Name: microrna in situ hybridization for formalin fixed kidney tissues
Uploaded: 2013-11-30T19:30:00
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Este trabajo fue financiado por los Institutos Nacionales de Salud de Estados Unidos otorga HL082798 y HL111580.

1. Secciones de tejido de riñón <ol><li> Fijado en formol (10%) secciones de riñón incluidas en parafina se cortan en portaobjetos de microscopio con un espesor de 5 mm usando una Microm HM 355 S. Los portaobjetos se pueden almacenar durante varios meses antes del análisis. </li></ol> 2. Preparación de la Solución <ol><li> Preparar 1 l de 1x PBS en ddH2O en un frasco con tapa de rosca autoclavable. Llene otra botella con 1 l de ddH 2 O. Añadir 1 ml de DEPC a cada...

<ol>
	<li>Nagalakshmi, V. K., Ren, Q., Pugh, M. M., Valerius, M. T., McMahon, A. P., Yu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dicer+regulates+thedevelopment+of+nephrogenic+and+ureteric+compartments+in+the+mammalian+kidney.">Dicer regulates thedevelopment of nephrogenic and ureteric compartments in the mammalian kidney.</a> Kidney Int. 79 (3), 317-330 (2011).</li><li>Ho, J., Pandey, P., Schatton, T., Sims-Lucas, S., Khalid, M., Frank, M. H., Hartwig, S., Kreidberg, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+pro-apoptotic+protein+Bim+is+a+MicroRNA+target+in+kidney+progenitors.">The pro-apoptotic protein Bim is a MicroRNA target in kidney progenitors.</a> J. Am. Soc. Neph. 22 (6), 1053-1063 (2011).</li><li>Tian, Z., Greene, A. S., Pietrusz, J. L., Matus, I. R., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA-target+pairs+in+the+rat+kidney+identified+by+microRNA+microarray,+proteomic,+and+bioinformaticanalysis.">MicroRNA-target pairs in the rat kidney identified by microRNA microarray, proteomic, and bioinformaticanalysis.</a> Genome Res. 18 (3), 404-411 (2008).</li><li>Mladinov, D., Liu, Y., Mattson, D. L., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs+contribute+to+the+maintenance+of+cell-type-specific+physiological+characteristics:+miR-192+targets+Na+/K+-ATPase+&#946;1.">MicroRNAs contribute to the maintenance of cell-type-specific physiological characteristics: miR-192 targets Na+/K+-ATPase &#946;1.</a> Nucleic Acids Res. 41 (2), 1273-1283 (2013).</li><li>Liu, Y., Taylor, N. E., Lu, L., Usa, K., Cowley, A. W., Ferreri, N. R., Yeo, N. C., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Renal+medullary+microRNAs+in+Dahl+salt-sensitive+rats:+miR-29b+regulates+several+collagens+and+related+genes.">Renal medullary microRNAs in Dahl salt-sensitive rats: miR-29b regulates several collagens and related genes.</a> Hypertension. 55 (4), 974-982 (2010).</li><li>Kato, M., Zhang, J., Wang, M., Lanting, L., Yuan, H., Rossi, J. J., Natarajan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA-192+in+diabetic+kidney+glomeruliand+its+function+in+TGF-b-induced+collagen+expression+via+inhibition+of+E-box+repressors.">MicroRNA-192 in diabetic kidney glomeruliand its function in TGF-b-induced collagen expression via inhibition of E-box repressors.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (4), 3432-3437 (2007).</li><li>Krupa, A., Jenkins, R., Luo, D. D., Lewis, A., Phillips, A., Fraser, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loss+of+microRNA-192+promotes+fibrogenesis+in+diabetic+nephropathy.">Loss of microRNA-192 promotes fibrogenesis in diabetic nephropathy.</a> J. Am. Soc. Neph. 21 (3), 438-447 (2010).</li><li>Wang, B., Herman-Edelstein, M., Koh, P., Burns, W., Jandeleit-Dahm, K., Watson, A., Saleem, M., Goodall, G. J., Twigg, S. M., Cooper, M. E., Kantharidis, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=E-cadherin+expression+is+regulated+by+miR-192/215+by+a+mechanism+that+is+independent+of+the+profibrotic+effects+of+transforming+growth+factor-&#946;.">E-cadherin expression is regulated by miR-192/215 by a mechanism that is independent of the profibrotic effects of transforming growth factor-&#946;.</a> Diabetes. 59 (7), 1794-1802 (2010).</li><li>Kato, M., Arce, L., Wang, M., Putta, S., Lanting, L., Natarajan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+microRNA+circuit+mediates+transforming+growth+factor-&#946;1+autoregulation+in+renal+glomerular+mesangial+cells.">A microRNA circuit mediates transforming growth factor-&#946;1 autoregulation in renal glomerular mesangial cells.</a> Kidney Int. 80 (4), 358-368 (2011).</li><li>Gottardo, F., Liu, C. G., Ferracin, M., Calin, G. A., Fassan, M., Bassi, P., Sevignani, C., Byrne, D., Negrini, M., Pagano, F., Gomella, L. G., Croce, C. M., Baffa, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Micro-RNA+profiling+in+kidney+and+bladder+cancers.">Micro-RNA profiling in kidney and bladder cancers.</a> Urol. Oncol. 25 (5), 387-392 (2007).</li><li>Juan, D., Alexe, G., Antes, T., Liu, H., Madabhushi, A., Delisi, C., Ganesan, S., Bhanot, G., Liou, L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+microRNA+panel+for+clear-cell+kidney+cancer.">Identification of a microRNA panel for clear-cell kidney cancer.</a> Urol. 75 (4), 835-841 (2010).</li><li>Xu, X., Kriegel, A. J., Liu, Y., Usa, K., Mladinov, D., Liu, H., Fang, Y., Ding, X., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Delayed+ischemic+preconditioning+contributes+to+renal+protection+by+upregulation+of+miR-21.">Delayed ischemic preconditioning contributes to renal protection by upregulation of miR-21.</a> Kidney Int. 82 (11), 1167-1175 (2012).</li><li>Kriegel, A. J., Mladinov, D., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translational+study+of+microRNAs+and+its+application+in+kidney+disease+and+hypertension.">Translational study of microRNAs and its application in kidney disease and hypertension.</a> 122 (10), 439-447 (2012).</li><li>Kloosterman, W. P., Wienholds, E., de Bruijn, E., Kauppinen, S., Plasterk, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+detection+of+miRNAs+in+animal+embryos+using+LNA-moidified+oligonucleotide+probes.">In situ detection of miRNAs in animal embryos using LNA-moidified oligonucleotide probes.</a> Nat. Methods. 3 (1), 27-29 (2006).</li><li>Nelson, P. T., Baldwin, D. A., Kloosterman, W. P., Kauppinen, S., Plasterk, R. H., Mourelatos, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RAKE+and+LNA-ISH+reveal+microRNA+expression+and+localization+in+archival+human+brain+tissue.">RAKE and LNA-ISH reveal microRNA expression and localization in archival human brain tissue.</a> RNA. 12 (2), 187-191 (2006).</li><li>Obernosterer, G., Martinez, J., Alenius, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Locked+nucleic+acid-based+in+situ+detection+of+microRNAs+in+mouse+tissue+sections.">Locked nucleic acid-based in situ detection of microRNAs in mouse tissue sections.</a> Nat. Protocols. 2 (6), 1508-1514 (2007).</li><li>Kriegel, A. J., Liu, Y., Cohen, B., Usa, K., Liu, Y., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MiR-382+targeting+of+kallikrein+5+contributes+to+renal+inner+medullary+interstitial+fibrosis.">MiR-382 targeting of kallikrein 5 contributes to renal inner medullary interstitial fibrosis.</a> Physiol. Genomics. 44 (4), 259-267 (2012).</li></ol>

El objetivo de este artículo es describir un protocolo de miRNA de hibridación in situ que funciona bien en los tejidos renales fijas con formalina. Si bien la elaboración de este protocolo se han identificado varias fuentes importantes de artefactos de tinción. Una cuidadosa atención a estos puntos puede ayudar a evitar artefactos de tinción y aumentar la probabilidad de una exitosa carrera ISH. Una de las causas más evitables de artefactos de tinción puede ocurrir cuando l...

MicroARN son pequeños (aproximadamente 22 nucleótidos de largo) RNAs no codificantes que se producen de manera endógena. Por lo general, funcionan para suprimir la expresión de la proteína a través de la represión de traducción o degradación de ARNm. miRNAs se unen a los objetivos de mRNA con complementariedad incompleta, por lo que es posible que un solo miARN para suprimir múltiples objetivos. Entender cuáles son los tipos y estructuras celulares expresan miRNAs es una parte importante de la comprensión de los mecanismos por los que las alteraciones en la expresión de miRNA influencia celular y fenotipos de tejidos. Mientras que los métodos como la secuenciación de los genes miARN, qPCR y transferencia de Northern se pueden utilizar para la detección de miRNAs en tejidos enteros, este enfoque no permite determinar qué tipo de célula específica que llegaron desde el interior de un determinado tejido. La disección de los componentes celulares y estructurales antes del análisis utilizando estos métodos puede ser muy difícil y las condiciones necesarias para lograr aislamientos adecuados puede conducir a alterations en la expresión o la degradación de los ARN de genes. microARN hibridación in situ es un método utilizado para visualizar la ubicación de microARN y los niveles de expresión en los tejidos. Esta técnica es especialmente valiosa en los tejidos compuestos de estructuras heterogéneas, tales como el riñón. Los microARNs se ha demostrado que desempeñan un papel regulador en 2,3 el desarrollo del riñón y de la fisiología 4. alteraciones de expresión de microARN también se han demostrado estar involucrados con la patología renal, como la fibrosis 5-10, nefropatía diabética 7, carcinoma renal 11,12, y la lesión renal aguda 13. En nuestra investigación, hemos encontrado que la optimización de micro ARN hibridación in situ para los tejidos del riñón era valiosa para determinar las ubicaciones estructurales exactas de los genes miARN expresión tanto en la salud y la enfermedad 14. Determinación de la expresión tubular y celular de diferentes microRNAs es importante porque su regulación de TArgets pueden depender de las funciones celulares. En estados de enfermedad también es importante para determinar cómo las alteraciones en la expresión de los genes miARN pueden ser función impactando. El objetivo del método descrito aquí era construir en las metodologías existentes ISH desarrollados por Kloosterman et al. 15, otros investigadores 16,17, y los sugeridos por Exiqon 1 y optimizar el método para tejidos renales fijos formalina. Hemos utilizado con éxito este método para identificar las diferencias regionales en distintas renal expresión de microARN miR-382 con obstrucción ureteral unilateral 18. Este enfoque se puede utilizar con otros tejidos, así, con la optimización adicional.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="481">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Paraformaldehyde</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td style="width:137px;">P6148</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">PBS</td>
			<td style="width:71px;">Gibco</td>
			<td style="width:137px;">70011044</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Diethyl Pyrocarbonate</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td style="width:137px;">D5758</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Tween-20</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td style="width:137px;">P1379</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Xylenes</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td style="width:137px;">534056</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:195px;">Ethanol</td>
			<td style="width:71px;">Ultra Pure</td>
			<td style="width:137px;">200CSPTP</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:195px;">Tris-HCl</td>
			<td style="width:71px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:137px;">15506-017</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">CaCl2</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td style="width:137px;">C2536</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:195px;">Glycine</td>
			<td style="width:71px;">J.T. Baker</td>
			<td style="width:137px;">4059-00</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Citric Acid</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td style="width:137px;">C2404</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Formamide</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td style="width:137px;">F9037</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:195px;">20x SSC Buffer</td>
			<td style="width:71px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:137px;">15557-044</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:195px;">Heparin</td>
			<td style="width:71px;">SAGENT</td>
			<td style="width:137px;">25021-400-30</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:195px;">Yeast RNA</td>
			<td style="width:71px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:137px;">AM7118</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">MgCl2</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td style="width:137px;">M8266-1004</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:195px;">NaCl</td>
			<td style="width:71px;">J.T. Baker</td>
			<td style="width:137px;">4058-01</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:195px;">Proteinase K</td>
			<td style="width:71px;">Fermentas</td>
			<td style="width:137px;">EO0491</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:195px;">3&#8217; DIG- miRNA probe</td>
			<td style="width:71px;">Exiqon</td>
			<td style="width:137px;">miR dependent-05</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:195px;">3&#8217; DIG- Scrambled miR probe</td>
			<td style="width:71px;">Exiqon</td>
			<td style="width:137px;">99004-05</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">3&#8217; DIG- U6 miR probe</td>
			<td style="width:71px;">Exiqon</td>
			<td style="width:137px;">99002-05</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Anti-Digoxigenin-Ab Fab</td>
			<td rowspan="2" style="width:71px;">Roche</td>
			<td rowspan="2" style="width:137px;">11093274910</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Fragments</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">NBT/BCIP</td>
			<td style="width:71px;">Roche</td>
			<td style="width:137px;">11681451001</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Permount</td>
			<td style="width:71px;">Fisher</td>
			<td style="width:137px;">SP15-500</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Coverslips</td>
			<td style="width:71px;">Fisher</td>
			<td style="width:137px;">Fit to tissue size</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:195px;">Microtom HM 355 S</td>
			<td style="width:71px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:137px;">23-900-672</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:195px;">In-slide Out Hybridization Oven</td>
			<td style="width:71px;">Boekel</td>
			<td style="width:137px;">241000</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Aluminum Tray Assembly</td>
			<td style="width:71px;">Boekel</td>
			<td style="width:137px;">C2403973</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:195px;">Stainless Steel Rack Insert</td>
			<td style="width:71px;">Boekel</td>
			<td style="width:137px;">C2403754</td>
			<td style="width:79px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

microrna in situ hybridization for formalin fixed kidney tissues

En este artículo se describe un método para la detección colorimétrica de miRNA en el riñón a través de la hibridación in situ con digoxigenina etiquetados sondas de microARN. Este protocolo, desarrollado originalmente por Kloosterman y colegas por un amplio uso con sondas Exiqon miARN 1, se ha modificado para superar los desafíos inherentes en el análisis de miRNA en los tejidos renales. Estos incluyen temas como la identificación de la estructura y la fuerza para eliminar la sonda residual y anticuerpos. El uso de relativamente delgada, de 5 mm de espesor, las secciones de tejido se admiten para la visualización clara de las estructuras del riñón, mientras que una señal de la sonda fuerte fue retenido en las células. Además, se han optimizado las condiciones de concentración de la sonda y de incubación para facilitar la visualización de expresión de microARN con bajo fondo y la señal no específica. Aquí, el protocolo optimizado se describe, que cubre la recogida inicial del tejido y la preparación a través del montaje de diapositivas al final del procedimiento. El Compon básicaNTS de este protocolo pueden ser alterados para su aplicación a otros tejidos y modelos de cultivo celular.

Las zonas de una sección de tejido que se convierten secó a cabo durante las hibridaciones, las incubaciones o etapas de lavado, generalmente, terminan tinción más oscura durante el desarrollo de NBT / BCIP. Figura 1 muestra una parte de una sección del riñón en la que el HybriSlip deslizó fuera del borde de el tejido, permitiendo que se convierta parcialmente deshidratado. A pesar de la rehidratación y la cobertura en los pasos restantes, la señal en la porción deshidratada es artificialment...

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MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

En este artículo se describe un protocolo de hibridación in situ optimizado para la detección colorimétrica de expresión de microARN en secciones de riñón fijas con formalina.

MicroRNA<em&gt; In situ</em&gt; La hibridación de los tejidos del riñón y fijados con formalina

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA ...

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