Name: microarray-based identification of individual herv loci expression: application to biomarker discovery in prostate cancer
Uploaded: 2013-11-02T17:45:00
Duration: 13 min 19 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Microarray-based Identification of Individual HERV Loci Expression: Application to Biomarker Discovery in Prostate Cancer at JoVE.com

نشكر سيسيل Montgiraud، جولييت جيمينيز، مجلي جايار وبرتراند بوناود عن مساهمتها في التطوير الأولي وتعظيم الاستفادة من بروتوكول هيرفي-V2. ونود أيضا أن نشكر هادر Haidous لقيادته على الاعتبارات الأخلاقية.

وأيد هذا العمل من قبل BIOMERIEUX SA، والتكايا CIVILS دي ليون وكالة OSEO العام الفرنسي (متقدمة التشخيص لنهج جديد العلاجية، وهو برنامج تموله الحكومة الفرنسية مخصصة للطب شخصية). PP، VC، GO، NM، وزير الخارجية والعاملين في BIOMERIEUX SA. قدمت PP، NM وFM طلبات براءات الاختراع التي تغطي نتائج هذه الورقة.

على مدى السنوات ال 10 الماضية، فإن معظم المحاولات لقياس هيرفي التعبير استخدمت تقنيات RT-PCR إما التركيز على مكان معين أو 20-24 على أساس الحفاظ النسبي للجينات بول لتقييم الاتجاهات العامة داخل هيرفي أجناس 25،26 . بالإضافة إلى ذلك، التكبير PCR باستخدام بادئات تدهورت للغاية إلى جانب ميكروأرس منخفض الكثافة تهدف إلى كشف وتحديد التعبير عن الأسر هيرفي 27،28. من أجل اقتفاء أثر التعبير عن موضع الفرد داخل الأسرة، على أساس نهج التضخيم PCR من مناطق الحفظ جنبا إلى جنب مع الاستنساخ والتسلسل اللاحق تمكين العناصر المتميزة النشطة transcriptionally من HML-2 أو 29،30 هيرفي-E4.1 31 عائلة ل يتم التعرف عليها. تنتهي أيضا عن طريق الاستنساخ وتسلسل الخطوات، الجينوم تكرار تقنية الرصد التعبير تهدف إلى تحديد المروجين بين يكرر حددت HML-2 لتر الانفرادي الإنسان محددة نشط <sup&gt; 32،33. وضعنا على التوالي جيلين من ميكروأرس عالية الكثافة المخصصة لتحليل Transcriptome على هيرفي، وإدخال منهجيات مناسبة لتكرار تصميم عنصر التحقيق من أجل تقليل التفاعلات المتبادلة بين العناصر paralogous داخل الأسرة 34،35. رقاقة هيرفي-V2 الذي يستهدف 2،690 proviruses متميزة و2،883 لترا منفردا من هيرفي-W، هيرفي-H، هيرفي-E 4.1، هيرفي-FRD، هيرفي-K HML-2-K وهيرفي HML-5 عائلات، كشف التعبير عن 1،718 هيرفي مواضع (أرقام 7A وباء) في مجموعة واسعة من أنسجة 35، ويتضح في هذه الورقة عن طريق تحديد المؤشرات الحيوية المفترضة البروستاتا السرطانية. بالإضافة إلى ذلك، استخدام probesets متعددة على مكان معين هو بالمعلومات عن تنظيم النسخي لها. الأولى، وهي إشارة سلبية U3 بالتزامن مع واحدة إيجابية U5 يصنف LTR كمشجع، وربما يعكس إشارات سلبية على العكس U3 إيجابية وU5 دورا تذييل بعديد الأدينيلات. وبالتالي فإننا طdentified 326 لترا المروج في مجموعة واسعة من أنسجة 35، وبناء على هذه المعلومات شيئين U3-U5 التي تقدمها مجموعة، اقترحنا وأكد تجريبيا لبعض حالات مختارة أن هذه النسخ الحكم الذاتي والسيطرة عليها من قبل مثيلة عملية جينية تعتمد 34 (الشكل 8). الثانية، والكشف عن إشارات من مثل LTR، هفوة والحياة الفطرية probesets مستقلة أو صدر من تحقيقات تستهدف تقاطع لصق محددة بالمعلومات حول استراتيجية الربط proviral، كما يتضح من البيانات الشخصية ERVWE1/Syncytin1 التعبير في المشيمة أو في الخصية الورم 34. هذا يشير إلى أن عملية اختيار هيرفي التحقيق المحددة هي قوية بما يكفي لدعم تحديد استراتيجية الربط المرتبطة الأنسجة، وبكفاءة كما لجينات التقليدية 36 (الشكل 8). هذا الأسلوب هو أول محاولة لتحديد مكان التعبير بشكل فردي هيرفيباستخدام ميكروأري عالية الكثافة المخصصة القائمة على التكنولوجيا [أفمتريإكس]. مزايا محددة بوضوح من تنسيق ميكروأري فك Transcriptome على هيرفي تتكون من (ط) استكشاف منسقة من عدة عائلات هيرفي و (ب) تحليل في وقت واحد ومستقل من المناطق المختلفة لكل مكان، على سبيل المثال. U3 وU5 المجالات لمنفردا وترا proviral والمناطق هفوة أو الحياة الفطرية وتقاطعات ممكن تقسم الهياكل المرتبطة proviral، دون أي بداهة على وظيفة من العنصر هيرفي. آفاق تعتمد على حدوث تحسن من الشروح في أدوات biocomputing المرتبطة ميكروأري. هذا ينبغي أن يسمح احد لتحويل الإشارات رقاقة في الفرضيات البيولوجية مثل ما إذا HERVs نشطة يتضح دفع lncRNA النسخ أو تعدل أكثر أو أقل الداني الترميز التعبير الجيني. في الواقع، ويدعم هذه الفرضية من خلال الدراسات الحديثة أن حددت البروستاتا المرتبطة بالسرطان النصوص ncRNA تحتوي على مكونات الخامسORFS iral من عائلة هيرفي-K الذاتية الارتجاعي أو أجزاء من منطقة المروج الفيروسية LTR 37، فضلا عن اثنين من الأحداث الانصهار الجين وهي هيرفي-K22q11-ETV1 وهيرفي-K17-ETV 38،39. أخذت معا، فإن هذا النهج Transcriptome على كله جنبا إلى جنب مع وظيفة LTR والتعرف استراتيجية الربط قد تساعد على فك علامة مقابل مكونات الزناد من هيرفي التعبير في المزمنة والأمراض المعدية 40،41 42،43.

وتنتشر الفيروسات القهقرية داخلية المنشأ الإنسان (وتسمى أيضا HERVs) في جميع أنحاء الجينوم لدينا. أنها تنشأ من الالتهابات الأجداد ومستقلة داخل الخط الجرثومية، تليها عمليات نشر النسخ واللصق ويؤدي إلى الأسر multicopy. اليوم، فإنها ليست أكثر المعدية ولكنها تحتل 8٪ من الجينوم البشري؛ كنقطة المقارنة، الإكسونات تمتد 2٪ من الجينوم البشري. وأظهرت بيانات من مشروع ترميز نشرت في عام 2012 أن أنواع RNA مختلفة تغطي حوالي 62٪ من الجينوم، بما في ذلك الثلث في المناطق بين الجينات. وعلاوة على ذلك، يبدو أن كمية الزخارف التنظيمية النسخي هو 4.5X على الأقل أعلى من واحد المقابلة لالإكسونات الترميز البروتين. يكرر HERVs محطة الطويلة (LTR) تمثل مجموعة واسعة من العناصر التنظيمية النسخي المحتملة، كما هو وظيفتها المعتادة في الفيروسات القهقرية المعدية. تاريخيا، باستثناء عدد قليل من مواضع أعرب في المشيمة أو الخصية، وكان يعتقد عموما أن هيرفي صامتون بسبب الجيش الشعبيتنظيم igenetic. لذلك، قمنا بتصميم ميكروأري عالية الكثافة، في شكل [أفمتريإكس]، والتي تهدف إلى تميز الفرد على النحو الأمثل التعبير هيرفي مواضع، من أجل فهم أفضل سواء كانت نشطة، وإذا كانت قيادة lncRNA النسخ أو تعدل الترميز التعبير الجيني. هذه الأداة يطلق عليها اسم هيرفي-V2 GeneChip يدمج 23583 probesets هيرفي ويمكن تمييز عناصر 5،573 هيرفي متميزة تتألف من ترا منفردا وكذلك proviruses الكاملة والجزئية (الشكل 2). التشخيص، والتقييم، والخطة: ويستند تشخيص سرطان البروستاتا على جرعة من مستضد البروستات المعين (بي إس) العلامات البيولوجية في المختبرات السريرية، وفحص المستقيم الرقمية لتقييم التعديلات الشكلية البروستاتا وأخيرا خزعات البروستاتا لوحظ من قبل الطبيب الشرعي. عدم وجود خصوصية وحساسية كافية بين المؤشرات الحيوية سرطان التقليدية، مثل دعم البرامج والإدارة للكشف عن سرطان البروستاتا، فقد تم الاعتراف على نطاق واسع بالعربيةثالثا عدة عقود من الآثار السريرية 1. في البداية، اقترح PSA لتشخيص وعلاج غدية في البروستاتا 11. كان الأخير المقترحة لفحص سرطان ورصد تطور هذا المرض 12. ومع ذلك، لا يزال هناك السؤال الذي يطرح بانتظام: &#39;كيفية استخدام PSA&#39;. (ط) المنطقة الرمادية المقابلة لتركيز في مصل الدم من 2،5 حتي 10 نانوغرام / مل لا تسمح لفرق واضح إلى أن يتم بين السرطان وnoncancer 2، (ب) دراستين فوج كبير الالتحاق مئات الآلاف من الناس في أوروبا و الولايات المتحدة الأمريكية فشلت في التوصل إلى استنتاج واضح حول جدوى الفحص من حيث الوفيات الناجمة عن مرض معين 13،14، (ج) تحليل PSA المعلمات الحركية بعد الجراحة مثل إزالة PSA، PSA السرعة ومضاعفة الوقت، على الرغم بسيطة من الناحية النظرية، يمكن أن تشكل تحديات كبيرة في عملية 3،4 التطبيق. ونحن قد نتوقع أن في السنوات المقبلة، العلامات البيولوجية التطبيقسوف lications دعم خيار السريرية بين الانتظار الساهرة وأكثر أو أقل عدوانية العلاجات اعتمادا على النمط الظاهري الورم. بشأن التشخيص المقدمة من قبل الطبيب الشرعي، وهو عامل يحد من أول يأتي من 20٪ التشخيص سلبية كاذبة في خزعات البروستاتا (وغاب عن العديد من أنواع السرطان بأخذ عينات). ومصدر القلق الثاني يتعامل مع الحاجة لإجراء خزعة الإضافية التالية واحد سلبي، والتي قد تعرض آثار ضارة. استئصال البروستاتا تعد حاليا واحدة من العلاجات القياسية لسرطان البروستاتا. يقترح في المرضى الأصحاء، والشيخوخة 45-65 سنة، لا سيما في حالة أنماط عدوانية (جليسون 7-10)، الورم متعدد البؤر أو ورم واضح. يتم ذلك الآن في قسمنا استخدام الجراحة الروبوتية بمساعدة. بسبب أدلة متزايدة على أن الواسمات الجزيئية سيكون لها أهمية قصوى في السنوات المقبلة، قررنا أن يقترح على جميع مرضانا إمكانية المشاركة في برنامج لالبروستاتاالمصرفية الأنسجة. بتعبير أدق، أدت برامج البحوث الجزيئية التوسع في سرطان البروستاتا في مطلب زيادة للوصول إلى جودة عالية أنسجة الورم الطازجة من العينات استئصال البروستاتا. هذا البحث، ولا سيما النهج الجيني، مطلوب عينات واسعة من نوعية عالية DNA / RNA. وهناك حاجة إلى الورم و &#39;غير الورم&#39; الأنسجة المجاورة من نفس المريض. وقد صممت للتعامل مع توصيات ومعالجة جراحات استئصال البروستاتا للحفاظ على ميزات المرضية التي تحدد المرحلة والوضع الهامش ومزيد من العلاج والتشخيص وبالتالي المحتملة. أي طريقة جديدة أخذ عينات الأنسجة، وبالتالي، لا ينبغي التنازل التقييمات المرضية اللاحقة من أجل أن تكون مقبولة من التشخيص. تشريح العيانية البروستات أمر صعب ويحتاج إلى عناية كبيرة لدفعها إلى الهامش والأنسجة غزو المحفظة: ينبغي إجراء أي تشريح للأعمال المصرفية البروستاتا دائما من قبل المدربين uropathologist وفقا لتوافقد البروتوكول. لجنة أخلاقيات كلية الطب والمجلس الطبي الدولة وافق على هذه التحقيقات وأبلغت تم الحصول على الموافقة لجميع المرضى المدرجة في أنسجة البروستاتا المصرفي.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="717">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">Trizol</td>
			<td style="width:92px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:137px;">15596-026</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">RNA poly-A control stock</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">900433</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">DNAse 1</td>
			<td style="width:92px;">Promega</td>
			<td style="width:137px;">M6101</td>
			<td style="width:295px;">1,000 U (1 U/&#181;l)</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:195px;">Terminal transferase</td>
			<td style="width:92px;">Roche</td>
			<td style="width:137px;">3333574001</td>
			<td style="width:295px;">400 U. Including enzyme and coenzyme (CoCl2).</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">DLR-1a</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">900542</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="85">
			<td height="85" style="height:85px;width:195px;">Hybridization internal controls B2 and 20x Eukaryotic Hybridization Control</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">900454</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="64">
			<td height="64" style="height:64px;width:195px;">GeneChip Hybridization, Wash and staining</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">900720</td>
			<td style="width:295px;">Including PreHybridization Mix and 2x Hybridization Mix for 30 reactions</td>
		</tr>
		<tr height="106">
			<td height="106" style="height:106px;width:195px;">10x One-Phor-All Buffer PLUS</td>
			<td style="width:92px;"></td>
			<td style="width:137px;"></td>
			<td style="width:295px;">Composition in DEPC-treated water: 100 mM Tris-acetate pH 7.5; 100 mM magnesium acetate; 500 mM potassium acetate.</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">RNeasy Mini kit</td>
			<td style="width:92px;">Qiagen</td>
			<td style="width:137px;">74104</td>
			<td style="width:295px;">RNA cleanup protocol</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:195px;">WT-Ovation RNA amplification system</td>
			<td style="width:92px;">Nugen</td>
			<td style="width:137px;">2210-24</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">QIAquik PCR purification kit</td>
			<td style="width:92px;">Qiagen</td>
			<td style="width:137px;">28104</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">EQUIPMENT</td>
			<td style="width:92px;"></td>
			<td style="width:137px;"></td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">Material Name</td>
			<td style="width:92px;">Company</td>
			<td style="width:137px;">Catalogue Number</td>
			<td style="width:295px;">Comments</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:195px;">Nanodrop 1000</td>
			<td style="width:92px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:137px;"></td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">GeneChip Scanner 3000 7G</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">GS30007G</td>
			<td style="width:295px;">Optional: autoloader</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:195px;">GeneChip Fluidics Station 450</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">FS450</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:195px;">GeneChip Hybridization 640 Oven</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">640</td>
			<td style="width:295px;">Includes 4 GeneChip Probe array carriers</td>
		</tr>
		<tr height="127">
			<td height="127" style="height:127px;width:195px;">Workstation loaded with GeneChip Operating Software (GCOS) including the GeneChip Scanner 3000 High-Resolution Scanning Patch</td>
			<td style="width:92px;"></td>
			<td style="width:137px;"></td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="232">
			<td height="232" style="height:232px;width:195px;">HERV-V2 chip</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;"></td>
			<td style="width:295px;">Custom array. 
			For microarray availability (for research use only), please contact: 
			Fran&#231;ois Mallet 
			Laboratoire Commun de Recherche Hospices Civils de Lyon-bioM&#233;rieux 
			Medical Diagnostic Discovery Department 
			Centre Hospitalier Lyon Sud, B&#226;timent 3F 
			69495, Pierre B&#233;nite cedex France 
			Phone: 33 (0)4 72 67 87 85 
			Email: francois.mallet@biomerieux.com</td>
		</tr>
		<tr height="717">
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>HERV-V2 conception 
			Dedicated database and annotations 
			 
			The construction of a dedicated database, grouping genomic HERV sequences belonging to 6 HERV families, has been achieved by the following procedure: (i) the most complete and representative sequence of each HERV family was selected from the literature and defined as a prototype sequence (Figure 2). (ii) The 6 prototypes were functionally annotated with reference to their LTR (U3/R/U5) and internal parts (gag/pol/env). (iii) RepeatMasker 44 was then applied using these functional sequences as input libraries. A genome-wide search of all related sequences was performed over the human genome on the basis of a minimum 80% homology (NCBI 36/hg18). (iv) Finally, the functional sequences retrieved by this process were assembled into distinct loci on the basis of their genomic location and eventually implemented in a dedicated HERV database. This database, called HERV-gDB3, contains 10,035 individual HERV loci35. 
			 
			Locus-specific probes design 
			Starting from HERV-gDB3, overlapping tracks of 25-mer candidate probes were firstly generated. Each candidate probe was then aligned against the human genome using KASH 45 in order to assess the cross-hybridization potentialities. This latter estimation was performed by a model developed specifically for this purpose and referred to as EDA+. Briefly, the principle of EDA+ is to take into account the instability brought by mismatches and gaps in a 25-mer target/probe hybridization complex. Candidate probes exhibiting low cross-hybridization risks (i.e. a low number of non-specific genomic targets) are selected and lastly assembled into probesets. 
			 
			Custom HERV GeneChip microarray 
			The custom HERV GeneChip integrates 23,583 HERV probesets and can discriminate 5,573 distinct HERV elements, composed of solo LTRs, complete and partial proviruses (Figure 2). The standard Affymetrix control probes for unbiased amplification and hybridization were also included in the microarray.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

microarray-based identification of individual herv loci expression: application to biomarker discovery in prostate cancer

مستضد البروستات محددة (PSA) هو التشخيص الرئيسي العلامات البيولوجية لسرطان البروستاتا في الاستخدام السريري، ولكنه يفتقر إلى الدقة والحساسية، وبخاصة في القيم جرعة منخفضة 1. &quot;كيفية استخدام PSA &#39;يبقى العدد الحالي، إما للتشخيص كمنطقة رمادي المقابلة لتركيز في مصل الدم من 2،5 حتي 10 نانوغرام / مل الذي لا يسمح تمايز واضح ليكون بين السرطان وnoncancer 2 أو متابعة المريض المتابعة عن تحليل PSA بعد الجراحة يمكن أن المعلمات الحركية تشكل تحديات كبيرة لتطبيقها العملي 3،4. بدلا من ذلك، غير المكودة الرنا (ncRNAs) آخذة في الظهور كما الجزيئات الرئيسية في سرطان الإنسان، مع احتمال أن تكون علامات الرواية اعتبارا من المرض، مثل سرطان البروستاتا PCA3 في 5،6 والكشف عن جوانب uncharacterized البيولوجيا الورم. علاوة على ذلك، أظهرت بيانات من مشروع ترميز نشرت في عام 2012 أن أنواع RNA مختلفة تغطي حوالي 62٪ من جنراللى بعد. ويبدو أيضا أن كمية الزخارف التنظيمية النسخي هو 4.5X على الأقل أعلى من واحد المقابلة لالإكسونات الترميز البروتين. وبالتالي، يكرر محطة الطويلة (لترا) من الفيروسات القهقرية داخلية المنشأ البشرية (HERVs) تشكل مجموعة واسعة من المفترضة / مرشح متواليات التنظيمية النسخي، كما هو وظيفتها الأساسية في الفيروسات القهقرية المعدية. HERVs، والتي تنتشر في جميع أنحاء الجينوم البشري، تنشأ من الالتهابات الأجداد ومستقلة داخل الخط الجرثومية، تليها عمليات نشر النسخ واللصق ويؤدي إلى multicopy أسر الاحتلال 8٪ من الجينوم البشري (لاحظ أن تمتد الإكسونات 2٪ من الجينوم لدينا ). بعض مواضع هيرفي يزال التعبير عن البروتينات التي ارتبطت مع العديد من الأمراض بما في ذلك السرطان 7-10. لقد قمنا بتصميم ميكروأري عالية الكثافة، في شكل [أفمتريإكس]، والتي تهدف إلى تميز الفرد على النحو الأمثل التعبير هيرفي مواضع، من أجل فهم أفضل لما إذا كان يمكن أن تكون نشطة، وإذا كانت قيادة ncRNA النسخ أو مodulate الترميز التعبير الجيني. وقد تم تطبيق هذه الأداة في مجال سرطان البروستاتا (الشكل 1).

قيمة الدراسات transcriptomic يكمن أساسا في نوعية المواد البيولوجية ابتداء. إذا تم إجراء استخراج الحمض النووي الريبي في الظروف المثلى، والنزاهة عدد الحمض النووي الريبي (رين) هو عادة 7 أو أكبر (الشكل 4A). الحاجة لهجن 2 ميكروغرام من [كدنا] على رقاقة [أفمتريإكس] هيرفي-V2 يعني استخدام عملية التضخيم. خطوة ناجحة التضخيم يؤدي إلى توزيع على شكل جرس (الشكل 4B). ثم، يتم تنفيذ DNAse1 تجزئة من أجل التجانس وتوزيع حجم كدنا] حوالي 100 النيوكليوتيدات قبل التهجين (الشكل 4C). بعد التهجين والمسح الضوئي (الشكل 4D)، والفحص البصري للصورة تمكن واحد لمعرفة ما اذا كان يتم محاذاة الشبكة بشكل جيد لالبقع (الشكل 4E) وإذا الضوابط التهجين تتسق (الشكل 4F). هذه الخطوة هي مفيدة أيضا من أجل استبعاد ميكروأرس التي فقاعات الهواء أو أخطاء<html> وقع أثناء التجربة. مرة واحدة لقد مرت رقائق QC (الشكل 5)، وبعد التطبيع، قاد التحليل الإحصائي من 5 مباريات الزوج الورم وعينات الحمض النووي الريبي البروستاتا العادية من مستشفى ليون الجنوب إلى تحديد 207 probesets هيرفي مع القيم التعبير التفاضلي (p.val &lt;0.05) (الشكل 6A). لدعم هذه السجلات والحصول على معلومات البروستات محددة، تم إضافة 35 مباراة إضافية عينات الزوج (القولون والمبيض والخصية والثدي والرئة والبروستاتا) لتحليل وإجراء SAM-روزفلت (FDR = 20٪) التي تم تحديدها في نهاية المطاف 44 البروستاتا probesets هيرفي محددة. فيما بينها، ووصف 10 هياكل هيرفي الأكثر أهمية (الشكل 6B). وسوف تكون هناك حاجة لمزيد من الدراسات السريرية تقييم قيم حساسية وخصوصية هذه المؤشرات الحيوية مرشح. pload/50713/50713fig1.jpg &quot;العرض =&quot; 500px &quot;/&gt; الشكل 1 مخطط الإجراء العام من العيادة (1: استئصال البروستاتا من قبل الطبيب وإعداد الأنسجة من قبل الطبيب الشرعي) على مقاعد البدلاء (2-6: إعداد العينات، وإعداد الهدف، وتجهيز ميكروأري) مما يؤدي إلى تحديد المؤشرات الحيوية مرشح (7: تحليل biocomputing من ميكروأرس هيرفي). وصفت الأحماض النووية المستمدة من الأنسجة الطبيعية في البرتقال؛ تتكون الأحماض النووية المستمدة من منطقة الورم من خليط من الطبيعي (البرتقال) والورم محددة (أسود) الأحماض النووية. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig1highres.jpg" target="_blank">اضغط هنا لمشاهدة صورة بشكل اكبر</a> . <img alt="الرقم 2" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig2.jpg" width="500px" /> . الرقم 2 دنس ومضمون رقاقة هيرفي-V2: تسلسل هيرفياستردادها من الجينوم البشري يتم تخزينها في قاعدة بيانات تسمى هيرفي-gDB3، ثم تحقيقات مرشح 25 مير تمر من خلال إجراء النمذجة التهجين مخصصة (EDA +) قبل أن يتم تجميعها في النهاية على مجموعة (وصفت الناتجة استهدفت مناطق فرعية لكل العائلة). <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig2highres.jpg" target="_blank">اضغط هنا لمشاهدة صورة بشكل اكبر</a> . <img alt="الرقم 3" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig3.jpg" width="500px" /> الرقم 3. معالجة البروستاتا من قبل الطبيب الشرعي. (A) يتم نقل جذرية الطازجة استئصال البروستاتا العينة إلى المختبر. (BC) اتسخت البروستاتا (الأخضر على الجانب الأيمن والأسود على الجانب الأيسر). (D) المقطع العرضي كبيرة من الغدة على الجانب الخلفي. (E) ترك هامش سليمة، PIECيتم تشريح فاق الأنسجة من مناطق مختلفة من غدة البروستاتا. يتم وضعها (F) النوى من الأنسجة في أنبوب إيبندورف. (G) ويستخدم خيط خياطة لإغلاق البروستاتا ومنع تشويه الغدة وتعطيل الحد الأدنى من هامش الجراحية. ثم، واستئصال البروستاتا الجذري العينة مستعدة لتحديد في الفورمالين وفقا للإجراءات المعتادة للتحليل النسيجي. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig3highres.jpg" target="_blank">اضغط هنا لمشاهدة صورة بشكل اكبر</a> . <img alt="الرقم 4" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig4.jpg" width="500px" /> ضوابط الشكل 4. جودة إعداد الحمض النووي والكفاءة التهجين. (A) سلامة الحمض النووي الريبي، (B) [كدنا] تضخيم الأهداف و(C) أهداف مجزأة المستخدمة في مرحلة التهجين. الESE تم الحصول على ثلاثة ضوابط الجودة مع Bioanalyzer باستخدام الحمض النووي الريبي رقائق نانو والفحص يوكاريوت نانو دوري الدرجة الثانية. (D) وعموما صورة من هيرفي-V2 منطقة ميكروأري التهجين بعد المسح، (E) توسيع الزاوية اليسرى العليا تبين الضوابط محاذاة الشبكة و(F) توسيع منطقة مركز تظهر اكتشاف الضوابط التهجين. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig4highres.jpg" target="_blank">اضغط هنا لمشاهدة صورة بشكل اكبر</a> . <img alt="الرقم 5" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig5.jpg" width="500px" /> الرقم 5. معالجة الإشارات. (A) [أفمتريإكس] بوليا ارتفاع في الضوابط التضخيم. في بوليا تسيطر داب، الثريونين، الفنيل ألانين واليس النصوص من B. وارتفعت الجينات الرقيقة في عينة الحمض النووي الريبي، وتعمل على تقييم النجاح الشامل<html> من الخطوات إعداد الهدف. يجب أن يتم الكشف عن كثافة في خفض القيم بين هذه الضوابط لضمان ارتفاع في أنه لا يوجد تحيز خلال التضخيم WT-الحفاوة بين العالية والمنخفضة الجينات التي أعرب عنها. (ب) [أفمتريإكس] ارتفاع في الضوابط التهجين. هذه الأهداف معزولة عن E. وارتفعت القولونية والبكتيريا P1 قبل الإجراء وضع العلامات. زيادة القيم من BioB، ك ح، BIOD وتشير لجنة المساواة العرقية النجاح الشامل من التهجين. (C) توزيع كثافة الإشارات رقاقة بعد التطبيع الجيش الملكي المغربي. معظم probesets إشارات المعرض مع القيم أقل من 2 6 (الخلفية)، مما يشير إلى أن التعبير عموما يقتصر أساسا إلى بعض مواضع هيرفي محددة. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig5highres.jpg" target="_blank">اضغط هنا لمشاهدة صورة بشكل اكبر</a> . ftp_upload/50713/50713fig6.jpg &quot;العرض =&quot; 500px &quot;/&gt; الرقم 6. تحليل البيانات. (أ) تحليل المجموعات الهرمية العينات العادية والورم. تم تطبيق تقسيم المجموعات إلى القيم التعبير تطبيع باستخدام الخوارزمية الإقليدية وظيفة عن بعد، وتضم probesets إلى ما يصل (الحمراء) - وهبوطا (الازرق) التنظيم بين عينات العادية والورم. (B) اختيار من أعلى هياكل هيرفي 10 التعرف على العلامات البيولوجية مرشح من سرطان البروستاتا. لكل عنصر هيرفي، والأسرة هيرفي ذات الصلة، يتم إعطاء الإحداثيات الجيني (NCBI 36/hg18) وصفا موجزا للهيكل هيرفي. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig6highres.jpg" target="_blank">اضغط هنا لمشاهدة صورة بشكل اكبر</a> . <img alt="الرقم 7" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig7.jpg" width="500px" /> الرقم 7. </strong&gt; وذخيرة هيرفي (أ) وضع تسلسل للجينوم البشري كشفت 25،000 الجينات ترميز البروتين (الإكسونات، 2٪) وكمية كبيرة من العناصر القابلة للنقل بما في ذلك 200،000 تكرار محطة الطويلة (LTR) retrotransposons (هيرفي، 8٪). (ب) استقراء من محتوى رقاقة هيرفي-V2 والبيانات المرتبطة التعبير (79 عينات منشؤها من 8 العادي مقابل أنواع الأنسجة الورم) تشير إلى أن ثلث ذخيرة هيرفي نشطة transcriptionally. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig7highres.jpg" target="_blank">اضغط هنا لمشاهدة صورة بشكل اكبر</a> . <img alt="الرقم 8" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig8.jpg" width="500px" /> الرقم 8. التفسير الوظيفي للإشارات من الرقاقة. (أ) تحديد ومراقبة المروج جينية: U3 إشارة سلبية (المسبار الحمراء، 5&#39;LTR) مقابل R-U5 إشارة إيجابية (الأزرق التحقيق، 5&#39;LTR) تشير يحركها U3 النسخ، بدعم من مثيلة الدليل السياسي الشامل مختلفة (الدوائر السوداء الصلبة) محتوى U3 في peritumoral العادي مقابل أنسجة الورم. يتم التعرف على المفترضة 3.1 كيلو بايت مغلف ترميز أعرب مرنا حصرا في الورم باستخدام SD1/SA2 لصق تقاطع تداخل التحقيق: (B) استراتيجية الربط. * استخلاصه من قبل مقارنة مع الأنسجة غير المشيمة الأخرى. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig8highres.jpg" target="_blank">اضغط هنا لمشاهدة صورة بشكل اكبر</a> .

Watch this Scientific Journal Video about Microarray-based Identification of Individual HERV Loci Expression: Application to Biomarker Discovery in Prostate Cancer at JoVE.com

Microarray-based Identification of Individual HERV Loci Expression: Application to Biomarker Discovery in Prostate Cancer

الفيروسات القهقرية داخلية المنشأ البشرية (هيرفي)، التي تحتل 8٪ من الجينوم البشري، في الحفاظ على قدرات الترميز النادرة ولكن مائة ألف يكرر محطة الطويلة (لترا). تم تصميم مخصص [أفمتريإكس] ميكروأري لتحديد الفرد التعبير هيرفي مكان، وكان يستخدم على الأنسجة سرطان البروستاتا كدليل على مفهوم للدراسات السريرية في المستقبل.

تحديد القائمة على ميكروأري من الفردية هيرفي الامكنه التعبير: التطبيق على العلامات البيولوجية ديسكفري في سرطان البروستاتا

The prostate-specific antigen (PSA) is the main diagnostic biomarker for prostate cancer in clinical use, but it lacks specificity and sensitivity, ...

Research

JoVE Journal

Medicine

Evaluation of Nanoparticle Uptake in Tumors in Real Time Using Intravital Imaging

تقييم امتصاص الجسيمات النانوية في الأورام في الوقت الحقيقي باستخدام التصوير Intravital

Current technologies for tumor imaging, such as ultrasound, MRI, PET and CT, are unable to yield high-resolution images for the assessment of nanoparticle ...

The Use of Reverse Phase Protein Arrays (RPPA) to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

استخدام البروتين عكس صالحة المرحلة (RPPA) لاستكشاف البروتين في التعبير التغير فردية سرطان الخلايا الكلوية

Currently there is no curative treatment for metastatic clear cell renal cell cancer, the commonest variant of the disease. A key factor in this treatment ...

A Novel High-resolution In vivo Imaging Technique to Study the Dynamic Response of Intracranial Structures to Tumor Growth and Therapeutics

A Novel High-resolution In vivo Imaging Technique to Study the Dynamic Response of Intracranial Structures to Tumor Growth and Therapeutics

رواية عالية الدقة<em&gt; في الجسم الحي</em&gt; تقنية التصوير لدراسة الاستجابة الديناميكية للمنشآت داخل القحف لنمو الورم والتداوي

We have successfully integrated previously established Intracranial window (ICW) technology 1-4 with intravital 2-photon confocal microscopy to develop a ...

An Orthotopic Murine Model of Human Prostate Cancer Metastasis

على الفئران نموذج مثلي من سرطان البروستاتا البشرية الانبثاث

Our laboratory has developed a novel orthotopic implantation model of  human prostate cancer (PCa). As PCa death is not due to the primary tumor, but  ...

Isolation of Cancer Stem Cells From Human Prostate Cancer Samples

عزل الخلايا الجذعية للسرطان من العينات البشرية سرطان البروستاتا

The cancer stem cell (CSC) model has been considerably revisited over the last two decades. During this time CSCs have been identified and directly ...

miRNA Expression Analyses in Prostate Cancer Clinical Tissues

ميرنا تحليلات التعبير في سرطان البروستاتا الأنسجة السريرية

A critical challenge in prostate cancer (PCa) clinical management is posed by the inadequacy of currently used biomarkers for disease screening, ...

Generation of Prostate Cancer Patient Derived Xenograft Models from Circulating Tumor Cells

جيل من سرطان البروستاتا المريض المشتقة نماذج طعم أجنبي من تعميم الخلايا السرطانية

Patient derived xenograft (PDX) models are gaining popularity in cancer research and are used for preclinical drug evaluation, biomarker identification, ...

Clinicopathological Analysis of miRNA Expression in Breast Cancer Tissues by Using miRNA In Situ Hybridization

Clinicopathological Analysis of miRNA Expression in Breast Cancer Tissues by Using miRNA In Situ Hybridization

تحليل إكلينيكية من ميرنا التعبير في سرطان الثدي الأنسجة باستخدام ميرنا<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين

In this article, we describe a detailed protocol for miRNA detection in breast cancer tissue using in situ hybridization with a digoxigenin-labelled LNA ...

Pre-clinical Orthotopic Murine Model of Human Prostate Cancer

ما قبل السريرية مثلي فأري موديل سرطان البروستاتا البشرية

To study the multifaceted biology of prostate cancer, pre-clinical in vivo models offer a range of options to uncover critical biological information ...

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose (MED) Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose MED Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

الدقة تنفيذ الحد الأدنى من جرعه حمامي (MED) اختبار لتقييم الاختلاف الفردي في الاستجابة التهابيه البشرية

Minimal erythema dose (MED) testing is frequently used in clinical settings for determining the smallest amount of ultraviolet (UV) irradiation necessary ...