Name: infinium assay for large-scale snp genotyping applications
Uploaded: 2013-11-19T14:10:00
Duration: 13 min 33 s
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この仕事のための資金は、NIH P20 GM103456、NIH RC2 AR058959、およびNIH R56 AI063274によって提供されている

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	<li>Shi, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enabling+large-scale+pharmacogenetic+studies+by+high-throughput+mutation+detection+and+genotyping+technologies.">Enabling large-scale pharmacogenetic studies by high-throughput mutation detection and genotyping technologies.</a> Clin. Chem. 47 (2), 164-172 (2001).</li><li>Livak, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+genotyping+by+the+5'-nuclease+reaction.">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction.</a> Methods Mol. Biol. 212, 129-148 (2003).</li><li>Seeb, J. E., Pascal, C. E., Ramakrishnan, R., Seeb, L. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+genotyping+by+the+5'-nuclease+reaction:+advances+in+high+throughput+genotyping+with+non-model+organisms.">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction: advances in high throughput genotyping with non-model organisms.</a> Methods in Mol. Biol. 578, 277-292 (2009).</li><li>Bay&#233;s, M., Gut, I. G., ed, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Overview+of+Genotyping.">Overview of Genotyping.</a> Molecular Analysis and Genome Discovery. , 1-23 (2011).</li><li>Lee, Y., Seifert, S. N., Fornadel, C. M., Norris, D. E., Lanzaro, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-Nucleotide+Polymorphisms+for+High-Throughput+Genotyping+of+Anopheles+arabiensis+in+East+and+Southern+Africa.">Single-Nucleotide Polymorphisms for High-Throughput Genotyping of Anopheles arabiensis in East and Southern Africa.</a> J. Med. Entomol. 49 (2), 307-315 (2012).</li><li>Liu, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+Genotyping+Platforms.">SNP Genotyping Platforms.</a> Next generation sequencing and whole genome selection in aquaculture. , 123-132 (2011).</li><li>Shen, R., Fan, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+SNP+genotyping+on+universal+bead+arrays.">High-throughput SNP genotyping on universal bead arrays.</a> Mutat. Res./Fundam and Mol. Mech. of Mutagenesis. 573 (1), 70-82 (2005).</li><li>Ragoussis, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotyping+technologies+for+all.">Genotyping technologies for all.</a> Drug Discov. Today: Technol. 3 (2), 115-122 (2006).</li><li>Wu, C. C., Shete, S., Jo, E. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-Genome+Detection+of+Disease-Associated+Deletions+or+Excess+Homozygosity+in+a+Case-Control+Study+of+Rheumatoid+Arthritis.">Whole-Genome Detection of Disease-Associated Deletions or Excess Homozygosity in a Case-Control Study of Rheumatoid Arthritis.</a> Hum. Mol. Genet. , (2012).</li><li>Green, E. K., Hamshere, M., Forty, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Replication+of+bipolar+disorder+susceptibility+alleles+and+identification+of+two+novel+genome-wide+significant+associations+in+a+new+bipolar+disorder+case-control+sample.">Replication of bipolar disorder susceptibility alleles and identification of two novel genome-wide significant associations in a new bipolar disorder case-control sample.</a> Mol. Psychiatry. , (2012).</li><li>Shete, S., Hosking, F. J., Robertson, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+association+study+identifies+five+susceptibility+loci+for+glioma.">Genome-wide association study identifies five susceptibility loci for glioma.</a> Nat. Genet. 41 (8), 899-904 (2009).</li><li>Inc Illumina. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Infinium HD Ultra User Guide 11328087 RevB-1. , 15-101 (2009).</li><li>Turner, S., Armstrong, L. o. r. e. n. L., Yuki Bradford, ., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quality+Control+Procedures+for+Genome+Wide+Association+Studies.">Quality Control Procedures for Genome Wide Association Studies.</a> Curr Protoc Hum Genet. , 1-19 (2011).</li></ol>

この記事の著者は、開示することなく、競合する金融利害関係はありません。

大規模な遺伝子型決定アプリケーションは、より良好な多くのヒト疾患の根底にある遺伝的機構を理解するために使用されてきた。ゲノムワイド関連解析を介して任意の大幅な改変体の発見は、さらなる研究のための候補領域にフラグをすることができます。また、遺伝子型データは、配列決定プロジェクトでの品質管理のための優れたツールです。 サンプルスループットを最大化するために、複数のサンプルプレートを増幅し、その断片化され、再懸濁させた状態で保存することができる。 8枚のプレートには、複数のバッチのためのプロトコルの最初の24時間を組み合わせるとチップの処理〜2-8日間、十分な材料を提供し、一日で増幅することができる。増幅されたプレートをあらかじめ備蓄している場合は、新たなサンプルがスキャンは前回の実行から始まり直後にチップにハイブリダイズされる場合には、処理は追加のサンプル調製のために一時停止することなく、継続的に実行することができます。そのため、サンプルが完全に受けることが3日かかるでしょうがアッセイは、データは、毎日生成することができる。 Assuming24チップは毎​​日処理され、5日制は、12サンプルのビーズチップ上で実行される1,000以上のDNAサンプルを可能にします。いずれかのステップまたは試薬が失敗した場合は任意の補正を適用する前に、しかし、複数のバッチは、パフォーマンスの低下のリスクがあるかもしれません。配列がスキャンまたは分析されるまで、エラーが通知を免れるかもしれません。スループットが最大化されている場合、したがって、プロトコルの様々な段階におけるサンプルの数百人は、すでに発見に同じ欠陥の治療を受けている可能性があります。失われた試薬およびデータを復元することはできませんように、ユーザは、加速されたワークフローの必要性と、これらのリスクを比較検討する必要があります。 GenomeStudio解析ソフトウェアは、本当に遺伝子型判定プロセスの成功を測定する最初のチャンスである。 NORM-シータ強度プロット対NORM-Rが適切にクラスタ化されている場合、この値はSLI異なるが、サンプルの平均コールレートは、（全体のSNPの割合が正常に入力された）、99％に近づく必要がありますghtlyアレイタイプに応じ。 85から90パーセントよりも低いコールレートとの任意のサンプルからのデータが信頼できるものではなく、廃棄されるべきである。品質管理の目的のために、結果は、以前に知られている遺伝子型、可能な限りと比較すべきである。そのようなデータが存在しない場合は、意図的なサンプルの複製は、プレートまたはアレイの配置を確認するのに有用なツールである。これらの重複したペアは別個のチップ、プレート、バッチ、またはプロジェクトに配置する必要があり、その遺伝子型は生成時にチェックした。具体的な品質管理の制約が調査者の好みに応じて異なるが一般的なサンプル制約はコールレート、メンデルの矛盾、あるいは相互参照に基づいていますが、一般的なSNP制約は、症例と対照の間でサンプル呼出成功、ハーディ·ワインベルグ平衡、または欠測に基づいています臨床性別データへのX染色体のヘテロ接合性の[13]。 何らかの問題が発生した場合、分析スイートで見つかったコントロールダッシュボードは、、に提出することができます原因を特定するために、会社。これらのコントロールは、多くの場合、最有力ステップまたは試薬障害のために問題を絞り込むことができます。興味のある任意のSNPはインフィニウムジェノタイピング実験により発見された場合、さらなる研究が行われる前に、その強度プロットは、クラスタリングエラーをGenomeStudioをダブルチェックする必要があります。 失敗したのInfiniumジェノタイピング実験は、人間の処理エラーや低品質の投入DNAに起因する可能性が高い。サンプル定量化は、正確かつ精密である必要があります。最良の結果を得るには、任意のサンプルまたはチップに追加された試薬は、プロトコルが設定した音量で分配されなければなりません。ピペットは、適切に校正する必要があります。試薬が満了した後に実行すべきではないとRA1試薬保存、解凍した一回再凍結すべきではありません。可能な染色および伸長誤差を最小にするために、ホルムアミド/ EDTA混合物を毎月新たに調製すべきである。すべて-20℃の試薬は、手動霜取り冷凍庫に保管してください。 STで使用されるすべての実験器具aining、プロトコルの拡張、および洗浄の部分はすぐに廃止すると水と中性洗剤で十分に洗い流してください。 HYB室内の加湿貯水池を試験管ブラシと中性洗剤でこすりする必要があります。週に一度、自分のユーザーマニュアルの指示に従って、ガラススライドは、10％の漂白剤で洗浄する必要があります。

一塩基多型（SNP）を入力すると、疾患に関連するリスク変異体を同定する重要な方法である。歴史的に、遺伝子型決定実験の範囲は、利用可能な技術によって制限されてきた。ゲル電気泳動に基づく遺伝子型決定方法は、サンプルSNPスループットが制限されている[1]。これらのアッセイの開発は、多くの場合、最適化のためのバリアントを囲む領域のメイクや構造に依存する、労働集約的であることができます[1]。ライフテクノロジーズが開発したTaqManジェノタイピングアッセイは、すぐに大量のサンプルを実行し、最小限の技術者の関与と[2]が、SNP多重化の制限は一日だけでなく下に百万に遺伝子型の総数を制限し続けることができます[3,4 ]。未満百SNPが一緒に多重化することができるようにシーケノムのIPLEXプラットフォームはまた、一度に多くのサンプルを実行することができますが、スループットが全体的に比較的低い[5]。ベックマン·コールターのSNPストリーム技術理論的には一日あたり300万人以上の遺伝子型を生産するが、反応あたりわずか四〇から八SNPの最大化するためにこの技術を制限し、プロジェクトの範囲[4,6]ことができます。 GoldenGateのアッセイは、サンプルあたりのSNP数百または数千に毎日ほぼ200 DNAサンプルを処理することができますが、遺伝子型あたりの価格は、高度な、超高スループット技術と競合しないで、一度に3000以上のSNPを入力するときに[4,7 ]。一日あたり数百万の遺伝子型を処理するために、大規模なゲノムワイド関連研究のために必要なスケールは、アレイハイブリダイゼーションアッセイは、市場で最もコスト効率の良い選択肢となっている。 ハイブリダイゼーションアレイのAffymetrix社のラインとのInfiniumベースのアレイのイルミナのラインは、サンプルの潜在的に何百ものパラレル[4,8]内のSNPの数千または数百万、数百で入力することができます。これらのSNPは、元のように利益の地域でローカライズさ、ゲノム全体に散在することができますomes、またはユーザの好みに合わせてカスタマイズ。これらのアレイは、正確に一度試料100万のSNPの遺伝子型を決定することが、また、潜在的に発表染色体異常をコピー数の変化を測定することができない唯一の利点を有する。インフィニウムアラインOMNIビーズチップアレイは現在、毎日ほぼ百サンプルまでに50万カスタム座を含むサンプルあたりほぼ500万マーカーまでの遺伝子型と能力を持っている。 ほとんどの疾患は遺伝的要素を持っているように、これらの大規模な実験は、疾患に関連する遺伝子を発見する上で重要であることができる。ハイスループット遺伝子型決定は、試料中の効率的な遺伝子型生成を可能にする説得力の低いマイナーアレル頻度で遺伝的関連を検出するのに十分な大きさに設定する。全ゲノムジェノタイピングプロジェクトは、統計的に有意な症例対照対立遺伝子頻度やコピー数の違いで領域を特定するために使用することができる[9,10,11]。国家人権のGeによると、ノーム研究所は、ゲノムワイド関連研究は、P-1未満の値×10 -5で8283個のSNPの発見に端を発する、2008年11月25日およ ​​び2013年1月25日の間で1490の別々の出版につながった（http://を参照してくださいwww.genome.gov/gwastudies/）。高さから精巣癌に至るまでの条件を調査し、これらの研究は、ゲノムワイドな解析によってもたらされる幅広いアプローチから恩恵を受けた。タイピングの範囲が厳しすぎるされていたこのような場合には、対象となる全領域は、予告を免れた可能性があります。したがって、大規模なアソシエーション分析のため、ゲノムワイドな遺伝子型決定技術は、選択された技術である。 のInfiniumアッセイの異なるバージョンは、それぞれが特定のタイプのアレイで使用するためのものが存在する。または24サンプルアレイチップ - 以下に詳しく説明InfiniumUltraアッセイは、多くの12に適している。これらは多くの場合、DNAサンプルあたりの10万以上のSNPを遺伝子型とTに焦点このようなexomeやカスタムパネルのようargeted地域。他のアッセイのバージョンでは、全ゲノムジェノタイピングアレイのような他のチップタイプのために必要になることがあります。すべてのインフィニウムアッセイは共通の基盤を共有し、主に試薬名、試薬容量、または正確な染色試薬手順のみが異なるしかし、1アッセイのバージョンに完成の技術は、多くの場合、普遍的に適用することができます。このようなメチル化アレイのような他の配列は、だけでなく、ほぼ同一のプロトコルを使用する場合があります。お手入れは、使用中のチップタイプに必要なアッセイのバージョンを使用するように注意しなければならない。このような遺伝子発現レベルを測定するものなど、いくつかのタイプは、nonInfiniumプロトコルの使用を必要とする場合があります。 サンプルは、バッチで処理しなければならない。例えば、InfiniumUltraアッセイで、プレハイブリダイゼーション試薬チューブは、96のサンプルを実行するのに十分な量が含まれており、チューブが再凍結することはできません。そのため、サンプルは一度に96サンプルのバッチで実行する必要があります。サンプルはモミ上で増幅されますTの日。ベンチワークの約1時間後、サンプルを20〜24時間、対流式オーブン内で加熱しなければならない。次の日、ほぼ4時間で沈殿させること、断片化過ごし、サンプルはいずれの将来の使用のために凍結またはチップにハイブリダイズさせることができる、その時点でサンプルを再懸濁します。チップをロードすると、サンプルは16〜24時間、一晩ハイブリダイズされるまでの、ほぼ2時間かかります。三日目に、染色および拡張手順は、〜4時間かかります。さらに1時間の洗浄、コーティング過ごし、チップを乾燥されます。最後に、配列は使用されるタイプに応じて、15〜60分/チップからかかることがあり、スキャンされます。 標準的な実験室の安全性と清潔予防措置が適用されます。増幅はPCRベースないが、前およびpostamplification手順のための別個のワークステーションは、汚染の可能性を最小限にするために必要である。使用されているすべてのキットが提供する試薬の識別番号は、追跡シートにログインする必要があります。レアージュ国税庁は、使用直前に解凍し、分配する前に数回反転する必要があります。タイプされるDNAは、高品質のゲノムDNA（280分の260 1.6〜2.0の吸光度比、230分の260以下の3.0の吸光度比）、標準的な方法で単離し、蛍光光度計で定量化しなければならない。 DNAの分解は、多くの場合、低品質のアッセイ結果における寄与因子である。この量は、いくつかのチップの種類によって異なる場合がありますが、通常、DNAの200 ngの、必要とされている。テカンの液体処理ロボットはプロトコルの多くのステップを自動化し、要素として、ヒューマンエラーを最小限に抑えることができます。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="477">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="66">
			<td height="66" style="height:66px;width:145px;">Consumable or Equipment</td>
			<td style="width:121px;">Manufacturer&#160;</td>
			<td style="width:99px;">Part Number&#160;</td>
			<td style="width:113px;">Minimum Required for 96 Samples</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">0.8 ml Deep Well Plate</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0765</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Plate Mats</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0674</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Reagent Basin</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">13-681-502</td>
			<td style="width:113px;">9</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Heat-seal Sheets</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0559</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Flow-through Spacer</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">NC9563984</td>
			<td style="width:113px;">6</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 200 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L200F</td>
			<td style="width:113px;">192</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 10 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L10F</td>
			<td style="width:113px;">16</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 1,000 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L1000F</td>
			<td style="width:113px;">16</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">DNA Suspension Buffer</td>
			<td style="width:121px;">Teknova</td>
			<td style="width:99px;">T0220</td>
			<td style="width:113px;">0.5 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">0.1 N NaOH</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AC12419-0010</td>
			<td style="width:113px;">0.5 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Isopropanol (HPLC grade)</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">A451</td>
			<td style="width:113px;">15 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Ethanol (200-proof)</td>
			<td style="width:121px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:99px;">459836</td>
			<td style="width:113px;">330 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Formamide (100%)</td>
			<td style="width:121px;">Thomas Scientific</td>
			<td style="width:99px;">C001K38</td>
			<td style="width:113px;">15 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">EDTA (0.5 M)</td>
			<td style="width:121px;">Amresco</td>
			<td style="width:99px;">E177</td>
			<td style="width:113px;">0.2 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">10 &#956;l 8-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L8-10XLS</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">200 &#956;l 8-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L8-200XLS</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">1,000 &#956;l Single-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L-1000XLS</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Microplate Shaker</td>
			<td style="width:121px;">VWR</td>
			<td style="width:99px;">13500-890</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Refrigerated Microplate Centrifuge</td>
			<td style="width:121px;">VWR</td>
			<td style="width:99px;">BK369434</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybridization Oven</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">SE-901-1001</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybex Microsample Incubator</td>
			<td style="width:121px;">SciGene</td>
			<td style="width:99px;">1057-30-0</td>
			<td align="right" style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybex MIDI Heat Block Insert</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-601</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Heat Sealer</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0384</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hyb Chamber w/ Insert and Mat</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-402</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Surgical Scissors</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">13-804-20</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Flow Through Assembly Parts</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">WG-10-202</td>
			<td style="width:113px;">8</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Wash Rack and Dish</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-450</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Genepaint Chamber Rack</td>
			<td style="width:121px;">Tecan</td>
			<td style="width:99px;">760-800</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Temperature Probe</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">A1-99-109</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Staining Rack and Dish</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">WG-10-207</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Self-Closing Tweezers</td>
			<td style="width:121px;">Ted Pella, Inc</td>
			<td style="width:99px;">5374-NM</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Vacuum Manifold</td>
			<td style="width:121px;">Ted Pella, Inc&#160;</td>
			<td style="width:99px;">2240</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">iScan or HiScan</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">-</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

infinium assay for large-scale snp genotyping applications

ヒトゲノムにおける遺伝子型決定の変異体は、表現型と遺伝的関連を同定する効率的な方法であることが証明された。家族又は集団内の変異の分布は、疾患の遺伝因子の同定を容易にすることができる。遺伝子型決定BeadChip製品のイルミナのパネルは、研究者は、一塩基多型（SNP）の数千または数百万の遺伝子型を決定するか、またはそのようなコピー数のような他のゲノムの変異体を分析するために、DNAの多数のサンプルにわたって可能にする。これらのSNPは、ゲノム全体に広がるか、潜在的な発見を最大化するために、特定の領域に標的とすることができる。のInfiniumアッセイは、迅速に、高品質で正確な結果を得るために最適化されている。適切なセットアップを使用すると、単一の技術者は、アレイの種類に応じて、週に1000人以上のDNAサンプルには数百から処理することができます。このアッセイは、ゲノムDNAから開始して、アレイのスキャンで終わる、すべてのステップを使用してユーザーをガイドします。適否レアージュを使用してNTSは、サンプルが増幅され、断片化し、沈殿した再懸濁し、染色された単一の塩基により拡張チップにハイブリダイズされ、のiScanまたはハイスキャン高分解能光学イメージングシステムのいずれかでスキャン。一晩のステップは、DNAを増幅するために必要とされている。 DNAを変性し、等温的に全ゲノム増幅によって増幅され、従って、全くPCRは必要とされない。試料は、第一晩ステップ中にアレイにハイブリダイズされる。 3日目までに、サンプルがスキャンされ、分析される準備ができている。増幅されたDNAは、ビーズアレイ、それにより、スループットを最大化する、毎日を処理することができ、大量に貯蔵されてもよい。

スキャンしながら、適切に処理されたビーズチップは明るく明瞭な赤と緑のレーザー光強度を表示する必要があります。 図6では、のiScanスキャンソフトウェアが正常カスタムパネルのSNPジェノタイピングアレイにハイブリダイズ標準ゲノムDNAサンプルが表示されます。延長および染色工程の間、付着させた標識ヌクレオチドは、2つのレーザの光の下に蛍光を発する。これらのヌクレオチドは、選択的に断片化したDNA鎖にハイブリダイズしたビーズのオリゴヌクレオチド鎖を延長し、オリゴヌクレオチド鎖が変異の部位で終端するように設計されているように、得られた信号の色及び強度は、存在する対立遺伝子を決定するために使用することができるようにSNP部位。 会社から直接得CHIPIDと位置に、サンプルIDと臨床情報と一致するユーザが生成したサンプルシート、およびアレイ固有のSNPマニフェストは、SCAをインポートするために、両方の必要なGenomeStudio解析ソフトウェアへのnner出力ファイル。例のサンプルシートは、同社のウェブサイトに掲載されています。 GenomeStudioプロジェクトが構築されると、遺伝子型はソフトウェアによって自動的に生成された結果の強度クラスタから取得することができます。複数の表示オプションが存在しますが、デフォルトのビュー、NORM-シータ（対立遺伝子の強度比）対ノーム-R（正規化された強度値）は、多くの場合、三つの異なるクラスタを区別するための最も簡単なプロットである。大部分のSNPは、マイナーアレル頻度に応じて、1つ、2つ、または3つのクラスターを示すべきである。 3クラスタは（ 図7を参照）、AA、AB、またはBBの対立遺伝子を実証するサンプルを表す。これらのクラスタは、ソフトウェアの分析ツールバーから「すべてのSNPをクラスタ化」を選択することにより、会社から直接、標準的なクラスタリング位置テンプレートをインポートすることによって、またはクリックして手動でEDI強度プロット上で色付きの円をドラッグしてどちらかの遺伝子型を割り当てることができます<html> T·コール。 （赤、紫、青）強度プロット上のサンプルの色はコール（AA、ABまたはBBのそれぞれ）を示し、黒はコールがないことを示します。ソフトウェアのフルデータペインにリストされているのSNPをスクロールすることにより、各SNPのためのクラスタリングは、表示または呼び出すことができます。クラスタは、満足の呼び出しを割り当てられると、ソフトウェアのフルデータペインには、各々の特定のSNPにおける各々のサンプルのための遺伝子型を示しています。テーブルの上の列の選択オプションは、データ形式を切り替えることができます。 データは、詳細な分析のための分析ツールバーを介して、または直接フルデータテーブルのいずれかからエクスポートできます。 <img alt="図1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1.jpg" width="600px" /> 図1。概要-インフィニウムアッセイプロトコル。683/50683fig1highres.jpg &quot;ターゲット=&quot; _blank &quot;&gt;拡大画像を表示するにはここをクリックしてください。 <img alt="図2" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2.jpg" width="600px" /> 図2。完全Hybをチャンバーベースとマットに加え、蓋[12] <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" target="_blank">拡大画像を表示するには、ここをクリックしてください</a> 。 <img alt="図3" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3.jpg" width="600px" /> 図3ビーズチップのロード-入口ポート上のサンプルを分注[12] <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" target="_blank">で拡大表示するには、ここをクリックしてください</a><html>画像。 <img alt="図4" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4.jpg" width="600px" /> 図4ビーズチップCoversealの削除 - 。コーナーでシールをつかみ、ゆっくりと斜めに剥離[12] <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" target="_blank">拡大画像を表示するには、ここをクリックしてください</a> 。 <img alt="図5" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5.jpg" width="600px" /> 図5。完全なビーズチップフロースルーアセンブリ -ビーズチップは、スペーサを用いてガラススライドから分離し、留め金でバインドされている。&gt;拡大画像を表示するにはここをクリックしてください。 <img alt="図6" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6.jpg" width="600px" /> 図6。成功したビーズチップスキャン - A）ビーズチップの両方赤と緑のレーザーでスキャンされ、スキャンソフトウェアの両方を同時に表示します。強度QCを渡すのセクションでは、左にビーズチップのディスプレイに緑の強調表示されます。強度QCを失敗のセクションでは、ビーズチップのディスプレイに赤くハイライト表示されます。B）のスキャンが完了すると、ソフトウェアは、赤と緑のディスプレイをオーバーレイします。ズームインした画像が表示されます。個々のビーズの色と強度はアレル存在を示している。 <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" target="_blank">拡大画像を表示するには、ここをクリックしてください</a> 。 <p class="jove_content" fo:keep-together.wi薄ページ= &quot;常に&quot;&gt; <img alt="図7" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7.jpg" width="500px" /> 図7。 NORM-θクラスタのプロファイル対SNP NORM-R - AA AB、およびBB遺伝子型、赤、紫、青、B色）のSNPが必要な編集を表す3つの異なるクラスタとA）有効なSNP。ホモ接合ABであるべきミドルクラスタは、国連と呼ば残っている。 BBクラスタが誤ってA-B、C）悪いパフォーマンスのSNPと呼ばれています。明確なクラスターが存在しないように何の遺伝子型は、この強度プロットから得ることができない。 <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" target="_blank">拡大画像を表示するには、ここをクリックしてください</a> 。

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Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

プロトコルは、大規模な遺伝子型決定を行うためにイルミナインフィニウムアッセイを使用することが記載されている。これらのアッセイは、確実に3日間で、個々のDNAサンプルの数百人を越えSNPの何百万人の遺伝子型を決定することができます。一度生成された、これらの遺伝子型は異なる疾患または表現型の様々な関連性をチェックするために使用することができる。

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