Name: sorting of streptomyces cell pellets using a complex object parametric analyzer and sorter
Uploaded: 2014-02-13T13:00:00
Duration: 7 min 37 s
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	<li>Hopwood, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Streptomyces in nature and medicine: the antibiotic makers. , (2007).</li><li>van Wezel, G. P., McDowall, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+regulation+of+the+secondary+metabolism+of+Streptomyces:+new+links+and+experimental+advances.">The regulation of the secondary metabolism of Streptomyces: new links and experimental advances.</a> Nat. Prod. Rep. 28, 1311-1333 (2011).</li><li>Ann&#233;, J., Maldonado, B., Van Impe, J., Van Mellaert, L., Bernaerts, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recombinant+protein+production+and+streptomycetes.">Recombinant protein production and streptomycetes.</a> J. Biotechnol. 158, 159-167 (2012).</li><li>van Veluw, G. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+two+distinct+mycelial+populations+in+liquid-grown+Streptomyces+cultures+using+a+flow+cytometry-based+proteomics+approach.">Analysis of two distinct mycelial populations in liquid-grown Streptomyces cultures using a flow cytometry-based proteomics approach.</a> Appl. Microbiol. Biotechnol. 96, 1301-1312 (2012).</li><li>Veening, J. W., Smits, W. K., Bistability Kuipers, O. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=epigenetics,+and+bet-hedging+in+bacteria.">epigenetics, and bet-hedging in bacteria.</a> Annu. Rev. Microbiol. 62, 193-210 (2008).</li><li>Davey, H. M., Winson, M. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+flow+cytometry+to+quantify+microbial+heterogeneity.">Using flow cytometry to quantify microbial heterogeneity.</a> Curr. Issues Mol. Biol. 5, 9-15 (2003).</li><li>Betz, J. W., Aretz, W., H&#228;rtel, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+flow+cytometry+in+industrial+microbiology+for+strain+improvement+programs.">Use of flow cytometry in industrial microbiology for strain improvement programs.</a> Cytometry. 5, 145-150 (1984).</li><li>Bell, P. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+flow+cytometric+method+for+rapid+selection+of+novel+industrial+yeast+hybrids.">A flow cytometric method for rapid selection of novel industrial yeast hybrids.</a> Appl. Environ. Microbiol. 64, 1669-1672 (1998).</li><li>Pulak, R., Strange, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Techniques+for+analysis,+sorting,+and+dispensing+of+C.+elegans+on+the+COPAS+flow-sorting+system.">Techniques for analysis, sorting, and dispensing of C. elegans on the COPAS flow-sorting system.</a> C. elegans: methods and applications. , 275-286 (2006).</li><li>Buszczak, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+carnegie+protein+trap+library:+a+versatile+tool+for+Drosophila+developmental+studies.">The carnegie protein trap library: a versatile tool for Drosophila developmental studies.</a> Genetics. 175, 1505-1531 (2007).</li><li>Carvalho, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-throughput+screen+for+tuberculosis+progression.">A high-throughput screen for tuberculosis progression.</a> PLoS One. 6, (2011).</li><li>de Bekker, C., van Veluw, G. J., Vinck, A., Wiebenga, L. A., W&#246;sten, H. A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heterogeneity+of+Aspergillus+niger+microcolonies+in+liquid+shaken+cultures.">Heterogeneity of Aspergillus niger microcolonies in liquid shaken cultures.</a> Appl. Environ. Microbiol. 77, 1263-1267 (2011).</li><li>van Veluw, G. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heterogeneity+in+liquid+shaken+cultures+of+Aspergillus+niger+inoculated+with+melanised+conidia+or+conidia+of+pigmented+mutants.">Heterogeneity in liquid shaken cultures of Aspergillus niger inoculated with melanised conidia or conidia of pigmented mutants.</a> Stud. Mycol. 74, 47-57 (2013).</li><li>Kieser, T., Bibb, M. J., Buttner, M. J., Chater, K. F., Hopwood, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Practical Streptomyces Genetics. , (2000).</li><li>Vinck, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hyphal+differentiation+in+the+exploring+mycelium+of+Aspergillus+niger.">Hyphal differentiation in the exploring mycelium of Aspergillus niger.</a> Mol. Microbiol. 58, 693-699 (2005).</li><li>Reichl, U., King, R., Gilles, E. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+pellet+morphology+during+submerged+growth+of+Streptomyces+tendae+by+image+analysis.">Characterization of pellet morphology during submerged growth of Streptomyces tendae by image analysis.</a> Biotechnol. Bioeng. 39, 164-170 (1992).</li></ol>

लेखकों वे कोई प्रतिस्पर्धा वित्तीय हितों की है कि घोषित.

क्लोनल आबादी 6 में विविधता के बारे में हमारी समझ के लिए योगदान दिया है जो एकल कक्षों की बड़ी संख्या के लिए उच्च गति विश्लेषण, सक्षम है प्रवाह cytometry. नियमित फ्लो streptomycetes और कवक के बहुकोशिकीय mycelial छर्रों के विश्लेषण के लिए संभव नहीं है. हमारा काम Streptomyces छर्रों की उच्च throughput विश्लेषण Copas का उपयोग संभव है कि प्रदर्शन किया है. यहां उल्लिखित प्रक्रिया सरल, तेज, और अत्यधिक प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य है. साधन की कार्रवाई के दौरान मन में रखने के लिए महत्वपूर्ण पैरामीटर (कदम इस प्रोटोकॉल का 3.8) 100 घटनाओं / सेकंड से अधिक नहीं होना चाहिए जो प्रवाह की गति है. गोली एकाग्रता, और इसलिए भी प्रवाह की गति बहुत अधिक हो जाता है तो साधन व्यक्ति छर्रों का पता लगाने में विफल रहता है, क्योंकि TOF मूल्यों का आकलन गलत किया जाएगा. पर्याप्त पीबीएस के अलावा द्वारा नमूना गिराए इस समस्या पर काबू पा. सीमाएं Copas प्लस का उपयोग<html> डी यहाँ 30-700 माइक्रोन से लेकर आकार के साथ कणों को मापने के लिए उपयुक्त है जो 1 मिमी, के एक नोजल व्यास है. इस नोक इसलिए streptomycetes द्वारा गठित छर्रों को मापने के लिए सक्षम बनाता है. Filamentous कवक के मामले में सूक्ष्म कालोनियों Copas प्लस के सामान्य प्रयोज्यता की सीमा है, जो बड़ा हो सकता है. Copas एक्स्ट्रा लार्ज आकार में 1,500 मीटर तक ऊपर कणों उपाय कर सकते हैं लेकिन व्यास के निचले श्रृंखला में अपनी संवेदनशीलता Copas प्लस की तुलना में कम है. Copas प्लस और Copas एक्स्ट्रा लार्ज दोनों 30 माइक्रोन से छोटे कणों का विश्लेषण नहीं कर सकते हैं. इस व्यक्ति माइक्रोबियल बीजाणुओं या कोशिकाओं का विश्लेषण नहीं किया जा सकता कि निकलता है. इसके अलावा, Copas सही बीजाणुओं और कोशिकाओं या बहुत छोटे सूक्ष्म कालोनियों के छोटे समुच्चय का विश्लेषण नहीं कर सकते हैं. इसके लिए नियमित रूप से सेल analyzers इस्तेमाल किया जाना चाहिए. इस सीमा 1-1,500 माइक्रोन की रेंज में कणों का विश्लेषण कर सकते हैं, जो संघ Biometrica की Biosorter, से दूर है. खरीद पुरस्कार हालांकि अधिक है. टी &quot;&gt; समस्या निवारण Copas आसान काम है कि एक मजबूत साधन है. लेकिन, कभी कभी छर्रों नमूना कप में एक नमूना लोड हो रहा है और माप शुरू करने के बाद पता नहीं कर रहे. कारण आमतौर पर आसानी से &#39;साफ&#39; आदेश दबाकर हल किया जा सकता है, जो एक भरा प्रविष्टि ट्यूब, है. यह नमूना कप में वापस ट्यूबिंग प्रणाली से छर्रों के लिए मजबूर करेंगे. एक वैकल्पिक कारण ढक्कन ठीक से नमूना कप पर नहीं रखा गया है कि हो सकता है. इस दबाव घटाने और छर्रों का पता लगाने के लिए सहवर्ती विफलता की ओर जाता है. महत्व और भविष्य दिशाओं हम यहाँ गोली आकार के विश्लेषण पर केंद्रित है, लेकिन Copas सेटअप भी विश्लेषण करने में सक्षम और तरह प्रतिदीप्ति और घनत्व पर आधारित है. प्रतिदीप्ति पहचान ऐसी GFP के रूप में पत्रकारों पर आधारित जीन अभिव्यक्ति विश्लेषण करने के लिए सक्षम बनाता है. इसके अलावा, कोशिकाओं की संरचना का मूल्यांकन किया जा सकता है. इससे भी अधिक शक्तिशाली इन पैरामो के अनुसार छर्रों अलग करने के लिए विकल्प हैमंत्रियों. क्रमबद्ध किया गया छर्रों सभी omics पढ़ाई सहित बहाव के विश्लेषण के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है. दरअसल, हम पहले से 60,000 बड़े और 200,000 छोटे छर्रों हल है, और proteome बड़े और छोटे छर्रों 4 के बीच काफी अलग था कि प्रदर्शन किया. यह तकनीक इसलिए सेल कारखानों के रूप में streptomycetes में सुधार के लिए नए सुराग प्रदान करता है. Copas प्रौद्योगिकी के प्रमुख लाभ का समय है. सेल छर्रों पर पिछले अध्ययनों माइक्रोस्कोपी का उपयोग किया जाता है, और यह कई सैकड़ों 16 तक विश्लेषण किया जा सकता है कि छर्रों की संख्या को सीमित कर रहे थे. माइक्रोस्कोपी अध्ययन पहले से ही तरल देसी Streptomyces संस्कृतियों 16 में छर्रों की दो आबादी के अस्तित्व का सुझाव दिया. दरअसल, छर्रों की दो आबादी अलग streptomycetes 4 की एक बड़ी संख्या में परवाह किए बिना संस्कृति की स्थिति का पता लगाया गया. इस आकार विविधता filamentous streptomycetes तक ही सीमित नहीं है, लेकिन यह भी filamentous कवक 12 में मनाया गया &lt;/ Sup&gt;. सभी मामलों में, विविधता की अंतर्निहित तंत्र अभी तक ज्ञात नहीं कर रहे हैं. छर्रों सॉर्ट करने के लिए संभावना आकार और प्रतिदीप्ति के अनुसार इस तरह के तंत्र को खंडित करने के लिए सक्षम बनाता है.

Streptomycetes filamentous मिट्टी अच्छी तरह से एंटीबायोटिक दवाओं के बनाने के लिए उनकी दक्षता के लिए जाना जाता है कि बैक्टीरिया, साथ ही immunosuppressants के रूप में या फंगल संक्रमण या कैंसर 1,2 मुकाबला करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है कि यौगिक हैं. इसके अलावा, इन जीवों औद्योगिक अनुप्रयोगों 3 की एक विस्तृत श्रृंखला के लिए ब्याज की हैं कि एंजाइमों का उत्पादन. इन व्यावसायिक रूप से दिलचस्प यौगिकों के अधिकांश बायोरिएक्टर में उत्पादित कर रहे हैं. बायोरिएक्टर में streptomycetes की ग्रोथ clumps या छर्रों के रूप में जाना परस्पर hyphae की जटिल संरचना के गठन की विशेषता है. ये बहुकोशिकीय संरचनाओं आकार 4 के संबंध में अत्यधिक विषम रहे हैं और इस तरह कोलाई या दण्डाणु subtilis के रूप में एक एक कोशिकीय जीवाणु से एक लाख से अधिक बार बड़े होते हैं जो आकार तक पहुँच सकते हैं. विविधता प्राकृतिक जैविक प्रणालियों 5 में एक लाभकारी विशेषता के रूप में माना जाता है, यह उद्योग में एक उत्पादन ख़तरा माना जाता है. बायोरिएक्टर cultivations उच्चतम संभव पैदावार प्राप्त करने के लिए प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य और चलाया होना है. एक बायोरिएक्टर में गोली प्रकार से प्रत्येक की भूमिका की एक विस्तृत समझ एक सेल कारखाने के रूप में streptomycetes सुधार करने के लिए इसलिए महत्वपूर्ण है. प्रवाह cytometry सामान्यतः एक जनसंख्या 6 में व्यक्ति की कोशिकाओं का विश्लेषण करने के लिए प्रयोग किया जाता है. प्रवाह cytometers एक साथ (जैसे आकार, घनत्व, और बहुरंगा प्रतिदीप्ति के रूप में) कोशिकाओं की विशेषताओं को मापने के द्वारा multiparametric जानकारी प्राप्त कर सकते हैं. इस तरह, सेल गुण जिससे हमारी एक संस्कृति के भीतर विविधता की समझ और कोशिकाओं 6 की अलग आबादी के अस्तित्व के लिए योगदान दे सहसंबद्ध किया जा सकता है. अधिक विशेष उपकरणों उपयोगकर्ता के तय मानकों के अनुसार यह संभव कोशिकाओं को सॉर्ट करने के लिए बनाया है. उदाहरण के लिए, म्यूटेंट जांच की जा सकती है. छंटाई के बाद, ऐसे उत्परिवर्ती कोशिकाओं आगे लक्षण वर्णन के लिए खेती की जा सकती. यह पहले से ही अन्य लोगों के बीच, उपयोगी साबित हो गया है,उपभेदों 7,8 की उत्पादकता में सुधार करने के लिए. प्रवाह cytometers की नलिका आम तौर पर लगभग 10 मीटर की अधिकतम व्यास के साथ कोशिकाओं के पारित होने के लिए अनुमति देते हैं. इसलिए, streptomycetes के छर्रों नियमित प्रवाह cytometers के साथ विश्लेषण नहीं किया जा सकता. उन्होंने, हालांकि, जटिल वस्तु पैरामीट्रिक विश्लेषक और सॉर्टर (Copas) के साथ विश्लेषण किया जा सकता है. नियमित प्रवाह cytometers तरह, Copas एक उच्च throughput ढंग से कणों का multiparametric डेटा प्राप्त कर सकते हैं. Copas के प्रकार पर निर्भर 10-1,500 माइक्रोन आकार के कणों का विश्लेषण किया जा सकता है. इसके अलावा, यह डीएनए, आरएनए, या प्रोटीन के अलगाव के रूप में खेती या नीचे की ओर विश्लेषण के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है कि व्यक्ति के कणों की छँटाई के लिए अनुमति देता है. Copas शुरू में इस तरह के निमेटोड Caenorhabditis एलिगेंस 9, और ड्रोसोफिला भ्रूण और लार्वा के रूप में 10 छोटे बहुकोशिकीय जीव, का विश्लेषण और छँटाई के लिए डिजाइन किया गया था. यंत्र भी zebrafish 11 एक के लिए इस्तेमाल किया गया हैएन डी filamentous कवक 12,13 के लिए. उत्तरार्द्ध जीवों भी filamentous बैक्टीरिया द्वारा गठित उन से भी बड़ा कर रहे हैं कि mycelial छर्रों के रूप में. हमने हाल ही में Copas का उपयोग भी streptomycetes 4 के लिए संभव है कि प्रदर्शन किया है. हम यहाँ आकार के अनुसार छर्रों सॉर्ट करने के कार्यप्रणाली पर विवरण सहित Streptomyces coelicolor में गोली विविधता का आकलन करने के लिए Copas प्रयोग करने के लिए प्रयोगात्मक प्रक्रिया का वर्णन. इस विधि भी अन्य गोली के गठन streptomycetes के विश्लेषण के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है, हालांकि, कृपया ध्यान दें.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="992">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:212px;">Copas PLUS</td>
			<td style="width:183px;">Union Biometrica</td>
			<td style="width:119px;">PLUS</td>
			<td style="width:479px;">Large particle flow cytometer including lasers and software</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NaCl</td>
			<td style="width:183px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>S3014</td>
			<td>PBS component</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">KCl</td>
			<td style="width:183px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>P9541</td>
			<td>PBS component</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">Na2HPO4</td>
			<td style="width:183px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>S3264</td>
			<td>PBS component</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">KH2PO4</td>
			<td style="width:183px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>P9791</td>
			<td>PBS component</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Difco Yeast Extract</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>210933</td>
			<td>Media component</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Bacto Peptone</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>211677</td>
			<td>Media component</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Oxoid Malt Extract</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>OXLP0039B</td>
			<td>Media component</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Glucose</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>G8270</td>
			<td>Media component</td>
		</tr>
		<tr height="23">
			<td height="23" style="height:23px;">Sucrose</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S9378</td>
			<td>Media component</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">MgCl2.6H2O</td>
			<td style="width:183px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>M2670</td>
			<td>Media components. Add after autoclaving.</td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;width:212px;">Formaldehyde Solution</td>
			<td style="width:183px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>F8775</td>
			<td style="width:479px;">Fixation of pellets</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium Hypochlorite Solution&#160;</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">71696</td>
			<td>For cleaning of the instrument</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">EtOH</td>
			<td style="width:183px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">20816.367</td>
			<td>For cleaning of the instrument</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:212px;">Erlenmeyer Flask (250 ml)</td>
			<td style="width:183px;">Fisher Scientific</td>
			<td>214-1132</td>
			<td>Culture flask for growing Streptomyces</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:212px;">Springs</td>
			<td style="width:183px;">Verenfabriek De Spiraal</td>
			<td style="width:119px;">Custom-Made</td>
			<td>Used in culture flask. RVS1.4401/Length 210 mm/Diameter 17 mm/Pitch 5 mm</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:212px;">Sterile Centrifuge Tube (15 ml)</td>
			<td style="width:183px;">Sarstedt</td>
			<td>62.554.002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:212px;">Syringes (50 ml)</td>
			<td style="width:183px;">Sigma</td>
			<td>Z683698&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

sorting of streptomyces cell pellets using a complex object parametric analyzer and sorter

Streptomycetes एंजाइमों और एंटीबायोटिक दवाओं के उत्पादन के लिए उद्योग में उपयोग किया जाता है कि filamentous मिट्टी बैक्टीरिया होते हैं. बायोरिएक्टर में हो, इन जीवों का आकार में विषम हैं जो छर्रों, के रूप में जाना परस्पर hyphae, के नेटवर्क के रूप में. यहाँ हम का विश्लेषण करने के लिए एक विधि का वर्णन है और सॉर्ट mycelial छर्रों एक जटिल वस्तु पैरामीट्रिक विश्लेषक और सॉर्टर (Copas) का उपयोग कर. विस्तृत निर्देश साधन और डेटा की बुनियादी सांख्यिकीय विश्लेषण के उपयोग के लिए दिया जाता है. हम इसके अलावा ऐसे शाही सेना या प्रोटीन सामग्री के विश्लेषण के रूप में डाउनस्ट्रीम प्रसंस्करण में सक्षम बनाता है, जो उपयोगकर्ता परिभाषित सेटिंग्स के अनुसार छर्रों हल किया जा सकता का वर्णन कैसे. इस पद्धति का उपयोग तंत्र अंतर्निहित विषम विकास घेरने की कोशिश की जा सकती है. यह उत्पादकता गोली आकार के साथ संबद्ध है कि इस तथ्य पर विचार, एक सेल कारखाने के रूप में streptomycetes में सुधार के लिए सहायक होगा.

Streptomyces छर्रों की Copas माप Streptomycetes आकार की एक विस्तृत श्रृंखला है कि तरल संस्कृतियों में mycelial छर्रों के रूप में. गोली आकार के वितरण का विश्लेषण करने के लिए, एक 2 दिन पुराने तरल उगाया Streptomyces coelicolor संस्कृति एक 1 मिमी नोक से लैस एक Copas प्लस Profiler का उपयोग cytometry बड़े कण प्रवाह के अधीन था. एक ठेठ Copas उत्पादन चित्रा 2A में खुद के रूप में एक तितर बितर साजिश है. एक्स अक्ष गोली आकार (यानी यह लेजर बीम पारित करने के लिए बड़ा छर्रों के लिए अब लगता है) के साथ संबद्ध है, जो समय की उड़ान (TOF) का प्रतिनिधित्व करता है. Y-अक्ष वस्तु की ऑप्टिकल घनत्व का प्रतिनिधित्व करता है जो विलुप्त होने को दिखाती है. तितर बितर साजिश में प्रत्येक बिंदु लेजर बीम गुजर एक भी गोली यानी, एक व्यक्ति घटना से मेल खाती है. नमूना भी ध्यान केंद्रित किया है जब (लेजर 100 से अधिक घटनाओं / सेकंड का पता लगाता है जब आईई) महत्वपूर्ण बात है,, Copas अक्सर व्यक्तिगत पी का पता लगाने में विफल रहता हैellets. यह बहुत अधिक हैं कि झूठी TOF मूल्यों की ओर जाता है. नमूना गिराए आगे गिराए नहीं रह प्रभाव TOF करता है, जहां एक बिंदु तक, औसत TOF मूल्यों को कम करता है. लगभग 100 छर्रों / सेक विश्लेषण किया गया जब इस बिंदु पर पहुंच गया है. एक हिस्टोग्राम में डेटा बिंदुओं की साजिश रचने आकार सामान्य रूप से (चित्रा 2B) वितरित नहीं कर रहे हैं कि इंगित करता है. वितरण अधिकार के लिए टेढ़ी हो गया लगता है. डेटा सेट बदलने से लॉग इन करें भी एक सामान्य वितरण (चित्रा -2) करने के लिए नेतृत्व नहीं किया था. आकार वितरण डेटा गणितीय 12,15 मॉडलिंग की थी दो सामान्य वितरण का एक मिश्रण संभालने के द्वारा समझाया जा सकता है कि आकलन है. मॉडलिंग वास्तव में आकार वितरण छर्रों की दो अलग आबादियों के अस्तित्व को संभालने के द्वारा समझाया जा सकता है कि संकेत दिया. छोटे छर्रों की जनसंख्या, 248 माइक्रोन के एक औसत आकार के साथ सभी छर्रों के 92% के शामिल है, जबकि बड़े PEL की आबादी(सभी छर्रों का 8%) 319 माइक्रोन के एक औसत आकार था (दो आबादी की भागीदारी अंश 2.5-97.5% के बीच है जब अस्तित्व में ग्रहण कर रहे हैं कि ध्यान दें) की सुविधा देता है. आकार के अनुसार Streptomyces छर्रों की छंटनी बड़े और छोटे छर्रों की आबादी से माइक्रो कालोनियों हल किया गया. यह अंत करने के लिए, दो आबादी की औसत गोली आकार छँटाई के लिए सीमाओं को परिभाषित करने के लिए इस्तेमाल किया गया. 319 माइक्रोन से बड़ा छर्रों बड़ी गोली आबादी (चित्रा 3) से माना जाता था, जबकि दो आकार के अतिव्यापी भाग से छर्रों की छँटाई करने के लिए सीमा के रूप में तो 248 माइक्रोन से छोटे पिंड, छोटे गोली आबादी से माना जाता था वितरण. सॉर्ट किया गया छर्रों का सूक्ष्म विश्लेषण उनके अलग आकारों (चित्रा 3) से पता चला है. एकत्र छर्रों आगे डीएनए, आरएनए, या प्रोटीन isolations के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है. &lt;आइएमजी alt = &quot;चित्रा 1&quot; के लिए: src = &quot;/ files/ftp_upload/51178/51178fig1highres.jpg&quot; src = &quot;/ files/ftp_upload/51178/51178fig1.jpg&quot; /&gt;: सामग्री चौड़ाई के लिए = &quot;5in&quot; चित्रा 1. Copas का उपयोग Streptomyces छर्रों को मापने और विश्लेषण करने के लिए प्रयोगात्मक स्थापना के योजनाबद्ध प्रतिनिधित्व. जानकारी के लिए, प्रयोगात्मक प्रक्रियाओं को देखते हैं. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/51178/51178fig1highres.jpg" target="_blank">बड़ी छवि को देखने के लिए यहां क्लिक करें.</a> <img alt="चित्रा 2" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51178/51178fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51178/51178fig2.jpg" /> तरल देसी Streptomyces संस्कृतियों में चित्रा 2. गोली आकार विविधता. एक 2 दिन की उम्र में एस के Copas विश्लेषण coelicolor Yeme संस्कृति (ए) (उड़ान मूल्यों के समय के रूप में संकेत दिया) गोली आकार सामान्य रूप से वितरित नहीं कर रहे हैं इंगित करता है किडी (बी), और न तो बन इसलिए जब प्रवेश तब्दील (सी). इसके बजाय, TOF में मतभेद (और इस प्रकार आकार) कि छर्रों के दो आबादी पाया गया. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/51178/51178fig2highres.jpg" target="_blank">बड़ी छवि को देखने के लिए यहां क्लिक करें.</a> <img alt="चित्रा 3" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51178/51178fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51178/51178fig3.jpg" /> चित्रा 3. (नीले रंग में संकेत दिया) 319 माइक्रोन से भी बड़ा एक आकार के साथ छर्रों बड़े छर्रों माना जाता था, जबकि आकार के अनुसार Streptomyces छर्रों की fractionation. पिंड एक आकार के साथ (गुलाबी में संकेत दिया) छोटे से 248 माइक्रोन, छोटे छर्रों माना जाता था. सूक्ष्म विश्लेषण आकार में अंतर की पुष्टि की. इन आकारों TOF और डी के बीच वर्णित संबंध का उपयोग लॉग तब्दील डेटा से गणना की गई है कि नोट0.57 × TOF + 159 माइक्रोन के बराबर होती है, जो एक Streptomyces गोली की iameter,. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/51178/51178fig3highres.jpg" target="_blank">बड़ी छवि को देखने के लिए यहां क्लिक करें.</a>

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Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

लिक्विड देसी Streptomyces संस्कृतियों आकार में विषम हैं कि mycelial छर्रों की विशेषता है. हम यहाँ का विश्लेषण करने के लिए एक विधि का वर्णन है और एक उच्च throughput ढंग से सॉर्ट ऐसे छर्रों. इन छर्रों विकास विविधता को समझने और नियंत्रित करने के लिए सुराग प्रदान करेगा जो आगे के विश्लेषण के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है.

की छंटनी<em&gt; Streptomyces</emएक जटिल वस्तु पैरामीट्रिक विश्लेषक और सॉर्टर का प्रयोग&gt; सेल छर्रों

Streptomycetes are filamentous soil bacteria that are used in industry for the production of enzymes and antibiotics. When grown in bioreactors, these ...

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JoVE Journal

Biology

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