Name: dithranol as a matrix for matrix assisted laser desorption/ionization imaging on a fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometer
Uploaded: 2013-11-26T19:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Dithranol as a Matrix for Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Imaging on a Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometer at JoVE.com

המחברים רוצים להכיר הגנום קנדה והגנום קולומביה הבריטית למימון פלטפורמה, ותמיכה. כמו כן אנו מודים לד&quot;ר קרול א &#39;פרקר לסקירה ביקורתית של סיוע כתב היד ועריכה. CHL גם בזכות רשת פרוטאומיקה קולומביה הבריטית לקבלת תמיכה.

1. חתך רקמה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פלאש להקפיא את דגימות הנושא, שנקטפו ברגע, תוך שימוש בחנקן נוזלי, לשלוח אותם בקרח יבש (אם נדרש משלוח), ולאחסן אותם ב-80 ° C עד חתך רקמות. (אם דוגמאות מסחריות נמצאות בשימוש, להבטיח כי הדגימות שהוכנו באופן זה.) </li><li st...

השיקולים החשובים ביותר להצלחת MALDI MSI הם: 1) הכנת רקמה; 2) בחירת מטריצה; 3) יישום מטריקס, ו 4) פרשנות וניתוח של נתונים. כאשר המדגם ומטריקס ערוכים כראוי, רכישת נתונים MS היא אוטומטית. ניתוח נתונים מסוג זה של ניסוי הוא די עתיר עבודה. הכנת רקמ?...

הדמיה ספקטרומטריית מסה (MSI) היא שיטה אנליטית לקביעת דפוסי לוקליזציה ופריסה המרחבית של תרכובות על פני השטח של קטע רקמת 1,2. desorption / יינון לייזר מטריקס סייע (MALDI) MSI לניתוח של פפטידים וחלבונים היה בשימוש כבר למעלה מעשור וחל שיפור רב בשיטות להכנת מדגם, רגישות זיהוי, ברזולוציה מרחבית, שחזור ועיבוד נתונים 3,4. על ידי שילוב מידע מסעיפים מוכתמים בהיסטולוגיה וניסויים MSI, פתולוגים יכולים לתאם את החלוקה של תרכובות ספציפיות עם תכונות מעניינות pathophysiologically 5. דפוסי ההפצה של מולקולות קטנות, כוללים תרופות אקסוגניים 6,7 ומטבוליטים שלהם 8-10 גם נחקרו על ידי ההדמיה של רקמות MALDI-MS 11. שומנים הם אולי CLA הנפוץ ביותר למדss של תרכובות עם ההדמיה MALDI, הן ב18 מצבי MS 12-17 ו-MS / MS. השימוש בMALDI MSI הדמיה מולקולה קטנה היה מוגבל על ידי מספר גורמים: 1) מטריצות MALDI הם עצמם מולקולות קטנות (בדרך כלל מ &#39;/ z &lt;500), אשר יוצרות אותות יון בשפע. אותות בשפע אלה יכולים לדכא היינון של analytes מולקולה קטנה ולהפריע ל19,20 זיהוי שלהם. ציפוי ממס ללא מטריצה ​​21, סובלימציה מטריצת 22, ומטריצת precoated MALDI MS 23, בין השאר, פותחו על מנת לשפר את MSI של מולקולות קטנות. מטריצות חדשות שיכול לשפר את הניתוח של תרכובות הנמוך MW הן עניין רב במולקולה הקטנה MSI. מטריצות אלה אמורות לספק אותות אנליטי מוגבר עם אותות מטריקס ירד. במצב החיובי יון, 2,5-dihydroxybenzoic חומצה (DHB) וα-Cyano-4-hydroxycinnamic חומצה (CHCA) הם שתי מטריצות MALDI MS נפוצות ל24 MSI </sup&gt;. המטריצה ​​האידיאלית תהיה ליצור גבישים קטנים, כדי לשמר את הלוקליזציה המרחבית של analytes. DHB נוטה ליצור גבישים גדולים יותר, ולכן החלת המטריצה ​​באמצעות סובלימציה פותחה באופן חלקי להתגבר על בעיה זו, ואפשרה את השימוש במטריצה ​​זו להדמיה רגישה של פוספוליפידים 22,25. 9-Aminoacridine שמש במשך MSI של analytes protic במצב 26 חיובי יון ולנוקלאוטידים ופוספוליפידים ב26-29 המצב השלילי יון. 2-Mercaptobenzothiazole כבר מצא לתת גילוי MALDI יעיל של שומנים 30, ומאז משמש עבור ההדמיה של מוח עכבר gangliosides ביום 31. הרזולוציה ultrahigh של התמרת התהודה הציקלוטרון יון (FTICR) ספקטרומטר מסות מעט יכול להקל על בעיה זו על ידי פתרון אותות אנליטי מאותות מטריצת 32. יתרון נוסף של השימוש בFTICR-MS הוא שהעוצמות של אשכולות מטריצת metastable הן reduc33 אד, אשר גם מפחית הפרעות אלה 27. השימוש בdithranol (DT; 1,8-dihydroxy-9 ,10 dihydroanthracen--9-אחד) כמטריצה ​​MALDI הדמיה רקמות כבר דווחה בעבר 34. בעבודה הנוכחית, פרוטוקול מפורט מסופק לשימושם של DT לMSI של שומני אנדוגני על פני השטח של חלקי רקמות עדשת שור, במצב החיובי יון.

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Name of Reagent/Material</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rat Liver</td>
			<td>Pel-Freez Biologicals</td>
			<td>56023-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Calf Lens</td>
			<td>Pel-Freez Biologicals</td>
			<td>57114-2</td>
			<td>Sample should be decapsulated29 before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dithranol (DT)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>10608</td>
			<td>MALDI Matrix</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#945;-Cyano-4-hydroxy-cinnamic Acid (CHCA)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>70990</td>
			<td>MALDI Matrix</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2,5-Dihydroxybenzoic Acid (DHB)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>85707</td>
			<td>MALDI Matrix</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reserpine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>83580</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Terfenadine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T9652</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic Acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>14265</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium Formate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>14266</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium Hydroxide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>320145</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic Acid (TFA)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>302031</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>39253</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>34860</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>34967</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl Acetate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>34972</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>34965</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>366927</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetone</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>34850</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>Commercial Alcohols</td>
			<td></td>
			<td>95%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ES Tuning Mix</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>G2431A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ITO Coated Glass Slides</td>
			<td>Hudson Surface Technology</td>
			<td>PSI1207000</td>
			<td>Ensure that samples are placed on the electrically conductive side</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wite-Out Shake-N-Squeeze Correction Pen</td>
			<td>Bic</td>
			<td>WOSQP11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Airbrush Sprayer</td>
			<td>Iwata</td>
			<td>Eclipse HP-CS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ImagePrep</td>
			<td>Bruker</td>
			<td>249500-LS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MALDI adapter</td>
			<td>Bruker</td>
			<td>235380</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

dithranol as a matrix for matrix assisted laser desorption/ionization imaging on a fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometer

הדמיה ספקטרומטריית מסה (MSI) קובע את דפוסי לוקליזציה ופריסה המרחבית של תרכובות על פני השטח של קטע רקמה, בעיקר באמצעות MALDI (desorption / יינון מטריצת סיוע לייזר) מבוססת טכניקות אנליטיות. מטריצות חדשות למולקולה קטנה MSI, אשר יכול לשפר את הניתוח במשקל מולקולרי נמוך תרכובות (MW), יש צורך. מטריצות אלה אמורות לספק אותות אנליטי מוגבר תוך הפחתת אותות רקע MALDI. בנוסף, השימוש במכשירים ברזולוציה ultrahigh, כגון התמרת התהודה הציקלוטרון יון (FTICR) ספקטרומטר מסות, יש לו את היכולת לפתור את אותות אנליטי מאותות מטריקס, וזה באופן חלקי יכול להתגבר על בעיות רבות הקשורות לרקע שמקורם MALDI מטריצה. ההפחתה בעוצמות של אשכולות מטריצת metastable ידי FTICR טרשת נפוצה יכולה גם לעזור להתגבר על חלק מההפרעות הקשורות לפסגות מטריצה ​​על מכשירים אחרים. ברזולוציה גבוההמכשירים כגון ספקטרומטר מסות FTICR הם יתרון כפי שהם יכולים לייצר דפוסי הפצה של תרכובות רבות בו זמנית תוך מתן אמון בהזדהויות כימיות. Dithranol (DT; 1,8-dihydroxy-9 ,10 dihydroanthracen--9-אחד) כבר דווח בעבר כמטריצה ​​MALDI הדמיה רקמות. בעבודה זו, פרוטוקול לשימוש בDT הדמיה MALDI של שומני אנדוגני מהמשטחים של חלקי רקמות של יונקים, על ידי חיובי יון MALDI-MS, בquadrupole היברידי הרזולוציה ultrahigh מכשיר FTICR כבר סיפק.

<html> דגימות רקמה שהם מחולק והפשרה רכובים על גבי שקופיות זכוכית איטו מצופים צריכה להיות שלמות, ללא קרע גלוי. לרקמות רבות, הפשרת רקמות ישירה לתלייה על גבי שקופיות זכוכית איטו מצופים מקובלת. עבור חלק מרקמות ספציפיות, כגון עדשת שור, קריעה נרחבת של הרקמה נתפסה לעתים קרובות כ...

Watch this Scientific Journal Video about Dithranol as a Matrix for Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Imaging on a Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometer at JoVE.com

Dithranol as a Matrix for Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Imaging on a Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometer

Dithranol (DT; 1,8-dihydroxy-9 ,10 dihydroanthracen--9-אחד) כבר דווח בעבר כמטריצה ​​MALDI הדמיה רקמה של מולקולות קטנות; פרוטוקולים לשימושם של DT להדמית MALDI של שומני אנדוגני על פני השטח של חלקי רקמות על ידי חיובי יון MALDI-MS במכשיר quadrupole-FTICR רזולוציה ultrahigh מסופקים כאן.

Dithranol כמו מטריקס לליזר Desorption / יינון ההדמיה מטריקס Assisted על Fourier Transform יון הציקלוטרון התהודה ספקטרומטר מסות

Mass spectrometry imaging (MSI) determines the spatial localization and distribution patterns of compounds on the surface of a tissue section, mainly ...

Research

JoVE Journal

Biology

MALDI Sample Preparation: the Ultra Thin Layer Method

MALDI הכנה לדוגמא: שיטת אולטרה שכבה דקה

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption ...

Quantifying Mixing using Magnetic Resonance Imaging

כימות ערבוב באמצעות תהודה מגנטית

Mixing is a unit operation that combines two or more components into a homogeneous mixture.  This work involves mixing two viscous liquid streams using an ...

Improving the Success Rate of Protein Crystallization by Random Microseed Matrix Screening

שיפור שיעור ההצלחה של התגבשות חלבון על ידי Microseed מטריקס אקראי הקרנה

Random microseed matrix screening  (rMMS) is a protein crystallization technique in which seed crystals are added  to random screens. By increasing the ...

Enrichment of Extracellular Matrix Proteins from Tissues and Digestion into Peptides for Mass Spectrometry Analysis

העשרה תאית מטריקס חלבונים מרקמות ועיכול לפפטידים לניתוח ספקטרומטריית המסה

The extracellular matrix (ECM) is a complex meshwork of cross-linked proteins that provides biophysical and biochemical cues that are major regulators of ...

Laser-assisted Microdissection (LAM) as a Tool for Transcriptional Profiling of Individual Cell Types

Laser-assisted Microdissection LAM as a Tool for Transcriptional Profiling of Individual Cell Types

Microdissection לייזר בסיוע (LAM) ככלי פרופיל תעתיק של סוגי תאים בודדים

The understanding of developmental processes at the molecular level requires insights into transcriptional regulation, and thus the transcriptome, at the ...

Implementation of a Coherent Anti-Stokes Raman Scattering (CARS) System on a Ti:Sapphire and OPO Laser Based Standard Laser Scanning Microscope

Implementation of a Coherent Anti-Stokes Raman Scattering CARS System on a Ti:Sapphire and OPO Laser Based Standard Laser Scanning Microscope

יישום של מערכת קוהרנטית אנטי סטוקס פיזור ראמאן (CARS) על טי: ספיר OPO לייזר מבוסס תקן לייזר מיקרוסקופ סריקה

Laser scanning microscopes combining a femtosecond Ti:sapphire laser and an optical parametric oscillator (OPO) to duplicate the laser line have become ...

MRM Microcoil Performance Calibration and Usage Demonstrated on Medicago truncatula Roots at 22 T

MRM Microcoil Performance Calibration and Usage Demonstrated on Medicago truncatula Roots at 22 T

כיול ביצועים מיקרוקול MRM ושימוש הפגינו על שורשי truncatula Medicago ב 22 T

This protocol describes a signal-to-noise ratio (SNR) calibration and sample preparation method for solenoidal microcoils combined with biological ...

Cryogenic Sample Loading into a Magic Angle Spinning Nuclear Magnetic Resonance Spectrometer that Preserves Cellular Viability

דגימה קריוגנית נטענת לתוך זווית קסם ספינינג ספקטרומטר תהודה מגנטית גרעינית המשמרת את הכדאיות התאית

Dynamic nuclear polarization (DNP) can dramatically increase the sensitivity of magic angle spinning (MAS) nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy. ...

Sample Preparation for Rapid Lipid Analysis in Drosophila Brain Using Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging

Sample Preparation for Rapid Lipid Analysis in Drosophila Brain Using Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging

הכנת דגימה לניתוח שומנים מהיר במוח דרוזופילה באמצעות הדמיית ספקטרומטריית מסה של ספיחה/יינון בלייזר בסיוע מטריצה

Lipid profiling, or lipidomics, is a well-established technique used to study the entire lipid content of a cell or tissue. Information acquired ...

Simplifying Angiogenesis Studies with a Modified Matrix Gel Plug Assay

Modified In Vivo Matrix Gel Plug Assay for Angiogenesis Studies

Author Spotlight: Investigating Angiogenesis and Vessel Permeability Through a Modified Matrix Gel Plug Assay

שונה בבדיקת תקע ג'ל מטריצת Vivo למחקרי אנגיוגנזה

Several models have been developed to investigate angiogenesis in vivo. However, most of these models are complex and expensive, require specialized ...