Name: large-scale gene knockdown in c. elegans using dsrna feeding libraries to generate robust loss-of-function phenotypes
Uploaded: 2013-09-25T19:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Large-scale Gene Knockdown in C. elegans Using dsRNA Feeding Libraries to Generate Robust Loss-of-function Phenotypes at JoVE.com

Dette arbeidet ble støttet av midler fra National Institutes of Health MH097163. Noen stammer ble gitt av CGC, som er finansiert av NIH Office of Research Infrastructure programmer (P40-OD010440).

Merk: Denne protokollen kan brukes for å identifisere gener som kreves for en rekke biologiske prosesser i forskjellige vevstyper. Som et nødvendig kvalitetskontroll under skjermen, dyr blir matet både positive og negative kontroll dsRNA-uttrykkende bakterier for å demonstrere RNAi effekter i den målrettede vev. Andre publiserte protokoller forings vokse uttrykker dsRNA-bakterier i nærvær av enten 50 ug / ml ampicillin og 25 pg / ml Carbenicillin 8-10. Vi har funne...

<ol>
	<li>Mello, C. C., Conte, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Revealing+the+world+of+RNA+interference.">Revealing the world of RNA interference.</a> Nature. 431 (7006), 338-342 (2004).</li><li>Fire, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Potent+and+specific+genetic+interference+by+double-stranded+RNA+in+Caenorhabditis+elegans.">Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 391 (6669), 806-811 (1998).</li><li>Tabara, H., Grishok, A., Mello, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNAi+in+C.+elegans:+soaking+in+the+genome+sequence.">RNAi in C. elegans: soaking in the genome sequence.</a> Science. 282 (5388), 430-431 (1998).</li><li>Timmons, L., Fire, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Specific+interference+by+ingested+dsRNA.">Specific interference by ingested dsRNA.</a> Nature. 395, 854 (1998).</li><li>Jose, A. M., Smith, J. J., Hunter, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Export+of+RNA+silencing+from+C.+elegans+tissues+does+not+require+the+RNA+channel+SID-1.">Export of RNA silencing from C. elegans tissues does not require the RNA channel SID-1.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. 106, 2283-2288 (2009).</li><li>Kamath, R. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+functional+analysis+of+the+Caenorhabditis+elegans+genome+using+RNAi.">Systematic functional analysis of the Caenorhabditis elegans genome using RNAi.</a> Nature. 421 (6920), 231-237 (2003).</li><li>Rual, J. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+improving+Caenorhabditis+elegans+phenome+mapping+with+an+ORFeome-based+RNAi+library.">Toward improving Caenorhabditis elegans phenome mapping with an ORFeome-based RNAi library.</a> Genome Res. 14, 2162-2168 (2004).</li><li>Simmer, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+RNAi+of+C.+elegans+using+the+hypersensitive+rrf-3+strain+reveals+novel+gene+functions.">Genome-wide RNAi of C. elegans using the hypersensitive rrf-3 strain reveals novel gene functions.</a> PLoS Biol. 1, 77-84 (2003).</li><li>Lee, S. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+systematic+RNAi+screen+identifies+a+critical+role+for+mitochondria+in+C.+elegans+longevity.">A systematic RNAi screen identifies a critical role for mitochondria in C. elegans longevity.</a> Nat. Genet. 33 (1), 40-48 (2003).</li><li>Sieburth, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+analysis+of+genes+required+for+synapse+structure+and+function.">Systematic analysis of genes required for synapse structure and function.</a> Nature. 436 (7050), 510-517 (2005).</li><li>Kamath, R. S., Martinez-Campos, M., Zipperlen, P., Fraser, A. G., Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effectiveness+of+specific+RNA-mediated+interference+through+ingested+double-stranded+RNA+in+Caenorhabditis+elegans.">Effectiveness of specific RNA-mediated interference through ingested double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Genome Biol. 2 (1), (2001).</li><li>Hodgkin, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Karyotype,+ploidy,+and+gene+dosage.">Karyotype, ploidy, and gene dosage.</a> WormBook. , 1-9 (2005).</li><li>Kennedy, S., Wang, D., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+conserved+siRNA-degrading+RNase+negatively+regulates+RNA+interference+in+C.+elegans.">A conserved siRNA-degrading RNase negatively regulates RNA interference in C. elegans.</a> Nature. 427 (6975), 645-649 (2004).</li><li>Wang, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Somatic+misexpression+of+germline+P+granules+and+enhanced+RNA+interference+in+retinoblastoma+pathway+mutants.">Somatic misexpression of germline P granules and enhanced RNA interference in retinoblastoma pathway mutants.</a> Nature. 436 (7050), 593-597 (2005).</li><li>Lackner, M. R., Nurrish, S. J., Kaplan, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Facilitation+of+synaptic+transmission+by+EGL-30+Gqalpha+and+EGL-8+PLCbeta:+DAG+binding+to+UNC-13+is+required+to+stimulate+acetylcholine+release.">Facilitation of synaptic transmission by EGL-30 Gqalpha and EGL-8 PLCbeta: DAG binding to UNC-13 is required to stimulate acetylcholine release.</a> Neuron. 24 (2), 335-346 (1999).</li><li>Bastiani, C. A., Gharib, S., Simon, M. I., Sternberg, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+Galphaq+regulates+egg-laying+behavior+via+a+PLCbeta-independent+and+serotonin-dependent+signaling+pathway+and+likely+functions+both+in+the+nervous+system+and+in+muscle.">Caenorhabditis elegans Galphaq regulates egg-laying behavior via a PLCbeta-independent and serotonin-dependent signaling pathway and likely functions both in the nervous system and in muscle.</a> Genetics. 165 (4), 1805-1822 (2003).</li><li>Lickteig, K. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+neurotransmitter+vesicles+by+the+homeodomain+protein+UNC-4+and+its+transcriptional+corepressor+UNC-37/groucho+in+Caenorhabditis+elegans+cholinergic+motor+neurons.">Regulation of neurotransmitter vesicles by the homeodomain protein UNC-4 and its transcriptional corepressor UNC-37/groucho in Caenorhabditis elegans cholinergic motor neurons.</a> J. Neurosci. 21 (6), 2001-2014 (2001).</li><li>Terami, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+organization,+expression,+and+analysis+of+the+troponin+C+gene+pat-10+of+Caenorhabditis+elegans.">Genomic organization, expression, and analysis of the troponin C gene pat-10 of Caenorhabditis elegans.</a> J Cell Biol. 146 (1), 193-202 (1999).</li><li>Novelli, J., Page, A. P., Hodgkin, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+C+terminus+of+collagen+SQT-3+has+complex+and+essential+functions+in+nematode+collagen+assembly.">The C terminus of collagen SQT-3 has complex and essential functions in nematode collagen assembly.</a> Genetics. 172 (4), 2253-2267 (2006).</li><li>Brundage, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+a+C.+elegans+Gqalpha+gene+disrupt+movement,+egg+laying,+and+viability.">Mutations in a C. elegans Gqalpha gene disrupt movement, egg laying, and viability.</a> Neuron. 16 (5), 999-1009 (1996).</li><li>G&#246;nczy, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+genomic+analysis+of+cell+division+in+C.+elegans+using+RNAi+of+genes+on+chromosome+III.">Functional genomic analysis of cell division in C. elegans using RNAi of genes on chromosome III.</a> Nature. 408 (6810), 331-336 (2000).</li><li>Miller, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=elegans+unc-4+gene+encodes+a+homeodomain+protein+that+determines+the+pattern+of+synaptic+input+to+specific+motor+neurons.">elegans unc-4 gene encodes a homeodomain protein that determines the pattern of synaptic input to specific motor neurons.</a> Nature. 355, 841-845 (1992).</li><li>White, J. G., Southgate, E., Thomson, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+the+Caenorhabditis+elegans+unc-4+gene+alter+the+synaptic+input+to+ventral+cord+motor+neurons.">Mutations in the Caenorhabditis elegans unc-4 gene alter the synaptic input to ventral cord motor neurons.</a> Nature. 355, 838-841 (1992).</li><li>Johnson, N. M., Behm, C. A., Trowell, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heritable+and+inducible+gene+knockdown+in+C.+elegans+using+Wormgate+and+the+ORFeome.">Heritable and inducible gene knockdown in C. elegans using Wormgate and the ORFeome.</a> Gene. 359, 26-34 (2005).</li><li>Wani, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=D1+dopamine+receptor+signaling+is+modulated+by+the+R7+RGS+protein+EAT-16+and+the+R7+binding+protein+RSBP-1+in+Caenoerhabditis+elegans+motor+neurons.">D1 dopamine receptor signaling is modulated by the R7 RGS protein EAT-16 and the R7 binding protein RSBP-1 in Caenoerhabditis elegans motor neurons.</a> PLoS One. 7 (5), e37831 (2012).</li><li>Beifuss, K. K., Gumienny, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNAi+screening+to+identify+postembryonic+phenotypes+in+C.+elegans.">RNAi screening to identify postembryonic phenotypes in C. elegans.</a> J. Vis. Exp. (60), e3442 (2012).</li></ol>

Vi har beskrevet en protokoll som bruker en kommersielt tilgjengelig dsRNA forings biblioteket for å utføre store skjermer i C. elegans. Vi tilbyr alle instruksjonene for å duplisere biblioteket, og å bruke den effektivt. Vi viser at denne metode er i stand til å identifisere gener som er involvert i forskjellige biologiske prosesser i forskjellige vev av dyr. Mens fenotyper vi beskriver her er lett observer (UNC, Egl, og Dpy), kan denne protokollen tilpasses for å søke etter gener som kreves for nesten ...

Historisk genetiske skjermer i C. elegans har vært utført ved å behandle dyr med et kjemisk mutagen slik som etyl-metansulfonat for å skape tilfeldige mutasjoner i DNA. Avkom eller grandprogeny av mutageniserte dyrene blir deretter isolert som utviser en ønsket unormal fenotype. Mutasjonen ansvarlig for forårsaker fenotype er da identifisert gjennom en arbeidskrevende kartlegging prosedyre eller ved sekvensering av mutant orm hele genomet. Det er mange fordeler med å utføre slike kjemisk mutagenese skjermer som de skaper permanent lesjoner innenfor snekke genomet som kan føre til både forsterkningen-av-funksjon og tap-av-funksjon fenotyper, men kartleggingsprosedyren er langsom og kostbar. Dobbel-strandet RNA interferens (dsRNAi) gir en alternativ måte å identifisere gener som er involvert i viktige biologiske prosesser. I denne fremgangsmåten, er dsRNA samsvar den kodende sekvens av et endogent gen som innføres i ormen.Den dsrna er behandlet in vivo for å generere små (21-22 nucleotide) RNA som fungerer som guider for å finne og binde de matchende endogene mRNA, rettet dem til destruksjon en. Denne fremgangsmåten er relativt rask, men fordi dsRNA rettet mRNA i stedet for DNA, blir bare reduksjon-av-funksjon fenotyper observert ved anvendelse av denne tilnærming. Innføring av dsRNAs til et dyr kan oppnås ved direkte injeksjon av dsRNA 2, ved å dyppe dyr i dsRNA 3, eller ved å fore dyr bakterier som uttrykker dsRNA 4.. Hver av disse leveringsmåter gi systemiske knockdown effekter som de fleste cellene i dyret uttrykke SID-en, en transmembrane kanal stand til å importere dsrna fem. Opprinnelig benyttet som en revers genetikk tilnærming til knockdown ekspresjonen av individuelle gener, ett om gangen, utvikling av to mate biblioteker tillater nå store genetiske skjermer. De kommersielt tilgjengelige dsrna biblioteker inneholder bacterial kloner som representerer enten 55% eller 87% av alle C. elegans gener 6, 7. Dessverre, storskala dsRNAi fôring skjermer ofte resultere i variable knockdown effektivitet 8-10. Mens det absolutte nivå av knockdown etter RNAi ikke lett måles, må den reduserte knockdown effektivitet observert i store skjermer være forårsaket av rest gen-spesifikk mRNA som rømmer nedbrytning av RNAi. Dette, i sin tur, kunne være et direkte resultat av dsrna plasmid tap fra bakterier fôret til dyrene i disse skjermene. Støtter denne ideen, dyr matet blandinger av bakterier, hvor bare 50% av bakteriene uttrykke dsRNAs mot en målrettet genet, viser dramatisk redusert (hvis noen) knockdown effekter i forhold til å kontrollere matet dyrene 11. Omfanget av genet knockdown blir en kritisk bekymring når du utfører dsRNAi skjermene som de fleste gener i C. elegans er haplosufficient og dermed genekspresjon må reduseres med minst 50% to føre til tap-av-funksjon fenotyper 12. Vi har brukt tidligere publiserte fôrings protokoller for å utføre store skjermer og fant de samme variable knockdown effekter rapportert av andre 8-10. I et søk etter mulige årsaker, fant vi at nesten 60% av bakteriene matet dyrene i skjermen hadde mistet dsrna plasmid. Vi har utviklet et bibliotek duplisering og screening protokoll som dramatisk reduserer eller eliminerer plasmid tap og forbedrer knockdown effektivitet. Denne protokollen er egnet til å utføre store skjermer i C. elegans, og kan brukes til å screene enten en av de kommersielt tilgjengelige dsRNA-biblioteker. Ved hjelp av denne protokollen, finner vi som i hovedsak 100% av bakteriene matet til dyr under skjermen beholde dsrna-koding plasmid og forårsake robust og svært penetrant tap av funksjon fenotyper i alle vev undersøkt.

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Reagent/Material</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>96-well Falcon flat bottom plate </td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>353072</td>
 <td>sterile</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>adhesive foil</td>
 <td>USA Scientific</td>
 <td>2923-0100</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Nunc omniplate</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>267060</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>2.0 ml deep 96-well polypropylene Masterblock</td>
 <td>USA Scientific</td>
 <td>5678-0285</td>
 <td>autoclavable</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Lids for deep well plates</td>
 <td>USA Scientific</td>
 <td>5665-6101</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>50 ml combitips</td>
 <td>USA Scientific</td>
 <td>4796-5000</td>
 <td>individually wrapped</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Reservoir</td>
 <td>USA Scientific</td>
 <td>2977-8500</td>
 <td>autoclavable</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>12-well plates</td>
 <td>USA Scientific</td>
 <td>CC7682-7512</td>
 <td>individually wrapped</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>dsRNA feeding library</td>
 <td>OpenBiosystems</td>
 <td>RCE1181</td>
 <td>store -80 &deg;C</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ampicillin</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>BP1760-5</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tetracycline</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>BP912-100</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Carbenicillin</td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>allow 2-4 weeks for delivery <a href="http://www.biochemicaldirect.com" target="_blank">www.biochemicaldirect.com</a></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Bacteriolgical Agar Ultrapure grade A </td>
 <td>Affymetrix</td>
 <td>10906</td>
 <td>for worm plates</td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Equipment</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Brayer roller</td>
 <td>USA Scientific</td>
 <td>9127-2940</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Boekel 96-pin replicator</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>05-450-9</td>
 <td>autoclavable</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>microshaker</td>
 <td>Thomas Scientific</td>
 <td>1231A93</td>
 <td>3 mm orbit</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>12 channel multichannel pipet (0.5-10 &mu;l)</td>
 <td>USA Scientific</td>
 <td>7112-0510</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>12 channel multichannel pipet (30-300 &mu;l)</td>
 <td>USA Scientific</td>
 <td>7112-3300</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Repeater Plus manual pipettor</td>
 <td>USA Scientific</td>
 <td>4026-0201</td>
 <td></td>
 </tr>
 </tbody>
 </table>

large-scale gene knockdown in c. elegans using dsrna feeding libraries to generate robust loss-of-function phenotypes

RNA interferens ved fôring ormer bakterier uttrykker dsRNAs har vært et nyttig verktøy for å vurdere gen-funksjon i C. elegans. Selv om denne strategien fungerer godt når et lite antall gener er målrettet for knockdown, storskala fôrings skjermene viser variable knockdown effektivitet, noe som begrenser deres nytte. Vi har motbevist tidligere publiserte RNAi knockdown protokoller og fant at den primære kilden til redusert knockdown kan tilskrives tap av dsrna-koder plasmider fra bakterier matet dyrene. Basert på disse observasjonene, har vi utviklet en dsrna fôring protokoll som reduserer eller eliminerer plasmid tap for å oppnå effektiv, høy gjennomstrømming knockdown. Vi viser at denne protokollen vil produsere robust, reproduserbar knock down av C. elegans gener i flere typer vev, inkludert nerveceller, og vil tillate effektiv knockdown i store skjermer. Denne protokollen bruker en kommersielt tilgjengelig dsrna fôringbibliotek og beskriver alle trinnene som trengs for å kopiere biblioteket og utføre dsrna skjermer. Denne protokoll krever ikke bruk av noen avansert utstyr, og kan derfor utføres av en hvilken som helst C. elegans lab.

P0 knockdown fenotyper vil begynne å dukke opp etter 2-3 dager med fôring dyr dsrna uttrykke bakterier. Noen tidlige fenotyper inkluderer larve arrest og dødelighet og bør observeres i 2-3% av alle fôrings brønner. De samme fenotyper vil også bli observert i F1 generasjon dyr. Tilstedeværelsen av F1 egg som ikke klarer å klekke er en annen vanlig F1 fenotype, og sammen vil disse tre fenotyper bli observert i nesten 10% av alle brønner i F1-skjermer. Vi brukte protokollen beskrevet ...

Watch this Scientific Journal Video about Large-scale Gene Knockdown in C. elegans Using dsRNA Feeding Libraries to Generate Robust Loss-of-function Phenotypes at JoVE.com

Large-scale Gene Knockdown in C. elegans Using dsRNA Feeding Libraries to Generate Robust Loss-of-function Phenotypes

Mens dsrna fôring i C. elegans er et kraftig verktøy for å vurdere gen-funksjon, gjeldende protokoller for storskala fôrings skjermene resultere i variable knockdown effektivitet. Vi beskriver en forbedret protokoll for å utføre storskala RNAi fôring skjermer som resulterer i svært effektiv og reproduserbar knockdown av genuttrykk.

Storskala Gene Knockdown i<em&gt; C. elegans</em&gt; Bruke dsrna Fôrings biblioteker for å generere en solid tap-av-funksjon Fenotyper

RNA interference by feeding worms bacteria expressing dsRNAs has been a useful tool to assess gene function in C. elegans. While this strategy works well ...

Research

JoVE Journal

Biology

Large-scale Gene Knockdown in C. elegans Using dsRNA Feeding Libraries to Generate Robust Loss-of-function Phenotypes

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

Generation of Stable Transgenic C. elegans Using Microinjection

Transgenic Caenorhabditis elegans can be readily created via microinjection of a DNA plasmid solution into the gonad 1.  The plasmid DNA rearranges to ...

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Given their small embryo size, rapid development, transparency, fecundity, and numerous molecular, morphological and physiological similarities to ...

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

RNAi Screening for å identifisere Postembryonic fenotyper i C. elegans</em

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Bruke SecM Arrest sekvens som et verktøy for å isolere ribosom Innbundne polypeptider

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...

Using RNA-mediated Interference Feeding Strategy to Screen for Genes Involved in Body Size Regulation in the Nematode C. elegans

Using RNA-mediated Interference Feeding Strategy to Screen for Genes Involved in Body Size Regulation in the Nematode C. elegans

Bruke RNA-mediert interferens fôringsstrategi til skjerm for gener involvert i Body Size forordning i nematode<em&gt; C. elegans</em

Double-strand RNA-mediated interference (RNAi) is an effective strategy to knock down target gene expression1-3. It has been applied to many model systems ...

C. elegans Chemotaxis Assay

C. elegans Chemotaxis Assay

C. elegans Chemotaxis analysen

Many organisms use chemotaxis to seek out food sources, avoid noxious substances, and find mates.  Caenorhabditis elegans has impressive chemotaxis ...

Antibody Staining in C. Elegans Using &quot;Freeze-Cracking&quot;

Antibody Staining in C. Elegans Using "Freeze-Cracking"

Antistoffarging i<em&gt; C. Elegans</em&gt; Ved hjelp av &quot;Freeze-Cracking&quot;

To stain C.  elegans with antibodies, the relatively impermeable cuticle must be  bypassed by chemical or mechanical methods.  "Freeze-cracking" is one ...

Methods to Assess Subcellular Compartments of Muscle in C. elegans

Methods to Assess Subcellular Compartments of Muscle in C. elegans

Metoder for å vurdere subcellulære avdelinger av muskel i<em&gt; C. elegans</em

Muscle is a dynamic tissue that responds to changes in nutrition, exercise, and disease state. The loss of muscle mass and function with disease and age ...