Name: mouse genome engineering using designer nucleases
Uploaded: 2014-04-02T15:45:00
Duration: 12 min 4 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mouse Genome Engineering Using Designer Nucleases at JoVE.com

ברצוננו להודות למוניקה Tarnowska, קורנליה אלברכט, והאווה Skoczylas לקבלת סיוע טכני מעולה. מחקר זה מומן על ידי CRSI33-125,073 מענק SNF Sinergia לPP.

<ol>
	<li>Capecchi, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+targeting+in+mice:+functional+analysis+of+the+mammalian+genome+for+the+twenty-first+century.">Gene targeting in mice: functional analysis of the mammalian genome for the twenty-first century.</a> Nat. Rev. Genetics. 6, 507-512 (2005).</li><li>Johansson, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Building+a+zoo+of+mice+for+genetic+analyses:+a+comprehensive+protocol+for+the+rapid+generation+of+BAC+transgenic+mice.">Building a zoo of mice for genetic analyses: a comprehensive protocol for the rapid generation of BAC transgenic mice.</a> Genesis. 48, 264-280 (2010).</li><li>Skarnes, W. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+conditional+knockout+resource+for+the+genome-wide+study+of+mouse+gene+function.">A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function.</a> Nature. 474, 337-342 (2011).</li><li>Carbery, I. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+genome+modification+in+mice+using+zinc-finger+nucleases.">Targeted genome modification in mice using zinc-finger nucleases.</a> Genetics. 186, 451-459 (2010).</li><li>Meyer, M., de Angelis, M. H., Wurst, W., Kuhn, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+targeting+by+homologous+recombination+in+mouse+zygotes+mediated+by+zinc-finger+nucleases.">Gene targeting by homologous recombination in mouse zygotes mediated by zinc-finger nucleases.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 107, 15022-15026 (2010).</li><li>Cui, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+integration+in+rat+and+mouse+embryos+with+zinc-finger+nucleases.">Targeted integration in rat and mouse embryos with zinc-finger nucleases.</a> Nat. Biotechnol. 29, 64-67 (2011).</li><li>Sung, Y. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Knockout+mice+created+by+TALEN-mediated+gene+targeting.">Knockout mice created by TALEN-mediated gene targeting.</a> Nat. Biotechnol. 31, 23-24 (2013).</li><li>Wefers, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+production+of+mouse+disease+models+by+embryo+microinjection+of+TALENs+and+oligodeoxynucleotides.">Direct production of mouse disease models by embryo microinjection of TALENs and oligodeoxynucleotides.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110, 3782-3787 (2013).</li><li>Wang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One-Step+generation+of+mice+carrying+mutations+in+multiple+genes+by+CRISPR/Cas-mediated+genome+engineering.">One-Step generation of mice carrying mutations in multiple genes by CRISPR/Cas-mediated genome engineering.</a> Cell. 153, 910-918 (2013).</li><li>Urnov, F. D., Rebar, E. J., Holmes, M. C., Zhang, H. S., Gregory, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome+editing+with+engineered+zinc+finger+nucleases.">Genome editing with engineered zinc finger nucleases.</a> Nat. Rev. Genetics. 11, 636-646 (2010).</li><li>ZFN, T. A. L. E. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR/Cas-based+methods+for+genome+engineering.">CRISPR/Cas-based methods for genome engineering.</a> Trends Biotechnol. 31, 397-405 (2013).</li><li>Joung, J. K., Sander, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TALENs:+a+widely+applicable+technology+for+targeted+genome+editing.">TALENs: a widely applicable technology for targeted genome editing.</a> Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 14, 49-55 (2013).</li><li>Cermak, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+design+and+assembly+of+custom+TALEN+and+other+TAL+effector-based+constructs+for+DNA+targeting.">Efficient design and assembly of custom TALEN and other TAL effector-based constructs for DNA targeting.</a> Nucleic Acids Res. 39, (2011).</li><li>Reyon, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FLASH+assembly+of+TALENs+for+high-throughput+genome+editing.">FLASH assembly of TALENs for high-throughput genome editing.</a> Nat. Biotechnol. 30, 460-465 (2012).</li><li>Sanjana, N. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+transcription+activator-like+effector+toolbox+for+genome+engineering.">A transcription activator-like effector toolbox for genome engineering.</a> Nat. Protoc. 7, 171-192 (2012).</li><li>Kim, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+library+of+TAL+effector+nucleases+spanning+the+human+genome.">A library of TAL effector nucleases spanning the human genome.</a> Nat. Biotechnol. 31, 251-258 (2013).</li><li>Schmid-Burgk, J. L., Schmidt, T., Kaiser, V., Honing, K., Hornung, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+ligation-independent+cloning+technique+for+high-throughput+assembly+of+transcription+activator-like+effector+genes.">A ligation-independent cloning technique for high-throughput assembly of transcription activator-like effector genes.</a> Nat. Biotechnol. 31, 76-81 (2013).</li><li>Hsu, P. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+targeting+specificity+of+RNA-guided+Cas9+nucleases.">DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases.</a> Nat. Biotechnol. 31, 827-832 (2013).</li><li>Fu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-frequency+off-target+mutagenesis+induced+by+CRISPR-Cas+nucleases+in+human+cells.">High-frequency off-target mutagenesis induced by CRISPR-Cas nucleases in human cells.</a> Nat. Biotechnol. 31, 822-826 (2013).</li><li>Hermann, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+OPEN+zinc+finger+nucleases+for+direct+gene+targeting+of+the+ROSA26+locus+in+mouse+embryos.">Evaluation of OPEN zinc finger nucleases for direct gene targeting of the ROSA26 locus in mouse embryos.</a> PLoS ONE. 7, (2012).</li><li>Meyer, M., Ortiz, O., Hrabe de Angelis, M., Wurst, W., Kuhn, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modeling+disease+mutations+by+gene+targeting+in+one-cell+mouse+embryos.">Modeling disease mutations by gene targeting in one-cell mouse embryos.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109, 9354-9359 (2012).</li><li>Doyle, E. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TAL+Effector-Nucleotide+Targeter+(TALE-NT)+2.0:+tools+for+TAL+effector+design+and+target+prediction.">TAL Effector-Nucleotide Targeter (TALE-NT) 2.0: tools for TAL effector design and target prediction.</a> Nucleic Acids Res. 40, 117-122 (2012).</li><li>Miller, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+TALE+nuclease+architecture+for+efficient+genome+editing.">A TALE nuclease architecture for efficient genome editing.</a> Nat. Biotechnol. 29, 143-148 (2011).</li><li>Guo, J., Gaj, T., Barbas, C. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Directed+evolution+of+an+enhanced+and+highly+efficient+FokI+cleavage+domain+for+zinc+finger+nucleases.">Directed evolution of an enhanced and highly efficient FokI cleavage domain for zinc finger nucleases.</a> J. Mol. Biol. 400, 96-107 (2010).</li><li>Doyon, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhancing+zinc-finger-nuclease+activity+with+improved+obligate+heterodimeric+architectures.">Enhancing zinc-finger-nuclease activity with improved obligate heterodimeric architectures.</a> Nat. Methods. 8, 74-79 (2011).</li><li>Wefers, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Current Protocols in Mouse Biology. , (2011).</li><li>Wefers, B., Wurst, W., K&#252;hn, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Current Protocols in Mouse Biology. , (2011).</li><li>Haueter, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+vasectomy-overexpression+of+Prm1-EGFP+fusion+protein+in+elongating+spermatids+causes+dominant+male+sterility+in+mice.">Genetic vasectomy-overexpression of Prm1-EGFP fusion protein in elongating spermatids causes dominant male sterility in mice.</a> Genesis. 48, 151-160 (2010).</li><li>Perez-Pinera, P., Ousterout, D. G., Brown, M. T., Gersbach, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+targeting+to+the+ROSA26+locus+directed+by+engineered+zinc+finger+nucleases.">Gene targeting to the ROSA26 locus directed by engineered zinc finger nucleases.</a> Nucleic Acids Res. 40, 3741-3752 (2012).</li><li>Bultmann, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+transcriptional+activation+of+silent+oct4+pluripotency+gene+by+combining+designer+TALEs+and+inhibition+of+epigenetic+modifiers.">Targeted transcriptional activation of silent oct4 pluripotency gene by combining designer TALEs and inhibition of epigenetic modifiers.</a> Nucleic Acids Res. 40, 5368-5377 (2012).</li><li>Valton, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Overcoming+TALE+DNA+binding+domain+sensitivity+to+cytosine+methylation.">Overcoming TALE DNA binding domain sensitivity to cytosine methylation.</a> J. Biol. Chem. 287, 38427-38432 (2012).</li><li>Cradick, T. J., Ambrosini, G., Iseli, C., Bucher, P., McCaffrey, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ZFN-Site+searches+genomes+for+zinc+finger+nuclease+target+sites+and+off-target+sites.">ZFN-Site searches genomes for zinc finger nuclease target sites and off-target sites.</a> BMC Bioinform. 12, (2011).</li><li>Doyle, E. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TAL+Effector-Nucleotide+Targeter+(TALE-NT)+2.0:+tools+for+TAL+effector+design+and+target+prediction.">TAL Effector-Nucleotide Targeter (TALE-NT) 2.0: tools for TAL effector design and target prediction.</a> Nucleic Acids Res. 40, 117-122 (2012).</li><li>Byers, S. L., Payson, S. J., Taft, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Performance+of+ten+inbred+mouse+strains+following+assisted+reproductive+technologies+(ARTs).">Performance of ten inbred mouse strains following assisted reproductive technologies (ARTs).</a> Theriogenology. 65, 1716-1726 (2006).</li><li>Luo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Superovulation+strategies+for+6+commonly+used+mouse+strains.">Superovulation strategies for 6 commonly used mouse strains.</a> J. Am. Assoc. Lab. Animal Sci. 50, 471-478 (2011).</li><li>Pease, S., Saunders, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> International Society for Transgenic Technologies. Advanced protocols for animal transgenesis : an ISTT manual. , (2011).</li><li>Cong, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+genome+engineering+using+CRISPR/Cas+systems.">Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems.</a> Science. 339, 819-823 (2013).</li><li>Mali, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-Guided+human+genome+engineering+via+Cas9.">RNA-Guided human genome engineering via Cas9.</a> Science. 339, 823-826 (2013).</li></ol>

המחברים מצהירים שום אינטרסים מתחרים.

גישות עריכת מעצב מונע nuclease הגנום הרחיבו באופן משמעותי את מגוון מינים ניתנים לשינויים ממוקדים של הגנום שלהם 10,12. בעכברים, בתאי גזע עובריים גן המיקוד כבר טכניקה סטנדרטית ליותר משני עשורים; עם זאת, היא הוכיחה קשה להסתגל לתאי גזע עובריים ממינים אחרים מאשר העכבר, למרות שיש כבר כמה הצלחה האחרונה בתאי גזע עובריים חולדה. אפילו עם הזמינות של שיבוטים &quot;ה-off-המדף&quot; ממוקד גן העכבר ES תא הניתנים על ידי קונסורציומים כגון EUCOMM, KOMP, או 3 NorCOMM עריכת הגנום ידי ZFN וTalen מספק דיוק וגמישות בנושא הספקטרום של שינויים שיכולים להיות גבוהים יותר הציג לתוך גנום העכבר. נראות חיות מייסד נושאות מוטציות בתיווך nuclease להיות ניבט קו מאוד 4-6,20,21 המוסמכים, וזה לא תמיד במקרה של מפלצות שמקורם זריקות הבלסטוציסט של תאי גזע עובריים. לפיכך, במקרים מסוים של microinjection desnucleases igner יכול לגרום לדור מהיר יותר באופן משמעותי של קווי עכבר רומן עם שינויי הגנום ממוקדים. הדור המוצלח של עכברים בנוקאאוט על ידי הזרקה של ZFN וTalen תלוי במידה רבה על פעילותם של זוג nuclease המוזרק. TALENs הוכחו יש שיעור הצלחה גבוה במיקוד מגוון רחב של גנים במספר אורגניזמים; עם זאת, מחקרים שנערך לאחרונה מצביעים על כך שTalen מחייב רגיש למתילציה ציטוזין 30,31. לכן, זוגות nuclease שנוצרו זה עתה, למשל TALENs משובטים לתוך וקטורי pCAG-T7, ניתן transfected transiently לקו תא עכבר כגון NIH-3T3 או נוירו -2a, המחקה את מצב הכרומטין של עובר העכבר במידה מסוימת. כאן, פעילות nuclease ניתן להעריך באמצעות assay endonuclease T7 או לעכל הגבלה של המוצר ה-PCR כאמור בסעיף 5 לפני סינתזת ה-mRNA וmicroinjection. אנו ממליצים רצף של האזור הגנומי של עניין בכבודive קו סלולרי וזן העכבר המשמש לניסויי microinjection. בzygotes עכבר, זוגות Talen או ZFN שונים יעבדו בצורה אופטימלית בריכוזים ה-mRNA שונים, ולכן ריכוז העבודה האופטימלי של ה-mRNA nuclease microinjected יצטרך להיקבע באופן ניסיוני. בהתאם לזוג nuclease, נמוך מדי ריכוז יגרום שום מחשוף ואילו גבוהים מדי יכול לגרום הקטלניות עובר. בהתאם לזוג nuclease, יש לנו הצלחה באמצעות ריכוזי mRNA כולל נמוכים כמו 2 ng / μl וגבוה ככל 200 מיקרוגרם / ul. תופעות אלה הן קשות לחיזוי מניסויים בתרבית תאים והריכוז האופטימלי nuclease עבור שתי הישרדות העובר ושיעור שינוי של מוקד היעד צריך להיקבע באופן אמפירי. ZFN מאוד פעיל או Talen יכול לבקע רצף היעד שלהם מעבר לשלב אחד התא של עובר microinjected ובכך לגרום דפוסים מורכבים של mutagenesisפסיפס ד במקימים. אנו ואחרים 4 הבחנו שלושה או יותר אללים מוטציה מובחנים במייסד יחיד (איור 5 ג). לכן, כאשר הקמת קו עכבר חדש ממייסדים אלה, צאצאים צריכים להיות מוקרנים בזהירות על ידי רצף לנוכחות של המוטציה החיובית מאז מבחני עיכול לספק ראיות היחידה שמוטציה לא מוגדרת היא הווה. אחת הביקורות שהושמע נגד לעתים קרובות מערכות ZFN וTalen היא האפשרות כי nucleases אלה הם גם מסוגל ביקוע רצפי הווה במקום אחר בגנום הדומים לאתרי היעד. כגון השפעות מחוץ היעד כבר נצפו עם ריאגנטים דור מוקדם באמצעות תחום FokI homodimeric, ומבני heterodimer נועדו להקל על תופעות מחוץ יעד 25. ניתן לחזות באתרים מחוץ היעד פוטנציאליים במידה מסוימת בסיליקו 32,33 והוקרנו על ידי PCR וסדר. O יתרון ברורו באמצעות ZFNs וTALENs ליצירת עכברים ולא שורות תאים הוא האפשרות של הסרת ממוטציות היעד לא צמודות לשינוי הגנום רצוי על ידי ביצוע כמה הכלאות לאחור לזן פראי סוג של בחירה. לניתוח של מספר רב של עכברי מייסד, רצף עמוק של הדור הבא של מוצרי ה-PCR שנוצרו מהלוקוס ממוקד nuclease וסיליקו חזו מחוץ יעד לוקוסים עשויים להציע קריאת נתונים איכותיות וכמותית חלופה למבחני העיכול של מוצרי ה-PCR. טכניקות רבייה בסיוע מתוארות בפרוטוקול זה מותאמות לזני עכבר סטנדרטיים המשמשים לניסויי microinjection כגון C57BL/6J או B6D2F1. עכברים של מקורות שונים, כגון זני outbred, יכולים בעיקרון לשמש לגישות עריכת הגנום ועשויים לספק רקע גנטי מתאים יותר לשאלות מחקר ספציפיות. הביצועים של טכניקות רבייה בסיוע כגון superovulation יכולים להיות predicted למספר הזנים 34-36 אבל עשוי לדרוש אופטימיזציה נוספת לזנים סטנדרטיים על מנת לקבל מספר מספיק של עוברים לmicroinjection nuclease. חוץ מZFN וTalen, nucleases המעצב החדש כגון מערכת CRISPR/Cas9 מודרך RNA 9,37,38 יש עכשיו כבר הציג עבור יישומי עריכת הגנום. כל השיטות לmicroinjection וניתוח של בעלי החיים מייסד המתוארים כאן תקפות גם לCRISPR/Cas9 ומצבים עתידיים של עריכת הגנום.

עכברים הם ללא ספק הפלטפורמה הפופולרית ביותר ליצירת מודלים של בעלי חיים מהונדסים. ארגז הכלים תכליתיים להנדסה גנטית של עובר עכבר 1-3 הורחב לאחרונה על ידי גישות עריכת הגנום מבוססות על nucleases מעצב כגון nucleases אצבע אבץ (ZFN) 4-6, nucleases שעתוק כמו activator-מפעיל (Talen) 7,8, וחוזר התקבצו interspaced באופן קבוע הקצר palindromic (CRISPR) / מערכת (CAS) 9 הקשורים CRISPR 9. ZFN ותפקוד Talen כזוגות של שני תחומים מותאמים במיוחד המבוסס על חלבון קושר DNA (מערכים של חלבוני אצבע אבץ וחזור משתנה di-שאריות (RVDs), בהתאמה), שכל אחד מהם מצמידים את endonuclease FokI 10-12. לעומת זאת, את הספציפיות של מחשוף ה-DNA בתיווך Cas9 מסופקת על ידי transactivating RNAs CRISPR (crRNA וtracrRNA, אשר יכול גם להיות משולב לתוך מולקולת RNA chimeric בודדת RNA מדריך כינה) 11 הפועלים בקומפלקס עםחלבון CRISPR. TALENs עם רצף מוגדר של RVDs ניתן לבנות במהירות על ידי הנסיינים בודדים עם שפע של אסטרטגיות הרכבה לבחירה 13-17. CRISPR/Cas9 מבטיח דור עתיר עבודה אפילו פחות מnucleases המעצב, לעומת זאת את הספציפיות של מדריך RNA-DNA מחייב עדיין לא נפתרו לחלוטין 18,19. דור של ZFNs המותאם אישית עד כה היה מוגבל למעבדות אקדמיות ומקצועיות לספקים מסחריים כגון Sangamo Biosciences ושירות Sigma CompoZr. באופן כללי, הגנום עריכה עם nucleases מעצב מטרתו החדרת הפסקות גדיל כפולים (DSB) בלוקוסים הגנומי מוגדרים, אשר לאחר מכן למשוך סוף nonhomologous להצטרף (NHEJ) או רקומבינציה הומולוגית מנגנונים 10,12 (HR) תיקון DNA. תיקון תיווך NHEJ של DSB לעתים קרובות תוצאות במבוא של הוספות ומחיקות בסמיכות לאתר של תיקון. תיקון ג וכך NHEJניתן לנצל ללדפוק את הפונקציה של גן מטרה על ידי החדרת מוטציה מסגרת משמרת בתוך 4,7,9 רצף מקודד חלבוני גנים. לחלופין, תוספת או החלפה של מידע גנטי מוגדרים יכולה להיות מושגת על ידי מתן תורם DNA ביחד עם nucleases המעצב. תורם ה-DNA מורכב מרצפי DNA-נועד חוקר מוקף אזורים של הומולוגיה עם מוקד היעד, ובכך משמשים כתבנית לתיקון DSB על ידי משאבי אנוש. פלסמידים שני 5,6,20 וoligonucleotides חד גדילי 8,9,21 שימשו בהצלחה כתורמים. לא NHEJ-ולא עריכת הגנום בתיווך משאבי אנוש דורש את ההקדמה של סמן לבחירה לתוך הגנום של עובר העכבר, מה שהופך את האסטרטגיות האלה גם מתאימות במיוחד ליצירת שינויים קטנים ברצף נוקליאוטידים מבלי להפריע הארכיטקטורה הגנטית בכללותה. בפרוטוקול זה אנו מתארים את כל הליכים החיוניים לעריכת הגנום בעובר עכבר באמצעות TALENs. אלה כוללים 1) זיהוי של אתר יעד Talen 22, 2) הבנייה של TALENs ידי שיבוט שער זהב 13, 3) סינתזה במבחנה של Talen-mRNA, 4) microinjection של Talen mRNA לביציות מופרות עכבר, 5) ניתוחים לעוברים , וניתוח של mutagenesis-Induced Talen בבעלי חיים מייסד 6). אנו מתמקדים בmicroinjection Talen mRNA והקרנה של מייסדים להוספות / מחיקות-Induced NHEJ. לשם כך יש לנו שנוצרו מבני Talen bifunctional המאפשרים גם ביטוי בתאי יונקים כאשר transfected כפלסמידים ובסינתזת מבחנה של Talen mRNA עבור microinjection לעוברי עכבר. מבנים אלה מהווים את עמוד השדרה לסיפור קטוע 23 התמזגו FokI heterodimeric תחומים 24,25 לעריכת הגנום אופטימלית בתאי יונקים. פרוטוקול זה גם יכול להיות מאומץ לmicroinjection של nucleases מעצב האחר, או לזריקות בשילוב של nucleases המעצבומבנים תורמים (עיצוב של תורמי DNA תואר בפרסומים טכניים מעולים על ידי Wefers et al. 26,27). הצהרה אתית כל הניסויים בבעלי החיים בוצעו בהתאם להנחיות והתקנות של משרד וטרינרית Cantonal של קנטון ציריך.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="524">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">BsaI</td>
			<td style="width:111px;">NEB</td>
			<td style="width:119px;">R0535S or L</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:295px;">Esp3I</td>
			<td style="width:111px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">ER0451</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">T4 Ligase</td>
			<td style="width:111px;">NEB</td>
			<td style="width:119px;">M0202S or L</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Spectinomycin</td>
			<td style="width:111px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">S0692-1ML</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Ampicillin&#160;</td>
			<td style="width:111px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">A0166</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">X-Gal</td>
			<td style="width:111px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">B4252</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">IPTG</td>
			<td style="width:111px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">I6758</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Plasmid-Safe nuclease</td>
			<td style="width:111px;">Epicentre</td>
			<td style="width:119px;">E3101K</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">QIAprep Spin Miniprep Kit</td>
			<td style="width:111px;">Qiagen</td>
			<td style="width:119px;">27106</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">QIAGEN Plasmid Midi Kit</td>
			<td style="width:111px;">Qiagen</td>
			<td style="width:119px;">12143</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">QIAquick PCR Purification Kit</td>
			<td style="width:111px;">Qiagen</td>
			<td style="width:119px;">28106</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">mMESSAGE mMACHINE T7 Ultra Kit</td>
			<td style="width:111px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:119px;">AM1345</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">NucAway Spin Columns</td>
			<td style="width:111px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:119px;">AM10070</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">RNaseZAP</td>
			<td style="width:111px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">R2020-250ML</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">NorthernMax Formaldyde Load Dye</td>
			<td style="width:111px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:119px;">AM8552</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">RNA Millennium Markers</td>
			<td style="width:111px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:119px;">AM7150</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:295px;">10x TBE buffer</td>
			<td style="width:111px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">B52</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">T7 endonuclease</td>
			<td style="width:111px;">NEB</td>
			<td style="width:119px;">M0302S or L</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">pGEM-T EasyVector System I</td>
			<td style="width:111px;">Promega</td>
			<td style="width:119px;">A3600</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">SYBR Green I Nucleic Acid Gel Stain</td>
			<td style="width:111px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:119px;">S-7563</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:295px;">pregnant mare&#39;s serum gonadotrophin (PMSG)</td>
			<td style="width:111px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">G4877</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">human chorionic gonadotropin (hCG)</td>
			<td style="width:111px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">CG5</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">M2 embryo culture medium</td>
			<td style="width:111px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">M7167</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">M16 embryo culture medium</td>
			<td style="width:111px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">M7292</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Mineral oil, embryo tested</td>
			<td style="width:111px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">M8410</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Ketamine</td>
			<td style="width:111px;">CentraVet</td>
			<td style="width:119px;">Ket 201</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Xylazine</td>
			<td style="width:111px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">46995</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">Equipment/Tools</td>
			<td style="width:111px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:295px;">Inverted microscope with Nomarski DIC optics (for example Nikon Eclipse TE200)</td>
			<td style="width:111px;">Nikon</td>
			<td style="width:119px;"></td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:295px;">Micromanipulator units (for example Narishige, NT88NF)</td>
			<td style="width:111px;">&#160;Narishige</td>
			<td style="width:119px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Embryo holding capillaries</td>
			<td style="width:111px;">Sutter instruments</td>
			<td style="width:119px;">B100-75-10</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Embryo injection capillaries</td>
			<td style="width:111px;">Narishige</td>
			<td style="width:119px;">GD-1</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:295px;">Capillary puller (for example Sutter P97)</td>
			<td style="width:111px;">Sutter instruments</td>
			<td style="width:119px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Microforge (for example Narishige MF-900)</td>
			<td style="width:111px;">Narishige&#160;</td>
			<td style="width:119px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Walton skin scissors</td>
			<td style="width:111px;">FST</td>
			<td style="width:119px;">14077-10</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Surgical scissors</td>
			<td style="width:111px;">FST</td>
			<td style="width:119px;">14041-10</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Surgical probe</td>
			<td style="width:111px;">FST</td>
			<td style="width:119px;">10140-03</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Reflex wound clip system (9mm)</td>
			<td style="width:111px;">FST</td>
			<td style="width:119px;">12031-09</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Reflex wound clips (9mm)</td>
			<td style="width:111px;">FST</td>
			<td style="width:119px;">12032-09</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Dumont fine forceps 5</td>
			<td style="width:111px;">FST</td>
			<td style="width:119px;">11254-20</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Moria curvrd forceps</td>
			<td style="width:111px;">FST</td>
			<td style="width:119px;">11370-31</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Moria fine forceps</td>
			<td style="width:111px;">FST</td>
			<td style="width:119px;">11399-80</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:295px;">Dietrich bulldog clamp</td>
			<td style="width:111px;">FST</td>
			<td style="width:119px;">18038-45</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">Animals</td>
			<td style="width:111px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:295px;">C57BL/6J mice</td>
			<td style="width:111px;">Jackson labs</td>
			<td style="width:119px;">strain code 000664</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:295px;">CD-1 mice</td>
			<td style="width:111px;">Charles river</td>
			<td style="width:119px;">strain code 000664</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

mouse genome engineering using designer nucleases

עכברים הטרנסגניים ביצוע שינויים ספציפי באתר הגנום (נוקאאוט, לדפוק ב) הם בעלי חשיבות חיונית ללנתח מערכות ביולוגיות מורכבות, כמו גם לדוגמנות מחל אנושיות ובדיקת אסטרטגיות טיפוליות. ההתקדמות שחלה באחרונה בשימוש בnucleases המעצב כגון nucleases אצבע אבץ (ZFNs), nucleases מפעיל כמו activator-שעתוק (TALENs), וחוזר palindromic הקצר interspaced באופן קבוע באשכולות (CRISPR) / מערכת (CAS) הקשורים CRISPR 9 לאתר הנדסת הגנום ספציפית לפתוח את האפשרות לבצע שינוי הגנום ממוקד מהיר כמעט בכל מיני מעבדה, ללא הצורך להסתמך על גזע עוברי טכנולוגיית תא (ES). ניסוי עריכת הגנום בדרך כלל מתחיל עם זיהוי של אתרי יעד nuclease מעצב בתוך גן של עניין ואחרי הבנייה של תחומים-DNA מחייבת מותאמים אישית כדי לכוון את פעילות nuclease למוקד גנומית המוגדר על ידי החוקר. פלסמידים nuclease מעצב הם במבחנה &lt;/ Em&gt; עיבד ליצירת ה-mRNA לmicroinjection של ביציות מופרות בעכבר. כאן, אנו מספקים פרוטוקול להשגת שינוי הגנום ממוקד על ידי הזרקה ישירה של Talen mRNA לביציות מופרות בעכבר.

אנו נבנו פלסמידים יעד תואמים את ההרכבה גולדן GateTALEN פורסמה על ידי צ&#39;רמאק et al. 13 המאפשרים ביטוי של TALENs בתאי יונקים, כמו גם סינתזת ה-mRNA במבחנה מאמרגן הפאג T7 (תרשים 1C). פלסמידים אלה נושאים תחומים heterodimeric FokI (מוטציות ELD או KKR) אשר הוכחו כדי להפחית את ההשפעות מחוץ היעד ביחס לhomodimers FokI וכדי לשפר את פעילות מחשוף בהשוואה לדור הראשון FokI heterodimers 25,29. תגובת הרכבה שער זהב # 1 # 2 הם בדרך כלל יעיל מאוד וכל לבן מושבה, כאשר נותח על ידי המושבה PCR, מציגה את הדפוס הצפוי למספר המסוים של RVDs המשובט (איורים 1B ו 1D). ניתוח של ג&#39;ל במבחנה mRNA מסונתז (איור 2) צריך לחשוף להקה להבחין יחידה עם כתם קטן או לא עבור כל מדגם ניתח. לא צריך להיות שינוי בגודל ברור בין דגימות L1/R1 וL2/R2, L3/R3, אשר מציין polyadenylation המוצלח. בעלי חיים מייסד יכולים להיות מוקרנים ל- Induced NHEJ אללים מוטציה באמצעות גנוטיפ PCR ואחריו גם עיכול endonuclease T7 (איור 3) או לעכל הגבלה באמצעות אנזים המסלק את הרצף מהסוג בר בתוך אזור spacer של צמד nuclease (איור 4). Assay endonuclease T7 הוא ישים לכל סוג של מוטציה ללא התחשבות ברצף הגנומי הספציפי בתוך אזור spacer של צמד nuclease הזריק; עם זאת, הוא מזהה חוסר התאמה רק בין גדילי דנ&quot;א במוצרי ה-PCR heteroduplex. לפיכך, במקרה הנדיר שמייסד נושא שני אללים מוטציה זהה, מוצרי ה-PCR לא מראים שום דפוס עיכול T7. הבחנה כזו היא, לעומת זאת, תמיד אפשרית כאשר אתר הגבלה ספציפי ממוקם בתוך אזור spacer nuclease שיבוטל על ידי NHEJמושרה הוספות / מחיקות (איור 5). הנה, להקות מעוכלים להעיד על הנוכחות של מוטציות, והעדר כל מוצרים מתעכלים מצביע בצורה חזקה מייסד נושא מוטציות בשני אללים של הגן הממוקד (מסומן בכוכביות באיור 4). <img alt="איור 1" fo:content-width="6in" fo:src="/files/ftp_upload/50930/50930fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50930/50930fig1.jpg" width="600" /> איור 1. שיבוט שער זהב של RVDs Talen לתוך וקטורי pCAG-T7-יעד heterodimeric.) אסיפה של מערכי RVD לוקטורי pFUS. כאן מוצגת דוגמא לזוג Talen עם מערכים לסיפור אישיים הכוללים 15 RVDs ו17 RVDs, בהתאמה (עבור מערכים לסיפור ארוכים יותר מ21 RVDs, שלוש אסיפות pFUS-RVDs נדרשות, לא מוצגות). חצים מצביעים על פריימרים לpFUS ספציפי PCR תגובות המושבה. מוצרי B) PCRמוגבר של מכלולי pFUS נכונים בדרך כלל יופיע להקה מקבילה לאורך המשולב של כל משובט RVDs (למשל סביב 1.1 kb ל10 RVDs) וC &quot;הסולם&quot; של להקות פחות בולטות קטנות יותר בשל האופי חוזר ונשנה של מערכי RVD.) הרכבה סופית של מערכי pFUS-RVD ופלסמיד המכיל חוזר האחרון (PLR) לוקטורי ביטוי heterodimeric Talen עם גרסאות FokIELD וFokIKKR, בהתאמה. עמוד השדרה Talen (המבואר כN ו-C) דומה לארכיטקטורה שפורסמה על ידי מילר ואח&#39;. 23 אמרגן CAG (אלמנט משפר מוקדם CMV / עוף ביתא אקטין) מבטיח רמות ביטוי גבוה בתאי יונקים transfected, בעוד אמרגן הפאג T7 מאפשר ב סינתזת המבחנה mRNA (להשתמש SACI לינאריזציה של הווקטור במורד הזרם של קודון STOP nuclease). ד) המושבה PCR באמצעות פריימרים מסומנים על ידי חצים בC) מאפשר זיהוי של TALENs התאסף בצורה נכונה. מלא lengtמוצרי h-PCR הם לעתים קרובות פחות בולטים בזמן &quot;אפקט הסולם&quot; מייצג אינדיקטור חזק של הרכבה מוצלחת. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50930/50930fig1highres.jpg" target="_blank">לחצו כאן לצפייה בתמונה גדולה יותר.</a> <img alt="איור 2" fo:content-width="3in" fo:src="/files/ftp_upload/50930/50930fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50930/50930fig2.jpg" width="300" /> איור 2. . בקרת איכות nuclease mRNA בסינתזת מבחנה באמצעות ג&#39;ל אלקטרופורזה agarose mRNAs ZFN מוצג כדוגמא (L, עזב ZFN; R, ZFN מימין). דוגמאות L1/R1 להראות mRNA לפני polyadenylation, דגימות מופע L2/R2 polyadenylated mRNA וL3/R3 להראות mRNA polyadenylated מטוהר. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50930/50930fig2highres.jpg" target="_blank">לחץ כאן לצפייה בתמונה גדולה יותר.</a> <img<html> alt = &quot;איור 3&quot; עבור: תוכן width = &quot;6in&quot; עבור: רוחב src = &quot;/ files/ftp_upload/50930/50930fig3highres.jpg&quot; src = &quot;/ files/ftp_upload/50930/50930fig3.jpg&quot; = &quot;600&quot; /&gt; איור 3. דוגמא של assay endonuclease T7 המשמש לזיהוי של בעלי חיים מייסד נושאים מוטציות הנגרם nuclease של מוקד היעד. א) זוג Talen נועד לבקע בתוך אזור הקידוד של גן חלבון פריון העכבר (Prnp, רצף יעד Talen יכול להיות מסופק על פי דרישה). מוצר ה-PCR מופק באמצעות פריימר קדימה (F) ממוקם 110 נ&quot;ב במעלה הזרם ופריימר הפוכה (R) 250 נ&quot;ב במורד הזרם של אתר המחשוף Talen. ב &#39;) המוצר ה-PCR הוא נתון בהמשך לheteroduplex היווצרות ועיכול endonuclease T7. C) mutagenesis-Induced Talen בתוך אזור גנומי הממוקד של מייסדים אחת מתגלה על ידי הנוכחות של מוצר ה-PCR באורך מלא עם מוצרי עיכול של 250 ו110 bps.50930/50930fig3highres.jpg &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; לחץ כאן לצפייה בתמונה גדולה יותר. <img alt="איור 4" fo:content-width="6in" fo:src="/files/ftp_upload/50930/50930fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50930/50930fig4.jpg" width="600" /> איור 4. דוגמא לתקציר הגבלה של מוצרי ה-PCR משמשים לזיהוי של בעלי חיים מייסד נושאים מוטציות הנגרם nuclease של מוקד היעד. ספציפי ZFN למוקד היעד 29 העכבר Rosa26 אתר הגבלת XbaI בתוך אינטרון 1. מייסדים) הוקרנו על ידי genotyping-PCR באמצעות פריימר קדימה (F) ממוקם 500 נ&quot;ב במעלה הזרם ופריימר הפוכה (R) 250 נ&quot;ב במורד הזרם של אתר המחשוף. ב &#39;) עיכול של מוצרי ה-PCR עם XbaI מגלה דפוסי עיכול מצביעים על עכברים עם מוטציות דו allelic (מסומנים בכוכביות), מונו -Allelic מוטציות (להקות מעוכלות והבלתי מעוכלים, למשל בעלי חיים 2)סידור ועכברי WT (עיכול שלם, למשל בעלי החיים 21). C) של עכברים עם שינויים דו allelic פוטנציאל מראה עד 3 (בעלי חיים 24 הוספות / מחיקות) מובחנות. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50930/50930fig4highres.jpg" target="_blank">לחץ כאן לצפייה בתמונה גדולה יותר.</a> <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שמו של פריימר </td><td> רצף 5 &#39;ל 3&#39; </td></tr><tr><td> pCR8_F1 </td><td> ttgatgcctggcagttccct </td></tr><tr><td> pCR8_R1 </td><td> cgaaccgaacaggcttatgt </td></tr><tr><td> TAL_F1 </td><td> ttggcgtcggcaaacagtgg </td></tr><tr><td> TAL_R2 </td><td> ggcgacgaggtggtcgttgg </td></tr><tr><td> TAL_Seq_5-1 </td><td> catcgcgcaatgcactgac </td></tr></tbody></table> טבלת 1. רצפים של צבעי יסוד המשמש לPCRs מושבה ורצף בתוך מכלול שער זהב Talenפרוטוקול. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> פלסמיד / אוסף </td><td> תורם </td><td> Addgene מזהה </td><td> תגובות </td></tr><tr><td> שער זהב Talen וטל Effector ערכת 2.0 </td><td> מעבדה Voytas </td><td> 1000000024 </td><td> מכיל את כל פלסמידים הדרושים להרכבת שער זהב Talen </td></tr><tr><td> וקטורי יעד pCAG-T7-Talen -KKR/ELD </td><td> מעבדה פלזר </td><td> 40,131, 40132 </td><td> Add-on פלסמידים לביטוי Talen בתאי יונקים ובסינתזת ה-mRNA במבחנה </td></tr></tbody></table> טבלה 2. ניתן להשיג פלסמידים ואוספי פלסמיד הנדרשים להרכבת שער זהב Talen מAddgene <a href="http://www.addgene.org">(www.addgene.org).</a> <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> באינטרנטמשאב </td><td> תגובות </td></tr><tr><td> http://tale-nt.cac.cornell.edu </td><td> עיצוב של Talen; תחזית מחוץ יעד Talen </td></tr><tr><td> http://zifit.partners.org/ZiFiT/ </td><td> עיצוב של Talen, OPEN ZFN, קודה ZFN, CRISPR/Cas9 </td></tr><tr><td> http://www.genome-engineering.org </td><td> עיצוב של Talen, CRISPR/Cas9; CRISPR/Cas9 חיזוי מחוץ היעד </td></tr><tr><td> http://baolab.bme.gatech.edu/Research/BioinformaticTools/assembleTALSequences.html </td><td> הרכבה של Talen רצפים לאישור תוצאות רצף </td></tr><tr><td> http://pgfe.umassmed.edu/ZFPmo dularsearchV2.html </td><td> עיצוב של ההרכבה מודולרי ZFN </td></tr><tr><td> www.genomecenter.ucdavis.edu/s egallab / segallabsoftware </td><td> עיצוב של ההרכבה מודולרי ZFN </td></tr></tbody></table> לוח 3. משאבים מקוונים לעיצוב ZFN, Talen, וCRISPR/Cas9. </sטרונג&gt;

Watch this Scientific Journal Video about Mouse Genome Engineering Using Designer Nucleases at JoVE.com

Mouse Genome Engineering Using Designer Nucleases

nucleases מעצב כגון nucleases אצבע אבץ (ZFNs) וnucleases מפעיל כמו activator-שעתוק (TALENs) יכול לשמש כדי לשנות את הגנום של עוברי preimplantation עכבר על ידי מפעילה שני סוף nonhomologous להצטרף (NHEJ) ורקומבינציה הומולוגית מסלולים (HR). מקדמות אלה לאפשר את הדור המהיר של עכברים עם שינויים גנטיים מדויקים.

עכבר הגנום הנדסה באמצעות nucleases מעצב

Transgenic mice carrying site-specific genome modifications (knockout, knock-in) are of vital importance for dissecting complex biological systems as well ...

Research

JoVE Journal

Biology

Gross and Fine Dissection of Inner Ear Sensory Epithelia in Adult Zebrafish (Danio rerio)

Gross and Fine Dissection of Inner Ear Sensory Epithelia in Adult Zebrafish Danio rerio

Dissection גרוס פיין epithelia של האוזן הפנימית חושית למבוגרים דג הזברה ( Danio rerio)

Neurosensory epithelia in the inner ear are the crucial structures for hearing and balance functions. Therefore, it is important to understand the ...

Engineering Cell-permeable Protein

הנדסה Cell-חדיר חלבון

The protein transduction technique enables the direct delivery of biologically active material into mammalian cells [for review see 1,2]. For this one can ...

Genome-wide Analysis of Aminoacylation (Charging) Levels of tRNA Using Microarrays

Genome-wide Analysis of Aminoacylation Charging Levels of tRNA Using Microarrays

הגנום כולו ניתוח (טעינה) רמות Aminoacylation של tRNA שימוש microarrays

tRNA aminoacylation, or charging, levels can rapidly change within a cell in response to the environment[1]. Changes in tRNA charging levels in both ...

Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

הגנום כולו ניתוח באמצעות שבב זיהוי איזופורם ספציפי מטרות ג&#39;ין

Recruitment of transcriptional and epigenetic factors to their targets is a key step in their regulation. Prominently featured in recruitment are the ...

In vivo Imaging and Therapeutic Treatments in an Orthotopic Mouse Model of Ovarian Cancer

In vivo Imaging and Therapeutic Treatments in an Orthotopic Mouse Model of Ovarian Cancer

בשנת vivo ההדמיה לטיפולים במודל עכבר orthotopic של סרטן השחלות

Human cancer and response to therapy is better represented in orthotopic animal models.  This paper describes the development of an orthotopic mouse model ...

Flow Cytometry Purification of Mouse Meiotic Cells

Cytometry זרימה טיהור תאים עכבר meiotic

The heterogeneous nature of cell types in the testis and the absence of meiotic cell culture models have been significant hurdles to the study of the ...

Genome-wide Screen for miRNA Targets Using the MISSION Target ID Library

הגנום כולו מסך עבור מטרות מירנה שימוש יעד המשימה ספריית מזהה

The Target ID Library is designed to assist in discovery and identification of microRNA (miRNA) targets. The Target ID Library is a plasmid-based, ...

Genome Editing with CompoZr Custom Zinc Finger Nucleases (ZFNs)

Genome Editing with CompoZr Custom Zinc Finger Nucleases ZFNs

הגנום עורך עם אצבע CompoZr nucleases אישית אבץ (ZFNs)

Genome editing is a powerful technique that can be used to elucidate gene function and the genetic basis of disease. Traditional gene editing methods such ...

Generation of Mice Derived from Induced Pluripotent Stem Cells

דור של עכברים שמקורם בתאי גזע pluripotent מושרים

The production of induced pluripotent stem cells (iPSCs) from somatic cells provides a means to create valuable tools for basic research and may also ...

In Vivo Modeling of the Morbid Human Genome using Danio rerio

In Vivo Modeling of the Morbid Human Genome using Danio rerio

בדוגמנות Vivo של הגנום האנושי החולנית באמצעות Danio rerio

Here,  we present methods for the development of assays to query potentially clinically  significant nonsynonymous changes using in  vivo complementation ...