Name: bottom-up and shotgun proteomics to identify a comprehensive cochlear proteome
Uploaded: 2014-03-07T14:30:00
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इस लेखक डॉ. कैंट Seeley, इस सुविधा के उपयोग के लिए दक्षिण फ्लोरिडा विश्वविद्यालय में ड्रग डिस्कवरी और अभिनव के लिए केंद्र (CDDI) प्रोटिओमिक्स कोर सुविधा के निदेशक धन्यवाद. इस काम BHAS लिए एनआईएच / NIDCD अनुदान R01 DC004295 द्वारा समर्थित किया गया

आचार विवरण राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान के दिशा निर्देशों के तहत उल्लिखित के रूप में चूहों ऊतक का उपयोग कर प्रयोगों दक्षिण फ्लोरिडा विश्वविद्यालय संस्थागत पशु की देखभाल और उपयोग समिति (प्र...

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	<li>Domon, B., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Review+-+Mass+spectrometry+and+protein+analysis.">Review - Mass spectrometry and protein analysis.</a> Science. 312, 212-217 (2006).</li><li>Jamesdaniel, S., Hu, B., Kermany, M. H., Jiang, H., Ding, D., Coling, D., Salvi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Noise+induced+changes+in+the+expression+of+p38/MAPK+signaling+proteins+in+the+sensory+epithelium+of+the+inner+ear.">Noise induced changes in the expression of p38/MAPK signaling proteins in the sensory epithelium of the inner ear.</a> J. Proteomics. 75, 410-424 (2011).</li><li>Thalmann, I., Hughes, I., Tong, B. D., Ornitz, D. M., Thalmann, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microscale+analysis+of+proteins+in+inner+ear+tissues+and+fluids+with+emphasis+on+endolymphatic+sac,+otoconia,+and+organ+of+Corti.">Microscale analysis of proteins in inner ear tissues and fluids with emphasis on endolymphatic sac, otoconia, and organ of Corti.</a> Electrophoresis. 27, 1598-1608 (2006).</li><li>Thalmann, I., Rosenthal, H. L., Moore, B. W., Thalmann, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organ+of+Corti-specific+polypeptides:+OCP-I+and+OCP-II.">Organ of Corti-specific polypeptides: OCP-I and OCP-II.</a> J. Acoust. Soc. Am. 67, (1980).</li><li>Kathiresan, T., Harvey, M., Sokolowski, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The use of two-dimensional gels to identify novel protein-protein interactions in the cochlea. In Auditory and vestibular research : methods and protocols. , (2009).</li><li>Zheng, Q. Y., Rozanas, C. R., Thalmann, I., Chance, M. R., Alagramam, K. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inner+ear+proteomics+of+mouse+models+for+deafness,+a+discovery+strategy.">Inner ear proteomics of mouse models for deafness, a discovery strategy.</a> Brain Res. 1091, 113-121 (2006).</li><li>Peng, H., Liu, M., Pecka, J., Beisel, K. W., Ding, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+Analysis+of+the+Organ+of+Corti+Using+Nanoscale+Liquid+Chromatography+Coupled+with+Tandem+Mass+Spectrometry.">Proteomic Analysis of the Organ of Corti Using Nanoscale Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry.</a> Int. J. Mol. Sci. 13, 8171-8188 (2012).</li><li>Elkan-Miller, T., Ulitsky, I., Hertzano, R., Rudnicki, A., Dror, A. A., Lenz, D. R., Elkon, R., Irmler, M., Beckers, J., Shamir, R., Avraham, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integration+of+Transcriptomics,+Proteomics,+and+MicroRNA+Analyses+Reveals+Novel+MicroRNA+Regulation+of+Targets+in+the+Mammalian+Inner+Ear.">Integration of Transcriptomics, Proteomics, and MicroRNA Analyses Reveals Novel MicroRNA Regulation of Targets in the Mammalian Inner Ear.</a> Plos One. 6, (2011).</li><li>Yang, Y., Dai, M., Wilson, T. M., Omelchenko, I., Klimek, J. E., Wilmarth, P. A., David, L. L., Nuttall, A. L., Gillespie, P. G., Shi, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Na+/K+-ATPase+&#945;1Identified+as+an+Abundant+Protein+in+the+Blood-Labyrinth+Barrier+That+Plays+an+Essential+Role+in+the+Barrier+Integrity.+.">Na+/K+-ATPase &#945;1Identified as an Abundant Protein in the Blood-Labyrinth Barrier That Plays an Essential Role in the Barrier Integrity. .</a> Plos One. 6, (2011).</li><li>Shin, J. B., Streijger, F., Beynon, A., Peters, T., Gadzala, L., McMillen, D., Bystrom, C., Vander Zee, C. E., Wallimann, T., Gillespie, P. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hair+Bundles+Are+Specialized+for+ATP+Delivery+via+Creatine+Kinase.">Hair Bundles Are Specialized for ATP Delivery via Creatine Kinase.</a> Neuron. 53, 371-386 (2007).</li><li>Chen, Z. Y., Corey, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+inner+ear+gene+expression+database.">An inner ear gene expression database.</a> J. Assoc. Res. Otolaryngol. 3, 140-148 (2002).</li><li>Gabashvili, I. S., Sokolowski, B. H., Morton, C. C., Giersch, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ion+channel+gene+expression+in+the+inner+ear.">Ion channel gene expression in the inner ear.</a> J. Assoc. Res. Otolaryngol. 8, 305-328 (2007).</li><li>Horvatovich, P., Hoekman, B., Govorukhina, N., Bischoff, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multidimensional+chromatography+coupled+to+mass+spectrometry+in+analysing+complex+proteomics+samples.">Multidimensional chromatography coupled to mass spectrometry in analysing complex proteomics samples.</a> J. Sep. Sci. 33, 1421-1437 (2010).</li><li>Ye, M. L., Jiang, X. G., Feng, S., Tian, R. J., Zou, H. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+chromatographic+techniques+and+methods+in+shotgun+proteome+analysis.">Advances in chromatographic techniques and methods in shotgun proteome analysis.</a> Trends Anal. Chem. 26, 80-84 (2007).</li><li>Wu, C. C., MacCoss, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shotgun+proteomics:+Tools+for+the+analysis+of+complex+biological+systems.">Shotgun proteomics: Tools for the analysis of complex biological systems.</a> Curr. Opin. Mol. Ther. 4, 242-250 (2002).</li><li>Bora, A., Anderson, C., Bachani, M., Nath, A., Cotter, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Robust+Two-Dimensional+Separation+of+Intact+Proteins+for+Bottom-Up+Tandem+Mass+Spectrometry+of+the+Human+CSF+Proteome.">Robust Two-Dimensional Separation of Intact Proteins for Bottom-Up Tandem Mass Spectrometry of the Human CSF Proteome.</a> J. Proteome Res. 11, 3143-3149 (2012).</li><li>Chait, B. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry:+Bottom-up+or+top-down.">Mass spectrometry: Bottom-up or top-down.</a> Science. 314, 65-66 (2006).</li><li>Aebersold, R., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry-based+proteomics.">Mass spectrometry-based proteomics.</a> Nature. 422, 198-207 (2003).</li><li>Reid, G. E., McLuckey, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Top+down'+protein+characterization+via+tandem+mass+spectrometry.">Top down' protein characterization via tandem mass spectrometry.</a> J. Mass. Spectrom. 37, 663-675 (2002).</li><li>Han, X., Aslanian, A., Yates, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+for+proteomics.">Mass spectrometry for proteomics.</a> Curr. Opin. Chem. Biol. 12, 483-490 (2008).</li><li>Thalmann, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inner+ear+proteomics:+A+fad+or+hear+to+stay.">Inner ear proteomics: A fad or hear to stay.</a> Brain Res. 1091, 103-112 (2006).</li><li>Lang, F., Vallon, V., Knipper, M., Wangemann, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+significance+of+channels+and+transporters+expressed+in+the+inner+ear+and+kidney.">Functional significance of channels and transporters expressed in the inner ear and kidney.</a> Am. J. Physiol. Cell Physiol. 293, (2007).</li><li>Wisniewski, J. R., Zougman, A., Nagaraj, N., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Universal+sample+preparation+method+for+proteome+analysis.">Universal sample preparation method for proteome analysis.</a> Nat. Meth. 6, 359-362 (2009).</li><li>Wisniewski, J. R., Zielinska, D. F., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+ultrafiltration+units+for+proteomic+and+N-glycoproteomic+analysis+by+the+filter-aided+sample+preparation+method.">Comparison of ultrafiltration units for proteomic and N-glycoproteomic analysis by the filter-aided sample preparation method.</a> Anal. Biochem. 410, 307-309 (2011).</li><li>Darville, L. N., Sokolowski, B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In-depth+Proteomic+Analysis+of+Mouse+Cochlear+Sensory+Epithelium+by+Mass+Spectrometry.">In-depth Proteomic Analysis of Mouse Cochlear Sensory Epithelium by Mass Spectrometry.</a> J Proteome Res. 12 (8), 3620-3630 (2013).</li><li>Vizcaino, J. A., Cote, R. G., Csordas, A., Dianes, J. A., Fabregat, A., Foster, J. M., Griss, J., Alpi, E., Birim, M., Contell, J., O'Kelly, G., Schoenegger, A., Ovelleiro, D., Perez-Riverol, Y., Reisinger, F., Rios, D., Wang, R., Hermjakob, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+PRoteomics+IDEntifications+(PRIDE)+database+and+associated+tools:+status+in+2013.">The PRoteomics IDEntifications (PRIDE) database and associated tools: status in 2013.</a> Nucleic Acids Res. 41, 1063-1069 (2013).</li></ol>

<html> कर्णावत संवेदी उपकला से प्रोटीन की पहचान के लाभ के लिए महत्वपूर्ण कदम हैं: पाचन के लिए कई endoproteinases 1) का प्रयोग करें, कई जुदाई तकनीक के 2) का प्रयोग करें, और एक उच्च संकल्प मास स्पेक्ट्रोमीटर के 3) उपयोग. कई एं...

प्रोटिओमिक्स प्रोटीन अभिव्यक्ति, समारोह, संशोधन, और बातचीत 1 का विश्लेषण करके जटिल जैविक प्रणालियों का अध्ययन है. कई तरीकों एंटीबॉडी माइक्रोएरे 2, दो आयामी जेल वैद्युतकणसंचलन 3-5, और DIGE 6 सहित भीतरी कान की proteome विश्लेषण के लिए उपयोग किया गया है. हालांकि, प्रोटीन का केवल एक सीमित संख्या में पहचान की गई है और भीतरी कान 11,12 में पहचान की 10,000 से अधिक जीन और व्यक्त अनुक्रम टैग (ESTs) की तुलना में, 2,7-10 विशेषता, एमएस सबसे अधिक इस्तेमाल किया और व्यापक तकनीक है प्रोटीन लक्षण वर्णन के लिए प्रोटिओमिक्स में. ऐसे कोक्लीअ के रूप में जटिल प्रोटिओमिक नमूनों के विश्लेषण, चुनौतीपूर्ण हो सकता है. हालांकि, एमएस के साथ कई जुदाई तकनीक के संयोजन के कारण एक बढ़ा गतिशील एकाग्रता रेंज और शिखर क्षमता से 13, पेप्टाइड और प्रोटीन की एक बड़ी संख्या की पहचान के लिए सक्षम बनाता है. बहुआयामी chromatograबनावट अलग सोखना तंत्र के उपयोग की अनुमति देकर अत्यधिक जटिल प्रोटीन मिश्रण कम कर देता है. दो आमतौर पर इस्तेमाल एमएस proteome विश्लेषण दृष्टिकोण, बन्दूक और नीचे अप प्रोटिओमिक्स कर रहे हैं. बन्दूक प्रोटिओमिक्स में बरकरार प्रोटीन का एक मिश्रण enzymatically पचा और मजबूत कटियन विनिमय क्रोमैटोग्राफी उलट चरण तरल क्रोमैटोग्राफी (RPLC) 14,15 द्वारा पीछा (SCX) के साथ बहुआयामी क्रोमैटोग्राफी का उपयोग कर अलग किया जाता है. अलग हो पेप्टाइड्स मिलकर एमएस के अधीन और डेटाबेस 15 खोज रहे हैं. इस तकनीक का एक बड़ा फायदा यह प्रोटीन के हजारों एक विश्लेषण में पहचाना जा सकता है और तकनीक झिल्ली प्रोटीन के लिए बेहतर अनुकूल है. नीचे अप दृष्टिकोण में, प्रोटीन मिश्रण आमतौर पर एक या दो आयामी वैद्युतकणसंचलन द्वारा अलग है, और व्यक्तिगत प्रोटीन बैंड या धब्बे आमतौर पर कई पेप्टाइड्स, जिसके परिणामस्वरूप ऐसे trypsin के रूप में एक एंजाइम के साथ बाहर कटौती और पच. हालांकि, एक और अधिक हालly नीचे अप प्रोटिओमिक्स में इस्तेमाल किया, electrophoretic दृष्टिकोण विकसित, GELFrEE है. इस तकनीक तरल चरण में प्रोटीन के नमूने fractionates और विश्लेषण करने से पहले उन्हें कम जटिल बना देता है. इस तकनीक, प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य है उच्च प्रोटीन वसूली प्रदान करता है, और जटिल प्रोटीन के नमूने 16 में उच्च प्रचुर मात्रा में प्रोटीन का वितरण कम कर देता है. अलग हो प्रोटीन से उत्पन्न पेप्टाइड्स, डेटाबेस 17-19 खोज के लिए अनुक्रम टैग बनाने के लिए, पेप्टाइड जन फिंगरप्रिंटिंग या मिलकर एमएस (एमएस / एमएस) का उपयोग कर, एमएस द्वारा विश्लेषण कर रहे हैं. नीचे अप दृष्टिकोण का उपयोग करने का प्रमुख लाभ में से कुछ उच्च संकल्प विभाजन और व्यापक प्रोटीन कवरेज प्राप्त करने की क्षमता है. नीचे अप प्रोटिओमिक्स प्रोटिओमिक्स 20 में सबसे व्यापक रूप से इस्तेमाल तकनीक है, इसलिए, कई जैव सूचना विज्ञान उपकरण उपलब्ध हैं. इसके अलावा, प्रोटीन पाचन से पहले एक जटिल मिश्रण में विभाजित किया जा सकता है, इसलिए पहचान का एक बड़ा मौका है. प्रमुख चुनौतियों में से एकप्रोटिओमिक विश्लेषण के लिए भीतरी कान का उपयोग करने में अपने छोटे आकार, सीमित पहुंच, और सेल प्रकार विविधता 21 है. इसके अलावा, इस तरह के आयन चैनल, ट्रांसपोर्टरों और रिसेप्टर्स के रूप में अपनी कार्यक्षमता भेद कि प्रमुख प्रोटीन, 22 अलग करने के लिए मुश्किल हो सकता है जो झिल्ली प्रोटीन, कर रहे हैं. इस प्रकार, फिल्टर सहायता प्राप्त नमूना तैयार (FASP) प्रोटीन निकासी के लिए सीमित कर रहे हैं कि ऊतकों की प्रोटिओमिक विश्लेषण के लिए फायदेमंद है और झिल्ली 23 solubilize के लिए डिटर्जेंट की आवश्यकता होती है. इस फ़िल्टरिंग झिल्ली और घुलनशील प्रोटीन की एमएस विश्लेषण के लिए और कम आणविक वजन contaminants 23,24 से पेप्टाइड्स को अलग करने की क्षमता के लिए अनुमति देता है. वर्तमान प्रोटोकॉल संयुक्त और घुलनशील और झिल्ली दोनों प्रोटीन का विश्लेषण करने के लिए और कर्णावत संवेदी उपकला से प्रोटीन आईडी की संख्या को अधिकतम करने के लिए संशोधित कर रहे हैं कि आमतौर पर इस्तेमाल किया प्रोटिओमिक दृष्टिकोण का वर्णन है. हम FASP बहु को पचाने के साथ बन्दूक प्रोटिओमिक्स का उपयोग का वर्णन करेंगेआयन, आयन एक्सचेंज क्रोमैटोग्राफी, उच्च संकल्प एमएस, और डेटा विश्लेषण. इसके अलावा, हम GELFrEE, FASP बहु पाचन, उच्च संकल्प एमएस, और डेटा विश्लेषण के साथ नीचे अप प्रोटिओमिक्स का वर्णन करेंगे.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="749">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:264px;">8% Tris-acetate cartridge&#160;</td>
			<td style="width:159px;">Protein Discovery</td>
			<td style="width:133px;">42103</td>
			<td style="width:193px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Acetone</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>179124</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Acetonitrile</td>
			<td>Honeywell</td>
			<td>015-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">AEBSF</td>
			<td>Calbiochem</td>
			<td>101500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ammonium formate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>AC16861</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Aprotinin</td>
			<td>Calbiochem</td>
			<td>616370</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">ASB-14&#160;</td>
			<td>Calbiochem</td>
			<td>182750-5GM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Bovine serum albumin</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>500-0112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="26">
			<td height="26" style="height:26px;">C18 column&#160;</td>
			<td>New Objective</td>
			<td>A25112</td>
			<td>75 &#956;m &#215; 10 cm&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">DC Protein Assay</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>500-0116</td>
			<td>Microplate Assay Protocol</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">EDTA</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E9884</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Endoproteinase Lys-C</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P3428</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">FASP Protein Digestion Kit</td>
			<td>Protein Discovery</td>
			<td>44250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Formic acid&#160;</td>
			<td>Fluka</td>
			<td>94318</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">GELFrEE Fractionation System</td>
			<td>Protein Discovery</td>
			<td>42001</td>
			<td>GELFrEE 8100</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Leupeptin</td>
			<td>Calbiochem</td>
			<td>108975</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">MacroSpin Column</td>
			<td>The Nest Group</td>
			<td>SMM SS18V</td>
			<td>Silica C18</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Microcystin</td>
			<td>Calbiochem</td>
			<td>475815</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Pepstatin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P5318</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Polysulfoethyl A Column</td>
			<td>The Nest Group</td>
			<td>202SE0503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sodium dodecyl sulfate (SDS)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>L3771</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sonic Dismembrator&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>15-338-53</td>
			<td>Model 100</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Trypsin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T6567</td>
			<td>Proteomics Grade</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

bottom-up and shotgun proteomics to identify a comprehensive cochlear proteome

प्रोटिओमिक्स जटिल जैविक प्रणालियों में अंतर्दृष्टि प्रदान कर सकते हैं कि आमतौर पर इस्तेमाल किया दृष्टिकोण है. कर्णावत संवेदी उपकला परिधीय और केंद्रीय तंत्रिका प्रणाली द्वारा संसाधित एक विद्युत रासायनिक ऊर्जा में ध्वनि के यांत्रिक ऊर्जा transduce कि रिसेप्टर्स शामिल हैं. कई प्रोटिओमिक तकनीक ऐसी दो आयामी अंतर जेल वैद्युतकणसंचलन (2 डी DIGE), एंटीबॉडी माइक्रोएरे, और मास स्पेक्ट्रोमेट्री (एमएस) के रूप में कर्णावत भीतरी कान, अध्ययन करने के लिए विकसित किया गया है. एमएस प्रोटिओमिक्स में सबसे व्यापक और बहुमुखी उपकरण है और जुदाई के तरीकों के साथ संयोजन के रूप में जैविक नमूने का एक में गहराई proteome प्रदान कर सकते हैं. एमएस के साथ संयुक्त जुदाई तरीकों, प्रोटीन के नमूने को समृद्ध कम आणविक वजन और हाइड्रोफोबिक प्रोटीन का पता लगाने, और proteome गतिशील रेंज को कम करने से कम प्रचुर मात्रा में प्रोटीन की पहचान करने की क्षमता है. विभिन्न पाचन रणनीतियों पेप्टाइड और प्रोटीन बढ़ाने के लिए पूरे lysate करने या fractionated प्रोटीन lysate के लिए लागू किया जा सकता हैअनुक्रम कवरेज. मजबूत कटियन विनिमय (SCX), उलट चरण (आरपी), और जेल eluted तरल अंश फंसाने वैद्युतकणसंचलन (GELFrEE) सहित विभिन्न जुदाई तकनीक की उपयोगिता प्रोटीन की पहचान के लिए पूर्व एमएस विश्लेषण के लिए नमूना जटिलता को कम करने के लिए लागू किया जा सकता है.

कर्णावत संवेदी उपकला की सबसे व्यापक proteome प्राप्त करने के लिए, त्वरित ऊतक विच्छेदन पूर्व प्रोटीन निष्कर्षण और नमूना तैयार करने के लिए आवश्यक है. दो प्रोटिओमिक तकनीक, बन्दूक और नीचे अप प्रोटिओमिक्स इस्त?...

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Bottom-up and Shotgun Proteomics to Identify a Comprehensive Cochlear Proteome

एक व्यापक Cochlear Proteome पहचान करने के लिए नीचे अप और शॉटगन प्रोटिओमिक्स

झिल्ली प्रोटीन को अलग करने और पहचान के लिए मुश्किल हैं क्योंकि कर्णावत संवेदी उपकला के proteome विश्लेषण के कारण अपने छोटे आकार और चुनौतीपूर्ण हो सकता है. झिल्ली और घुलनशील प्रोटीन दोनों उच्च संकल्प मास स्पेक्ट्रोमेट्री के साथ साथ कई प्रारंभिक तरीकों और जुदाई तकनीक के संयोजन से पहचाना जा सकता है.

Proteomics is a commonly used approach that can provide insights into complex biological systems. The cochlear sensory epithelium contains receptors that ...

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Hematopoietic stem cells (HSCs) have the ability to self-renew and generate all cell types of the blood lineages throughout the lifetime of an individual. ...

Proteomics to Identify Proteins Interacting with P2X2 Ligand-Gated Cation Channels

प्रोटिओमिक्स P2X2 ligand-gated कटियन चैनल के साथ बातचीत प्रोटीन की पहचान

Ligand-gated ion channels underlie synaptic communication in the nervous system1. In mammals there are three families of ligand-gated channels: the cys ...

Quantification of Proteins Using Peptide Immunoaffinity Enrichment Coupled with Mass Spectrometry

मास स्पेक्ट्रोमेट्री के साथ युग्मित पेप्टाइड Immunoaffinity संवर्धन का उपयोग प्रोटीन की मात्रा का ठहराव

There is a great need for quantitative assays in measuring proteins. Traditional sandwich immunoassays, largely considered the gold standard in ...

Orthogonal Protein Purification Facilitated by a Small Bispecific Affinity Tag

विषयेतर प्रोटीन एक लघु bispecific आत्मीयता टैग द्वारा सुविधा शोधन

Due to the high costs associated with purification of recombinant proteins the protocols need to be rationalized. For high-throughput efforts there is a ...

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

आरएनएआई स्क्रीनिंग में Postembryonic phenotypes पहचानें सी. एलिगेंस</em

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated ...

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Ribosome बाध्य नवजात polypeptides का अलगाव<em&gt; इन विट्रो में</em&gt; MRNA के साथ translational रोकें ब्लॉग की पहचान के लिए

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

Production of Xenopus tropicalis Egg Extracts to Identify Microtubule-associated RNAs

Production of Xenopus tropicalis Egg Extracts to Identify Microtubule-associated RNAs

का उत्पादन<em&gt; Xenopus tropicalis</em&gt; अंडा microtubule जुड़े RNAs के पहचान के लिए अर्क

Many  organisms localize mRNAs to specific subcellular destinations to spatially and  temporally control gene expression. Recent studies have demonstrated ...

Capture Compound Mass Spectrometry - A Powerful Tool to Identify Novel c-di-GMP Effector Proteins

कैद यौगिक मास स्पेक्ट्रोमेट्री - उपन्यास सी-डि-जीएमपी effector के प्रोटीन की पहचान के लिए एक शक्तिशाली उपकरण

Considerable progress has been made during the last decade towards the identification and characterization of enzymes involved in the synthesis ...

Non-enzymatic, Serum-free Tissue Culture of Pre-invasive Breast Lesions for Spontaneous Generation of Mammospheres

गैर एंजाइमी, Mammospheres की सहज पीढ़ी के लिए प्री-इनवेसिव स्तन घावों के सीरम मुक्त टिशू कल्चर

Breast ductal carcinoma in situ (DCIS), by definition, is proliferation of neoplastic epithelial cells within the confines of the breast duct, without ...

Xenopus laevis as a Model to Identify Translation Impairment

Xenopus laevis as a Model to Identify Translation Impairment

Xenopus अनुवाद हानि की पहचान के लिए एक मॉडल के रूप laevis

Protein synthesis is a fundamental process to gene expression impacting diverse biological processes notably adaptation to environmental conditions. The ...