Name: identification of metabolically active bacteria in the gut of the generalist spodoptera littoralis via dna stable isotope probing using 13c-glucose
Uploaded: 2013-11-13T20:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identification of Metabolically Active Bacteria in the Gut of the Generalist Spodoptera littoralis via DNA Stable Isotope Probing Using 13C-Glucose at JoVE.co

Biz laboratuvar yardım için Angelika Berg teşekkür ederim. Bu çalışma Max Planck Derneği ve Mikrobiyal İletişim (JSMC) için Jena Okulu tarafından desteklenen ve finanse edilmiştir.

1.. Böcek Yetiştirme <ol><li> Satın alma veya spodoptera yumurta clutches elde kendi Yetiştiricilikten littoralis&#39;e. Kuluçka kadar oda sıcaklığında (RT) steril Petri tabaklarında bunları muhafaza edin. </li><li> Aşağıdaki gibi yetiştirme böcekler için yapay bir diyet hazırlayın: <ol><li> 100 ml su gecede 500 g öğütülmüş beyaz fasulye bekletin. </li><li> H 2 O damıtılmış 1.000 ml 9.0 g askorbik asit ve 75 g agar ekleyin ve daha sonra kaynatın. </li><li> Kar...

<ol>
	<li>Pais, R., Lohs, C., Wu, Y. N., Wang, J. W., Aksoy, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+obligate+mutualist+Wigglesworthia+glossinidia+influences+reproduction,+digestion,+and+immunity+processes+of+its+host,+the+tsetse+fly.">The obligate mutualist Wigglesworthia glossinidia influences reproduction, digestion, and immunity processes of its host, the tsetse fly.</a> Appl. Environ. Microbiol. 74, 5965-5974 (2008).</li><li>Freitak, D., Heckel, D. G., Vogel, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dietary-dependent+trans-generational+immune+priming+in+an+insect+herbivore.">Dietary-dependent trans-generational immune priming in an insect herbivore.</a> Proc. Biol. Sci. 276, 2617-2624 (2009).</li><li>Dillon, R. J., Vennard, C. T., Charnley, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Note:+Gut+bacteria+produce+components+of+a+locust+cohesion+pheromone.">A Note: Gut bacteria produce components of a locust cohesion pheromone.</a> J. Appl. Microbiol. 92, 759-763 (2002).</li><li>Douglas, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nutritional+interactions+in+insect-microbial+symbioses:+Aphids+and+their+symbiotic+bacteria+Buchnera.">Nutritional interactions in insect-microbial symbioses: Aphids and their symbiotic bacteria Buchnera.</a> Annu. Rev. Entomol. 43, 17-37 (1998).</li><li>Reichardt, N., Barclay, A. R., Weaver, L. T., Morrison, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+stable+isotopes+to+measure+the+metabolic+activity+of+the+human+intestinal+microbiota.">Use of stable isotopes to measure the metabolic activity of the human intestinal microbiota.</a> Appl. Environ. Microbiol. 77, 8009-8014 (2011).</li><li>Dumont, M. G., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stable+isotope+probing+-+linking+microbial+identity+to+function.">Stable isotope probing - linking microbial identity to function.</a> Nat. Rev. Microbiol. 3, 499-504 (2005).</li><li>Gil, R., Latorre, A., Moya, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+endosymbionts+of+insects:+insights+from+comparative+genomics.">Bacterial endosymbionts of insects: insights from comparative genomics.</a> Environ. Microbiol. 6, 1109-1122 (2004).</li><li>Brune, A., VH, R. e. s. h., Card&#233;, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Encyclopedia of Insects. , 1132 (2005).</li><li>Breznak, J. A., Brune, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+microorganisms+in+the+digestion+of+lignocellulose+by+termites.">Role of microorganisms in the digestion of lignocellulose by termites.</a> Annu. Rev. Entomol. 39, 453-487 (1994).</li><li>Broderick, N. A., Raffa, K. F., Goodman, R. M., Handelsman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Census+of+the+bacterial+community+of+the+gypsy+moth+larval+midgut+by+using+culturing+and+culture-independent+methods.">Census of the bacterial community of the gypsy moth larval midgut by using culturing and culture-independent methods.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70, 293-300 (2004).</li><li>Funke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+hydrolysis+of+quorum-sensing+molecules+in+the+gut+of+lepidopteran+larvae.">Rapid hydrolysis of quorum-sensing molecules in the gut of lepidopteran larvae.</a> Chembiochem. 9, 1953-1959 (2008).</li><li>Tang, X. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complexity+and+variability+of+gut+commensal+microbiota+in+polyphagous+lepidopteran+larvae.">Complexity and variability of gut commensal microbiota in polyphagous lepidopteran larvae.</a> PloS One. 7, (2012).</li><li>Amann, R. I., Ludwig, W., Schleifer, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+identification+and+in-situ+detection+of+individual+microbial-cells+without+cultivation.">Phylogenetic identification and in-situ detection of individual microbial-cells without cultivation.</a> Microbiol. Rev. 59, 143-169 (1995).</li><li>Olsen, G. J., Lane, D. J., Giovannoni, S. J., Pace, N. R., Stahl, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+ecology+and+evolution+-+a+ribosomal-rna+approach.">Microbial ecology and evolution - a ribosomal-rna approach.</a> Annu. Rev. Microbiol. 40, 337-365 (1986).</li><li>Pilloni, G., von Netzer, F., Engel, M., Lueders, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electron+acceptor-dependent+identification+of+key+anaerobic+toluene+degraders+at+a+tar-oil-contaminated+aquifer+by+Pyro-SIP.">Electron acceptor-dependent identification of key anaerobic toluene degraders at a tar-oil-contaminated aquifer by Pyro-SIP.</a> FEMS Microbiol. Ecol. 78, 165-175 (2011).</li><li>Lu, Y. H., Conrad, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+stable+isotope+probing+of+methanogenic+archaea+in+the+rice+rhizosphere.">In situ stable isotope probing of methanogenic archaea in the rice rhizosphere.</a> Science. 309, 1088-1090 (2005).</li><li>Radajewski, S., Ineson, P., Parekh, N. R., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stable-isotope+probing+as+a+tool+in+microbial+ecology.">Stable-isotope probing as a tool in microbial ecology.</a> Nature. 403, 646-649 (2000).</li><li>Lueders, T., Pommerenke, B., Friedrich, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stable-isotope+probing+of+microorganisms+thriving+at+thermodynamic+limits:+Syntrophic+propionate+oxidation+in+flooded+soil.">Stable-isotope probing of microorganisms thriving at thermodynamic limits: Syntrophic propionate oxidation in flooded soil.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70, 5778-5786 (2004).</li><li>Kunapuli, U., Lueders, T., Meckenstock, R. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+stable+isotope+probing+to+identify+key+iron-reducing+microorganisms+involved+in+anaerobic+benzene+degradation.">The use of stable isotope probing to identify key iron-reducing microorganisms involved in anaerobic benzene degradation.</a> ISME J. 1, 643-653 (2007).</li><li>Fuhrer, T., Fischer, E., Sauer, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Experimental+identification+and+quantification+of+glucose+metabolism+in+seven+bacterial+species.">Experimental identification and quantification of glucose metabolism in seven bacterial species.</a> J. Bacteriol. 187, 1581-1590 (2005).</li><li>Dunford, E. A., Neufeld, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+Stable-Isotope+Probing+(DNA-SIP).">DNA Stable-Isotope Probing (DNA-SIP).</a> J. Vis. Exp. (42), (2010).</li><li>Yamasaki, S., Nomura, N., Nakajima, T., Uchiyama, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cultivation-independent+identification+of+candidate+dehalorespiring+bacteria+in+tetrachloroethylene+degradation.">Cultivation-independent identification of candidate dehalorespiring bacteria in tetrachloroethylene degradation.</a> Environ. Sci. Technol. 46, 7709-7716 (2012).</li><li>Lueders, T., Manefield, M., Friedrich, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+sensitivity+of+DNA-+and+rRNA-based+stable+isotope+probing+by+fractionation+and+quantitative+analysis+of+isopycnic+centrifugation+gradients.">Enhanced sensitivity of DNA- and rRNA-based stable isotope probing by fractionation and quantitative analysis of isopycnic centrifugation gradients.</a> Environ. Microbiol. 6, 73-78 (2004).</li><li>Ishak, H. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+diversity+in+Solenopsis+invicta+and+Solenopsis+geminata+ant+colonies+characterized+by+16S+amplicon+454+pyrosequencing.">Bacterial diversity in Solenopsis invicta and Solenopsis geminata ant colonies characterized by 16S amplicon 454 pyrosequencing.</a> Microb. Ecol. 61, 821-831 (2011).</li><li>Sun, Y., Wolcott, R. D., Dowd, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tag-encoded+FLX+amplicon+pyrosequencing+for+the+elucidation+of+microbial+and+functional+gene+diversity+in+any+environment.">Tag-encoded FLX amplicon pyrosequencing for the elucidation of microbial and functional gene diversity in any environment.</a> Methods Mol. Biol. 733, 129-141 (2011).</li><li>Kuczynski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+QIIME+to+Analyze+16S+rRNA+Gene+sequences+from+microbial+communities.">Using QIIME to Analyze 16S rRNA Gene sequences from microbial communities.</a> Curr. Protoc. Microbiol. Chapter 1, Unit1E 5 (2012).</li><li>Dillon, R. J., Dillon, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+gut+bacteria+of+insects:+nonpathogenic+interactions.">The gut bacteria of insects: nonpathogenic interactions.</a> Annu. Rev. Entomol. 49, 71-92 (2004).</li><li>Neufeld, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+stable-isotope+probing.">DNA stable-isotope probing.</a> Nat. Protoc. 2, 860-866 (2007).</li><li>Dumont, M. G., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stable+isotope+probing+-+linking+microbial+identity+to+function.">Stable isotope probing - linking microbial identity to function.</a> Nat. Rev. Microbiol. 3, 499-504 (2005).</li></ol>

Çoğu böceklerin bağırsak zengin ve karmaşık bir mikrobiyal topluluğu barındırır; genellikle 10 7 -10 9 prokaryotik hücrelerin çoğu durumda konağın kendi hücrelerini outnumbering, orada Köşkü. Böylece, böcek bağırsak karşılıkçılığını 27 yükümlülük altına patogenezden mikrobiyal ilişkilerin birden yönlerini temsil eden çeşitli mikrobiyal faaliyetler için bir &quot;sıcak nokta&quot;, olduğunu. Birçok çalışma böcek bağırsak mikrobiyal toplu...

Böcek-bakteriyel sembiyotik dernekler böcek türlerine 7 çok sayıda için bilinir. Bu simbiyotik dernek, mikroorganizmalar böceklerin büyüme ve gelişmesinde önemli rol oynar. Mikroplar konakçıya böcek temel amino asitler 4 sentezi de dahil olmak üzere üretimi 1, feromon biyosentezi 3, beslenme ve sindirim ulaşılmaz gıda katkı gösterilmiştir. Gut-bakteriyel dernekleri çok çeşitli olmasına rağmen, çok az onlar böcek lehine oynamak işlevsel rolü hakkında bilinmektedir. Sadece termitlerin durumunda, lignoselüloz simbiyotik sindirim prokaryotlar, protozoa ve mantarlar tarafından yürütülen yaygın olarak 8,9 incelenmiştir. Buna zıt olarak, az kültürlü böceklerin bağırsağında pamuk yaprak kurdu yani içinde mevcut olan simbiyotik ilişkisi hakkında bilinen, Spodoptera genel nedeniyle bitki konak sıkça kayması, Ayrıca. Littoralisist böcekler ve bağırsak ilişkili bakteri toplulukları kalıcı olarak beslenme alışkanlıkları fitokimyasallar bir bolluk ile bitkileri tüketen bağlantılı yeni sorunlara maruz kalırlar. Bunun yanında lepidopteranlara olarak bağırsak ortamında, per se çünkü yüksek bağırsak pH 10 Bakterilerin büyümesi için bir sert çevre temsil eder. Özellikle S. durumunda littoralis, bu aralıkları foregut de 10.5 &#39;den, midgut ca. 9. neredeyse 7 hindgut 11&#39;inde, pH. Diğer yandan, bakteri toplum S. gut ile ilişkili littoralis basittir. Tang, Freitak, et al. 12, bu böcek ilişkili bakteri eden tek üyesi olarak 7 farklı bakteri türlerinin toplam ait 36 Şlotip en fazla rapor etmiştir. Bunun yanı sıra, herhangi bir karmaşık bir yetiştirme prosedürü laboratuarda böcek büyümesi için gereklidir. Ayrıca, bu ve böceğin kısa yaşam döngüsü çok g kolaylaştırmakenerational çalışmalar, bağırsak mikrop etkileşimleri çalışmak için ideal bir model sistem içine bu tür dönüm. PCR-tabanlı dizileme teknolojileri ile birlikte, çeşitli organizmaların (yani insan, böcek veya deniz canlıları) gut biota ile ilgili çalışmaların sayısı artmıştır. Ayrıca, sonuçlar, geçmişte olduğu gibi izolasyon ve gut barındıran bakteri yetiştirme bağımsızdır. Bakterilerin% 99&#39;u ekilebilir değildir ve bağırsaktaki hakim çevre koşullarının simülasyonu 12. zordur. PCR kullanarak, 16S rRNA gen fragmanları (bakteriler arasında yaygın olarak kullanılan bir filogenetik geninin markör) seçici olarak dizilenmiştir bağırsak bakteri topluluklarının, karışık bir DNA şablonu amplifiye ve klonlanabilir. Bu bilgi ile, kullanıcı kamu veritabanları 13,14 sekans bilgileri aldıktan sonra bakteri türlerini tespit etmek mümkün değildir. Bununla birlikte, dizileme, bakteri tanımlamak için yaklaşımlartopluluklar nedeniyle toplum içinde bireysel türlerin içsel metabolik katkısı hakkında bilgi eksikliği yetersiz kalır. Kararlı izotop (SIP) sondalama gelecek vaat eden bir kültür-free tekniktir. Bu genellikle belirli metabolik faaliyetlerle bağlantılı mikrobiyal filogenezlerini analiz çevre mikrobiyolojisi kullanılır. Bu, fosfolipid türetilen yağlı asitler, DNA ve RNA gibi mikrobik biyolojik 5, alt-tabakalar olarak istikrarlı, izotop işaretli atomuna takip ederek elde edilir. Nükleik asitler göz önüne alındığında, bu yöntemin yoğunluk gradyan ultrasantrifüjü ile 6 etiketlenmemiş DNA&#39;dan 13 C-etiketli DNA ya da RNA&#39;nın ayrılması üzerine dayanır. Nedeniyle DNA etiket ve metabolik aktivite arasındaki doğrudan bağlantı için, nükleik asitlerin bir alt analiz moleküler türlerin tanımlar ve metabolik faaliyetleri ile ilgili bilgi sağlar. Ayrıca, DNA-ve SIP, piro sıralamadır kombinasyonu tarafından uygulananPilloni, von Netzer, et al. 15 ağır 13C-etiketli DNA fraksiyonunda mevcut olan bakteri türlerinin özellikle basit ve hassas bir şekilde tanımlanmalarına olanak sağlar. Şimdiye kadar, bu teknik, 16,17 aerobik ve anaerobik koşullar altında 18,19 toprakta biyokimyasal süreçlerde bakteriyel toplulukları tarif etmek için uygulanmıştır. Sindirilmeyen karbonhidrat tepki olarak insan intestinal mikrobiyota farklı filogenetik gruplar metabolik faaliyetleri tarif Reichardt, et al. 5 tarafından bildirilen gibi çevresel biliminde kullanım yanı sıra, teknik tıp bilimlerinde uygulanmıştır. Burada bağırsakta metabolik olarak aktif bakteri türlerinin DNA &#39;etiket&#39; için 13 C-glikoz kullanımı. Glukoz durumlar 20 bilinmesine rağmen, yaygın Entner-Doudoroff (ED) yolu boyunca pek çok bakteri türleri tarafından kullanılan bir şekerdir. Builgi metabolitleri ve kurulan yollar boyunca karbon kaynağı arasındaki bir bağlantı sağlayan güvenilir metabolik prob olarak 13 C-glikoz kullanımını haklı. Bilimsel Söz, başka alt-tabakalar, örneğin, 13 C-metan, 13 CO2, ya da bir 13 CO2 atmosferi altında yükseltilmiş bitki bağlı olarak, metabolik faaliyetleri gidermek için kullanılabilir. Bu noktada, bir genel böcek, yani S. bağırsak bakteri topluluğunun metabolik karakterizasyonunda uygulanan protokol mevcut littoralis (Lepidoptera, Noctuidae). Ayrıca, bu metod da yüksek çözünürlük ve hassasiyet ile böcek bağırsağı bakteri topluluğunun belirlenmesini sağlar, piro sıralamadır, bağlanmıştır. Ana tabaka olarak, 13 C-etiketli glikoz deneylerde kullanılmıştır.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="872"> 
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:384px;">Dumont #5 Mirror Finish Forceps</td>
			<td style="width:203px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:135px;">11251-23</td>
			<td style="width:151px;"> </td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vannas Spring Scissors</td>
			<td>Fine Science Tools</td>
			<td>15000-00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Speed Vacuum Concentrator 5301</td>
			<td>Eppendorf Germany</td>
			<td>5305 000.304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Plastic pestle</td>
			<td>Carl Roth GmbH Co. Germany</td>
			<td>P986.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NanoVue spectrophotometer</td>
			<td>GE HealthCare, UK</td>
			<td>28-9569-58</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mastercycler pro/thermocycler</td>
			<td>Eppendorf Germany</td>
			<td>6321 000.515</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Agagel Standard Horizontal Gel Electrophoresis chamber</td>
			<td>Biometra</td>
			<td>Discontinued</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Ultracentrifuge (Optima L-90K)</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>A20684</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Ultracentrifuge rotor (NVT 90)</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>362752</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HPLC pump</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>1100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Quick-Seal, Polyallomer tube</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>342412</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Transilluminator UVstar 15 </td>
			<td>Biometra</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identification of metabolically active bacteria in the gut of the generalist spodoptera littoralis via dna stable isotope probing using 13c-glucose

Çoğu böceklerin bağırsaklar simbiyotik patojenik bakterilerin karmaşık topluluklar tarafından iskan. Bu tür mikrobiyal topluluklar içinde bu ortakçı veya mutualistik bakteri türleri tanımlamak mümkündür. İkincisi olanlar, örneğin, diğerlerinin yanı sıra, temel amino asitler 4 sentezi de dahil olmak üzere, immün yanıtı 2, feromon üretim 3, hem de beslenme artırılması, böcek üreme 1 &#39;de yardımcı böcek birden fazla fonksiyona hizmet ettiği gözlenmiştir. Nedeniyle bu derneklerin önemine, birçok çabaların bireysel üyeleri aşağı toplulukları karakterize etmek için yapılmıştır. Ancak, bu çabaların çoğu ya ekimi yöntemlerine dayalı veya nihai tanımlama için dizilmiştir 16S rRNA gen parçalarının üretimi dayanıyordu edildi. Ne yazık ki, bu yaklaşım, sadece, bağırsakta mevcut olan bakteri türleri belirlenmiştir ve hiçbir informat ResimMikroorganizmaların metabolik aktivitesi üzerinde iyon. Bir böceğin bağırsağında metabolik olarak aktif bakteri türünü karakterize etmek için, evrensel bir alt-tabaka olarak 13 C-glukoz kullanılarak in vivo (SIP) tarama ve sabit izotop kullanılır. Bu kendi özel metabolik aktivite mikrobiyal filogenilerin bağlantısını sağlayan ümit verici bir kültür-free tekniktir. Bu, DNA ve RNA 5 gibi mikrobiyal belirteçler, içine yüzeylerde istikrarlı, izotop işaretli atomları takip mümkündür. DNA, etiketlenmemiş (12 ° C) ile karşılaştırıldığında etiketlenmiş DNA yoğunluğunu arttırır içine 13 ° C arasında birleşme izotopları. Sonunda, 13C-etiketli DNA ya da RNA, 12 C-etiketli olmayan benzer bir 6 ila yoğunluk gradyanlı ultra-santrifüj ile ayrılır. Ayrılmış olan bir nükleik asit isotopomers daha sonraki moleküler analizi türlerin metabolizma aktivitesi ve kimlik arasındaki bağlantıyı sağlar. Burada, bir kültürlü bir böcek (bizim model sistem), Spodoptera littoralis (Lepidoptera, Noctuidae) bağırsağında metabolik olarak aktif bakterileri tanımlamak için kullanılan bir protokol mevcut. DNA filogenetik analizi, böcek bağırsağı bakteri eden tanımlanmasında yüksek çözünürlük ve hassasiyet izin piro sıralamadır, kullanılarak yapıldı. Ana substrat olarak, 13 C-etiketli glikoz deneylerde kullanılmıştır. Substrat yapay bir diyet kullanılarak böcekler beslenmiştir.

Böcek bağırsağında bulunan metabolik olarak aktif bakteri, yeterli etiketleme elde etmek için, bir böcek, bir etiketlenmemiş hafif kolayca etiketli ağır fraksiyonunun ayrılmasını sağlamak için yeterli bir süre için, daha önce optimize 13 C açısından zengin bir alt tabakaya açık olmalıdır. Bizim durumumuzda, 13C-glükoz 1 gün (Şekil 1A) boyunca 10 mM&#39;lik bir son konsantrasyonda suni diyet takviye edilmiştir. Normal glikoz (Şekil 1 B)...

Watch this Scientific Journal Video about Identification of Metabolically Active Bacteria in the Gut of the Generalist Spodoptera littoralis via DNA Stable Isotope Probing Using 13C-Glucose at JoVE.co

Identification of Metabolically Active Bacteria in the Gut of the Generalist Spodoptera littoralis via DNA Stable Isotope Probing Using 13C-Glucose

Spodoptera littoralis gut ile ilişkili aktif bakteriyel topluluk, piro sıralamadır bağlanmış kararlı-izotop-tarama (SIP) ile belirlenmiştir. Bu yöntemi kullanarak, toplum içinde aktif metabolik bakteri türlerinin belirlenmesi, yüksek çözünürlük ve hassasiyet ile yapıldı.

Kültürlü ve Gut metabolik Aktif Bakterilerin Tanımlanması<em&gt; Spodoptera littoralis</em&gt; DNA Kararlı İzotop yoluyla kullanma Probing<sup&gt; 13</sup&gt; C = Glukoz

Guts of most insects are inhabited by complex communities of symbiotic nonpathogenic bacteria. Within such microbial communities it is possible to ...

Research

JoVE Journal

Biology

Identification of Metabolically Active Bacteria in the Gut of the Generalist Spodoptera littoralis via DNA Stable Isotope Probing Using 13C-Glucose

Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite (Zootermopsis Angusticollis) and Visualizing Gut Microbes

Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite Zootermopsis Angusticollis and Visualizing Gut Microbes

Termit Gut Mikroplar (Zootermopsis Angusticollis) DNA ayıklanıyor ve Gut Mikroplar görselleştirme

Termites are among the few animals known to have the capacity to subsist solely by consuming wood.  The termite gut tract contains a dense and ...

DNA Stable-Isotope Probing (DNA-SIP)

DNA Stable-Isotope Probing DNA-SIP

DNA Kararlı-İzotop (DNA-SIP) Probing

DNA stable-isotope probing (DNA-SIP) is a powerful technique for identifying active microorganisms that assimilate particular carbon substrates and ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

Active T. in vitro Sulandırma castaneum Telomeraz

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Visualization of DNA Replication in the Vertebrate Model System DT40 using the DNA Fiber Technique

DNA replikasyonu Görselleştirme Omurgalı Model Sistemi DT40 DNA Fiber Tekniği

Maintenance of replication fork stability is of utmost importance for dividing cells to preserve viability and prevent disease. The processes involved not ...

Robust 3D DNA FISH Using Directly Labeled Probes

Doğrudan Etiketli Problar kullanarak Sağlam 3D DNA BALIK

3D DNA FISH has become a major tool for  analyzing three-dimensional organization of the nucleus, and several variations  of the technique have been ...

Identification of Post-translational Modifications of Plant Protein Complexes

Plant protein kompleksleri, çevirim sonrası değişikliklerin belirlenmesi

Plants adapt quickly to changing environments due to elaborate perception and signaling systems. During pathogen attack, plants rapidly respond to ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Arabidopsis Protein-DNA Etkileşimleri Tespiti için Kromatin Immunoprecipitation Deneyi<em&gt; İn Vivo</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

Retroviral Entegrasyon Siteleri Amplifikasyon, Yeni Nesil Sıralama ve Genomik DNA Haritalama

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

Experimental Protocol for Using Drosophila As an Invertebrate Model System for Toxicity Testing in the Laboratory

Experimental Protocol for Using Drosophila As an Invertebrate Model System for Toxicity Testing in the Laboratory

Drosophila toksisite laboratuvarda test etmek için bir omurgasız Model sistemi olarak kullanmak için deneysel protokol

Emergent properties and external factors (population-level and ecosystem-level interactions, in particular) play important roles in mediating ...

Establishing Stable Binary Cultures of Symbiotic Saccharibacteria from the Oral Cavity

Ağız Boşluğundan Simbiyotik Sakkarakterinin Kararlı İkili Kültürlerinin Kurulması

Many bacterial species cannot be cultured in the laboratory using standard methods, posing a significant barrier to studying the majority of microbial ...