Name: high-throughput fluorometric measurement of potential soil extracellular enzyme activities
Uploaded: 2013-11-15T18:00:00
Duration: 12 min 33 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities at JoVE.com

פרסום זה מומן על ידי האנזימים במחקר מחקר סביבת תיאום הרשת נתמך על ידי הקרן הלאומית למדע בארה&quot;ב (DEB # 1,021,559). מחקר זה נתמך על ידי הקרן הלאומית למדע בארה&quot;ב (DEB # 1,021,559), והמחלקה של משרד האנרגיה של מדע (מחקר הביולוגי וסביבתית) בארה&quot;ב. כל דעות, ממצאים ומסקנות או המלצות לידי ביטוי בחומר זה הם אלה של הכותבים ואינם בהכרח משקפות את הדעות של NSF האמריקאי.

1. Assay קמה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תווית 3 צלחות גם עמוקות: &quot;דוגמא&quot;, &quot;MUB סטנדרטי&quot;, ו &quot;סטנדרטי MUC&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יוצקים כל תקן (MUB של 0, 2.5, 5, 10, 25, 50, ו100 מיקרומטר) ומצע (BG, CB, לנדנד, Phos, XYL, AG, LAP) לתוך מאגרים נקיים נפרדים, prelabeled (אוריינטציה בשורות) . </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה סטנדרטית MUB המתאים לתוך בארות המקבילה צלחת MUB סטנדרטית (טבלה 1). <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של 0 MUB מיקרומטר לשורה של צלחת סטנדרטית MUB. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של 2.5 מיקרומטר MUB לשורה ב &#39;של צלחת סטנדרטית MUB. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl 5 MUB מיקרומטר לתוך C השורה של צלחת סטנדרטית MUB. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של 10 MUB מיקרומטר לD שורה של צלחת סטנדרטית MUB. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של 25 MUB מיקרומטר לתוך E השורה של צלחת סטנדרטית MUB. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של 50 MUB מיקרומטר לתוך השורה F של צלחת סטנדרטית MUB. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של 100 μMUB M לשורת G של צלחת סטנדרטית MUB. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חזור על השלבים 1.3.1 - 1.3.8 לסטנדרטי MUC לתוך בארות המתאימות הצלחת סטנדרטית MUC. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> slurries אדמה הכנה עבור כל דגימת קרקע. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שוקל 2.75 גרם של אדמה לחה שדה לתוך בלנדר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוספת 91 מיליליטר של 50 חיץ מ&quot;מ. ערבב על גבוה דקות 1. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יוצקים תוכן בלנדר לתוך קערת זכוכית נקייה לפחות רחבה ככל פיפטה 8 ערוצים עם בר ומערבב. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים על צלחת ומערבבים, לערבב תרחיף אדמה על נמוך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 800 μl של תרחיף קרקע לעמודה ראשונה של הצלחת לדוגמא (טבלה 2). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חזור ל1 עמודת st לסטנדרטים של MUB וצלחות MUC הסטנדרטי (טבלת 1). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יש לשטוף את בלנדר מוט, צלחת ומערבבים ומערבבים עם DI H 2 O או חיץ בין דגימות קרקע. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חזור על שלבים 1.4.1 - 1.4.7) עבור כל דגימה, עוברים לטור הבא עם כל דגימת קרקע שלאחר מכן (לוחות 1 ו2). </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה את המצע המתאים (בדוגמא זו, 200 מיקרומטר ריכוזים) לתוך בארות המתאימות הצלחת לדוגמא (טבלה 2). <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של מצע BG לשורה של צלחת לדוגמא. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של מצע CB לשורה ב &#39;של צלחת לדוגמא. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של מצע נאג לתוך C השורה של צלחת לדוגמא. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של מצע Phos לD שורה של צלחת לדוגמא. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של מצע XYL לE שורה של צלחת לדוגמא. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של מצע AG לשורת F של צלחת לדוגמא. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 200 μl של מצע LAP לשורת G של צלחת לדוגמא. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חזור על השלבים 1.5.1 - 1.5.7 לכל צלחת מדגם טמפרטורת דגירה. </li></ol></li></ol> 2. דגירה של צלחות Assay <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאטום את הצלחות עמוקות היטב (&quot;דוגמא&quot;, &quot;סטנדרטי MUB&quot;, ו &quot;סטנדרטי MUC4 ;) עם מחצלות צלחת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפוך כל צלחת (אטום) ביד עד לפתרון הוא מעורב באופן יסודי (~ 10x). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הנח צלחות בחממה מתאימה לתקופת הנדרשת זמן דגירה (לוח 3). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקלט את הזמן ראשוני כשעה 0. גם להקליט פעמים הדגירה המתאימות, כך שאתה יודע מתי להסיר את הצלחת מן החממה (לוח 3). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בסוף כל תקופת דגירה, צנטריפוגה הצלחות אטומות במשך 3 דקות ב ~ 2,900 x גרם. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר הסמכה, להעביר 250 μl מכל טוב של הצלחות גם עמוקות מודגרות לתוך בארות מקבילות בצלחות 96 היטב עם תחתית שטוחות שחורות (צלחת אחת שחורה תשמש לכל צלחת גם עמוקים מודגרות). חשוב להעביר דגימות מהצלחות גם עמוקות מודגרות לאותו בארות (כלומר A1 ... A12, וכו &#39;) בצלחות השחורות עם תחתית שטוחה 96 היטב (טבלת המס&#39; 1, 2). </li></ol> 3. מדידות ניאון עלfluorometer Microplate <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בעקבות הוראות יצרן לקורא צלחת fluorometric משמש, להגדיר את אורך גל העירור ל365 ננומטר ואורך גל פליטה 450 ננומטר (או להשתמש במסננים מתאימים). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> קראו את שלוש צלחות על fluorometer. חשובות: דגימות וצלחות סטנדרטיות (כלומר MUB או MUC) יש לקרוא תוך שימוש באותו הרווח. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הגדר את ספקטרופוטומטר לעלייה אוטומטית ולקרוא את צלחות MUC וMUB רגילה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רווח למצב ידני, ולהקטין את הערך מלהיות אופטימלי למספר הנמוך ביותר הבא, מעוגל לחמש הקרובים ביותר, לכל צלחת רגילה. חזור 2x לכל צלחת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> קבע את הרווח לאוטומטי ולהפעיל את הצלחת לדוגמא. הפעל מחדש את הצלחת לדוגמא באופן ידני כדי להתאים את הרווח הגבוה ביותר עבור כל אחת מהצלחות רגילה (כלומר MUB וMUC). </li></ol></li></ol> 4. ניתוח נתונים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הזן את נתוני הקרינה עקומת סטנדרט לגיליון אלקטרוני לMUB (לוח 4 א) וסטנדרטי MUC (4 ב טבלה) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> המרת ריכוזים (מיקרומטר) עד (μmol) (4 א שולחנות ו -4). </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לנתוני הקרינה עקומת הסטנדרט של כל מדגם, לחשב את השיפוע, חיתוך-y, ו-R 2 ערכים עבור MUB וMUC (μmol) ריכוזים סטנדרטיים. R 2 ערכים מקובלים יעלה 0.98 עבור כל דגימה (4 א שולחנות ו -4). זה עשוי להיות שימושי כדי להמחיש עקומות סטנדרטיות בעלילה פיזור; עם הקרינה קורא זממה כמשתנה התלוי (ציר ה-Y) והריכוז סטנדרטי (μmol) זמם כמשתנה הבלתי תלויה (ציר x) (איור 1). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תוכל להשתמש במדרון MUB וMUC הסטנדרטי עקום וערכי חיתוך-y לחישוב המדגם + נתוני הקרינה גלם מצע לEEAS פוטנציאלי. עליך להזין ראשון המדגם + נתוני הקרינה גלם מצע לתוך גיליון אלקטרוני חדש (לוח 5 א </strong&gt;). אתה גם צריך להיכנס לזמן הדגירה (HR) ומשקל יבש אדמה עבור כל דגימה (5 ב טבלה). שים לב, בזמן הערכים שהוזנו בדוגמא זו הם 3 שעות, כי הדגימות הודגרו ב ° C25 (לוח 3). <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפחת את הערכים ליירט עקומה סטנדרטיות מערכי הקרינה המדגם המקביל ולאחר מכן לחלק ידי שיפוע העקום המקביל הסטנדרטי (לוח 5 ג). כדי להשיג זאת, לסדר מחדש את משוואת קו רגילה לפתור למדגם ריכוז אנזים (x); x = (י.ב.) / מ &#39;שבו: = קריאת y [הקרינה מדגם גלם; b = ליירט מMUB או עקומת MUC תקן; מ&#39; = שיפוע מMUB או עקומת תקן MUC]. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכפל μmol מדגם, מהצעד 4.3.1 לעיל, על ידי 91 מיליליטר (חיץ בשימוש בתרחיף אדמת נפח) (5D טבלה). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מתקבל ערך הפרד בשלב 4.3.2 על ידי המדגם ספציפי זמן הדגירה ומסה יבשה אדמה (5e טבלה): AMT אנזים [. (&amp; #956; mol) x 91 דגירה x מיליליטר (HR) x אדמה יבשה (ז) x 0.8 מיליליטר x 1,000] הערה: 0.8 מיליליטר הוא הנפח של תרחיף המשמש גם בכל אחד, ו -1,000 מתקן לכמות הקרקע בפועל בכל טוב. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכפל את הערך שהושג בשלב 4.3.3 על ידי 1,000 כדי לקבל את היחידות הרצויות (אדמה / hr היבש פעילות nmol / g) (5F טבלה). </li></ol></li></ol>

אין ניגודי האינטרסים הכריזו.

המדידה מבוססת המעבדה של EEAS אדמה הפוטנציאלי יכולה לספק תובנות חשובות תגובות חיידקים לסביבת אביוטי, והשלכותיהם על תפקוד מערכת אקולוגית. התוצאות של ערכת נתוני דוגמא זו מראות כי הבדלים מינימאליים קיימות בפעילות אנזים קרקע או קינטיקה בין חלקות טיפול האקלים. עם זאת, מגמות הפוכות בין חלקות יעודדו חקירה נוספת של משתנים שעשויים להשפיע על הייצור של EEAS חיידקים כגון רטיבות קרקע, pH קרקע או גידול צמחים. בסך הכל, הערכת EEAS במונחים של (1) EEA הכללי בקרקעות, (2) stoichiometry EEA (3) אנרגיית חלקות ארניוס / הפעלה, ו (4) ש 10 מספק קשת רחבה של גישות שיכולים להצביע על תהליכים ברמת המערכת האקולוגית שממנו לאפיין וחסונה דינמיקה תפקודית מערכת אקולוגית בקרקע. מבחני EEA הקרינה מבוססת תפוקה גבוהה הם כלי שימושי שנמצא בשימוש נרחב כדי לבחון EEAS פוטנציאל בקרקעות וסביבות אחרות. חשוב לציין, פעילויות פוטנציאליות משקפות את גודל בריכת אנזים, אך לא על ידי עצמם לכמת שיעורי ייצור או למחזור אנזים 46. למרות הטכניקה היא פשוטה יחסית, הבדלים לכאורה בין קטין מעבדה פרוטוקולים יכולים לעכב את ההשוואה של תוצאות 13. למרבה הצער, אין לנו כרגע שולט חיובית סטנדרטית מתאימה לEEAS. השימוש ביחסי stoichiometric הוא גישה אחת להתגבר על אתגרים אלה. אחרת, כניסתו של טכניקות תפוקה גבוהה קידמה את המחקר של אנזימים בסביבה 4. פרשנות מדוקדקת של הנתונים המופקים על ידי מבחני אלה עשויות להבהיר את המגמות חשובות בפעילות חיידקים. חוסנו של הפרוטוקול נובע מהיכולת לבחור לתנאים ספציפיים לדוגמאות בודדות, אבל זה יכול גם לגרום למגבלות. סדרה של שינויים שתידרש על מנת להבטיח דגימות נמדדות במדויק ל<html> אתרי תחום פרט: חוצץ החיץ שתבחר יהיה תלוי ברמת החומציות של הקרקע. חציצה גם מייצבת את עוצמת הקרינה של הסטנדרטים הניאון, שהוא מאוד pH תלוי 27,47. חיץ pH, כי בדרך כלל אנו משתמשים על מנת להפוך את תרחיף האדמה הוא אצטט 50 מ&quot;מ נתרן או חיץ טריס אשר נבחר לקבועה של החיץ מסוים חומצת דיסוציאציה (pKa) לאדמת ההתאמה הטובה ביותר - רמות ה-pH מדגם. נתרן אצטט יש pKa של 4.76, וטריס יש pKa של 8.06 כך הכמויות של שני מאגרים אלה ישתנו כדי להגיע pKa הרצוי למדגם הבודד. חיץ פוספט (pKa = 7.2) כבר הציע לקרקעות ניטרליות / מעט בסיסיות. עם זאת, אנו מזהירים לבדיקת השתנות אנליטיות במחקרים ראשוניים לפני השימוש במאגר הזה, כמו ריכוזי פוספט גבוהים עלולים להפריע לפעילות אנזים. טיפול ואחסון של מצעי ניאון jove_content &quot;&gt; מבחני הקרינה יכולים לסבול מהפרעות שנגרמו על ידי זיהומים ו / או חוסר יציבות של תרכובות רבות ניאון כאשר הם נחשפים לאור, ולכן נדרשת זהירות בעת הטיפול במצעי ניאון. אנו ממליצים בחום מזעור כל חשיפה לאור שלכותרתו fluorescently מצעים וMUB וסטנדרטים MUC . שימוש בבקבוקי זכוכית בצבע ענבר או כיסוי הזכוכית ומכולות המשמשת להכנת ואחסון מצעים וסטנדרטים ניאון מומלץ מאוד; רדיד אלומיניום לעטוף כלי זכוכית ומיכלי עובד היטב בדומה לכך, ביעילות ביחסינו צלחות והעברה לחממות כהות היא התרגול הטוב ביותר אנו ממליצים.. אחסון מצעים וסטנדרטים (-20 מעלות צלזיוס) במשך זמן רב יותר ללא מחודשיים (בזמן שהגנה עליהם מפני אור); ומצעי הפשרה (5 מעלות צלזיוס) ~ 24-48 שעה לפני תחילת assay האנזים (ים). עיצוב ושכפול לחשבון הטוב ביותר עבור גם לווריאציות מדגם כן, יישום Negativפקדי assay דואר ו( אם אפשר) assay משכפל מומלץ. וריאציה מתרחשת בדרך כלל כתוצאה מהבדלים בכמות חלקיקי אדמה בכל טוב ושגיאות pipetting. לכן, ערבוב חזק וטכניקת pipetting טובה באופן משמעותי לצמצם גם לוריאציה כן. יתר על כן, אנו ממליצים בחום יישום בקרה שלילית assay (חיץ + פתרון מצע) כדי לפקח על חוסר עקביות מצע לאורך זמן. זה יכול להיות במעקב בקלות בעת קריאת צלחות אנזים על ידי השוואת בארות בקרה שליליות (בדרך כלל אנו משתמשים בטור האחרון על צלחות 96 היטב). פקדי מצע שליליים הם בדרך כלל יציבים, ולכן מגביר את האות הרבה מעל גבול גילוי, זה מעיד על זיהום או חוסר יציבות מצע, הדורש החלפה של המצע ו / או פתרונות סטנדרטיים. כדי למקסם את התפוקה, הפרוטוקול שלנו כולל מספר EEAS הפוטנציאלי בmicroplate גם עמוק אחת, למרות שפרוטוקולים אחרים לבצע סוג אחד שלassay לכל צלחת (כלומר מצע אחד לכל צלחת) מאז EEAS שונה מתרחש בקצב שונה. בכל מקרה, אנזים אופטימיזציה חייבת להתבצע על קרקעות לפני ביצוע גבוה זו גישה או גישת צלחת אחת לאורך כל דרך. מצעים מרובים ניתן להשתמש בצלחת אחת, אם שיעורי התגובה הם עקביים יחסית לכל אנזים בתוך תקופת הדגירה הזמן. הפרוטוקול שלנו ממליץ ~ 2.75 אדמה גרם כדי להפוך את פתרון slurry, בעוד ~ 1 גרם מומלץ בפרוטוקולים אחרים 24. אנו מציעים כי באמצעות יותר אדמה (אם אפשר) הוא גישה יעילה ללכידה טובה יותר בתוך מדגם הווריאציה אדמה ברמות פעילות אנזים. בפרוטוקול זה, אנו דגירה 800 μl של תרחיף אדמה עם 200 מצע μl, בעוד שאחרים דגירה רק 200 μl של תרחיף אדמה עם 50 μl של מצעים. זה פשוט פונקציה של קנה מידה עד שסופו של דבר לא משנה את הפעילות הנמדדת. ישנם גם יתרונות מעשייםלשימוש בנפחים גדולים יותר. אחד, קל יותר, כדי למנוע חלקיקי אדמה תוך pipetting למתאים צלחות 96 היטב עם תחתית שטוחות שחורות לפני הקלטת עוצמות על fluorometer. שנית, הנפח נוסף הוא שימושי במקרה של דליפות מקריות בעת העברת הצלחות 96 היטב עם תחתית שטוחות השחורות לfluorometer לפני הקלטת עוצמות הקרינה הקשורות לאנזים. אפילו סטיות קלות בנפח באופן משמעותי תקטן הקרינה בין בארות. לבסוף, בשל אופי התפוקה הגבוה של פרוטוקול זה, שאנחנו בדרך כלל בוחרים להסתמך על שכפול ניסיון לייצג את השונות ברמות פעילות אנזים ולא ביצוע assay משכפל. זה תמיד להתאמן הכי טוב לכלול משכפל אנליטיים, אבל בפועל, אנחנו מרגישים הפרוטוקול שלנו מספק איזון מאוזן בין משכפל אנליטיות והניסיוני שניתן משאבים מוגבלים. כמו כן, הגישה שלנו משתמשת באדמה יחסית הומוגני יותר טוב (2.75 ז) לכל assay 25, אשר טבועהntly יורד בתוך אדמת וריאציות. ההחלטה להשתמש במשכפל אנליטיים יש לשקול בזהירות על ידי בדיקה לטעויות אנליטיות במחקרים ראשוניים 48. עם זאת, אנו ממליצים שעיצובים ניסיוניים עם פחות מ 4 חזרות לטיפול קבוצתיים צריכים מאוד לשקול שימוש assay משכפל. קרקע, כרכי הצפת, ואופטימיזציה של ריכוז המצע חיץ האדמה: יחס ריכוז מצע הוא משתנה חשוב שמשפיעה במידה רבה את הקרינה שנמדדה בעת ביצוע מבחני אנזים. כמות הקרקע בתרחיף הוסיפה לassay או ריכוז המצע ייתכן שיצטרך להיות מותאם בהתאם לפעילות של אנזימים בדגימת הקרקע. 44,4 הכמויות שנבחרו לדוגמא זו התבססו על בדיקות קודמות של קרקעות אלה כדי להבטיח שזמיני מצע nonlimiting, ושאנחנו מדידת שיעורי פוטנציאל מרביים בתנאי assay (מקסימום V)5. עם זאת, עבור דגימות קרקע שיש ריכוזים גבוהים של אנזימים, כמות של אדמה או ריכוז מצע חייבת להיות מוגברת. מצאנו כי הגדלת ריכוז מצע (והתאמת העקומה סטנדרטית בהתאם) יכולה להשפיע על הליניאריות של העקומה. לכן, אנו ממליצים לצמצם כמויות קרקע ו ​​/ או התאמות פרופורציונליות לחיץ כרכים במידת צורך. בכל מקרה, זה חשוב כדי לייעל את ריכוז מצע עבור כל סוג קרקע assayed בגלל EEAS נמדד יכול להיות שונה בכל סדר הגודל גדול יותר בין ריכוזי מצע הרוויים ותת רוויים 26. לכן הבדלים בין טיפולים ניסיוניים (וכו &#39;) רגישים לסוג השני טעות סטטיסטית ופחות סיכוי להיות מזוהים בתנאים להרוות-Sub, ושגיאה סטטיסטית 27,35. כדי לייעל את ריכוזי מצע, מבחני אנזים ראשוניים צריכים להתבצע על דגימות קרקע נציג תוך שימוש במגוון רחב של ריכוזי מצע. לאחרהקלטת הקרינה, פשוט להתוות את הנתונים (בדומה לדוגמא העקומה הסטנדרטי; איור 1) כדי לזהות את ריכוז המצע (ציר x) מקביל לאנזים פעילות (ציר y) שבו הרמות מעל המדרון (~ 0). כמו כן, ריכוז המצע המתאים לנקודה שבה רמות המדרון מעל (~ 0) היא אינדיקציה טובה לריכוז המצע האופטימלי לקרקע מסוימת. assay זה סופו של דבר מודד הקרינה לאורך זמן נתון המיוצר על ידי מחצית fluorogenic שהוא ביקע מן המצע כתוצאה מdepolymerization מצע בתיווך אנזים. לכן, שלב 5 (בנוסף מצע) הוא קריטי וחייב להתבצע ביעילות רבה ככל האפשר על מנת למזער את הזמן בין מועד בו המצע מתווסף לקרקעות וכאשר מבחני מודגרת. כמו כן, ברגע שהמצע בא במגע עם המדגם, תגובות אנזימטיות יתחילו להתרחש. אנו ממליצים להשתמש רב ערוציתפיפטה מסיבה זו. הוא מומלץ בחום ללהתייעל באמצעות פיפטה רב ערוצית לפני היום אתה מבצע מבחני האנזים שלך. כדי להשיג זאת, אתה יכול להתאמן pipetting עם מים עד שאתה יכול בקלות להעביר כרכים לתוך צלחות 96 היטב עם pipettor שלך. אדמת מרווה מרווה מתייחסת לירידה בעוצמת הקרינה הנגרמת על ידי חלקיקים ו / או חומר אורגני בslurries-incubations האדמה 26. מרווה יכולה להיות מושפעת על ידי התאמת האדמה: יחסי חיץ 25. בשל הקרינה רקע מדגימות בודדות, זה הוא קריטי כדי להפעיל סטנדרטים עם דוגמאות כדי להסביר את רקע הקרינה (מרווה). למרות שחלק מפרוטוקולים להשתמש בריכוז אחד לאחר הבדיקה כי האות היא ליניארי, אנו ממליצים בחום יישום שליטה להרוות סטנדרטית עבור כל דגימה לשליטה הטובה ביותר להשפעות של מרווה. הימנעות מלעשות זאת תגרום לדוכןעקומת ארד אינו ישימה למדגם, והערכה לא נכונה של פעילות האנזימטית. התוספת של תקנים לslurries קרקע אינה רגיש לזמן, כתוספת סטנדרטית אינה משפיעה על הקרינה הרקע של המדגם. NaOH בנוסף התוספת של NaOH משמשת בפרוטוקולים מסוימים כדי לייעל מדידות פעילות אנזים fluorometric בגלל הצבע פלואורסצנטי שוחרר מהמצעים סינטטיים מפגין הקרינה שיא ב-pH&gt; 9.0 26,49. כאשר שוקל את ההצעה הזאת, ריכוז NaOH צורך pH תרחיף קרקע (כלומר ל-pH&gt; 9) ישתנה בהתאם לאדמה בפרט וחיץ pH משמש 26. עם זאת, אחרים טוענים כי NaOH לא עשוי להיות נחוץ משום שעוצמת אות היא בדרך כלל גבוהה מאוד אפילו ב-pH נמוך יותר, וכי זה מציג מקור נוסף לשגיאת מדידה. לדוגמא, ההשפעה של תוספות NaOH בpH התרחיף וfluore כך MUB או MUCscence שינויים לאורך זמן 25. מצעים MUB קשורים הוכחו להפגין הקרינה מוגברת עקבית עבור 20 דקות הבאות נוספה NaOH לפני הרמות להתחדד, בעוד MUC הוכיח יציב ירד הקרינה עד 60 דקות 26. לכן, חשוב לבצע סטנדרטיזציה של הזמן בין בנוסף NaOH ומדידת הקרינה. לחלופין, אם רמות הקרינה הן במידה מספקת לזיהוי ללא בנוסף, ביצוע מבחני ללא הוספת NaOH הוצע כחלופה מקובלת באותה מידה 26. טמפרטורה רגישות טמפרטורה צריכה להילקח בחשבון כאשר מחליטים טמפרטורת דגירה. אם העניין העיקרי הוא הבנת קינטיקה אנזים, באמצעות שלוש או יותר טמפרטורות כפי שמודגם באמצעות חלקות ארניוס (בסעיף התוצאות) היא גישה חזקה. אם האתר לדוגמה יש טמפרטורה אופיינית נמוכה כגון אדמת אדמה קפוא, אז duration של דגירה ייתכן שיהיה הצורך הוארך כדי לאפשר לאנזימים להגיב בטמפרטורות הדגירה קרות יותר. בעוד קינטיקה אנזים המסורתית מצביעה על כך שעלייה בטמפרטורה צריכה לגרום לפעילות אנזים מוגברת, מצאנו כי אנזימים יכולים להיות אתר ספציפי במונחים של רגישות טמפרטורת 50. לכן, כדי להבין את פוטנציאל פעילות האנזים ספציפי לאתר זה קריטי, כי טמפרטורת דגירה ומשך להיות מותאם כדי לשקף ערכי אתר שדה. מסקנה וווים הם נהגים קריטיים של תהליכי biogeochemical בקרקעות, ולכן אנחנו צריכים להיות מסוגלים למדוד את פעילותם. ישנם אתגרים רבים למדידת EEAS בקרקעות, כולל הפרעה ועיכוב. למרות אתגרים אלו, פרוטוקולים סטנדרטיים (כמו זה המתואר כאן) יכול להיות מיושמים באופן אוניברסלי למדידת EEAS עבור מגוון רחב של אנזימים. למרות שזה די קל להפיק נתונים איכות הבאות פרוטוקולים אלה, בפירוש מחדש של נתונים אלה בהקשר אקולוגי דורש שיקול זהיר של מה שהמבחנים הללו באמת מדידה, ואיך EEAS בתנאי assay עשוי להיות שונה מאלה תחת בתנאים באתרה.

אנזימים תאיים (וווים) המיוצרים על ידי חיידקי אדמה, פטריות, וקדום מעורבים בתהליכי biogeochemical רבים מספור, וממלא התפקיד מרכזי בעיבוד, ייצוב, ויציבות של חומר אורגני בקרקע ורכיבה על אופניים מזינים במערכות אקולוגיות יבשתית 1. על ידי הפקה וווים, חיידקים אדמה לפרק ולהפוך את חומר אורגני פולימרים למולקולות מסיסים קטנות יותר, ובכך משחררים מיקרו ואבות מזון קשורים בעבר, המאפשר לצמחים וחיידקים לקלוט חומרי מזון זמינים בקרקע. וווים נחקרו במשך עשרות שנים, בעיקר על ידי מדידת פעילותם במבחני מעבדה 2-4, מכיוון שקשה מאוד לזהות ולכמת באופן ישיר אנזימים. פעילות תאית אנזים (EEA) נשלטת באופן חזק ביותר על ידי הריכוז של אנזימים ומצעים המתאימים. השפע של שונה C-, N-, ואנזימי P-משפילים בקרקעות נשלטים על ידי גורמים רבים including יומסה של חיידקים, הרכב קהילה, זמינות מצע, מיקרו אקלים, ודרישות stoichiometric 5,6. עם זאת, בEEAS אתרו בתוך סביבת הקרקע מושפעת גם מטמפרטורה 7,8, המחייב של אנזימים לטיט אדמה ומאפייני humic 2, ואילוצי דיפוזיה 9, אשר בסופו להסדיר את בריכת האנזים הפעילה, במונחים של גודל, זמינה מצע , ושיעורי תחלופה 10-12. לכן, הכרה בתנאי קרקע באתר היא קריטית בעת שימוש במבחני אנזים המעבדה לפרש פונקציה של חיידקים אדמה על פני אתרים סביבתיים שונים. שיעורים רבים ושונים של EEA ניתן לכמת במבחני מעבדה תוך שימוש במגוון של מצעים סינטטיים (עיין &quot;רשימה של ריאגנטים טבלה&quot; לקבלת פרטים נוספים). פרוטוקולים מסוימים לנצל מצעים במבחנים שהם מצמידים לתגובת colorimetric שניתן לאתרם בספקטרופוטומטר, Wבשעה שהייתי. כולל הפרוטוקול שאנו מתארים כאן, לנצל את מצעים המאוגדים מחצית ניאון אחרים, מבחני EE הקרינה הם בדרך כלל רגישים יותר (על ידי סדר הגודל) מאשר מבחני colorimetric (אשר משתמשת במחצית chromogenic המקושרת עם מצע סינטטי) 12-14. רגישות בזיהוי EEA כוללת שני היבטים: האחד קשור לכמות של המתחם של עניין מזוהה ואחרת הקשורות לפעילות האנזים הנמוכה ביותר לגילוי הפוטנציאלית. שיטות לP-nitrophenol colorimetric ניתן למצוא מבחני מבוססי (PNP) בעבר עובד 15,16. בקיצור, אדמה (בדרך כלל הסתנן ל&lt; 2 מ&quot;מ והאוויר יבש) הוא טופח על pH טמפרטורה אופטימלי או בשדה רלוונטי. הקצב שבו מוצר התגובה שפורסם נקבע colorimetrically עם ספקטרופוטומטר 14. הרגישות גבוהה יותר של מבחני אנזים הקרינה נובעת בחלקו לזיהוי רגיש יותר של הפרדת מחצית fluorogenic קשורים substrאכלתי השפלה ולא ספיגת הקלטה לאחר הפרדת מחצית chromogenic ספציפית באורך גל מסוים. שני אינדיקטורים הניאון סינטטיים הנפוצים ביותר הם 4-methylumbelliferone (MUB) 17 ו7-אמינו-4-methylcoumarin (MUC) 18,19. מצעי MUC צמודים קשורים בדרך כלל עם מצעים סינטטיים N-עשירים כגון חלבונים ו / או חומצות אמינו. טכניקות פלורסנט פותחו לראשונה עבור דגימות מימית 20,21, והיישום שלהם לקרקעות דורש בקרות מרווית אות והפרעות 22,23. מבחני יכולים גם להתנהל באמצעות כימיה מסורתית &quot;ספסל העליון&quot; עם כמויות גדולות, או יכולים להיות מועסקים בפרוטוקולי microplate מבוססים, עם תפוקה מוגברת אבל אולי טעות מדידה גבוהה יותר. אמנם יש מספר פרוטוקולים שצוטטו בהרחבה לגילוי ניאון של EEAS בקרקעות 24, מעבדות רבות משתמשות בשינויים קלות על פרוטוקולים אלה, לעתים קרובות בטעות או עקב הבדלים בציוד מעבדה או חומרים כימיים. הבדלים קטנים לכאורה בפרטים של פרוטוקולים יכולים מאוד להשפיע נמדדו EEAS 25,26 וחוסר אנזימים סטנדרטיים עושה את זה מאתגר כדי לכייל מבחני בין מעבדות שונות. לפיכך, יש צורך חשוב להפצת פרוטוקולים מפורטים לעידוד סטנדרטיזציה של מבחני EEA. בפרוטוקול שלנו, דגימות קרקע מוכנות על ידי שילוב של דגימות קרקע עם חיץ pH ומאחד עם בלנדר. אז slurries מחוסן עם כמות nonlimiting של כותרתו fluorescently C-, N-, או מצע P-עשיר, שנבחר בהתאם לשאלת המחקר הספציפית של עניין. שימוש slurries אדמה במבחני האנזים משמש כביקורת כדי למזער מגבלות דיפוזיה מצע. Moieties הניאון הם הרווה עד שהם הבקיעו מהמצעים שלהם, ואת פעילות ובכך אנזים יכולה להתגלות כצבע פלואורסצנטי משתחרר מהמצע בy-תגובה זרז אנזים. עוצמת הקרינה הגוברת בזמן משקפת את שיעור התגובה-זרז אנזים. הרעיון הכללי של assay אנזים הקרינה הוא שהמצעים סינטטיים כרוכים במחצית fluorogenic (צבע פלואורסצנטי), מתווספים לדגימות קרקע 27. במהלך השפלה מצע-זרז אנזים, את הקשר בין שובר את צבע הניאון ואת המצע. צבע פלואורסצנטי שוחרר מהמצע משמש ככתוצאה מכך הערכה עקיפה של פעילות אנזים, וניתן לכמת באמצעות קורא microplate כדי לזהות את עוצמת הקרינה של הצבע. בקיצור, כימות הקרינה מושגת כצבע המשוחרר פולט אור באורך גל אחד לאחר קליטת אור עם אורך גל שונה. עוצמת הקרינה שתועדה על ידי קורא צלחת מסוגל גם עירור וגילוי. פעילות אנזים ניתן לכמת בהמשך מבוסס על conce ניאון הצבע הידועntrations של המצע (כלומר כמויות ידועות של מצע סינטטי הוסיפו לדגימות קרקע), יחד עם התייחסות עקומה דילול סטנדרטי של עוצמות הקרינה למחצית fluorogenic הספציפית של המצע בשימוש assay (כלומר 4-methylumbelliferone (MUB) או 7-אמינו -4-methylcoumarin (MUC)). (נא עיין בסעיף הפרוטוקול לפרטים ספציפיים על כימות פעילות אנזים). מבחני אנזים אדמת מעבדה הם שימושיים להערכת תפקוד קהילת חיידקים, אבל יש כמה מגבלות טכניות שצריכים להכיר משתמשים 10. מבחני הקרינה יכולים לסבול מהפרעות שנגרמו על ידי זיהומים ו / או חוסר יציבות של תרכובות רבות ניאון כאשר הם נחשפים לאור, ולכן נדרשת זהירות בעת הטיפול במצעי ניאון 25. חלקיקי קרקע ו / או חומר אורגני באדמת slurries יכולים גם להפריע לעוצמות הקרינה, המכונים אפקט מרווה 26.יתר על כן, מבחני אנזים המעבדה מעריכים רק EEAS הפוטנציאלי בתנאי מעבדה. במבחני חוץ גופית למדוד EEAS בתנאים בהם פיזור מצע ושפע הוא nonlimiting. לכן, הנתונים שסופקו על ידי מבחני אלה לא יכולים להיות טוב לפרוקסי EEAS תחת בתנאי קרקע באתר 10. בסך הכל, פעילות אנזים היא מאוד שימושית עבור השוואות יחסי שבסוגי הקרקע דומים. עם זאת, בעת השימוש בשיטה זו כדי להשוות את פעילות בין קרקעות שונות בתכונות פיזיות או כימיות, יש להשתמש בזהירות. זאת בשל העובדה שהבדלים בסוג קרקע וטמפרטורה באופן דרסטי יכולים לשנות את המצב בקינטיקה אנזים באתרה. מגבלה נוספת היא שמספר קטן יחסית של מצעים זמינים מסחרי (בהשוואה לסביבה הטבעית). יתר על כן, מצעים סינטטיים המשמשים למבחני אנזים הם פשוטים יחסית (בקלות מסיסה) עלול שלא לייצג במדויק מצעי האדמה בהווה או בavailablדואר באתרם. גורם נוסף שיש לקחת בחשבון הוא כי באמצעות slurries אדמה יהיה לשלב את הפעילות של כמה אנזימים התייצבו (כלומר משותקים על ידי חומר או חרסית אורגני) שלא יכול להיות פעילה באתרו בתנאים 2. מבחני אנזים מעבדה גם לא מספקים מידע בנוגע להתמדה של אנזימים בקרקע (שיעורי תחלופת אנזים) או מידע לגבי המינים של חיידקים מסוימים שמייצרים אנזימי אדמה.

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Name of Material/ Equipment</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalogue number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reagents: </td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl &#945;-D-glucopyranoside (AG)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M9766</td>
			<td>Sugar degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl &#946;-D-glucopyranoside (BG)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M3633</td>
			<td>Sugar degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl &#946;-D-cellobioside (CB)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M6018</td>
			<td>Cellulose degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-Leucine-7-amido-4-methylcoumarin hydrochloride (LAP)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>L2145</td>
			<td>Protein degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl N-acetyl-&#946;-D-glucosaminide (NAG)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M2133</td>
			<td>Chitin degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl phosphate (PHOS)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M8883</td>
			<td>Phosphorus mineralization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl-&#946;-D-xylopyranoside (XYL)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M7008</td>
			<td>Hemicellulose degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferone (MUB)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M1381</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>7-Amino-4-methylcoumarin (MUC)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A9891</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mM Sodium acetate anhydrous buffer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S210-500</td>
			<td>acidic and neutral soils</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mM Tris base buffer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP154-1</td>
			<td>basic soils</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bel-Art Scienceware disposable pipetting reservoirs</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-512-65</td>
			<td>pipetting reservoir</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Electronic; Eppendorf Xplorer; 8-channel</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-684-265</td>
			<td>8-channel pipette, range: 50-1,200 &#956;l</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TipOne 101-1,250 &#956;l extended length natural tips</td>
			<td>USA Scientific</td>
			<td>1112 - 1720</td>
			<td>10 racks of 96 tips (960 tips)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hotplate; heating surface: 10 in x 10 in.</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>11-100-100SH</td>
			<td>Lab disc magnetic stir plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waring blender</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-509-7P</td>
			<td>Two-speed; 1 L (34 oz) stainless steel container</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BRAND Dispensette III bottle-top dispensers</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-688-231</td>
			<td>Dispenser; range: 5-50 ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wheaton Unispense &#956;P peristaltic pumps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-683-7</td>
			<td>Optional dispenser</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand magnetic stir bar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>1451363SIX</td>
			<td>Used to stirr soil slurry afer blending</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyrex glass bowls</td>
			<td>World Kitchen</td>
			<td>5304218</td>
			<td>Pyrex 10 oz rimmed custard cup</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Costar 96-well black solid plates</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>07-200-590</td>
			<td>Used for plate reader step</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Costar 96-well assay blocks</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>07-200-700</td>
			<td>V-bottom; 2 ml; sterile</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Scientific Nunc 96-well cap mats</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-387-93</td>
			<td>Sterile 96-well cap mat for square wells</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge equipped with holders for deep-well plates</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>3121</td>
			<td>Centra-GP8 (this model is no longer available)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tecan Infinite 200 series multifunctional microplate reader</td>
			<td>Tecan</td>
			<td>30016058</td>
			<td>Plate reader (this model is no longer available)</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput fluorometric measurement of potential soil extracellular enzyme activities

חיידקים בקרקעות וסביבות אחרות לייצר אנזימים תאיים לdepolymerize וhydrolyze מקרומולקולות האורגנית, כך שהם יכולים להיטמע לאנרגיה וחומרים מזינים. מדידת פעילות אנזים חיידקי אדמה היא קריטית בהבנת דינמיקה תפקודית מערכת אקולוגית בקרקע. הרעיון הכללי של assay אנזים הקרינה הוא שC-, הסינתטי N-, או מצעי P עשיר בכבול עם פלורסנט לצבוע מתווספים דגימות קרקע. כאשר שלם, מצעי שכותרתו לא לזרוח. פעילות אנזים נמדדה כגידול בקרינה כצבעי ניאון הם ביקע מהמצעים שלהם, המאפשר להם לזרוח. ניתן לבטא מדידות אנזים ביחידות של molarity או פעילות. כדי לבצע assay זה, slurries קרקע מוכן על ידי שילוב של אדמה עם חיץ pH. חיץ pH (בדרך כלל אצטט 50 מ&quot;מ נתרן או 50 חיץ מ&quot;מ טריס), נבחר לקבוע של החיץ מסוים חומצת דיסוציאציה (pKa) כדי להתאים את sa האדמה הטוב ביותרpH mple. Slurries האדמה מחוסן עם כמות nonlimiting של כותרתו מצע (כלומר C-, N-, או P-עשיר) fluorescently. שימוש slurries האדמה בassay משמש כדי למזער את המגבלות על אנזים ודיפוזיה מצע. לכן, בקרות assay זה להבדלים בהגבלת מצע, שיעורי דיפוזיה, ותנאי pH קרקע, ולכן איתור שיעורי פעילות אנזים פוטנציאל כפונקציה של ההבדל בריכוזי אנזים (לדוגמה). מבחני אנזים הקרינה הם בדרך כלל רגישים יותר ממבחני spectrophotometric (כלומר colorimetric), אבל יכולים לסבול מהפרעות שנגרמו על ידי זיהומים וחוסר היציבות של תרכובות רבות ניאון כאשר הם נחשפים לאור, לכן נדרשת זהירות בעת הטיפול במצעי ניאון. כמו כן, בשיטה זו מעריכה רק את פעילות אנזים פוטנציאלית בתנאי מעבדה, כאשר מצעים לא מגבילים. יש להשתמש בזהירות בעת פירוש הנתונים המייצגים את הצלבאתר השוואות עם טמפרטורות שונות או סוגי קרקע, כמו בסוג קרקע באתר וטמפרטורה יכולות להשפיע על קינטיקה אנזים.

Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities at JoVE.com

High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities

כדי למדוד את שיעורי פוטנציאל של פעילות אנזים תאית קרקע, מצעים סינטטיים המאוגדים צבע פלואורסצנטי מתווספים דגימות קרקע. פעילות אנזים נמדדה כצבע פלואורסצנטי משתחרר מהמצע על ידי תגובה-זרז אנזים, שבו הקרינה גבוהה יותר מצביעה יותר השפלה מצע.

תפוקה גבוהה fluorometric מדידה של קרקע פוטנציאלית פעילויות אנזים תאיות

Microbes in soils and other environments produce extracellular enzymes to depolymerize and hydrolyze organic macromolecules so that they can be ...

Research

JoVE Journal

Environment

Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

קביעת מיקרוביאלית התאית אנזים הפעילות במים, קרקעות, ומשקעים באמצעות מבחני Microplate תפוקה גבוהה

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

עיצוב והפעלה של רציף<sup&gt; 13</sup&gt; C ו<sup&gt; 15</sup&gt; N תיוג הלשכה לאחיד או דיפרנציאלי, מטבולית ומבנית, צמח איזוטופ תיוג

Tracing rare stable isotopes from plant material through the ecosystem provides the most sensitive information about ecosystem processes; from CO2 fluxes ...

Measurement of Greenhouse Gas Flux from Agricultural Soils Using Static Chambers

מדידה של שטף גזי חממה מקרקעות חקלאיות באמצעות לשכות סטטי

Measurement of greenhouse gas (GHG) fluxes between the soil and the atmosphere, in both managed and unmanaged ecosystems, is critical to understanding the ...

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce (Lactuca sativa) Germplasm Collections

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce Lactuca sativa Germplasm Collections

הקרנת תפוקה למחצה גבוהה לבצורת סובלנות פוטנציאלית בחסה (<em&gt; Sativa Lactuca</em&gt; אוספים germplasm)

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely ...

A Gusseted Thermogradient Table to Control Soil Temperatures for Evaluating Plant Growth and Monitoring Soil Processes

לוח א gusseted Thermogradient לשלוט טמפרטורות קרקע להערכת גדילת צמחי ניטור תהליכי אדמה

Thermogradient tables were first developed in the 1950s primarily to test seed germination over a range of temperatures simultaneously without using a ...

Protocols for Quantifying Transferable Pesticide Residues in Turfgrass Systems

פרוטוקולים לכימות שאריות חומר הדברה להעברת מערכות Turfgrass

Plant canopies in established turfgrass systems can intercept an appreciable amount of sprayed pesticides, which can be transferred through various routes ...

Measuring and Mapping Patterns of Soil Erosion and Deposition Related to Soil Carbonate Concentrations Under Agricultural Management

מדידה ומיפוי דפוסים של סחף אדמה ומשקעים הקשורים אדמה ריכוזים קרבונט תחת ניהול חקלאיים

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes ...

A 3-dimensional (3D)-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying

A 3-dimensional 3D-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying

תלת-ממדי (3D)-להדפיס תבנית עבור תפוקה גבוהה דג זברה העובר סידור במערך

The zebrafish is a globally recognized fresh water organism frequently used in developmental biology, environmental toxicology, and human disease related ...

Use of Principal Components for Scaling Up Topographic Models to Map Soil Redistribution and Soil Organic Carbon

השימוש של הרכיבים העיקריים עבור קנה מידה את סימון שבילים מודלים למיפוי פחמן אורגני הפצה אדמה וקרקע

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it ...

High-throughput Siderophore Screening from Environmental Samples: Plant Tissues, Bulk Soils, and Rhizosphere Soils

תפוקה גבוהה Siderophore הקרנה מדגימות סביבתי: צמח רקמות תפזורת קרקעות, Rhizosphere קרקעות

Siderophores (low-molecular weight metal chelating compounds) are important in various ecological phenomenon ranging from iron (Fe) biogeochemical cycling ...