Name: high-throughput fluorometric measurement of potential soil extracellular enzyme activities
Uploaded: 2013-11-15T18:00:00
Duration: 12 min 33 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities at JoVE.com

Эта публикация была финансируется ферментов в окружающей исследовательского Координационного сетевых исследований при поддержке Национального научного фонда США (DEB # 1021559). Это исследование было поддержано Национальным Научным Фондом США (DEB # 1021559), а также департамента США в Управление энергетики наук (биологических и экологических исследований). Любые мнения, результаты, заключения или рекомендации, выраженные в этом материале, являются таковыми из авторов и не обязательно отражают точку зрения США NSF.

1. Анализ Настройка <ol><li> Этикетка 3 глубокими лунками: &quot;Примеры&quot;, &quot;MUB стандарт&quot; и &quot;MUC стандарт&quot;. </li><li> Налейте каждый стандарт (MUB из 0, 2,5, 5, 10, 25, 50, и 100 мкм) и подложку (BG, CB, НАГ, PHOS, XYL А.Г. LAP) на отдельные чистые, prelabeled водоемов (ориентированных в строках) . </li><li> Внесите соответствующий стандарт MUB в соответствующие лунки MUB стандартной пластине (табл. 1). <ol><li> Внесите 200 мкл 0 мкМ MUB в строке А MUB стандартной пластине. </li><li> Внесите 200 мкл 2,5 мкм MUB в строке В MUB стандартной пластине. </li><li> Внесите 200 мкл 5 мкм MUB в строке С MUB стандартной пластине. </li><li> Внесите 200 мкл 10 мкМ MUB в ряда Д MUB стандартной пластине. </li><li> Внесите 200 мкл 25 мкМ MUB в строке Е MUB стандартной пластине. </li><li> Внесите 200 мкл 50 мкМ MUB в строке F из MUB стандартной пластине. </li><li> Внесите 200 мкл 100 μМ MUB в строке г MUB стандартной пластине. </li><li> Повторите шаги 1.3.1 - 1.3.8 для стандартов MUC в соответствующие лунки стандартной пластине MUC. </li></ol></li><li> Подготовка почвы суспензии для каждого образца почвы. <ol><li> Взвесьте 2,75 г поля влажную почву в блендер. </li><li> Добавить 91 мл 50 мМ буфера. Смешайте на высоко в течение 1 мин. </li><li> Налейте блендера содержимое в чистую стеклянную емкость, по крайней мере по ширине 8-канальной пипетки с мешалкой. </li><li> Место на мешалки, смешать суспензии почвы на низком уровне. </li><li> Пипетка 800 мкл суспензии почвы в первом столбце образца пластины (табл. 2). </li><li> Повторите в 1-м столбце стандарта MUB и MUC стандартных пластин (табл. 1). </li><li> Промыть блендера, мешалки и мешалки с DI H 2 O или буфер между проб почвы. </li><li> Повторите шаги 1.4.1 - 1.4.7) для каждого образца, переход к следующей колонке с каждым последующим образца почвы (табл. 1 и2). </li></ol></li><li> Пипетки соответствующего субстрата (в данном примере, 200 мкМ концентрации) в соответствующие лунки образца пластины (табл. 2). <ol><li> Внесите 200 мкл BG подложки в строке А образец стекла. </li><li> Внесите 200 мкл CB подложки в строке В Sample пластины. </li><li> Внесите 200 мкл NAG субстрата в ряду С Sample пластины. </li><li> Внесите 200 мкл PHOS подложки в ряда Д Образец пластины. </li><li> Внесите 200 мкл XYL субстрата в ряду Е Образец пластины. </li><li> Внесите 200 мкл AG субстрата в ряду F Пробы пластины. </li><li> Внесите 200 мкл Нажмите субстрата в строке г образца пластины. </li><li> Повторите шаги 1.5.1 - 1.5.7 для каждого образца пластины температуры инкубации. </li></ol></li></ol> 2. Инкубация Планшеты <ol><li> Запечатайте глубоких скважин пластины («образец», «стандарт MUB&quot; и &quot;MUC стандарт4 ;) с пластинчатыми коврики. </li><li> Переверните каждый (опломбированный) пластину вручную, пока раствор не тщательно перемешивают (~ 10x). </li><li> Поместите пластины в соответствующем инкубаторе в течение необходимого периода времени инкубации (табл. 3). </li><li> Запишите начальное время как часам 0. Также записать соответствующие времени инкубации, чтобы вы знали, когда, чтобы удалить пластину из инкубатора (табл. 3). </li><li> В конце каждого периода инкубации центрифуги запечатанные пластин течение 3 мин при ~ 2900 х г. </li><li> После сертификации, передать 250 мкл из каждой лунки инкубированных глубокие тарелки также в соответствующие лунки в черных плоскодонных 96-луночных планшетах (одна черная пластина будет использоваться для каждого инкубированной глубокий колодец плиты). Важно передать образцы из инкубированных глубокие тарелки а в те же лунки (т.е. А1 ... А12, и т.д.) в черных плоскодонных 96-луночных планшетах (табл. 1, 2). </li></ol> 3. Люминесцентные Измерения наМикропланшетный Флуорометр <ol><li> Следуя инструкциям изготовителя для флуорометрического ридере используется, установите длины волны возбуждения до 365 нм и длине волны излучения 450 нм (или использовать соответствующие фильтры). </li><li> Прочитайте три тарелки на флуорометра. Важно: образцы и стандартные пластины (т.е. MUB или MUC) должны быть считаны с помощью такого же усиления. <ol><li> Установите спектрофотометр для автоматического усиления и прочесть все таблички MUC и MUB Стандартные. </li><li> Набор усиления в руководстве, и уменьшить значение от оптимального до ближайшего меньшего числа, округляется до ближайшего пяти, для каждого стандартного пластины. Повторите 2 раза для каждой пластины. </li><li> Установите усиление на автоматический и запустите образец стекла. Снова запустите образец стекла вручную, чтобы соответствовать наибольшее усиление для каждого из стандартных пластин (т.е. MUB и MUC). </li></ol></li></ol> 4. Анализ данных <ol><li> Введите стандартные данные флуоресценции кривая в электронную таблицу для MUB (Таблица 4а) И стандартного MUC (табл. 4b) <ol><li> Преобразование (мкм) до концентрации (мкМ) (табл. 4а и 4b). </li></ol></li><li> Для стандартных данных флуоресценции кривая каждого образца, вычислить наклон, у-перехват, и R 2 значения для MUB и Мюнхен (мкмоль) стандартные концентрации. Приемлемые R 2 значения должна превышать 0,98 для каждого образца (табл. 4а и 4б). Это может быть полезно для визуализации стандартных кривых в точечной диаграммы, с флуоресценции читает заговор в качестве зависимой переменной (Y-ось) и стандартной концентрации (мкмоль) нанесены в качестве независимой переменной (ось х) (рис. 1). </li><li> Вы будете использовать стандартный наклон кривой MUB и MUC и ценности у-перехват для расчета образца + подложки исходные данные флуоресценции в потенциальных КНО. Необходимо сначала ввести образцы + субстрата необработанных данных флуоресценции в новую таблицу (Таблица 5а </strong&gt;). Кроме того, необходимо будет ввести время инкубации (HR) и почвы сухой вес для каждого образца (Таблица 5б). Отметим, что временные значения, введенные в этом примере 3 ч, потому что образцы инкубировали при 25 ° С (табл. 3). <ol><li> Вычтите стандартной кривой перехвата значения за соответствующими значениями флуоресценции образца и затем разделить на склоне соответствующей калибровочной кривой (Таблица 5в). Чтобы достичь этого, изменить стандартное уравнение линии, чтобы решить для образца концентрации фермента (х), х = (YB) / м, где: [у = флуоресценции образца сырого чтения, б = перехват от MUB или MUC стандартной кривой; м = склона от MUB или MUC Стандартный кривая]. </li><li> Умножение образец мкмоль, с этапа 4.3.1 выше, 91 мл (объем буфер, используемый в суспензии почвы) (Таблица 5d). </li><li> Разделить полученное значение на этапе 4.3.2 на образце конкретных времени инкубации и массы сухой почвы (Таблица 5e): [фермент AMT. (&amp; #956; моль) х 91 мл х инкубации (часы) х сухую почву (г) х 0,8 мл х 1000] Примечание: 0,8 мл-объем суспензии, используемой в каждую лунку и 1000 корректирует за фактический объем почвы в каждую лунку. </li><li> Умножьте полученное значение на этапе 4.3.3 на 1000, чтобы получить желаемые единицы (нмоль деятельности / г сухой почвы / ч) (Таблица 5е). </li></ol></li></ol>

Нет конфликта интересов объявлены.

Внеклеточных ферментов (ЕЭС), производимые почвенных бактерий, грибков и архей участвуют в бесчисленных биохимических процессов, и играют центральную роль в обработке, стабилизации, и дестабилизации органического вещества почвы и круговорот питательных веществ в наземных экосистемах 1. Производя ЕЭС, почвенные микробы разлагают и трансформировать полимерного органического вещества на более мелкие растворимых молекул, тем самым освободить большую часть ранее связанные микро-и макроэлементы, что позволяет растения и микробы ассимилировать имеющиеся питательные вещества из почвы. ЕЭС были изучены в течение десятилетий, в первую очередь путем измерения их деятельности в лабораторных анализах 2-4, так как очень трудно непосредственно обнаруживать и количественно ферменты. Внеклеточный активность фермента (EEA) наиболее сильно контролируется концентрации ферментов и соответствующих субстратов. Обилие отличается C-, N-и P-разрушающие ферменты в почвах контролируется многочисленных факторов язажимные микробной биомассы, общественные состав, наличие субстрата, микроклимат, и стехиометрические требования 5,6. Тем не менее, в точке КНО в пределах почвенной среды также зависит от температуры 7,8, связывание ферментов почвы глины и гуминовых свойств 2 и диффузии ограничений 9, которая в конечном счете регулируют активного фермента бассейн, с точки зрения размера, наличия подложки и текучесть кадров 10-12. Поэтому, признавая в точке почвенных условий имеет решающее значение при использовании лаборатория ферментных анализов интерпретировать функцию микробов почвы в различных экологических сайтов. Многие различные классы ЕЭП может быть определена количественно в лабораторных анализов с использованием различных синтетических субстратов (см. &quot;Список реактивов таблице&quot; подробнее). Некоторые протоколы используют субстраты в анализах, которые соединены с колориметрической реакции, которые могут быть обнаружены с помощью спектрофотометра, шHile другие, в том числе протокола мы описываем здесь, используют субстраты, которые связаны с флуоресцентным фрагмента. Флуоресценции EE анализы, как правило, более чувствительны (на порядок величины), чем колориметрических анализов (которые используют хромогенный часть, присоединенную с синтетическим субстратом) 12-14. Чувствительность обнаружения EEA включает в себя два аспекта: один связан с количеством соединения интерес обнаружены и другие связанные с низкой обнаруживаемого потенциальной активности фермента. Методы колориметрического п-нитрофенол анализы (PNP), основанные можно найти в прошлом работает 15,16. Короче говоря, почвы (как правило, просеивают до &lt;2 мм и сушат на воздухе) инкубируют при оптимальном или полем соответствующей температуре и рН. Скорость, с которой продукт реакции выпущен определяют колориметрически с помощью спектрофотометра 14. Чем выше чувствительность флуоресценции фермента анализов является отчасти из-за более чувствительного обнаружения флуорогенного разделения фрагменте, связанной с подстрокаели деградации, а не записи оптической плотности после отделения конкретного фрагмента хромогенного на определенной длине волны. Два наиболее часто используемых синтетических флуоресцентные показатели 4-метилумбеллиферона (MUB) 17 и 7-амино-4-метилкумарин (MUC) 18,19. MUC-связанные подложки обычно связаны с N-богатых синтетических субстратов, таких как белки и / или аминокислот. Флуоресцентные методы были впервые разработаны для водных образцов 20,21, и их применение к почвах требует контроля для тушения сигнала и помех 22,23. Анализы могут либо быть проведено с использованием традиционного &quot;Настольные&quot; химию с большими объемами, или могут быть использованы в микропланшета на основе протоколов, с увеличением пропускной способности, но, возможно, выше, погрешность измерения. В то время как существует несколько широко цитируемые протоколы для флуоресцентной детекции КНО в почвах 24, многие лаборатории используют тонкие вариации на этих протоколов, часто непреднамеренно или из-за разницыс в лабораторного оборудования или реактивов. Казалось бы небольшие различия в деталях протоколов может сильно влиять на измеряется КНО 25,26 и отсутствие стандартизированных ферментов делает его сложным для калибровки анализов между различными лабораториями. Таким образом, существует насущная необходимость для распространения подробных протоколов поощрения стандартизации ЕЭП анализов. В нашем протокола, образцы почвы, получают путем объединения образцов почвы с буфером рН и гомогенизации с блендере. Суспензии затем инокулировали в количестве не ограничивающем флуоресцентно меченого C-, N-, или P-богатый субстрат, выбрана в зависимости от конкретного исследовательского вопроса, представляющего интерес. Использование почвенных суспензий в ферментных анализов служит в качестве контроля для минимизации ограничений диффузии субстрата. Флуоресцентные фрагменты резко охлаждают, пока они не отщепляется от их соответствующих субстратов, и таким образом активность фермента может быть обнаружен как флуоресцентный краситель освобождается от подложки Bу реакция фермента в качестве катализатора. Увеличивая интенсивность флуоресценции во времени отражает скорость ферментативной реакции, катализируемой. Общая концепция флуоресценции фермента анализа является то, что синтетические субстраты связанные с флуорогенного фрагмента (флуоресцентным красителем), добавляют в пробах почвы 27. В ферментативном деградации субстрата, связь перерывах между флуоресцентным красителем и подложкой. Флуоресцентный краситель освобожден от подложки, следовательно, использовать в качестве косвенной оценки ферментной активности, и может быть определена количественно с использованием микропланшет-ридера для обнаружения интенсивности флуоресценции красителя. Короче, флуоресценция количественное осуществляется как освобожденная краситель излучает свет одной длины волны после поглощения света с другой длиной волны. Интенсивность флуоресценции регистрируется с помощью планшет-ридера, способного как возбуждения и обнаружения. Активность фермента может быть впоследствии количественно на основе известной Conce флуоресцентный краситель-ntrations подложки (т.е. известные количества синтетического субстрата добавлен в образцах почвы), а также ссылки на стандартную кривую разбавления интенсивности флуоресценции для конкретного фрагмента флуорогенного субстрата, используемого в анализе (например, 4-метилумбеллиферона (MUB) или 7-амино -4-метилкумарин (MUC)). (Пожалуйста, обратитесь к разделу протокола для конкретных деталей на активность ферментов количественного). Лаборатория почвы ферментные анализы полезны для оценки функции микробного сообщества, но есть несколько технических ограничений, что пользователи должны признать 10. Флуоресцентные анализы могут страдать от помех, вызванных примесей и / или нестабильность многих люминесцентных соединений под воздействием света, поэтому необходима осторожность при обращении с люминесцентные подложек 25. Грунтовые частицы и / или органический материал в почвенных растворах может также столкнуться с интенсивности флуоресценции, известный как закалки эффекта 26.Кроме того, лаборатория ферментные анализы только оценивает потенциальные КНО в лабораторных условиях. В пробирке тесты измеряют КНО в условиях, где диффузия субстрата и изобилие неограничительных. Таким образом, данные, предоставленные этих анализов не может быть хорошим показателем КНО под в точке почвенных условий 10. В целом, активность фермента очень полезно для относительных сравнений, в которых типы почв похожи. Тем не менее, при использовании этого метода, чтобы сравнить работу среди почв, отличающихся по физическим или химическим свойствам, следует проявлять осторожность. Это связано с тем, что различия в типе почвы и температуры может существенно изменить состояние в точке ферментативной кинетике. Другим ограничением является то, что относительно небольшое субстраты являются коммерчески доступными (по сравнению с природной среды). Кроме того, синтетические субстраты, используемые для анализа ферментной активности относительно просты (легко растворим) может не совсем точно представляют почвы субстраты, присутствующие или availablе на месте. Другим фактором является то, что с помощью почвенных суспензий будет включать активность некоторых стабилизированных ферментов (т.е. иммобилизованных органическим веществом или глины), которые не могут быть активны в месте условий 2. Лаборатория ферментные анализы также не предоставляют информацию о настойчивости ферментов в почве (текучесть кадров фермент) или информации о конкретных видов микроорганизмов, которые производят почвенных ферментов.

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Name of Material/ Equipment</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalogue number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reagents: </td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl &#945;-D-glucopyranoside (AG)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M9766</td>
			<td>Sugar degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl &#946;-D-glucopyranoside (BG)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M3633</td>
			<td>Sugar degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl &#946;-D-cellobioside (CB)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M6018</td>
			<td>Cellulose degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-Leucine-7-amido-4-methylcoumarin hydrochloride (LAP)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>L2145</td>
			<td>Protein degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl N-acetyl-&#946;-D-glucosaminide (NAG)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M2133</td>
			<td>Chitin degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl phosphate (PHOS)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M8883</td>
			<td>Phosphorus mineralization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl-&#946;-D-xylopyranoside (XYL)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M7008</td>
			<td>Hemicellulose degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferone (MUB)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M1381</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>7-Amino-4-methylcoumarin (MUC)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A9891</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mM Sodium acetate anhydrous buffer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S210-500</td>
			<td>acidic and neutral soils</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mM Tris base buffer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP154-1</td>
			<td>basic soils</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bel-Art Scienceware disposable pipetting reservoirs</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-512-65</td>
			<td>pipetting reservoir</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Electronic; Eppendorf Xplorer; 8-channel</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-684-265</td>
			<td>8-channel pipette, range: 50-1,200 &#956;l</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TipOne 101-1,250 &#956;l extended length natural tips</td>
			<td>USA Scientific</td>
			<td>1112 - 1720</td>
			<td>10 racks of 96 tips (960 tips)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hotplate; heating surface: 10 in x 10 in.</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>11-100-100SH</td>
			<td>Lab disc magnetic stir plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waring blender</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-509-7P</td>
			<td>Two-speed; 1 L (34 oz) stainless steel container</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BRAND Dispensette III bottle-top dispensers</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-688-231</td>
			<td>Dispenser; range: 5-50 ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wheaton Unispense &#956;P peristaltic pumps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-683-7</td>
			<td>Optional dispenser</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand magnetic stir bar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>1451363SIX</td>
			<td>Used to stirr soil slurry afer blending</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyrex glass bowls</td>
			<td>World Kitchen</td>
			<td>5304218</td>
			<td>Pyrex 10 oz rimmed custard cup</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Costar 96-well black solid plates</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>07-200-590</td>
			<td>Used for plate reader step</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Costar 96-well assay blocks</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>07-200-700</td>
			<td>V-bottom; 2 ml; sterile</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Scientific Nunc 96-well cap mats</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-387-93</td>
			<td>Sterile 96-well cap mat for square wells</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge equipped with holders for deep-well plates</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>3121</td>
			<td>Centra-GP8 (this model is no longer available)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tecan Infinite 200 series multifunctional microplate reader</td>
			<td>Tecan</td>
			<td>30016058</td>
			<td>Plate reader (this model is no longer available)</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput fluorometric measurement of potential soil extracellular enzyme activities

Микробы в почве и других средах производить внеклеточные ферменты для деполимеризации и гидролизуют органические макромолекулы, чтобы они могли быть ассимилированы в энергии и питательных веществ. Измерение почвы микробного активность фермента является решающим для понимания экосистемных почвы функциональную динамику. Общая концепция флуоресценции фермента анализа является то, что синтетические C-, N-, или P богатых подложки связанные с флуоресцентным красителем добавляются в образцах почвы. Когда нетронутыми, меченые субстраты не светиться. Активность фермента измеряется как увеличение флуоресценции как флуоресцентные красители отщепляется от их субстратов, что позволяет им флуоресцировать. Измерения ферментов может быть выражена в единицах молярности или деятельности. Для выполнения этого анализа, почвенные растворы получают соединением почвы с буфером рН. Буфер рН (обычно 50 мМ ацетат натрия или 50 мМ Трис буфер), выбирается для конкретного константы диссоциации кислоты этого буфера (рКа), чтобы наилучшим образом соответствовать са почвыmple рН. Почвенные суспензии инокулируют в количестве не ограничивающем флуоресцентно меченого (например, C-, N-, или P-богатых) подложки. Использование почвенных суспензий в анализе служит для минимизации ограничений на фермента и диффузии субстрата. Таким образом, этот контроль анализа для ограничения различий в подложке скоростей диффузии, и почвенных условий рН таким образом, обнаружения потенциальных скорости ферментативной активности в зависимости от различий в концентрациях фермента (по образцу). Флуоресценции фермента анализы, как правило, более чувствительны, чем спектрофотометрическими (т.е. колориметрических) анализов, но могут страдать от помех, вызванных примесей и неустойчивости многих люминесцентных соединений при воздействии света, так осторожность требуется при работе люминесцентных субстраты. Кроме того, этот способ только оценивает потенциальные активность ферментов в лабораторных условиях, когда субстраты не являются ограничивающими. С осторожностью следует применять при интерпретации данных, представляющий крест-сайт сравнения с различных температурах или типов почв, как на месте типа почвы и температуры могут влиять фермента кинетики.

Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities at JoVE.com

High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities

Для измерения потенциальные темпы почвенных внеклеточных деятельности ферментных, синтетические субстраты, которые связаны с флуоресцентным красителем добавляются в образцах почвы. Активность фермента измеряется как флуоресцентный краситель высвобождается из субстрата фермента катализируемой реакции, где выше флуоресценции указывает на более деградации субстрата.

Высокая пропускная Флуорометрический Измерение Потенциал почвы внеклеточных активности ферментов

Microbes in soils and other environments produce extracellular enzymes to depolymerize and hydrolyze organic macromolecules so that they can be ...

Research

JoVE Journal

Environment

Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

Определение микробной внеклеточной ферментативной активности в вод, почв и донных отложений с использованием высокой пропускной MICROPLATE Анализы

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

Устройство и принцип действия непрерывного<sup&gt; 13</sup&gt; С и<sup&gt; 15</sup&gt; N Маркировка палата для Uniform или дифференциальный, Метаболический и структурная, завод Изотоп Маркировка

Tracing rare stable isotopes from plant material through the ecosystem provides the most sensitive information about ecosystem processes; from CO2 fluxes ...

Measurement of Greenhouse Gas Flux from Agricultural Soils Using Static Chambers

Измерение содержания парниковых газов Flux от сельскохозяйственных почв с использованием статических палаты

Measurement of greenhouse gas (GHG) fluxes between the soil and the atmosphere, in both managed and unmanaged ecosystems, is critical to understanding the ...

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce (Lactuca sativa) Germplasm Collections

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce Lactuca sativa Germplasm Collections

Полу-высокопроизводительного скрининга для потенциальных засухой толерантности в салат (<em&gt; Lactuca посевная</em&gt;) зародышевой плазмы Коллекции

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely ...

A Gusseted Thermogradient Table to Control Soil Temperatures for Evaluating Plant Growth and Monitoring Soil Processes

A Таблица складками термоградиентный для управления температуры почвы для оценки роста растений и мониторинга почвенных процессов

Thermogradient tables were first developed in the 1950s primarily to test seed germination over a range of temperatures simultaneously without using a ...

Protocols for Quantifying Transferable Pesticide Residues in Turfgrass Systems

Протоколы для Количественная переводных остаточным пестицидам в системах Turfgrass

Plant canopies in established turfgrass systems can intercept an appreciable amount of sprayed pesticides, which can be transferred through various routes ...

Measuring and Mapping Patterns of Soil Erosion and Deposition Related to Soil Carbonate Concentrations Under Agricultural Management

Измерение и сопоставление моделей осаждения, относящиеся к концентрации карбоната почвы под управление сельским хозяйством и эрозии почвы

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes ...

A 3-dimensional (3D)-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying

A 3-dimensional 3D-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying

Трехмерный (3D)-напечатан шаблон для высокой пропускной способности Zebrafish эмбриона одевающ

The zebrafish is a globally recognized fresh water organism frequently used in developmental biology, environmental toxicology, and human disease related ...

Use of Principal Components for Scaling Up Topographic Models to Map Soil Redistribution and Soil Organic Carbon

Использование основных компонентов для масштабирования Топографическая модели для сопоставления перераспределения земли и почвы органического углерода

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it ...

High-throughput Siderophore Screening from Environmental Samples: Plant Tissues, Bulk Soils, and Rhizosphere Soils

Высок объём Siderophore скрининг от проб окружающей среды: растительных тканей, сыпучих грунтов и ризосфере почвы

Siderophores (low-molecular weight metal chelating compounds) are important in various ecological phenomenon ranging from iron (Fe) biogeochemical cycling ...