Name: lesion explorer: a video-guided, standardized protocol for accurate and reliable mri-derived volumetrics in alzheimer's disease and normal elderly
Uploaded: 2014-04-14T16:45:00
Duration: 12 min 50 s
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लेखकों कृतज्ञता निम्न स्रोतों से वित्तीय सहायता को स्वीकार करते हैं. विकास और विभिन्न न्यूरोइमेजिंग विश्लेषण के परीक्षण के सबसे विशेष रूप से कनाडा के स्वास्थ्य अनुसंधान संस्थान (एमओपी # 13,129), कनाडा और अल्जाइमर एसोसिएशन (अमेरिका), दिल के अल्जाइमर सोसायटी और स्ट्रोक के लिए स्ट्रोक फाउंडेशन कनाडा की भागीदारी से कई अनुदान द्वारा समर्थित किया गया रिकवरी (HSFCPSR), और नियंत्रण रेखा कैम्पबेल फाउंडेशन. जेआर कनाडा के अल्जाइमर सोसायटी की ओर से वेतन समर्थन प्राप्त करता है; न्यूरोलॉजी में ब्रिल चेयर सहित Sunnybrook और टी यू पर Sunnybrook अनुसंधान संस्थान और चिकित्सा विभाग से एसईबी. लेखक भी HSFCPSR से वेतन समर्थन प्राप्त करते हैं.

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	<li>Ramirez, J., Gibson, E., Quddus, A., Lobaugh, N. J., Feinstein, A., Levine, B., Scott, C. J., Levy-Cooperman, N., Gao, F. Q., Black, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lesion+Explorer:+A+comprehensive+segmentation+and+parcellation+package+to+obtain+regional+volumetrics+for+subcortical+hyperintensities+and+intracranial+tissue.">Lesion Explorer: A comprehensive segmentation and parcellation package to obtain regional volumetrics for subcortical hyperintensities and intracranial tissue.</a> Neuroimage. 54 (2), 963-973 (2011).</li><li>Ramirez, J., Scott, C. J., Black, S. 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लेखकों का खुलासा करने के लिए कुछ भी नहीं है.

ले विभाजन और parcellation प्रक्रिया ई. और सामान्य बुजुर्ग की एमआरआई से क्षेत्रीय volumetrics प्राप्त करने के लिए विशेष रूप से विकसित किया गया था. इन कार्रवाई करने के लिए जटिल कम्प्यूटेशनल एल्गोरिदम लागू जो कई पूरी तरह से स्वचालित पाइपलाइनों रहे हैं, इन उपकरणों ले अर्द्ध स्वचालित पाइप लाइन है कि उत्पादन व्यक्तिगत सटीकता और शुद्धता की कमी के लिए करते हैं. अर्द्ध स्वचालित प्रक्रियाओं के साथ व्यापार बंद ठीक से शारीरिक ज्ञान और इस तरह के एक व्यापक पाइपलाइन को लागू करने के लिए आवश्यक कम्प्यूटेशनल कौशल के साथ ऑपरेटरों को प्रशिक्षित करने के लिए आवश्यक संसाधन हैं. हालांकि, एक व्यक्तिगत इमेजिंग पाइप लाइन के प्राथमिक लाभों में से एक स्वचालित पाइपलाइनों असफल जब neurodegeneration के गंभीर मामलों के लिए उदार से मात्रात्मक volumetrics प्राप्त करने की क्षमता है. ले पाइपलाइन पहले मूल्यांकन और विभिन्न बुजुर्ग और बावला आबादी 1,2,13,14,19,22,23, ए.आर. कि मुख्य मुद्दों के लिए लागू किया गया हैई आम तौर पर प्रशिक्षित ऑपरेटरों द्वारा सामना अच्छी तरह से प्रलेखित किया गया है और नीचे संक्षेप हैं. ब्रेन Sizer घटक के साथ आवश्यक मार्गदर्शन की जांच और संपादन TIV निकासी मास्किंग प्रक्रिया, vCSF reassignment और ब्रेन स्टेम, सेरिबैलम और अन्य subtentorial संरचनाओं के मैनुअल हटाने में शामिल हैं. मस्तिष्क निकासी के लिए, स्वत: TIV उत्पादन मूल PD/T2 छवियों अच्छी गुणवत्ता के हैं कि आम तौर पर प्रदान की एक सभ्य मुखौटा है. बहरहाल, कारण अवर लौकिक डंडे, मन्या धमनियों को समीपस्थ को संवहनी और तंत्रिका ऊतक औसत दर्जे के रिश्तेदार तीव्रता मूल्यों को इस क्षेत्र में आम तौर पर कुछ संपादन की आवश्यकता है. इसके अतिरिक्त, नाक गुहा में श्लेष्म स्वत TIVauto मुखौटा के अतिरिक्त मैनुअल संपादन की आवश्यकता होती हैं जो पूर्वकाल ललाट क्षेत्रों में तीव्रता कटौती नापसंद मूल्यों skewing, क्षेत्रीय तीव्रता histograms प्रभावित करता है. अंत में, अतिरिक्त मैनुअल संपादन आम तौर पर सबसे बेहतर क्षेत्रों में आवश्यक है जहां जीएलobal शोष सिर्फ ड्यूरा मेटर नीचे subarachnoid सीएसएफ की मात्रा में वृद्धि में परिणाम जाता है. वैकल्पिक रूप से, निलय बढ़ने के साथ जुड़े शोष vCSF reassignment के साथ आवश्यक ऑपरेटर हस्तक्षेप को कम करने के लिए जाता है. एक सप्ताह में तीन फीचर coregistration दृष्टिकोण होने का एक और लाभ यह संभावित कारण पीडी और T1 पर उनके रिश्तेदार तीव्रता को पहचान कर रहे हैं जो periventricular शिरापरक vasculopathy 5,24-26, (के लिए, समीपस्थ निलय को सिस्टिक तरल पदार्थ से भरे दौरे की पहचान करने की क्षमता है पीडी, T1 पर hypointense) पर hyperintense. ये hypointensities पूर्व आपरेशन floodfilling को ITK-SNAP_sb में तैयार की गई पुस्तिका सीमा का उपयोग vCSF से चित्रित किया जा सकता है. VCSF reassignment T1-अधिग्रहण अंतरिक्ष में किया जाता है के बाद से पीसी पूरी तरह से दिखाई नहीं देता है, तो संरेखण दूर ACPC विमान से भटक मामलों में जहां, एक सीमा, 3 वेंट्रिकल और quadrigeminal तालाब के लिए आवश्यक हो सकता है. Tentorium diff के लिए एक अपेक्षाकृत आसान संरचना हैerentiate, कई शरीर रचना विज्ञान के नियमों पर आधारित ब्रेन स्टेम और औसत दर्जे का टेम्पोरल लोब से मस्तिष्क peduncles की जुदाई लगाने खासकर जब subtentorial संरचनाओं के हाथ से हटाने का मार्गदर्शन में सहायता करते हैं. सब्रे landmarking विशेष संरचनात्मक स्थलों की मामूली उम्मीद के मुताबिक स्थानीयकरण के लिए अनुमति देता है, मानक ACPC गठबंधन छवियों में प्रदर्शन एक stereotaxic आधारित प्रक्रिया है. इस के लिए अपवाद के कारण neuroanatomy में व्यक्तिगत मतभेदों को चरम शोष और सामान्य परिवर्तनशीलता के साथ मामलों रहे हैं. पैरेन्काइमा की एक समग्र नुकसान में मस्तिष्क शोष परिणाम, स्थलों स्थान के लिए उपयुक्त अंक चुनने की कठिनाई बढ़ जाती है जो प्रमस्तिष्क दात्र, आसपास के midline के साथ बढ़ रही सीएसएफ. नियम आधारित प्रोटोकॉल सामान्य नियम के अपवाद आवश्यक हैं जहां मामलों की पहचान करने की जरूरत है. शरीर रचना विज्ञान में सामान्य परिवर्तन, विशेष रूप से केंद्रीय परिखा और parieto पश्चकपाल परिखा के सापेक्ष स्थान में, भी difficul वृद्धिइन संरचनाओं का मार्गदर्शन चित्रण की Ty. हालांकि, सब्रे द्वारा इस्तेमाल किया ग्राफिकल यूजर इंटरफेस काफी विशेष रूप से इन स्थलों के दृश्य के लिए निर्णय लेने की प्रक्रिया में सहायता करता है जो सतह प्रदान की गई छवियों का वास्तविक समय रोटेशन के लिए अनुमति देता है. अंत में, कुछ नियम आधारित प्रोटोकॉल (लाइन ट्रेसिंग खुद पर वापस जाने से रोका जाता है) केंद्रीय परिखा चित्रण जैसे ऑपरेटर उल्लंघन को रोकने के लिए सॉफ्टवेयर में प्रोग्राम के रूप में पीछे ले जाने के लिए मजबूर किया जाता है एकीकृत किया गया है. घाव Seg घटक के मार्गदर्शन जाँच प्रक्रिया प्रासंगिक hyperintensities का दृश्य पहचान में विशेषज्ञता, केवल एसएच की डिग्री के साथ अलग स्कैन करने के लिए प्रदर्शन के बाद अधिग्रहण कर लिया है कि एक दृश्य धारणा कौशल की आवश्यकता है. झूठी सकारात्मक न्यूनतम एल्गोरिदम प्रारंभिक विभाजन में सबसे त्रुटियों को दूर करने के साथ सहायता करते हैं. हालांकि, फैली हुई परिवाहकीय रिक्त स्थान के बीच भेदभाव: lentiform नाभिक और पुनः में (Virchow-रॉबिन रिक्त स्थान वीआरएस)बाहरी कैप्सूल, रोधपट, चरम कैप्सूल, और subinsular क्षेत्रों में लेवंत एसएच मुश्किल हो सकता है. इस बेसल ganglia में वीआरएस के साथ मामलों में विशेष रूप से कठिन है. न्यूरोइमेजिंग (प्रयास) पर संवहनी परिवर्तन रिपोर्टिंग के लिए मानकों की रूपरेखा हाल ही में एक कागज, lacunes से वीआरएस अंतर है, और वीआरएस एमआरआई पर अधिक रैखिक और सीएसएफ तीव्रता होने का वर्णन करने के लिए एक आकार कसौटी सिफारिश की. वीआरएस पहचान के साथ इन मुद्दों का समाधान करने के लिए, ले अपनाया है: lentiform नाभिक के भीतर हो जाता है कि किसी भी hyperintensity चयन से ऑपरेटरों को रोकता है जो एक) एक शरीर रचना विज्ञान आधारित शासन, ख) एक आकार व्यास में 5 मिमी से hyperintensities कम बाहर करने के लिए मानदंड, और ग) कारण पीडी, टी 2 और T1 27 रिश्तेदार सीएसएफ तीव्रता को अतिरिक्त बहिष्कार के लिए एक रिश्तेदार तीव्रता नियम. इसके अतिरिक्त, सामान्य hyperintense संकेत महासंयोजिका साथ प्रासंगिक एसएच के बीच अंतर करने के लिए मुश्किल हो सकता है, जो विशेष रूप से स्वभाव इमेजिंग पर midline और प्रमस्तिष्क दात्र, साथ में पाया जा सकता है. के मामलों मेंperiventricular क्षेत्रों में बाहर का विस्तार, जो केवल एसएच स्वीकार कर रहे हैं, जहां इस तरह के ओवरलैप करते हैं, शरीर रचना विज्ञान के नियमों पर आधारित लागू कर रहे हैं. अंत में, यह इस लिखित घटक जौव में एक वीडियो निर्देशित, मानकीकृत प्रोटोकॉल प्रकाशन (पूरक हैं, सराहना करते हैं कि महत्वपूर्ण है <a href="http://www.jove.com">http://www.jove.com</a> ). पारंपरिक स्थिर आंकड़े कुछ अवधारणाओं को समझाने में सहायता करते हैं, वीडियो आधारित ट्यूटोरियल ऐसे घाव एक्सप्लोरर के रूप में एक व्यापक न्यूरोइमेजिंग पाइपलाइन के साथ शामिल जटिल कार्यप्रणाली प्रक्रियाओं संवाद स्थापित करने में अधिक सक्षम हैं.

मस्तिष्क छवि विश्लेषण कम्प्यूटेशनल और neuroanatomical योग्यता के एक उच्च डिग्री के साथ कुशल ऑपरेटर की आवश्यकता होती है तंत्रिका विज्ञान के एक उभरता हुआ क्षेत्र है. चुंबकीय अनुनाद इमेजिंग (एमआरआई) से मात्रात्मक जानकारी प्राप्त करने के लिए, एक प्रशिक्षित ऑपरेटर अक्सर लागू करने के लिए आवश्यक है, निगरानी, ​​और संपादित करने, कच्चे MRIs से उत्पन्न कंप्यूटर जनित इमेजिंग outputs. कई &#39;पूरी तरह से स्वचालित&#39; इमेजिंग उपकरण इंटरनेट, सटीकता के माध्यम से आसानी से उपलब्ध हैं, और ज्ञान, प्रशिक्षण और डाउनलोड की उपकरण के साथ अपनेपन की कमी एक नौसिखिया ऑपरेटर द्वारा लागू जब विश्वसनीयता संदिग्ध है. साइट पर प्रशिक्षण सबसे बेहतर शिक्षण दृष्टिकोण है, एक वीडियो निर्देशित, मानकीकृत प्रोटोकॉल की प्रस्तुति छवियों का एक प्रशिक्षण सेट के साथ विशेष रूप से अगर एक व्यवहार्य विकल्प है. इसके अतिरिक्त, छवियों का प्रशिक्षण सेट एक ऐसी परोक्ष अंतर - करदाता विश्वसनीयता परीक्षा के रूप में गुणवत्ता नियंत्रण उपायों के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है. चर्चाउम्र बढ़ने और अल्जाइमर रोग (ई.) का अध्ययन है, खासकर जब एक छवि प्रसंस्करण पाइपलाइन विकसित की allenges तकनीकी और जैविक मुद्दों की एक विस्तृत श्रृंखला शामिल है. कुछ तकनीकी समस्याओं के कारण व्यक्तिगत मतभेदों और रोग प्रक्रियाओं के लिए पोस्ट प्रसंस्करण सुधार एल्गोरिदम 3, परिवर्तनशीलता के साथ संबोधित कर रहे हैं और अधिक जटिल बाधाओं परिचय. मस्तिष्क शोष और निलय इज़ाफ़ा पंजीकरण warping और टेम्पलेट मिलान दृष्टिकोण की व्यवहार्यता को कम कर सकते हैं. उम्र से संबंधित सफेद पदार्थ की उपस्थिति 4 परिवर्तन और subcortical hyperintensities (एसएच) 7,8, पित्ताशय तरल पदार्थ से भरे पोला की तरह दौरे 9,10, और फैली हुई परिवाहकीय रिक्त स्थान 11,12 के रूप में मनाया छोटे पोत रोग 5,6,, आगे विभाजन एल्गोरिदम जटिल. महत्वपूर्ण सफेद पदार्थ रोग के मामलों में, एक एकल T1 विभाजन केवल एक अतिरिक्त एसई के साथ ठीक किया जा सकता है, जो ग्रे मैटर (जीएम) 13, की overestimation में परिणाम सकता हैप्रोटॉन घनत्व (पीडी), टी 2 भारित (टी 2), या तरल पदार्थ से तनु उलटा वसूली (स्वभाव) इमेजिंग का उपयोग gmentation. इन चुनौतियों के प्रकाश में, घाव एक्सप्लोरर (ले) छवि प्रसंस्करण पाइपलाइन मानव हस्तक्षेप 1,2 बेहतर है जब विशेष चरणों में प्रशिक्षित ऑपरेटरों का उपयोग, एक अर्द्ध स्वचालित त्रिकोणीय सुविधा (T1, पीडी, टी 2) दृष्टिकोण लागू करता है. ब्रेन निष्कर्षण (या खोपड़ी स्ट्रिपिंग) आम तौर पर न्यूरोइमेजिंग में प्रदर्शन पहले अभियानों में से एक है. यह देखते हुए, कुल अंतर्कपालीय तिजोरी (TIV) निकालने की प्रक्रिया की शुद्धता बहुत आगे पाइप लाइन नीचे बाद में आपरेशन को प्रभावित करती है. मस्तिष्क के नुकसान में जिसके परिणामस्वरूप, अधिक कटाव महत्वपूर्ण, को जन्म दे सकती है पर-आकलन मस्तिष्क शोष की. वैकल्पिक रूप से, ड्यूरा और अन्य nonbrain बात का समावेश है, जिसके परिणामस्वरूप तहत कटाव महत्वपूर्ण, मस्तिष्क संस्करणों की मुद्रास्फीति को जन्म दे सकती है. उत्पन्न करने के लिए एक सप्ताह में तीन फीचर (T1, टी 2, और पीडी) दृष्टिकोण का उपयोग कर इन मुद्दों के कई ले ब्रेन Sizer घटक पतोंएकल सुविधा तरीकों 1 की तुलना में बेहतर परिणाम पैदावार जो एक TIV मुखौटा,. इसके अतिरिक्त, स्वत: उत्पन्न TIV मुखौटा मैन्युअल रूप से जाँच की और खोपड़ी अलग करना त्रुटियों के लिए अतिसंवेदनशील क्षेत्रों की पहचान करता है जो मानकीकृत प्रोटोकॉल का उपयोग कर संपादित किया है. जीएम, सफेद पदार्थ (WM), या मस्तिष्कमेरु द्रव (सीएसएफ): मस्तिष्क निकासी के बाद, विभाजन प्रत्येक मस्तिष्क voxel 1 से 3 के लेबल को सौंपा है जहां खोपड़ी छीन T1, पर किया जाता है. विभाजन स्वतः वैश्विक और स्थानीय तीव्रता histograms के लिए आवेदन किया है एक मजबूत वक्र ढाले कलन विधि का उपयोग कर पूरा किया है; एक तकनीक तीव्रता nonuniformity विरूपण साक्ष्य और ई. मामलों में 14 में जीएम और WM तीव्रता आयाम के बीच एक कम जुदाई का समाधान करने के लिए विकसित की है. ब्रेन Sizer घटक भी निलय और subtentorial संरचनाओं को हटाने का मार्गदर्शन पद के लिए प्रक्रियाओं में शामिल हैं. निलय का आकार आमतौर पर इस्तेमाल किया BIOMAR है के रूप में निलय सीएसएफ (vCSF) के विभाजन विशेष रूप से महत्वपूर्ण हैई. पागलपन 15 के लिए केर. इसके अतिरिक्त, निलय और रंजित जाल का चित्रण शिरापरक कोलेजन का कोई रोग 5,16,17 द्वारा विशेषता छोटे पोत रोग का एक रूप को प्रतिबिंबित करने के लिए माना जाता है जो periventricular hyperintensities (pvSH), की समुचित पहचान के लिए जरूरी है. संदर्भ के लिए T1 का प्रयोग, vCSF को सीएसएफ voxels के मार्गदर्शन relabeling खंडों छवि पर मार्गदर्शन floodfill आपरेशनों के साथ पूरा किया है. आमतौर पर, पार्श्व ventricles sulcal सीएसएफ से अलग करने के लिए आसान कर रहे हैं. इस कारण से, यह बेहतर स्लाइस से शुरू करने और हीन होकर घूम रहा है, अक्षीय देखने में floodfilling शुरू करने की सिफारिश की है. वेंट्रिकुलर सिस्टम, विशेष रूप से 3 वेंट्रिकल की औसत दर्जे भागों को चित्रित करने के लिए और अधिक कठिन है और मार्गदर्शन में रेखांकित कर रहे हैं जो विशेष शरीर रचना विज्ञान के नियमों पर आधारित दिया जाता है. ब्रेन Sizer के अंतिम चरण के लिए एक अतिरिक्त सेट ओ में वर्णित पुस्तिका ट्रेसिंग प्रक्रियाओं का उपयोग, ब्रेन स्टेम को हटाने, सेरिबैलम, और अन्य subtentorial संरचनाओं शामिलच शरीर रचना विज्ञान आधारित मानकीकृत प्रोटोकॉल. अर्द्ध स्वचालित मस्तिष्क क्षेत्र निष्कर्षण (सब्रे) घटक पाइपलाइन के parcellation प्रक्रिया है. इस चरण के बाद संरचनात्मक स्थलों की पहचान करने के लिए प्रशिक्षित ऑपरेटरों की आवश्यकता है: पूर्वकाल और कूल्हों संयोजिका (एसी, पीसी); मस्तिष्क बढ़त पीछे; केंद्रीय नहर; मध्य बाण के समान विमान; preoccipital निशान; occipito-पार्श्विका परिखा; केंद्रीय परिखा, और; Sylvian विदर. इन ऐतिहासिक निर्देशांक के आधार पर, एक Talairach की तरह 18 ग्रिड स्वतः उत्पन्न होता है और क्षेत्रीय parcellation 19 से पूरा किया है. लैंडमार्क्स आसानी से स्वत: उत्पन्न और मैन्युअल पूर्व सब्रे landmarking प्रक्रियाओं के लिए जाँच कर रहे हैं जो ACPC गठबंधन छवियों, पर पहचाने जाते हैं. घाव Seg घटक एसएच पहचान और मात्रा का ठहराव पूरा किया है जहां पाइप लाइन के अंतिम चरण में है. प्रारंभिक स्वत: एसएच विभाजन PD/T2-based एसएच segme भी शामिल है जो एक जटिल एल्गोरिथ्म लागू करता हैntation, फजी सी साधन मास्किंग, और निलय फैलने. इन आपरेशनों मैन्युअल रूप से जाँच की है और झूठी सकारात्मक और अन्य त्रुटियों के लिए संपादित की है कि एक स्वत: उत्पन्न घाव विभाजन नकाब में परिणाम. एमआरआई पर hyperintense संकेत nonpathological स्रोतों (जैसे प्रस्ताव विरूपण साक्ष्य, सामान्य जीव विज्ञान) से हो सकता है के रूप में, उचित प्रशिक्षण प्रासंगिक एसएच की सटीक पहचान के लिए आवश्यक है. ले पाइपलाइन के अंतिम परिणाम 26 सब्रे मस्तिष्क क्षेत्रों में parcellated रहे हैं जो 8 विभिन्न ऊतकों और घाव volumetrics युक्त एक व्यापक बड़ा प्रोफाइल है. परोक्ष एक व्यक्ति ऑपरेटर के अंतर - करदाता विश्वसनीयता परीक्षण प्राप्त करने के लिए, यह सॉफ्टवेयर (http://sabre.brainlab.ca) के साथ दिए गए प्रशिक्षण के सेट पर पूरा ले पाइपलाइन पर अमल करने की सिफारिश की है. बड़ा परिणामों का उपयोग करना, अंतर - कक्षा सहसंबंध गुणांक (आईसीसी) 20 आँकड़ों प्रत्येक सब्रे क्षेत्र में प्रत्येक ऊतक वर्ग (जीएम / WM / सीएसएफ) के लिए गणना की जा सकती. Segmentatio का प्रयोगn छवियों, समानता सूचकांक (एसआई) 21 आँकड़ों स्थानिक अनुरूपता की डिग्री का मूल्यांकन करने के लिए गणना की जा सकती. समय की एक संक्षिप्त अवधि के संचालक 1 सेंट और 2 एन डी विभाजन संपादन के बीच बीत जाने के बाद इसके अतिरिक्त, अंतर करदाता विश्वसनीयता, एक ही ऑपरेटर के परिणामों पर मूल्यांकन किया जा सकता. परोक्ष ऑपरेटर ले मैनुअल में उल्लिखित फ़ाइल नामकरण सम्मेलनों का पालन करता है, बशर्ते कि विश्वसनीयता के आँकड़े सबसे बुनियादी सांख्यिकीय सॉफ्टवेयर संकुल का उपयोग परोक्ष गणना की जा सकती. इन गुणवत्ता नियंत्रण और वीडियो निर्देशित मानकीकृत प्रोटोकॉल को देखते हुए परोक्ष ऑपरेटरों ले पाइपलाइन सही और मज़बूती से लागू किया जाता है कि अधिक से अधिक विश्वास हो सकता है.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="815">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:333px;">Magnetic resonance imaging machine (1.5 Tesla)</td>
			<td style="width:91px;">General Electric</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:273px;">See Table 1 for acquisition parameters</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:333px;">Magnetic resonance imaging machine (3 Tesla)</td>
			<td style="width:91px;">General Electric</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>See Table 2 for acquisition parameters</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

lesion explorer: a video-guided, standardized protocol for accurate and reliable mri-derived volumetrics in alzheimer's disease and normal elderly

एमआरआई से विवो मानव मस्तिष्क के ऊतकों volumetrics में प्राप्त अक्सर विभिन्न तकनीकी और जैविक मुद्दों से जटिल है. महत्वपूर्ण मस्तिष्क शोष और उम्र से संबंधित सफेद बात परिवर्तन (जैसे Leukoaraiosis) मौजूद हैं, जब इन चुनौतियों exacerbated हैं. घाव एक्सप्लोरर (ले) विशेष रूप से सामान्यतः अल्जाइमर रोग और सामान्य बुजुर्ग की एमआरआई पर मनाया ऐसे मुद्दों से निपटने के लिए विकसित की एक सटीक और विश्वसनीय न्यूरोइमेजिंग पाइपलाइन है. पाइप लाइन पहले से आंतरिक और बाहरी विश्वसनीयता परीक्षण 1,2 की एक श्रृंखला में मान्य किया गया है जो अर्द्ध स्वचालित प्रक्रियाओं का एक जटिल सेट है. हालांकि, ले सटीकता और विश्वसनीयता के विभिन्न कंप्यूटर जनित विभाजन outputs सत्यापित / आदेशों पर अमल अलग संरचनात्मक स्थलों की पहचान, और स्वयं संपादित करने के लिए ठीक से प्रशिक्षित पुस्तिका ऑपरेटरों पर निर्भर है. ले 3 मुख्य घटकों, एक आदेशों का सेट और मैनुअल ओपेरा की आवश्यकता प्रत्येक में विभाजित किया जा सकता हैमाहौल: 1) ब्रेन sizer, 2) सब्रे, और 3) घाव Seg. ब्रेन Sizer मैनुअल आपरेशन स्वचालित खोपड़ी छीन कुल अंतर्कपालीय तिजोरी (TIV) निष्कर्षण मुखौटा, निलय मस्तिष्कमेरु द्रव (vCSF) के पद पर नियुक्ति, और subtentorial संरचनाओं को हटाने का संपादन शामिल है. सब्रे घटक पूर्वकाल और कूल्हों संयोजिका (ACPC) विमान के साथ छवि संरेखण की जाँच, और क्षेत्रीय parcellation के लिए आवश्यक कई संरचनात्मक स्थलों की पहचान की आवश्यकता है. अंत में, घाव Seg घटक झूठी सकारात्मक त्रुटियों के लिए subcortical hyperintensities (एसएच) के स्वत: घाव विभाजन का मार्गदर्शन जाँच शामिल है. ले पाइपलाइन की साइट पर प्रशिक्षण के लिए बेहतर है, इंटरैक्टिव प्रशिक्षण छवियों के साथ आसानी से उपलब्ध दृश्य शिक्षण उपकरण एक व्यवहार्य विकल्प हैं. सटीकता और विश्वसनीयता के एक उच्च स्तर को सुनिश्चित करने के लिए विकसित की है, निम्नलिखित ले मैनुअल प्रक्रियाओं के लिए एक कदम दर कदम, वीडियो निर्देशित, मानकीकृत प्रोटोकॉल है.

इंटर करदाता विश्वसनीयता कई मेट्रिक्स का उपयोग मूल्यांकन किया जा सकता है. (ऑनलाइन प्रशिक्षण प्रदान सेट का उपयोग <a href="http://sabre.brainlab.ca">http://sabre.brainlab.ca</a> ), निम्न चरणों का ले के पूरा होने के बाद प्रसंस्करण चरणों में से प्रत्येक के लिए अंतर - करदाता विश्वसनीयता का आकलन करने के लिए सिफारिश कर रहे हैं. ब्रेन Sizer: मस्तिष्क निष्कर्षण प्रक्रियाओं का अंतर - करदाता विश्वसनीयता का आकलन करने के लिए, &lt;img_count&gt; आदेश का उपयोग कर प्रत्येक TIV ई मास्क, &lt;name&gt; _TIVedit, के लिए volumetrics उत्पन्न करते हैं. एक सांख्यिकीय सॉफ्टवेयर पैकेज प्रशिक्षण सेट में से प्रत्येक के लिए प्रदान की TIVedit volumetrics के साथ (जैसे SPSS), (ऑनलाइन उपलब्ध कराई एक्सेल / सीएसवी फाइल देखें) में इन volumetrics दर्ज करें और अंतर - करदाता सहसंबंध गुणांक (आईसीसी) की गणना. घर में प्रशिक्षित रेटर के लिए पूरे मस्तिष्क volumetrics पी &lt;0.0001 1,2, आईसीसी = 0.99 की सूचना प्राप्त करते हैं. इसके अतिरिक्त, TIV मास्किंग के लिए स्थानिक समझौते के मूल्यांकन का उपयोग मूल्यांकन किया जा सकता हैएसआई 21. MATLAB कोड दो रेटर के बीच एसआई मूल्यों की गणना करने के लिए ऑनलाइन उपलब्ध कराया गया है. , निलय reassignment आकलन reassigned vCSF voxels, यानी साथ विभाजन फ़ाइलों में से प्रत्येक के लिए &lt;img_count&gt; आदेश का उपयोग vCSF मात्रा में उत्पन्न करने के लिए. &lt;name&gt; _ seg_vcsf. vCSF मात्रा मात्रा &#39;शीर्षक से कॉलम के अंतर्गत&#39; पंक्ति &#39;7 बगल में मूल्य है. TIV अंतर - करदाता विश्वसनीयता का मूल्यांकन करने के लिए उसी प्रक्रिया का उपयोग करना, आईसीसी और vCSF के लिए एसआई गणना. ब्रेन स्टेम, सेरिबैलम और subtentorial संरचनाओं को हटाया &lt;name&gt; _seg_vcsf_st पर &lt;img_count&gt; आदेश चलाकर इसी का आकलन किया जा सकता है. &#39;मात्रा&#39; के तहत (सही पर अंतिम स्तंभ): इस विभाजन मुखौटा के लिए इस्तेमाल संस्करणों &#39;अशून्य voxels की कुल गिनती&#39; शीर्षक से दूसरा अंतिम पंक्ति में दिखाए जाते हैं. TIV और vCSF मूल्यांकन करने के लिए उसी प्रक्रिया का उपयोग करना, इस मास्किंग के लिए आईसीसी और एसआई गणना proceduप्रदान की एक्सेल फाइल में volumetrics और &lt;name&gt; _seg_vcsf_st फ़ाइलों का उपयोग कर रहे हैं. सब्रे: ब्रेन Sizer मैनुअल प्रक्रियाओं को आसानी से मानक मेट्रिक्स का उपयोग मूल्यांकन किया जा सकता है, ACPC संरेखण थोड़ा अधिक कठिन है. इस कारण से, मैट्रिक्स फाइलें परोक्ष ऑपरेटरों के प्रशिक्षण के लिए नेत्रहीन तुलना करने के लिए प्रदान की जाती हैं. ACPC संरेखण के पूरा होने के बाद, एक नया ITK-SNAP_sb खिड़की खोलने, T1 छवि लोड, तो ऑनलाइन &lt;name&gt; _T1_IHCpre_toACPC.mat दिए गए प्रशिक्षण के मामले के लिए मैट्रिक्स लोड, और नेत्रहीन पिच, रोल, रास्ते से हटना, और ACPC टुकड़ा तुलना दो छवियों के बीच. प्रत्येक प्रशिक्षण के मामले के लिए _SABREparcel_inACPC &lt;name&gt; parcellated मुखौटा पर &lt;img_count&gt; चलाने सब्रे landmarking प्रक्रियाओं, मूल्यांकन करने के लिए. प्रत्येक क्षेत्र (3-28) के लिए volumetrics दर्ज करें. सब्रे क्षेत्र कोड ऑनलाइन उपलब्ध कराए गए हैं. प्रत्येक सब्रे मस्तिष्क क्षेत्र के लिए आईसीसी की गणना, TIV और vCSF मूल्यांकन करने के लिए उसी प्रक्रिया का उपयोग करना.सब्रे घर में प्रशिक्षित रेटर के लिए क्षेत्रीय volumetrics parcellated सूचना दी मतलब ICC देखने = प्राप्त 0.91-0.99 1,2 से लेकर आईसीसी मूल्यों के साथ 0.98, पी &lt;0.01,. घाव Seg: इस घटक ले पाइप लाइन के अंतिम चरण में है, विश्वसनीयता और सटीकता पिछले चरणों पर निर्भर करेगा. एसएच विभाजन के अंतर्राज्यीय करदाता विश्वसनीयता एसएच संस्करणों के क्षेत्रीय आईसीसी और एसएच मास्क के स्थानिक समझौते का उपयोग कर पूरा किया है. Lobmask T1-अधिग्रहण अंतरिक्ष में फाइल, &lt;name&gt; _SABREparcel और अंतिम संपादित घाव विभाजन फ़ाइल, &lt;name&gt; _LEedit दोनों में प्रवेश, &lt;SH_volumetrics&gt; चलाने क्षेत्रीय एसएच संस्करणों का मूल्यांकन करने के लिए. प्रत्येक सब्रे मस्तिष्क क्षेत्र के भीतर घाव संस्करणों के लिए आईसीसी की गणना, सब्रे volumetrics मूल्यांकन करने के लिए उसी प्रक्रिया का उपयोग करना. अंतिम संपादित घाव मास्क, &lt;name&gt; _LEedit (या FLEXedit के लिए एसआई गणना, TIV मास्किंग प्रक्रिया के स्थानिक समझौते का मूल्यांकन करने के लिए उसी प्रक्रिया का उपयोग करना). एक ही विश्वसनीयता परीक्षण PD/T2-based विभाजन और स्वभाव के आधार पर विभाजन दोनों पर किया जा सकता है. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td></td><td> 3 डी T1 </td><td> PD/T2 </td></tr><tr><td> इमेजिंग पैरामीटर </td><td> अक्षीय वॉल्यूम सैट (एस 1) SPGR </td><td> अक्षीय स्पिन गूंज एफसी VEMP वीबी (बिछा) </td></tr><tr><td> पल्स समय </td><td></td><td></td></tr><tr><td> ते (मिसे) </td><td> 5 </td><td> 30/80 </td></tr><tr><td> टी.आर. (मिसे) </td><td> 35 </td><td> 3,000 </td></tr><tr><td> फ्लिप कोण (डिग्री) </td><td> 35 </td><td> 90 </td></tr><tr><td> तिवारी (मिसे) </td><td> N / A </td><td> N / A </td></tr><tr><td> रेंज स्कैन </td><td></td><td></td></tr><tr><td> FOV (सेमी) </td><td> 22 </td><td> 20 </td></tr><tr><td> टुकड़ा मोटाई (मिमी) </td><td> 1.2 / 0 </td><td> 3/0 </td></tr><tr><td> सं स्लाइस </td><td> 124 </td><td> 62 </td></tr><tr><td> अर्जन </td><td></td><td></td></tr><tr><td> मैट्रिक्स आकार </td><td> 256 X 192 </td><td> 256 X 192 </td></tr><tr><td> Voxel आकार (मिमी) </td><td> 0.86 X 0.86 x 1.4 </td><td> 0.78 X 0.78 एक्स 3 </td></tr><tr><td> नेक्स </td><td> 1 </td><td> 0.5 </td></tr><tr><td> कुल समय (मिनट) </td><td> 11:00 </td><td> 0:00 </td></tr></tbody></table> तालिका 1. जनरल इलेक्ट्रिक 1.5T स्ट्रक्चरल एमआरआई अधिग्रहण मापदंडों. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td></td><td> 3 डी T1 </td><td> PD/T2 </td><td> स्वभाव </td></tr><tr><td> इमेजिंग पैरामीटर </td><td> अक्षीय 3D FSPGR EDR आईआर तैयारी </td><td> अक्षीय 2D FSE-एक्स्ट्रा लार्ज, EDR, तेज, वसा बैठे </td> &lt;टीडी&gt; अक्षीय T2Flair, EDR, फास्ट </td></tr><tr><td> पल्स समय </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td><h2> ते (एमएस) </h2></td><td> 3.2 </td><td> 11.1 / 90 </td><td> 140 </td></tr><tr><td> टी.आर. (मिसे) </td><td> 8.1 </td><td> 2,500 </td><td> 9700 </td></tr><tr><td> फ्लिप कोण (डिग्री) </td><td> 8 ° </td><td> 90 ° </td><td> 90 ° </td></tr><tr><td> तिवारी (मिसे) </td><td> 650 </td><td> N / A </td><td> 2,200 </td></tr><tr><td> रेंज स्कैन </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> FOV (सेमी) </td><td> 22 </td><td> 22 </td><td> 22 </td></tr><tr><td> टुकड़ा मोटाई (मिमी) </td><td> 1 </td><td> 3 </td><td> 3 </td></tr><tr><td> सं स्लाइस </td><td> 186 </td><td> 48 </td><td> 48 </td></tr><tr><td> अर्जन </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> मैट्रिक्स आकार </tडी&gt; <td> 256 X 192 </td><td> 256 X 192 </td><td> 256 X 192 </td></tr><tr><td> Voxel आकार (मिमी) </td><td> 0.86 X 0.86 एक्स 1 </td><td> 0.86 X 0.86 एक्स 3 </td><td> 0.86 X 0.86 एक्स 3 </td></tr><tr><td> नेक्स </td><td> 1 </td><td> 1 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> कुल समय (मिनट) </td><td> 7:20 </td><td> 6:10 </td><td> 7:20 </td></tr></tbody></table> तालिका 2. जनरल इलेक्ट्रिक 3T स्ट्रक्चरल एमआरआई अधिग्रहण मापदंडों. <img alt="चित्रा 1" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/50887/50887fig1highres.jpg" width="500" /> चित्रा 1. अक्षीय T1 अप्रकाशित कुल अंतर्कपालीय तिजोरी (TIV) मुखौटा ओवरले (हरा) के साथ. यह मस्तिष्क के मैनुअल संपादन की प्रक्रिया के हिस्से के रूप nonbrain ऊतक निकालने के लिए ITK-SNAP_sb में बंद बहुभुज उपकरण के उपयोग का एक उदाहरण है sizer के TIV निष्कर्षण प्रक्रिया. <pवर्ग = &quot;jove_content&quot; के लिए: रखने together.within पृष्ठ = &quot;हमेशा&quot;&gt; <img alt="चित्रा 2" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/50887/50887fig2highres.jpg" width="500" /> चित्रा 2. अक्षीय T1 ऊतक विभाजन ओवरले के साथ. कि लेबल रंग मनमानी कर रहे हैं और लेबल उपकरण का उपयोग कर संशोधित किया जा सकता है. बाईं छवि डिफ़ॉल्ट रंग दिखाता है. मध्य छवि सीएसएफ (5 = बैंगनी) vCSF (7 = मैजेंटा) को फिर नियत है कैसे पता चलता है. सही छवि WM रंग ऊतक वर्ग लेबल, यानी बदलने के बिना संशोधित किया जा सकता है कि कैसे पता चलता है. लेबल 3 = WM रहता है, लेकिन रंग नीला करने के लिए संशोधित किया जा सकता है. <img alt="चित्रा 3" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/50887/50887fig3highres.jpg" width="500" /> चित्रा 3. अक्षीय T1 ऊतक विभाजन ओवरले के साथ (बाएं छवि, जीएम = पीला, WM = नारंगी, सीएसएफ = बैंगनी) (बाएं). चित्रित ITK में बंद polygo n उपकरण का उपयोग कर subtentorial संरचनाओं के मैनुअल हटाने का एक उदाहरण हैSNAP_sb (मध्य) और हटाने (दाएं) के बाद अंतिम ऊतक विभाजन. चित्रा 2 के रूप में, सही छवि WM रंग ऊतक वर्ग लेबल, यानी बदलने के बिना संशोधित किया जा सकता है कि कैसे पता चलता है. लेबल 3 = WM रहता है, लेकिन रंग नीला करने के लिए संशोधित किया जा सकता है. <img alt="चित्रा 4" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/50887/50887fig4highres.jpg" width="500" /> चित्रा 4. अक्षीय T1 अधिग्रहण अंतरिक्ष में (बाएं), और बाद से पहले (दाएं) एसी पीसी संरेखण किया जाता है. <img alt="चित्रा 5" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/50887/50887fig5highres.jpg" width="500" /> एसी (पीला) के साथ चित्रा 5. सब्रे landmarking प्रक्रियाओं दिखा दो उदाहरण. अक्षीय एसी पीसी गठबंधन T1, पीसी (नीला), और पीछे धार (गुलाबी) मील का पत्थर प्लेसमेंट (बाएं). Sylvian विदर के साथ एक 3 डी सतह गाया T1 (दाएं) (बैंगनी) और प्रतिशतRAL परिखा (गुलाबी) चित्रण. <img alt="चित्रा 6" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/50887/50887fig6highres.jpg" width="500" /> स्वत: उत्पन्न घाव ओवरले (बीच में), और मैन्युअल रूप से संपादित घाव (लाल) ओवरले (दाएं) के साथ चित्रा 6. अक्षीय पीडी (बाएं). <img alt="चित्रा 7" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/50887/50887fig7highres.jpg" width="500" /> स्वत: उत्पन्न घाव ओवरले (बीच में), और मैन्युअल रूप से संपादित घाव (लाल) ओवरले (दाएं) के साथ चित्रा 7. अक्षीय स्वभाव (बाएं),.

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Lesion Explorer: A Video-guided, Standardized Protocol for Accurate and Reliable MRI-derived Volumetrics in Alzheimer's Disease and Normal Elderly

घाव एक्सप्लोरर: सही और विश्वसनीय एमआरआई व्युत्पन्न अल्जाइमर रोग में Volumetrics और सामान्य बुजुर्गों के लिए एक वीडियो निर्देशित, मानकीकृत प्रोटोकॉल

घाव एक्सप्लोरर (ले) अल्जाइमर रोग और सामान्य बुजुर्ग की संरचनात्मक एमआरआई से क्षेत्रीय मस्तिष्क के ऊतकों और subcortical hyperintensity घाव volumetrics प्राप्त करने के लिए विकसित की एक अर्द्ध स्वचालित, छवि प्रसंस्करण पाइपलाइन है. सटीकता और विश्वसनीयता के एक उच्च स्तर को सुनिश्चित करने के लिए निम्न ले मैनुअल प्रक्रियाओं के लिए एक वीडियो निर्देशित, मानकीकृत प्रोटोकॉल है.

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