieerde bescherming van DNA tegen afbraak door reactieve zuurstof species.

Toepassing van een<em&gt; In vitro</em&gt; DNA Protection Assay om stress Mediation Eigenschappen van de Dps Protein Visualiseer

Oxidative stress is an unavoidable byproduct of  aerobic life.  Molecular oxygen is  essential for terrestrial metabolism, but it also takes part in many ...

Research

JoVE Journal

Biology

Application of an In vitro DNA Protection Assay to Visualize Stress Mediation Properties of the Dps Protein

An In vitro FluoroBlok Tumor Invasion Assay

An In vitro FluoroBlok Tumor Invasion Assay

Een In vitro FluoroBlok Tumor Invasion Assay

The hallmark of metastatic cells is their ability to invade through the basement membrane and migrate to other parts of the body. Cells must be able to ...

Application of Stopped-flow Kinetics Methods to Investigate the Mechanism of Action of a DNA Repair Protein

Toepassing van Stopped-flow Kinetics Methoden om het werkingsmechanisme van een DNA Repair eiwit Onderzoek

Transient kinetic analysis is indispensable for understanding the workings of biological macromolecules, since this approach yields mechanistic ...

Biophysical Assays to Probe the Mechanical Properties of the Interphase Cell Nucleus: Substrate Strain Application and Microneedle Manipulation

Biofysische Testen om de mechanische eigenschappen van de interfase celkern Probe: Basismateriaal Strain Toepassing en micronaaldjes Manipulatie

In most eukaryotic cells, the nucleus is the largest organelle and is typically 2 to 10 times stiffer than the surrounding cytoskeleton; consequently, the ...

Long-term Lethal Toxicity Test with the Crustacean Artemia franciscana

Long-term Lethal Toxicity Test with the Crustacean Artemia franciscana

Lange-termijn Lethal toxiciteit Test met de Schaal- Artemia franciscana</em

Our research activities target the use of biological methods for the evaluation of environmental quality, with particular reference to saltwater/brackish ...

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

In vitro Methylatietest Assay om Protein Arginine methylatie Bestudeer

Protein arginine methylation is one of the most abundant post-translational modifications in the nucleus. Protein arginine methylation can be identified ...

Quantitative Immunofluorescence Assay to Measure the Variation in Protein Levels at Centrosomes

Kwantitatieve immunofluorescentiebepaling op het Variatie in eiwitgehalten op centrosomes Maatregel

Centrosomes are small but important organelles that serve as the poles of mitotic spindle to maintain genomic integrity or assemble primary cilia to ...

Comet Assay as an Indirect Measure of Systemic Oxidative Stress

Comet Assay als een indirecte maat van Systemische oxidatieve stress

Higher eukaryotic organisms cannot live without oxygen; yet, paradoxically, oxygen can be harmful to them. The oxygen molecule is chemically relatively ...

Measuring DNA Damage and Repair in Mouse Splenocytes After Chronic In Vivo Exposure to Very Low Doses of Beta- and Gamma-Radiation

Measuring DNA Damage and Repair in Mouse Splenocytes After Chronic In Vivo Exposure to Very Low Doses of Beta- and Gamma-Radiation

Het meten van DNA-schade en herstel in Mouse Splenocyten Na Chronische<em&gt; In Vivo</em&gt; Blootstelling aan zeer lage doses van bèta en gamma-straling

Low dose radiation exposure may produce a variety of biological effects that are different in quantity and quality from the effects produced by high ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatine immunoprecipitatie assay voor de identificatie van Arabidopsis eiwit-DNA interacties<em&gt; In Vivo</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

The Assembly and Application of 'Shear Rings': A Novel Endothelial Model for Orbital, Unidirectional and Periodic Fluid Flow and Shear Stress

De Algemene Vergadering en de toepassing van &#39;Shear Rings&#39;: A Novel endotheliale Model voor Orbital, Unidirectionele en Periodieke Fluid Flow en Shear Stress

Deviations from normal levels and patterns of vascular fluid shear play important roles in vascular physiology and pathophysiology by inducing adaptive as ...