Name: microarray-based identification of individual herv loci expression: application to biomarker discovery in prostate cancer
Uploaded: 2013-11-02T17:45:00
Duration: 13 min 19 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Microarray-based Identification of Individual HERV Loci Expression: Application to Biomarker Discovery in Prostate Cancer at JoVE.com

Мы благодарим Сесиль Montgiraud, Джульетт Хименес, Magali Jaillard и Бертрана Бонно за их вклад в начальной разработки и оптимизации протокола HERV-V2. Мы также хотели бы поблагодарить Хадер Haidous за его руководство по этическим соображениям.

Эта работа была поддержана Biomerieux SA, Хоспис Civils де Лион и французской государственного органа OSEO (Advanced Diagnostics для новых терапевтических подходов, французский финансируемую правительством программу, посвященный персонализированной медицины). ПП, ВК, ВПЕРЕД, Н. М. и FM являются сотрудниками Biomerieux SA. ПП, Н. М. и FM подали заявки на патенты выводы этой статьи.

За последние 10 лет, большинство попыток для измерения экспрессии HERV использовали методы ОТ-ПЦР либо сосредоточиться на конкретной локуса 20-24 или на основании относительной сохранения генов загрязняющих чтобы оценить общие тенденции в HERV родов 25,26 . Кроме того, ПЦР амплификации с использованием вырожденных праймеров высоко в сочетании с низкой плотностью микрочипов, предназначенных для обнаружения и количественной оценки экспрессии HERV семей 27,28. Чтобы проследить выражение индивидуального локуса в семье, подходы, основанные на ПЦР-амплификации консервативных участков в сочетании с последующей клонирования и секвенирования включен транскрипционно активные различных элементов HML-2 29,30 или HERV-E4.1 31 семей в быть идентифицированы. Также заканчивая клонирования и секвенирования шагов, техника мониторинга экспрессии генома повторите целях выявления промоутеров среди повторов определенных активных HML-2 конкретные единичные л человека <sup&gt; 32,33. Мы последовательно разработаны два поколения микрочипов высокой плотности, посвященные анализу HERV транскриптома, представляя методологии для многократного дизайна элемент зонда с целью минимизации перекрестных реакции между паралогических элементов внутри семьи 34,35. Чип HERV-V2, какие цели 2690 различных провирусов и 2883 сольные л на HERV-W, HERV-H, HERV-E 4.1, HERV-FRD, HERV-K HML-2 и HERV-K HML-5 семей, представила Выражение 1718 HERV локусов (7А и В) в широком диапазоне тканей 35, проиллюстрированных в данном документе по идентификации предполагаемых биомаркеров рака простаты. Кроме того, использование нескольких probesets на данном локусе является информативным о его регуляции транскрипции. Во-первых, U3 отрицательный сигнал в сочетании с U5 положительный классифицирует LTR в качестве промотора, и наоборот U3 положительные и отрицательные сигналы U5 может отражать роль полиаденилирования. Таким образом, мы, яdentified 326 промоутер л в широком диапазоне тканей 35, и на основе этого U3-U5 дихотомической информации, предоставленной массива, мы предложили и экспериментально подтверждена для некоторых отдельных случаях, что такая автономная транскрипции контролировалась метилирования зависимой эпигенетической процесса 34 (рис. 8). Во-вторых, обнаружение сигналов, например, от LTR, кляп и окр независимые probesets или выдается от зондов, направленных на конкретную сплайсинга является информативным о провирусного стратегии сплайсинга, о чем свидетельствует профиля экспрессии ERVWE1/Syncytin1 в плаценте или в опухолевой яичка 34. Это означает, что процесс отбора HERV специфическим зондом является достаточно прочным, чтобы поддерживать идентификацию ткани ассоциированных стратегии сплайсинга, так же эффективно, как и для обычных генов 36 (фиг. 8). Этот метод является первой попыткой определить индивидуально Herv выражение локусиспользуя пользовательские высокой плотности микрочипов на основе технологии Affymetrix. Четко определенные преимущества формата микрочипов расшифровать Herv транскриптома, состоящую из (I) скоординированное исследование нескольких семей HERV и (II) одновременное и независимое анализ различных регионов для каждого локуса, например. U3 и U5 домены для соло и провирусная LTRs, кляп или окр регионов и возможных сплайсированных переходов, связанных с провирусная конструкции, не содержащие априори на функциональности HERV элемента. Перспективы полагаться на улучшение аннотации в микрочипов связанных biocomputing инструментов. Это должно позволить один для преобразования сигналов чип в биологические гипотез, например от того, подтвержденные активные HERVs ездить lncRNA транскрипцию или модулировать более или менее проксимального кодирования экспрессию генов. Действительно, такое предположение подтверждается недавними исследованиями, выявленных рак связаны ncRNA стенограммы простаты, содержащие компоненты VИРАЛ ОРС от HERV-K эндогенного семейства ретровирусов или части вирусного LTR промоторной области 37, а также двух событий слитый ген а именно HERV-K22q11-ETV1 и HERV-K17-ETV 38,39. Взятые вместе, весь этот подход транскриптома в сочетании с функцией LTR и идентификаций стратегии сплайсинга может помочь расшифровать маркер против компонентов запуска выражения HERV при хроническом 40,41 и инфекционных заболеваний 42,43.

Человека эндогенные ретровирусы (также называемые HERVs) разбросаны по всей нашей генома. Они происходят из предков и независимых заболеваний в рамках зародышевой линии, после чего процессов распространения Copy-Paste и ведущих к многокопийных семей. не сегодня, они не более заразным, но они занимают 8% человеческого генома; как точку сравнения, экзоны охватывают 2% генома человека. Данные из ENCODE проекта опубликованной в 2012 году, показали, что различные типы РНК занимают около 62% генома, в том числе одну треть в межгенных. Более того, представляется, что количество транскрипционных регуляторных мотивов, по крайней мере 4.5x выше, чем соответствующей белок-кодирующих экзонов. HERVs длинных концевых повторов (LTR) представляют широкий круг потенциальных транскрипционных регуляторных элементов, так как это их обычная функция в инфекционных ретровирусов. Исторически сложилось так, кроме нескольких локусов выраженной в плаценте или яичка, было широко распространено мнение, что HERV молчат из-за ерigenetic регулирование. Поэтому мы разработали высокой плотности микрочипов, в формате Affymetrix, стремясь оптимально характеризуют индивидуальное выражение HERV локусов, для того, чтобы лучше понять, являются ли они активными, если они едут lncRNA транскрипцию или модулировать кодирования экспрессию генов. Этот инструмент окрестили HERV-V2 GeneChip объединяет 23583 Herv probesets и может различать 5573 отдельных элементов Herv состоящие из сольных LTRs а также полные и частичные провирусов (рис. 2). Диагностика, оценка, и план: Диагностика рака предстательной железы основывается на дозировке простатического специфического антигена (ПСА) биомаркеров в клинической лаборатории, пальцевого ректального исследования, чтобы оценить морфологическое изменение предстательной железы и, наконец, биопсии простаты наблюдаемые патологоанатома. Отсутствие достаточной специфичностью и чувствительностью среди обычных биомаркеров рака, таких как PSA для рака простаты, была широко признана афтер несколько десятилетий клинических проявлений 1. Первоначально PSA был предложен для диагностики и лечения аденокарциномы предстательной железы 11. Было предложено последний для скрининга рака и следить за развитием заболевания 12. Однако остается вопрос, который регулярно спросил: «как использовать PSA&quot;. (Я) серая зона, соответствующая концентрации в сыворотке крови 2,5-10 нг / мл не позволяет четкое различие быть сделаны между раком и noncancer 2; (II) две большие групповых исследований поступив сотни тысяч людей в Европе и США не смогли прийти к однозначному выводу о полезности скрининга с точки зрения заболевания конкретного смертности 13,14; (III) анализ послеоперационных PSA кинетических параметров, таких как PSA оформления, скорость ПСА и времени удвоения, хотя простой в теории, может быть связано со значительными проблемами в практической 3,4 приложения. Можно ожидать, что в ближайшие годы, биомаркеров Applications будет поддерживать клинический выбор между выжидательной тактики и более или менее агрессивных методов лечения в зависимости от фенотипа опухоли. Что касается диагноза, вынесенного патологоанатом, первый ограничивающим фактором приходит от 20% ложноположительных результатов диагностики в биопсий простаты (многие виды рака пропущенного путем отбора проб). Вторая проблема касается необходимости за дополнительную процедуры биопсии следующей отрицательной, которые могут представлять неблагоприятные последствия. Радикальная простатэктомия настоящее время является одним из стандартных методов лечения рака предстательной железы. Предлагается у здоровых пациентов, старение от 45-65 лет, особенно в случае агрессивных шаблонов (Gleason 7 до 10), мультифокальной опухоли или опухоли ощутимое. В настоящее время делается в нашем отделе с помощью робота при содействии операции. Из-за растущей доказательства того, что молекулярные маркеры будут иметь первостепенное значение в ближайшие годы, мы решили предложить всем нашим пациентам возможность участия в программе для простатыткань банковская. Точнее, расширение программ молекулярные исследования на рак предстательной железы привели к увеличению потребности в доступе к высоким качеством свежих опухолевых тканей от простатэктомий. Это исследование, в частности геномные подходы, требовались большие образцы высокого качества ДНК / РНК. Опухолевая и прилегающие &#39;, не опухолевые&#39; ткани из того же пациента необходимы. Рекомендации по обращению и обработке радикальные простатэктомий предназначены для сохранения патологические особенности, которые определяют стадию и состояние маржи и тем самым потенциальную дальнейшее лечение и прогноз. Любой метод отбора проб ткани свежий, следовательно, не должны ставить под угрозу последующих патологических оценки, чтобы быть приемлемым для диагностики. Макроскопическая рассечение предстательной железы трудно и большое внимание должно быть уделено гарантийные тканей и капсульного вторжения: любой рассечение для банковских простаты следует всегда проводится обучение uropathologist согласно согласенд протокол. Комитет по этике медицинского факультета и государственной медицинской комиссии согласились этих исследований и было получено информированное согласие на все пациенты, включенные в банковской тканей простаты.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="717">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">Trizol</td>
			<td style="width:92px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:137px;">15596-026</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">RNA poly-A control stock</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">900433</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">DNAse 1</td>
			<td style="width:92px;">Promega</td>
			<td style="width:137px;">M6101</td>
			<td style="width:295px;">1,000 U (1 U/&#181;l)</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:195px;">Terminal transferase</td>
			<td style="width:92px;">Roche</td>
			<td style="width:137px;">3333574001</td>
			<td style="width:295px;">400 U. Including enzyme and coenzyme (CoCl2).</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">DLR-1a</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">900542</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="85">
			<td height="85" style="height:85px;width:195px;">Hybridization internal controls B2 and 20x Eukaryotic Hybridization Control</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">900454</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="64">
			<td height="64" style="height:64px;width:195px;">GeneChip Hybridization, Wash and staining</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">900720</td>
			<td style="width:295px;">Including PreHybridization Mix and 2x Hybridization Mix for 30 reactions</td>
		</tr>
		<tr height="106">
			<td height="106" style="height:106px;width:195px;">10x One-Phor-All Buffer PLUS</td>
			<td style="width:92px;"></td>
			<td style="width:137px;"></td>
			<td style="width:295px;">Composition in DEPC-treated water: 100 mM Tris-acetate pH 7.5; 100 mM magnesium acetate; 500 mM potassium acetate.</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">RNeasy Mini kit</td>
			<td style="width:92px;">Qiagen</td>
			<td style="width:137px;">74104</td>
			<td style="width:295px;">RNA cleanup protocol</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:195px;">WT-Ovation RNA amplification system</td>
			<td style="width:92px;">Nugen</td>
			<td style="width:137px;">2210-24</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">QIAquik PCR purification kit</td>
			<td style="width:92px;">Qiagen</td>
			<td style="width:137px;">28104</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">EQUIPMENT</td>
			<td style="width:92px;"></td>
			<td style="width:137px;"></td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">Material Name</td>
			<td style="width:92px;">Company</td>
			<td style="width:137px;">Catalogue Number</td>
			<td style="width:295px;">Comments</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:195px;">Nanodrop 1000</td>
			<td style="width:92px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:137px;"></td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:195px;">GeneChip Scanner 3000 7G</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">GS30007G</td>
			<td style="width:295px;">Optional: autoloader</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:195px;">GeneChip Fluidics Station 450</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">FS450</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:195px;">GeneChip Hybridization 640 Oven</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;">640</td>
			<td style="width:295px;">Includes 4 GeneChip Probe array carriers</td>
		</tr>
		<tr height="127">
			<td height="127" style="height:127px;width:195px;">Workstation loaded with GeneChip Operating Software (GCOS) including the GeneChip Scanner 3000 High-Resolution Scanning Patch</td>
			<td style="width:92px;"></td>
			<td style="width:137px;"></td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="232">
			<td height="232" style="height:232px;width:195px;">HERV-V2 chip</td>
			<td style="width:92px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:137px;"></td>
			<td style="width:295px;">Custom array. 
			For microarray availability (for research use only), please contact: 
			Fran&#231;ois Mallet 
			Laboratoire Commun de Recherche Hospices Civils de Lyon-bioM&#233;rieux 
			Medical Diagnostic Discovery Department 
			Centre Hospitalier Lyon Sud, B&#226;timent 3F 
			69495, Pierre B&#233;nite cedex France 
			Phone: 33 (0)4 72 67 87 85 
			Email: francois.mallet@biomerieux.com</td>
		</tr>
		<tr height="717">
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>HERV-V2 conception 
			Dedicated database and annotations 
			 
			The construction of a dedicated database, grouping genomic HERV sequences belonging to 6 HERV families, has been achieved by the following procedure: (i) the most complete and representative sequence of each HERV family was selected from the literature and defined as a prototype sequence (Figure 2). (ii) The 6 prototypes were functionally annotated with reference to their LTR (U3/R/U5) and internal parts (gag/pol/env). (iii) RepeatMasker 44 was then applied using these functional sequences as input libraries. A genome-wide search of all related sequences was performed over the human genome on the basis of a minimum 80% homology (NCBI 36/hg18). (iv) Finally, the functional sequences retrieved by this process were assembled into distinct loci on the basis of their genomic location and eventually implemented in a dedicated HERV database. This database, called HERV-gDB3, contains 10,035 individual HERV loci35. 
			 
			Locus-specific probes design 
			Starting from HERV-gDB3, overlapping tracks of 25-mer candidate probes were firstly generated. Each candidate probe was then aligned against the human genome using KASH 45 in order to assess the cross-hybridization potentialities. This latter estimation was performed by a model developed specifically for this purpose and referred to as EDA+. Briefly, the principle of EDA+ is to take into account the instability brought by mismatches and gaps in a 25-mer target/probe hybridization complex. Candidate probes exhibiting low cross-hybridization risks (i.e. a low number of non-specific genomic targets) are selected and lastly assembled into probesets. 
			 
			Custom HERV GeneChip microarray 
			The custom HERV GeneChip integrates 23,583 HERV probesets and can discriminate 5,573 distinct HERV elements, composed of solo LTRs, complete and partial proviruses (Figure 2). The standard Affymetrix control probes for unbiased amplification and hybridization were also included in the microarray.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

microarray-based identification of individual herv loci expression: application to biomarker discovery in prostate cancer

Простат-специфического антигена (ПСА) является основным диагностическим биомаркеров рака предстательной железы при клиническом применении, но ему не хватает специфичность и чувствительность, особенно в низких дозах значений 1. &#39;Как использовать PSA &quot;остается актуальным вопрос, как для диагностики, как серой зоне, соответствующей концентрации в сыворотке крови 2,5-10 нг / мл, которая не позволяет четкая дифференциация быть сделаны между раком и noncancer 2 или для последующей пациента -в качестве анализа послеоперационного PSA кинетические параметры могут представлять значительные трудности для их практического применения 3,4. Кроме того, некодирующие РНК (нкРНК) становятся ключевых молекул в рака у человека, с потенциалом, чтобы служить новые маркеры заболевания, например PCA3 при раке простаты 5,6 и выявить неохарактеризованных аспекты биологии опухоли. Кроме того, данные из ENCODE проекта опубликованной в 2012 году, показали, что различные типы РНК занимают около 62% от поколенияОме. Представляется также, что количество транскрипционных регуляторных мотивов, по крайней мере 4.5x выше, чем соответствующей белок-кодирующих экзонов. Таким образом, длинные концевые повторы (л) из эндогенных ретровирусов человека (HERVs) представляют собой широкий спектр предполагаемый / кандидатов транскрипционных регуляторных последовательностей, как это их основной функцией в инфекционных ретровирусов. HERVs, которые распространяются по всему геному человека, происходят из предков и независимых заболеваний в рамках зародышевой линии, после чего процессов распространения Copy-Paste и ведущих к MultiCopy семьи, занимающие 8% человеческого генома (обратите внимание, что экзоны охватывают 2% нашего генома ). Некоторые HERV локусы еще экспрессии белков, которые были связаны с несколькими патологиями, включая рак 7-10. Мы разработали высокой плотности микрочипов, в формате Affymetrix, стремясь оптимально характеризуют индивидуальное выражение HERV локусов, для того, чтобы лучше понять, могут ли они быть активным, если они едут ncRNA транскрипцию или мodulate кодирования экспрессию генов. Этот инструмент был применен в области рака простаты (рис. 1).

Значение транскриптомных исследований состоит прежде всего в качестве исходного биологического материала. Если извлечение РНК выполняется при оптимальных условиях, РНК Целостность Количество (RIN), как правило, 7 или более (рис. 4А). Необходимость гибридизуются 2 мкг кДНК на чипе Affymetrix HERV-V2 предполагает использование процесса амплификации. Успешный шаг усиления приводит к колоколообразной распределения (рис. 4В). Затем, фрагментация DNAse1 выполняется для того, чтобы гомогенизировать распределение по размерам кДНК около 100 нуклеотидов до гибридизации (фиг.4С). После гибридизации и сканирования (рис. 4D), визуальный осмотр на изображение дает возможность проверить, если сетка хорошо согласован с пятнами (рис. 4E) и если контроль гибридизации согласуются (рис. 4F). Этот шаг также полезно, чтобы исключить микрочипов, в которой пузырьки воздуха или ошибки<html> произошло во время эксперимента. После того, как чипы прошли контроль качества (рис. 5) и после нормализации, статистический анализ 5 опухоли матч-пар и нормальных простаты образцов РНК из больницы Лион-Sud привело к идентификации 207 HERV probesets с дифференциальных значений выражений (p.val &lt;0,05) (фиг.6А). Для поддержки этих записей и получить простат-специфического информацию, 35 дополнительных образцов матч-пара (толстой кишки, яичников, семенников, молочной железы, легких и простаты) были добавлены к анализу и процедуре SAM-FDR (FDR = 20%) в конечном счете определены 44 простатического специфического HERV probesets. Среди них, наиболее релевантные 10 HERV структуры описываются (рис. 6Б). Дальнейшие клинические исследования будут необходимы для оценки значения чувствительности и специфичности этих кандидатов биомаркеров. pload/50713/50713fig1.jpg &quot;ширина =&quot; 500px &quot;/&gt; . Рисунок 1 Схема общей процедуры из клиники (1: простатэктомия лечащим врачом и подготовки ткани по патологоанатом) к скамейке (2-6: подготовка проб, подготовка целевой, обработка микрочипов), ведущие к выявлению кандидатов биомаркеров (7: biocomputing анализ HERV микрочипов). Нуклеиновые кислоты, полученные из нормальной ткани изображены оранжевым; нуклеиновые кислоты, полученные из опухолевой области состоят из смеси нормальных (оранжевый) и конкретных опухоли (черный) нуклеиновые кислоты. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig1highres.jpg" target="_blank">Нажмите здесь, чтобы увеличить изображение</a> . <img alt="Рисунок 2" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig2.jpg" width="500px" /> . Рисунок 2 Концепция и содержание чипа HERV-V2: последовательности HERVизвлекаются из генома человека хранятся в базе данных под названием HERV-gDB3, то 25-Мер-кандидаты зонды пройти через специальный процедуры гибридизации моделирования (EDA +) перед конечном счете синтезируется на матрице (в результате целенаправленных субрегионов изображены для каждого семья). <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig2highres.jpg" target="_blank">Нажмите здесь, чтобы увеличить изображение</a> . <img alt="Рисунок 3" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig3.jpg" width="500px" /> Рисунок 3. Обработка простаты патологом. (A) Свежий радикальной простатэктомии образец переносят в лабораторию. (BC) предстательной железы окрашивали (зеленый на правой стороне, черный на левой стороне). (D) Большой поперечное сечение железы на задней стороне. (Е) Оставляя полей нетронутыми, Piecэс тканей расчленены из разных областей железы. (F) Ядра ткани помещают в пробирку Эппендорфа. (G) шовный нить используется для закрытия простату и предотвратить железы искажения и минимальное нарушение хирургического края. Затем радикальная простатэктомия образец готов для фиксации в формалине в соответствии с обычной процедурой для гистологического анализа. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig3highres.jpg" target="_blank">Нажмите здесь, чтобы увеличить изображение</a> . <img alt="Рисунок 4" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig4.jpg" width="500px" /> Управления Рисунок 4. Качества подготовки нуклеиновой кислоты и эффективности гибридизации. (A) целостность РНК, (B) кДНК амплифицировали цели и (с) фрагментированных цели, используемые на стадии гибридизации. ЧтESE три контроля качества были получены с Bioanalyzer помощью РНК нано фишки и анализа эукариот Nano Серия II. (D) Общая образ HERV-V2 микрочипов гибридизации области после сканирования, (E) укрупнение левом верхнем углу показывая сетки контроля выравнивания и (F) расширения центральной площади, показывая кровянистые выделения управления гибридизации. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig4highres.jpg" target="_blank">Нажмите здесь, чтобы увеличить изображение</a> . <img alt="Рисунок 5" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig5.jpg" width="500px" /> Рисунок 5. Обработка сигналов. (А) Affymetrix поли шип-в контрольной амплификации. Поли контролирует скока, THR, Phe и Lys стенограммы из B. Сенная гены шипами в образце РНК и служат для оценки общего успеха<html> из шагов подготовки целевых. Интенсивность должна быть обнаружены при уменьшении значения из этих элементов управления шип-в для того, чтобы не было никакой предвзятости в ходе усиления WT-Ovation между высоко-и низко-выразил генов. (В) Affymetrix шип-в контрольной гибридизации. Эти цели, выделенные из Е. палочка и P1 бактериофага которые шипами до процедуры маркировки. Увеличение значения за BioB, BioC, BIOD и Cre указывают общий успех гибридизации. (C) Распределение интенсивности сигналов чип после RMA нормализации. Большинство probesets выставочных сигналов со значениями ниже 2 6 (фоне), что указывает на общее выражение в основном ограничено в некоторой конкретной HERV локусов. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig5highres.jpg" target="_blank">Нажмите здесь, чтобы увеличить изображение</a> . ftp_upload/50713/50713fig6.jpg &quot;ширина =&quot; 500px &quot;/&gt; Рисунок 6. Анализ данных. (А) Иерархическая анализ кластеризации нормальных и опухолевых образцов. Разметка кластеризации был применен к нормированных значений выражений с использованием алгоритма Евклида функцию расстояния, группировка probesets в до (красный) - и вниз (синий)-регулирование среди нормальных и опухолевых образцов. (В) Выбор из 10 лучших HERV структур, определенных в качестве кандидата биомаркеров рака простаты. Для каждого HERV элемента, соответствующий семья HERV, геномные координаты (NCBI 36/hg18) и краткое описание структуры HERV даны. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig6highres.jpg" target="_blank">Нажмите здесь, чтобы увеличить изображение</a> . <img alt="Рисунок 7" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig7.jpg" width="500px" /> Рисунок 7. </strong&gt; HERV репертуар. (А) Секвенирование генома человека показало, 25000 белок-кодирующих генов (экзонов, 2%) и огромное количество мобильных элементов в том числе 200 000 давно концевой повтор (LTR) ретротранспозоны (HERV, 8%). (В) Экстраполяция от содержания чипа HERV-V2 и связанные данные выражения (79 образцов, происходящих из 8 нормальной против опухолевых типов тканей) показывают, что одна треть HERV репертуара транскрипционно активны. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig7highres.jpg" target="_blank">Нажмите здесь, чтобы увеличить изображение</a> . <img alt="Рисунок 8" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/50713/50713fig8.jpg" width="500px" /> Рисунок 8. Функциональная интерпретация сигналов от чипа. (А) идентификация Промоутер и эпигенетические управления: U3 негативный сигнал (красный зонд, 5&#39;LTR) По сравнению с R-U5 позитивный сигнал (синий зонд, 5&#39;LTR) предложить U3-приводом транскрипцию, при поддержке различных CpG метилирования (сплошные черные кружки) содержание U3 в перитуморальной нормально по сравнению с опухолевыми тканями. (В) Сращивание стратегия: предполагаемый 3,1 кб конверт кодирования мРНК экспрессируется исключительно в опухоли определяется с помощью SD1/SA2 сплайсинга перекрытия зонд. * Вывел путем сравнения с другими не-плацентарных тканей. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50713/50713fig8highres.jpg" target="_blank">Нажмите здесь, чтобы увеличить изображение</a> .

Watch this Scientific Journal Video about Microarray-based Identification of Individual HERV Loci Expression: Application to Biomarker Discovery in Prostate Cancer at JoVE.com

Microarray-based Identification of Individual HERV Loci Expression: Application to Biomarker Discovery in Prostate Cancer

Человека эндогенные ретровирусы (HERV), которые занимают 8% человеческого генома, сохранить скудные возможности кодирования, но сто тысяч длинные повторы терминала (л). Пользовательский Affymetrix микрочипов был разработан, чтобы определить индивидуальное выражение HERV локус и был использован на ткани рака простаты, как доказательство концепции для будущих клинических исследований.

Микрочипов на основе идентификации отдельных HERV Loci выражение: применение к биомаркеров при раке простаты

The prostate-specific antigen (PSA) is the main diagnostic biomarker for prostate cancer in clinical use, but it lacks specificity and sensitivity, ...

Research

JoVE Journal

Medicine

Evaluation of Nanoparticle Uptake in Tumors in Real Time Using Intravital Imaging

Оценка наночастиц в опухоли в реальном времени с помощью Прижизненные изображения

Current technologies for tumor imaging, such as ultrasound, MRI, PET and CT, are unable to yield high-resolution images for the assessment of nanoparticle ...

The Use of Reverse Phase Protein Arrays (RPPA) to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

The Use of Reverse Phase Protein Arrays RPPA to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

Использование Reverse Phase белка массивы (RPPA) изучить Изменение экспрессии белков в отдельных рака почки сотовых

Currently there is no curative treatment for metastatic clear cell renal cell cancer, the commonest variant of the disease. A key factor in this treatment ...

A Novel High-resolution In vivo Imaging Technique to Study the Dynamic Response of Intracranial Structures to Tumor Growth and Therapeutics

A Novel High-resolution In vivo Imaging Technique to Study the Dynamic Response of Intracranial Structures to Tumor Growth and Therapeutics

Роман с высоким разрешением<em&gt; В естественных условиях</em&gt; Изображений методика исследования динамических характеристик внутричерепных структур к росту опухоли и терапии

We have successfully integrated previously established Intracranial window (ICW) technology 1-4 with intravital 2-photon confocal microscopy to develop a ...

An Orthotopic Murine Model of Human Prostate Cancer Metastasis

Ортотопическая мышиной модели человеческого рака простаты Метастазы

Our laboratory has developed a novel orthotopic implantation model of  human prostate cancer (PCa). As PCa death is not due to the primary tumor, but  ...

Isolation of Cancer Stem Cells From Human Prostate Cancer Samples

Выделение стволовых клеток рака из образцов предстательной железы человека

The cancer stem cell (CSC) model has been considerably revisited over the last two decades. During this time CSCs have been identified and directly ...

miRNA Expression Analyses in Prostate Cancer Clinical Tissues

микроРНК экспрессии анализ рака предстательной железы Клинические тканей

A critical challenge in prostate cancer (PCa) clinical management is posed by the inadequacy of currently used biomarkers for disease screening, ...

Generation of Prostate Cancer Patient Derived Xenograft Models from Circulating Tumor Cells

Генерация пациента рака простаты Производные ксенотрансплантат модели от циркулирующих опухолевых клеток

Patient derived xenograft (PDX) models are gaining popularity in cancer research and are used for preclinical drug evaluation, biomarker identification, ...

Clinicopathological Analysis of miRNA Expression in Breast Cancer Tissues by Using miRNA In Situ Hybridization

Clinicopathological Analysis of miRNA Expression in Breast Cancer Tissues by Using miRNA In Situ Hybridization

Анализ клинико-патологическими микроРНК выражения при раке молочной железы ТКАНЕЙ с помощью микроРНК<em&gt; В Ситу</em&gt; Гибридизация

In this article, we describe a detailed protocol for miRNA detection in breast cancer tissue using in situ hybridization with a digoxigenin-labelled LNA ...

Pre-clinical Orthotopic Murine Model of Human Prostate Cancer

Доклинические Ортотопическая мышиной модели рака простаты человека

To study the multifaceted biology of prostate cancer, pre-clinical in vivo models offer a range of options to uncover critical biological information ...

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose (MED) Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

Precision Implementation of Minimal Erythema Dose MED Testing to Assess Individual Variation in Human Inflammatory Response

Точность внедрения минимальной дозы эритема (MED) Тестирование для оценки индивидуальных вариаций в воспалительных реакции человека

Minimal erythema dose (MED) testing is frequently used in clinical settings for determining the smallest amount of ultraviolet (UV) irradiation necessary ...