Name: untargeted metabolomics from biological sources using ultraperformance liquid chromatography-high resolution mass spectrometry (uplc-hrms)
Uploaded: 2013-05-20T14:00:00
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हम एनआईएच अनुदान P30ES013508 और 5T32GM008076 के समर्थन को स्वीकार करते हैं. हम भी चलनी 2.0 और डीआरएस के उपयोग के लिए थर्मो वैज्ञानिक धन्यवाद. उपयोगी विचार विमर्श के लिए यूजीन Ciccimaro और थर्मो वैज्ञानिक के मार्क सैंडर्स.

1. कोशिकाओं से नमूने निकालना <ol><li> कोशिकाओं की एक 10 सेमी की थाली के लिए: एक पूर्व लेबल 10 मिलीलीटर गिलास अपकेंद्रित्र ट्यूब में मीडिया में उठाया सेल निलंबन के 1.5 मिलीलीटर इकट्ठा. पक्षपाती लाइनों के लिए, कोशि?...

<ol>
	<li>Pluskal, T., Nakamura, T., Villar-Briones, A., Yanagida, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+profiling+of+the+fission+yeast+S.+pombe:+quantification+of+compounds+under+different+temperatures+and+genetic+perturbation.">Metabolic profiling of the fission yeast S. pombe: quantification of compounds under different temperatures and genetic perturbation.</a> Mol. Biosyst. 6 (1), 182-198 (2010).</li><li>Makarov, A., Denisov, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Performance+Evaluation+of+a+Hybrid+Linear+Ion+Trap/Orbitrap+Mass+Spectrometer.">Performance Evaluation of a Hybrid Linear Ion Trap/Orbitrap Mass Spectrometer.</a> Analytical Chemistry. 78 (7), 2113-2120 (2006).</li><li>Timischl, B., Dettmer, K., Kaspar, H., Thieme, M., Oefner, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+quantitative,+validated+capillary+electrophoresis-time+of+flight-mass+spectrometry+method+with+integrated+high-confidence+analyte+identification+for+metabolomics.">Development of a quantitative, validated capillary electrophoresis-time of flight-mass spectrometry method with integrated high-confidence analyte identification for metabolomics.</a> Electrophoresis. 29 (10), 2203-2214 (2008).</li><li>Katajamaa, M., Oresic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Data+processing+for+mass+spectrometry-based+metabolomics.">Data processing for mass spectrometry-based metabolomics.</a> J. Chromatogr. A. 1158 (1-2), 318-328 (2007).</li><li>Katajamaa, M., Oresic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+methods+for+differential+analysis+of+LC/MS+profile+data.">Processing methods for differential analysis of LC/MS profile data.</a> BMC Bioinformatics. 6, 179 (2005).</li><li>Wilson, I. D., Nicholson, J. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+ultra+performance+liquid+chromatography+coupled+to+q-TOF+mass+spectrometry+as+a+tool+for+differential+metabolic+pathway+profiling+in+functional+genomic+studies.">High resolution ultra performance liquid chromatography coupled to q-TOF mass spectrometry as a tool for differential metabolic pathway profiling in functional genomic studies.</a> Journal of Proteome Research. 4 (2), 591-598 (2005).</li><li>Benton, H. P., Wong, D. M., Trauger, S. A., Siuzdak, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=XCMS2:+processing+tandem+mass+spectrometry+data+for+metabolite+identification+and+structural+characterization.">XCMS2: processing tandem mass spectrometry data for metabolite identification and structural characterization.</a> Anal. Chem. 80 (16), 6382-6389 (2008).</li><li>Katajamaa, M., Miettinen, J., Oresic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MZmine:+toolbox+for+processing+and+visualization+of+mass+spectrometry+based+molecular+profile+data.">MZmine: toolbox for processing and visualization of mass spectrometry based molecular profile data.</a> Bioinformatics. 22 (5), 634-636 (2006).</li><li>Pluskal, T., Castillo, S., Villar-Briones, A., Oresic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MZmine+2:+Modular+framework+for+processing,+visualizing,+and+analyzing+mass+spectrometry-based+molecular+profile+data.">MZmine 2: Modular framework for processing, visualizing, and analyzing mass spectrometry-based molecular profile data.</a> BMC Bioinformatics. 11 (1), 395 (2010).</li><li>Smith, C. A., Want, E. J., O'Maille, G., Abagyan, R., Siuzdak, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=XCMS:+Processing+Mass+Spectrometry+Data+for+Metabolite+Profiling+Using+Nonlinear+Peak+Alignment,+Matching,+and+Identification.">XCMS: Processing Mass Spectrometry Data for Metabolite Profiling Using Nonlinear Peak Alignment, Matching, and Identification.</a> Analytical Chemistry. 78 (3), 779-787 (2006).</li><li>Tautenhahn, R., Patti, G. J., Rinehart, D., Siuzdak, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=XCMS+Online:+A+Web-Based+Platform+to+Process+Untargeted+Metabolomic+Data.">XCMS Online: A Web-Based Platform to Process Untargeted Metabolomic Data.</a> Analytical Chemistry. 84 (11), 5035-5039 (2012).</li><li>Gelhaus, S. L., Mesaros, A. C., Blair, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cellular+Lipid+Extraction+for+Targeted+Stable+Isotope+Dilution+Liquid+Chromatography-Mass+Spectrometry+Analysis.">Cellular Lipid Extraction for Targeted Stable Isotope Dilution Liquid Chromatography-Mass Spectrometry Analysis.</a> J. Vis. Exp. (57), e3399 (2011).</li><li>Want, E. J., Wilson, I. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+metabolic+profiling+procedures+for+urine+using+UPLCG&#199;&#244;MS.">Global metabolic profiling procedures for urine using UPLCG&#199;&#244;MS.</a> Nature Protocols. 5 (6), 1005-1018 (2010).</li><li>Sellick, C. A., Hansen, R., Stephens, G. M., Goodacre, R., Dickson, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolite+extraction+from+suspension-cultured+mammalian+cells+for+global+metabolite+profiling.">Metabolite extraction from suspension-cultured mammalian cells for global metabolite profiling.</a> Nature Protocols. 6 (8), 1241-1249 (2011).</li><li>Dunn, W. B., Broadhurst, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Procedures+for+large-scale+metabolic+profiling+of+serum+and+plasma+using+gas+chromatography+and+liquid+chromatography+coupled+to+mass+spectrometry.">Procedures for large-scale metabolic profiling of serum and plasma using gas chromatography and liquid chromatography coupled to mass spectrometry.</a> Nature protocols. 6 (7), 1060-1083 (2011).</li><li>Masson, P., Alves, A. C., Ebbels, T. M. D., Nicholson, J. K., Want, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+and+evaluation+of+metabolite+extraction+protocols+for+untargeted+metabolic+profiling+of+liver+samples+by+UPLC-MS.">Optimization and evaluation of metabolite extraction protocols for untargeted metabolic profiling of liver samples by UPLC-MS.</a> Analytical Chemistry. 82 (18), 7779-7786 (2010).</li><li>Shaham, O., Slate, N. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+plasma+signature+of+human+mitochondrial+disease+revealed+through+metabolic+profiling+of+spent+media+from+cultured+muscle+cells.">A plasma signature of human mitochondrial disease revealed through metabolic profiling of spent media from cultured muscle cells.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 107 (4), 1571-1575 (2010).</li><li>Cequier-Sa&#252;nchez, E., Rodri&#252;guez, C., Ravelo, A. G., Za&#252;rate, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dichloromethane+as+a+Solvent+for+Lipid+Extraction+and+Assessment+of+Lipid+Classes+and+Fatty+Acids+from+Samples+of+Different+Natures.">Dichloromethane as a Solvent for Lipid Extraction and Assessment of Lipid Classes and Fatty Acids from Samples of Different Natures.</a> Journal of Agricultural and Food Chemistry. 56 (12), 4297-4303 (2008).</li><li>Keller, A., Eng, J., Zhang, N., Li, X. J., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+uniform+proteomics+MS/MS+analysis+platform+utilizing+open+XML+file+formats.">A uniform proteomics MS/MS analysis platform utilizing open XML file formats.</a> Mol. Syst. Biol. 1, (2005).</li><li>Cleveland, W. S., Devlin, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Locally+weighted+regression+-+an+approach+to+regression-analysis+by+local+fitting.">Locally weighted regression - an approach to regression-analysis by local fitting.</a> J. Am. Stat. Assoc. 83 (403), 596-610 (1988).</li><li>Lange, E., Tautenhahn, R., Neumann, S., Gropl, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Critical+assessment+of+alignment+procedures+for+LC-MS+proteomics+and+metabolomics+measurements.">Critical assessment of alignment procedures for LC-MS proteomics and metabolomics measurements.</a> BMC Bioinformatics. 9 (1), 375 (2008).</li><li>Tautenhahn, R., Bottcher, C., Neumann, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+sensitive+feature+detection+for+high+resolution+LC/MS.">Highly sensitive feature detection for high resolution LC/MS.</a> BMC Bioinformatics. 9 (1), 504 (2008).</li><li>Kuhl, C., Tautenhahn, R., Bottcher, C., Larson, T. R., Neumann, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CAMERA:+An+Integrated+Strategy+for+Compound+Spectra+Extraction+and+Annotation+of+Liquid+Chromatography/Mass+Spectrometry+Data+Sets.">CAMERA: An Integrated Strategy for Compound Spectra Extraction and Annotation of Liquid Chromatography/Mass Spectrometry Data Sets.</a> Analytical Chemistry. 84 (1), 283-289 (2012).</li><li>Kanehisa, M., Goto, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KEGG:+kyoto+encyclopedia+of+genes+and+genomes.">KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes.</a> Nucleic Acids Res. 28 (1), 27-30 (2000).</li><li>Smith, C. A., O'Maille, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=METLIN:+a+metabolite+mass+spectral+database.">METLIN: a metabolite mass spectral database.</a> Ther. Drug Monit. 27 (6), 747-751 (2005).</li><li>Wang, Y., Xiao, J., Suzek, T. O., Zhang, J., Wang, J., Bryant, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PubChem:+a+public+information+system+for+analyzing+bioactivities+of+small+molecules.">PubChem: a public information system for analyzing bioactivities of small molecules.</a> Nucleic Acids Res. 37 Web Server, W623-W633 (2009).</li><li>Wishart, D. S., Knox, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HMDB:+a+knowledgebase+for+the+human+metabolome.">HMDB: a knowledgebase for the human metabolome.</a> Nucleic Acids Res. 37 Database, D603-D610 (2009).</li><li>Bligh, E. G., Dyer, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+method+of+total+lipid+extraction+and+purification.">A rapid method of total lipid extraction and purification.</a> Canadian Journal of Biochemistry and Physiology. 37 (8), 911-917 (1959).</li><li>Folch, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+for+the+isolation+and+purification+of+total+lipids+from+animal+tissues.">A simple method for the isolation and purification of total lipids from animal tissues.</a> J. Biol. Chem. 226, 497-509 (1957).</li><li>Avery, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+characterization+of+differential+ion+suppression+on+liquid+chromatography/atmospheric+pressure+ionization+mass+spectrometric+bioanalytical+methods.">Quantitative characterization of differential ion suppression on liquid chromatography/atmospheric pressure ionization mass spectrometric bioanalytical methods.</a> Rapid Communications in Mass Spectrometry. 17 (3), 197-201 (2003).</li></ol>

अलक्षित metabolomics अंतर्जात या जीनोबायोटिक biotransformations की जांच, या ब्याज का एक नमूना से एक चयापचय प्रोफाइल पर कब्जा करने के लिए एक शक्तिशाली उपकरण प्रदान करता है. संकल्प और संवेदनशीलता उत्पन्न बड़े डेटासेट के स?...

HRMS के क्षेत्र में हाल ही में तकनीकी प्रगति के कारण, अलक्षित, परिकल्पना पैदा metabolomics दृष्टिकोण जटिल नमूनों का विश्लेषण करने के लिए एक व्यावहारिक दृष्टिकोण बन गए हैं. लाख प्रति दिनचर्या कम हिस्से की सुविधा 100,000 संकल्प (पीपीएम) जन सटीकता के लिए सक्षम 1 मास स्पेक्ट्रोमीटर व्यापक रूप से हो गए हैं कई विक्रेताओं से उपलब्ध है. 2,3 इस जन सटीकता अधिक से अधिक विशिष्टता और विश्लेष्य पहचान, समस्थानिक पैटर्न मान्यता, और अभिवर्तन पहचान की एक प्रारंभिक काम में विश्वास की अनुमति देता है. 4 एक उचित निकासी प्रक्रिया और उच्च प्रदर्शन नियंत्रण रेखा या UPLC, जटिल मिश्रण के साथ युग्मित अवधारण समय डेटा से प्राप्त अतिरिक्त विशिष्टता के साथ विश्लेषण किया जा सकता है. 5 UPLC अधिक chromatographic दक्षता के पास है और जिसके परिणामस्वरूप बड़े डेटासेट किसी में एकीकृत किया जा सकता है संभव metabolome. 6 का एक बड़ा कवरेज बनाने के लिए अधिक से अधिक संवेदनशीलता, संकल्प और विश्लेषण समय की अनुमति देता हैकई अंतर विश्लेषण सॉफ्टवेयर और उपयोगी पैटर्न या ब्याज के व्यक्तिगत analytes के लिए खनन. 7,8,9,10,11 ख्यात हिट शुरू में चोटी का पता लगाने एल्गोरिदम का एक संयोजन, सटीक जन आधारित रासायनिक सूत्र भविष्यवाणी, विखंडन भविष्यवाणी का उपयोग कर पहचाना जा सकता है, और के रासायनिक डेटाबेस खोज. इस दृष्टिकोण की अनुमति देता है समय लेने वाली पूर्ण संरचनात्मक पहचान के लिए या अधिक संवेदनशील और अधिक विशिष्ट स्थिर आइसोटोप कमजोर पड़ने के विकास के लिए लक्ष्य UPLC / चयनित या एकाधिक प्रतिक्रिया की निगरानी / मात्रा का ठहराव के लिए वर्तमान सोने के मानक तरीके हैं कि एमएस पढ़ाई. 12 की प्राथमिकता जैविक नमूने की बदलती प्रकृति मूत्र 13, 14 कोशिकाओं, सीरम 15, या ऊतक 16 के लिए निकासी प्रोटोकॉल का अनुकूलन करने के लिए प्रेरित किया है. इस प्रोटोकॉल सुविधाओं एक्सट्रेक्शन कोशिकाओं, सीरम, और ऊतकों के लिए. जहां उपयुक्त हो, टिप्पणियों और अतिरिक्त संदर्भ संशोधन के लिए शामिल किया गया हैप्रक्रिया के माहौल स्थिर आइसोटोप के शामिल किए जाने का पता, या विशेष रूप से अस्थिर मेटाबोलाइट्स के शामिल किए जाने के लिए करने के लिए.

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Reagent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline</td>
			<td>Mediatech</td>
			<td>21-031-CM</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water (H2O)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>W7-4</td>
			<td>(optima)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile (CH3CN)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A996-4</td>
			<td>(optima)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol (CH3OH)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A454-4</td>
			<td>(optima)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A464-4</td>
			<td>(optima)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform (CH3Cl)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>366927</td>
			<td>Hazard</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dichloromethane (CH2Cl2)</td>
			<td>Acros Organics</td>
			<td>61030-1000</td>
			<td>To replace chloroform</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Diethyl Ether</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>346136</td>
			<td>To replace chloroform</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic Acid (FA)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>(optima)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NH4OH</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A470-250</td>
			<td>(optima)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium formate (HCOONH4)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>78314</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroSpin C18 Columns</td>
			<td>Nest Group Inc</td>
			<td>SS18V</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pasteur Pipettes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-678-200</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 ml Glass Centrifuge Tubes</td>
			<td>Kimble Chase</td>
			<td>73785-10</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 ml Plastic Centrifuge Tubes</td>
			<td>CellTreat</td>
			<td>CLS-4301-015</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LC Vials (glass)</td>
			<td>Waters</td>
			<td>60000751CV</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LC Inserts (glass)</td>
			<td>Waters</td>
			<td>WAT094171</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LC Vials (plastic)</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186002640</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.22 &mu;m Filters</td>
			<td>Corning</td>
			<td>8169</td>
			<td>nylon</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2 ml Eppendorf Tubes</td>
			<td>BioExpress</td>
			<td>C-3229-1</td>
			<td>Low Retention</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High Resolution Mass Spectrometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>LTQ XL-Orbitrap</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HPLC/UPLC</td>
			<td>Waters</td>
			<td>nanoACQUITY UPLC</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Source</td>
			<td>Michrom</td>
			<td>Thermo Advance Source</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Differential Analysis Software</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>SIEVE 2.0</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>nanoACQUITY C18 BEH130</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186003546</td>
			<td>1.7 &mu;m particle size, 150 mm x 100 &mu;m</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acentis Express C8</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>54262</td>
			<td>2.7 &mu;m particle size, 15 cm x 200 &mu;m</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

untargeted metabolomics from biological sources using ultraperformance liquid chromatography-high resolution mass spectrometry (uplc-hrms)

यहाँ हम सहित हित के जैविक नमूने लिए चयापचय प्रोफाइल का विश्लेषण करने के लिए एक कार्यप्रवाह वर्तमान; कोशिकाओं, सीरम, या ऊतक. नमूना पहले एक तरल तरल चरण निष्कर्षण द्वारा ध्रुवीय और गैर ध्रुवीय भागों में अलग, और आंशिक रूप से बहाव के विश्लेषण की सुविधा के लिए शुद्ध होता है. प्रारंभिक निष्कर्षण के जलीय (ध्रुवीय मेटाबोलाइट्स) और जैविक दोनों (गैर ध्रुवीय मेटाबोलाइट्स) चरणों मेटाबोलाइट्स के एक विस्तृत रेंज सर्वेक्षण करने के लिए कार्रवाई कर रहे हैं. मेटाबोलाइट्स उनके विभाजन के गुणों पर आधारित विभिन्न तरल क्रोमैटोग्राफी तरीकों से अलग हो रहे हैं. इस विधि में, हम (उत्तर प्रदेश) नियंत्रण रेखा के तरीकों microflow अति प्रदर्शन मौजूद है, लेकिन प्रोटोकॉल उच्च प्रवाह और कम दबाव के लिए स्केलेबल है. मास स्पेक्ट्रोमीटर में परिचय सामान्य या यौगिक अनुकूलित स्रोत की स्थिति में या तो के माध्यम से किया जा सकता है. आयनों की एक व्यापक रेंज का पता लगाने के लिए एक हाल ही में ग पर उच्च संकल्प का उपयोग करते हुए एक व्यापक मी / z सीमा पर सकारात्मक और नकारात्मक दोनों मोड में पूर्ण स्कैन मोड में किया जाता हैसाधन alibrated. लेबल मुक्त अंतर विश्लेषण जैव सूचना विज्ञान प्लेटफार्मों पर किया जाता है. इस दृष्टिकोण के आवेदन चयापचय मार्ग स्क्रीनिंग, biomarker खोज, और नशीली दवाओं के विकास में शामिल हैं.

परिणाम प्रस्तुत कीटनाशक और mitochondrial परिसर मैं अवरोध rotenone साथ एसएच SY5Y glioblastoma कोशिकाओं का एक 6 घंटा उपचार से चयनित डेटा बताते हैं. संक्षिप्तता के लिए, केवल जैविक चरण सकारात्मक मोड डेटा प्रस्तुत किया है. नमूने संस...

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Untargeted Metabolomics from Biological Sources Using Ultraperformance Liquid Chromatography-High Resolution Mass Spectrometry UPLC-HRMS

अलक्षित metabolomics एक चयापचय प्रोफ़ाइल के स्नैपशॉट सृजन एक परिकल्पना प्रदान करता है. इस प्रोटोकॉल सीरम कोशिकाओं, या ऊतक से मेटाबोलाइट्स की निकासी और विश्लेषण प्रदर्शन करेंगे. मेटाबोलाइट्स की एक श्रेणी तरल तरल चरण निष्कर्षण का उपयोग कर सर्वेक्षण कर रहे हैं, microflow ultraperformance तरल क्रोमैटोग्राफी / अंतर विश्लेषण सॉफ्टवेयर के लिए युग्मित उच्च संकल्प मास स्पेक्ट्रोमेट्री (UPLC-HRMS).

Ultraperformance लिक्विड क्रोमैटोग्राफी उच्च संकल्प मास स्पेक्ट्रोमेट्री (UPLC-HRMS) का उपयोग जैविक स्रोतों से अलक्षित Metabolomics

Here we present a workflow to analyze the metabolic profiles for biological samples of interest including; cells, serum, or tissue. The sample is first ...

Research

JoVE Journal

Chemistry

Untargeted Metabolomics from Biological Sources Using Ultraperformance Liquid Chromatography-High Resolution Mass Spectrometry (UPLC-HRMS)

Large Scale Non-targeted Metabolomic Profiling of Serum by Ultra Performance Liquid Chromatography-Mass Spectrometry (UPLC-MS)

Large Scale Non-targeted Metabolomic Profiling of Serum by Ultra Performance Liquid Chromatography-Mass Spectrometry UPLC-MS

बड़े पैमाने पर गैर - लक्षित अल्ट्रा प्रदर्शन तरल क्रोमैटोग्राफी मास स्पेक्ट्रोमेट्री (UPLC-एमएस) द्वारा सीरम की metabolomic प्रोफाइलिंग

Non-targeted metabolite profiling by ultra performance liquid chromatography coupled with mass spectrometry (UPLC-MS) is a powerful technique to ...

Analyzing Protein Dynamics Using Hydrogen Exchange Mass Spectrometry

हाइड्रोजन विनिमय मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग प्रोटीन गतिशीलता का विश्लेषण करना

All cellular processes depend on the functionality of proteins. Although the functionality of a given protein is the direct consequence of its unique ...

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वानस्पतिक सामग्री का तेजी से उच्च throughput प्रजातियों की पहचान रीयल टाइम उच्च संकल्प मास स्पेक्ट्रोमेट्री में प्रत्यक्ष विश्लेषण का उपयोग

We demonstrate that direct analysis in real time-high resolution mass spectrometry can be used to produce mass spectral profiles of botanical material, ...

An HS-MRM Assay for the Quantification of Host-cell Proteins in Protein Biopharmaceuticals by Liquid Chromatography Ion Mobility QTOF Mass Spectrometry

एक एच एस-MRM परख के ठहराव के लिए मेजबान कोशिका प्रोटीन में प्रोटीन क्रोमैटोग्राफी आयन गतिशीलता द्वारा QTOF जन स्पेक्ट्रोमेट्री

The analysis of low-level (1-100 ppm) protein impurities (e.g., host-cell proteins (HCPs)) in protein biotherapeutics is a challenging assay requiring ...

Real-time Breath Analysis by Using Secondary Nanoelectrospray Ionization Coupled to High Resolution Mass Spectrometry

उच्च संकल्प जन स्पेक्ट्रोमेट्री के लिए युग्मित माध्यमिक Nanoelectrospray Ionization का उपयोग करके वास्तविक समय सांस विश्लेषण

Exhaled volatile organic compounds (VOCs) have aroused considerable interest, since they can serve as biomarkers for disease diagnosis and environmental ...

Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

Oligo-peptoids का संश्लेषण एवं मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have ...

Microprobe Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry for Single-cell Metabolomics in Live Frog (Xenopus laevis) Embryos

Microprobe Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry for Single-cell Metabolomics in Live Frog Xenopus laevis Embryos

लाइव मेंढक (Xenopus laevis) भ्रूण में एकल कोशिका Metabolomics के लिए Microprobe केशिका ट्रो मास स्पेक्ट्रोमेट्री

The quantification of small molecules in single cells raises new potentials for better understanding the basic processes that underlie embryonic ...

Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry

बड़े पैमाने पर शीर्ष नीचे प्रोटियोमिक् केशिका जोन का उपयोग कर ट्रो मिलकर जन स्पेक्ट्रोमेट्री

Capillary zone electrophoresis-electrospray ionization-tandem mass spectrometry (CZE-ESI-MS/MS) has been recognized as a useful tool for top-down ...

High-throughput and Comprehensive Drug Surveillance Using Multisegment Injection-Capillary Electrophoresis-Mass Spectrometry

मल्टीसेगमेंट इंजेक्शन का उपयोग करके उच्च थ्रूपुट और व्यापक ड्रग निगरानी-केशिका इलेक्ट्रोफोरेसिस मास स्पेक्ट्रोमेट्री

New analytical methods are urgently needed to enable high-throughput, yet comprehensive drug screening, given an alarming opioid and prescription drug ...