Name: formation of ordered biomolecular structures by the self-assembly of short peptides
Uploaded: 2013-11-21T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Formation of Ordered Biomolecular Structures by the Self-assembly of Short Peptides at JoVE.com

עבודה זו נתמכה על ידי מארי קירי הבינלאומי שילוב מחדש גרנט ועל ידי הקרן הגרמנית לישראל. אנו מכירים במר יאיר Razvag לניתוח AFM.

1. הרכבה עצמית של Dipeptides Homoaromatic <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לשקול את הפפטיד הרצוי בצורתו lyophilized (למשל NH 2-Phe-Phe-OH, BOC-Phe-Phe-COOH) ולהכין פתרון מניות על ידי המסת פפטיד ב1,1,1,3,3,3-hexafluoro -2-propanol (HFP) לריכוז המתאים (למשל 100 מ&quot;ג / מיליליטר לNH 2-Phe-Phe-O...

לסיכום, מאמר זה מדגים את הקלות שבה יכולים להיווצר מכלולים מבוססי פפטיד במבחנה. התהליך כרוך פפטידים וממסים זמינים מסחרי, והיא מתרחשת באופן ספונטני בתנאי סביבה, על התוספת של ממס קוטבי למבחנה. זה חיוני כדי להשתמש HFP כממס של פפטידים, בשל המסיסות הנמוכה של פפטידים בממ?...

צורות טבע מסודרות ופונקציונליות מבנים על ידי התהליך של הרכבה עצמית biomolecular. הבנת הכוחות ששולטים בתהליך ספונטני זה עלולה להוביל ליכולת לחקות הרכבה עצמית במבחנה וכתוצאה מכך להתקדמות גדולה בתחום מדעי חומר 10,11. פפטידים, במיוחד, לקיים הבטחה גדולה כאבן בניין biomolecular, מאחר שהם מציגים מגוון מבני גדול, קלות של סינתזה כימית, והוא יכול בקלות להיות פונקציונליות עם ישויות ביולוגיות וכימיות. תחום ההרכבה עצמית פפטיד היה חלוץ ידי Ghadiri ועמיתיו, שהוכיחו את ההרכבה העצמית של צינורות פפטיד על ידי פפטידים מחזוריים לסירוגין עם D ו-חומצות אמינו L-12. גישות אחרות מוצלחות לעיצוב של מכלולי פפטיד כוללות פפטידים יניארי bolaamphiphile 5, amphiphiles (AP) 6, פפטידים עצמי משלים nonconjugated יוניים 13, פפטידים כמו פעילי שטח- <sup&gt; 4,14, וdiblock copolypeptides 15. גישה מאוחרת יותר כרוכה בהרכבה העצמית של פפטידים ארומטיים קצרים, כינה dipeptides homoaromatic. פפטידים אלה מהווים חומצות אמינו רק שתי עם טבע ארומטי (למשל Phe-Phe, dicarbonate טרט בוטיל (BOC)-Phe-Phe) 7,8,16-21. המבנים שהוקמו על ידי פפטידים homoaromatic אלה כוללים מבנים צינוריים, כדורים, מכלולים כמו גיליונות וסיבי 6,8,15,21-32. הסיבים ובמקרים מסוימים ליצור רשת סיבית כי תשואות הידרוג&#39;ל 33-37. מכלולים אלה נוצלו עבור יישומים של biosensing, אספקת סמים, אלקטרוניקה מולקולרית, וכו &#39;. 38-45 מאמר זה מתאר את שלבי הניסוי דרושים על מנת להתחיל את ההרכבה העצמית הספונטנית של פפטידים homoaromatic. בנוסף, הוא מציג התהליך של פפטיד coassembly. תהליך זה כרוך בהרכבה העצמית של יותר מסוג אחד של פפטידמונומר. ההפגנה שלנו כוללת coassembly של שני פפטידים זמינים מסחרי: פפטיד diphenylalanine (NH 2-Phe-Phe-COOH) ו בוק המוגן אנלוגי (BOC-Phe-Phe-OH). כל אחד מהפפטידים העצמיים מרכיב לתוך מבנה supermolecular: צורות פפטיד diphenylalanine מכלולי צינורי ועצמי מרכיב פפטיד BOC-Phe-Phe-OH לשני תחומים או סיבים בהתאם ל7,17,46 הממס. אנחנו מעורבב שני פפטידים ביחסים מסוימים ומאופיינות המכלולים הביאו על ידי מיקרוסקופית אלקטרונים, כוח מיקרוסקופיה וספקטרוסקופיית FT-IR. השיטות הוכיחו את היווצרות של מבנה המבוסס על פפטיד שמורכב מאלמנטים כדוריים בקוטר של כמה מיקרונים (1-4 מיקרומטר) שמחוברים על ידי אסיפות מוארכות בקוטר של כמה מאה ננומטרים (ננומטר ~ 300-800) . המכלולים דומים למחרוזות חרוזים במורפולוגיה שלהם, כמו המבנים כדוריים נראים שהושחלו עלמכלולים מוארכים. לפיכך, אנו מכונים המכלולים האלה &quot;שרשרות biomolecular&quot;. &quot;שרשרות biomolecular&quot; עשויות לשמש כחומר ביולוגי חדש, כסוכן משלוח סמים או כפיגום ליישומים אלקטרוניים. יתר על כן, ההליך שמוביל להרכבה העצמית של פפטידים עשוי להיות מנוצל עם כיתות אחרות של פפטידים וביומולקולות. זה עלול להוביל להבנה טובה יותר של הכוחות מעורבים בהרכבה עצמית והיווצרות מבנים מסודרים חדשים.

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Name of Material/ Equipment</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NH2-Phe-Phe-OH</td>
			<td>Bachem</td>
			<td>G-2925.0001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Boc-Phe-Phe-OH</td>
			<td>Bachem</td>
			<td>A-3205.0005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>52512-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol absolute (Dehydrated) AR sterile</td>
			<td>Bio-Lab Ltd.</td>
			<td>52555</td>
			<td>Blending with TDW for the preparation of 50% solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uranyl acetate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>73943</td>
			<td>For negative staining. It is possible to work without it.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>glass cover slip</td>
			<td>Marienfeld Laboratory Glassware</td>
			<td>110590</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TEM grids</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>FCF200-Cu-50</td>
			<td>Formvar/Carbon 200 Mesh, Cu</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quantitive filter paper</td>
			<td>Whatman</td>
			<td>1001055</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deuterium Oxide (D2O)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>151882-100G</td>
			<td>99.9 atom % D</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CaF2 window</td>
			<td>PIKE Technologies</td>
			<td>160-1212</td>
			<td>25 mm x 2 mm window. For FT-IR measurments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AFM tips</td>
			<td>NanoScience Instruments</td>
			<td>CFMR</td>
			<td>Aspire probes, CFMR-25 series</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter units</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>SLGV033RS</td>
			<td>Millex-GV, 0.22 &#956;m, PVDF, 33 mm, gamma sterilized</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SEM</td>
			<td>FEI</td>
			<td></td>
			<td>Quanta 200 ESEM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TEM</td>
			<td>FEI</td>
			<td></td>
			<td>Tecnai T12 G2 Spirit</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AFM</td>
			<td>JPK Instruments</td>
			<td></td>
			<td>A JPK NanoWizard3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FT-IR</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td>Nicolet 6700 advanced gold spectrometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FT-IR Purge</td>
			<td>Parker</td>
			<td></td>
			<td>BALSTON FT-IR Purge Gas Generator model 75-52</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OMNIC (Nicolet) software</td>
			<td>Thermo Nicolet Corporation</td>
			<td></td>
			<td>For FT-IR spectra analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex mixer</td>
			<td>Wisd Laboratory Equipment</td>
			<td></td>
			<td>ViseMix VM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Weight</td>
			<td>Mettler Toledo</td>
			<td></td>
			<td>NewClassic MS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sputter coater</td>
			<td>Polaron</td>
			<td></td>
			<td>SC7640 Sputter Coater</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

formation of ordered biomolecular structures by the self-assembly of short peptides

<html> בטבע, מבנים פונקציונליים מורכבים נוצרים על ידי ההרכבה העצמית של ביומולקולות בתנאים קלים. הבנת הכוחות השולטים בהרכבה עצמית ומחק את התהליך הזה במבחנה תביא להתקדמות גדולה בתחומי מדע וננוטכנולוגיה חומרים. בין אבני הבניין ביולוגי זמין, יש לי פפטידים מספר יתרונות כפי שהם מציגים גיוון משמעותי, הסינתזה שלהם בקנה מידה גדולה היא פשוטה, והם יכולים בקלות להיות שונה עם גורמים ביולוגיים וכימיים 1,2. כמה כיתות של פפטידים נועדו כגון פפטידים מחזוריים, פפטידים amphiphile ופפטיד conjugates עצמי להרכיב לתוך מבנים מסודרים בתמיסה. dipeptides Homoaromatic, הוא קבוצה של פפטידים עצמי התאספו קצרים המכילים את כל המידע המולקולרי הנחוץ ליצירת מבנים מסודרים כגון צינורות, כדורים וסיבים 3-8. מגוון גדול של פפטידים אלה הוא זמין באופן מסחרי. class = &quot;jove_content&quot;&gt; מאמר זה מציג הליך שמוביל להיווצרות של מבנים מסודרים על ידי ההרכבה העצמית של פפטידים homoaromatic. הפרוטוקול דורש רק חומרים כימיים מסחריים וציוד מעבדה בסיסי. בנוסף, העיתון מתאר חלק מהשיטות הזמינות לאפיון של מכלולים המבוסס על פפטיד. שיטות אלה כוללות אלקטרונים ומיקרוסקופ כוח אטומי ופורות-Transform אינפרא אדום ספקטרוסקופיה (FT-IR). יתר על כן, את כתב היד מדגימה את המיזוג של פפטידים (coassembly) והיווצרות של &quot;חרוזים על חוט&quot; מבנה דמוי על ידי תהליך זה. 9 הפרוטוקולים שהוצגו כאן ניתן להתאים לסוגים אחרים של פפטידים או אבני בניין ביולוגי ויכולים באופן פוטנציאלי להוביל לגילוי של מבנים מבוססי הפפטיד חדשים ולשליטה טובה יותר של ההרכבה שלהם.

מאמר זה מתאר שיטה ליצירת מבנים מסודרים על ננו ומיקרומטר בקנה מידה על ידי ההרכבה העצמית של פפטידים. כדי להדגים תהליך פשוט זה אנו מציגים ולאפיין coassembly של שני פפטידים ריחניים פשוטים (איור 1). אחד מהפפטידים הוא פפטיד 2-Phe-Phe-OH (diphenylalanine) NH, אשר יכול עצמי להרכיב ?...

Watch this Scientific Journal Video about Formation of Ordered Biomolecular Structures by the Self-assembly of Short Peptides at JoVE.com

Formation of Ordered Biomolecular Structures by the Self-assembly of Short Peptides

מאמר זה מתאר את היווצרותם של מבנים מבוססי פפטיד הורה מאוד על ידי התהליך הספונטני של הרכבה עצמית. השיטה מנצלת פפטידים זמינים מסחרי וציוד מעבדה משותפת. טכניקה זו יכולה להיות מיושמת על מגוון רחב של פפטידים ועשויה להוביל לגילוי של מכלולים המבוסס על פפטיד חדשים.

היווצרות של מבני Biomolecular הוזמנו על ידי ההרכבה העצמית של פפטידים קצרים

In nature, complex functional structures are formed by the self-assembly of biomolecules under mild conditions. Understanding the forces that control ...

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Chemistry

Thermodynamics

SCIENTISTS IN ACTION

Origami Inspired Self-assembly of Patterned and Reconfigurable Particles

אוריגמי השראה עצמית הרכבה של חלקיקים בדוגמת וReconfigurable

There are numerous techniques such as photolithography, electron-beam lithography and soft-lithography that can be used to precisely pattern two ...

Rapid Colorimetric Assays to Qualitatively Distinguish RNA and DNA in Biomolecular Samples

מבחני colorimetric מהירים לאופן איכותי להבחין RNA ו-DNA בדגימות biomolecular

Biochemical experimentation generally requires accurate knowledge, at an early stage, of the nucleic acid, protein, and other biomolecular components in ...

Microwave-assisted Functionalization of Poly(ethylene glycol) and On-resin Peptides for Use in Chain Polymerizations and Hydrogel Formation

Microwave-assisted Functionalization of Polyethylene glycol and On-resin Peptides for Use in Chain Polymerizations and Hydrogel Formation

Functionalization בסיוע מיקרוגל של פולי (אתילן גליקול) ופפטידים על השרף לשימוש בPolymerizations שרשרת וגיבוש Hydrogel

One of the main benefits to using poly(ethylene glycol) (PEG) macromers in hydrogel formation is synthetic versatility. The ability to draw from a large ...

Self-assembly of Complex Two-dimensional Shapes from Single-stranded DNA Tiles

עצמי הרכבה של צורות דו-ממדיות מורכבות מחד-גדילי דנ&quot;א אריחים

Current methods in DNA nano-architecture have successfully engineered a variety of 2D and 3D structures using principles of self-assembly. In this ...

Insights into the Interactions of Amino Acids and Peptides with Inorganic Materials Using Single-Molecule Force Spectroscopy

תובנה לתוך האינטראקציות של חומצות אמינו פפטידים עם חומרים אורגניים באמצעות ספקטרוסקופיית חיל מולקולה בודדת

The interactions between proteins or peptides and inorganic materials lead to several interesting processes. For example, combining proteins with minerals ...

Grafting Multiwalled Carbon Nanotubes with Polystyrene to Enable Self-Assembly and Anisotropic Patchiness

הרכבה Multiwalled פחמן עם פוליסטירן כדי לאפשר הרכבה עצמית, Patchiness אנאיזוטרופי

We demonstrate a straightforward protocol to graft pristine multiwalled carbon nanotubes (MWCNTs) with polystyrene (PS) chains at the sidewalls through a ...

Liquid-cell Transmission Electron Microscopy for Tracking Self-assembly of Nanoparticles

במיקרוסקופ אלקטרונים הילוכים נוזלי-תא לצורך מעקב הרכבה עצמית של חלקיקים

Drying a nanoparticle dispersion is a versatile way to create self-assembled structures of nanoparticles, but the mechanism of this process is not fully ...

Fabrication of Spherical and Worm-shaped Micellar Nanocrystals by Combining Electrospray, Self-assembly, and Solvent-based Structure Control

ייצור של כדוריות, בצורת תולעת Nanocrystals Micellar על-ידי שילוב ספקטרומטריית Electrospray, הרכבה עצמית ובקרת מבנה ממס מבוסס

Micellar nanocrystals (micelles with encapsulated nanocrystals) have become an emerging major class of nanobiomaterials. We describe a method of ...

Synthesis and Characterization of 1,2-Dithiolane Modified Self-Assembling Peptides

סינתזה ואפיון של 1, 2-Dithiolane ששינה פפטידים וההספק עצמית

This report focuses on the synthesis of an N-terminus 1,2-dithiolane modified self-assembling peptide and the characterization of the resulting ...

Luminophore Formation in Various Conformations of Bovine Serum Albumin by Binding of Gold(III)

Luminophore Formation in Various Conformations of Bovine Serum Albumin by Binding of GoldIII

Luminophore-צורה הייצורים החיים השונים של אלבומין שור על-ידי איגוד של Gold(III)

The purpose of the presented protocols is to study the process of Au(III) binding to BSA, yielding conformation change-induced red fluorescence (&#955;em ...