Name: an affordable hiv-1 drug resistance monitoring method for resource limited settings
Uploaded: 2014-03-30T14:00:00
Duration: 19 min 57 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about An Affordable HIV-1 Drug Resistance Monitoring Method for Resource Limited Settings at JoVE.com

فإن الكتاب أود أن أنوه جميع الزملاء الذين جعلوا هذا العمل ممكنا، وخصوصا مايا Balamane، اليزابيث جونستون الأبيض، شارون Sjoblom، جريج أوردنج Zakhona غوميد، Xolile Kineri، Phindile ماباسو، Lungisa Ndwandwe، جيمس غارفي، جافين كوب، سينزو Maphanga، Terusha شيتي ، Kevi نايدو، أندرو Skingsley، كاثرين ستوت، وLungani Ndwandwe. فإن الكتاب أود أيضا أن أشكر جميع العاملين في وزارة الصحة والعاملين في مركز أفريقيا الذين يعملون معاملة فيروس نقص المناعة البشرية هالابيسا وبرنامج الرعاية.

<ol>
	<li>Shao, Y., Williamson, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+HIV-1+epidemic:+low-+to+middle-income+countries.">The HIV-1 epidemic: low- to middle-income countries.</a> Cold Spring Harbor Persp. Med. 2, (2012).</li><li>Mutevedzi, P. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scale-up+of+a+decentralized+HIV+treatment+programme+in+rural+KwaZulu-Natal,+South+Africa:+does+rapid+expansion+affect+patient+outcomes.">Scale-up of a decentralized HIV treatment programme in rural KwaZulu-Natal, South Africa: does rapid expansion affect patient outcomes.</a> Bull. World Health Organ. 88, 593-600 (2010).</li><li>Houlihan, C. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cohort+profile:+Hlabisa+HIV+treatment+and+care+programme.">Cohort profile: Hlabisa HIV treatment and care programme.</a> Int. J. Epidemiol. 40, 318-326 (2011).</li><li>Tanser, F., Barnighausen, T., Grapsa, E., Zaidi, J., Newell, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+coverage+of+ART+associated+with+decline+in+risk+of+HIV+acquisition+in+rural+KwaZulu-Natal.">High coverage of ART associated with decline in risk of HIV acquisition in rural KwaZulu-Natal.</a> South Africa. Science. 339, 966-971 (2013).</li><li>Bor, J., Herbst, A. J., Newell, M. L., Barnighausen, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increases+in+adult+life+expectancy+in+rural+South+Africa:+valuing+the+scale-up+of+HIV+treatment.">Increases in adult life expectancy in rural South Africa: valuing the scale-up of HIV treatment.</a> Science. 339, 961-965 (2013).</li><li>Montaner, J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+case+for+expanding+access+to+highly+active+antiretroviral+therapy+to+curb+the+growth+of+the+HIV+epidemic.">The case for expanding access to highly active antiretroviral therapy to curb the growth of the HIV epidemic.</a> Lancet. 368, 531-536 (2006).</li><li>Granich, R. M., Gilks, C. F., Dye, C., De Cock, K. M., Williams, B. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Universal+voluntary+HIV+testing+with+immediate+antiretroviral+therapy+as+a+strategy+for+elimination+of+HIV+transmission:+a+mathematical+model.">Universal voluntary HIV testing with immediate antiretroviral therapy as a strategy for elimination of HIV transmission: a mathematical model.</a> Lancet. 373, 48-57 (2009).</li><li>Johnson, L. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Life+expectancies+of+South+african+adults+starting+antiretroviral+treatment:+collaborative+analysis+of+cohort+studies.">Life expectancies of South african adults starting antiretroviral treatment: collaborative analysis of cohort studies.</a> PLoS Med. 10, (2013).</li><li>Blower, S., Ma, L., Farmer, P., Koenig, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predicting+the+impact+of+antiretrovirals+in+resource-poor+settings:+preventing+HIV+infections+whilst+controlling+drug+resistance.">Predicting the impact of antiretrovirals in resource-poor settings: preventing HIV infections whilst controlling drug resistance.</a> Curr. Drug Targets. 3, 345-353 (2003).</li><li>Geretti, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epidemiology+of+antiretroviral+drug+resistance+in+drug-naive+persons.">Epidemiology of antiretroviral drug resistance in drug-naive persons.</a> Curr. Opin. Infect. Dis. 20, 22-32 (2007).</li><li>Larder, B. A., Darby, G., Richman, D. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV+with+reduced+sensitivity+to+zidovudine+(AZT)+isolated+during+prolonged+therapy.">HIV with reduced sensitivity to zidovudine (AZT) isolated during prolonged therapy.</a> Science. 243, 1731-1734 (1989).</li><li>Erice, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brief+report:+primary+infection+with+zidovudine-resistant+human+immunodeficiency+virus+type+1.">Brief report: primary infection with zidovudine-resistant human immunodeficiency virus type 1.</a> N. Engl. J. Med. 328, 1163-1165 (1993).</li><li>Williams, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=British+HIV+Association+guidelines+for+the+treatment+of+HIV-1-positive+adults+with+antiretroviral+therapy.">British HIV Association guidelines for the treatment of HIV-1-positive adults with antiretroviral therapy.</a> HIV Med. 13 Suppl 2, 1-85 (2012).</li><li>DHHS, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> US Panel on Antiretroviral Guidelines for Adults and Adolescents. Guidelines for the use of antiretroviral agents in HIV-1-infected adults and adolescents. , (2012).</li><li>Vandamme, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=European+recommendations+for+the+clinical+use+of+HIV+drug+resistance+testing:+2011+update.">European recommendations for the clinical use of HIV drug resistance testing: 2011 update.</a> AIDS Rev. 13, 77-108 (2011).</li><li>DHHS, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> US Panel on Antiretroviral Therapy and Medical Management of HIV-Infected Children. Guidelines for the Use of Antiretroviral Agents in Pediatric HIV Infection. , (2012).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Department+of+Health.">Department of Health.</a> Clinical guidelines for the management of HIV &amp; AIDS in adults and adolescents. , (2010).</li><li>Conradie, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+2012+southern+African+ARV+drug+resistance+testing+guidelines.">The 2012 southern African ARV drug resistance testing guidelines.</a> S. Afr. J.HIV Med. 13, 162-167 (2012).</li><li>Manasa, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Primary+Drug+Resistance+in+South+Africa:+Data+from+10+Years+of+Surveys.">Primary Drug Resistance in South Africa: Data from 10 Years of Surveys.</a> AIDS Res. Hum. Retroviruses. 28, 558-565 (2012).</li><li>Tshabalala, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surveillance+of+transmitted+antiretroviral+drug+resistance+among+HIV-1+infected+women+attending+antenatal+clinics+in+Chitungwiza,+Zimbabwe.">Surveillance of transmitted antiretroviral drug resistance among HIV-1 infected women attending antenatal clinics in Chitungwiza, Zimbabwe.</a> PLoS ONE. 6, (2011).</li><li>Bartolo, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antiretroviral+drug+resistance+surveillance+among+treatment-naive+human+immunodeficiency+virus+type+1-infected+individuals+in+Angola:+evidence+for+low+level+of+transmitted+drug+resistance.">Antiretroviral drug resistance surveillance among treatment-naive human immunodeficiency virus type 1-infected individuals in Angola: evidence for low level of transmitted drug resistance.</a> Antimicrob. Agents Chemother. 53, 3156-3158 (2009).</li><li>Bartolo, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+genetic+diversity+and+transmitted+drug+resistance+in+health+care+settings+in+Maputo,+Mozambique.">HIV-1 genetic diversity and transmitted drug resistance in health care settings in Maputo, Mozambique.</a> J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 51, 323-331 (2009).</li><li>Hamers, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+drug+resistance+in+antiretroviral-naive+individuals+in+sub-Saharan+Africa+after+rollout+of+antiretroviral+therapy:+a+multicentre+observational+study.">HIV-1 drug resistance in antiretroviral-naive individuals in sub-Saharan Africa after rollout of antiretroviral therapy: a multicentre observational study.</a> Lancet Infect. Dis. 11, 750-759 (2011).</li><li>Hamers, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+Drug+Resistance+Mutations+Are+Present+in+Six+Percent+of+Persons+Initiating+Antiretroviral+Therapy+in+Lusaka,+Zambia.">HIV-1 Drug Resistance Mutations Are Present in Six Percent of Persons Initiating Antiretroviral Therapy in Lusaka, Zambia.</a> J. Acquir. Immune Defic. Syndr. , (2010).</li><li>Nwobegahay, J., Selabe, G., Ndjeka, N. O., Manhaeve, C., Bessong, P. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Low+prevalence+of+transmitted+genetic+drug+resistance+in+a+cohort+of+HIV+infected+naive+patients+entering+antiretroviral+treatment+programs+at+two+sites+in+northern+South+Africa.">Low prevalence of transmitted genetic drug resistance in a cohort of HIV infected naive patients entering antiretroviral treatment programs at two sites in northern South Africa.</a> J. Med. Virol. 84, 1839-1843 (2012).</li><li>Iweriebor, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+epidemiology+of+HIV+in+two+highly+endemic+areas+of+northeastern+South+Africa.">Molecular epidemiology of HIV in two highly endemic areas of northeastern South Africa.</a> Arch. Virol. 157, 455-465 (2012).</li><li>Parboosing, R., Naidoo, A., Gordon, M., Taylor, M., Vella, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resistance+to+antiretroviral+drugs+in+newly+diagnosed,+young+treatment-naive+HIV-positive+pregnant+women+in+the+province+of+KwaZulu-Natal+South+Africa.">Resistance to antiretroviral drugs in newly diagnosed, young treatment-naive HIV-positive pregnant women in the province of KwaZulu-Natal South Africa.</a> J. Med. Virol. 83, 1508-1513 (2011).</li><li>Nwobegahay, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prevalence+of+antiretroviral+drug+resistance+mutations+and+HIV-I+subtypes+among+newly-diagnosed+drug-naive+persons+visiting+a+voluntary+testing+and+counselling+centre+in+northeastern+South+Africa.">Prevalence of antiretroviral drug resistance mutations and HIV-I subtypes among newly-diagnosed drug-naive persons visiting a voluntary testing and counselling centre in northeastern South Africa.</a> J. Health Popul. Nutr. 29, 303-309 (2011).</li><li>Nwobegahay, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prevalence+of+drug-resistant+mutations+in+newly+diagnosed+drug-naive+HIV-1-infected+individuals+in+a+treatment+site+in+the+waterberg+district,+limpopo+province).">Prevalence of drug-resistant mutations in newly diagnosed drug-naive HIV-1-infected individuals in a treatment site in the waterberg district, limpopo province).</a> S. Afr. Med. J. 101 (2011), 335-337 (2011).</li><li>Rosen, S., Long, L., Sanne, I., Stevens, W. S., Fox, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+net+cost+of+incorporating+resistance+testing+into+HIV/AIDS+treatment+in+South+Africa:+a+Markov+model+with+primary+data.">The net cost of incorporating resistance testing into HIV/AIDS treatment in South Africa: a Markov model with primary data.</a> J. Int. AIDS Soc. 14, 24 (2011).</li><li>Dalai, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolution+and+molecular+epidemiology+of+subtype+C+HIV-1+in+Zimbabwe.">Evolution and molecular epidemiology of subtype C HIV-1 in Zimbabwe.</a> AIDS. 23, 2523-2532 (2009).</li><li>Chen, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In-house+human+immunodeficiency+virus-1+genotype+resistance+testing+to+determine+highly+active+antiretroviral+therapy+resistance+mutations+in+Hong+Kong.">In-house human immunodeficiency virus-1 genotype resistance testing to determine highly active antiretroviral therapy resistance mutations in Hong Kong.</a> Hong Kong Med. 18, 20-24 (2012).</li><li>Lee, C. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+in-house+HIV+genotyping+assay+for+the+detection+of+drug+resistance+mutations+in+Southeast+Asian+patients+infected+with+HIV-1.">An in-house HIV genotyping assay for the detection of drug resistance mutations in Southeast Asian patients infected with HIV-1.</a> J. Med. Virol. 84, 394-401 (2012).</li><li>Aitken, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Pragmatic+Approach+to+HIV-1+Drug+Resistance+Determination+in+Resource-Limited+Settings+by+Use+of+a+Novel+Genotyping+Assay+Targeting+the+Reverse+Transcriptase-Encoding+Region+Only.">A Pragmatic Approach to HIV-1 Drug Resistance Determination in Resource-Limited Settings by Use of a Novel Genotyping Assay Targeting the Reverse Transcriptase-Encoding Region Only.</a> J. Clin. Microbiol. 51, 1757-1761 (2013).</li><li>Zhou, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+a+low+cost+and+broadly+sensitive+genotyping+assay+for+HIV-1+drug+resistance+surveillance+and+monitoring+in+resource-limited+settings.">Optimization of a low cost and broadly sensitive genotyping assay for HIV-1 drug resistance surveillance and monitoring in resource-limited settings.</a> PLoS One. 6, (2011).</li><li>, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Life+Technologies.">Life Technologies.</a> Life Technologies and SATuRN Collaborate to Increase Access to HIV Testing in Africa. , (2012).</li><li>Lihana, R. W., Ssemwanga, D., Abimiku, A., Ndembi, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Update+on+HIV-1+diversity+in+Africa:+a+decade+in+review.">Update on HIV-1 diversity in Africa: a decade in review.</a> AIDS Rev. 14, 83-100 (2012).</li></ol>

<div style=";text-align:right;direction:rtl"> وأيد هذا العمل من قبل ويلكوم ترست (082384/Z/07/Z)، الاتحاد الأوروبي (2007 SANTE 147-790)، والمركز الأمريكي لمكافحة الأمراض عن طريق CAPRISA (عنوان المشروع: تعزيز الأنظمة الصحية وعدم معالجة فيروس نقص المناعة البشرية (HIV- TFC))، وبرنامج البحوث المشتركة الأفريقية السويسري الجنوبية (SSJRP) منحة بحثية بعنوان &quot;السويسري بروت / جنوب أفريقيا: البروتين تنمية الموارد المعلوماتية الحيوية لمسببات الأمراض ذات الصلة بالصحة هام&quot;. يتم اعتماد RL من قبل ويلكوم ترست (رقم المنحة 090999 / Z / 09 / Z). وكان الممولين أي دور في تصميم الدراسة وجمع البيانات وتحليلها، قرار نشر أو إعداد المخطوطة. الكتاب تعلن أي المصالح المالية المتنافسة. </div>

وقد وصفت عدة طرق منخفضة التكلفة في المنزل في الجهود الرامية إلى محاولة لجعل فيروس نقص المناعة البشرية مقاومة المخدرات التنميط الجيني أكثر بأسعار معقولة 33، 34، 36. ليس هناك شك في الحاجة إلى إدماج اختبار مقاومة المخدرات في استمرارية الرعاية للأفراد على العلاج المضاد للفيروسات الرجعية في المناطق ذات الموارد المحدودة. ومع ذلك، فإن معظم الطرق ذكرت التركيز على تطبيق المقاومة للأدوية التنميط الجيني في مراقبة مقاومة الدواء على مستوى السكان. طريقة التنميط الجيني زحل / الحياة تكنولوجيز هو بروتوكول متكامل لمراقبة ورصد مقاومة المخدرات. وقد تم تصميم هذا الأسلوب ليكون في متناول تنفيذ بروتوكول معظمها مفتوحة المصدر وفتح الموارد المعلوماتية الحيوية الوصول لتفسير مقاومة المخدرات وتوليد تقارير للإدارة السريرية. وقد تبين من خلال المقارنة مع ادارة الاغذية والعقاقير المعتمدة Viroseq طريقة التنميط الجيني لتكوندقيقة في تحديد الطفرات المقاومة للأدوية من لجنة من الأيدز عينات اختبار الكفاءة، في 100٪ من عينات المختبر التي تم وحة تضخيم بنجاح. تم تقييم دقة أيضا على عينات سريرية من الفيروسات C سلالة، وسلالة الأبرز في جنوب أفريقيا. كان الأسلوب كما دقيقة على عينات سلالة C كما كان على سلالة A و B. ومع ذلك، إذا كان الأسلوب سوف تستخدم في أجزاء أخرى من العالم حيث CRF02_AG هو السائد، هناك حاجة لتعديل الاشعال منذ الأسلوب فشل في تضخيم واحدة من العينات التي تم وحة تبين أن لها CRF02_AG. بدلا من ذلك، مجموعة المنحطة الاشعال حساسة لجميع الفئات M الفيروسات 33، 36 يمكن استخدامها في المناطق التي تكون فيها توزيع فرعي هو أكثر غير متجانسة 38. ويمكن زيادة حساسية النسخ العكسي وPCR عن طريق استخراج الحمض النووي الريبي من كميات أعلى من البلازما، مثل 500 مل. يمكن الطرد المركزي البلازماuged في 21،000 x ج لمدة 90 دقيقة لتركيز الجسيمات الفيروسية قبل الشروع في البروتوكول كما هو موضح من قبل QIAamp الفيروسية استخراج الحمض النووي الريبي عدة صغيرة. كما هو مبين، وطريقة جديدة لديه ميزة إضافية أنه ينتج تقارير شاملة لإدارة الفرد المريض. هذه التقارير هي توحيد النمط الجيني، والمناعية وبيانات الرصد فيروسية وكذلك التاريخ الطبي والعلاج من RegaDB. ويرافق هذا من قبل المختبر تفسير مفصل للوضع المقاومة يعقبه استعراض مفصل على قدم المساواة من التاريخ الطبي للمريض وكذلك توصيات العلاج. استخدام الأطباء المتخصصين لاستعراض التقارير وتقديم توصيات لعلاج المرضى يوفر الإرشاد التي تشتد الحاجة إليها للممارسين ممرضة وكذلك الأطباء عديمي الخبرة، الذين يوفرون بشكل متزايد ART في جنوب أفريقيا كجزء من توصيات منظمة الصحة العالمية لتحويل المهمة. هذه السريريةوقد أظهرت تقارير أن تكون الوسائل التعليمية الفعالة بالنسبة للأطباء مع خبرة قليلة أو معدومة في إدارة المقاومة للأدوية. من وجهة نظر المريض، ويقلل من أسلوبنا الحاجة إلى السفر إلى مواقع مركزية للوصول إلى خدمات فيروس نقص المناعة البشرية المتخصصة. وبالتالي، فإن بروتوكول صفها ككل توفر منصة جيدة من خلالها فيروس نقص المناعة البشرية وإدارة المقاومة للأدوية يمكن أن تكون متكاملة، بتكلفة معقولة، إلى استمرارية الرعاية للأفراد المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية فشلها ART. البيانات التي تم إنشاؤها يمكن استخدامها لأغراض الوبائية لتقييم تطور وانتقال المقاومة للأدوية في المجتمع. حجم جزء بول ولدت جيدة بما يكفي لمزيد من التحليل النشوء والتطور المعقدة والتي سوف تنتج فهم أفضل لهذا الوباء على مستوى السكان.

وقد وباء فيروس نقص المناعة البشرية في جنوب أفريقيا تتطور بسرعة 1 مع زيادة مصاحبة في الأسي الأفراد على العلاج المضاد للفيروسات الرجعية (ART)، وخاصة في جنوب أفريقيا 2، 3. كدليل على تأثير الوبائية من برامج العلاج على نطاق واسع في الحد من حدوث 4 وزيادة متوسط ​​العمر المتوقع في المناطق ذات الموارد المحدودة (ريال) 5 لا تزال تتراكم، وسيتم تكثيف الجهود لزيادة التغطية ART. تطور مبادئ توجيهية نحو استخدام العلاج كأداة الوقاية 6 و 7 في إطار برامج اختبار وعلاج يعني أن العدد المطلق للأفراد على العلاج وزيادة. وأعداد كبيرة من الأفراد يكون على ART لفترات أطول من الوقت حيث بلغ متوسط ​​العمر المتوقع للأفراد على ART تقترب من أن السكان غير مصاب بفيروس نقص المناعة البشرية 8. تطوير وانتقال المقاومة للأدوية فيروس نقص المناعة البشرية لديها علوةيس اعتبرت تهديدا للإنجازات ART 9-12. وبالتالي، هناك حاجة لمراقبة أكثر صرامة ومراقبة مقاومة الدواء كما تم تهيئتها المزيد من الأفراد على ART. مقاومة العقاقير الوراثي اختبار (GRT) وقد استخدم بنجاح في البلدان المتقدمة، سواء لمراقبة وكذلك رصد HIV-1 المقاومة للعقاقير في الأفراد الذين يحصلون على ART. في هذه الأماكن، وقد تم دمج GRT في الرعاية المتواصلة لHIV-1 الأفراد المصابة. يوصي معظم المبادئ التوجيهية الدولية GRT للبالغين أو الأطفال المرضى بالفشل ART (الخط الأول والخط الثاني) 13-15، طب الأطفال المرضى المعرضين لمنع انتقال الفيروس من الأم إلى طفلها في وقت لاحق نظم لكن إصابة 16، وضبط مع مستويات عالية من المقاومة للأدوية التي تنتقل بين الأفراد المصابين بشكل حاد 13-15. ومع ذلك، فإن المتطلبات التكلفة، والتكنولوجيا، والبنية التحتية حدت تطبيق خطة العمل الأطريةtation نهج مماثل لمراقبة مقاومة الدواء في ريال. علاج فيروس نقص المناعة البشرية في جنوب أفريقيا والمبادئ التوجيهية الرصد لا ننصح حاليا استخدام حمولتها في اختيار التوجيهية لART للأفراد فشلها تطوير علاجات الخط الأول 17. يتم تبديل الأفراد تستند في المقام الأول على الفيروسي (HIV-1 الحمض النووي الريبي الحمل الفيروسي) معلمات. ولكن في عام 2012، نشرت جمعية أطباء فيروس نقص المناعة البشرية للجنوب الأفريقي أول المبادئ التوجيهية المضادة للفيروسات القهقرية الأفريقية اختبار مقاومة العقاقير الجنوبية 18. ننصح هذه المبادئ التوجيهية اختبار GRT لجميع الكبار فشلها الخط الأول والخط الثاني ART وللرضع المصابين والأطفال المعرضين للالأم إلى الطفل 18. ومع ذلك، لا ينصح GRT 18 للأفراد المصابين بشكل حاد بسبب عدم وجود الأدلة الحالية لمستويات عالية من المقاومة للأدوية التي تنتقل في أفريقيا الجنوبية 19-29. ومن المتوقع أن بعض هذه التوصيات سوف تكون متكاملة مع مرور الوقت إلى عطر الوطنيةatment ورصد المبادئ التوجيهية من مختلف البلدان في المنطقة. بالفعل، في المبادئ التوجيهية للعلاج في جنوب أفريقيا عام 2013 والآن هناك توصية GRT في وقت فشل الخط الثاني للكبار وفي وقت الأولى أو الخط الثاني فشل نظام يستند PI-30 للأطفال. فقد تبين أن إدراج GRT في المبادئ التوجيهية للعلاج في جنوب أفريقيا سيكون يحتمل محايدة التكلفة. والنظر في تكلفة أدوية الخط الثاني والتي هي نظام نسبيا أكثر تكلفة من أدوية الخط الأول، وذلك باستخدام GRT لتحديد المرضى الذين يحتاجون حقا إلى أن تنتقل إلى العلاج السطر الثاني لا ينتج أي تكلفة إضافية للبرنامج. بالإضافة إلى ذلك، يمكن أيضا تحديد GRT أسباب أخرى للفشل، والحفاظ على خيارات العلاج وتوليد المعلومات حول أنماط المقاومة الناشئة 31. وبالتالي، فمن الضروري خفض تكلفة أساليب مراقبة مقاومة الدواء إلى أبعد من ذلك من أجل تحسين الوصول، وجودة من الرعايةد النتائج. هنا، نقدم طريقة GRT مصممة لاستخدام عامة (مفتوحة المصدر) لالاشعال النسخ العكسي، وسلسلة تفاعل البلمرة (PCR) والتسلسل (الجدول 1)، وكذلك البرمجيات مفتوحة المصدر في الغالب لتفسير مقاومة المخدرات. لإدارة السريرية، وأثنى على البروتوكول من خلال استعراض التقارير وطريقة تفسير شامل مع أخصائي المختبر التقرير مقاومة الأدوية مع الالتزام بالقرب من المبادئ التوجيهية المعاملة الوطنية. وينقسم البروتوكول إلى أربعة عناصر مختلفة؛ 1) حمض النووي الريبي فيروس نقص المناعة البشرية (RNA) استخراج، 2) عكس النسخ والبلمرة المتسلسل (PCR) والتضخيم من الأهداف الفيروسية، 3) وضع تسلسل و4) أساليب المعلوماتية الحيوية لتحليل المخططات الاستشرابية، والمحاذاة، كرأيشن وتفسير البيانات التسلسل.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Superscript III 1st strand Synthesis kit</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">18080051</td>
			<td style="width:265px;">Reverse Transcription</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">SATURN/LiFE Technologies Custom Primers</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4473517</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Platinum Taq</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10966026</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">PureLink QUICK PCR Purification Kit</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">K310002</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Viroseq</td>
			<td style="width:372px;">ABBOTT</td>
			<td style="width:119px;">4J94-20</td>
			<td>Reverse Transcription and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Agarose Tablets (Dnase/Rnase free)</td>
			<td style="width:372px;">BIOLINE</td>
			<td style="width:119px;">BIO-41027</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">TBE Buffer</td>
			<td style="width:372px;">MERCK</td>
			<td style="width:119px;">1.06177.2500</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">O&#39;Range Ruler 200bp DNA Ladder</td>
			<td style="width:372px;">Fermentas</td>
			<td style="width:119px;">FE SM0633</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Novel Juice</td>
			<td style="width:372px;">GeneDireX</td>
			<td style="width:119px;">LD001-1000&#160;</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">MiniBis Bioimaging System</td>
			<td style="width:372px;">DNR Bioimaging Systems Ltd</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Gel Documentation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Power Pac 300&#160;</td>
			<td style="width:372px;">BIORAD</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Gel Electrophoresis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Big Dye Terminator Kit ver 3.1</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4337456</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Arrays</td>
			<td style="width:372px;">Life Technolgies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4319899</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">PoP</td>
			<td style="width:372px;">Life technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4363785</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">10 x EDTA Buffer</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">402824</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Formamide</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4311320</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">5 x Sequencing Buffer</td>
			<td style="width:372px;">Life Tecgnologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4336697</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">3130 xl Genetic Analyzer</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">GeneAmp PCR System 9700</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RT/PCR/Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5804</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sample Processing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5415R</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5415R</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5415D</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>PCR Product Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5810</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Picofuge</td>
			<td style="width:372px;">BIORAD</td>
			<td style="width:119px;">C1301-230V</td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Vortex Genius 3</td>
			<td style="width:372px;">IKA</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Vortex Genius 3</td>
			<td style="width:372px;">IKA</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>reagent preparation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Vortex mixer</td>
			<td style="width:372px;">IKA</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">NanoDrop 2000 UV/VIS spectrophotometer</td>
			<td style="width:372px;">ThermoScientific</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>DNA quantification&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">3M Sodium Acetate</td>
			<td style="width:372px;">MERCK</td>
			<td align="right" style="width:119px;">567422</td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Absolute Ethanol</td>
			<td style="width:372px;">MERCK</td>
			<td style="width:119px;">SAAR2233540LP</td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">1.5ml SARSTEDT Tubes</td>
			<td style="width:372px;">BIODEX</td>
			<td style="width:119px;">72.692.005</td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">2ml SARSTEDT&#160; Tubes</td>
			<td style="width:372px;">BIODEX</td>
			<td style="width:119px;">72.693.005</td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">2ml Collection tubes</td>
			<td style="width:372px;">SCIENTIFIC GROUP</td>
			<td style="width:119px;">MCT-200-NC/S</td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Optical MicroAmp 96 Well reaction plates</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">N8010560</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">200ul 8 Strip StarPCR Tubes with attached flat caps</td>
			<td style="width:372px;">STAR Lab - supplied by CELTIC</td>
			<td style="width:119px;">A1402-3700</td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">200ul PCR individual tubes</td>
			<td style="width:372px;">Scientific Group</td>
			<td style="width:119px;">CR/3745</td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Geneious&#160;</td>
			<td style="width:372px;">Biomatters</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence analysis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Internet Access</td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Preferrably high speed</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Web resources</td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">hivdb.stanford.edu</td>
			<td style="width:372px;">Stanford University</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Drug reistance analysis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">http://bioafrica.mrc.ac.za:8080/regadb-ui/RegaDB</td>
			<td style="width:372px;">SATuRN</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>database</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">http://bioafrica.mrc.ac.za/tools/pppweb.html</td>
			<td style="width:372px;">SATuRN</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence quality tool</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an affordable hiv-1 drug resistance monitoring method for resource limited settings

HIV-1 المقاومة للأدوية لديه القدرة على تقديم تنازلات جدية فعالية وتأثير العلاج المضاد للفيروسات الرجعية (ART). مع استمرار برامج ART في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى لتوسيع والأفراد على ART ينبغي مراقبتها عن كثب لظهور المقاومة للأدوية. مراقبة مقاومة الدواء ينتقل إلى تتبع انتقال سلالات فيروسية مقاومة بالفعل إلى ART أمر بالغ الأهمية أيضا. للأسف، واختبار مقاومة المخدرات لا تزال لا يمكن الوصول إليها بسهولة في المناطق ذات الموارد المحدودة، وذلك لأن التنميط الجيني مكلفة وتتطلب المختبرات المتطورة والبنية التحتية لإدارة البيانات. يوصف وصول مفتوحة الوراثي طريقة الرصد مقاومة المخدرات لإدارة الأفراد وتقييم مقاومة الأدوية المرسلة. يستخدم الأسلوب البرمجيات الحرة ومفتوحة المصدر لتفسير أنماط المقاومة للأدوية وتوليد تقارير المريض الفردية. بروتوكول التنميط الجيني لديه معدل التضخيم أكبر من 95٪ للعينات البلازما مع مركباتتحميل iral&gt; 1،000 HIV-1 نسخ الحمض النووي الريبي / مل. يقلل من حساسية بشكل كبير للأحمال الفيروسية &lt;نسخ 1،000 HIV-1 RNA / مل. تم التحقق من صحة الطريقة الموصوفة هنا ضد وسيلة لمقاومة HIV-1 اختبار المخدرات التي وافقت عليها إدارة الأغذية والأدوية الأمريكية (FDA)، وطريقة التنميط الجيني Viroseq. وتشمل القيود المفروضة على الطريقة الموصوفة هنا حقيقة أن لا يتم ذلك آليا وأنه فشل أيضا في تضخيم تعميم المؤتلف شكل CRF02_AG من لجنة التحقق من صحة العينات، على الرغم من أنه تضخيم فرعية A و B من لوحة نفسها.

كان أسلوب التحقق من صحة تعديل طريقة ذكرت سابقا 20. طريقة التنميط الجيني Viroseq، التي تمت الموافقة عليها من قبل ادارة الاغذية والعقاقير، وكان يستخدم كأسلوب المرجعية في التحقق من الصحة. واستخدم فريق من عينات اختبار الكفاءة التي تم الحصول عليها من وكالات الوطني الفرنسي للأبحاث حول الإيدز والتهاب الكبد الفيروسي (الأيدز) في المقارنة الأولية بين الطريقتين. كانت أساليب التنميط الجيني اثنين 100٪ متطابقة في تحديد جميع الطفرات الهامة سريريا المرتبطة مقاومة المخدرات كما تفسرها برنامج HIVDB للعينات التي تم تضخيمها بنجاح من قبل كل من الأساليب. كما هو مبين في الجدول رقم 6، كانت متواليات النوكليوتيدات من ثلاثة ازواج 99.5٪ متطابقة. كان تسلسل الأحماض الأمينية وتوقع متطابقة 100٪. لا يمكن تضخيم عينة واحدة من كل خمسة بنجاح من قبل Viroseq. بالإضافة إلى عينة لا تضخيمها من قبل Viroseq، فشل الأسلوب في المنزل لتضخيم العينة الثانية التي تم إنذارأن يكون الفيروس المؤتلف المتداولة (CRF02_AG) من خلال Viroseq. وكانت العينات الثلاث التي تتضخم مع كل من منهجيات النوع الفرعي B (عينتين) والنوع الفرعي A (عينة واحدة). <img alt="الرقم 5" fo:content-width="4in" fo:src="/files/ftp_upload/51242/51242fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51242/51242fig5.jpg" /> الرقم 5. استخدام الجار الالتحاق بالعمل شجرة HKY القيام به كجزء من ضمان الجودة التسلسل. هناك أربعة أزواج / مجموعات من التسلسل مع المسافات الوراثية قصيرة جدا. المسافة الجينية بين RES655 وRES655_1 (عينات نفس التسلسل في أيام مختلفة) هو 0.003. لهو الخطأ المحتملة مع الزوج RES637_1/RES638 والمسافة الجينية قصيرة جدا (0.075) لعينات من مختلف الأفراد غير المرتبطة وبائيا. هناك RES637 آخر على الشجرة مع مسافة 0.075 بالمقارنة مع RES638_1. تشير الكتلة CQ01/CQ02 أن العينتينمن لوحة مكررة من نفس العينة. أنها الكتلة جنبا إلى جنب مع النوع الفرعي B تسلسل إشارة تؤكد النوع الفرعي المعين من قبل أداة REGA تصنيف الفرعي. CQ05 CQ04 وتتجمع مع الأنواع الفرعية A و G على التوالي، في حين أن الأداة REGA التصنيف الفرعي صنفها كما ألف وCRF02_AG على التوالي. آخر أداة مفيدة للتصنيف الفرعي فيروس نقص المناعة البشرية وإعادة التركيب هو SCUEL، والذي يتوفر في http://www.datamonkey.org. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/51242/51242fig5highres.jpg" target="_blank">اضغط هنا لمشاهدة صورة أكبر.</a> واستخدم فريق من خمس عينات لتقييم دقة الأسلوب في المنزل. تم إنشاء عشرة المورثات تكرار لكل من العينات الخمس. باستخدام محلل الوراثية 16 شعرية 3130xl، تم إنشاؤها 48 من 50 المورثات من 24 أشواط، أعدت في نفس اليوم. لجميع العينات الخمس، كان تسلسل الأحماض الأمينية توقع 100٪ متطابقة بين مكررات. لتسلسل الحمض النووي، الكان يحرث&gt; 99٪ تشابه البشرى. خلال العامين الأولين من استخدام هذا الأسلوب، تكررت ستين العينات عشوائيا من استخراج الحمض النووي الريبي إلى التسلسل. لم تكن هناك فروق ذات دلالة إحصائية بين درجة جودة التسلسل وعدد القواعد مختلطة بين مكررات. وكانت كل من النوكليوتيدات والأحماض الأمينية مقارنات البشرى لستين زوجا أكبر من 99٪ متطابقة. وبالتالي كانت الطفرات المقاومة للأدوية لجميع أزواج متطابقة 100٪. خفض التكاليف تم تخفيض حجم رد الفعل لRT، PCR وتسلسلها من قبل ما لا يقل عن النصف، نسبة إلى طريقة الأصلي 20، 32، من دون المساومة على جودة تسلسل ولدت. هذا تمكين انخفاض في تكلفة 50٪ للمراحل RT PCR و. والطريقة الجديدة مصممة أصلا للعمل مع ستة تسلسل التمهيدي لتسلسل<html> جميع الكودونات 99 من الجين البروتيني والكودونات 300 الأولى من الناسخ العكسي الجين 20 و 32. أساليب مماثلة أيضا استخدام ستة إلى ثمانية الاشعال 33، 34. وقد استخدمت بعض الأساليب التي نشرت مؤخرا تقل عن ستة الاشعال، على الرغم من أن في بعض الأحيان تسلسل البروتيني والجينات RT seprately 35، 36. سعينا للحد من عدد من الاشعال التسلسل من ست إلى أربع، (الشكل 6) <img alt="الرقم 6" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51242/51242fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51242/51242fig6.jpg" /> الرقم 6. المقارنة بين متواليات متجاورة من ستة مقابل أربعة الاشعال التسلسل لتوليد تسلسل بول 1197 سنة مضت تغطي جميع 99 HIV-1 الكودونات البروتيني والكودونات 300 الأولى من الجين الناسخ العكسي.242/51242fig6highres.jpg &quot;الهدف =&quot; _blank &quot;&gt; اضغط هنا لمشاهدة صورة أكبر. وتمت مقارنة متواليات من مجموعة من 17 عينات ولدت من ستة الاشعال لتسلسل ولدت بعد استبعاد اثنين الاشعال (MAW46 وRTY). كانت سلالة فرعية 14 C، وهما النوع الفرعي B، وسلالة واحدة A. لم تكن هناك فروق ذات دلالة إحصائية في درجات الجودة التسلسل. مرة أخرى، كان متوسط ​​الهوية البشرى بين 17 زوجا من الحمض النووي 99٪ و 100٪ على مستوى الأحماض الأمينية. وبالتالي، والحد من الاشعال التسلسل من ست إلى أربع أدى إلى انخفاض في تكلفة تسلسل بمقدار الثلث تقريبا. كان فقط أداة البرمجيات الاحتكارية المستخدمة في هذا البروتوكول Geneious لتجميع تسلسل. أدوات تفسير مقاومة المخدرات، وكذلك التقرير أدوات توليد كلها، وأدوات الوصول المفتوح مجانا. وهذا يقلل من تكلفة إضافية من خلال القضاء على التكاليف المرتبطة باستخدام البرمجيات المملوكة. علاوة على ذلك، collectivيسمح التفاوض البريد الكواشف لهذا البروتوكول ليتم تعبئتها في عدة لسهولة الوصول من تقنيات الحياة، وتتوفر مثل تقنيات زحل / الحياة التنميط الجيني طريقة 37. وعلاوة على ذلك، يمكن لأعضاء زحل وصول إلى الكواشف بسعر مخفض. إعداد السريرية وقد تم تنفيذ البروتوكول هو موضح في رصد ومراقبة مقاومة الدواء في مجتمع ريفي في كوازولو ناتال. وقد تم توليد ما مجموعه 604 المورثات من العينات السريرية بين ديسمبر 2010 و مايو 2013 بمعدل 95٪ من التضخيم للعينات مع الأحمال الفيروسية&gt; 1،000 RNA نسخة / مل. تمت الموافقة على هذه الدراسة المقاومة للأدوية فيروس نقص المناعة البشرية السريرية من قبل لجنة أخلاقيات البحوث الطبية الحيوية في جامعة كوازولو ناتال (المرجع BF052/10) ولجنة البحوث الصحية من وزارة كوازولو ناتال الصحة (المرجع HRKM 176/10). وقد تم توليد تقارير المريض وإرسالها إلى العياداتلإدارة المريض. تم إنشاء اثنتين وسبعين (72) المورثات أيضا كجزء من مراقبة المنقولة دراسة مقاومة الجراثيم للأدوية، متداخلة ضمن دراسة ترصد كبيرة المحتملين على أساس السكان فيروس نقص المناعة البشرية. وكانت العينات الأولية وخز إبرة الدم الكامل التي تم جمعها في microtubes EDTA. في التنميط الجيني كان هناك معدل التضخيم من 79٪ 19. تم الحصول على موافقة الأخلاق لالتنميط الجيني لعينات من دراسة ترصد من جامعة كوازولو ناتال جنة أخلاقيات البحوث الطبية الحيوية (المرجع BE066107). <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم التمهيدي </td><td> تسلسل </td><td> طول </td><td> اتجاه </td><td> المركز HXB2 </td><td></td></tr><tr><td> MAW-26 </td><td> TTGGAAATGTGGAAA GGAAGGAC </td><td> 23 </td><td> إلى الأمام </td><td> 2028-2050 </td><td> الجولة 1 PCR </td></tr><tr><td> RT-21 </td><td> CTGTATTTCAGCTATC AAGTCCTTTGATGGG </td><td> 31 </td><td> عكس </td><td> 3539-3509 </td><td> الجولة 1 PCR </td></tr><tr><td> الموالية لل1 </td><td> TAGAGCCAACAGCCC الاول </td><td> 20 </td><td> إلى الأمام </td><td> 2147-2166 </td><td> 2nd جولة PCR </td></tr><tr><td> RT-20 </td><td> CTGCCAATTCTAATTC TGCTTC </td><td> 22 </td><td> عكس </td><td> 3462-3441 </td><td> 2nd جولة PCR </td></tr><tr><td> RTC1F </td><td> ACCTACACCTGTCAA CATAATTG </td><td> 23 </td><td> إلى الأمام </td><td> 2486-2508 </td><td> التسلسل </td></tr><tr><td> RTC2R </td><td> TGTCAATGGCCATTG TTTAACCTTTGG </td><td> 27 </td><td> عكس </td><td> 2630-2604 </td><td> التسلسل </td></tr><tr><td> RTC3F </td><td> CACCAGGGATTAGAT ATCAATATAATGTGC </td><td> 30 </td><td> إلى الأمام </td><td> 2956-2994 </td><td> التسلسل </td></tr><tr><td> RTC4R </td><td> CTAAATCAGATCCTAC ATACAAGTCATCC </td><td> 29 </td><td> عكس </td><td> 3129-3101 </td><td> التسلسل </td><html></tr><tr><td> RT-Y </td><td> GTGTCTCATTGTTTAT ACTAGG </td><td> 22 </td><td> عكس </td><td> 2967-2946 </td><td> التسلسل </td></tr><tr><td> MAW-46 </td><td> TCCCTCAGATCACTC TTTGGCAACGAC </td><td> 27 </td><td> إلى الأمام </td><td> 2251-2277 </td><td> التسلسل </td></tr></tbody></table> الجدول 1. عكس النسخ، PCR، وتسلسل الاشعال مخصص المستخدمة في توليد جزء 1197 سنة مضت بول تغطي كل 99 HIV-1 البروتياز الكودونات والكودونات 300 الأولى من الجين trascriptase عكسي. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> RT21 (5pmol/ml) </td><td> 0.5 </td><td> 0.2 </td></tr><tr><td> dNTP (10 ملي) </td><td> 0.5 </td><td> 0.4 </td></tr><tr><td> مجموع </td><td> 1 </td><td></td></tr></tbody></table> الجدول 2. dNTP / مزيج التمهيدي للتفاعل النسخ العكسي. <table border</html style=";text-align:right;direction:rtl">= &quot;0&quot; بطانة الخلايا = &quot;0&quot; هوامش الخلية = &quot;0&quot;&gt; <tbody><tr><td> كاشف </td><td> حجم (مل) / رد فعل </td><td> تركيز / رد فعل </td></tr><tr><td> أول الاحتياطي ستراند (10X) </td><td> 1 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> MgCl 2 (25 ملم) </td><td> 2 </td><td> 4 </td></tr><tr><td> التلفزيون الرقمي الأرضي (0.1 M) </td><td> 1 </td><td> 0.008 </td></tr><tr><td> RNaseOUT (40 U / مل) </td><td> 0.5 </td><td> 16 </td></tr><tr><td> مرتفع الثالث عكس الناسخ (200U/ml) </td><td> 0.5 </td><td> 8 </td></tr><tr><td> مجموع </td><td> 5 </td><td></td></tr></tbody></table> الجدول 3. انزيم خلط للتفاعل النسخ العكسي. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> كاشف </td><td> حجم (مل) / رد فعل </td><td> تركيز النهائي / رد الفعل </td></tr><tr><td> DEPC المياه المعالجة </td><td> 18.4 </td><td> - &lt;/ الدفتيريا&gt; </tr><tr><td> PCR العازلة (10X) </td><td> 2.5 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> زجاج مجان 2 (50 ملي) </td><td> 1 </td><td> 2 </td></tr><tr><td> مزيج dNTP (10 ملي) </td><td> 0.5 </td><td> 0.2 </td></tr><tr><td> التمهيدي مارد (5 بمول / مل) </td><td> 0.25 </td><td> 0.05 </td></tr><tr><td> التمهيدي العكسي (5 بمول / مل) </td><td> 0.25 </td><td> 0.05 </td></tr><tr><td> البلاتين طق البلمرة (5 U / مل) </td><td> 0.1 </td><td> 0.02 </td></tr><tr><td> المجموع الفرعي </td><td> 23 </td><td> - </td></tr></tbody></table> الجدول 4. مزيج الرئيسي لPCR المتداخلة. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> كاشف </td><td> حجم (مل) / رد فعل </td><td> تركيز / رد فعل </td></tr><tr><td> DEPC المياه المعالجة </td><td> 6.1 </td><td></td></tr><tr><td> التسلسل العازلة (5X) </td><td> 2 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> التمهيدي (3.2 بمول / مل) </td><td> 0.5 </td><td> 0.16 </td></tr><tr><td> صبغ فاصل كبير مزيج تسلسل </td><td> 0.4 </td><td> - </td></tr><tr><td> مجموع </td><td> 9 </td><td></td></tr></tbody></table> الجدول 5. مزيج الرئيسي لردود الفعل التسلسل. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td></td><td align="center" colspan="4"> Viroseq </td><td align="center" colspan="4"> محاسبين </td><td rowspan="2"> ٪ NA التشابه </td></tr><tr><td> ID عينة </td><td> النوع الفرعي </td><td> نقاط الجودة </td><td> PR الطفرات </td><td> الطفرات RT </td><td> النوع الفرعي </td><td> نقاط الجودة </td><td> الطفرات PR </td><td> RT الطفرات </td></tr><tr><td> CQ01 </td><td> B </td><td> 99.9 </td><td> M46L، I54L، V82A، L90M </td><td> D67N، T69D، K70R، M184V، T215V، K219Q </td><td> B </td><td> 99.2 </td><td> M46L، I54L، V82A، L90M </td><td> D67N، T69D، K70R، M184V، T215V، K219Q </td><td> 100 </td></tr><tr><td> CQ02 </td><td> B </td><td> 99.5 </td><td> M46L، I54L، V82A، L90M </td><td> D67N، T69D، K70R، M184V، T215V، K219Q </td><td> B </td><td> 99.5 </td><td> M46L، I54L، V82A، L90M </td><td> D67N، T69D، K70R، M184V، T215V، K219Q </td><td> 100 </td></tr><tr><td> CQ03 </td><td> NA </td><td> NA </td><td></td><td></td><td> NA </td><td> NA </td><td></td><td> NA </td><td> NA </td></tr><tr><td> CQ04 </td><td> CRF02_AG </td><td> 98.4 </td><td> I54V، V82F، I84V </td><td> M41L، L74I، L210W، T215Y، V108I، Y181C </td><td> NA </td><td> NA </td><td> NA </td><td> NA </td><td> NA </td></tr><tr><td> CQ05 </td><td> A </td><td> 99.7 </td><td></td><td> K103N </td><td> A </td><td> 93 </td><td></td><td> K103N </td><td> 100 </td></tr></tbody></table> الجدول 6. بالنتيجه المقارنةTS من تحليل موازية بين طريقة التنميط الجيني Viroseq وطريقة في المنزل باستخدام لوحة العينات المقدمة من الأيدز.

Watch this Scientific Journal Video about An Affordable HIV-1 Drug Resistance Monitoring Method for Resource Limited Settings at JoVE.com

An Affordable HIV-1 Drug Resistance Monitoring Method for Resource Limited Settings

اختبار مقاومة العقاقير عن HIV-1 الأفراد المصابين بالفشل العلاج المضاد للفيروسات الرجعية (ART) يمكن أن توجه العلاجات المستقبلية وتحسين نتائج العلاج. سوف تحسين النتائج الصحية الفردية والسكان في انتشار فيروس نقص المناعة البشرية عالية ولكن المناطق ذات الموارد المحدودة تتطلب في نهاية المطاف بأسعار معقولة وفي متناول التنميط الجيني مقاومة المخدرات وطرق التفسير.

على طريقة الرصد بأسعار معقولة HIV-1 المقاومة للمخدرات المناطق ذات الموارد المحدودة

HIV-1 drug resistance has the potential to seriously compromise the effectiveness and impact of antiretroviral therapy (ART). As ART programs in ...

Research

JoVE Journal

Medicine

Method for Novel Anti-Cancer Drug Development using Tumor Explants of Surgical Specimens

أسلوب الرواية تطوير أدوية لمكافحة السرطان باستخدام Explants ورم العينات الجراحية


The current therapies for malignant glioma have only palliative effect. For therapeutic development, one hurdle is the discrepancy of efficacy determined ...

An Orthotopic Murine Model of Human Prostate Cancer Metastasis

على الفئران نموذج مثلي من سرطان البروستاتا البشرية الانبثاث

Our laboratory has developed a novel orthotopic implantation model of  human prostate cancer (PCa). As PCa death is not due to the primary tumor, but  ...

Techniques for Processing Eyes Implanted with a Retinal Prosthesis for Localized Histopathological Analysis: Part 2 Epiretinal Implants with Retinal Tacks

تقنيات لمعالجة عيون مزروع مع الشبكية الأطراف الاصطناعية للالمترجمة تحليل المرضية: الجزء 2 فوق الشبكي يزرع مع الشبكية المسامير

Retinal prostheses for the treatment of certain forms of blindness are gaining traction in clinical trials around the world with commercial devices ...

Encapsulation Thermogenic Preadipocytes for Transplantation into Adipose Tissue Depots

التغليف حرارة Preadipocytes للزراعة إلى الدهنية مستودعات الأنسجة

Cell encapsulation was developed to entrap viable cells within semi-permeable membranes. The engrafted encapsulated cells can exchange low molecular ...

Implementation of In Vitro Drug Resistance Assays: Maximizing the Potential for Uncovering Clinically Relevant Resistance Mechanisms

Implementation of In Vitro Drug Resistance Assays: Maximizing the Potential for Uncovering Clinically Relevant Resistance Mechanisms

تنفيذ<em&gt; في المختبر</em&gt; المخدرات المقاومة فحوصات: تعظيم إمكانات لكشف آليات المقاومة ذات الصلة سريريا

Although targeted therapies are initially effective, resistance inevitably emerges. Several methods, such as genetic analysis of resistant clinical ...

An Improved Method for Rapid Intubation of the Trachea in Mice

افضل طريقة لرابيد تنبيب القصبة الهوائية في الفئران

Despite some anatomical and physiological differences, mouse models continue to be an essential tool for studying human lung disease. Bleomycin toxicity ...

A Novel Approach for the Administration of Medications and Fluids in Emergency Scenarios and Settings

أسلوب فريد لإدارة شؤون الأدوية والسوائل في سيناريوهات الطوارئ وإعدادات

The available routes of administration commonly used for medications and fluids in the acute care setting are generally limited to oral, intravenous, or ...

Pancreatic Duct Infusion: An Effective and Selective Method of Drug and Viral Delivery

ضخ قناة البنكرياس: طريقة فعالة وانتقائية من المخدرات والتسليم الفيروسي

The pancreas is a bifunctional organ with both endocrine and exocrine components. A number of pathologies can afflict the pancreas, including diabetes, ...

Optimized LC-MS/MS Method for the High-throughput Analysis of Clinical Samples of Ivacaftor, Its Major Metabolites, and Lumacaftor in Biological Fluids of Cystic Fibrosis Patients

أسلوب LC-MS/MS الأمثل لتحليل العينات السريرية إيفاكافتور، والايضات الرئيسية، ولوماكافتور في السوائل البيولوجية لمرضى التليف الكيسي الفائق

Defects in the cystic fibrosis trans-membrane conductance regulator (CFTR) are the cause of cystic fibrosis (CF), a disease with life-threatening ...

Improved Method for the Establishment of an In Vitro Blood-Brain Barrier Model Based on Porcine Brain Endothelial Cells

Improved Method for the Establishment of an In Vitro Blood-Brain Barrier Model Based on Porcine Brain Endothelial Cells

تحسين أسلوب لإنشاء في المختبر حاجز الدم – المخ نموذج استناداً إلى خلايا المخ الخنزيري بطانية

The aim of this protocol presents an optimized procedure for the purification and cultivation of pBECs and to establish in vitro blood-brain barrier (BBB) ...